3QRMA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrmA00
5HDUA 4L7JA 5P2WA 1HIIA 4LXAA 2PC0A 5P5GA 5P5DA 1FMXA 2Z4OA 2WECA 4MC2A 2R5QA 5P1SA 1K2BA 4EJLA 2QK5A 3EMYA 4Y4DA 1IZEA 1PPLE 5P0WA 2VJ9A 1XDHA 4I0IA 3SA5A 1LF2A 1SDUA 1OHRA 4ZSMA 5HTZA 2B7ZA 5KQYA 2CENA 3DOXA 4QJ6A 1HVRA 4ACUA 3OQAA 5OZIA 4Y5BA 4Y4TA 2I4VA 5P06A 5OZNA 1A94A 4APRE 4YDFA 4FAFA 4YCKA 2QI1A 3RSVA 4DQGA 3UFLA 3S45A 5P4HA 4JP9A 5OZQA 3PI5A 5OZRA 2AQUA 5P5XA 5P3WA 4PZXA 5P2ZA 5OZ0A 3HVPA 1EPOE 2HC0A 4R5NA 3MSLA 4FAEA 3I6OA 5AH6A 4J0TA 1B5FA 2I0DA 2OHTA 1MTBA 2I4DA 2EWYA 3AIDA 3ZOVA 1MVPA 5P5UA 2AOIA 2MIPA 3TKWA 5P6JA 5P87A 4YDGA 3BXSA 1HVKA 1LYBA 3CIDA 3LZYA 1ER8E 3O9CA 4YBIA 5EZZA 3T7XA 1M4HA 1HOSA 4J1CA 5P8AA 2NXDA 1SMRA 3ZKGA 1NH0A 2OF0A 7HVPA 5P22A 4OBDA 2ER7E 2RSPA 5OZDA 3FX5A 4QLHA 2F3EA 2FXDA 1MT7A 3OU4B 3WB4A 5P6XA 5P4NA 2WHHA 1LZQA 3O9HA 1JLDA 5P49A 5P5BA 1WBKA 3UTLA 3OHFA 3HD8A 1LF4A 4RRNA 2CEJA 3NWQA 5P3YA 4RROA 2QHZA 1AXAA 4U7QA 2Z54A 2VJ6A 1YTGA 1W6IA 4JPEA 5P5IA 2FMBA 5KOSA 1MRXA 1D4LA 3ST5A 1N49A 5P44A 4J1KA 3U71A 4YHQA 5EZXA 4CPUA 1BAIA 3GI5A 2O4LA 3NWXA 1D4IA 2AVSA 4DVFA 5P4FA 2QCIA 1EBYA 5ISJA 5P0TA 2VS2A 5P13A 3SFCA 4XX4A 5P1UA 5P0XA 1MEUA 1RL8A 2QHCA 3OK9A 3G70A 4Y47A 2SAMA 3PLDA 4GJ7A 4J54A 2WEAA 4FIVA 4Y35A 5OZOA 5P4EA 1XL5A 4HEGA 4OD9A 1AJXA 3UDPA 1NSOA 4H3IA 1UH7A 5SZ9A 1MESA 3APPA 2F80A 4MC6A 2QNQA 3HW1A 2OHPA 4H3GA 1K6PA 2PH6A 4CP7A 3Q4BA 2H6SA 1BWBA 5P14A 3QPJA 4JOOA 5P89A 4J17A 1MIQA 5P1BA 3VLBA 1ODXA 5P1JA 5SY3A 4LC7A 5P7JA 3UDJA 3PCWA 2RENA 1BXOA 2O4PA 2QP8A 4D85A 1HBVA 4Y5KA 5P7IA 4FM8A 2AOHA 5P77A 3ER5E 5KR2A 1HPSA 4EWOA 5P7VA 4WY6A 4WTUA 3EM6A 1TW7A 5DPZA 4ER1E 1D4HA 2PSVA 3OAGA 4J0ZA 3DM6A 1HVSA 4J0VA 3GGVA 4DJRA 5DQCA 5I3YA 3OXCA 4Y57A 5P75A 5P6ZA 3VF3A 4Y38A 1QS8A 4FE6A 4BEKA 3EKYA 2RKGA 3F9QA 4YA8A 2JYSA 3O9BA 5BWYA 4GYEA 4CPSA 1QDMA 4K8SA 1HVIA 1ZLFA 2WF1A 5P1RA 3DV1A 5P0QA 2WEZA 4J55A 3OUDB 3ZKNA 4I0GA 4Y3XA 2VNMA 4Y3RA 4B1DA 4E43A 3A2OA 4DJUA 1HVCA 2JJJA 4LAPA 3ZKIA 4KE1A 1APWE 5ER1E 5P3HA 5P76A 5P55A 4EP3A 3O9LA 2QD8A 4K9HA 1M43A 1MUIA 5C9BA 3PLLA 1A30A 3EKQA 2JE4A 1VIJA 3SA8A 1A8KA 3SABA 1FG8C 3OUAA 3L5EA 1MRWA 4X2LA 4DH6A 5DR0A 5OZZA 1E81E 4H3FA 5P7QA 4Y53A 3KT2A 4B1EA 4EJ8A 3OGQA 3OU3A 3PEPA 3GGAA 1XN3A 2NR6A 2HPEA 4RCDA 5AH9A 2PWRA 1HEFE 1FF0C 3INEA 5P4XA 1QRPE 5P5WA 3GW5A 3SA4A 4NKKA 3UQPA 5P5VA 5P6SA 1KJ4A 4XXSA 2RKFA 5HCTA 5OZHA 1YG9A 3UDKA 3OADA 5P0MA 4I8ZA 1TZSA 2G1NA 4DJXA 5OZFA 3URJA 3BXRA 3TNEA 1HEGE 3S43A 5P3GA 2VKMA 3EKXA 5P35A 3IGBA 5I70A 3R2FA 3KT5A 4RCFA 3IVHA 3KMYA 1MSMA 3PVKA 3IAWA 3G72A 1TQFA 5COOA 1T6GA 4B05A 1ZPAA 1HIHA 1B6PA 3H0BA 3OUBA 1Z1HA 4PYVA 2AZCA 2HB4A 1XE6A 5P3SA 2IQGA 4RGHA 2PSGA 3SM2A 5P4YA 5P6LA 3WZ6A 3KF0A 2BBBA 5P7HA 1LYAB 5CLMA 1ENTE 1G35A 3CKTA 1AJVA 1AAQA 2A1EA 3HBOA 5P2YA 5P83A 6UPJA 3QS1A 2V12C 3MXEA 1Z1RA 1PPKE 3INFA 5P41A 1GVUA 3IXJA 4Y4WA 3OGPA 1W6HA 5P8SA 3OXXA 5P1VA 5P3KA 2FNTA 4DJVA 2HB3A 5P3BA 5FIVA 2ZDZA 1T3RA 5IVTA 1B6LA 3PWWA 4FSLA 5P3OA 3OTSA 1E5OE 5HDXA 2FLEA 3UCBA 1FLHA 3EL5A 4DUSA 4CKUA 2HAHA 4EXGA 4GJAA 5P2BA 5P63A 3CICA 3BHEA 5UPJA 4DQHA 5DQ1A 2JXRA 5P48A 4I1CA 1FQ6A 1TSUA 3D3TA 1E80E 5P3VA 5P51A 5P6HA 5PEPA 3O9AA 2PYMA 4AA8A 4Y3PA 5P8CA 5P5JA 4YBFA 5P6GA 3O9FA 2R5PA 1YTHA 3NDUA 1YTIA 3LIVA 4AUCA 2F8GA 1RV7A 5P7OA 4Y58A 4PEPA 3FNUA 3ZLQA 5P5HA 2BPVA 4FRSA 3PWMA 5P70A 5JG1A 4TRWA 2IEOA 3KDBA 1K6CA 1GNNA 4GB2A 3ZKXA 4U7VA 4YD3A 3ZPUA 3HZCA 3EL0A 5OZ1A 4OBKA 5P64A 2BJUA 5OZWA 5P8RA 1EPPE 5J25A 3L5CA 3HDKA 3QBHA 2Q63A 4FRJA 3Q3TA 5JODA 4TVGA 2IENA 5ENKA 2WJOA 4Y4BA 5P2JA 5P5SA 2QI5A 1DAZC 5P8GA 1DIFA 1ZJ7A 1MT8A 1WBMA 4IVTA 1C6YA 3QRSA 2PK5A 3NXEA 2ZJHA 2HIZA 2BB9A 2AOCA 3BUGA 4F73A 5OZAA 4Y9WA 2PYNA 4Y4XA 1CMSA 3KYRA 3NU9A 2AVMA 4Y5LA 5P1FA 5P2LA 1ZBGA 4ZSPA 2FDPA 4D8CA 3SA3A 1SMEA 2WF4A 5P5MA 3LPKA 3BUFA 5OZKA 5OYWA 2HS2A 4Y5MA 3URIA 4J0PA 2P3AA 4Y3FA 4BELA 3B80A 1KJHA 4M8YA 3R1GB 3UDHA 2NTRA 5OZUA 5P05A 1D4YA 3URLA 3S53A 4L1AB 2G94A 4Y3QA 5AGZA 5P29A 4RLDA 4I8WA 1M0BA 1UPJA 1BVGA 2ZYEA 1OEXA 4I0ZA 1TSQA 5P36A 4RVIA 1MTRA 1FEJC 4Z50A 4Q1WA 5P3LA 1J71A 3ZMGA 3SACA 1B5FB 3DCRA 5P28A 2ZJMA 5P1TA 4A4QA 3CKRA 4K4PA 3S56A 5OZVA 3S2OA 1LS5A 3LINA 5P61A 4TVHA 1AIDA 4GJDA 5P3QA 3EKWA 1EBKC 4K4QA 5P4WA 2Q3KA 5P38A 4DJOA 1BDLA 5P5CA 3CMSA 4NJSA 3PBZA 4Y3TA 5P73A 1GVXA 3EKPA 3EL1A 4Y56A 2WF0A 3NU4A 5P0JA 4XKXA 1FG6C 5P80A 3RTNA 3TH9A 5P1DA 5P4ZA 5P60A 2AZ8A 5OZJA 5P6FA 3OU1A 2QU2A 1OEWA 1META 5DR3A 5E5KA 5P24A 1APUE 5P6WA 1GVTA 2G1OA 5P30A 5F01A 3MSJA 5OZ3A 1CPIA 2ASIA 2CEMA 4B78A 4EP2A 1PSNA 2ANLA 3TPPA 1HIVA 5P2GA 5OZ5A 3VV8A 5AH7A 5P1HA 4B72A 1IVQA 4AZYA 4Y54A 1PPME 2OHKA 4QGIA 4YOAA 5OZ4A 5P3DA 1YM2A 5DR1A 1NPWA 3ER3E 4RRSA 4L7GA 3PGIA 1FFFC 4EJDA 4RCEA 5HVPA 5P8PA 4HZTA 1KJFA 5P2XA 2WF3A 3KA2A 2G22A 2P3DA 4QJ7A 2Q5KA 1HPOA 3UDQA 5P58A 1EAGA 5OYQA 2QMGA 3T7PA 4F76A 5P15A 2QAKA 3UHLA 3UPJA 4KE0A 5P5FA 3VV6A 5P1EA 1YX9A 2O4NA 3EM4A 4GJCA 4B1CA 3NU3A 1VIKA 2WF2A 3KFRA 3QRMA 1HXBA 5P1CA 5P3XA 5P4BA 5OYZA 5P7BA 2OHQA 1HSHA 4EHCA 5P4UA 3IXOA 1D4SA 4Y5PA 5P0SA 4CPRA 5OZMA 4YE3A 5KQFA 4Q1NA 3VFAA 1F34A 2FGVA 2PH8A 3DUYA 1T7IA 4Y3GA 4R93A 5P72A 1BWAA 2I4XA 3OQKA 1IZDA 5P67A 2F81A 2G24A 3MSKA 2QHYA 5P8DA 1IBQA 2J9JB 1UH9A 3EC0A 2UPJA 4Y43A 2P8HA 3O99A 5P07A 3PCZA 1HPXA 4NPTA 3OTYA 5P4MA 4B0QA 2QU3A 3D91A 1ZP8A 3O9IA 3EL4A 4Y3NA 2AOEA 1APTE 3LZVA 1SGZA 2OHSA 4PPHA 3ECGA 5P27A 4OBZB 5HE4A 4NPUA 5P3MA 5P6OA 1DMPA 2NXLA 3JW2A 2B60A 5P0BA 5P6IA 3VF7A 5P1GA 4YD7A 5KOQA 4TRYA 2IGXA 3S7LA 5P0KA 4Y3HA 5P7YA 2B8VA 4Y5CA 5P3UA 1LYWB 4Y48A 5P45A 1FQ4A 4OBJA 4Y3DA 4YD4A 4L6BA 3D1XA 4LXMA 4HLAA 3QN8A 3T7QA 3UQUA 4Y3WA 3K5FA 4Y39A 3IN3A 4Y37A 5BRYA 5P5TA 5OZSA 3VV7A 1APVE 2J9KA 4ER2E 5P5QA 3PWRA 5SXNA 5COKA 4I0FA 3PM4A 2ZHTA 5OZYA 3Q6YA 4EJKA 5P0YA 5OYXA 4D88A 3QROA 3IXKA 4RZ1A 4GJ8A 5P3AA 4EXHA 2R9BA 5C9DA 4Y3EA 4GZFA 5P1AA 4HDPA 5KR1A 5OYSA 3LHGA 1IDBA 5P4JA 5P6EA 2IS0A 2AVOA 4OC6B 2AZBA 1XS7D 1SIPA 3S43B 5P5AA 5KAOA 1BBSA 2QMPA 5P7CA 5P0EA 1B6JA 1HTFA 2G20A 3MXDA 1BXQA 2VIEA 2VJ7A 4FGXA 3GI4A 1BIMA 1BV7A 5DGUA 5P0RA 3GGXA 3JVYA 3OHHA 5OZGA 4FM6A 5C9FA 5OZPA 4FRKA 2IL2A 1W50A 2NXMA 3SQFA 2ZJNA 4AMTA 2R3WA 1HSIA 5P57A 4B00A 1HHPA 1KJ7A 3WB5A 5P2NA 5P09A 1C6ZA 2ER9E 3NLSA 4DJWA 1EC1A 2ZHRA 5P4KA 5P5KA 1FQ5A 5DQ5A 5OZTA 2Q11A 2Q15A 2P3BB 3UQXA 1HTGA 2ZJIA 5P4SA 5P56A 4Y50A 5E5JA 2QZXA 4DV9A 1YM4A 2WEBA 5P7AA 4FSEA 5P62A 2XYFA 3GI6A 5P7KA 3VUCA 4BFBA 1SIVA 4CPQA 2IKOA 3SO9A 4ZIPA 4ZE6A 4QJAA 1HTRB 2G1RA 4YCTA 5OZ6A 5P08A 5P31A 4HA5A 1SP5A 3OUDA 4Y4UA 3S54A 2PK6A 2AODA 5APRE 5DR4A 3RVIA 1EPNE 2QNNA 2OHLA 4A6BA 3VYFA 2OAHA 5P7TA 1TCXA 1W51A 5P52A 3FV3A 2H6TA 5DR7A 5IVSA 4QJ8A 2B7FA 5P04A 4F75A 2FNSA 1HSGA 3TL9A 3NU5A 4NJVA 3PI0A 4D83A 3PBDA 4ZSQA 3DJKA 4JECA 2Q55A 2QD7A 5P7SA 5P4QA 4OBGA 2PQZA 4JPCA 3QIHA 3RTHA 3PMUA 3RSXA 3FNSA 2QZWA 4R92A 4I11A 5P2SA 2V0ZC 3TLHA 1LEEA 4Y4EA 5P4RA 5OYYA 2NNPA 4J1FA 1ZTZA 3H5BA 5P8VA 1IIQA 4Z22A 4Q5MA 4QJ2A 4J1HA 2V10C 5P1YA 5P1IA 5P1NA 1Z8CA 3LZSA 5OZBA 2F3KA 5P10A 4HDBA 2AOJA 5P0AA 5P7WA 2IGYA 3LIQA 1QBUA 4KB9A 5CONA 4CPWA 2FGUA 3OQFA 2R43A 1FMBA 3VCMA 5P32A 3QP0A 4Y41A 5DQ4A 1C70A 5P8UA 4ZPGA 4FLGA 5P2FA 4GMIA 5P0GA 2O4SA 5KQXA 1LYAA 5P4AA 3O9GA 3EXOA 1EC0A 4I0DA 4Y5AA 3L38A 3TPRA 3NDWA 3N3IA 3R4BA 5P68A 2B42A 5P3TA 3L58A 3WSJA 4S1GA 1W5XA 2HM1A 1W5VA 5P7PA 3TOHA 3PMYA 3KMXA 1A9MA 1BV9A 2XFKA 3L5BA 5P3FA 5DQ2A 2P3CA 3VG1A 1FQ7A 4J1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HDU A;  4L7J A;  5P2W A;  1HII A;  4LXA A;  2PC0 A;  5P5G A;  5P5D A;  1FMX A;  2Z4O A;  2WEC A;  4MC2 A;  2R5Q A;  5P1S A;  1K2B A;  4EJL A;  2QK5 A;  3EMY A;  4Y4D A;  1IZE A;  1PPL E;  5P0W A;  2VJ9 A;  1XDH A;  4I0I A;  3SA5 A;  1LF2 A;  1SDU A;  1OHR A;  4ZSM A;  5HTZ A;  2B7Z A;  5KQY A;  2CEN A;  3DOX A;  4QJ6 A;  1HVR A;  4ACU A;  3OQA A;  5OZI A;  4Y5B A;  4Y4T A;  2I4V A;  5P06 A;  5OZN A;  1A94 A;  4APR E;  4YDF A;  4FAF A;  4YCK A;  2QI1 A;  3RSV A;  4DQG A;  3UFL A;  3S45 A;  5P4H A;  4JP9 A;  5OZQ A;  3PI5 A;  5OZR A;  2AQU A;  5P5X A;  5P3W A;  4PZX A;  5P2Z A;  5OZ0 A;  3HVP A;  1EPO E;  2HC0 A;  4R5N A;  3MSL A;  4FAE A;  3I6O A;  5AH6 A;  4J0T A;  1B5F A;  2I0D A;  2OHT A;  1MTB A;  2I4D A;  2EWY A;  3AID A;  3ZOV A;  1MVP A;  5P5U A;  2AOI A;  2MIP A;  3TKW A;  5P6J A;  5P87 A;  4YDG A;  3BXS A;  1HVK A;  1LYB A;  3CID A;  3LZY A;  1ER8 E;  3O9C A;  4YBI A;  5EZZ A;  3T7X A;  1M4H A;  1HOS A;  4J1C A;  5P8A A;  2NXD A;  1SMR A;  3ZKG A;  1NH0 A;  2OF0 A;  7HVP A;  5P22 A;  4OBD A;  2ER7 E;  2RSP A;  5OZD A;  3FX5 A;  4QLH A;  2F3E A;  2FXD A;  1MT7 A;  3OU4 B;  3WB4 A;  5P6X A;  5P4N A;  2WHH A;  1LZQ A;  3O9H A;  1JLD A;  5P49 A;  5P5B A;  1WBK A;  3UTL A;  3OHF A;  3HD8 A;  1LF4 A;  4RRN A;  2CEJ A;  3NWQ A;  5P3Y A;  4RRO A;  2QHZ A;  1AXA A;  4U7Q A;  2Z54 A;  2VJ6 A;  1YTG A;  1W6I A;  4JPE A;  5P5I A;  2FMB A;  5KOS A;  1MRX A;  1D4L A;  3ST5 A;  1N49 A;  5P44 A;  4J1K A;  3U71 A;  4YHQ A;  5EZX A;  4CPU A;  1BAI A;  3GI5 A;  2O4L A;  3NWX A;  1D4I A;  2AVS A;  4DVF A;  5P4F A;  2QCI A;  1EBY A;  5ISJ A;  5P0T A;  2VS2 A;  5P13 A;  3SFC A;  4XX4 A;  5P1U A;  5P0X A;  1MEU A;  1RL8 A;  2QHC A;  3OK9 A;  3G70 A;  4Y47 A;  2SAM A;  3PLD A;  4GJ7 A;  4J54 A;  2WEA A;  4FIV A;  4Y35 A;  5OZO A;  5P4E A;  1XL5 A;  4HEG A;  4OD9 A;  1AJX A;  3UDP A;  1NSO A;  4H3I A;  1UH7 A;  5SZ9 A;  1MES A;  3APP A;  2F80 A;  4MC6 A;  2QNQ A;  3HW1 A;  2OHP A;  4H3G A;  1K6P A;  2PH6 A;  4CP7 A;  3Q4B A;  2H6S A;  1BWB A;  5P14 A;  3QPJ A;  4JOO A;  5P89 A;  4J17 A;  1MIQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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