3QN8A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qn8A00
4D8CA 5KR1A 5BS4A 3H0BA 5P44A 3OUAA 5P8LA 3PHVA 5P5UA 1XL2A 5P3EA 3OADB 3F9QA 1Z8CA 4PYVA 4DUSA 3VSWA 3HVGA 3EL9A 5P1VA 4PHVA 4DH6A 3PVKA 5P43A 3VF7A 5P80A 1MRXA 3ZPUA 2FLEA 5P36A 3TOHA 1MVPA 4GYEA 4HA5A 1E80E 5P6CA 5P0EA 2WF2A 4J0TA 2BJUA 4YD7A 5PEPA 5P1SA 3ZPTA 5P51A 4FE6A 4A6CA 2HPEA 5OZNA 4JOOA 3QI1A 2NR6A 5P1RA 3R1GB 3N4LA 3APRE 5OZ5A 3T7XA 5P6FA 3TPRA 5P22A 3CIDA 1DW6C 5KR0A 3O9DA 5P4GA 4NKKA 1AVFA 2HM1A 4M8XA 2HPFA 1EBYA 3MXDA 3GGUA 5P3TA 4EPJA 4N00A 5P0UA 2J9KA 5P33A 1T3RA 5HVPA 3VYFA 2QI0A 4ZSQA 3VFAA 4I8WA 3ZL7A 1C6ZA 5P58A 2H6SA 1FG6C 1IVPA 5P0NA 2XFKA 3EKPA 5P6YA 4RZ1A 1NSOA 5P63A 1HVIA 5P03A 5P46A 5JG1A 1ZSFA 1RNEA 5T4SA 3S45A 1QBSA 5HDXA 1W5WA 2HS1A 1FEJC 2V10C 3PJ6A 1C70A 2WHHA 4Y4DA 5P5PA 1K6CA 3RU1A 4EJ8A 4Z2ZA 2OHUA 4X2LA 5P7VA 3ZKQA 4Y57A 5P0BA 5P1WA 4Y4BA 5P23A 3GW5A 3Q5HA 1IZHA 2O4LA 3GGAA 2QZKA 3I2LA 1IVQA 4WY6A 4R91A 3K5GA 4L6BA 5P5JA 4EP2A 1A8GA 5P6EA 2ZJHA 3EXOA 5P0MA 3UCBA 5P5SA 5P0CA 3SKFA 4FAFA 2RENA 2PK6A 4GB2A 2G24A 5P0GA 5ER2E 3SLZA 4K4PA 5P8DA 2QD6A 4H3IA 4OC6B 5P71A 1U8GA 3I6OA 5OZ1A 3FKTA 3NLSA 1HTGA 2AOGA 5P2KA 4I0JA 4ZPFA 3L5BA 5P2BA 1YTIA 4DQEA 4GJ6A 4I12A 4XX3A 4Y36A 4E43A 3NU3A 5P4QA 2ZDZA 4Y9WA 5OZBA 1YT9A 5OYRA 5P2VA 4B00A 4H3JA 5P20A 3KFRA 5P1ZA 4YHQA 5P4LA 5SZ9A 5KR8A 3UQPA 3DCKA 4Y3FA 5P1AA 3MWSA 5P8QA 3QIHA 1MTBA 1W5VA 5P3VA 5P82A 5P7GA 4Q1NA 5P8OA 5P37A 5P24A 1HWRA 3URJA 5P3WA 1Z1RA 2NNKA 3RTNA 1HVSA 1FMBA 3S53A 5P7FA 2NMZA 5EZZA 3WSJA 5SY3A 1GVXA 3GI4A 4EJKA 1T6GA 3OXVA 1UPJA 2VJ9A 1FLHA 2FNSA 5OZ0A 5P45A 1KJFA 3NU4A 4KE0A 2VJ6A 3SFCA 3OU1A 2NPHA 2WL0A 3VV8A 5P5ZA 1K6VA 2WF0A 3O99A 1LF3A 4Y5PA 5I3XA 4TRWA 4Y4ZA 1BDQA 2JYSA 4K4RA 4DJYA 1GVUA 5P08A 4Y3QA 2QI4A 3G72A 2FGVA 5KAOA 3VYEA 2P3CA 3NUOA 4L7HA 4RRNA 3DJKA 2AOHA 4K4QA 5P2NA 4QJ6A 3S85A 3ER5E 5P3BA 4GJ8A 5P3FA 2BPYA 5P42A 3PLDA 4D89A 1DMPA 1FMXA 4X7IA 2WF4A 3OUDA 1W50A 2AODA 4YD3A 2BKTA 3EM3A 5P6RA 3GI0A 4AUCA 6APRE 1GVTA 2IDWA 3U6AA 5P4AA 1HIVA 4Y4WA 1OEXA 5P7MA 5OZLA 3KDCA 4FSEA 1EPRE 4ZSRA 5OZIA 1CMSA 5P01A 2QMDA 4GJBA 1MSNA 3NDTA 3KFSA 5P3KA 4LHHA 5P2DA 4ER4E 5P5KA 3ZOVA 1FQXA 1KJHA 1W51A 5P6BA 2VIZA 1E82E 5P1OA 5P31A 4DFGA 3PBZA 3KT2A 1CPIA 2ER7E 5P1YA 5P2CA 3OU4A 2OHQA 1M43A 1J71A 1BVEA 5OZCA 2RMPA 5P0YA 1GNOA 2NXMA 3DUYA 2G22A 4R93A 4EXGA 5P0KA 5P74A 5P4FA 2BKSA 3WZ8A 1APTE 2AIDA 1AM5A 3QAAA 3APPA 2JJIA 4YD6A 5P1CA 1EBKC 4CPSA 5ENKA 5P4SA 5P3LA 5DQ1A 5P0PA 1XN2A 3D3TA 3L58A 2V00A 2NMYA 1NPAA 2IQGA 3HZCA 1A30A 5P4UA 4Q1XA 2G27A 5P09A 4FLGA 4Y5MA 5P0HA 4EWOA 5P3JA 3OTYA 5OZ3A 3L38A 2AZCA 4Y5NA 4Y48A 5P2XA 5AHBA 1DPJA 4FM7A 4Z22A 4I0ZA 5KOSA 4DJUA 2BPXA 2FGUA 3SA7A 1IZEA 3SA9A 4EQJA 4KE1A 5P3YA 1LF4A 2AZ8A 1LYAB 4M8YA 4PZXA 3BGCA 1APWE 3UDQA 5OZQA 2ANLA 5P87A 3UDNA 4BFBA 3O9CA 5P75A 3BXSA 3SA3A 1EC1A 5P1QA 4DQGA 2OHLA 5P4HA 5P5MA 3O9BA 2PSVA 4K8SA 2IL2A 3VF3A 5P0TA 4U7VA 4J0PA 2OHNA 1KZKA 3WZ7A 8HVPA 4FM8A 1RPIA 1TCXA 2AVVA 5AH8A 3ER3E 3TNEA 2QI7A 1RQ9A 1HBVA 4B0QA 1FQ8A 2V11C 1ODYA 4Y45A 5P7SA 4EXHA 5P0LA 4HZTA 2R3WA 1K1TA 3L5DA 4FAEA 4MC1A 2P3BA 3HW1A 2UY0A 1ZLFA 2BBBA 1KJ7A 3KDDA 2G20A 5P14A 3ECGA 2ZJJA 1QBTA 4Y37A 4RROA 4RLDA 2R3TA 2R8NA 1DIFA 3MXEA 5P15A 3K5CA 4NPUA 4Y3XA 3HD8A 4FRSA 2I4XA 4Y5AA 5AH9A 5OZ9A 5P3QA 3NU9A 3TKGA 5P7HA 4ER1E 2VA6A 4EJLA 5P0SA 2G69A 1SBGA 1T7KA 3K4VA 5JFPA 5P4DA 4YCTA 2BB9A 3T6IA 2SAMA 1BWAA 5OZPA 4DQBA 2WF3A 3SA5A 4ZIPA 2Q64A 5APRE 3G70A 5P7IA 4BEKA 5OZHA 1YG9A 4Z4XA 5TOLA 5OYYA 5P35A 3BUGA 3EKXA 1EPQE 4LC7A 1W6IA 2G1YA 4R5NA 4OBGA 3UDMA 5P8AA 3Q4BA 5P7PA 3UFLA 3KMXA 2HC0A 5KR2A 5P6QA 1MERA 5P6HA 2VNMA 2XYEA 1B5FB 2OHKA 4Y5CA 2PWRA 3UTLA 3DOXA 5P3CA 5P4CA 4AZYA 2QNNA 4QLHA 1AXAA 5P6DA 1TZSA 4I0FA 3VFBA 4B05A 5P38A 3O9IA 3R4BA 2WEDA 5P8MA 5P19A 5OZGA 2RKFA 1HRNA 4GJAA 4DQCA 4Y5LA 3SA6A 3EL4A 4ZPEA 4RVJA 5P3PA 2Q54A 4J1EA 3OUCA 3O9LA 1XE6A 5P30A 5P5WA 2QI5A 5P8SA 4YCYA 5P5IA 3HDKA 1TQFA 4I0IA 4Y3GA 1HTEA 2ZJLA 3VG1A 1QBUA 1KJGA 1Z1HA 5P84A 3S43B 5UPJA 1HEGE 2AVSA 4J17A 5IE1A 1LF2A 4NJUA 3CKPA 5P8TA 1MIQA 3LIZA 2ZHTA 3RTHA 2B8VA 3HBOA 1SH9A 1LS5A 4RYGA 1XN3A 3O9HA 5P16A 2FMBA 2V0ZC 1BV7A 4Y56A 5HE4A 5P1KA 5OZDA 2HB4A 4YOAA 5IVTA 3EC0A 4XKXA 5P4WA 1HTFA 2FS4A 4ZEAA 4Y53A 5P0VA 4ZE6A 2AZ9A 1GKTA 4DVFA 1HSIA 5P6UA 3VYDA 4XXSA 5HD0A 1ODXA 5P5LA 3JW2A 3K4VC 3PMYA 3QRSA 2QHCA 3OADA 5P56A 3PI5A 5P0ZA 3TTPA 5OYQA 4EYRA 5DQ5A 5AH6A 2QI1A 4RYCA 2QZLA 3UDKA 5P1HA 3ZKSA 1RV7A 3INFA 2PH6A 3PBDA 1HVLA 2ZGAA 4Y3ZA 2FXDA 2G94A 2NXDA 2Z4OA 5P7AA 2PWCA 5P4YA 3UDHA 3ZMGA 4J0ZA 2BQVA 3HVPA 4J55A 5DQCA 1SDTA 5P1JA 4Y44A 1TW7A 4J0YA 3FIVA 5OZWA 4Y4EA 3K5FA 2ER6E 4Y5KA 3VSXA 3PLLA 5P8GA 3VEUA 1SMEA 5P8BA 4ER2E 1D4KA 5P48A 5E5JA 2V16C 5P85A 4BELA 4OBFA 3KMYA 3LHGA 5IVQA 5P3RA 5P3DA 1T6EX 5P6PA 4DJRA 1GVVA 3LIXA 3OU3A 4TRZA 3OK9A 1YTHA 5P6ZA 1F7AA 1A8KA 3WZ6A 3VLBA 5P4ZA 3MSLA 4CPXA 5HU1A 4YDFA 5P3SA 3VCMA 4Y38A 1HVCA 5P6LA 2ZE1A 3DK1A 3R2FA 4APEA 4YBFA 2PC0A 4QJ8A 5P25A 5P7TA 4PZWA 2FXEA 4CPRA 3NUJA 5P70A 5OZ8A 3OUBA 3PSGA 5P0DA 1K1UA 2G21A 3S7MA 1OEWA 1QBRA 4CPWA 1W5YA 4GIDA 2FDPA 2F3FA 2G1RA 5E5KA 1D4YA 4OBJA 4CKUA 1HEFE 1LV1A 4GMIA 2XFIA 3UF3A 3NDXA 3TOFA 2AVQA 4CP7A 2G1NA 2J9JB 1LYBB 2BPWA 3Q70A 5P10A 2PYNA 4B70A 5P5VA 1BBSA 3C9XA 4Q1YA 5DR3A 5P7YA 3S2OA 1D4IA 4EQ0A 1IZIA 1SDUA 2ZJNA 4JP9A 1YTGA 3CICA 1NPVA 3LZVA 3PWWA 1HVKA 1AJXA 4Y43A 3NDUA 5P5AA 3BXRA 2P8HA 4I10A 3CKRA 5P47A 4DV9A 1W5XA 3QRMA 5P6SA 2Q5KA 1TSUA 4Y4AA 1A94A 3ST5A 4CPUA 1EBZA 2VIEA 3TPJA 2FDEA 2HS2A 3OOTA 1BXQA 1FQ4A 4RCDA 5HCTA 5CLMA 4I8ZA 4CMSA 2JE4A 3K1WA 5OZZA 3HLOA 3NWQA 5CONA 2QD8A 4APRE 3AUPA 5P6JA 1BXOA 3NDWA 2VIJA 4Y4UA 2RSPA 2P4JA 1ZBGA 5F01A 2R9BA 1SDVA 3OAGB 5P3HA 5P4IA 3AIDA 1B11A 4MC6A 1NPWA 3PMUA 4Y51A 4QJ2A 2UPJA 5HCOA 5HU0A 4WY1A 3LPKA 1T7JA 3BC4A 5DR0A 5P3ZA 5P53A 3WB4A 4OBDA 1SMRA 3QBHA 5P2YA 5P6MA 3OHFA 5P4OA 5DR4A 4Y3EA 3TL9A 2OHSA 5J25A 5P5DA 3PSUA 5P7OA 3T7PA 4J0VA 1XS7D 3PEPA 5P88A 4OD9A 4YD5A 5P5NA 1LYWB 3SABA 4GZFA 5F00A 3O9FA 5DGUA 1BDRA 3QVCA 3OXXA 5ER1E 1HVHA 1B6PA 3UHLA 1E5OE 4Y3HA 5IVSA 1MRWA 1HXWA 1YM2A 1UH8A 2VA7A 5P1PA 4YBIA 5P4BA 5P4JA 5P5FA 4WTUA 3D1XA 3EL5A 3OOZA 1FQ5A 1OD1A 1HPSA 3O9EA 3OQ7A 2VJ7A 4FRKA 4A6BA 3EMYA 4LXAA 5I3VA 4Y3LA 2AZBA 5P6KA 4YDGA 1EEDP 1B6LA 2IENA 5AH7A 5OZ4A 4OBZB 4F73A 5P3AA 5ENMA 1MT9A 5P2TA 5DR8A 5P5CA 4R95A 3UDRA 1IIQA 5P6GA 1IBQA 3Q6YA 4FL8A 1PPKE 4J1CA 3I8WA 2Q15A 1FG8C 3LPJA 1FQ6A 2CEJA 5AGZA 4ZSPA 1SIVA 3IAWA 3LIVA 5P7UA 3IGBA 3SA8A 7UPJA 3D20A 5P0XA 1EPNE 1QS8A 4J54A 3OQAA 3T3CA 2A1EA 2V13A 4J1FA 4EJDA 1K2BA 1WBKA 5HDUA 3QROA 3LIYA 4DQFA 2OHRA 1ZJ7A 3T11A 5COKA 4CPTA 2ZHVA 2P3BB 5P6NA 4DPIA 5OYXA 1DAZC 4HDBA 3ZKNA 1PPME 5DPZA 3L59A 5KQFA 1ER8E 3OTSA 4L1AA 3ZKGA 4LAPA 3QBFA 3ZLQA 3DV5A 3LNKA 5P5HA 5P12A 5P1XA 1FF0C 1B6MA 3LINA 2R5PA 1HTRB 1MPPA 3OGPA 5P2EA 4B78A 5P68A 1LYAA 5EZXA 3TOGA 3NSHA 4LBTA 5P7LA 3SKGA 5P57A 1EAGA 1WKRA 4Y3WA 4H1EA 3TH9A 5P3IA 1FKNA 4Y41A 2ZJIA 1D4JA 5P0AA 4YOBA 3CYWA 5P2FA 1WBMA 5P6WA 1APVE 1DP5A 2PYMA 4MC9A 3NR6A 5HDVA 4B72A 2PH8A 2Q55A 5P78A 5OYTA 4F76A 1JLDA 2WEAA 2JJJA 5P4RA 3KT5A 3BVBA 4YA8A 1BDLA 5P34A 2B60A 3QP0A 3R0YA 5P2GA 2VKMA 5P1UA 5I70A 1FGCC 3I25A 3EL0A 5BWYA 5ISKA 5P3GA 1MEUA 1YX9A 5P6IA 1ZTZA 5OZJA 3EKTA 4HE9A 5P8JA 3LZSA 4QJAA 1FIVA 5P64A 5P7XA 5P2MA 4QJ7A 2PQZA 5P7KA 2WF1A 2QHZA 3TKWA 1ZP8A 2FIVA 2R38A 3KM4A 4B1DA 1HOSA 4NPTA 4Y4JA 4Y4XA 3UQUA 2AVMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D8C A;  5KR1 A;  5BS4 A;  3H0B A;  5P44 A;  3OUA A;  5P8L A;  3PHV A;  5P5U A;  1XL2 A;  5P3E A;  3OAD B;  3F9Q A;  1Z8C A;  4PYV A;  4DUS A;  3VSW A;  3HVG A;  3EL9 A;  5P1V A;  4PHV A;  4DH6 A;  3PVK A;  5P43 A;  3VF7 A;  5P80 A;  1MRX A;  3ZPU A;  2FLE A;  5P36 A;  3TOH A;  1MVP A;  4GYE A;  4HA5 A;  1E80 E;  5P6C A;  5P0E A;  2WF2 A;  4J0T A;  2BJU A;  4YD7 A;  5PEP A;  5P1S A;  3ZPT A;  5P51 A;  4FE6 A;  4A6C A;  2HPE A;  5OZN A;  4JOO A;  3QI1 A;  2NR6 A;  5P1R A;  3R1G B;  3N4L A;  3APR E;  5OZ5 A;  3T7X A;  5P6F A;  3TPR A;  5P22 A;  3CID A;  1DW6 C;  5KR0 A;  3O9D A;  5P4G A;  4NKK A;  1AVF A;  2HM1 A;  4M8X A;  2HPF A;  1EBY A;  3MXD A;  3GGU A;  5P3T A;  4EPJ A;  4N00 A;  5P0U A;  2J9K A;  5P33 A;  1T3R A;  5HVP A;  3VYF A;  2QI0 A;  4ZSQ A;  3VFA A;  4I8W A;  3ZL7 A;  1C6Z A;  5P58 A;  2H6S A;  1FG6 C;  1IVP A;  5P0N A;  2XFK A;  3EKP A;  5P6Y A;  4RZ1 A;  1NSO A;  5P63 A;  1HVI A;  5P03 A;  5P46 A;  5JG1 A;  1ZSF A;  1RNE A;  5T4S A;  3S45 A;  1QBS A;  5HDX A;  1W5W A;  2HS1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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