3QPJA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qpjA00
5P8QA 2G22A 2WF3A 4OC6B 3WZ6A 3L38A 4RCEA 5P17A 1SBGA 5P0JA 3QRSA 5P2SA 5P81A 4RRNA 3O99A 5P5QA 4CP7A 1MIQA 5P6UA 1WBKA 5P84A 2HC0A 2P3AA 5OZIA 1W5VA 2RKFA 4YCTA 4J1CA 5P31A 5P6IA 3MSKA 1FMUA 3IN3A 3UDQA 4XXSA 3SKFA 2VA5A 5KR8A 2B8LA 3RTHA 5OYQA 5KR1A 3KMYA 5P5HA 1EPOE 3CKTA 5P2BA 1F34A 1SIVA 3N3IA 1EC1A 5P4FA 4J5JA 1A94A 2SAMA 5P40A 4FL8A 4RLDA 4NPTA 2XYFA 2QNPA 4WTUA 5P4HA 5P75A 1D4YA 4N00A 5DQ1A 4NJUA 1YTIA 1C6ZA 4Y3PA 1BAIA 3PM4A 1TCXA 5I3WA 1A8GA 1APTE 4LC7A 3VF3A 4Y4UA 1IZEA 5P4YA 3PMUA 1G0VA 1M4HA 2O4PA 5P5IA 5P0UA 3ZPUA 5P5KA 5P07A 2HPFA 4D83A 3BHEA 1D4IA 4B70A 5P37A 4YOBA 1HSGA 3U6AA 4K9HA 3SKGA 2QHZA 1EBKC 5P8RA 4K8SA 2I4QA 3EKYA 1LS5A 3FIVA 3BRAA 4Y57A 5OYZA 2VNMA 5P89A 2I4XA 2Q63A 3OGQA 2P3BB 3CYWA 5P7DA 3O9IA 5AGZA 2WF1A 3EC0A 1BBSA 4Y4WA 3CICA 1BWBA 4EWOA 3LHGA 4J0YA 1GVWA 1D4LA 5P15A 2NMYA 3LZSA 5DR7A 4DQBA 2PMAA 3KDDA 5P1BA 4R91A 5P1NA 3B80A 3AIDA 3K4VA 2QD8A 2APRA 5OZEA 1DP5A 5P6CA 4EXHA 4FS4A 3TPLA 4CMSA 3QI1A 5ISJA 5P05A 4EJ8A 5P7VA 1TQFA 5P3EA 4OBGA 3LIVA 3TPJA 5P5VA 2QAKA 1ZSFA 3VCMA 5P1DA 3BUGA 3SA9A 5P69A 5P3RA 5P8DA 2R5QA 3FNSA 4I12A 1NPVA 1Z8CA 4GIDA 3WZ7A 3PBZA 5P5ZA 3LZYA 5BWYA 5P2UA 4I0EA 5P50A 1UPJA 3EKXA 3ZKQA 4GYEA 4UPJA 2Q15A 5P6AA 2XFIA 5OZ2A 4Y36A 2IKOA 1FG6C 2AVSA 2PK6A 3IVHA 3ZMGA 2IRZA 5P51A 4I0HA 3D91A 3UPJA 4FCOA 1MEUA 4DJXA 5P3YA 2XFJA 1MVPA 5P0AA 3EKQA 5P7SA 5P8VA 2I4DA 5P27A 4Y5MA 4RZ1A 5P6KA 4QGIA 4Z50A 2AODA 1OEWA 1QDMA 4GJAA 1APWE 2QMFA 5HE4A 5OZ1A 3F9QA 1KJFA 1TW7A 3G70A 5P7FA 3INEA 3LZUA 5P02A 3ZKMA 3OHFA 3S56A 3TTPA 1NH0A 4DFGA 1BV9A 3D1XA 3L58A 3QIHA 5P2EA 5CLMA 4R95A 4KE0A 4YCYA 3A2OA 5P77A 5P24A 2O40A 5P8JA 4EP3A 3QP0A 1MESA 3LITA 5P0QA 1HVKA 3MXDA 1MT9A 2OHUA 1FKNA 4D85A 2BB9A 2IGYA 4BELA 5P44A 2IL2A 3ZKXA 3S45A 3UDNA 5P22A 5CONA 4GJDA 1DMPA 4RYCA 5P5JA 4EQ0A 4FRSA 4Q1WA 3CKPA 3PSUA 2QCIA 5OZ0A 3EXOA 3FSMA 1HPOA 5OYXA 3OY4A 5IVRA 4NJSA 5P7BA 4Y48A 1GVUA 4IVTA 3VLAA 5P4QA 1LV1A 2QMGA 1VIJA 4Y4AA 3L59A 3RU1A 4DPIA 1CZIE 1FF0C 3QVCA 4U7QA 4Y3HA 2IDWA 2QI0A 2QU2A 4DQHA 4KE1A 9HVPA 4JOOA 2B7ZA 4LXAA 3U71A 1RPIA 4I0GA 5P66A 5P14A 3MSJA 2PC0A 4ZLSA 1EPPE 4J1EA 1LYAB 2ZE1A 5SY3A 1HEFE 2V0ZC 4I0IA 5P2CA 1K6TA 5P3IA 5P67A 2QI5A 3OAGA 5AH8A 2I0AA 2V00A 4AA9A 4GJCA 5P3NA 2R3WA 1AM5A 1SDUA 3LIXA 2QI1A 1TZSA 5P1GA 4XX4A 2FIVA 5P60A 1IZDA 4RGHA 2G27A 1SGZA 5DGUA 3B7VA 5OZWA 1FGCC 1NPWA 1ME6A 4OBDA 5P8GA 2F80A 5OZQA 5JODA 6UPJA 5EZZA 3D20A 1FQ5A 5P62A 3S8IA 1KJ4A 4CPQA 1WKRA 3HVGA 5JFUA 5P1PA 5P7AA 3ZKSA 3O9DA 3ZPSA 3OTSA 5P3PA 3VG1A 1IBQA 1K6VA 3MSLA 3O9HA 3L3AA 5P1OA 5P1EA 4DJPA 2XYEA 2BKSA 5DR1A 2QI6A 5P3ZA 2RSPA 4L6BA 5IS4A 4DUSA 7HVPA 2BQVA 3JW2A 3O9LB 4HA5A 5I3VA 3SA3A 5P49A 1FMXA 3TOFA 3CYXA 1APUE 4B0QA 2WECA 1HVRA 4CPTA 4FGXA 2OHSA 4J1IA 4F75A 4EHCA 4EQJA 3PBDA 3LIYA 4OD9B 3BVAA 4H3IA 3VUCA 5P0PA 5P8FA 4Y6MA 1Q9PA 3BXRA 4YOAA 4B1DA 3URJA 5P5UA 4Y3FA 5KQXA 4Y5KA 5DGWA 3IGBA 1BDLA 1EPNE 2BPYA 3S43B 4Y3YA 3SPKA 3TLHA 5P0DA 5P6HA 5P1HA 3R2FA 5OYUA 4XX3A 1FIVA 2FDPA 2HB2A 3TOGA 5P5AA 3OQAA 1AAQA 5PEPA 5P80A 1LF3A 1RL8A 2BPWA 5OZUA 1PSOE 4L7HA 5I70A 1T3RA 1ZP8A 3OXXA 1E80E 3PCWA 4XKXA 5HCOA 4Y3DA 1EPLE 4R93A 2G26A 4J0TA 1ZPKA 5P08A 3Q6YA 2O4KA 2HS1A 1GNMA 1VIKA 4M8YA 3NU3A 3GGAA 1T7IA 5P3QA 5P57A 1FQXA 1EEDP 2ANLA 1GKTA 1DAZC 2QD7A 3K5GA 3OTYA 7UPJA 4FSLA 4Y35A 3UDKA 3GGVA 4LXKA 5ER1E 3LPKA 5OZ4A 5P1AA 3EL4A 3IVIA 4I11A 3PWMA 5P1SA 5HTZA 3DM6A 1RQ9A 3QRMA 2WEAA 5P5GA 5P2IA 2QHYA 1HIHA 4R8YA 1LYBB 5P2QA 5OZ7A 5P0VA 3PHVA 4A6CA 4EXGA 2VIEA 5P68A 5P59A 5P5RA 3O9FA 3FV3A 3KDCA 5P4RA 5P7NA 3PWRA 4DV9A 2QMPA 2ZJHA 1HHPA 5AHCA 5P01A 1B5FA 4DPFA 4RVXA 1GNOA 1FFFC 2VJ7A 5P12A 4LBTA 1ZLFA 4Y3WA 3UDJA 5OZPA 3FKTA 3SA4A 3SABA 2HB4A 4K4RA 4DJUA 5P8MA 3UQRA 3KFPA 5P2AA 4EJLA 3VFBA 5P5CA 1HSIA 2AOEA 3SFCA 3KT5A 1B6MA 1FQ4A 5P13A 1UH9A 3FX5A 2HAHA 4FAEA 1AJXA 5P7EA 4DJQA 1GVTA 2V13A 5P3FA 4Y53A 5P1MA 1ZPAA 1META 3H5BA 5COOA 1T7KA 5P2XA 3QN8A 4APRE 3QROA 5P3CA 5BRYA 3APRE 2HS2A 5P65A 5P0CA 1C6XA 1W6HA 1SDVA 2VJ6A 5P53A 5P7MA 3SM2A 1BIMA 4YD7A 4Y4DA 2HM1A 3NUJA 5SXNA 1D4HA 5P4GA 2F81A 2NNKA 2WJOA 5P0KA 5HE5A 1MTBA 5P34A 1EC2A 1BWAA 1B6KA 5P04A 2WKZA 3BGBA 5P63A 5P4NA 1W5YA 3TL9A 5HE7A 5P0SA 1ODXA 3JVYA 3RSVA 1XL2A 4DJWA 5P8PA 1ZSRA 2ZHVA 4YD3A 4ZSMA 4LXMA 5P6GA 5AH7A 5DQ4A 5P2VA 2PQZA 4OBKA 3EL0A 4K4PA 5OZCA 3NSHA 2BPVA 5FIVA 2G1RA 4I10A 1W5XA 2F8GA 1YTGA 5P5EA 3KFRA 2G24A 3FNUA 3C9XA 5P47A 4Y4ZA 3GI5A 4HE9A 4H3FA 2AOHA 1NSOA 4NJVA 3EKPA 1BILA 5ENMA 5P1FA 2Q55A 5DQ2A 1HPXA 4CPXA 5P6OA 5P45A 4L7JA 5P36A 2AOGA 5P7PA 4YDFA 4Y4GA 2WEBA 5B18A 2ZJIA 5P5PA 1HVCA 5OZTA 5P3OA 4RROA 1EPRE 5P5LA 4TVHA 1ZTZA 5P2TA 4YDGA 4OBZA 1HWRA 1IZHA 2IENA 3PB5A 5P06A 1XN2A 5DR0A 5P2RA 5P8HA 5P7RA 1A8KA 2H6SA 4Y47A 4Y5EA 2J9JA 2HIZA 3OU4A 4I0DA 5AH9A 5P71A 2ER0E 2BJUA 2G21A 1BDRA 4Y4TA 2JJIA 3K1WA 3K5FA 5P1RA 2I1AA 5DR3A 1NPAA 1K2BA 3S54A 4QJ2A 5P6LA 5P4BA 1T6EX 1FEJC 3R0YA 5P4SA 2QMDA 4RCFA 3QBFA 3EL9A 2NTRA 5P46A 3D1ZA 3MWSA 5OZ3A 4FSEA 5AHAA 1HTGA 5P87A 1B6PA 5P7LA 4AMTA 1PFZA 2VS2A 1DPJA 2QI7A 1Z1HA 1CPIA 2R9BA 3KYRA 3UDYA 1U8GA 5KQFA 1ODYA 2QP8A 2ZHUA 3K4VC 2JXRA 3R0WA 2ZDZA 5P4UA 1MT8A 1KJHA 2WF0A 3VF5A 2OHPA 3KT2A 5P2NA 1GVXA 2JJJA 3OUDA 4FAFA 4L1AA 3VFAA 5P8CA 1UH8A 3T6IA 5P7QA 3QVIA 5P4PA 4CPRA 5OZ5A 2OHNA 3T7XA 2BKTA 1HVHA 4HEGA 4Y3ZA 5P3XA 4ZPFA 2F3EA 2PH6A 4D89A 5P35A 4PEPA 5SZ9A 4DH6A 3ER5E 3RTNA 2ZHRA 1K2CA 2Q64A 4A6BA 2BBBA 5P29A 5P1WA 5P28A 3R4BA 1EC3A 5HCTA 2PYMA 5P0YA 2Q3KA 5P03A 4U7VA 5P4VA 1K1UA 4YHQA 6FIVA 2G1SA 4Y39A 3HBOA 4YA8A 2NMZA 1W6IA 4DJOA 1LF2A 4OBHA 1LYWA 1D4KA 4AZYA 1HPSA 3KF0A 4Y5GA 5P3WA 5P4AA 1AVFA 4FLGA 5P2FA 4DQCA 1BXQA 5C9BA 3TPPA 1HVJA 5P09A 2Q54A 4Y4BA 2V12C 3NWXA 4MC9A 3GW5A 3ZKNA 1T7JA 5P7WA 2NR6A 1IIQA 4X7IA 2UY0A 5P0GA 3TKWA 3DV1A 3DCRA 5APRE 2QD6A 1QS8A 3UCBA 4QJ9A 5P23A 2FDEA 1EAGA 5KR2A 3NDWA 2VIJA 3S7LA 4B78A 5P4IA 5P7UA 4GJ7A 5SY2A 3AUPA 4FM7A 4YCKA 5P6TA 3UDMA 5P10A 1PROA 3LNKA 5P4EA 4ZE6A 5AH6A 3CIBA 1YM4A 5P2JA 1FG8C 2P3CA 4L1AB 5P4OA 3EM3A 1BDQA 5P3TA 3VLBA 5ER2E 4J0VA 2QZLA 5DQ5A 5C9DA 3LIQA 2HPEA 2NNPA 3TPRA 2O4SA 4WY1A 5P0NA 4Y4JA 1BV7A 5P6SA 5P6MA 5P6XA 1E82E 3SACA 4A4QA 4B1CA 5KQZA 3SO9A 3TH9A 4S1GA 1SP5A 1HSHA 4FRKA 4DVFA 2NXDA 2P3DA 4BEKA 5P8EA 4NJTA 4QJ7A 2AOJA 4PPHA 5AHBA 4HVPA 5P2KA 3OU1A 1HIIA 5P43A 3NR6A 4Y4EA 5P4DA 2QHCA 2IS0A 5P6RA 3ZL7A 2JYSA 3VYDA 3LINA 4Y5NA 4Y5PA 2FS4A 4B1EA 5P5WA 3VEUA 4D88A 5DR8A 3R1GB 3U7SA 3QAAA 3APPA 4ER2E 4QJAA 2FGVA 2ASIA 3NU6A 1ENTE 4D8CA 5P11A 5P6EA 3IN4A 4Y51A 1D4JA 3OK9A 3Q3TA 3N4LA 2AVOA 3KFNA 3DK1A 4Y5LA 1EBWA 5P0HA 5IE1A 5OZYA 5P30A 2G1YA 1N49A 5P1CA 5C9FA 5OYWA 2ZJMA 4YBIA 4GB2A 1OD1A 2B7FA 1B11A 2UXZA 3PLDA 5P1LA 3IXOA 3HD8A 4J1FA 5P7TA 5OZLA 3OADA 5P6BA 3NU5A 3SA5A 2QNNA 1SH9A 5P25A 5KOQA 4BFBA 2FNSA 1LEEA 3WB4A 2VIYA 5P55A 5P0IA 2OHMA 4GJ8A 5P4CA 2AZ8A 4NKKA 1XE5A 1PPKE 5P2YA 1YX9A 2BPZA 3OAGB 3ZKIA 5P33A 2MIPA 3EKWA 2Z54A 1ZAPA 5P7GA 5P38A 3K5CA 4Y58A 4Y41A 2OHKA 2R5PA 4EP2A 3GI6A 5P61A 4LL3A 1MTRA 3GGXA 5P73A 1Z1RA 5P54A 2FMBA 4MC6A 5ISKA 5OZAA 5KR0A 5P6VA 4FM8A 3OQFA 5P2LA 5UPJA 2QU3A 3PVKA 2O4LA 5P56A 4B05A 4Y3MA 1OEXA 3VSXA 4FE6A 5P2WA 3EL5A 5P3MA 3PSGA 2B60A 3NYGA 4MC1A 3UDHA 2UPJA 3OGPA 2PSUA 5ENKA 3UFLA 2OHLA 3HW1A 2NPHA 4I8ZA 4OC6A 1K6PA 3S7MA 4U8WA 4Y3GA 1HVSA 5P26A 3QBHA 5P58A 4AA8A 5OZXA 3IAWA 1G2KA 5P1TA 4Y44A 1YM2A 4H1EA 5P3LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8Q A;  2G22 A;  2WF3 A;  4OC6 B;  3WZ6 A;  3L38 A;  4RCE A;  5P17 A;  1SBG A;  5P0J A;  3QRS A;  5P2S A;  5P81 A;  4RRN A;  3O99 A;  5P5Q A;  4CP7 A;  1MIQ A;  5P6U A;  1WBK A;  5P84 A;  2HC0 A;  2P3A A;  5OZI A;  1W5V A;  2RKF A;  4YCT A;  4J1C A;  5P31 A;  5P6I A;  3MSK A;  1FMU A;  3IN3 A;  3UDQ A;  4XXS A;  3SKF A;  2VA5 A;  5KR8 A;  2B8L A;  3RTH A;  5OYQ A;  5KR1 A;  3KMY A;  5P5H A;  1EPO E;  3CKT A;  5P2B A;  1F34 A;  1SIV A;  3N3I A;  1EC1 A;  5P4F A;  4J5J A;  1A94 A;  2SAM A;  5P40 A;  4FL8 A;  4RLD A;  4NPT A;  2XYF A;  2QNP A;  4WTU A;  5P4H A;  5P75 A;  1D4Y A;  4N00 A;  5DQ1 A;  4NJU A;  1YTI A;  1C6Z A;  4Y3P A;  1BAI A;  3PM4 A;  1TCX A;  5I3W A;  1A8G A;  1APT E;  4LC7 A;  3VF3 A;  4Y4U A;  1IZE A;  5P4Y A;  3PMU A;  1G0V A;  1M4H A;  2O4P A;  5P5I A;  5P0U A;  3ZPU A;  5P5K A;  5P07 A;  2HPF A;  4D83 A;  3BHE A;  1D4I A;  4B70 A;  5P37 A;  4YOB A;  1HSG A;  3U6A A;  4K9H A;  3SKG A;  2QHZ A;  1EBK C;  5P8R A;  4K8S A;  2I4Q A;  3EKY A;  1LS5 A;  3FIV A;  3BRA A;  4Y57 A;  5OYZ A;  2VNM A;  5P89 A;  2I4X A;  2Q63 A;  3OGQ A;  2P3B B;  3CYW A;  5P7D A;  3O9I A;  5AGZ A;  2WF1 A;  3EC0 A;  1BBS A;  4Y4W A;  3CIC A;  1BWB A;  4EWO A;  3LHG A;  4J0Y A;  1GVW A;  1D4L A;  5P15 A;  2NMY A;  3LZS A;  5DR7 A;  4DQB A;  2PMA A;  3KDD A;  5P1B A;  4R91 A;  5P1N A;  3B80 A;  3AID A;  3K4V A;  2QD8 A;  2APR A;  5OZE A;  1DP5 A;  5P6C A;  4EXH A;  4FS4 A;  3TPL A;  4CMS A;  3QI1 A;  5ISJ A;  5P05 A;  4EJ8 A;  5P7V A;  1TQF A;  5P3E A;  4OBG A;  3LIV A;  3TPJ A;  5P5V A;  2QAK A;  1ZSF A;  3VCM A;  5P1D A;  3BUG A;  3SA9 A;  5P69 A;  5P3R A;  5P8D A;  2R5Q A;  3FNS A;  4I12 A;  1NPV A;  1Z8C A;  4GID A;  3WZ7 A;  3PBZ A;  5P5Z A;  3LZY A;  5BWY A;  5P2U A;  4I0E A;  5P50 A;  1UPJ A;  3EKX A;  3ZKQ A;  4GYE A;  4UPJ A;  2Q15 A;  5P6A A;  2XFI A;  5OZ2 A;  4Y36 A;  2IKO A;  1FG6 C;  2AVS A;  2PK6 A;  3IVH A;  3ZMG A;  2IRZ A;  5P51 A;  4I0H A;  3D91 A;  3UPJ A;  4FCO A;  1MEU A;  4DJX A;  5P3Y A;  2XFJ A;  1MVP A;  5P0A A;  3EKQ A;  5P7S A;  5P8V A;  2I4D A;  5P27 A;  4Y5M A; 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 5P8F A;  4Y6M A;  1Q9P A;  3BXR A;  4YOA A;  4B1D A;  3URJ A;  5P5U A;  4Y3F A;  5KQX A;  4Y5K A;  5DGW A;  3IGB A;  1BDL A;  1EPN E;  2BPY A;  3S43 B;  4Y3Y A;  3SPK A;  3TLH A;  5P0D A;  5P6H A;  5P1H A;  3R2F A;  5OYU A;  4XX3 A;  1FIV A;  2FDP A;  2HB2 A;  3TOG A;  5P5A A;  3OQA A;  1AAQ A;  5PEP A;  5P80 A;  1LF3 A;  1RL8 A;  2BPW A;  5OZU A;  1PSO E;  4L7H A;  5I70 A;  1T3R A;  1ZP8 A;  3OXX A;  1E80 E;  3PCW A;  4XKX A;  5HCO A;  4Y3D A;  1EPL E;  4R93 A;  2G26 A;  4J0T A;  1ZPK A;  5P08 A;  3Q6Y A;  2O4K A;  2HS1 A;  1GNM A;  1VIK A;  4M8Y A;  3NU3 A;  3GGA A;  1T7I A;  5P3Q A;  5P57 A;  1FQX A;  1EED P;  2ANL A;  1GKT A;  1DAZ C;  2QD7 A;  3K5G A;  3OTY A;  7UPJ A;  4FSL A;  4Y35 A;  3UDK A;  3GGV A;  4LXK A;  5ER1 E;  3LPK A;  5OZ4 A;  5P1A A;  3EL4 A;  3IVI A;  4I11 A;  3PWM A;  5P1S A;  5HTZ A;  3DM6 A;  1RQ9 A;  3QRM A;  2WEA A;  5P5G A;  5P2I A;  2QHY A;  1HIH A;  4R8Y A;  1LYB B;  5P2Q A;  5OZ7 A;  5P0V A;  3PHV A;  4A6C A;  4EXG A;  2VIE A;  5P68 A;  5P59 A;  5P5R A;  3O9F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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