3QP0A

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a novel inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qp0A00
3RTNA 3KDDA 3UQRA 4LL3A 4EHCA 5DGWA 5IVTA 5SY3A 1A8KA 3IXJA 5P32A 5P5QA 5P6TA 2R5QA 1TCXA 5P2OA 3ZKQA 1HVCA 1KJGA 4ZEAA 2QNNA 3SM1A 1B6KA 5P4FA 4M8YA 1K6TA 3R4BA 5DPZA 5P1WA 3EM6A 5OZEA 4TRWA 1HOSA 4Y45A 4GJCA 2QD6A 4EXHA 4XKXA 3GGAA 5P1HA 4XXSA 4ZSMA 3UDHA 5ENKA 2QI3A 1M0BA 1EBKC 3RTMA 1ODWA 1APUE 4PYVA 4Y5LA 5P5FA 1B6JA 4PPHA 3BVAA 1GVXA 2FXEA 4Y4AA 5P4SA 5P3ZA 2G21A 3DV5A 3UQPA 4Y3WA 5OYUA 2AVOA 2FDEA 5OYXA 2BKTA 5HDZA 3K5CA 3OUCA 5P0PA 5COPA 3GI0A 1GVWA 4EP2A 4Y4EA 5P17A 3QROA 4OC6A 2PWCA 3EKYA 1ODXA 1IIQA 5P5CA 5P7ZA 5P2WA 2QD8A 1Q9PA 2AOHA 3TPRA 4LHHA 3VEUA 4F76A 5P1FA 3SPKA 2IQGA 3D91A 2AZBA 3PI5A 4H3FA 5E5JA 1K6PA 5P4RA 4LXAA 4Y3QA 4GJ9A 1MRXA 3T7XA 5DR7A 5OYWA 3RTHA 3S2OA 3S45A 1F34A 3O9LA 5P0AA 1IZEA 3TTPA 5OZYA 3ZPSA 5OYYA 2OF0A 4GJBA 1FF0C 2NMYA 3OU3A 1AM5A 3PRSA 4Y57A 1EC3A 3BUHA 3S53A 3WZ7A 2BQVA 3UQUA 2R3TA 4B1CA 1UH8A 2F80A 4EPJA 5IVRA 3NDUA 3EKQA 1G0VA 2VIJA 3VYDA 4YDFA 5P6MA 4NPUA 5P8JA 3CIBA 2VS2A 4Y5AA 3KFPA 5IVSA 1U8GA 4KE0A 5P3RA 1FMUA 4Y3SA 2PSUA 5IE1A 3OXCA 4FM6A 5P4AA 1RL8A 1NPAA 5P6ZA 3QI1A 3O9BA 4FGXA 1HPVA 2AZ9A 1FKNA 4Y51A 4Z4XA 4I10A 3IVHA 4Q1XA 1TSQA 3UQXA 5DQ1A 2NXLA 5P81A 2FMBA 1SP5A 2PH8A 3BHEA 3O9GA 2XFJA 1KZKA 2HC0A 1HVSA 3NXNA 5OZ5A 1IDAA 5DR3A 4I0FA 2PC0A 1EBYA 3O9IA 5P5VA 5KR8A 4Y6MA 3JW2A 4YOBA 4HA5A 4I8ZA 4PZXA 5P3SA 2QK5A 5AH6A 3VV6A 5P84A 2V16C 1EEDP 3IVIA 4TVGA 2HIZA 5P8BA 1HRNA 4FLGA 2BPXA 5P6XA 1D4IA 4ZSRA 5P3OA 5P2XA 2Q3KA 3OUAA 2QI7A 2QMPA 4CPXA 4HDFA 6FIVA 1TSUA 2Q54A 5OYQA 3KFNA 1B6LA 1SGUA 5P2CA 1Z8CA 3OADB 4YHQA 2NMZA 5P2DA 3TOGA 3DUYA 5P89A 2R8NA 3URIA 4DFGA 5P1OA 4DVFA 4ZPFA 5P76A 1B5FA 3TLHA 5P47A 2ZJLA 1XL5A 4OBDA 5P61A 5P0BA 1ZP8A 3O9AA 5P0CA 4Y44A 3ECGA 4YD7A 4M8XA 1EC2A 3B80A 5P03A 1C6XA 5P74A 3H0BA 5T4SA 2BB9A 1ZJ7A 4Y3RA 5DQ5A 1HTRB 1GVTA 5P2ZA 5P6RA 3T7PA 5EZXA 3MSLA 5P77A 1HPSA 1HHPA 3L5DA 2O4LA 1META 5P2VA 3KN0A 4Y4UA 3VF3A 4CPSA 5P2KA 4RCEA 1AJVA 3EM3A 4A6BA 1KJ7A 5I3XA 3CYWA 5P7OA 3N4LA 5KQFA 5OZAA 3EKVA 3MWSA 3UF3A 5P7TA 1YG9A 3DM6A 2H6TA 3L38A 4Y5MA 2I4QA 1E82E 4H1EA 3QAAA 5P5JA 5TOLA 4HEGA 3CKRA 3PHVA 1D4SA 2BPZA 4QGIA 5OZKA 2ASIA 4H3JA 1XE5A 4B70A 1EPLE 3FIVA 5P0RA 5P49A 3EKXA 3INEA 5OZWA 1MVPA 5OZDA 2B7FA 2AVMA 2PSVA 5P8GA 3GI6A 1BDQA 3BC4A 4YBFA 2QD7A 4DV9A 9HVPA 5HE4A 5SY2A 1EPQE 2Q63A 4D88A 3NLSA 2QI6A 4J1IA 2Q5KA 3HBOA 3UDPA 3FSMA 3ZKMA 3NWQA 4YD5A 3D1XA 2HPFA 5P00A 3S54A 3OGQA 2ZDZA 4CP7A 4Y4TA 7HVPA 3LNKA 4Y58A 5P7FA 4FE6A 3UDRA 1IDBA 4PEPA 2QHYA 4JP9A 2V0ZC 5P6KA 3KYRA 2FIVA 4LXMA 3PWWA 3FV3A 5P7BA 3C9XA 5P2EA 4EXGA 5OZPA 5OZRA 4GIDA 1GVVA 4Y5CA 5P7IA 2QI5A 1FLHA 5P36A 3UDQA 4D85A 4R92A 3WZ8A 2OHKA 5P86A 1DIFA 5P8IA 3UQWA 4EYRA 3PM4A 2WECA 5P1EA 1BXQA 1HEGE 1K6CA 2I0AA 3MSJA 1EPPE 5P5YA 4QJ2A 3EBZA 4DPFA 4Y9WA 4D83A 1HVIA 2RKFA 5OZ1A 1D4LA 1DMPA 2CEMA 1E5OE 3UDJA 2PSGA 3OADA 1T7KA 4L1AB 5COOA 3RVIA 5P54A 2F8GA 2NPHA 4J1HA 5P8QA 5P4UA 3UDYA 5OZ0A 5OZSA 4NKKA 1GNNA 5P1GA 1MT8A 4RLDA 2RSPA 4GJ7A 3R0YA 2P3BB 5P2UA 4Y38A 3ST5A 4L7JA 1K1TA 5P0KA 3PSGA 3EC0A 1FB7A 3N3IA 1WBMA 4XX3A 1LF3A 2HS2A 1PSNA 4MC2A 3H5BA 1T6GA 5P5XA 3PSYA 4J0TA 4Y41A 5P3LA 4DI2A 2QHCA 5P0ZA 1SH9A 4B1DA 1LZQA 1W5YA 2QZKA 5BS4A 3LITA 4ZLSA 4Y4BA 4RRNA 5OZGA 5P13A 5P73A 2AIDA 2OHUA 1XE6A 1IVQA 4RRSA 5OZLA 2WJOA 2AZCA 3NU3A 5P4ZA 2WL0A 3BRAA 4Y5PA 1APTE 2ER9E 1HIVA 5P3FA 3T11A 4FAEA 3OHHA 5P42A 5P3AA 4QJ6A 3UFNA 1CPIA 2F3KA 5P64A 5P7EA 4FRKA 4Q1WA 4EJKA 4FS4A 2ER6E 5P3KA 4GJ8A 5AGZA 4Y5NA 5CLMA 5P80A 5P67A 5AH9A 3SFCA 2JJJA 5P8LA 4J1EA 4R5NA 5P34A 1APWE 3I6OA 4R95A 5SXNA 3L3AA 2ZJNA 2I4XA 5P5SA 2FNTA 3LZVA 5DQ4A 3RU1A 4I0ZA 5P6CA 5P52A 2ZHTA 3OXWA 1MUIA 5P0VA 3VSWA 3TPJA 3BVBA 3U7SA 1TW7A 2ZJHA 5OZHA 5P4PA 2VKMA 1FIVA 4EJ8A 5CONA 2O4KA 1C70A 3NUJA 2CEJA 4Y3GA 4NJUA 3NUOA 4I0JA 5P3VA 5P2TA 4QLHA 2FLEA 3FNUA 3IXKA 4B00A 4LBTA 2O4PA 3OGPA 4F75A 5P3NA 5P07A 2R3WA 3ZKIA 2I4UA 2Z54A 5P0DA 4H3IA 2VNNA 1EPME 5P25A 5P6OA 3D1ZA 1FMBA 1BWAA 4DJQA 1IBQA 1HTFA 5P48A 1DW6C 5B18A 1W6IA 3ER3E 4RROA 5OYTA 5KQXA 3NDWA 3KMYA 4QJ8A 1MSNA 5AHAA 4DQBA 4KUPA 3ZKNA 5P2GA 4OBKA 2IKOA 1PFZA 4L1AA 3DK1A 2IDWA 1HVHA 3SQFA 3GGVA 3ZLQA 2P3BA 3OXXA 4J54A 4RYCA 5OYSA 5P7CA 4YD4A 1CZIE 3LZYA 5ER1E 2A1EA 5P33A 4Y4GA 4L7HA 5P3XA 4DJOA 3NR6A 3OQ7A 2WF3A 4RVXA 3LHGA 5P02A 3GI4A 4J0ZA 2JXRA 3MSKA 4MC1A 4Y5GA 1NH0A 1B5FB 5P59A 5P65A 3EL9A 3EXOA 1K6VA 4LAPA 3APRE 3S43B 5PEPA 2R38A 3KT5A 4YOAA 5P6AA 4DJPA 5JFPA 5P3HA 5P79A 3CMSA 3VLBA 3S7MA 2OHSA 4NJVA 3SA7A 3HW1A 5P2LA 5OZNA 5P1JA 1EPOE 2WF0A 2NXMA 2AOEA 5P23A 4J0YA 1ODYA 5UPJA 4Y3ZA 3VLAA 1EC0A 1HWRA 4WTUA 5P4IA 2QZXA 3EKPA 2IS0A 2I4VA 5P7UA 2NNKA 5P8AA 4Y3HA 5J25A 3K4VC 5P6IA 3L58A 4U7VA 1FG6C 5OYZA 3Q3TA 1HVLA 1W51A 2QI4A 2G1SA 2O4NA 3QS1A 3BGBA 5P4EA 1EBWA 5P5NA 5P7GA 4DJUA 4FAFA 5KOSA 5P4CA 2BPYA 4DJXA 1EBZA 3I2LA 2PYMA 3SKFA 5P0TA 3VUCA 4A4QA 5P5EA 1TQFA 5P3WA 5P72A 2XYFA 2BKSA 2EWYA 4Y3EA 3S85A 5P5PA 2PYNA 3OU4B 1KJ4A 3NWXA 1MRWA 4I8WA 3L5CA 1NPVA 2JYSA 3NSHA 4I12A 2ZHVA 2VIZA 4RVIA 4CPTA 5P4VA 3ZKSA 1HIHA 2UXZA 4HZTA 5P8VA 4YCYA 5P6DA 2I4DA 4KE1A 1F7AA 2QHZA 1GKTA 5AHBA 1NPWA 3O9CA 2B42A 5P5HA 4MC9A 4GB2A 4Y5BA 2HM1A 5P75A 2P3CA 2QU2A 1T6EX 3PBZA 3NDTA 1ZTZA 2VJ7A 3HAUA 5EZZA 5OZ2A 5P0WA 2AVSA 3QN8A 3OOZA 5P2JA 5P7MA 5P2RA 5P5MA 1J71A 3VSXA 3IA9A 4J17A 1KJFA 5P0QA 1RV7A 2HB3A 2OHQA 3UDMA 3NU4A 4FSEA 1PPME 1B11A 5P1SA 4CPWA 3QRSA 4GJ6A 2P3DA 1SIVA 4RCFA 1MT7A 4DH6A 1RNEA 2AODA 5P8OA 1M43A 5P1UA 2IRZA 5P85A 4L7GA 4RVJA 3WSJA 1MIQA 1MESA 4FM8A 3ZL7A 3JVYA 4Y53A 3LPJA 4ER1E 4Y4XA 5P1LA 3QPJA 3WB4A 1K2CA 3PCWA 4Z22A 3K4VA 5P53A 5P0UA 5KQYA 5FIVA 2ZJKA 3S43A 2A4FA 2G24A 5P3EA 1CMSA 4Y50A 5DR8A 5P51A 4B05A 3LPIA 1YTGA 4LC7A 2Q15A 5P4WA 4J55A 3TKWA 4FRSA 3OQAA 3URLA 3RSXA 3S8IA 1QBTA 5P0FA 1BBSA 3EL0A 5P5GA 5P12A 3FX5A 2OHRA 1G6LA 5P1KA 1FQXA 1WBKA 5P8PA 5OZJA 1YTHA 3SA9A 5P1CA 3OY4A 1BV9A 3L5FA 3LIZA 2AZ8A 5P63A 5APRE 3VFBA 1OHRA 2G27A 1C6YA 3DCKA 3QVCA 3O99A 3F9QA 3OQFA 4OBGA 3TPLA 5P1YA 5P04A 4I0DA 4K9HA 2AOGA 2BPVA 3SKGA 4DJWA 4HE9A 1QBUA 5KR1A 2CENA 5P1MA 3DCRA 4J0VA 4WY6A 1PPLE 5P3TA 3LINA 3Q70A 5P3BA 5P22A 4B72A 3PMYA 1PROA 4APRE 3OU4A 2BJUA 1KJHA 5P50A 1W5WA 3IN4A 1T7JA 4N00A 1FEJC 3OAGB 4ZSPA 3PJ6A 5P66A 1AXAA 3OHFA 3SACA 1LYAB 4S1GA 3QP0A 4Y3JA 3UTLA 1XN2A 3NDXA 3AUPA 1QRPE 1DPJA 5P27A 5P46A 5P1DA 4JPCA 5OZFA 1BVEA 5P2YA 3KF0A 4Y47A 2ZJIA 1EC1A 5P69A 3HVGA 4Q1NA 3T7QA 3VYFA 5P3GA 4QJ9A 3OTYA 7UPJA 3SA3A 5P41A 4HLAA 1MSMA 5P6UA 3VFAA 2F3EA 2Q11A 4CPQA 5HE5A 5P57A 5P6EA 5HCTA 4K8SA 1YM2A 2OHPA 2XYEA 3PMUA 5P29A 1LEEA 5P6QA 1QBSA 1ER8E 4ZPGA 2FGVA 3PSUA 2FGUA 5P83A 3GGUA 2P3AA 5OZVA 4B78A 3R2FA 2F81A 4I1CA 2QNQA 2AOFA 4B0QA 3Q4BA 2VJ9A 2HPEA 1HVJA 1T3RA 2XFIA 1IZIA 4AA9A 4I0EA 4E43A 1HSGA 1YM4A 2OHMA 2V12C 5P7DA 5P6YA 5P10A 5P8FA 4QJAA 4QJ7A 5E5KA 1GNOA 3UDNA 5P5RA 4Y3FA 5P6GA 5ENMA 3VCMA 4Y56A 5P1RA 5P09A 5P1BA 1OEXA 5F01A 3K1WA 5P0MA 5P0XA 4NJSA 5OYVA 2WHHA 1D4YA 4Y4ZA 2IL2A 4LP9A 1HIIA 5HCOA 3G6ZA 5P3JA 4OD9B 2WEBA 4HDPA 5OZZA 3HLOA 3LZSA 2G1YA 5JODA 1E81E 1FMXA 5P5OA 4OBHA 1SMEA 5P0GA 2HS1A 5P30A 1RQ9A 5P37A 5P01A 1AVFA 5AH7A 2VIYA 4FM7A 5OZ8A 4R93A 4ER4E 2G69A 3K5DA 2FDPA 2QAKA 3EKWA 1EPRE 2BBBA 2G26A 4BFBA 5C9FA 1FFFC 3SA5A 1QBRA 1HSHA 4YBIA 5OZIA 3EL5A 4YCTA 5P45A 5P3IA 5P7JA 3SABA 1AJXA 5OZ3A 5HU0A 3KDBA 3SA4A 2V11C 1FQ4A 4ZPEA 5AH8A 2G20A 4CKUA 3A2OA 1AIDA 1B6PA 1AZ5A 3GGXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  3KDD A;  3UQR A;  4LL3 A;  4EHC A;  5DGW A;  5IVT A;  5SY3 A;  1A8K A;  3IXJ A;  5P32 A;  5P5Q A;  5P6T A;  2R5Q A;  1TCX A;  5P2O A;  3ZKQ A;  1HVC A;  1KJG A;  4ZEA A;  2QNN A;  3SM1 A;  1B6K A;  5P4F A;  4M8Y A;  1K6T A;  3R4B A;  5DPZ A;  5P1W A;  3EM6 A;  5OZE A;  4TRW A;  1HOS A;  4Y45 A;  4GJC A;  2QD6 A;  4EXH A;  4XKX A;  3GGA A;  5P1H A;  4XXS A;  4ZSM A;  3UDH A;  5ENK A;  2QI3 A;  1M0B A;  1EBK C;  3RTM A;  1ODW A;  1APU E;  4PYV A;  4Y5L A;  5P5F A;  1B6J A;  4PPH A;  3BVA A;  1GVX A;  2FXE A;  4Y4A A;  5P4S A;  5P3Z A;  2G21 A;  3DV5 A;  3UQP A;  4Y3W A;  5OYU A;  2AVO A;  2FDE A;  5OYX A;  2BKT A;  5HDZ A;  3K5C A;  3OUC A;  5P0P A;  5COP A;  3GI0 A;  1GVW A;  4EP2 A;  4Y4E A;  5P17 A;  3QRO A;  4OC6 A;  2PWC A;  3EKY A;  1ODX A;  1IIQ A;  5P5C A;  5P7Z A;  5P2W A;  2QD8 A;  1Q9P A;  2AOH A;  3TPR A;  4LHH A;  3VEU A;  4F76 A;  5P1F A;  3SPK A;  2IQG A;  3D91 A;  2AZB A;  3PI5 A;  4H3F A;  5E5J A;  1K6P A;  5P4R A;  4LXA A;  4Y3Q A;  4GJ9 A;  1MRX A;  3T7X A;  5DR7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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