3QVIA

Crystal structure of kni-10395 bound histo-aspartic protease (hap) from plasmodium falciparum
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
327
structure length
323
Chain Sequence
EFDNVELKDLANVLSFGEAKLGDNGQKFNFLFHTASSNVWVPSIKCTSESCESKNHYDSSKSKTYEKDDTPVKLTSKAGTISGIFSKDLVTIGKLSVPYKFIEMTEIVGFEPFYSESDVDGVFGLGWKDLSIGSIDPYIVELKTQNKIEQAVYSIYLPPENKNKGYLTIGGIEERFFDGPLNYEKLNHDLMWQVDLDVHFGNVSSKKANVILDSATSVITVPTEFFNQFVESASVFLSLYVTTCGNTKLPTLEYRSPNKVYTLEPKQYLEPLENIFSALCMLNIVPIDLEKNTFVLGDPFMRKYFTVYDYDNHTVGFALAKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural insights into the activation and inhibition of histo-aspartic protease from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords Histo-aspartic protease
total genus 81
structure length 323
sequence length 327
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qviA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qviA01
2PSGA 3LIVA 1APUE 5B18A 5P69A 3PWWA 4X2LA 4DJRA 2QMDA 5P5AA 4J17A 1A9MA 5P8NA 3H5BA 4GYEA 3M9FA 5P8VA 1BBSA 1APWE 2SAMA 4Y3AA 5P89A 1UPJA 3TLHA 1SBGA 4J0TA 5P36A 5P7EA 3OU3A 5P5ZA 2B60A 2HB4A 5P6RA 1ODXA 3HVPA 5KOSA 3VCMA 5P8SA 1BXOA 2QZKA 1DW6C 5P29A 3KMXA 4DH6A 2XFIA 2NXDA 3PWMA 4XXSA 4Y3JA 5P2BA 5P1GA 1BXQA 3OU4A 5JFPA 4Y3QA 4J5JA 4J1HA 1KJ4A 1GVTA 5P5MA 1D4JA 1SGUA 2PH6A 3MXDA 2P3BB 4HA5A 3F9QA 2IGYA 3UPJA 2P83A 5KQYA 4FAFA 5P3PA 5I70A 5P0IA 4RCDA 2FDDA 5P7JA 5OZFA 1B5FB 2Q15A 2QI7A 5P6OA 5KR2A 2WEZA 4DPIA 4YD5A 3BGBA 3TL9A 1TCWA 4N00A 4I12A 5P8BA 5P37A 5P5JA 4YD7A 3KDCA 5P2XA 1K1TA 3S8IA 3NU6A 1MT7A 3OTYA 5HD0A 3IXJA 2F81A 2G1SA 3K4VC 3TPLA 1BAIA 3OHFA 4HZTA 5F01A 4OD9B 3SKFA 3UQUA 4R93A 1HVJA 1W50A 2OF0A 3L3AA 1XDHA 2WF3A 5OZ0A 4A4QA 2VKMA 1OD1A 3PMYA 2OHUA 1PSOE 3S7MA 3O9LA 3PRSA 2CEMA 1LYBB 1D4SA 1AXAA 5EZZA 2ZYEA 3IN3A 2BBBA 4CPUA 4Y4ZA 5P5FA 2Z4OA 5SZ9A 2BPVA 5P4LA 2I0DA 5AH6A 4I0IA 1TW7A 4QLHA 2XYEA 2I4WA 3UDRA 1RQ9A 1ZAPA 4EJLA 5P65A 1EPPE 3OU1B 1D4KA 4RROA 3BXSA 3LZYA 3VLBA 5P1CA 5P3VA 4Y3EA 5P0KA 4Y4AA 3PSGA 4YD6A 5P4HA 4ZSPA 2O4PA 3HBOA 5P8UA 4DQCA 1D4LA 3TOFA 3ZKGA 2QI4A 5P39A 5P6VA 5P4VA 3EKTA 1W6IA 3NWQA 5P4YA 2O4NA 5P2NA 2ZHRA 1MUIA 5P4UA 2R3TA 3D1YA 5E5KA 4Y47A 5P6YA 4FSLA 1MVPA 5ENKA 2OHMA 5I3VA 3CYXA 1YTIA 5P4PA 2AOFA 4HLAA 1MT8A 3MSLA 5P0PA 2FGVA 1MTBA 1UH9A 2I4XA 1LS5A 4CPWA 3PLDA 1YT9A 5OZ5A 4EXGA 5P2TA 5P7PA 2VIZA 3PMUA 3N3IA 2R8NA 3SA4A 2UPJA 2J9JB 1APVE 3K1WA 4GJBA 5KOQA 4MC2A 5KQZA 3S7LA 4F73A 3SFCA 4J1CA 1LYAA 5P62A 3WZ7A 5TOLA 4OBKA 4Y57A 4EJKA 3PCWA 5P7TA 3ZKXA 5OZMA 1T7JA 3OQKA 5OZKA 3BVBA 5DGWA 2P4JA 4TRZA 2VS2A 2Q64A 3NR6A 4Y3LA 4OBHA 3VEUA 5P6FA 4H3FA 1CPIA 5P4IA 4F74A 5P6PA 3NUJA 3QRSA 4Y5KA 1GVXA 5JG1A 5P68A 1T6GA 1HHPA 5OYYA 3MXEA 5OYRA 2AVOA 5OYVA 2WHHA 3TKWA 5P59A 5IVQA 2FXDA 5JODA 4QGIA 1BVGA 3GGAA 4Y4WA 1D4IA 3OHHA 3Q70A 2G1NA 4DQHA 1HVLA 5HDUA 5P5PA 4ER2E 2JJIA 4EYRA 3O9EA 4YE3A 4K4PA 4YA8A 3CIDA 3OY4A 4I0GA 4HEGA 5P0LA 1EEDP 1HIHA 5P27A 3KFSA 3T7PA 4D88A 3EL1A 4Y4JA 1EBKC 2WF4A 1DAZC 2HS1A 2AZ8A 1ZTZA 2AIDA 1WBMA 1QBSA 1RPIA 5AGZA 3O9BA 1BDQA 1FQXA 3UDPA 3QP0A 4EWOA 4Y4GA 4I0FA 4DQEA 2BKTA 5P4MA 5FIVA 1N49A 1FMXA 1HTGA 1A8KA 2I1AA 3LNKA 1SDTA 5P49A 5P2MA 5P5XA 3UQXA 3QBHA 2HS2A 3INDA 1FF0C 5KR8A 3NLSA 3DCRA 1PPME 2Q3KA 5P0ZA 4GJ5A 3JVYA 1PPKE 5AH9A 4ACXA 2F80A 5P2ZA 4B77A 2ER6E 2V00A 2PH8A 5P7IA 1G35A 4EHCA 1IBQA 2QZWA 3EBZA 5P7YA 5P1XA 2QCIA 3VF7A 3DCKA 4RVJA 4Y5NA 4NJTA 3OUAA 5P87A 2B8LA 2IRZA 1T6EX 3OTSA 4WY1A 4CPSA 2I4UA 3SPKA 2ZJMA 5T4SA 5P35A 4F76A 3SACA 2QU2A 4DJPA 5OZ7A 3TH9A 3NDWA 3PI0A 5P28A 3PBDA 4KUPA 3L5EA 4Y3NA 5OZ3A 1NPWA 3TTPA 3OQAA 5P1SA 4FAEA 5CONA 3SAAA 1W51A 3UF3A 4Y4EA 3PB5A 1B6MA 5UPJA 4L1AA 1SMEA 4XKXA 1EC1A 2BPWA 5AH8A 2HPFA 3OQ7A 5P8GA 4L7HA 5OZ9A 3O9IA 3BXRA 1HIVA 5P1WA 1KZKA 3IVIA 3LIZA 4L7JA 1FG6C 1PROA 1SP5A 3LZUA 1M0BA 1IZDA 4Y5GA 4I8ZA 4B00A 1XL2A 5P73A 5P4NA 3QRMA 5P2JA 5P0RA 5P0YA 2CEJA 1F7AA 2FIVA 3I7EA 3ZKIA 4RCFA 4HDPA 3S43A 5P3WA 5P76A 5P75A 4I0EA 3OADA 5P8RA 4LL3A 3INHA 3EKQA 1SIVA 5P55A 4Y39A 5P42A 3QN8A 5DR3A 5P7HA 5P6DA 4Q1XA 2VJ6A 1IVPA 3SA7A 5ISJA 5P05A 3LHGA 4X7IA 5KQFA 4TVGA 1BDLA 4YOBA 2HB3A 3ZPUA 3DK1A 1BV9A 1ZSRA 4D8CA 5P3LA 3QBFA 4Y3DA 4YDFA 3VG1A 1E81E 5P54A 5P5OA 1MEUA 3LIXA 3ZL7A 3VFAA 5P1AA 4MC9A 1T7IA 2G26A 4FRJA 3ZKQA 4Z4XA 2G1YA 2IENA 5P72A 3LIYA 3L5CA 4J1FA 1HTFA 1QRPE 4DQFA 1GVUA 3QVCA 3L5FA 5P13A 5P8OA 1BIMA 2BPYA 3URLA 2OHTA 5P51A 3EM3A 1HWRA 4CPXA 3PCZA 1EC0A 4MC6A 1AVFA 3VV8A 4K4QA 5HDZA 3SA9A 5P58A 3RTHA 4JPCA 1HOSA 4YBFA 3EKXA 1E80E 1AJXA 4DJWA 5P2AA 4DFGA 4J0YA 3NDXA 5CLMA 3BC4A 4LXAA 2AOIA 5KQXA 1MSMA 2BPXA 5OZUA 4Y58A 2NMZA 3K5FA 5P47A 2XFJA 4FGXA 5P1NA 3RSVA 1K6PA 2WL0A 3SM2A 3OOZA 5P0UA 3KFPA 1K6CA 5IS4A 5OZYA 4GJ8A 4PEPA 2P3CA 3EMYA 4HVPA 4U8WA 3T11A 3GI0A 2Z54A 5P6HA 2V11C 4Y3FA 2AVMA 5P2KA 5P1ZA 5P09A 4GJDA 2AZ9A 5P7WA 2WEDA 4QJ6A 2ZJIA 1HIIA 3BUFA 4ZPEA 1APTE 2NXMA 3S85A 5P2QA 5KR1A 3QI1A 3HW1A 5P1HA 2AOJA 5P3ZA 4TRWA 4Y3TA 3BHEA 4AUCA 3Q6YA 5P33A 2WECA 5P3CA 3I8WA 1LF3A 4J54A 3OQFA 5P1BA 5OZRA 5P45A 1Z1RA 3VLAA 5P43A 5IE1A 3R4BA 4HDFA 4Y4XA 4Y3PA 5I3WA 5P4XA 5P0FA 3EKYA 4BFBA 2R3WA 4Y35A 3OUCA 5P4BA 1IZHA 3OWNA 5P00A 1ZLFA 1HVCA 3WB5A 5P23A 3FNTA 1AAQA 1Z8CA 5P3GA 3L59A 1LV1A 1U8GA 3NXNA 3EKVA 4OBZA 3UFLA 5P5BA 4RVXA 4Y3GA 1KJFA 1B6KA 1FQ6A 4Z50A 2XFKA 1BWBA 5P5WA 4Q1WA 3S45A 5P4RA 3DV5A 5P1DA 4EP3A 4OBGA 1EPME 2ZHUA 1TZSA 2ZJKA 1XE5A 3T6IA 2PK5A 3IN4A 3NSHA 4H1EA 4Y5CA 2G27A 5P7AA 2PYMA 3C9XA 3GW5A 5P6MA 4FM8A 3D3TA 4J1KA 1EPRE 2IQGA 3IA9A 4ER1E 3PLLA 3IXKA 4EPJA 1B11A 5HE7A 5P1YA 1AZ5A 2G1RA 3LIQA 5P0JA 5ER1E 2HM1A 3BRAA 2VA6A 5C9DA 5P0GA 4Y5AA 3O9DA 3CIBA 2PK6A 5OZLA 5BWYA 1GVVA 2O4LA 5P4JA 3O9CA 7HVPA 3OOTA 4ZPGA 5P6QA 4WY6A 3EL0A 2ZJHA 1RL8A 4PYVA 5P1QA 1NPAA 2P8HA 4L6BA 4PPHA 4FLGA 2V0ZC 4Y3MA 5P07A 2PMAA 3R1GB 2P3DA 5P0MA 4ZSRA 5P4CA 1GNOA 3CKPA 1K2CA 2OHNA 1D4YA 1HVSA 4J1IA 4IVSA 1HEGE 2WJOA 4ZLSA 3UDYA 4ER4E 5HE4A 2QNPA 2G1OA 2ZE1A 5P8KA 3PEPA 1OEXA 4I0HA 4FRSA 5P3HA 5DQ1A 4Y45A 3LINA 3VUCA 2G69A 1EBZA 1HPVA 5P2UA 1FB7A 5P20A 4Z22A 3ZOVA 5P8HA 1A8GA 5P2OA 1LF4A 4Y3XA 5P4WA 2A1EA 5P2SA 3EXOA 6APRE 1HRNA 3NDUA 3FX5A 5P3BA 1XN2A 4DJXA 2QD7A 2P3BA 2ZDZA 3KFNA 5OZ6A 4QJ2A 2BKSA 5OZ1A 3WSJA 1LYWB 1QBUA 4Z2ZA 1B5FA 3LPIA 2AOCA 3ZKSA 4DPFA 1MERA 4RLDA 3KDDA 3LZVA 4AZYA 1QS8A 2AVSA 4TVHA 5P22A 5ER2E 6FIVA 3HDKA 5P2VA 1W5XA 1ZP8A 5P3UA 1Q9PA 3GI4A 5IVRA 2AQUA 4OBJA 5P3EA 2FGUA 1MRWA 3TOHA 3SA5A 5DR8A 3HLOA 3EKWA 2PYNA 5P1TA 4Y4TA 4OD9A 2H6SA 2B7ZA 2OAHA 4ZE6A 1EBYA 5P3QA 1HVRA 2QP8A 1QBTA 4Y37A 3PGIA 2B8VA 3U71A 4B1DA 4Y51A 1LYBA 3N4LA 5P0XA 2QZXA 3RTNA 5P5NA 5OZQA 3R0YA 4RRNA 1GVWA 5P0OA 2EWYA 1CZIE 3GGXA 5P7FA 4YCTA 4DJYA 5P24A 2FNTA 1RNEA 5DQ4A 4R5NA 5P8FA 5P1MA 3T3CA 3H0BA 3OU1A 3VF3A 4CMSA 1C6ZA 4Y3WA 1F34A 4XX3A 3OGQA 1FQ7A 3Q3TA 4Y44A 4DJOA 3O9AA 2OHRA 5P79A 3L5DA 1AIDA 5P67A 3PHVA 4CP7A 2R43A 5P10A 2Q63A 1A30A 5P6CA 4GIDA 3K5DA 1T7KA 4NPUA 4BEKA 1FFFC 5OYXA 4AMTA 4KB9A 5P53A 4QJ8A 2OHQA 3K5CA 5P5QA 2NR6A 2B7FA 3K4VA 4NJUA 4I1CA 3GI5A 5P1PA 3VV7A 2G20A 3B7VA 1YG9A 1ODYA 5AHCA 5P7XA 3Q5HA 1T3RA 3CMSA 5P1IA 3LPJA 3PSYA 2XYFA 1PSNA 4K4RA 5AH7A 5J25A 5SY2A 2J9JA 5P6GA 2G21A 4RCEA 5DR7A 1AJVA 4OC6B 1IZIA 5COOA 5ENMA 1YM2A 3UDKA 1TSQA 1K2BA 4Y3RA 2OHSA 5P71A 4J0PA 3SA3A 3JVWA 3JW2A 4I10A 4I0JA 3QAAA 4Y4UA 2HB2A 4WTUA 3GI6A 2QNQA 4QJ7A 3BVAA 3FNUA 5OYTA 2RSPA 4ZPFA 5P81A 5KAOA 3OAGB 4LXMA 4EJ8A 2FS4A 5P4QA 3SA8A 1FG8C 2QI0A 2V12C 5P8EA 4UPJA 5HDXA 2ZHVA 4GMIA 5DQ2A 1W6HA 5C9FA 4GJAA 2VIEA 5P77A 3IXOA 5P0TA 2WF0A 5P5TA 4FE6A 4LAPA 2NNKA 3DOXA 2BPZA 5P5DA 5I3YA 5P3IA 3CKTA 4Y5PA 1DPJA 4YCKA 4DI2A 3IGBA 1OEWA 1PFZA 3QRVA 2FMBA 1J71A 5P14A 2QI1A 4Y53A 1YX9A 3HZCA 5P7MA 3EC0A 3INFA 1MIQA 3UCBA 2J9KA 2IGXA 5P4SA 3R0WA 1HEFE 1MT9A 2IKUA 5OZCA 3RSXA 1W5YA 1UH8A 5DPZA 4FRKA 1VIKA 4RYCA 5P5UA 3DUYA 5P8AA 5P88A 2A4FA 5P26A 5P1OA 1HPXA 1GNMA 1ZPAA 3HVGA 5AHAA 2V13A 2VA5A 2HC0A 5P5CA 5P4TA 4RGHA 2QHZA 3VV6A 4IVTA 5COPA 3SA6A 2UY0A 2QZLA 1K6VA 1KJGA 2QHYA 5OZAA 3FV3A 2BB9A 5F00A 1E82E 5P6WA 4Y6MA 5P15A 1YM4A 1B6PA 5P46A 1AM5A 1LF2A 5P3MA 3D91A 6UPJA 3SABA 3UDNA 5P80A 1EC3A 1ODWA 2G22A 5P03A 4YD4A 2CENA 4H3JA 4DVFA 1EPLE 5P57A 4HE9A 3HAUA 3WB4A 3TNEA 4CPTA 3ER5E 3NXEA 1XS7D 5SXNA 3L5BA 1MESA 5P8LA 5P63A 2WF2A 4FRIA 5DR0A 3L58A 4DQGA 3FKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PSG A;  3LIV A;  1APU E;  5B18 A;  5P69 A;  3PWW A;  4X2L A;  4DJR A;  2QMD A;  5P5A A;  4J17 A;  1A9M A;  5P8N A;  3H5B A;  4GYE A;  3M9F A;  5P8V A;  1BBS A;  1APW E;  2SAM A;  4Y3A A;  5P89 A;  1UPJ A;  3TLH A;  1SBG A;  4J0T A;  5P36 A;  5P7E A;  3OU3 A;  5P5Z A;  2B60 A;  2HB4 A;  5P6R A;  1ODX A;  3HVP A;  5KOS A;  3VCM A;  5P8S A;  1BXO A;  2QZK A;  1DW6 C;  5P29 A;  3KMX A;  4DH6 A;  2XFI A;  2NXD A;  3PWM A;  4XXS A;  4Y3J A;  5P2B A;  5P1G A;  1BXQ A;  3OU4 A;  5JFP A;  4Y3Q A;  4J5J A;  4J1H A;  1KJ4 A;  1GVT A;  5P5M A;  1D4J A;  1SGU A;  2PH6 A;  3MXD A;  2P3B B;  4HA5 A;  3F9Q A;  2IGY A;  3UPJ A;  2P83 A;  5KQY A;  4FAF A;  5P3P A;  5I70 A;  5P0I A;  4RCD A;  2FDD A;  5P7J A;  5OZF A;  1B5F B;  2Q15 A;  2QI7 A;  5P6O A;  5KR2 A;  2WEZ A;  4DPI A;  4YD5 A;  3BGB A;  3TL9 A;  1TCW A;  4N00 A;  4I12 A;  5P8B A;  5P37 A;  5P5J A;  4YD7 A;  3KDC A;  5P2X A;  1K1T A;  3S8I A;  3NU6 A;  1MT7 A;  3OTY A;  5HD0 A;  3IXJ A;  2F81 A;  2G1S A;  3K4V C;  3TPL A;  1BAI A;  3OHF A;  4HZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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