3R0WA

Crystal structures of multidrug-resistant hiv-1 protease in complex with mechanism-based aspartyl protease inhibitors.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of multidrug-resistant HIV-1 protease in complex with two potent anti-malarial compounds.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r0wA00
3BXRA 4RYCA 1HPXA 5P1FA 3VSWA 1IDAA 5P3OA 3CKPA 2HPEA 5P4OA 4R95A 4JP9A 1ODYA 5P0KA 1RV7A 3FNUA 3DJKA 3PI0A 4AMTA 5P3AA 5P6JA 5DQ1A 3TPPA 3KFPA 4YE3A 3TOFA 4Y3XA 3APPA 3OGQA 3CKTA 5HCTA 4B0QA 3KDCA 4CPSA 4BEKA 5P3SA 5P4XA 5EZXA 5P4LA 2G94A 2OHUA 3UPJA 4ZSQA 1EBYA 4Y4DA 3F9QA 1RNEA 2WF2A 3VV7A 4ZIPA 1HHPA 2F3KA 4A6CA 2VKMA 5OZAA 1CMSA 1MEUA 1W51A 5P5RA 3IXOA 5T4SA 5OYWA 1D4JA 5P2IA 2HAHA 5P5IA 4ER2E 3HVGA 1UH7A 1TSUA 5P6OA 1MESA 3L5DA 1HVLA 1SIPA 5HCOA 4FE6A 4FRIA 1FMBA 5P23A 4U7VA 4R92A 5P1TA 2P3BA 3CYXA 4OC6B 5P36A 4J0TA 4NJSA 1UH9A 1CPIA 2ZHTA 5P5QA 3R0WA 4YDFA 3OTSA 4S1GA 3RTMA 2BPXA 3EXOA 3K1WA 4JPCA 2F80A 1MERA 3D20A 5HDVA 2V10C 2QU2A 5P3RA 3D91A 5P1PA 5P3DA 5AH7A 5P6TA 3L59A 5P4QA 4FRSA 1XN2A 1SH9A 2QMGA 4OD9B 3O9DA 2QNQA 3PVKA 4YCYA 5KAOA 4ZPFA 5P4HA 1B6KA 4DJOA 3TKWA 4Y48A 1QDMA 3SFCA 3S7MA 5P6YA 1SDVA 4DJYA 2PSGA 5P7XA 3EKQA 3NXEA 2B7FA 3UCBA 2HB4A 4DJWA 5P66A 4Y5GA 2IKOA 4AA9A 5P8OA 5P0WA 5P5KA 5P5UA 2QI1A 1ODXA 4F73A 3OU1B 3ZL7A 5P3EA 5P1CA 3QRSA 1BDRA 3DV5A 2BPYA 3RSXA 5HU0A 4GJ8A 4K4QA 1XL2A 4LXMA 3T3CA 2HS1A 5P40A 2ER0E 5OZMA 2G21A 3PM4A 1B6JA 1APWE 5OZYA 5OZXA 5P0LA 1NPVA 1FMXA 1D4IA 1T6GA 1LEEA 4NPUA 4Y45A 3PLDA 3S43B 1KJHA 3N3IA 1YTIA 4J0ZA 5P03A 1D4YA 3O9EA 3OUCA 2OHNA 1YTGA 5P0MA 3GI0A 5P3CA 1HTRB 3NU3A 4FAEA 3KDBA 1APVE 2WF1A 4HVPA 1LV1A 1BV9A 4CPXA 3UDPA 1HXBA 2WF4A 4Y35A 2WKZA 1AM5A 5P0DA 5DGUA 1MVPA 3FV3A 4RVIA 5P1WA 3OGPA 1YTHA 5P4DA 3EL5A 3O9CA 3BGCA 1PSOE 1ZJ7A 3ZKIA 4Y50A 5P71A 1RQ9A 2NR6A 4ZE6A 4DQHA 1GNOA 3G70A 4Y38A 5P48A 2PH6A 2QI5A 2BQVA 4RRNA 5P8MA 3HAUA 5OZQA 1GVWA 1HVIA 5OZHA 5OYTA 3ST5A 1M0BA 4J17A 4OBGA 3HZCA 7UPJA 2VIJA 3PBZA 4XXSA 4Y3NA 3CIBA 1E80E 1XDHA 3BRAA 2PH8A 3OQ7A 5OZFA 5OZSA 5P2ZA 1AXAA 5KR2A 2QI3A 3DM6A 5P4AA 3LIXA 5OYQA 4Y4EA 3UDRA 3SA3A 2HIZA 4Z50A 2I0DA 5P3WA 1EPPE 1HVSA 5P3HA 5DPZA 4J55A 4KB9A 5AH9A 5P7BA 3T7XA 5P61A 2XFIA 5IVSA 4Y3PA 5P3FA 5P72A 3PWRA 4IVTA 5OZPA 3S85A 5P51A 3UQRA 2O4PA 1KJGA 2RENA 5P0BA 4OBKA 1T6EX 3NDXA 3PSYA 2QI6A 3ZKXA 4LC7A 4GJ7A 5P44A 4FCOA 2QD7A 1BILA 4GJ9A 5P29A 5P7DA 4CPTA 2G69A 3KMYA 2RKFA 1HIIA 1T3RA 1EPRE 3HBOA 5EZZA 5P4NA 3OU4A 3RU1A 3LPJA 4J5JA 5OYUA 3MXDA 2IS0A 2ZJLA 2OF0A 4Y54A 4OBZA 1YX9A 5OZ7A 2I4XA 5P0YA 5P24A 5P2FA 4Y3RA 4EYRA 3T7PA 3NU4A 4JPEA 2G1NA 1OEXA 2QU3A 4HDBA 1IZEA 1BBSA 2ASIA 5P4JA 5DQ5A 5P6RA 4Y58A 2XYFA 2QD8A 5ER2E 3R1GB 1ZPKA 5P0AA 5P0PA 4QLHA 1CZIE 5P2YA 5OZUA 5HE7A 3SA6A 3VG1A 5P4WA 1BVEA 3SKFA 4I1CA 3ZMGA 3L5EA 5P6UA 3TNEA 4FM7A 4OBFA 5P6PA 4YD5A 5P35A 3SA5A 3GI4A 2PWRA 5P3GA 2R3TA 4H1EA 4DJPA 3QBFA 2ZE1A 5P62A 5P7NA 4EQJA 2AOGA 2J9JB 5P6DA 5P22A 5P0TA 4YOAA 3EKTA 3IAWA 1YG9A 1EC1A 3TPJA 2WF0A 4LHHA 3SACA 2XFKA 4DJRA 2RMPA 5DGWA 4B1CA 2QCIA 3APRE 5E5JA 2QP8A 1BWBA 4Y51A 3URLA 5P46A 5P12A 1BIMA 4I11A 5P5SA 1G6LA 2QD6A 5P2TA 4IVSA 5P8GA 2NMZA 1WKRA 3PEPA 1FIVA 2G20A 3KFSA 5P0UA 4Y4AA 4GJ5A 4L1AA 5P80A 3EM6A 2AVSA 1MRWA 3INHA 3PCZA 5HU1A 3HAWA 1UPJA 3I6OA 4MC6A 3PHVA 4R8YA 2QI0A 5P14A 2RKGA 1LYBA 3EMYA 1EBZA 5P7UA 5COOA 5P89A 3QIHA 4LXKA 3SPKA 5P5BA 2I0AA 3HDKA 1C70A 1PFZA 3LIZA 3K4VC 1AJXA 4TVGA 5P01A 2MIPA 3Q6YA 1K1UA 5P6ZA 4X7IA 5J25A 2FGUA 5P1SA 2FNTA 2FXEA 1XL5A 2VNMA 3NU6A 4RYGA 2V00A 1K6VA 1MTBA 3WB5A 2NTRA 4WTUA 4H3GA 5P3JA 2QMDA 5P17A 3PMUA 5HDXA 1A8KA 3BUGA 3KFNA 4Q1XA 5P8IA 3I25A 4Y3GA 4EJKA 2G27A 1HVJA 3L5CA 8HVPA 4KE1A 5P6XA 3SA9A 5P4BA 3OHHA 5CONA 5DR0A 1AJVA 4DPFA 5P4PA 4PYVA 3GGAA 3PBDA 5P5FA 3DV1A 3OU4B 4Q1YA 4J1KA 3LZVA 2ZJNA 3LZUA 3UQXA 4YDGA 4OBZB 1C6YA 1HEGE 3VLAA 4E43A 4U8WA 5E5KA 4DVFA 2FIVA 5P6AA 2G1SA 5CLMA 4ZPEA 5P34A 3PLLA 1HPSA 5P7YA 2HC0A 2BKTA 5KQYA 1A8GA 1FQXA 4Y3EA 5OZLA 3IGBA 1FG8C 5P4RA 3H5BA 5AHAA 5AHCA 2VJ9A 5SXNA 1XN3A 5BWYA 4Y5NA 1XS7D 2UXZA 3CYWA 2O4KA 5KOQA 4LP9A 5B18A 5I3WA 5P32A 3NDWA 1HPOA 5P87A 1MT7A 4Y4UA 3KA2A 4GZFA 1IIQA 3OY4A 4YD6A 4DQFA 3O9LA 1FQ5A 3L5BA 3UDMA 1BDLA 3QI1A 4YD7A 5KQZA 3IVHA 3B7VA 4EWOA 5JODA 3OQDA 3WZ7A 1B5FA 2QNPA 2IQGA 4UPJA 1K6PA 3T11A 3Q4BA 5P4TA 5P4SA 2VA7A 5P8LA 1BXOA 4PEPA 4QJ8A 5P31A 3OUBA 1GNNA 5P6NA 5P70A 1GVTA 5P0XA 5P2LA 1IDBA 2P4JA 5P3XA 3FKTA 5P1IA 2R43A 3BGBA 5OZNA 4LAPA 4FRJA 2AVVA 1LS5A 4L1AB 3S7LA 3ZOVA 4APRE 3OHFA 3KYRA 3LIQA 4RCFA 4ER1E 5P1UA 4Y5KA 3OWNA 3URIA 4R93A 1B11A 2G1YA 1LYBB 2PYMA 2I1AA 3EKXA 4Y3TA 1IZIA 5P05A 5P2NA 3Q70A 5P1GA 2RSPA 5P1JA 5P7KA 3JVWA 1IBQA 3ZLQA 1E82E 5P2EA 4TRZA 4EP3A 4Y4WA 5P43A 4AZYA 2PC0A 5P8CA 7HVPA 2PK5A 3I8WA 5P08A 3S53A 5P69A 3UDJA 1EAGA 5P7EA 3INDA 3QRVA 3DUYA 4Y3LA 3O99A 3TPLA 5I3VA 5OYRA 5P0GA 3BC4A 5JFUA 3LIVA 4DJQA 5P3YA 1SIVA 5P4CA 3ER3E 1ZSRA 3OUDB 3PB5A 4FSLA 3NSHA 2H6SA 3TKGA 4Y4ZA 5P3ZA 5P2WA 3SQFA 4XX4A 5P59A 2OHLA 2QZKA 4HDFA 2QI4A 2VIEA 4I0FA 5P74A 5ISKA 2Q11A 4BFDA 4GJDA 3GI6A 5P6IA 5P7HA 2B8VA 4QJ7A 1FQ7A 3IN4A 4MC2A 4YD3A 4FSEA 2FLEA 2NXMA 4K9HA 3SO9A 4ZLSA 1TCWA 4YD4A 1EPQE 3R2FA 5HTZA 5P30A 3A2OA 5P7JA 2BPZA 3OXXA 1HIVA 1XE5A 2NXDA 4DI2A 5P3PA 2Z54A 1KZKA 3IVIA 3QN8A 3Q5HA 1N49A 4FRKA 3QROA 4B05A 1AIDA 4RCDA 1KJ4A 2ZYEA 5P8AA 2I4VA 2UPJA 4Y47A 5OYXA 5P3VA 4NJVA 3IXKA 1AAQA 3CIDA 5P57A 4K4PA 1EPLE 2BKSA 4Y4BA 1MIQA 1T7KA 5P5AA 2FS4A 4K8SA 3MXEA 4WY6A 1HSHA 4K4RA 2VNNA 5P3BA 3G6ZA 5C9DA 1SMEA 5I70A 5HE4A 3VF3A 4EPJA 3JVYA 3EKWA 4Y9WA 4Y41A 2ZJJA 1MUIA 5OZWA 2AOEA 3ER5E 4DH6A 1HEFE 2HB2A 5P2UA 3OAGA 5P0RA 4Y39A 1KJ7A 5P1DA 5P5XA 3M9FA 3SA4A 1IVPA 1G0VA 1Z8CA 3NWXA 2ER9E 4R5NA 4YBIA 5P1KA 4XKXA 4I0ZA 3TL9A 2WL0A 4Y3JA 3NU5A 4L7JA 3SA7A 3L38A 3WZ6A 1PPKE 3K4VA 1FQ4A 3TTPA 2CENA 3LPKA 5P0QA 1EC0A 4Y3HA 4I8WA 2PQZA 3KT2A 5AH8A 5P4VA 5P0JA 2OHRA 1HTFA 3O9GA 3D3TA 5P68A 4CPWA 4Y36A 2VA5A 3U6AA 4FIVA 4RVJA 1B6LA 2ZHVA 5P25A 1B6MA 3FX5A 2B42A 1RPIA 5P28A 1BWAA 5P2GA 4Y4JA 2P3BB 3EM4A 5P0CA 1TZSA 3O9FA 4ZEAA 5P4KA 5P8UA 3UQUA 5HDUA 3KT5A 3NDTA 5P18A 5P7PA 4JECA 1BDQA 2R38A 3KN0A 3URJA 3ZPTA 1NH0A 3SLZA 5P6FA 5P7MA 3EL4A 3D1YA 2OHPA 1HVKA 5P85A 5P1MA 3R0YA 2PMAA 2AOFA 2QMPA 5DR7A 1G35A 5P2JA 5P2KA 5P8PA 4B00A 4ER4E 1APUE 4EXGA 2R5QA 3U7SA 2JE4A 5P5CA 3VYFA 5P4UA 5P7ZA 3U71A 2AQUA 3ZPUA 5C9FA 4CP7A 3WZ8A 2PYNA 1QBUA 5P15A 5OZCA 3RVIA 5P56A 5ENKA 1ZP8A 3UQWA 5P2RA 5P83A 5P7CA 3L5FA 1EC2A 1TCXA 3UDQA 5P33A 4I10A 1SMRA 2AOIA 2QK5A 4CKUA 3OADA 5P5OA 1FQ8A 5DR3A 4DQEA 3TPRA 2JJIA 2FDPA 5P7IA 1FLHA 3LHGA 5P06A 2IGXA 4WY1A 5P1VA 2ER6E 1W5XA 2WF3A 3GI5A 2P8HA 5P3LA 4D83A 4PHVA 5AH6A 5P8JA 5IVTA 1YT9A 4J1IA 4Y3ZA 1W6IA 4DJVA 3UDNA 1A30A 5P3NA 5P75A 3HD8A 5P2QA 5P49A 3IXJA 3KMXA 2AVMA 2EWYA 4OBJA 2NNPA 5P8HA 2WEDA 2NMYA 2G1OA 2AOHA 2Q5KA 5P6BA 3QVCA 2XYEA 5P2BA 4FM8A 2R5PA 3LPIA 4NJUA 5P1XA 1W5YA 4PPHA 1HVCA 5KQFA 3BXSA 3OAGB 3AUPA 5P4EA 4DV9A 2R8NA 1A9MA 2ZJKA 2I4QA 2ZHUA 3LZSA 5P26A 3EKVA 5P07A 5P3UA 1IZHA 3MSJA 1BVGA 2BPVA 3SM1A 3NR6A 1APTE 1EBWA 3VSXA 1QS8A 1Z1RA 4MC9A 1YM2A 3UDYA 5OZZA 5DQ2A 1T7JA 1A94A 3AIDA 4QGIA 4HDPA 5TOLA 3PI5A 2Q64A 2FGVA 1U8GA 4Z22A 5P7VA 2VA6A 3VLBA 5P76A 1C6XA 4L6BA 1PROA 3BHEA 2QNNA 5ER1E 1PSAA 4J54A 3GGUA 2IKUA 1HWRA 5P5VA 4QJ9A 5P77A 5P81A 3FNSA 2ZHSA 5P5HA 2I4UA 3K5CA 4J0PA 3NUOA 1BAIA 5P3QA 1EEDP 2APRA 1M43A 2A4FA 4HZTA 4Y37A 5IS4A 3OXCA 3H0BA 2BJUA 2CEJA 1EBKC 5P8BA 3VV6A 6APRE 4Y3YA 5P1NA 2HM1A 1DAZC 5P64A 2OHKA 3NU9A 5P3MA 3INEA 1YTJA 2NXLA 4CPRA 2WEAA 3L58A 3SABA 5P53A 1K2BA 3FSMA 1VIKA 2WEBA 4Y5LA 2O4LA 3K5FA 4GJAA 2WJOA 5P1EA 4L7HA 4OBHA 2Q63A 5P82A 5P84A 3KDDA 5OZ1A 3UDKA 2OHSA 3R4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXR A;  4RYC A;  1HPX A;  5P1F A;  3VSW A;  1IDA A;  5P3O A;  3CKP A;  2HPE A;  5P4O A;  4R95 A;  4JP9 A;  1ODY A;  5P0K A;  1RV7 A;  3FNU A;  3DJK A;  3PI0 A;  4AMT A;  5P3A A;  5P6J A;  5DQ1 A;  3TPP A;  3KFP A;  4YE3 A;  3TOF A;  4Y3X A;  3APP A;  3OGQ A;  3CKT A;  5HCT A;  4B0Q A;  3KDC A;  4CPS A;  4BEK A;  5P3S A;  5P4X A;  5EZX A;  5P4L A;  2G94 A;  2OHU A;  3UPJ A;  4ZSQ A;  1EBY A;  4Y4D A;  3F9Q A;  1RNE A;  2WF2 A;  3VV7 A;  4ZIP A;  1HHP A;  2F3K A;  4A6C A;  2VKM A;  5OZA A;  1CMS A;  1MEU A;  1W51 A;  5P5R A;  3IXO A;  5T4S A;  5OYW A;  1D4J A;  5P2I A;  2HAH A;  5P5I A;  4ER2 E;  3HVG A;  1UH7 A;  1TSU A;  5P6O A;  1MES A;  3L5D A;  1HVL A;  1SIP A;  5HCO A;  4FE6 A;  4FRI A;  1FMB A;  5P23 A;  4U7V A;  4R92 A;  5P1T A;  2P3B A;  3CYX A;  4OC6 B;  5P36 A;  4J0T A;  4NJS A;  1UH9 A;  1CPI A;  2ZHT A;  5P5Q A;  3R0W A;  4YDF A;  3OTS A;  4S1G A;  3RTM A;  2BPX A;  3EXO A;  3K1W A;  4JPC A;  2F80 A;  1MER A;  3D20 A;  5HDV A;  2V10 C;  2QU2 A;  5P3R A;  3D91 A;  5P1P A;  5P3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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