3QRMA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrmA00
3SABA 3CIDA 4ZPFA 5HTZA 2NTRA 4Y4XA 5P6DA 4DUSA 2PK6A 2ER6E 3IN4A 4Y50A 5P6HA 2ZHTA 4I10A 5P38A 2QD6A 5P17A 4CMSA 1LF3A 1M0BA 2XFKA 5P05A 3UTLA 5P0CA 1Z1RA 5P3JA 5P28A 4RVIA 5PEPA 3O9LB 1PSNA 5P1SA 4KE0A 3MXEA 2WEAA 4MC6A 4NJVA 5P5KA 3OXXA 4B78A 4M8XA 3SPKA 1ZP8A 3G72A 4YD6A 5P4HA 3URLA 2AZ8A 1AJVA 2FNTA 3K1WA 1C6ZA 4A6BA 2ZJMA 1FEJC 4Y4DA 5P55A 3S53A 1FFIC 1UH8A 2AOHA 4QJ6A 4L7JA 6FIVA 5P5VA 2WEDA 5P6FA 5OZVA 4FM7A 5P4UA 3BRAA 5P00A 3A2OA 3OUCA 3KT5A 5P8RA 5P0BA 2I4XA 2O4PA 5OYRA 2FIVA 5KOSA 4JOOA 3L3AA 4YDGA 1HIHA 4L1AB 1YTHA 5P0JA 3TL9A 1YX9A 5OZLA 1HXWA 2QI3A 1BV9A 1LEEA 5P5BA 2XYFA 2QMGA 5BRYA 4Y41A 1C70A 2B7ZA 5P69A 5P6YA 1ZPAA 2Q11A 5P09A 1A8GA 2BPVA 1RNEA 1XL5A 2ZHSA 5P5LA 3UDJA 2RMPA 4RYGA 5P4GA 3OU1A 3ECGA 4Y3LA 3DOXA 2IGXA 5KR1A 3INDA 5P4EA 3VG1A 3HW1A 1OD1A 4HA5A 5P6MA 2R5PA 8HVPA 5IVQA 3OY4A 2HPEA 5P1VA 1M4HA 1BDQA 4DJUA 5AGZA 1K2BA 4K4PA 5P0FA 4Y4WA 2XYEA 5DQCA 2ZJNA 3EC0A 2PWCA 5P12A 4Y3YA 1CZIE 1HIVA 1EPNE 3KF0A 9HVPA 2QU3A 4FRIA 3EXOA 4Y43A 1UH7A 3RSXA 5EZZA 3QRVA 2PK5A 3SA3A 3O9IA 5P5NA 4X2LA 5P40A 5P5CA 4NJTA 3EKPA 4GJ8A 1VIKA 1AM5A 5DR4A 3SQFA 1HSHA 5P8CA 5P7AA 5P3IA 4B05A 3UCBA 5P0RA 3R0YA 5P3PA 4QJ9A 3FSMA 3VSXA 2PWRA 1LS5A 3PCWA 1RQ9A 4EP2A 3L38A 1IIQA 1BDLA 4Q1YA 4H3GA 4CPTA 3JW2A 1W5XA 2B60A 3QI1A 3OU4B 1NH0A 1CPIA 5P5JA 3NLSA 5P0SA 1T3RA 4Y5MA 4Q1WA 3KFRA 2HPFA 1META 4YOAA 3RU1A 1EC1A 1SP5A 5P46A 1APTE 4WTUA 5I3VA 1HPVA 2AZBA 3DCRA 1HTGA 1FFFC 3LZUA 5P6SA 5P01A 3LZSA 3FNTA 3MSKA 1UPJA 5P4RA 3N3IA 3U71A 3IN3A 5P47A 1BAIA 5OZ5A 1AXAA 5P6UA 4J1KA 2FGVA 5P2DA 2BPXA 4EXHA 5HE4A 3NU4A 4FE6A 2AOEA 4I8ZA 5OZGA 1ODXA 1G0VA 3CICA 5P7IA 1MPPA 2IL2A 5P6BA 3H0BA 1EBYA 5OZHA 5KR2A 4YDFA 3PBZA 2JXRA 4A4QA 1QBSA 1MTBA 3TKWA 3LNKA 2QD8A 5P85A 3OXWA 5P3CA 4HLAA 5P1BA 1OEXA 5P0HA 2PC0A 4I11A 1D4LA 2ER7E 2AVMA 5JG1A 1ZAPA 2AOGA 3LPKA 3O9AA 5P03A 4IVTA 1HSGA 4J1HA 3BUHA 2J9JB 4JECA 2G1SA 1B6PA 2NMYA 5OZZA 2BPZA 4Y56A 2H6TA 1LYAB 1LYBB 4FRKA 3OXVA 4FM8A 1IBQA 3IXJA 3VEUA 1FG8C 5P4ZA 5P4PA 1ZPKA 2EWYA 5P26A 2AOCA 2O4KA 5C9DA 1RPIA 4RVXA 3PB5A 5P5UA 5P1KA 5DR1A 5AH7A 5P72A 1MERA 3FNSA 3RTHA 3NR6A 5OZTA 5P2BA 5P0LA 1K6PA 2QZLA 5IS4A 1FQ8A 4ZE6A 1APUE 2RSPA 2VA5A 5P0KA 3UF3A 2WF0A 3SKFA 3Q70A 3PLLA 2BQVA 5P2QA 5P7ZA 3KT2A 4B1DA 3TKGA 2OHTA 5P5TA 3SO9A 1EC3A 4Y5LA 5KAOA 1IZIA 5P22A 5P14A 5P1LA 5P4CA 4F73A 4EWOA 4B00A 5P1NA 3PI0A 3MXDA 3IA9A 1G2KA 4DQGA 2F3FA 5DPZA 4NPUA 5P59A 5FIVA 3TPLA 1HSIA 4AMTA 5HU0A 4B72A 4RZ1A 1MT8A 4ZSQA 4EP3A 5AH6A 4ER2E 3MSLA 2PYNA 4R8YA 3GW5A 4Y4GA 5COPA 1IVQA 4DQCA 4ZIPA 4Y3DA 2F81A 1FB7A 4EHCA 3INEA 3HD8A 5P82A 4GJCA 1TW7A 1ZSFA 2ZJLA 2RKFA 5P8GA 4HE9A 5COKA 3UQRA 4DQFA 1IZDA 6UPJA 3D1ZA 3LIXA 5P3KA 1KJFA 1G6LA 2ZHUA 4KB9A 4Z50A 5OZ1A 3ZKGA 4CPRA 3NWXA 5OZ8A 5P2VA 4FSEA 3RTNA 5P07A 5OYVA 4AUCA 2G1YA 1DW6C 5P5OA 5P2GA 5P29A 2P3AA 4PYVA 2R3TA 1XN2A 5P1GA 1D4YA 2G1RA 3UDYA 5OYSA 2VIJA 4I0JA 4Y3AA 4Y53A 3NDXA 4HEGA 4ZSMA 2QHZA 4GIDA 4EJDA 2ZJJA 3EKVA 1T6EX 1LYWB 5P71A 1QBRA 4CPWA 5P7GA 4OBHA 5P3MA 2V16C 4NPTA 5P4OA 4Y3XA 3KDDA 1IZHA 4D85A 1SBGA 2BBBA 3OU1B 5P3DA 1QRPE 3EL0A 4APRE 1LF4A 3SM2A 3B80A 3L5CA 5P2OA 3NDTA 2ZHRA 5JFPA 4HDFA 3NYGA 2HB4A 4GJAA 3ZKNA 2J9JA 3KDCA 1MSMA 3M9FA 4D89A 4XKXA 2PSUA 4NJSA 4GJ7A 3S85A 5E5KA 3UDQA 1K6TA 2Q63A 4FGXA 1LYBA 1HHPA 4LC7A 4J0PA 1T7IA 1EEDP 3QBFA 1EPPE 2QI6A 3WZ6A 2CENA 3D91A 3OAGA 1FQXA 1W5WA 5KQYA 4B77A 5P84A 3S45A 2IKOA 4LP9A 5P2TA 3SA8A 3Q3TA 1B6JA 3VF7A 3F9QA 5F00A 5P6GA 1EBKC 2ZJKA 4FSLA 4Q1NA 3OQ7A 2IQGA 5P3FA 2WKZA 2QZWA 5C9FA 1K6CA 4I1CA 5P1AA 1T7KA 1XN3A 2QD7A 3L58A 1D4SA 2QI4A 3ZPUA 5P6KA 3CKPA 5P2IA 4Y58A 5P6XA 1Q9PA 2NXDA 3ZOVA 4GJ6A 2Q54A 1T6GA 1T7JA 4ZLSA 4QJ8A 1YT9A 2B7FA 2PQZA 3VUCA 2BKTA 2WJOA 3PMYA 4DJVA 5P8LA 5P4VA 5OZNA 4GMIA 3TH9A 3QAAA 4LL3A 3KDBA 3NSHA 5DR8A 3OUBA 5P7YA 1BILA 3PWMA 4LXKA 2IKUA 2FDDA 2OHRA 3NUJA 5J25A 1NPWA 5OYXA 2QHCA 4PHVA 1JLDA 3APRE 4L7HA 3SA9A 3UFLA 5P3AA 2P3DA 3OQFA 3VFAA 4DFGA 4B0QA 1ER8E 3UQUA 1DAZC 3ZKQA 4NJUA 2WF3A 3DCKA 1PSAA 3L5DA 4B1EA 1G35A 4YD3A 4YHQA 4K8SA 1HVIA 4GJ5A 1ZLFA 1AVFA 1TZSA 1HWRA 4OBGA 4Y9WA 4L7GA 2R9BA 2G27A 5P8SA 3ZPTA 4H3IA 2VA6A 2VJ9A 1SDVA 3QVCA 4R92A 5P1IA 5KOQA 1IVPA 1B6LA 4GJBA 5P60A 3CKTA 3EL1A 3K4VA 5P8UA 3IAWA 5P7RA 5E5JA 4Z2ZA 4QJ7A 3OQKA 1A9MA 5HDXA 3L5BA 2VKMA 1E5OE 3TNEA 3I7EA 3KYRA 5P50A 4TRWA 5AHCA 2HC0A 3QBHA 2OHPA 4RVJA 5P3WA 5P2KA 4OBFA 1XDHA 2WF2A 3I25A 2ZHVA 1LYWA 4RCFA 5OZ9A 2B8LA 3INHA 5CLMA 1ZTZA 3WZ8A 1PPLE 2UPJA 3HBOA 4IVSA 2I0AA 5P8MA 3UQWA 3K5CA 4YA8A 4Y3FA 3OQAA 2OF0A 1HBVA 1EBWA 4E43A 1BXQA 3UDKA 3T7XA 4AA9A 4I0IA 5APRE 1E81E 4I0FA 2MIPA 3JVWA 1MRXA 3LITA 1SGZA 5P0WA 5P2XA 5HDVA 3LINA 5I3XA 5P3YA 1APVE 4I0DA 2IDWA 3VCMA 5P2YA 1K2CA 2F80A 1DP5A 3ZKIA 1BIMA 5OZ0A 2FXEA 5P7UA 5P5GA 2QK5A 3UDHA 2QP8A 3PWRA 3GI4A 4Y38A 1HVSA 3L59A 3PCZA 3LIZA 4QLHA 3EKTA 4D88A 5P4IA 5P3EA 1YTJA 4MC1A 1W5VA 5P11A 3QS1A 1LZQA 2AZCA 3WZ7A 3PBDA 2AVSA 4ZPEA 2I4VA 3OUDB 5P7EA 4DI2A 5P8TA 5P8BA 3R4BA 3EL5A 3O9EA 2A4FA 5OZRA 5SY3A 5P68A 3IXKA 3UDPA 4CKUA 4R91A 4PEPA 1KJHA 5HDUA 2IRZA 5OZJA 1LF2A 2FNSA 1AJXA 2Q3KA 4BELA 4DJWA 5P3QA 2FLEA 4I12A 5P1HA 1QBUA 2P83A 2O40A 2WEZA 5OZUA 5P16A 5P0UA 5P76A 5OZDA 4U8WA 5P3RA 4J0YA 2VIYA 5OZ2A 5B18A 2SAMA 5P7XA 2Z4OA 2QMFA 2BKSA 2QNQA 2AVQA 1MESA 3OGQA 5P5QA 3T7PA 1A94A 2OHUA 5P61A 2I0DA 1F7AA 1MSNA 5P20A 2F3EA 5P8VA 1MEUA 3T3CA 3GGUA 2WECA 3I2LA 4QJAA 2WF4A 4K4RA 4RROA 5P4YA 2VNMA 3HAWA 5OYQA 2O4NA 2H6SA 1GNOA 5P5IA 1VIJA 5JODA 4DPFA 1TSUA 2G21A 5P39A 2PYMA 3NUOA 5HU1A 4DJPA 2G22A 3B7VA 3BUGA 5P5YA 1FG6C 1MUIA 4FRJA 1K6VA 3QN8A 3BC4A 5P7OA 3T11A 3OHHA 2Z54A 5P1UA 4Y48A 2FDEA 3OOZA 1HVHA 4KE1A 1BVEA 3OAGB 5P4FA 5P5DA 4J0TA 5P08A 4NKKA 4F75A 1EPRE 1KJGA 3PM4A 1FMXA 1IDAA 2RKGA 2V12C 4Y4AA 1PROA 5P5SA 1GNMA 3LPIA 5ENKA 5P41A 2XFIA 1PPME 3GI5A 1Z1HA 4Y6MA 3EKWA 5P63A 5P49A 2QHYA 5AH9A 5P64A 4FM6A 5P79A 5ISJA 3EKQA 2V11C 5HCOA 7HVPA 5P6NA 5P0MA 5P36A 5P80A 5P7PA 1FIVA 4Y5PA 3NU3A 5P0QA 5P6OA 1PPKE 4FS4A 1YM2A 5P2CA 4TRYA 3N4LA 5P10A 5OZOA 4GJDA 5P3SA 5P0ZA 4RLDA 2QI1A 3TOHA 1W6IA 3CKRA 1TQFA 1AIDA 2O4LA 4Y35A 4B1CA 1SIPA 5P0GA 2QCIA 3O99A 4LAPA 5ER1E 5P24A 2IS0A 5P2WA 3EL4A 3NU6A 1OEWA 4ACXA 3HDKA 3PLDA 3GGVA 1BDRA 5DQ5A 4JP9A 4RCDA 2NXMA 3OK9A 5P7KA 5P3NA 3VV8A 4Y3SA 5P5RA 4OBZA 4Y4BA 2HM1A 1EAGA 4Y4TA 4Y4UA 1AAQA 3WB4A 3C9XA 5P31A 1YG9A 5P8IA 4UPJA 4Y3MA 3BGBA 2BPYA 4Y3NA 3UQXA 5P6QA 4BFDA 5IE1A 4Y3JA 1Z8CA 2VIZA 3QPJA 5P4AA 3H5BA 4Y3PA 2P4JA 3BXSA 1W6HA 4EQ0A 3SA6A 3VFBA 5P4WA 5DQ4A 3OUDA 4DQHA 2VIEA 5P5PA 1XE6A 3GGXA 3PSUA 4FRSA 1SGUA 5P62A 4FAEA 4L6BA 4RGHA 1B5FA 1BV7A 3VV6A 4PPHA 4RRSA 4QJ2A 4Y5KA 5ENMA 3OXCA 3O9CA 5P83A 4AA8A 1NPAA 5P75A 1FQ7A 4CPQA 1HVLA 5P1JA 4LHHA 4YD5A 3EKXA 2WEBA 4CPXA 4Y3EA 1EPME 1FMBA 3NXNA 4DPIA 5P27A 1F34A 1MIQA 4Y3GA 5P6ZA 1FQ6A 2VS2A 3FX5A 4J1CA 5P15A 4YBIA 5P4QA 4WY1A 3LIVA 4XXSA 4Q5MA 3PSGA 2PSVA 4LXAA 4U7VA 4M8YA 3TLHA 2NPHA 5P0NA 1MRWA 2AOJA 5P48A 4DJQA 2B42A 5P1YA 1EPQE 5P2LA 2QMDA 4EPJA 5OZYA 3VYFA 3I6OA 3PRSA 4MC9A 3HLOA 5P8JA 4J5JA 1MT9A 5P19A 4JPCA 2JYSA 4Y4ZA 5OZ4A 5OYYA 3FV3A 4Y45A 5P58A 3NDWA 1E82E 5P51A 3FKTA 5OZQA 3KMYA 5P7BA 5P7DA 2AIDA 5P4TA 3NU5A 5DR3A 1XL2A 5DR7A 2AZ9A 1FKNA 3U7SA 2BPWA 3K4VC 3BXRA 5P52A 3UHLA 1GVTA 1EPLE 2OHNA 1HTRB 3TOFA 3PI5A 5OZWA 3DM6A 1M43A 1ZJ7A 2QMPA 3APPA 3IXOA 3BVAA 1RV7A 4FCOA 1WBMA 1OHRA 5P6LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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