3QROA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qroA00
1EC0A 5P5FA 4ZPEA 5OZ8A 5OZ5A 5HDVA 3PSUA 5COPA 5P88A 3Q4BA 4Y5AA 5OYSA 2RKGA 5P4TA 3PBDA 5P3MA 2XYFA 1BWBA 1MT8A 3FIVA 1XL2A 2ER9E 3KFRA 2RMPA 2QHYA 1EPOE 5IVQA 5P3QA 5P69A 5P62A 3S43B 3GGVA 3OUCA 3CICA 5P0AA 5P6NA 3EKYA 1D4YA 5KOSA 3UDKA 5OYWA 1SBGA 3UQWA 1W51A 1AVFA 5P0CA 4KE1A 3N4LA 2IRZA 5SXNA 3SM1A 1BAIA 5KQFA 5P3TA 1K6TA 3I7EA 3NU5A 2UY0A 2JJIA 3APPA 5OYXA 3UDJA 1FQXA 3EMYA 4N00A 4Y5CA 1FQ7A 2P83A 2AODA 4YA8A 1SP5A 2HIZA 2O4NA 3O9BA 4Y5BA 5P3AA 4FM6A 4MC1A 1AJXA 1FIVA 1SH9A 3TPPA 5P0DA 4Y3XA 3S53A 5P6BA 2G21A 2O4PA 4B0QA 5P3EA 3BHEA 5P8UA 4DJQA 4OBFA 1LYAA 4D83A 5P5ZA 2ASIA 3VCMA 5P5WA 3INHA 3BUFA 5P29A 5IS4A 3IVIA 4NJTA 1APTE 1BV9A 1MT9A 3LIZA 3NDWA 3SA8A 5P2DA 1Z1RA 3EKXA 1W50A 3K1WA 3OU4A 3SLZA 2WF4A 2FDDA 5P7DA 4J1HA 4Y5GA 3SA7A 4F75A 2APRA 5P44A 4WTUA 2R3WA 3SA3A 2R5QA 5OZOA 3SFCA 2FMBA 5P06A 4I8ZA 5P0SA 4Y6MA 1A94A 2WKZA 4I1CA 3OXWA 1AM5A 4FAFA 4EP2A 1A30A 1W5YA 2F3EA 3BUHA 3LIQA 1ZBGA 4Y5NA 5P7RA 1ODXA 5P2YA 3BUGA 1UH9A 4Y5EA 3PI0A 5P6ZA 3ZL7A 2HB2A 4Y3QA 5P05A 3GI6A 2AQUA 2Q54A 2QD6A 2G69A 4CPSA 2JJJA 5P38A 5P4VA 5P11A 4Y4AA 4Y4XA 1YG9A 3HBOA 3ER3E 5P4SA 4L6BA 1D4IA 3OU1A 3CYWA 2XYEA 5JG1A 5P5BA 5P24A 5P0YA 5AH6A 1FMXA 5P41A 3PEPA 5P4KA 1NSOA 4NPTA 3VYDA 1HSIA 3KN0A 4DI2A 5HDUA 1KJGA 5P4JA 1OEWA 4GJ8A 1W5VA 1SMEA 1HXBA 2A4FA 5P54A 1BBSA 3EL0A 1HVJA 1HPSA 2F3KA 4FSLA 4DQFA 4ZPFA 3MXEA 2WF3A 1Z8CA 4IVSA 5AGZA 5P0NA 2WEBA 2G20A 1BILA 4Y4JA 4YBIA 2HM1A 4Y37A 2V0ZC 5P2XA 4LP9A 3H5BA 5P31A 5P4RA 5DQCA 3RU1A 3UPJA 5P5CA 5P5QA 4Q1YA 4GJCA 4S1GA 1FQ5A 4EWOA 2WEAA 8HVPA 5OZ1A 4GJDA 5P4ZA 2R38A 4UPJA 5P5RA 5P28A 1TSQA 5P3KA 3T7XA 5P7ZA 5CLMA 1C6XA 1ODWA 1MEUA 4CPXA 3VYEA 2V12C 3O9FA 5P7MA 4GZFA 4FLGA 2B7ZA 2QI3A 1FLHA 4RRNA 3ER5E 5P0QA 3UDMA 3UF3A 1XN3A 1QS8A 5UPJA 2HB3A 3LIXA 3EM6A 1LYBB 2QZLA 3UHLA 3IAWA 5P1UA 5P1LA 3ZKMA 5P56A 1K2CA 2XFKA 4B77A 5OYVA 2F81A 5P5NA 3BVAA 3N3IA 6APRE 3TKWA 1XE5A 1HIIA 3HZCA 5P8AA 1IDAA 4GB2A 3IXKA 2OHQA 1D4LA 5P8NA 3TPLA 4HEGA 3VEUA 2NTRA 4RYCA 3O9LB 4LL3A 5P8RA 1C6YA 3L5BA 5P0WA 2PQZA 5P6AA 1ZPKA 5P1NA 4Y3NA 5HE7A 5P0JA 2NNKA 3PVKA 1SDUA 5P79A 1AZ5A 4LBTA 3TLHA 2PK6A 2V11C 3GI4A 1WKRA 4ZSPA 3TOGA 3K4VA 2CENA 4RRSA 5P3YA 3U7SA 1G0VA 5OYUA 3IGBA 5P2EA 3GW5A 1U8GA 4L7GA 5OZEA 3OADB 7HVPA 5P3LA 5P22A 4A6CA 2NXMA 5P5SA 3NDUA 3NSHA 3ZOVA 3B7VA 2B7FA 3UDRA 3CMSA 3EXOA 5HDXA 4L7JA 5P3SA 3O9HA 4CMSA 5OZMA 2BB9A 4YD3A 3OUDA 5P3HA 4Y43A 3OY4A 3VLAA 1D4KA 3EKPA 5P82A 5C9DA 1OEXA 2VNNA 3URLA 4RYGA 3QP0A 1C70A 3NU9A 5OZ3A 2I0AA 5OZ7A 1FFFC 2AOJA 5P7JA 4EQ0A 2ZHUA 4EXGA 2VJ7A 1BDLA 5P85A 4NJSA 3ST5A 5DR7A 3FX5A 4Y4WA 4D85A 2Q15A 3KT2A 5AH8A 3RTMA 2R9BA 3VYFA 3PCZA 3DOXA 4D89A 1E5OE 3PSGA 4Y3ZA 2OHRA 2PYNA 1PSNA 5P1FA 5E5KA 3NYGA 3MSLA 3ZKIA 3K5DA 1BWAA 4X2LA 4M8XA 5P57A 2Z54A 3K4VC 4HVPA 3DCRA 3S2OA 1JLDA 4ZSMA 3K5GA 2R43A 5COKA 4PHVA 2HS2A 1NPWA 3SABA 4APEA 2MIPA 5ER1E 2FXDA 4TRYA 2IENA 5P58A 3CIDA 4R91A 2CEJA 4Q1NA 3UQRA 3KYRA 3TKGA 5P4GA 3LPIA 1T7KA 3K5FA 4DQGA 2PC0A 2I4XA 3PMUA 1TSUA 3ZPTA 5BWYA 2QHZA 3QVCA 4Y3HA 1HSGA 5P5MA 3OOTA 4EJDA 5AH9A 1M43A 5SY2A 3B80A 4DJPA 4I10A 3O9DA 3UQXA 4EQJA 4OD9A 1MT7A 2PSUA 4F76A 4K4RA 3URJA 4EJKA 1SDVA 2WF1A 2B8VA 4LC7A 3U6AA 4Y3EA 4GYEA 3SPKA 1MRWA 5P5JA 5P6KA 5P3JA 1AXAA 4K8SA 1NPVA 4Y3TA 3OU3A 4AMTA 2QI5A 5FIVA 2AZ8A 5OYTA 3IN3A 1CZIE 3GGXA 4DJUA 5DR4A 5P1AA 5HVPA 4R8YA 5P5EA 5P6HA 1W5XA 3ECGA 4AA9A 2QMGA 5P33A 3NWQA 2ZHSA 3BXSA 5P70A 4EJLA 3QN8A 1IDBA 2AVOA 3ZMGA 1PFZA 1T6GA 2QD7A 5OZ6A 1TZSA 4XX3A 4Q1XA 2WF2A 1B6JA 5KR2A 4YE3A 7UPJA 2NPHA 4I0GA 1B5FB 1PPME 1SIPA 5P1IA 3NDTA 3LINA 5OYQA 2PK5A 3NU6A 3TL9A 5OZWA 2AZ9A 5OZQA 4PPHA 4COEA 2G26A 5P65A 1PROA 5P64A 3SKGA 5P1EA 3DCKA 3UDYA 1DIFA 5IVSA 1B6KA 3LZVA 1CMSA 1HPVA 3GGAA 2P3BA 3UDQA 3HW1A 5P30A 2IDWA 4RROA 1EBZA 2IQGA 4FE6A 4OBZA 2AOGA 3MSKA 3QS1A 4EXHA 5P8TA 1LF4A 2BQVA 2HB4A 2OHTA 5OYZA 3KA2A 3FV3A 4RVXA 1HVIA 5P2MA 5P4BA 1SGUA 3IA9A 1MESA 4H1EA 4OBGA 3BVBA 2QMPA 5P6SA 4OBDA 2F8GA 2OHKA 3APRE 1SMRA 1AJVA 5OZ9A 4YD5A 5KOQA 6UPJA 2O4KA 5P50A 4FCOA 4EPJA 4ZPGA 5P2NA 5P4DA 1XDHA 1M0BA 5P6YA 1FG8C 4Z50A 5BS4A 3DK1A 3EBZA 3KMXA 5P1XA 1PPKE 3EL9A 3O9AA 4J0PA 1BDRA 2FDEA 4TRZA 1EPLE 3NDXA 3PB5A 2VIYA 2NXLA 1ZJ7A 2FS4A 4Y5LA 3JW2A 3UCBA 4Z22A 2ANLA 5F00A 1HVRA 4Y48A 2I4WA 1M4HA 5P6DA 2OHSA 4YHQA 3TNEA 5OZLA 3L38A 5P52A 4NPUA 1FFIC 4J1KA 4Y4BA 5CONA 1MERA 5AH7A 5SY3A 1FQ8A 2BPYA 5DPZA 5KQYA 3LZUA 3OWNA 3DV1A 1BIMA 5P4HA 4ER2E 4B1EA 3OTYA 3UDPA 3I2LA 3GI5A 1HTRB 2G1NA 3INDA 5P2SA 4YDFA 4EP3A 4KUPA 3OAGB 3NLSA 3OXXA 3JVWA 2VA7A 4LAPA 3ZKGA 1YTJA 2J9JB 2Q11A 5P1PA 4K9HA 3R0YA 1MPPA 3TOHA 4DFGA 1KJ4A 2P4JA 3KM4A 5P8OA 4GJ5A 5P71A 3T7PA 3LITA 5P4QA 5P5YA 4YDGA 5P4WA 3WZ6A 2J9KA 5P89A 5P73A 5OZNA 2O4SA 4AA8A 1KJHA 2VIZA 3IXJA 3QROA 2AOFA 1K6PA 1PSOE 3L5DA 1EBYA 1FMUA 5P81A 2V13A 3HVGA 3OUAA 3KFNA 2ZJLA 3OOZA 1LS5A 3EL1A 4OC6A 4I8WA 1IVPA 3OTSA 5P5LA 1MVPA 3LZYA 3CKTA 5P5PA 1G2KA 5P6PA 1YTIA 5P3WA 4Y45A 5OZIA 1LYWB 5P1VA 1VIJA 4J55A 1D4HA 5HD0A 1TW7A 4Y54A 1WBKA 3SQFA 2WJOA 1EPPE 1F34A 3BRAA 2AIDA 5I70A 3EKVA 2R8NA 3OK9A 2B8LA 1MTBA 5P5HA 4B1CA 4Y4DA 4B78A 2AVSA 1HSHA 4B70A 3GI0A 2QAKA 3L5EA 5OZZA 4Y3JA 5P68A 1G6LA 2WHHA 4Y5MA 2VJ9A 4ZSQA 4Y57A 1HTGA 1ODYA 2I1AA 2BJUA 5DGWA 5P1YA 5P6OA 5P47A 1CPIA 3FNTA 1HVCA 3NU3A 2A1EA 5P35A 2I4DA 1E81E 4FS4A 3UQPA 2RKFA 2QK5A 2OAHA 5P0KA 3HAUA 2OF0A 5P0LA 4R92A 5P7YA 5P43A 5P1HA 3KFSA 4Y4ZA 5P7FA 2H6TA 4QJ9A 5P2GA 4Q1WA 2P3AA 1FQ4A 4GJ7A 4TVGA 5OZTA 5KAOA 4FGXA 5P55A 3I8WA 2XFIA 4B1DA 1EC1A 1ZSRA 5I3YA 3VV6A 3CKPA 1APUE 3PLLA 3ZKQA 5P60A 1APWE 2ZJNA 5P4OA 5P5GA 4J54A 1BVEA 4H3GA 2IGYA 3I6OA 1LF3A 5P1MA 5P15A 4LHHA 5P8BA 5DR1A 1K1UA 2FDPA 2Q64A 5HU1A 4GJBA 4I0DA 4Y3YA 5P2VA 4FAEA 3LIVA 1HPOA 5P5IA 5P13A 3OQKA 5I3VA 5I3WA 3S7LA 3PWMA 6FIVA 4EJ8A 3QRVA 2FNSA 3NXNA 3T7QA 4J1EA 1T6EX 3BGCA 3Q6YA 4Y53A 2FIVA 4Y39A 2ZHVA 4Y4EA 4FIVA 4Z4XA 5BRYA 4R93A 5P2KA 1QBRA 2OHNA 5OZ4A 4LXKA 1MUIA 5P8FA 5KQXA 5P8DA 2QU3A 5PEPA 4YOBA 3UTLA 1LYAB 2ZGAA 3OQDA 4CPUA 5P8HA 3T11A 3PHVA 1EEDP 2QNPA 1KJ7A 4I12A 5P78A 3HVPA 4J1FA 1QBTA 5P7HA 3S7MA 1OHRA 5DQ2A 2HPFA 4JPCA 5P4YA 2P8HA 3TPJA 1J71A 1UH8A 5P4FA 4DJXA 1ER8E 5P37A 4GIDA 3UDNA 5P5VA 5P46A 5T4SA 5P0IA 3OGPA 2NNPA 3NU4A 1VIKA 3OU4B 1MSNA 1K2BA 2QNNA 2H6SA 5P66A 3O9IA 1GVWA 4HE9A 5OZXA 1D4JA 2BPWA 3WZ8A 1IVQA 5P42A 1EPME 5DR3A 5P51A 3G6ZA 1XL5A 2QD8A 3D3TA 3Q70A 3S8IA 3CIBA 1RL8A 2VA6A 1PPLE 2ER6E 2QZKA 4J17A 4Y51A 5P4XA 3PCWA 2PWCA 5P0RA 4YD6A 1MIQA 2AOIA 4APRE 1HOSA 1HVLA 5P6EA 3PWRA 3VG1A 2HPEA 5P83A 5P12A 4QJAA 2HC0A 5P0GA 4DPFA 1EC2A 5P7NA 5C9FA 5IVRA 2B60A 3U71A 1W5WA 1HRNA 4WY6A 5P1SA 5P67A 3PI5A 4YBFA 1QRPE 3S43A 3L58A 1OD1A 1N49A 5P3FA 3KT5A 5P4IA 3DJKA 5P7EA 1IZDA 5P32A 1YX9A 3OU1B 5OZAA 5OZKA 3O9EA 4LXMA 1IZEA 2G1SA 1KZKA 5P5KA 3ZKNA 5J25A 3QRMA 5JFUA 3PLDA 3RSVA 5P0VA 1RPIA 1K6VA 5P59A 5P5AA 5OZRA 3WSJA 4BFBA 1LEEA 4F73A 5P2TA 3L59A 2CEMA 1APVE 3PBZA 4JPEA 4Y4UA 4U7QA 3BC4A 2UPJA 5JODA 1BV7A 4I11A 4CKUA 1W6IA 3VF7A 5HE5A 2PWRA 5P0TA 4FRIA 3VFAA 5AHCA 2AOEA 1NPAA 5P7GA 5OZ0A 5P6MA 5OZSA 5DR8A 4DH6A 1W6HA 5HU0A 1EC3A 1FQ6A 4MC2A 1YTHA 1B6MA 1SDTA 5P4CA 4CP7A 3R1GB 4FM7A 4F74A 1FGCC 2BBBA 3H0BA 3EL5A 2ZJJA 1K1TA 3QIHA 5P01A 5P7VA 5P0HA 5P3DA 3VV7A 5OZCA 5EZZA 5E5JA 1SIVA 5P45A 5P74A 1GVUA 3UFLA 1TQFA 1EPQE 3F9QA 4Y4GA 3SKFA 5C9BA 4QJ6A 1IBQA 2I4UA 3VF5A 4Y47A 2ZJMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EC0 A;  5P5F A;  4ZPE A;  5OZ8 A;  5OZ5 A;  5HDV A;  3PSU A;  5COP A;  5P88 A;  3Q4B A;  4Y5A A;  5OYS A;  2RKG A;  5P4T A;  3PBD A;  5P3M A;  2XYF A;  1BWB A;  1MT8 A;  3FIV A;  1XL2 A;  2ER9 E;  3KFR A;  2RMP A;  2QHY A;  1EPO E;  5IVQ A;  5P3Q A;  5P69 A;  5P62 A;  3S43 B;  3GGV A;  3OUC A;  3CIC A;  5P0A A;  5P6N A;  3EKY A;  1D4Y A;  5KOS A;  3UDK A;  5OYW A;  1SBG A;  3UQW A;  1W51 A;  1AVF A;  5P0C A;  4KE1 A;  3N4L A;  2IRZ A;  5SXN A;  3SM1 A;  1BAI A;  5KQF A;  5P3T A;  1K6T A;  3I7E A;  3NU5 A;  2UY0 A;  2JJI A;  3APP A;  5OYX A;  3UDJ A;  1FQX A;  3EMY A;  4N00 A;  4Y5C A;  1FQ7 A;  2P83 A;  2AOD A;  4YA8 A;  1SP5 A;  2HIZ A;  2O4N A;  3O9B A;  4Y5B A;  5P3A A;  4FM6 A;  4MC1 A;  1AJX A;  1FIV A;  1SH9 A;  3TPP A;  5P0D A;  4Y3X A;  3S53 A;  5P6B A;  2G21 A;  2O4P A;  4B0Q A;  5P3E A;  3BHE A;  5P8U A;  4DJQ A;  4OBF A;  1LYA A;  4D83 A;  5P5Z A;  2ASI A;  3VCM A;  5P5W A;  3INH A;  3BUF A;  5P29 A;  5IS4 A;  3IVI A;  4NJT A;  1APT E;  1BV9 A;  1MT9 A;  3LIZ A;  3NDW A;  3SA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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