3R4BA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with tmc310911
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title TMC310911, a Novel Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Inhibitor, Shows In Vitro an Improved Resistance Profile and Higher Genetic Barrier to Resistance Compared with Current Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r4bA00
5P4BA 2F3KA 4XXSA 4RZ1A 3OU1A 1EAGA 5P24A 1D4HA 1HPVA 3OAGB 4YBIA 1IZIA 2R8NA 4OC6A 4J1KA 5P7KA 7HVPA 4H3JA 5P05A 2OHMA 5P6BA 1W5WA 5HCTA 1DP5A 4GYEA 2I1AA 2ZJMA 5P6EA 2HB4A 4AUCA 5P6GA 4Y36A 1HVHA 2ZJNA 1PPLE 4FIVA 4LHHA 5P3HA 5P6IA 2FS4A 3OXVA 4RCEA 5P8IA 3OOTA 5P1AA 3C9XA 1JLDA 2P8HA 4J0ZA 3LIXA 5P2TA 4Y4EA 2B8VA 1GVVA 3FX5A 4MC6A 3OU1B 4YOAA 5P4MA 4XX4A 3QRSA 4I0EA 4OC6B 3FNUA 5P6PA 1SMRA 3SFCA 5P6KA 5P7FA 2A4FA 4K9HA 5P4IA 3TOFA 5P43A 4CPTA 5P4OA 2BPWA 2WEAA 2FGUA 5P47A 3OUBA 3LIZA 2Q54A 1T6GA 4LC7A 4QJ6A 5P5YA 3HLOA 2ZE1A 3K5DA 2OF0A 3EM4A 2R3WA 5P2LA 5P7UA 4BELA 4Y5GA 1ZBGA 5P55A 3S2OA 1K1UA 4R92A 3APRE 5P07A 3R4BA 5P0HA 3WB5A 5P7SA 4GJ9A 3OUAA 1E80E 2IQGA 4RGHA 3NU4A 4GJAA 3VV6A 2AVQA 3VCMA 5OZ5A 2AVMA 5TOLA 1VIKA 4WTUA 1HVIA 3DCRA 3OWNA 2ANLA 2G69A 3O9CA 5P1GA 3LPJA 2FNTA 5P2HA 1FFIC 5KQZA 5I70A 2NMYA 2WF1A 1HBVA 4DUSA 4ACXA 1M43A 2AOGA 4LBTA 5P1MA 1YM4A 5P2BA 5P3GA 1EC1A 2ER9E 1HPXA 1KJ4A 4RYGA 5P0AA 5P1YA 4YD4A 3EL0A 1IZHA 4D89A 3K5CA 1M4HA 3K4VA 3DK1A 1LS5A 1ZTZA 1QBSA 3LZUA 4I0GA 2IENA 5IVSA 2AZ8A 3PRSA 1A30A 6FIVA 5DQ4A 4Q1NA 1FQ7A 5P6SA 4FSLA 5P5KA 1LYBA 2OHTA 4Y57A 3IXJA 1HSHA 3SM1A 3UTLA 5J25A 3T7QA 4B70A 4I0IA 3LZSA 3I2LA 3NU3A 5P0FA 5P20A 5P5AA 4JP9A 5P39A 1BVEA 1W5YA 2H6TA 4Y4JA 4DJRA 4EJLA 5P2EA 3BC4A 3DOXA 5P1WA 4A6CA 4YA8A 5P1TA 5UPJA 3H0BA 5P7PA 4EYRA 3BVBA 3ER5E 3SA5A 1M0BA 3NUOA 5DQ1A 4DQGA 5DPZA 4L6BA 5P8GA 1OHRA 2F81A 4EQ0A 1XN3A 1LYBB 1EPNE 3R0WA 4GMIA 5P7ZA 3L5DA 3LNKA 2NTRA 1KJHA 1B5FB 5FIVA 2PK5A 2V12C 2AVSA 1Z1RA 3INDA 3RSVA 3QROA 5P1SA 1APUE 4Y5MA 5KR2A 5BS4A 4PHVA 3BHEA 3HW1A 5P88A 2RKFA 3EKWA 2OHSA 4NPUA 5P4YA 1IBQA 5KQFA 3O9HA 3NSHA 4Q1WA 4DVFA 2PQZA 3UDHA 5P0OA 4JOOA 5P26A 1FMUA 1MIQA 3EM3A 2AOEA 2OHPA 1HVSA 3PM4A 1FKNA 1HTGA 4YD5A 4TRYA 5AH7A 5AHCA 1HXBA 4Y4GA 5P3CA 1A8GA 3EMYA 4J1IA 2PK6A 5P87A 1SDVA 4Y5AA 3QBFA 3BGCA 3EKTA 5P8UA 3VSWA 4OBKA 4B05A 3VFAA 1EPLE 1A8KA 1G2KA 1K6TA 3FIVA 1N49A 4J0PA 1RPIA 5P57A 3D3TA 3UFNA 2AVOA 4BFDA 3DM6A 5P2FA 1TW7A 5P56A 2QHYA 3ER3E 1MSNA 3Q4BA 2VA7A 1FIVA 2QZWA 5P3WA 4QLHA 3RTNA 2Z54A 4R5NA 4RYCA 1T7KA 3F9QA 1TSUA 2FLEA 2PH6A 2F80A 5P1NA 5P41A 5P68A 5OZNA 1SDTA 5EZXA 3NU5A 3OTSA 5JFUA 2NXMA 3QS1A 5P1BA 3VV7A 3GGVA 4D8CA 5P2QA 5P0IA 2BKSA 4Y5PA 2QU3A 2CEMA 2G21A 3PSUA 4FM6A 4WY1A 5P7LA 4FAEA 5P0LA 1APVE 5P3KA 4X7IA 1SIVA 1J71A 4RROA 2CENA 2IKOA 3O99A 3Q5HA 2XYFA 5P1JA 5HU1A 5P2ZA 5P63A 5OZUA 2AQUA 4ZE6A 4Y5LA 2I4VA 1HTEA 5I3YA 1ZPKA 3MSJA 5P6TA 3SA3A 3U7SA 2V16C 3PI0A 1HEGE 3S45A 3TNEA 3PLLA 2QHCA 1W51A 5P77A 1GVTA 1WBMA 5P5XA 2VJ6A 4GJBA 2G26A 4ACUA 3KFRA 1FMBA 5P5LA 4CPRA 2B8LA 3S43A 3GW5A 1PROA 4TVGA 5P7BA 2R5PA 1B6JA 1BV7A 4B1EA 5P27A 5OYQA 5P2YA 2VIJA 1EBZA 3T3CA 3GI5A 3VF5A 2ER0E 3OXXA 3PWMA 3QP0A 3HAWA 3PB5A 3GGAA 5P3FA 5P1PA 2P83A 4I8WA 1RNEA 1EPRE 3SA4A 5HCOA 3PCWA 3LHGA 5P5SA 5I3XA 5P80A 1LYWA 1B11A 3HD8A 3QBHA 4AA8A 4Y35A 3EL5A 5OZ1A 2I4XA 3ZKQA 4Y3JA 1NPVA 3RTMA 2FDPA 2G1OA 4J54A 3S43B 4HEGA 5C9DA 1BILA 1EC3A 1YTJA 3M9FA 5P5TA 5P3TA 3PSGA 5P0TA 5P1EA 2BQVA 5BRYA 2ASIA 3UDYA 2J9KA 3EKPA 3EKYA 2WF2A 2XYEA 5DQCA 5P0KA 5JG1A 4F73A 5OZ3A 3T7PA 1ZSRA 2QU2A 5P6XA 2UPJA 4Q1YA 5P0BA 4Y3AA 5P44A 4AMTA 1LYWB 3HVPA 5P5QA 4D85A 2P3AA 3FSMA 3KFNA 4FRSA 5C9BA 5HTZA 5F00A 4ZIPA 3QPJA 4RLDA 5P02A 2B42A 1LF4A 2IEOA 5P37A 4Y4ZA 4Y5BA 4M8YA 4OBGA 2G27A 4I1CA 5P7NA 3OUCA 4YD7A 5P4QA 3VSXA 2FGVA 5AH8A 3EKVA 1HEFE 5P6HA 5P8FA 2NPHA 1BWAA 4J1CA 4J1EA 3DUYA 5DR7A 3UQRA 2PWCA 4TRWA 5P5WA 3O9AA 5P7AA 1PSNA 5P48A 5P5GA 3URLA 3MXEA 3K4VC 5P2MA 2ER6E 3URIA 5JODA 5P78A 4DJUA 2BPYA 5ENKA 5SY3A 1EBWA 5P8HA 2WKZA 5P6DA 3PJ6A 3PBZA 2IRZA 4ZLSA 4OBZA 4N00A 4YBFA 1EPQE 5P7OA 1K6CA 2HAHA 5P0XA 1NH0A 3HDKA 5OZQA 3T6IA 3VFBA 5P42A 1K1TA 4F75A 1W50A 4Y5EA 4IVSA 3VEUA 4Y3DA 3WSJA 2FNSA 3VLBA 2HPFA 4DJXA 4RRNA 1NSOA 5P4CA 2HS2A 3D1ZA 1UH9A 4NJTA 5P1RA 2WF0A 3LINA 5P6LA 3CMSA 5P33A 2Q11A 4I8ZA 5P25A 5HDUA 2QD6A 2AVVA 5F01A 1MESA 3LIQA 5PEPA 4R95A 3BUFA 5OZLA 4GJ5A 2R3TA 1VIJA 4K4PA 4OBZB 5P7CA 1HIIA 3OUDA 3GI4A 3OXCA 1HRNA 5P6NA 2UY0A 5P5IA 4ZSRA 1BVGA 4H3FA 1IZEA 3CIBA 5OZVA 1D4JA 5P5VA 4LXAA 3KMYA 5P49A 2JJIA 5P8BA 5P13A 2NMZA 4Y3TA 5HD0A 3R1GB 5KR1A 2FXDA 4R91A 3ZPUA 4GIDA 1FB7A 5KAOA 4QJAA 3DJKA 4IVTA 1IDAA 2OHKA 5P2JA 5P54A 2I4QA 5OYWA 3O9FA 3JVYA 3UHLA 5OZYA 3TOHA 5OYXA 4Y3PA 5E5KA 5P4KA 3NDTA 4FL8A 4Y3NA 3TPPA 5P5UA 5P8PA 3BRAA 1HVLA 3GGXA 3FNTA 1DW6C 2JE4A 4LP9A 3OUDB 2WF3A 2FIVA 3B80A 2HC0A 4I10A 1SBGA 5P4AA 3SA6A 2RSPA 4L7JA 2ZHVA 5P72A 3S85A 5P8JA 4WY6A 5P16A 4YDGA 4Y3LA 4HDPA 3PHVA 1FEJC 5COOA 3SLZA 5P70A 2JYSA 3GGUA 2P3BA 3KF0A 5P04A 4FRJA 5P7TA 4YDFA 4YOBA 1MPPA 5OZ9A 1YT9A 1F34A 3PI5A 2PYNA 5P3OA 1AIDA 4LL3A 3VF3A 2OHNA 4E43A 4XX3A 1BDRA 5OZTA 1C70A 4DH6A 1RL8A 2JXRA 3CKPA 5P1IA 4FRKA 3OOZA 2G1SA 3UDRA 5P6WA 2AOCA 3K5GA 1HXWA 1K6PA 5P5RA 4PEPA 3BGBA 2ZYEA 4FRIA 1MVPA 4ZPFA 1MT7A 4B1CA 4PZWA 4H3GA 1YTHA 5ER2E 3ZKXA 5P0RA 5P3EA 5COKA 2ZHTA 2BBBA 2BKTA 2ZHUA 1G6LA 3UF3A 1D4KA 3TPRA 5OZ0A 3VG1A 2P3BB 3CICA 3O9DA 5P53A 4GZFA 1LZQA 5P2RA 4DPIA 2PSUA 5P12A 2B7FA 3SACA 4I0FA 4YCTA 1IVQA 5P8NA 4JPEA 5P45A 5P3JA 4I0DA 3PBDA 5OZOA 5P2AA 4B72A 5KOQA 2VNNA 1APWE 5P86A 4I12A 3UQWA 5CLMA 4EP2A 2XFJA 4EXHA 4Y4BA 4OBHA 1T3RA 3D1YA 3QRVA 4YHQA 3IGBA 3EC0A 1QRPE 2RKGA 3A2OA 4Y4UA 2NR6A 4A6BA 1ODWA 4DQBA 3RTHA 4Y39A 1HVKA 3SKGA 1LV1A 4B77A 5P1OA 4CPXA 1YTIA 3LZYA 5P0EA 4J0VA 5P6UA 4DJVA 2VIZA 3KFSA 4DJYA 3LIYA 4HLAA 5AHAA 5P22A 1HTFA 4JECA 2BB9A 4YD3A 1G0VA 3I7EA 4K4QA 3ZKMA 1FF0C 1PPKE 1XL5A 1FG8C 3UCBA 5P58A 4Y4WA 3L3AA 4GJ6A 2VIYA 5HE5A 2QI1A 3PSYA 5P35A 5P06A 3VF7A 5DGWA 1KJGA 4Y3EA 3UDNA 1KZKA 5P5NA 3OTYA 4J1HA 2O4SA 2ZHRA 3SKFA 2QK5A 5P36A 3EM6A 3PWRA 3KMXA 5P0WA 5P6QA 2Q63A 4FM8A 4KB9A 1QBTA 4PYVA 5B18A 4BEKA 1OD1A 4ZPGA 2HM1A 4Y45A 5P00A 1LYAA 4Y43A 5P7MA 2ZJJA 1LF2A 1Q9PA 4Y4TA 4GJDA 2QI3A 2BPXA 4NJUA 3SAAA 4H1EA 2FDEA 5P17A 2RMPA 4Y5NA 5C9FA 5P4JA 5P71A 3SA7A 4Y38A 2IGYA 1CMSA 2QI6A 4J55A 5P3UA 4MC1A 2RENA 1CZIE 5SY2A 2QNNA 3O9GA 2G1NA 2O4PA 2ZJKA 4NKKA 1C6YA 2ZJLA 1PFZA 1A9MA 1GNNA 5P3QA 5OYSA 9HVPA 1D4SA 1FQ5A 4Y3HA 5P3ZA 2VKMA 5P7VA 3SA8A 1TSQA 4YE3A 2QNPA 3TPLA 4FE6A 3NU9A 1DMPA 3EKXA 3EXOA 5IVTA 1LYAB 1AAQA 2QMFA 3IVHA 2I4DA 2A1EA 5P75A 4EP3A 5P09A 2PSVA 4J1FA 3IA9A 2H6SA 3QIHA 2NXDA 5P2KA 1HPOA 1TQFA 5OZEA 3U6AA 3Q3TA 2B7ZA 3SM2A 5OZFA 5P4XA 3SO9A 5P2OA 1EBKC 4Y6MA 2V11C 2BPZA 4COEA 5DGUA 1GKTA 3URJA 5P34A 2VJ7A 5P2DA 3EL1A 5P1XA 3KN0A 1AJVA 3IXKA 5P64A 1TZSA 5P6RA 4EQJA 3SQFA 1PPME 3KDDA 1UH7A 2WEBA 4K4RA 5P8SA 1EPOE 2AOIA 5P0ZA 2P4JA 4KE0A 2O40A 1PSAA 4HZTA 3LITA 2QAKA 2HB2A 4MC2A 1XDHA 4RVJA 3L5BA 4DQEA 3OU4A 1TCXA 1EPPE 2R9BA 2HB3A 5P1QA 5P0MA 4RCDA 3TOGA 1ER8E 1XE5A 1LF3A 1QBRA 3EBZA 3T7XA 5ENMA 1HTRB 2VA5A 5DR0A 5OZPA 3SPKA 1EBYA 3PMUA 5P1UA 3O9EA 4H3IA 3I25A 1MTBA 2BPVA 5P5DA 5P2CA 2IDWA 5P7DA 5HE7A 4ZSPA 3WB4A 3T11A 4OBJA 3OXWA 1HIVA 1XN2A 3BUGA 5P1DA 5P15A 1UH8A 1HSIA 4Y54A 5I3WA 1SGUA 4YCKA 5P1FA 2I4WA 3OU4B 4HDBA 3TLHA 4U8WA 4MC9A 3ZKNA 4KE1A 3TPJA 1HSGA 1ZLFA 4OD9A 4R8YA 1IZDA 2AOHA 5OZBA 2ZGAA 5P4DA 5P8AA 1A94A 5P0DA 3WZ6A 3NXNA 2F3FA 3OU3A 1DAZC 4NJVA 2XFKA 5P69A 1W6HA 1ME6A 1OEWA 4QJ9A 5P5OA 4J5JA 2G1YA 5P7HA 5KQXA 2PSGA 5AH6A 5P84A 3OHHA 5HDXA 3IAWA 3KT2A 4Y47A 4L7HA 5P81A 5P0GA 4M8XA 5OYYA 5P46A 4Y4DA 2OHLA 3ECGA 1RQ9A 1QDMA 2ZJHA 5P67A 5OZIA 4Y48A 1KJ7A 5HDVA 4QJ2A 3LIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4B A;  2F3K A;  4XXS A;  4RZ1 A;  3OU1 A;  1EAG A;  5P24 A;  1D4H A;  1HPV A;  3OAG B;  4YBI A;  1IZI A;  2R8N A;  4OC6 A;  4J1K A;  5P7K A;  7HVP A;  4H3J A;  5P05 A;  2OHM A;  5P6B A;  1W5W A;  5HCT A;  1DP5 A;  4GYE A;  2I1A A;  2ZJM A;  5P6E A;  2HB4 A;  4AUC A;  5P6G A;  4Y36 A;  1HVH A;  2ZJN A;  1PPL E;  4FIV A;  4LHH A;  5P3H A;  5P6I A;  2FS4 A;  3OXV A;  4RCE A;  5P8I A;  3OOT A;  5P1A A;  3C9X A;  1JLD A;  2P8H A;  4J0Z A;  3LIX A;  5P2T A;  4Y4E A;  2B8V A;  1GVV A;  3FX5 A;  4MC6 A;  3OU1 B;  4YOA A;  5P4M A;  4XX4 A;  3QRS A;  4I0E A;  4OC6 B;  3FNU A;  5P6P A;  1SMR A;  3SFC A;  5P6K A;  5P7F A;  2A4F A;  4K9H A;  5P4I A;  3TOF A;  5P43 A;  4CPT A;  5P4O A;  2BPW A;  2WEA A;  2FGU A;  5P47 A;  3OUB A;  3LIZ A;  2Q54 A;  1T6G A;  4LC7 A;  4QJ6 A;  5P5Y A;  3HLO A;  2ZE1 A;  3K5D A;  2OF0 A;  3EM4 A;  2R3W A;  5P2L A;  5P7U A;  4BEL A;  4Y5G A;  1ZBG A;  5P55 A;  3S2O A;  1K1U A;  4R92 A;  3APR E;  5P07 A;  3R4B A;  5P0H A;  3WB5 A;  5P7S A;  4GJ9 A;  3OUA A;  1E80 E;  2IQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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