3QN8A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qn8A00
3IGBA 5DGWA 3IA9A 3NUJA 5P8DA 1LF3A 2Z4OA 1XL5A 5P2ZA 3ZKNA 4LP9A 3BGBA 4CP7A 3CKPA 2AVSA 4I1CA 4DJUA 2FXEA 1LEEA 1FMBA 4QJAA 1MTBA 1EEDP 4MC1A 1DIFA 5P53A 4B72A 1AJVA 4ZSPA 5P5VA 3NU5A 3BXRA 4RGHA 1MSMA 2P3DA 3PB5A 4Y5GA 3DCKA 5IVTA 5P2CA 1HPSA 5P4XA 2QU3A 2FDDA 4D83A 3MSKA 5P36A 3LPIA 4FS4A 2FXDA 5P3OA 5P7XA 2UY0A 4LL3A 3ZPSA 3S85A 2ER0E 2PC0A 4TRWA 4CPRA 3HAUA 2WF0A 1D4IA 3OQFA 1W5WA 3QIHA 3QROA 4FAEA 4Y44A 3Q70A 4L6BA 4EXGA 3ZLQA 2QHZA 2BQVA 5P7QA 1QRPE 3F9QA 2CENA 1OEXA 4PZXA 4Y51A 5P3GA 5P8IA 3OQ7A 3NDXA 1AZ5A 2IKOA 3IAWA 2BPVA 2HAHA 4DQGA 5P0BA 3PM4A 1HXBA 4J0ZA 3O9AA 2Q5KA 2VA5A 3PBDA 3LPJA 2EWYA 5P2WA 3UDJA 5P44A 1FG6C 4B1DA 5B18A 3UTLA 1GVUA 2WEBA 3TOFA 1D4JA 2OHKA 5P47A 2V0ZC 4R93A 2Q63A 3KT5A 1MT7A 4YE3A 2HPFA 4DQHA 4YD4A 2FMBA 3ST5A 2ZJLA 2QD6A 3O9GA 5P1XA 5KQFA 5SXNA 3NU4A 4AMTA 2QMDA 5P0JA 4OBDA 3HDKA 1EC3A 3JVWA 5P60A 2F8GA 5P5EA 3O9CA 4YDFA 1D4SA 3KT2A 1B6JA 3LZVA 4QJ9A 5OZEA 1HEFE 3PWRA 2BKSA 5P4VA 2ZJIA 2HS1A 3VYDA 3UPJA 3OUCA 3BRAA 3QPJA 3SA3A 3I6OA 4FE6A 3VUCA 2IL2A 2QNPA 1EBKC 2NXMA 2P83A 5P0FA 1W5YA 2BPZA 2JYSA 1SMEA 3VF7A 5OZ2A 5P76A 5OZAA 6APRE 3I8WA 4FSLA 4Y9WA 1EPNE 3ER3E 4J5JA 3S54A 1T7IA 5ISJA 3URJA 5P51A 5I3XA 3NXNA 3RU1A 3WB5A 5AH9A 3BHEA 5P1NA 5P7GA 5P8CA 4I8WA 2WF1A 5KOSA 1CZIE 2ER9E 2HIZA 4HE9A 4OBJA 4Y58A 4CPWA 4LBTA 4OC6B 5OZNA 4B1CA 3PSUA 1Z8CA 4ZSQA 3IXJA 5KOQA 4A4QA 3OHHA 1W50A 5P8PA 1YTHA 4DUSA 2OHLA 5P3UA 1NSOA 5P73A 1MT9A 2Z54A 2WJOA 3DOXA 4U8WA 3ZL7A 1YTJA 3R4BA 4PPHA 4ZPFA 4B0QA 4BFDA 2AOFA 3N4LA 1TCWA 2WF3A 5P0UA 1UH7A 3UF3A 3UDQA 2FNTA 1K6CA 3FNUA 3SA6A 4TRZA 1FIVA 2FGVA 4GZFA 4Q1NA 2PSUA 2IKUA 5P7EA 1NH0A 1HVKA 3OAGA 3DK1A 2IRZA 5DQ4A 1MT8A 3LIQA 3QI1A 1K1UA 5P04A 3PCWA 1AXAA 2OHMA 4H3FA 5P52A 3R2FA 2ZJJA 5AH6A 5P55A 4HLAA 5P3QA 4Z4XA 1A8GA 5P1RA 3VSXA 5P1TA 1E80E 1FB7A 4HDPA 5P75A 4J54A 2ANLA 4J1CA 3EL0A 3INDA 1OHRA 3IVHA 4Y3PA 5P22A 3PMUA 4NJTA 4EJKA 1HSGA 2VJ6A 3S43A 4CPUA 1SGUA 3PVKA 3S8IA 5P0XA 1EBYA 2G20A 1VIJA 3EKXA 5HVPA 5OYRA 5P41A 5P50A 2AQUA 4I0GA 5P7LA 5P4NA 4XXSA 4GJ6A 5P0ZA 5P0DA 3K1WA 1B5FA 5P24A 5P2IA 2UPJA 5P8NA 2IS0A 2XFKA 5P5RA 1TZSA 5P84A 3SA5A 2G1SA 3TPPA 1A94A 3NR6A 3EKVA 2CEJA 4FLGA 5P8BA 2AOCA 4GJ5A 5P6WA 4YBFA 4DJXA 1W5VA 3R1GB 5DR8A 1M0BA 4F75A 4NPUA 1HVLA 3HVPA 1IZEA 2AOJA 5OZ3A 5F00A 5BS4A 5P6VA 3ZKQA 1IDBA 2ZJMA 5P2TA 5P7RA 2AZ9A 2I4WA 5P40A 5P19A 5P2NA 5PEPA 5JODA 3UDYA 5KQXA 4Y5PA 5OZUA 2G1RA 4J0TA 1UH8A 3QRVA 5CLMA 4EQ0A 1MRXA 1HSHA 3SM2A 1B6PA 3SLZA 3SA7A 4EPJA 5IS4A 5P09A 2HS2A 5P0EA 2XFJA 5HU1A 3VV6A 5DQ2A 5P2LA 1D4LA 3JW2A 1ZP8A 3QN8A 5IE1A 2XFIA 1LYAA 5HTZA 4YCKA 5P7JA 1T6EX 4ZPGA 5P15A 3D20A 5HDZA 4APRE 1PSAA 5P5OA 3OQAA 3VV7A 2AOIA 3RSXA 2FS4A 3UFLA 1BXOA 3TPJA 5I3WA 5OZQA 1SH9A 5P85A 5OZLA 4I0JA 4DJPA 3INFA 3PCZA 1XN3A 3K5GA 3LZSA 3URLA 2I1AA 3TH9A 2VJ9A 5P7YA 4Y6MA 2NMZA 4I0EA 3CKTA 5P3YA 3NWXA 5P2KA 3ZPTA 5OZ0A 2VIZA 4DI2A 2O4SA 5OYXA 3FSMA 1XE6A 3RSVA 1HHPA 5P3TA 5JFPA 5P5TA 2NR6A 4QJ8A 4Y4WA 3HD8A 3VLAA 5KR0A 3L5FA 5P64A 5P7IA 1GNNA 4HA5A 4UPJA 3GW5A 1YM2A 1VIKA 2WF4A 4LXKA 5P4YA 5P5XA 5OYZA 5P5LA 3UQWA 1HRNA 2V10C 1META 3OADA 5KAOA 1HWRA 4XKXA 4B05A 2QHYA 4I0FA 5P0CA 4CPQA 4U7VA 1BWBA 2JE4A 4Q1XA 5HD0A 5P2EA 5TOLA 5P46A 4WTUA 3FNTA 1GVWA 1ZAPA 4M8XA 5P0KA 4EQJA 3LZYA 4HZTA 5P3NA 1FQ4A 2VNNA 2ZE1A 2OHNA 2ZJKA 3HBOA 4MC9A 5P0WA 3UFNA 5P7TA 3L59A 4J1FA 2NPHA 2R5QA 1YTIA 5P6JA 3EMYA 5P2XA 3OGPA 5OYSA 3U7SA 5P1PA 3FIVA 3OOZA 5P08A 5P37A 1EC0A 5P3VA 3PHVA 4Y4JA 1KJ7A 1FGCC 4FRSA 3SM1A 2B42A 2QNQA 5P10A 3AUPA 3WSJA 1EBZA 3OTSA 5P1LA 1XS7D 2I4VA 4Y3NA 4Y47A 5P4JA 1PPME 1IBQA 5P1WA 3S7LA 5COOA 5P5IA 3L38A 4Y3AA 4TVHA 4OD9A 2B7FA 2PWRA 3N3IA 5P2BA 2FGUA 1IIQA 6UPJA 1UH9A 4B1EA 4LXAA 2I4UA 5P6CA 2ZGAA 5P0GA 1APWE 4CPSA 4DQBA 3DCRA 2F3KA 2B7ZA 1GNMA 2VIYA 2QMFA 4DJVA 1K6TA 1SIPA 1WBKA 1YT9A 2G26A 2QI6A 5P1GA 3LHGA 4Y4TA 4Y3FA 2QP8A 4ER1E 4YOBA 3EXOA 3VF3A 3S56A 4ZLSA 4H3JA 2QZLA 5P25A 4GJ8A 3QP0A 1U8GA 3BVBA 4MC6A 3WZ7A 2QD7A 5P7ZA 5P6HA 5P2JA 4DJOA 5OZMA 4QLHA 4Y5AA 3GGVA 5P7NA 1IZHA 4X2LA 4PEPA 5P48A 3SFCA 4WY6A 5P8UA 4EHCA 1LYWB 5P2RA 5SY3A 4HEGA 2NXLA 3SQFA 3SKFA 1RV7A 3DUYA 3GGAA 1TSUA 3Q3TA 5P6OA 1AJXA 4Y5BA 5P4BA 5OZIA 2IQGA 5P4FA 3IN3A 2AVVA 3OXVA 4FM7A 2Q54A 5P3RA 1QS8A 5P1HA 3RTHA 5P7KA 2ASIA 4GJDA 4TVGA 3GGXA 5HCTA 1QBSA 4GJ7A 3LNKA 3UDRA 2P8HA 4GJ9A 4Y3WA 4H3GA 5P3DA 3PSGA 4ER4E 2F3FA 1HTEA 3PGIA 4JECA 4R5NA 5P6NA 5P1SA 4IVSA 3NWQA 2Q15A 1LYBA 5COPA 5EZZA 3SA4A 5P5GA 5P3CA 1QBTA 4R92A 4JP9A 3RTMA 4EP2A 1B6MA 9HVPA 4YA8A 4DJWA 2WEDA 5P6SA 3NDUA 5P1YA 4Y38A 3KFSA 2O4LA 3EM3A 1APUE 3O99A 3R0YA 3VF5A 5P4QA 5P78A 5P8RA 3VSWA 3I2LA 5F01A 1MRWA 5P4PA 1AVFA 5OZGA 2QHCA 5P3IA 5P4LA 3Q6YA 4B77A 2OHSA 1AAQA 1NPVA 2VJ7A 5P06A 3H5BA 5P0HA 1C70A 5P0MA 4LC7A 1ODXA 5P2FA 5E5KA 4HDFA 5P8LA 1IZIA 3VFAA 1YTGA 3D1YA 2IGXA 5P65A 2I4QA 3ER5E 3UDMA 5P71A 5OZOA 1DP5A 4Y3QA 5DPZA 1FQ6A 4TRYA 1XN2A 2Q64A 5P5HA 2FNSA 5P79A 3OU1B 1EPOE 3QRMA 4X7IA 3G70A 5P29A 5P7FA 3ZKXA 3QRSA 4ZEAA 2AZBA 4Y3XA 5P33A 4YBIA 5P7DA 4K9HA 4Y3MA 5UPJA 3OTYA 4NJSA 4Y4UA 2AOEA 2FIVA 1HIIA 3OU4B 1PROA 4J55A 3TLHA 4D89A 4DQEA 2V00A 2UXZA 1SMRA 5P6PA 4KE0A 5OYUA 5OZYA 1BIMA 1ZLFA 5P38A 1RPIA 5P8EA 4D8CA 3LITA 4Y3LA 3OXXA 3TKGA 5P8HA 3HLOA 1A30A 1EPLE 1ZPKA 5P4SA 2P3BB 4GB2A 3LZUA 1YG9A 1GKTA 1DPJA 5APRE 3VYFA 1ZSRA 3S53A 1MSNA 5C9DA 3B7VA 3GI6A 1EPRE 3HZCA 5OZKA 4YD3A 1AM5A 1HBVA 4Y41A 5HU0A 4Y4DA 4OBFA 1XE5A 5P01A 1E5OE 5P35A 2VIJA 3UDPA 5P3MA 5P1MA 1SIVA 2QI5A 3LPKA 4OBZB 4QJ6A 4Y48A 4WY1A 3PWWA 3UDKA 2ER7E 3T7QA 2ZHVA 5P7SA 2BKTA 4JPEA 1G0VA 2R43A 5P4DA 3EKQA 3GI5A 5P8JA 4YOAA 3LIXA 2H6TA 3K5DA 4I0HA 4Y5LA 2G1OA 4OBHA 5P8MA 4Y5EA 3TOGA 4CKUA 5SY2A 3LIYA 1B11A 4GYEA 3PMYA 5P2UA 5P67A 3OOTA 5P18A 1J71A 4H1EA 5P7WA 5P45A 5P2DA 4DQFA 2FDEA 1F7AA 4Y5MA 4GIDA 3BGCA 2QZWA 4EXHA 2WKZA 2HM1A 4DVFA 1Z1RA 4RCEA 5P5DA 3MWSA 5HE4A 4F76A 1K2BA 3OUBA 5P3XA 3LIZA 3PJ6A 5P8FA 3Q5HA 3EKTA 4ZE6A 3H0BA 3M9FA 2NNKA 1G2KA 1YX9A 2V16C 2PYMA 4RZ1A 5P49A 1IVPA 2QMGA 4L7GA 1GVTA 3K5CA 1IVQA 3MSJA 3MXEA 3KYRA 4AUCA 5OYVA 1MVPA 4Q1WA 2QD8A 3O9DA 4ZPEA 3NDTA 4XX4A 3URIA 5P4ZA 3APPA 3G72A 5P6XA 3TKWA 3UDNA 3PRSA 3O9HA 1PFZA 4I11A 1BV7A 3CICA 5P1QA 5P88A 5P5UA 4Q1YA 5IVQA 5P8OA 2I4DA 1HTFA 4K8SA 4FIVA 5P2VA 5P6GA 4Y53A 3INEA 5P5QA 3OUDB 1XDHA 1KJFA 3UQPA 1FFFC 1ODYA 3K5FA 4QJ2A 4Y35A 5BRYA 4K4QA 3UQRA 4J0PA 5P5SA 3UHLA 2OHPA 4RLDA 4LXMA 2AOGA 2I0AA 5P5MA 1HVIA 2F81A 1MEUA 4FRIA 3D1XA 3UCBA 1LF2A 2V13A 2V12C 3PI0A 1KJ4A 5P11A 3PBZA 3TPLA 1HVJA 4RYCA 4YHQA 2BBBA 5P6QA 8HVPA 1IDAA 1BDLA 3QBFA 3BUGA 5P6YA 2PK5A 5P0IA 5P2HA 2PH8A 2ZHUA 3DV5A 3BVAA 4EJDA 5J25A 5P0VA 1W5XA 2P3CA 5P4AA 1BVGA 4Y4XA 2ZDZA 3L5CA 4Y3TA 5P59A 4DJRA 1GNOA 1LYWA 4DFGA 5OZ5A 3KN0A 1LF4A 2CEMA 3PI5A 4IVTA 2P3AA 4Y39A 1BDQA 1HVHA 4Y4ZA 1QBRA 5P4CA 4QJ7A 3L5DA 4D88A 3TNEA 1QDMA 3INHA 5P1AA 5OZDA 3AIDA 3OAGB 4PZWA 2A4FA 1TSQA 3NYGA 4I8ZA 2B8LA 3KFNA 4K4RA 3HAWA 5P6KA 1EAGA 5P3PA 5P6UA 2SAMA 1T6GA 2ZJHA 1HVCA 3TOHA 1D4HA 2G69A 2IEOA 5P0TA 4ER2E 1N49A 5P5PA 3EL4A 5KR1A 5P2AA 5P2MA 3ZPUA 5P4MA 2F3EA 3BC4A 2QI4A 1ZTZA 4BEKA 3L3AA 3BUHA 4F74A 1YM4A 3OU3A 2VS2A 3S2OA 3G6ZA 2WL0A 5P30A 1W51A 5OZJA 3S43B 3FKTA 1HPVA 2OAHA 4CPXA 3WB4A 4GJAA 1RL8A 3K4VA 5P54A 5P74A 5P2GA 1T7JA 3QBHA 1GVVA 4L7JA 2G24A 5P86A 5P82A 3T3CA 2IGYA 3CYXA 5P26A 3SA9A 4RVIA 3ZKIA 4ZIPA 1FLHA 3RVIA 5P6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IGB A;  5DGW A;  3IA9 A;  3NUJ A;  5P8D A;  1LF3 A;  2Z4O A;  1XL5 A;  5P2Z A;  3ZKN A;  4LP9 A;  3BGB A;  4CP7 A;  3CKP A;  2AVS A;  4I1C A;  4DJU A;  2FXE A;  1LEE A;  1FMB A;  4QJA A;  1MTB A;  1EED P;  4MC1 A;  1DIF A;  5P53 A;  4B72 A;  1AJV A;  4ZSP A;  5P5V A;  3NU5 A;  3BXR A;  4RGH A;  1MSM A;  2P3D A;  3PB5 A;  4Y5G A;  3DCK A;  5IVT A;  5P2C A;  1HPS A;  5P4X A;  2QU3 A;  2FDD A;  4D83 A;  3MSK A;  5P36 A;  3LPI A;  4FS4 A;  2FXD A;  5P3O A;  5P7X A;  2UY0 A;  4LL3 A;  3ZPS A;  3S85 A;  2ER0 E;  2PC0 A;  4TRW A;  4CPR A;  3HAU A;  2WF0 A;  1D4I A;  3OQF A;  1W5W A;  3QIH A;  3QRO A;  4FAE A;  4Y44 A;  3Q70 A;  4L6B A;  4EXG A;  3ZLQ A;  2QHZ A;  2BQV A;  5P7Q A;  1QRP E;  3F9Q A;  2CEN A;  1OEX A;  4PZX A;  4Y51 A;  5P3G A;  5P8I A;  3OQ7 A;  3NDX A;  1AZ5 A;  2IKO A;  3IAW A;  2BPV A;  2HAH A;  4DQG A;  5P0B A;  3PM4 A;  1HXB A;  4J0Z A;  3O9A A;  2Q5K A;  2VA5 A;  3PBD A;  3LPJ A;  2EWY A;  5P2W A;  3UDJ A;  5P44 A;  1FG6 C;  4B1D A;  5B18 A;  3UTL A;  1GVU A;  2WEB A;  3TOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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