3R4BA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with tmc310911
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title TMC310911, a Novel Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Inhibitor, Shows In Vitro an Improved Resistance Profile and Higher Genetic Barrier to Resistance Compared with Current Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r4bA00
2P3BA 2BPZA 4DFGA 4I11A 4DQFA 3QRVA 3UCBA 2P3DA 5OYVA 1EC3A 1FF0C 5P42A 2PMAA 2RMPA 4H3GA 5P4EA 3UFLA 4J1IA 1NH0A 3EBZA 5P2YA 4BFDA 3O9AA 5P6MA 4MC2A 3KA2A 5P4YA 1PSAA 1B6PA 5P67A 3ZPUA 1K1UA 5P3GA 3SQFA 5SZ9A 2FNTA 3OOTA 3LNKA 5P1KA 4RZ1A 5P3PA 5P1HA 1MIQA 5P3ZA 5C9DA 2ZHRA 4Y4XA 5P5TA 2RENA 2WEBA 4I0ZA 5AH7A 2P4JA 3UF3A 3ZKGA 1EPRE 3K1WA 4J5JA 1QS8A 4DQEA 4Y3QA 1BVEA 4HZTA 4J55A 1EC2A 5DR1A 3KT5A 4EXHA 2OF0A 5P8OA 1IBQA 2ZHUA 1A30A 4YCYA 5P17A 5KR1A 4XKXA 2VA6A 4Y3TA 1TSUA 4FAEA 5ISKA 5P5XA 3K5DA 3BRAA 2QAKA 5HDZA 3GI5A 5P5MA 1LYAB 4TRYA 5P1DA 4CPUA 4WTUA 3EKPA 4A6CA 4DQBA 5P5CA 4Z2ZA 1GNOA 2IL2A 5P4RA 3GI6A 3QRSA 3EL1A 1HXWA 4I0GA 5P0AA 1FQ6A 1C6YA 4B72A 1Q9PA 4FM8A 2XFIA 1KJ4A 1TCXA 2VJ9A 3FNUA 1D4KA 4Y3GA 4DJRA 5P88A 4GJ9A 2ZJKA 2V11C 4RCDA 4YCTA 1FFFC 5BS4A 5P6TA 3Q70A 1IZDA 1FQ5A 3O9IA 3R4BA 1BV9A 2PH8A 5HTZA 4Y5BA 5HE4A 5P3YA 1BDLA 4B1CA 2XYEA 3JW2A 3D1YA 5P2WA 4Y4GA 2O4PA 4CPTA 4ZSPA 1BWBA 4DQCA 5P28A 4AMTA 5ISJA 4Q1XA 5P3EA 3NU6A 5P31A 5P63A 3SM2A 2QD6A 3EM3A 4CKUA 5P5GA 2BBBA 1XE5A 4COEA 4TRWA 3IXOA 3UDPA 5P8LA 1RV7A 5P45A 5P5VA 4YBFA 1RPIA 5P39A 2ZHSA 4R8YA 5E5KA 4HE9A 4R5NA 3WB5A 1SDUA 2JXRA 5T4SA 2VIZA 5P8KA 4AUCA 4R91A 5OYSA 3T7XA 2QNNA 5P49A 1K2CA 5P84A 5P4FA 3OY4A 5P44A 4GZFA 3GGUA 5P0VA 4EWOA 4YD3A 2ZHTA 4Y5AA 4ZEAA 5OZVA 2F3EA 5P19A 5P2DA 5P3KA 5HE7A 3OXCA 4GJAA 3OTSA 4NJSA 3DCRA 2Q5KA 1HPXA 1SDTA 3UQUA 3IXJA 3PI5A 3OXXA 1G6LA 1VIKA 1TSQA 3LZSA 5ER1E 3KT2A 5P1BA 5HVPA 2R9BA 1FFIC 5P4QA 4XXSA 2I0AA 1AXAA 3OHHA 2CEMA 3TPLA 1FQ8A 2BB9A 5P11A 5P3CA 1HVJA 2QHCA 2AOCA 4Y9WA 2Q54A 3VSXA 1AJVA 4JOOA 5IS4A 5P4JA 4I0FA 2QI1A 5P1PA 2WF1A 4EP3A 4Y3RA 3KFPA 4BELA 5P7BA 1KJ7A 5P6QA 3SACA 4Y4JA 1Z8CA 1LV1A 3NU9A 5P12A 5OZNA 5P6YA 4FAFA 5P43A 4QGIA 4Y3JA 4I10A 3OAGB 5P8HA 3OUDB 3TLHA 3PLLA 2NPHA 1PPME 4L7GA 5F00A 4I12A 3OQDA 1K6PA 2BPYA 1GVTA 3K5CA 3FNTA 3LZYA 1YTIA 2OHTA 4PPHA 1HVLA 4DPIA 1BV7A 5P25A 3WB4A 4YD6A 5P79A 2PK5A 3G6ZA 5OZQA 1HPSA 2BKSA 5P5AA 3UFNA 5AH6A 4E43A 2PWCA 1E82E 5P52A 4D8CA 3UDNA 2G1NA 4GJDA 4NPUA 5P0LA 2NXDA 2I1AA 3S43A 5KQFA 3TH9A 2G26A 4J1HA 5P2OA 3NDXA 5P06A 3UQWA 2WEZA 5OZ1A 1SGUA 1ZJ7A 2BPVA 3LIVA 4QJ2A 1HBVA 3UHLA 2IDWA 3O99A 2WHHA 3T7QA 1G2KA 5P76A 4Y4EA 3RVIA 4WY1A 4J0VA 5P1GA 5P71A 1MPPA 5P8JA 3VCMA 5HCOA 5P7HA 5AH9A 1HSGA 2AOFA 5OZSA 5P1CA 4EHCA 2XFKA 3PLDA 2ZJJA 1EEDP 3KFNA 3S45A 3G70A 4IVSA 5P7UA 1EPOE 3OK9A 3VF7A 1SGZA 3PVKA 3SKGA 2MIPA 4OC6A 2R38A 3UDMA 2FGVA 1DIFA 5P6AA 3I6OA 4Y3EA 1CMSA 5P4XA 3I8WA 4CP7A 1SIPA 3O9LB 2QI4A 3EL0A 3DV5A 1HVSA 1ZTZA 5OYYA 2ZJLA 5P5JA 5IVQA 2AVMA 5P8SA 3O9EA 5SXNA 2RSPA 5P6JA 1LZQA 2O4LA 3KDBA 1G0VA 1K6CA 2P8HA 1APUE 2QP8A 1SP5A 3UTLA 2B7FA 5P3HA 1DPJA 2HAHA 5P0YA 5F01A 1OHRA 3O9LA 5P3BA 5P3UA 1QRPE 5P0NA 2OHSA 4NPTA 4I0HA 1EPLE 4FSEA 4DJUA 3O9CA 5P7PA 4DI2A 5P1YA 4QJ6A 1HTGA 2IGYA 5P0KA 1HVCA 1XN2A 3T3CA 1EC0A 3L5BA 5P35A 3PGIA 5COOA 4Z50A 4CMSA 5OZOA 5I3XA 5I3WA 2ASIA 2IRZA 4X2LA 4APRE 4LBTA 5P0MA 5AGZA 4EPJA 1BXQA 4NJUA 4D85A 1IVQA 3FIVA 3HAUA 1MSMA 2P83A 4DPFA 2OHQA 4X7IA 3L5DA 5P3NA 1M43A 1AAQA 4Y48A 3KMXA 4RCFA 4OBZB 4F74A 1BDQA 5P1JA 4NJVA 5OZJA 1ZSRA 2G21A 2B42A 5OZAA 4Y41A 1D4LA 1TQFA 2PSUA 5P7QA 5HU1A 4IVTA 1MERA 1MUIA 1AJXA 1HTEA 2PYNA 2J9JA 4MC1A 4DVFA 3UPJA 3PBZA 1HEFE 4Y3AA 6APRE 1ZAPA 1BDRA 2FDDA 2R43A 4RVIA 4DQHA 4D89A 3BUFA 3CYWA 2IKOA 4FRJA 4A4QA 2OAHA 1UPJA 1WKRA 2NTRA 1MEUA 2AQUA 4LC7A 4JPCA 3O9BA 4Y47A 1ODYA 2G20A 5P59A 5P1WA 4LXMA 3B80A 4H3FA 2AODA 3SLZA 1XN3A 3RTNA 3KM4A 4ZE6A 3VLBA 4AA8A 3QVIA 5P6UA 3QBHA 2O40A 3L5FA 2I0DA 1SMEA 3UDQA 4GYEA 1BWAA 1B6JA 5P50A 2HB4A 5OZ7A 5P73A 1HSHA 1J71A 2PSVA 1BVGA 5P62A 4EXGA 3PSGA 5P29A 2QMPA 3ER5E 1F34A 1FEJC 4Y53A 2P3CA 5KQYA 5HD0A 5P2RA 1AZ5A 1Z1HA 4CPWA 2Q15A 5P5DA 4Y3LA 2FNSA 1LS5A 3U71A 3OTYA 1N49A 4Y6MA 1T6GA 3KMYA 3BVAA 3UDKA 2R3TA 2OHMA 2G1RA 3URIA 3CICA 5P15A 4L6BA 5P1LA 1LYWA 3NSHA 4KUPA 5OZGA 3FNSA 1META 4B05A 4GJ7A 2Q63A 3KDCA 4APEA 2AOJA 4I8WA 5P8FA 5P4LA 3TTPA 4GJ8A 4TVHA 5OYRA 3TKWA 4J0TA 1B6LA 3SKFA 3NUOA 3NWQA 2VS2A 4Y50A 2G27A 5KR8A 3HD8A 5P5HA 2BPXA 5OZUA 4RGHA 3LIZA 1ODWA 5P5BA 2A1EA 3N3IA 1FLHA 2IENA 3FKTA 2I4XA 1MT8A 2QZWA 2UY0A 3HLOA 4K4RA 4B78A 2QCIA 1NSOA 5P1QA 5P05A 5P6KA 3S56A 4GJBA 3PB5A 1WBKA 3VV7A 4FLGA 2I4DA 2QMFA 1HXBA 5OZYA 3T7PA 1GVXA 1KJFA 1UH9A 5P03A 5P01A 1ZLFA 1HPOA 5P8BA 4JP9A 2V00A 3NWXA 5P6VA 2QZXA 5P1AA 2ZYEA 3BUGA 1A94A 2VA7A 3T11A 2ZHVA 3U7SA 5P0UA 1FG8C 5P5NA 2NNKA 5DQ2A 1XE6A 4J0PA 5P5RA 3KF0A 3S7LA 3HZCA 5PEPA 1HPVA 1FMBA 1ZPAA 4DJPA 3QIHA 3SA8A 1AVFA 2G1YA 2QD7A 2OHKA 5OZ0A 3U6AA 3VF3A 3IVHA 4J17A 4K4QA 4ZPFA 3K4VC 4K4PA 4PZXA 3L38A 7UPJA 4DUSA 4GB2A 3DCKA 2V12C 3EKQA 4J1CA 5P0BA 3BXSA 2BJUA 5OZCA 5P16A 1UH8A 4DH6A 1QBSA 5P2HA 3HVGA 3ZKIA 1M0BA 1ZPKA 4JECA 4BFBA 5P8DA 5P4ZA 4LAPA 2QHZA 3D3TA 3ZKSA 1YX9A 5SY2A 4Y4ZA 5KQZA 5P47A 5OZPA 4FRSA 2WJOA 3TPJA 5P30A 4Q1YA 5P1VA 2AVSA 2QK5A 4TVGA 3CKTA 5P7YA 1PROA 3LITA 3OUAA 2JYSA 5P83A 2VA5A 4YHQA 2NXLA 3TOFA 3CIBA 2JE4A 5P0ZA 4GIDA 5DQ5A 1PSNA 5P4CA 3OADA 3INEA 3PSYA 3ER3E 3LZUA 4FE6A 5DR7A 5P1ZA 2B8VA 5P6DA 4GJ6A 1Z1RA 3PWMA 2XFJA 4Y5KA 4S1GA 3RSXA 4RVXA 3PWWA 2QNPA 5P1NA 5P2XA 5P0WA 5P64A 3N4LA 5P48A 1HTFA 1GVVA 1FMUA 1EPQE 1ZSFA 2B60A 4GJ5A 3VF5A 3DOXA 3NYGA 3WSJA 4MC9A 5P4GA 2F81A 2VKMA 5P0TA 4KE1A 1LF2A 3NR6A 1D4YA 5P34A 1OD1A 1T7IA 3URJA 5P5PA 4HA5A 3SA5A 3TL9A 2ER0E 4H3IA 1OEWA 5P27A 4I0JA 3PMYA 5P5WA 2FXEA 5P5SA 2BPWA 5P32A 1U8GA 5OZZA 5J25A 2FIVA 5P8UA 5P53A 4K9HA 5IVRA 1B5FA 4NKKA 5P0JA 4OBJA 4YDFA 5P7TA 3S8IA 4Z22A 3K5FA 4CPSA 4FRKA 3S85A 1W50A 1SDVA 1FG6C 5P80A 5EZXA 5P5QA 1GNMA 5P72A 5P40A 5P3FA 2BKTA 3ZKMA 4Y36A 2FXDA 3IA9A 1LYBA 5OZRA 5DR8A 4Y3PA 3S43B 4Y3FA 3EMYA 3PM4A 5P6HA 2V16C 5OZHA 5P26A 3D91A 3I2LA 3QROA 5HDVA 3KYRA 2Z54A 5ENMA 5P37A 5OZ5A 3ST5A 5OZMA 5AHCA 5P4IA 3VYEA 5P0CA 1NPVA 3EKWA 3OGPA 4PZWA 3FV3A 3SAAA 3PI0A 1W51A 1MT7A 3GGAA 3Q5HA 3LIQA 1IZHA 1HVKA 2HB2A 3RSVA 2G94A 3GI4A 2Q3KA 4KE0A 5P3QA 3PMUA 2G69A 2V0ZC 3VYDA 4Y38A 4YBIA 3PCWA 4A6BA 3VG1A 3DV1A 5P4SA 4OC6B 3IXKA 2HC0A 2HS1A 3APPA 2G22A 1FIVA 3LIXA 1FKNA 3OU4A 2NNPA 5P3WA 3IN3A 3MWSA 1C70A 4Z4XA 3PRSA 5ER2E 5HU0A 2AZBA 3LINA 1CPIA 5P6XA 5OZIA 5P0OA 1RL8A 1SIVA 3VV6A 2PK6A 5P0RA 4R92A 3TOHA 5P09A 5P0SA 4J0ZA 1ODXA 4LHHA 5P4HA 2IEOA 3CMSA 4B00A 3IGBA 2PSGA 5P86A 4Q1NA 5P6FA 5P7DA 5AH8A 3CIDA 1YTJA 4FGXA 4B1EA 4RCEA 3S7MA 2OHRA 5IE1A 4ZPEA 1KJGA 1D4SA 3OU1A 1IVPA 5KQXA 5P00A 3SA7A 2OHPA 3CKRA 3Q3TA 4Y5CA 4EJLA 2ANLA 1ZP8A 1A9MA 4OBFA 5P1EA 3LHGA 1HIIA 2QZLA 3S54A 2WF4A 3HAWA 3LZVA 4R93A 2AVOA 3S2OA 2B8LA 1IDBA 4Y45A 1DAZC 2OHUA 5OYZA 3VEUA 5P1FA 4YD7A 4Y35A 1D4HA 2UXZA 4M8YA 4PEPA 3I25A 1ME6A 5ENKA 3QAAA 3PWRA 4QJ7A 5P2LA 1F7AA 5P2TA 5OYTA 2J9JB 1MTBA 4Y44A 5P8EA 3KFRA 4HDPA 1NPAA 2XYFA 1FMXA 2PWRA 1IDAA 3EKVA 4Y3MA 1EPNE 4I8ZA 1BBSA 5OZ9A 2SAMA 4Y54A 5OZFA 5KOQA 2WEDA 1C6XA 3TOGA 5P1IA 4EQ0A 2V10C 1XS7D 4I0DA 5TOLA 5P0IA 3VYFA 5DPZA 5P0QA 2PC0A 4LP9A 5P6IA 5P7FA 4AA9A 3NU3A 5P68A 5P8MA 2ZJMA 5P5LA 4U7QA 4DJVA 2VJ7A 2AVQA 5P1TA 4Y3WA 1BILA 5DR0A 5OZDA 3AUPA 5P8IA 5P2KA 3QP0A 2FDPA 5JG1A 2Q11A 5HDUA 3QN8A 2J9KA 5APRE 3CYXA 1HVIA 1MSNA 2WKZA 4YD5A 5I3YA 2FDEA 4EJKA 1TZSA 3O9GA 4EJDA 4WY6A 1SH9A 2WEAA 3L3AA 3UQRA 5OZ6A 5P2QA 2I4WA 5P6BA 3WZ6A 4Y4WA 5P7ZA 1CZIE 1W6IA 5P0DA 2R5PA 5P4AA 4U8WA 1QBTA 1DP5A 3OUCA 3NXEA 3NUJA 1BAIA 3INHA 3L5EA 2QHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B A;  2BPZ A;  4DFG A;  4I11 A;  4DQF A;  3QRV A;  3UCB A;  2P3D A;  5OYV A;  1EC3 A;  1FF0 C;  5P42 A;  2PMA A;  2RMP A;  4H3G A;  5P4E A;  3UFL A;  4J1I A;  1NH0 A;  3EBZ A;  5P2Y A;  4BFD A;  3O9A A;  5P6M A;  4MC2 A;  3KA2 A;  5P4Y A;  1PSA A;  1B6P A;  5P67 A;  3ZPU A;  1K1U A;  5P3G A;  3SQF A;  5SZ9 A;  2FNT A;  3OOT A;  3LNK A;  5P1K A;  4RZ1 A;  5P3P A;  5P1H A;  1MIQ A;  5P3Z A;  5C9D A;  2ZHR A;  4Y4X A;  5P5T A;  2REN A;  2WEB A;  4I0Z A;  5AH7 A;  2P4J A;  3UF3 A;  3ZKG A;  1EPR E;  3K1W A;  4J5J A;  1QS8 A;  4DQE A;  4Y3Q A;  1BVE A;  4HZT A;  4J55 A;  1EC2 A;  5DR1 A;  3KT5 A;  4EXH A;  2OF0 A;  5P8O A;  1IBQ A;  2ZHU A;  1A30 A;  4YCY A;  5P17 A;  5KR1 A;  4XKX A;  2VA6 A;  4Y3T A;  1TSU A;  4FAE A;  5ISK A;  5P5X A;  3K5D A;  3BRA A;  2QAK A;  5HDZ A;  3GI5 A;  5P5M A;  1LYA B;  4TRY A;  5P1D A;  4CPU A;  4WTU A;  3EKP A;  4A6C A;  4DQB A;  5P5C A;  4Z2Z A;  1GNO A;  2IL2 A;  5P4R A;  3GI6 A;  3QRS A;  3EL1 A;  1HXW A;  4I0G A;  5P0A A;  1FQ6 A;  1C6Y A;  4B72 A;  1Q9P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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