3QRVA

Crystal structure of plasmepsin i (pmi) from plasmodium falciparum
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
328
structure length
323
Chain Sequence
AGDSVTLNDVANVMYYGEAQIGDNKQKFAFIFDTGSANLWVPSAQCNTIGCKTKNLYDSNKSKTYEKDGTKVEGTVSGFFSKDIVTIANLSFPYKFIEVTDTNGFEPAYTLGQFDGIVGLGWKDLSIGSVDPVVVELKNQNKIEQAVFTFYLPFDDKHKGYLTIGGIEDRFYEGQLTYEKLNHDLYWQVDLDLHFGNLTVEKATAIVDSGTSSITAPTEFLNKFFEGLDVVKIPFLPLYITTCNNPKLPTLEFRSATNVYTLEPEYYLQQIFDFGISLCMVSIIPVDLNKNTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHTVGFALAKKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the free and inhibited forms of plasmepsin I (PMI) from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords Plasmepsin-1
total genus 75
structure length 323
sequence length 328
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.38: Plasmepsin I.
pdb deposition date 2011-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qrvA01
5EZXA 3IVIA 3FNSA 1HSHA 1FB7A 2RSPA 5P8FA 2R9BA 5P0HA 2CEMA 3L59A 3BUFA 5DR0A 4Q1YA 5AH8A 3U71A 4FE6A 3D91A 5P2WA 1TSQA 5P3XA 2G1OA 1MESA 2QMPA 5P0LA 2HPFA 4U8WA 1FFFC 5P5LA 3ZKNA 3LITA 5P6YA 4FCOA 1DPJA 1NPWA 3QAAA 3IVHA 1HSGA 3VF7A 3UQXA 2O4PA 3B80A 3UDRA 5DQ5A 3L5BA 5KAOA 5KR1A 5P2MA 1SMRA 4DI2A 1KJ7A 1KJ4A 5BS4A 1W50A 1ENTE 5KOSA 5P87A 1LZQA 5DQ1A 1B5FB 4R95A 5P2QA 3I8WA 2JXRA 4K4PA 5P2ZA 4DJPA 4YOBA 2QI3A 3S8IA 3SKGA 5P6MA 3O9GA 1A94A 4HDPA 4EXHA 5P0AA 1FQ6A 5P8NA 4FAEA 2RKFA 1M0BA 1FMUA 5AH6A 1BIMA 1GVUA 3OXVA 5P34A 4RZ1A 3DUYA 3QIHA 4CPUA 5P5SA 5P2AA 1QBTA 4B0QA 4Y48A 1QS8A 3UPJA 3RSVA 3OHFA 4ER1E 5P7TA 4LP9A 2VIEA 2R5PA 3WB4A 4ZSPA 5OZ7A 3HVGA 3MXDA 3IXOA 5HE4A 2WECA 5OZ9A 3S43A 3Q4BA 4Y5BA 3ZMGA 3O9DA 2HS2A 2FGUA 3FNUA 5P6FA 5P8CA 4YD4A 2XYEA 2PK5A 4YDFA 2AOGA 1XE6A 4X7IA 2Q5KA 4OBJA 1MT8A 3KMYA 1W6HA 5KR2A 4OBZB 5P1SA 1ZTZA 4JPCA 5P5BA 3KMXA 5HDVA 5P2RA 4Y3TA 4K4RA 2XFIA 2ZYEA 2WJOA 5DQ2A 4D88A 5P5OA 3D1YA 5P7NA 2FLEA 5DR3A 5P1YA 3INHA 3FIVA 4L1AA 3T7XA 5P5VA 4CKUA 2V10C 3GI5A 4Y5KA 2V12C 1IBQA 4NJTA 5T4SA 3BUHA 5P5TA 5P4UA 5P6HA 5OZNA 4U7VA 2NNPA 5P01A 5P67A 1MSMA 3LPIA 1IZHA 3B7VA 5P50A 2G26A 3RSXA 1SP5A 3M9FA 2H6SA 5J25A 1SIVA 1RPIA 2BPVA 1K6TA 3G72A 3QN8A 2QI4A 2ZJNA 3VFBA 5P30A 1C6YA 5P7SA 5OZAA 3CYXA 3HW1A 3OUCA 3OGQA 3PWWA 1U8GA 3R0YA 3PI0A 5OZ1A 4EJLA 3LPJA 1FF0C 4DV9A 4CPQA 1SBGA 4ZSMA 1W5YA 1FIVA 3EKYA 4EJDA 3JVYA 1M4HA 5OZJA 1VIKA 5P03A 4GMIA 3KM4A 3URLA 5HDUA 4D83A 2BKSA 5P07A 4MC2A 1RNEA 4Y39A 3K4VA 2B7ZA 2G24A 3NR6A 4DJQA 3ZKSA 2IL2A 3VV7A 3N3IA 1QDMA 3CKTA 4I8WA 2IQGA 2V16C 5P2BA 5P0CA 5OZXA 3NWQA 1B5FA 1XS7D 1W5VA 1IIQA 1M43A 1ZAPA 4DJUA 4HDBA 3OQ7A 5OZFA 7HVPA 4H3IA 3OQDA 3EL1A 4HVPA 4LXAA 3UCBA 2F3KA 5P8EA 1MTBA 5P3DA 5P23A 3URJA 3LHGA 3OXWA 4JOOA 3PB5A 5P6PA 4XX4A 1D4SA 1A9MA 4BELA 1PSAA 3ER3E 5P0GA 2ZHTA 3QI1A 3I7EA 1QBSA 2BJUA 4Y3PA 5P2HA 5P88A 4ACXA 3VCMA 2IENA 1J71A 5P7LA 5P0YA 5P4WA 1YTJA 4ZPGA 3EMYA 5DGUA 4R92A 2V00A 2BPWA 5DR8A 4Y5LA 4R91A 1MPPA 3NDUA 3VLBA 2ZJMA 4FM8A 5P3CA 1AAQA 4OBZA 4R8YA 4Y5GA 3EL5A 1FMXA 4DJVA 1APVE 5B18A 5P3WA 4B77A 2AZ8A 5P7KA 1Z1HA 2XYFA 1FQ5A 4YBIA 4GJ5A 3D20A 5AHBA 3FKTA 5P8HA 2I4XA 3OXXA 2QD6A 1ZSRA 5OYSA 3OAGB 5KQFA 2VS2A 2OHSA 2OHTA 5P1LA 5OYVA 1W6IA 5OZPA 2HM1A 2VKMA 1C6XA 3C9XA 5P6BA 1AJXA 3VYFA 1MVPA 5P51A 3L5DA 4J54A 1SGUA 4Y5CA 1YTHA 3L5EA 3SM1A 5P5JA 2A4FA 2FIVA 4OD9B 5JODA 3ZKQA 4YD5A 1CPIA 3QS1A 3ST5A 3RU1A 3G6ZA 3FNTA 1T7KA 3TOFA 1KZKA 4Q1XA 4QJAA 2IKOA 5P5PA 5P7MA 2PWRA 5P0EA 3Q3TA 2HIZA 5P18A 2J9JB 1ODWA 3NLSA 3NWXA 3OU3A 1BDRA 3OUDB 2WF4A 3K5FA 5P62A 5P0KA 3GI6A 3PCZA 2NTRA 4DJRA 4QJ6A 1EC1A 4A6BA 1HXBA 4X2LA 5P0TA 1K6CA 2NMYA 3S56A 5ISKA 4GJ9A 1PFZA 3BVBA 3QVIA 5P6RA 1PPME 1BXQA 3T7PA 2FS4A 1B11A 4TVGA 1BWBA 2WEBA 3WZ6A 5P3BA 1ZBGA 2MIPA 5P3VA 2HC0A 5P0PA 5P5FA 1PSOE 1GVXA 5P7VA 2R3WA 2G27A 3O9CA 1EEDP 3EKVA 5I70A 3IXJA 1E81E 4LAPA 2AOIA 5OZHA 2QMDA 3S45A 4EQ0A 5TOLA 5P5XA 4MC9A 5P8IA 3SA8A 1EPME 1LF4A 5IVSA 3TOGA 1Q9PA 5P7RA 4M8XA 2VA5A 4B70A 5P04A 4APRE 4FRJA 1FFIC 1OHRA 2AZBA 1EBYA 5P8SA 3PWRA 3ZKMA 4KE0A 1LS5A 3RTHA 5P1XA 3Q5HA 3VSWA 5P60A 3QP0A 4K4QA 5P00A 4EPJA 5SY3A 6UPJA 3PGIA 5IE1A 3HAWA 3LNKA 2ZHRA 5P0DA 1UPJA 3OHHA 4Y3WA 3KYRA 1D4YA 3PMYA 5P06A 2VNNA 4XXSA 3H5BA 5OZCA 4EJ8A 3OUBA 5DR7A 1IDAA 1BXOA 2HS1A 3INEA 3L3AA 1BWAA 5C9DA 2G20A 4Y4XA 2JJJA 3IGBA 5P7FA 3SKFA 5IVQA 4ZPEA 5P16A 3OAGA 3UDJA 5P1UA 2OHKA 5P8MA 4H1EA 1ODYA 1RL8A 1W5WA 1SDVA 2ZJHA 4RCFA 5P12A 4FIVA 1HWRA 1MRWA 5P8BA 4FSLA 1TZSA 3OQKA 1HVCA 5C9BA 5P3SA 3KDBA 4HZTA 2R5QA 2NXLA 3BUGA 4Y3DA 5ENMA 1HBVA 5P3NA 5C9FA 2AQUA 2FNSA 5I3VA 5SXNA 4R5NA 2IRZA 1SDTA 3PSYA 3CKRA 3PHVA 2P3BB 4B1EA 2BBBA 4OD9A 2IGXA 1LF3A 3MSKA 1GNNA 2XFKA 2VIYA 3K4VC 3MSJA 4Y3JA 4Y3LA 3BRAA 5OZIA 4Z22A 1G2KA 3INFA 5P0BA 3BC4A 1PSNA 5E5KA 5P7DA 1EPPE 5P0JA 5P2SA 3EM6A 1G6LA 2J9JA 5P6UA 5P7BA 1NSOA 2F80A 3OUDA 3IAWA 3TPRA 2F3FA 3VF3A 1EPNE 1TCXA 5P36A 1XDHA 1MEUA 2G22A 3APRE 2O40A 5P1NA 4RROA 3EL4A 2BPXA 1PPLE 4AA8A 5OZOA 4OBHA 1GVWA 1MSNA 3CIDA 5P2FA 1BAIA 2PSGA 2O4SA 5P6TA 5OZUA 2FGVA 2QHZA 5P0OA 5P48A 4GJDA 3DV1A 4YCKA 3EKXA 3SA9A 5P47A 2JE4A 2CEJA 2P8HA 5P8DA 5COKA 4AMTA 3LZSA 5P83A 2OHPA 3KDCA 4Y3HA 5CONA 4Z2ZA 2I4QA 5AHCA 5P1ZA 2G1YA 1KJHA 5P2UA 2F3EA 3SABA 4ZIPA 1B6PA 4Y5EA 2V0ZC 5P73A 1MERA 2QNPA 5PEPA 4Y4AA 3O99A 5P7UA 4RRNA 5P3HA 3IN3A 5OYTA 4KE1A 4BFBA 5P1QA 2AVVA 2R43A 2ER9E 3R0WA 3D1XA 6APRE 3OU4B 4EWOA 2WKZA 3BXRA 4Y9WA 5P6SA 1OEXA 3PBDA 2AODA 1DW6C 2NMZA 2V13A 4I0GA 5HE7A 3ZPSA 3OGPA 3CIBA 1XL5A 1RV7A 3RVIA 3PRSA 5P3PA 4GYEA 2G1SA 5P3LA 3D1ZA 2WF3A 1EBZA 5P7WA 4RLDA 3LPKA 5P4CA 4I0DA 3TNEA 5P61A 4PZXA 1GKTA 2PSVA 3NSHA 2O4KA 4QJ9A 3U7SA 1B6LA 4WY1A 2I1AA 5P2IA 2AZCA 3UHLA 4Q5MA 3KFRA 1NPVA 3I6OA 5P10A 1OD1A 1BDLA 5P4NA 3UDMA 2BQVA 3FX5A 4Y4UA 1B6KA 5P5QA 5P85A 4Y58A 5P45A 2OHMA 2PK6A 1HPXA 2H6TA 4I8ZA 1FQXA 5DR4A 3LZYA 4F75A 3WZ7A 4IVTA 1ME6A 4Y50A 3ZKXA 2NXDA 4N00A 2XFJA 5I3WA 2HB4A 2QP8A 5JFPA 4YOAA 1HRNA 2P3BA 2B8VA 3H0BA 1EPRE 1LYBB 4B05A 1IZIA 4PZWA 1BVGA 4AUCA 4RVIA 3PMUA 2Q11A 4J0PA 5DGWA 3GGAA 5P4YA 5P3IA 1HVSA 4ZEAA 3MSLA 5P1BA 4QJ2A 5P0RA 5P15A 5IS4A 1F7AA 2IDWA 3VSXA 1T7JA 4OBGA 4YE3A 1HTEA 2QI7A 5KR0A 2OAHA 1FQ4A 2F8GA 5P09A 5P2TA 1FGCC 1ZPKA 4RVJA 2RKGA 4A6CA 3L38A 5OZBA 3DK1A 4WTUA 4NPTA 2I4WA 3EM4A 3NDXA 5P65A 4R93A 3HZCA 2WEAA 1HVLA 5KQZA 3JVWA 5P4GA 1D4HA 5P3MA 4MC6A 4GJ6A 4L7JA 5P4KA 1FG6C 2O4LA 5P19A 2FXEA 2PSUA 4Y5PA 2I4DA 5OYWA 1W51A 4PPHA 3UDQA 4FRKA 5P4LA 2ZJIA 1D4JA 1HTFA 3CYWA 2QI0A 2HPEA 1D4IA 5P3ZA 5P6KA 3CKPA 3TPPA 5IVTA 3UQRA 3KF0A 5P14A 5P35A 3NU4A 2FDEA 2PH6A 2OHRA 4J0VA 5OZVA 5P11A 2J9KA 4EYRA 3VV8A 3WSJA 2AZ9A 5P6XA 5P28A 5DPZA 5P79A 3URIA 5P59A 4F76A 4DJXA 5P38A 4YD3A 3UDKA 3OU4A 4Y3QA 1HPOA 4GIDA 1DIFA 3HD8A 1BILA 3LIVA 3O9BA 5HDZA 5P4OA 5CLMA 4Y4GA 4J1HA 1ZLFA 1EBWA 3T7QA 4Z4XA 1NPAA 3Q6YA 1A8KA 5APRE 5P7CA 5P4VA 1SMEA 2AOHA 2VJ7A 2P83A 1EC2A 4HE9A 3OY4A 4Y3NA 2WEDA 5P6LA 2OHNA 4ZSRA 3K1WA 5SZ9A 3T11A 5P63A 1DAZC 5P8TA 4Y3AA 5P8QA 5P1GA 1MTRA 4J0TA 4YD7A 2APRA 1FG8C 1DMPA 1B6MA 3PCWA 4Y57A 1BVEA 5P7YA 1K1UA 2NXMA 4GJ7A 2PYMA 3HDKA 4EXGA 4YA8A 3LZVA 1GVVA 3ZLQA 5P7ZA 4RVXA 5OZQA 4DJYA 1APWE 3PM4A 5P7QA 3UDNA 3G70A 1EPOE 4E43A 4I0FA 4NJSA 3QRMA 1W5XA 2A1EA 3JW2A 2QI5A 1BBSA 4XKXA 2WL0A 3MXEA 2OHLA 5P81A 4OC6B 4FS4A 4Y37A 2WF2A 1AVFA 2QD8A 2Z4OA 3QROA 3TOHA 1FQ8A 2P3CA 3UFLA 2ER7E 5P4HA 2R38A 4I0ZA 5P89A 1EC3A 1TW7A 5P76A 2ER6E 3NUOA 1HXWA 5OZ6A 2PQZA 2NR6A 2QCIA 4H3FA 2Q64A 1LYAB 4RYCA 5P0QA 1YX9A 1LYBA 3PWMA 2UXZA 1APTE 5P66A 5HE5A 3L5FA 2Q54A 1HIVA 2PMAA 5FIVA 1HVRA 5P6AA 4Y6MA 3SO9A 3QRSA 4J0YA 1A8GA 5P6OA 3D3TA 2R3TA 1T6EX 5P6CA 5OYUA 1HPVA 3QVCA 4Z50A 3SA6A 5P1JA 5I3YA 5P4DA 4ER4E 4K9HA 4Y5AA 1BDQA 5P4QA 5P2EA 4J55A 1Z8CA 4J1IA 1LEEA 4LBTA 2QNNA 3SLZA 3UFNA 5P68A 5P25A 1OEWA 4EP2A 4J17A 3HAUA 5P1VA 5P7XA 4YCYA 2I4VA 3OU1B 3AUPA 4PYVA 4DFGA 4RYGA 2NNKA 2I0AA 3UTLA 3WB5A 5OYZA 2QHCA 5P3OA 5P74A 5P6VA 3K5GA 1TSUA 1YM4A 5P42A 5P53A 3NXNA 2CENA 3ZKIA 5ER1E 5DR1A 5P57A 3IXKA 2QK5A 4B78A 4ZLSA 5P84A 3S2OA 5P3TA 2AVMA 1ER8E 1HVKA 2BPYA 2OHQA 5OZ3A 5P6ZA 4J1CA 5P5RA 3DJKA 1ZJ7A 3OOTA 3TTPA 1EPQE 1HSIA 5P2GA 3CMSA 1C70A 2ZDZA 3LIYA 4Y4WA 1HHPA 3UDHA 4AA9A 5P2XA 5P5GA 5P82A 1SDUA 4YDGA 4FL8A 2PC0A 1HIIA 1ZSFA 4Y56A 1E82E 3TLHA 5P58A 3OTYA 4Y3XA 3KT2A 5P1MA 3VFAA 5P4SA 4Y53A 4CP7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EZX A;  3IVI A;  3FNS A;  1HSH A;  1FB7 A;  2RSP A;  5P8F A;  2R9B A;  5P0H A;  2CEM A;  3L59 A;  3BUF A;  5DR0 A;  4Q1Y A;  5AH8 A;  3U71 A;  4FE6 A;  3D91 A;  5P2W A;  1TSQ A;  5P3X A;  2G1O A;  1MES A;  2QMP A;  5P0L A;  2HPF A;  4U8W A;  1FFF C;  5P5L A;  3ZKN A;  3LIT A;  5P6Y A;  4FCO A;  1DPJ A;  1NPW A;  3QAA A;  3IVH A;  1HSG A;  3VF7 A;  3UQX A;  2O4P A;  3B80 A;  3UDR A;  5DQ5 A;  3L5B A;  5KAO A;  5KR1 A;  5P2M A;  1SMR A;  4DI2 A;  1KJ7 A;  1KJ4 A;  5BS4 A;  1W50 A;  1ENT E;  5KOS A;  5P87 A;  1LZQ A;  5DQ1 A;  1B5F B;  4R95 A;  5P2Q A;  3I8W A;  2JXR A;  4K4P A;  5P2Z A;  4DJP A;  4YOB A;  2QI3 A;  3S8I A;  3SKG A;  5P6M A;  3O9G A;  1A94 A;  4HDP A;  4EXH A;  5P0A A;  1FQ6 A;  5P8N A;  4FAE A;  2RKF A;  1M0B A;  1FMU A;  5AH6 A;  1BIM A;  1GVU A;  3OXV A;  5P34 A;  4RZ1 A;  3DUY A;  3QIH A;  4CPU A;  5P5S A;  5P2A A;  1QBT A;  4B0Q A;  4Y48 A;  1QS8 A;  3UPJ A;  3RSV A;  3OHF A;  4ER1 E;  5P7T A;  4LP9 A;  2VIE A;  2R5P A;  3WB4 A;  4ZSP A;  5OZ7 A;  3HVG A;  3MXD A;  3IXO A; 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 1PSO E;  1GVX A;  5P7V A;  2R3W A;  2G27 A;  3O9C A;  1EED P;  3EKV A;  5I70 A;  3IXJ A;  1E81 E;  4LAP A;  2AOI A;  5OZH A;  2QMD A;  3S45 A;  4EQ0 A;  5TOL A;  5P5X A;  4MC9 A;  5P8I A;  3SA8 A;  1EPM E;  1LF4 A;  5IVS A;  3TOG A;  1Q9P A;  5P7R A;  4M8X A;  2VA5 A;  4B70 A;  5P04 A;  4APR E;  4FRJ A;  1FFI C;  1OHR A;  2AZB A;  1EBY A;  5P8S A;  3PWR A;  3ZKM A;  4KE0 A;  1LS5 A;  3RTH A;  5P1X A;  3Q5H A;  3VSW A;  5P60 A;  3QP0 A;  4K4Q A;  5P00 A;  4EPJ A;  5SY3 A;  6UPJ A;  3PGI A;  5IE1 A;  3HAW A;  3LNK A;  2ZHR A;  5P0D A;  1UPJ A;  3OHH A;  4Y3W A;  3KYR A;  1D4Y A;  3PMY A;  5P06 A;  2VNN A;  4XXS A;  3H5B A;  5OZC A;  4EJ8 A;  3OUB A;  5DR7 A;  1IDA A;  1BXO A;  2HS1 A;  3INE A;  3L3A A;  1BWA A;  5C9D A;  2G20 A;  4Y4X A;  2JJJ A;  3IGB A;  5P7F A;  3SKF A;  5IVQ A;  4ZPE A;  5P16 A;  3OAG A;  3UDJ A;  5P1U A;  2OHK A;  5P8M A;  4H1E A;  1ODY A;  1RL8 A;  1W5W A;  1SDV A;  2ZJH A;  4RCF A;  5P12 A;  4FIV A;  1HWR A;  1MRW A;  5P8B A;  4FSL A;  1TZS A;  3OQK A;  1HVC A;  5C9B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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