3QPJA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qpjA00
2OHUA 3LPJA 2WKZA 5P2EA 3O9DA 4IVTA 5P3GA 2V13A 2G26A 1HVHA 5P3LA 2IENA 5P7BA 1BDLA 3D91A 2FNTA 3PCWA 5DR4A 3LZUA 2RENA 5P7ZA 2VIYA 3B80A 2AQUA 1VIKA 5P5WA 5E5KA 3H0BA 5P02A 2WF3A 4BFBA 1ODWA 4Y37A 3S45A 5P2OA 3B7VA 4RVXA 1YM2A 2OHQA 3UQPA 2AZBA 3ZKQA 2A4FA 5P74A 3UQXA 4GYEA 5AGZA 5OZUA 2VNMA 5P5AA 5P25A 5OZ6A 3UF3A 4B1CA 3O9BA 5P46A 4LXMA 5ENMA 5OZVA 5P0XA 3EC0A 5P7NA 1W50A 3GGXA 4NPUA 1MSMA 3LIZA 3VCMA 4HVPA 3EL0A 4Q5MA 3URJA 2SAMA 5DQ4A 5P1FA 4I10A 1HVCA 3UFNA 4HLAA 1T3RA 5HDUA 4GJ8A 3FSMA 1BWAA 1BWBA 2PSUA 5P7DA 5P1VA 4YD3A 5P1TA 4H3FA 5P8NA 1M0BA 5OZ4A 1XL2A 2QMFA 4OBJA 4Y3MA 1Q9PA 4I0FA 1MTBA 5P61A 2WF4A 1EPQE 5P2JA 5P6FA 4TRZA 4PPHA 5P0HA 2Q54A 3GGAA 5P58A 5P37A 4Y51A 4JECA 4A4QA 2QI5A 4Y3HA 3KFRA 4PHVA 1HVIA 1W6IA 3UQRA 5KOSA 4X2LA 2QHYA 2HS1A 3PWMA 4EQ0A 1M43A 1MT8A 2ZHSA 2QMGA 3PI5A 3K4VC 4ZPEA 2IKOA 4OBFA 3M9FA 2BPYA 2G24A 5SXNA 4FCOA 4U8WA 3AUPA 2G20A 5OYYA 5SZ9A 5P8PA 1TZSA 2OHNA 4I0EA 5OZHA 4EQJA 4Y3XA 4D83A 2G1OA 1K6TA 4LL3A 3NR6A 1EBWA 3O9EA 1EC3A 5P3RA 1HOSA 4J0PA 5P28A 3OUDA 3O9FA 5P66A 5P4QA 3OTSA 1TSUA 3IVIA 3QP0A 4GJ7A 5P7PA 1T6EX 2J9KA 2J9JA 1EPNE 3CYWA 4FS4A 3O99A 2O4LA 2ZJJA 6UPJA 4QGIA 2V16C 3TPRA 3L5FA 4Y3EA 1D4HA 2NXDA 1YX9A 5P3PA 1LF4A 2FGVA 1NPWA 2NMZA 5P60A 4CPTA 4R8YA 5P11A 5P8GA 4J5JA 4RVIA 5P17A 4RRNA 5P5OA 1HXBA 4I1CA 5P7XA 2FLEA 5HE4A 5P2QA 3ST5A 2AVVA 2Q11A 3GI0A 3EBZA 5P41A 1MTRA 1HIHA 2A1EA 3OTYA 2QP8A 4YD6A 3LITA 2G21A 4RLDA 3UPJA 1U8GA 2IL2A 3QAAA 3TPJA 3T11A 2PC0A 2R9BA 3OU4A 3VFBA 4I0HA 1HEGE 4Y50A 4EHCA 4CKUA 4U7VA 5P1DA 1HHPA 2O40A 1HVJA 5AH8A 1ZP8A 3UDYA 4EPJA 5P5XA 1E5OE 3OGQA 5P6DA 2QNQA 2FMBA 1WBKA 5P8KA 5C9BA 4Y5GA 1A9MA 5KAOA 3U71A 2HC0A 3EKWA 1E82E 2P8HA 3S7MA 5P27A 5P04A 1DW6C 4YBIA 1F34A 4DFGA 1B5FA 2WEDA 3O9LA 2RMPA 1HPXA 1HBVA 2ASIA 5P1ZA 3HDKA 5KR0A 2AOIA 5BRYA 5P7YA 2QU2A 2ZE1A 1BDRA 4OBZA 5P1QA 5P4NA 2IKUA 5KQZA 3KFSA 1ZSRA 3VG1A 5P23A 4NJTA 1FQ4A 1PSOE 5P68A 2G22A 2QI3A 5P2IA 1FLHA 3EL4A 5P4AA 3T6IA 1IZDA 1QS8A 5I3WA 4Y44A 3TH9A 4EWOA 3IAWA 3GGVA 5P86A 1BIMA 1ZSFA 4FM8A 2I4WA 3L5DA 5P8OA 1CPIA 3EM3A 1B11A 5OZQA 1D4LA 5P8RA 1HTGA 5P15A 3ZLQA 5P8LA 4L1AB 1FQXA 5EZZA 5P6BA 4Y53A 5P8QA 5T4SA 5P7EA 3KDBA 5CLMA 2V0ZC 4LXAA 3BVAA 1HEFE 4I0IA 5P3VA 2XFKA 5P06A 4Y4DA 2I0DA 5P2NA 5P2ZA 3PSGA 3RTNA 1B6LA 3QIHA 3BGBA 3EKTA 1AAQA 3R1GB 4YE3A 3OK9A 2VJ6A 2PYNA 4Y4WA 4DJVA 2BPWA 3Q5HA 4BFDA 1OEWA 5P05A 3TLHA 5ENKA 4DJXA 1GVTA 4FLGA 4Y5CA 5OZ0A 5OZGA 3S56A 4YCYA 4B0QA 1HVRA 3NXEA 2F8GA 2OHPA 3OHFA 2UY0A 2AOHA 5P73A 2WHHA 2Q5KA 3EKYA 5COPA 4Y3ZA 5OZPA 1W5VA 3PM4A 5OZAA 4Y43A 5P0EA 1IVPA 5ISJA 1OD1A 3OXCA 1EPPE 3JW2A 3KFPA 5P5LA 5OZSA 3PMUA 5P4XA 3VEUA 4QJ7A 4NPTA 5P4JA 4I0GA 3IA9A 3LIQA 2I4XA 4DQCA 1AJXA 5P4DA 1TCWA 4J0YA 5AHAA 1RL8A 5DGWA 5PEPA 2BB9A 5P14A 3ZL7A 1BDQA 2QZKA 4DPFA 3LHGA 1IZHA 5OZIA 5I3YA 4Q1XA 4Y5KA 5P2RA 4ZSPA 3TTPA 5P5PA 6APRE 3L38A 3WSJA 1IZIA 2QI4A 2VJ7A 3VUCA 4RGHA 1CZIE 3OADB 2WF2A 2JYSA 4FE6A 5P1GA 4Y9WA 5HD0A 1EBKC 3ER5E 2CEMA 4PZWA 2BPVA 1NPAA 3WB5A 5HDXA 2ZJNA 5P2FA 4U7QA 3DOXA 5P1AA 1HTFA 1YTIA 3ECGA 3MXEA 2EWYA 1SDTA 5P8JA 1PFZA 4R95A 5IVSA 5P4UA 3HVGA 2RKFA 3UTLA 3SAAA 1GNNA 3OOZA 4Y35A 1IBQA 3QI1A 5CONA 2BBBA 5P5YA 4DQHA 4EP3A 3S53A 5P6NA 4DUSA 3RVIA 1C6XA 2QCIA 5P32A 1QRPE 2FIVA 3QVIA 3VFAA 1HSIA 3QROA 4MC9A 5P77A 4QJAA 1AZ5A 4TVGA 1HPSA 5P3KA 1LYWB 3SM2A 2G27A 4FGXA 1IVQA 5P0LA 5P8IA 5P8EA 1ZLFA 3FNUA 1A8GA 5P0TA 1G0VA 7UPJA 3NDWA 4LBTA 1EPRE 2VJ9A 4FRSA 3KA2A 4FM7A 4D89A 1MT9A 5SY3A 2PK6A 4CPSA 4ZPGA 3OU1B 3S43B 4Z22A 1RV7A 3BHEA 5P5SA 1LYBB 3CIBA 3KDDA 5P0JA 5P84A 5P2YA 4Z2ZA 1IDAA 4J1CA 1HXWA 4Q1WA 4L6BA 5P16A 4YD7A 2I4UA 3OQKA 3O9HA 1KJ7A 3CKTA 3BUHA 1HIIA 3SA6A 5P2UA 5DQCA 4MC1A 4EJKA 2F3FA 5P38A 1LF2A 3G70A 2QAKA 2XFIA 5HVPA 1LS5A 3TNEA 3N4LA 5HDZA 5P6MA 4YA8A 3TPLA 5P3JA 3NXNA 1FQ5A 1NSOA 2FNSA 5P0AA 3R2FA 1BILA 3OUCA 5P65A 1FMXA 4H3GA 2ZHTA 5P2TA 3T7PA 5TOLA 3U7SA 3C9XA 3PWWA 1DMPA 4HE9A 3SPKA 5P09A 3K5GA 4R5NA 1MT7A 3QRSA 4RCDA 3VF5A 5IE1A 5P6VA 2FDEA 5P71A 2HPEA 3EKPA 4Y4UA 3GI6A 5P75A 1FMBA 2O4KA 5OZ3A 4ZSQA 2VA6A 3TPPA 2XYFA 3IXOA 5P0OA 3QN8A 4K4QA 1BAIA 1FQ6A 5P76A 4Y3YA 1QDMA 4RZ1A 1SP5A 5P87A 1NPVA 5F01A 4B77A 5P7KA 4K8SA 4DQFA 5P54A 3LPKA 2Q15A 3BUFA 4I12A 5P0IA 3Q6YA 5IVQA 3UCBA 3D1YA 5P8HA 2G1RA 3NDTA 4GJ6A 1MESA 2IGYA 1SIPA 1PPLE 4Y3QA 4Y41A 1RPIA 3IGBA 2QD6A 1GNOA 5FIVA 5P8TA 1EPOE 5P6UA 5DPZA 5OZ5A 5P3FA 5AH9A 4RRSA 3RSVA 3NU6A 2ZGAA 4Y3AA 3PGIA 3HZCA 4L7HA 4AA8A 3NSHA 2V00A 2F81A 4Y4BA 4L1AA 4NJSA 2ZYEA 4FM6A 4QJ2A 1G6LA 4I8ZA 4FL8A 3O9CA 2I4QA 3UDRA 5OYXA 3FKTA 1LF3A 4B1EA 2VA5A 1B6KA 5KQFA 3LIXA 3CIDA 4DV9A 3DCRA 4LC7A 5P3XA 1PSNA 5P0FA 5P5JA 3TL9A 3I25A 2IS0A 4TRYA 5P7AA 4IVSA 3O9AA 4Y5MA 3UDPA 3QPJA 1T7KA 2Z4OA 4RCFA 5P0ZA 3APPA 5P85A 5P49A 5P59A 2AOCA 5P1MA 5P8BA 3ZKMA 1Z8CA 4Y3TA 4XX4A 3SA5A 3S2OA 2H6TA 1ZBGA 2R5QA 3GW5A 1C6YA 3L3AA 1ZJ7A 4H1EA 5JODA 4B00A 3L59A 1F7AA 4YD5A 1HVLA 1FFIC 1DIFA 5P36A 1SIVA 2IGXA 1QBUA 5HCOA 2QMPA 5P1YA 5P0SA 1IZEA 1D4IA 4K4PA 3UQWA 4F75A 5DQ5A 4Y3DA 5OZFA 3NUOA 2QNPA 2G94A 5P01A 1FF0C 1YM4A 1NH0A 5P8DA 3L5BA 5P3HA 5P0VA 2P83A 5P2KA 4J0ZA 5OYQA 3G6ZA 4Y45A 1MPPA 2AOJA 5P6HA 3WZ7A 4Y4GA 2I4DA 4EJ8A 3FNSA 1GVUA 5P03A 5P7QA 3ZPSA 3OADA 5P3SA 2VKMA 5APRE 5P8CA 1MRWA 2O4NA 4I0JA 4J1KA 3KMXA 4EJDA 1MSNA 2OHRA 3VF7A 4HDFA 5AH6A 4F74A 1RNEA 5OZEA 5P63A 2G1NA 2AZ8A 1FQ7A 5P3EA 3BXRA 1YG9A 2Z54A 2QHCA 3OXWA 2I4VA 3OY4A 5I3XA 5P0BA 5IVTA 3CICA 2OF0A 4WTUA 1W5XA 2HB4A 3KT2A 2AVMA 3I8WA 4X7IA 4GJDA 2PSGA 3EM6A 3SA7A 5P5TA 2PYMA 4GJCA 1QBSA 3UHLA 4J1IA 5P50A 4Y4TA 5P5NA 5P6QA 1HPOA 2QMDA 3FIVA 2HS2A 2QHZA 4DQGA 1B6PA 1ZAPA 2O4SA 2RSPA 3FNTA 2IDWA 4FSLA 1LYWA 3LZYA 4LP9A 3BVBA 3ZPTA 1FMUA 3PCZA 4FAFA 3UDMA 3INFA 3OXVA 4FRJA 5COOA 5KR2A 1FQ8A 5P45A 1KJ4A 2ZHVA 4DJYA 4Y4AA 2BPXA 5P20A 4J0VA 2HB3A 5P10A 3INDA 4NJVA 4CP7A 5P3IA 5KR8A 3OQDA 5P5UA 3WZ8A 3ZPUA 4KE1A 3OQAA 5P0WA 2ER9E 5COKA 3OU1A 3S43A 1E80E 5P2VA 1YTGA 1LYBA 5P5ZA 3JVYA 4D8CA 1FG8C 4Y4EA 1AIDA 5P1CA 3D3TA 5P6AA 2F80A 1YT9A 1C70A 2ZJMA 5P67A 3R4BA 5P4VA 5OZOA 2FDPA 2AZCA 3KDCA 5P6EA 3PLLA 5DR1A 3L5CA 5P7UA 2PSVA 2FDDA 3ZKSA 4KB9A 1K1TA 5AHCA 4HZTA 4Y6MA 2HM1A 2PQZA 4MC2A 3SA4A 5P8SA 4Y3SA 5P07A 2WF0A 2Q3KA 5P0DA 1BXQA 4AUCA 1MIQA 3O9IA 5P2XA 5P1XA 5JFPA 3QRVA 3DV5A 5P8UA 2ER6E 1K2BA 3LNKA 5P70A 3IXKA 2BKSA 4Y5NA 1MRXA 4OBKA 5SY2A 4D88A 5P33A 4RYGA 5KQYA 3EL9A 1QBTA 5P4CA 5P4FA 4H3JA 5UPJA 4DJQA 3IXJA 3T7QA 5P8AA 5P26A 1EC1A 4XXSA 4GIDA 5P6CA 5P8FA 4EXGA 5P1LA 2I0AA 5P2MA 4K9HA 5P18A 3K1WA 1OEXA 2PH8A 4RVJA 5P53A 5P4BA 4FRIA 5P1SA 4TRWA 3PSYA 5P7CA 5P4GA 3SKFA 2AVOA 1W5WA 5KQXA 4PYVA 3NU3A 2QI0A 1UH7A 3OU3A 4Y3JA 5P35A 5OZBA 4J1EA 3UDQA 3MXDA 2P3AA 3EL5A 4YOBA 3R0YA 5P4OA 4L7GA 5P2GA 2AOGA 4DJPA 2R3WA 2AZ9A 1FIVA 4M8YA 3LIVA 3MWSA 3QRMA 1HVSA 5P5DA 3GI4A 3OUAA 3SA9A 1EBZA 3NWQA 3SABA 3UDJA 1MVPA 4QJ6A 1HTEA 3I6OA 4DPIA 3TOFA 3U6AA 2WEZA 4KE0A 2BKTA 3BUGA 2VIZA 3IVHA 3I2LA 3KYRA 5P0QA 4H3IA 5P6YA 5HE7A 5P0CA 5P6GA 3UDHA 1APWE 3SA8A 4CPXA 2CENA 3EM4A 4N00A 4I0ZA 2HIZA 1IDBA 5P6RA 4RYCA 2AIDA 3I7EA 4Y3GA 3UQUA 1SH9A 5P0MA 4JPCA 3PBZA 4LHHA 1J71A 4WY1A 2VNNA 3LZVA 5DQ1A 1XL5A 3S8IA 4GB2A 4ZE6A 3VV8A 1HPVA 1META 2G1SA 4S1GA 1EBYA 4OBDA 1FKNA 2PH6A 5P43A 2QZWA 1EPME 2P3DA 3VSXA 2NXMA 5AHBA 1DP5A 1AJVA 3QBFA 2WF1A 4KUPA 1D4KA 1BVGA 5OZXA 1GVVA 4I0DA 5P4HA 4GJ5A 1AM5A 3IN4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHU A;  3LPJ A;  2WKZ A;  5P2E A;  3O9D A;  4IVT A;  5P3G A;  2V13 A;  2G26 A;  1HVH A;  5P3L A;  2IEN A;  5P7B A;  1BDL A;  3D91 A;  2FNT A;  3PCW A;  5DR4 A;  3LZU A;  2REN A;  5P7Z A;  2VIY A;  3B80 A;  2AQU A;  1VIK A;  5P5W A;  5E5K A;  3H0B A;  5P02 A;  2WF3 A;  4BFB A;  1ODW A;  4Y37 A;  3S45 A;  5P2O A;  3B7V A;  4RVX A;  1YM2 A;  2OHQ A;  3UQP A;  2AZB A;  3ZKQ A;  2A4F A;  5P74 A;  3UQX A;  4GYE A;  5AGZ A;  5OZU A;  2VNM A;  5P5A A;  5P25 A;  5OZ6 A;  3UF3 A;  4B1C A;  3O9B A;  5P46 A;  4LXM A;  5ENM A;  5OZV A;  5P0X A;  3EC0 A;  5P7N A;  1W50 A;  3GGX A;  4NPU A;  1MSM A;  3LIZ A;  3VCM A;  4HVP A;  3EL0 A;  4Q5M A;  3URJ A;  2SAM A;  5DQ4 A;  5P1F A;  4I10 A;  1HVC A;  3UFN A;  4HLA A;  1T3R A;  5HDU A;  4GJ8 A;  3FSM A;  1BWA A;  1BWB A;  2PSU A;  5P7D A;  5P1V A;  4YD3 A;  5P1T A;  4H3F A;  5P8N A;  1M0B A;  5OZ4 A;  1XL2 A;  2QMF A;  4OBJ A;  4Y3M A;  1Q9P A;  4I0F A;  1MTB A;  5P61 A;  2WF4 A;  1EPQ E;  5P2J A;  5P6F A;  4TRZ A;  4PPH A;  5P0H A;  2Q54 A;  3GGA A;  5P58 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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