3R4BA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with tmc310911
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title TMC310911, a Novel Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Inhibitor, Shows In Vitro an Improved Resistance Profile and Higher Genetic Barrier to Resistance Compared with Current Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3r4bA00
1META 5P11A 3UDNA 1BIMA 2WEAA 3HW1A 2OHPA 5DQ4A 1D4YA 5P7BA 5P2ZA 3EXOA 1GVWA 4DPFA 4H3GA 2FDPA 3GI6A 5P6TA 4ZEAA 4Y3AA 4CP7A 5P0WA 2PC0A 1D4JA 1PSOE 2OHTA 3L59A 1IZHA 3OQ7A 4TRWA 3VLAA 1NH0A 6APRE 5P0EA 4Y5NA 4D85A 5P3FA 1HPOA 3L58A 1ER8E 1RNEA 2FXDA 2BJUA 5P7MA 4Y3GA 2NXLA 1HEFE 1ZAPA 4Y45A 3SLZA 4EPJA 4LC7A 1MERA 5I70A 3FX5A 2VA6A 2NNKA 5ENKA 5P5AA 2IRZA 4J1KA 2G22A 3KDCA 2B42A 3BHEA 2HC0A 3SACA 3UQXA 1SP5A 2O4LA 5P7SA 4JPCA 1APUE 4I8WA 5P1LA 2JE4A 1A30A 3O9LA 4I12A 4YCKA 3Q3TA 3Q6YA 5P1PA 4L7JA 5P3AA 5P6UA 4AUCA 4APRE 5P60A 5P7EA 3NU3A 4AMTA 4OBDA 1HXBA 2IDWA 5P8OA 1ODWA 3BUGA 3ZKMA 5J25A 2BKSA 2Q3KA 2G27A 2R38A 3LPIA 3CYWA 2HS1A 3T6IA 3QRVA 4Y50A 1EPNE 5P72A 4Q1XA 5P32A 2HB3A 1T6EX 4GJCA 1ZP8A 3KF0A 1FMUA 1B5FB 3L3AA 3NXEA 5P5ZA 2ZJNA 2B7ZA 5ISJA 3LZSA 5OZGA 1A8GA 2PSUA 5P7XA 2Q55A 2WJOA 4FS4A 2CEJA 1PPLE 4FM7A 3CIBA 3EC0A 5JFUA 4DH6A 5P0DA 4Z4XA 5P34A 1VIKA 2WL0A 2QZLA 3S43A 1XN3A 3PB5A 1C6YA 5P6GA 1IBQA 3TOHA 4YE3A 1G35A 3ZOVA 2PSVA 3EL0A 3LIQA 3VFBA 3RTHA 1K1UA 4YCYA 5P80A 4JPEA 4ZLSA 3QS1A 3CYXA 5P88A 4YHQA 3VV6A 4B1DA 5KAOA 3RTMA 5OZBA 3GW5A 5P5KA 4YD3A 2WEDA 4EYRA 1BV7A 5OZPA 4JOOA 4KE0A 3NU4A 4Y3MA 1FQ5A 5OYRA 1WKRA 4LXAA 2P3DA 2QD7A 5P6XA 5P6YA 3ZKQA 3RVIA 4Y3PA 4X2LA 3ZPSA 3OGQA 1FLHA 3TKGA 5P2XA 2QD6A 5DGUA 2QZXA 4RVJA 3PHVA 5P3EA 1BWAA 2G1YA 2HS2A 5IVQA 5P2LA 5KQFA 5P6PA 5P36A 1B6PA 3ZKNA 1FQ7A 1CMSA 5P0AA 4RLDA 1W5YA 2NMYA 2AVOA 2QNNA 4GB2A 5OZ7A 1K6TA 4HDPA 5KQYA 4H3IA 5OZIA 5P05A 4Y44A 5P2VA 1K2BA 1HVRA 5I3VA 2JYSA 1BWBA 3VV7A 2AVVA 5P0ZA 5BS4A 3DCRA 4DQEA 4Y6MA 5P70A 3TNEA 3EM6A 3D20A 1AJVA 4Y4GA 3D1YA 5DGWA 3GGXA 5P1MA 2VA5A 5P33A 5DR1A 3HBOA 2P3AA 5I3WA 5P6DA 1HVCA 3O9LB 5OZNA 1RPIA 2ZHUA 4Y3LA 4I0FA 1C6XA 3BVAA 3ZPUA 5P8BA 3OHFA 1HVJA 3IXKA 3JW2A 1FKNA 3INEA 5P1YA 3GI4A 3NU9A 1SGUA 4F76A 5P3UA 2AOJA 3KM4A 1HTFA 5KQZA 4U7QA 3CKRA 4ACXA 3OU3A 3NU5A 1G2KA 5P7IA 5P01A 3RSXA 5P0TA 4DVFA 5KOQA 4DQGA 2FDDA 3L5DA 1B6LA 5P1QA 5P7AA 5OZLA 4Y3TA 4Y4BA 1ZJ7A 2PMAA 4RVIA 4HE9A 4RROA 1AXAA 4Y38A 4CPXA 2FS4A 5P84A 4EJDA 2AIDA 3UTLA 4PHVA 4TRYA 5ENMA 4OBJA 3S43B 5P39A 5P78A 4DQCA 5P25A 2MIPA 5P0FA 1T6GA 2V10C 5I3YA 3EM4A 5P4IA 5P3HA 4Y3JA 2R3TA 3OQKA 5P6SA 5P86A 3U6AA 2G21A 2WEBA 1SDTA 1FEJC 4Z50A 4NPUA 4L6BA 5P24A 2FLEA 2WEZA 1T7JA 3T7PA 1HTEA 2QK5A 1BDLA 4DV9A 2ZJJA 5OZ2A 3URJA 5BWYA 5EZXA 3QI1A 4M8YA 4D89A 4I0HA 5P7PA 3KT5A 5P2OA 5P0LA 5P1OA 3EKTA 3BVBA 5P1DA 1Z1HA 2PK6A 1HPXA 5P8LA 5P59A 5P6FA 1EC1A 5HDVA 5P2CA 4HEGA 4FAFA 4FE6A 3OUAA 5OZEA 3WB4A 3EBZA 4YD6A 4COEA 4CPRA 4DUSA 1NPAA 2UXZA 2QMFA 2B8VA 2ZHRA 5OZMA 5P6QA 5P87A 1RL8A 2Q15A 1F7AA 4Z22A 4ZPEA 2XYFA 5OZJA 5P6KA 3LITA 2AZCA 5P79A 5P4DA 1SMEA 1K6CA 5P81A 1TZSA 3DJKA 2XFIA 1IZDA 2QP8A 2BKTA 3UQUA 1T7IA 5P3WA 5P0OA 2BPWA 3I8WA 3TLHA 1SBGA 5P4SA 5P26A 4NJSA 4J0PA 1DW6C 2H6SA 3G6ZA 1TW7A 5P1BA 4FSEA 5P14A 2HAHA 5HD0A 3VEUA 2H6TA 3C9XA 4JECA 2ZJIA 5OZ4A 3NUOA 1M43A 2VJ9A 5P2NA 3R0WA 5P7KA 1U8GA 2Z4OA 3MWSA 5P3OA 5P7ZA 1GNNA 1GNMA 4J0TA 5P4RA 1HRNA 5P5YA 4Y3WA 5OZSA 1KJ4A 1SIVA 2V12C 5P6NA 3ZL7A 1SDUA 3FIVA 2AVMA 5P75A 2VNMA 4R92A 2ZDZA 3S2OA 2J9JA 4A4QA 3D91A 4IVSA 3A2OA 3PSUA 1B11A 2XFKA 4YBFA 4B00A 2QI4A 5P7YA 1LEEA 2RKGA 5P85A 1DP5A 2B7FA 4GJAA 5DPZA 1ZPAA 3URIA 4Y4AA 2BBBA 4B78A 4L1AA 5P54A 5P3JA 5P8TA 4QJ9A 5P2FA 1OEWA 1DMPA 3KFPA 3NSHA 4DQHA 2FNTA 2QMPA 3N4LA 4X7IA 5P64A 3PMUA 5P6EA 1FFIC 3OHHA 1HTGA 3SA8A 4Y56A 3R0YA 3IVHA 4ER2E 3KDBA 3PRSA 3EKXA 5P1IA 2Q11A 3EKPA 1KJ7A 9HVPA 5P8CA 5P4TA 4YOAA 1IIQA 5F00A 3IAWA 4LXMA 2QMGA 3NWXA 3T7XA 2RSPA 5P43A 5DR0A 5P2WA 4CPQA 3URLA 4Y5KA 5P73A 5P08A 3NU6A 5P2BA 1AVFA 5OYXA 5HE7A 2F3EA 5P0SA 2QAKA 5P5TA 2PYMA 3OOTA 3SA6A 2ZGAA 3SM2A 5KR0A 5P2YA 5C9FA 5B18A 4FRJA 5OZKA 4RCEA 3MXDA 4JP9A 5P3RA 2WF2A 5OYVA 3S45A 5P6LA 4J17A 5P8JA 4Q1WA 1QDMA 4MC2A 4Y47A 1LYBA 5OZVA 3L5FA 3K5DA 2HIZA 3DK1A 3VYFA 1HSIA 5IE1A 5COPA 5HVPA 4WY6A 1FMXA 1TQFA 3VCMA 3OXWA 4DQFA 1GKTA 1PPME 3LIZA 3K5FA 3ZKGA 1MEUA 4Y3RA 3U7SA 4J1FA 5P44A 2AOGA 4QLHA 5KR1A 3HAWA 5P1WA 5OZFA 5CLMA 5OZDA 6FIVA 3FNSA 3R4BA 5P52A 5P4VA 1QBRA 1YM2A 5P8IA 1FIVA 5P3NA 3BGBA 3T3CA 3L5EA 5P0NA 2R5QA 4Y5GA 5P8UA 2NXMA 3S53A 4J1EA 3ER5E 5P00A 5P28A 3SQFA 4RYCA 3LIVA 1KJHA 1BAIA 4B1EA 2PQZA 3UDRA 5P35A 3LZUA 2G1OA 3TPRA 2WHHA 1XE5A 4FCOA 4Y5EA 3ST5A 3VV8A 4GMIA 5P7NA 3DV5A 3PWRA 1EBYA 5P7GA 4TVGA 1LYWA 4E43A 1MVPA 4LAPA 1J71A 3QVIA 5DR8A 5P3CA 4BFBA 5P6JA 4H3FA 5OYQA 5IVSA 1YTGA 1MPPA 2VJ7A 5P3YA 1LF3A 5P8SA 7HVPA 1T3RA 3PWMA 4J5JA 2VIYA 2VIJA 3K4VC 5P1UA 3QN8A 2ER7E 3ZKSA 2FIVA 2VNNA 4KE1A 5P0MA 1T7KA 3OQAA 5OZZA 3PCWA 1W51A 2SAMA 5OYWA 5P6IA 3HAUA 3G72A 3ECGA 4BEKA 4Y4JA 3S56A 2RENA 4DJUA 5P6HA 1E82E 3KT2A 3EKYA 3EKWA 5P10A 4OBKA 3LINA 3O9IA 4Y5AA 5P1XA 5P3MA 3OU1A 1PSNA 5OYSA 3T11A 4BELA 5P4XA 5P04A 3OUCA 5P6RA 2O40A 5P69A 4Y3SA 3OAGA 3UQPA 4Y41A 5P4JA 4CMSA 2ER6E 1GVTA 2NMZA 2BQVA 5HCOA 4OC6A 5P63A 5P6AA 4Y5PA 4GIDA 3S8IA 2ZJHA 1EPME 2QU3A 3TOFA 1IZIA 2BPVA 1M4HA 3ZMGA 1E5OE 2V11C 5P5FA 4RRNA 3OQFA 3WSJA 1AM5A 1C70A 3F9QA 5I3XA 1HXWA 2I0DA 1MT8A 4AZYA 5IVRA 4KB9A 3D1XA 3L5CA 5P17A 1BVEA 1IDAA 3IGBA 3HVGA 4EWOA 5P74A 5CONA 1TCWA 1EPOE 3KFNA 1OD1A 1EPQE 5P38A 3S7MA 2BPYA 5P6MA 2J9KA 5P76A 5P8FA 1RV7A 4K4RA 3ZPTA 2I4QA 2Z54A 5E5JA 3QBHA 1YTHA 5HDZA 1LF2A 4NJVA 1K1TA 5P7LA 1LYBB 5P7JA 3TPLA 5P0KA 2V0ZC 4IVTA 3PEPA 5AH6A 5P1EA 1ODXA 4OBGA 4R8YA 4OD9A 5EZZA 4QJ6A 3VSXA 5P4PA 4FRIA 5DR7A 1W5VA 2AOCA 1D4KA 4A6CA 5P3KA 5OZ8A 5OZCA 5P1SA 4LHHA 1BXQA 5OZ5A 5P89A 3UQRA 1HVIA 3LIYA 2R3WA 3KFRA 5P5BA 3DM6A 2OHMA 2QZKA 3UDKA 2F80A 2G94A 3HLOA 3NWQA 5P2SA 5HU0A 8HVPA 1A8KA 1YG9A 3Q5HA 2PWRA 2R8NA 5P5OA 5HDXA 3SFCA 4ZSMA 4Y5CA 1N49A 5UPJA 3I2LA 5P1AA 1MT9A 3APRE 2I4DA 3OOZA 5P0JA 4Y3QA 5OYUA 1SGZA 5P5RA 3DOXA 3WZ6A 5P3DA 3GGAA 2NXDA 1PFZA 5P3QA 1QBUA 4LL3A 2FMBA 3PWWA 4DFGA 4I0DA 4QJ2A 5P65A 3SA9A 5P8MA 1M0BA 5P7TA 1W50A 5P71A 5P57A 2QI3A 1PSAA 3LNKA 2G20A 4K8SA 5P40A 2O4PA 1HTRB 3PI5A 2P8HA 5P66A 1IDBA 1BDRA 5SY2A 1FFFC 2AVSA 4J1CA 4Y5LA 3UF3A 3CIDA 1B6MA 2JXRA 3KMXA 1MRXA 1EAGA 5P06A 5T4SA 2G1RA 5DR4A 2OHSA 7UPJA 2AOIA 5OYZA 1XE6A 5P3XA 5P6CA 1SIPA 4ER4E 4Y3NA 4GJDA 3OADA 1ENTE 2OF0A 2ZJKA 4EP3A 1BILA 2PWCA 1W6HA 3TTPA 5FIVA 5P7OA 5P5VA 5P1HA 4YD4A 2IGYA 2EWYA 4FSLA 4TRZA 3AUPA 5P4UA 2ER0E 1ZLFA 3FNTA 5P1ZA 2QNQA 4L7HA 4U7VA 3OAGB 3PI0A 4OC6B 5P4AA 5P5PA 2HB4A 3R1GB 5P4QA 5P8HA 3K1WA 4F73A 5P68A 3FKTA 2CEMA 2QI7A 4QGIA 4CPTA 3CICA 3OGPA 3PVKA 4AA9A 2BB9A 1UH9A 2UY0A 5P49A 4FM6A 1HPSA 3UDMA 5P8EA 1HBVA 3EL1A 2IQGA 1BV9A 2UPJA 1EBZA 4HZTA 5OZAA 4DJWA 4LP9A 1FG8C 1HSHA 3RTNA 1YT9A 1Z8CA 3I6OA 5P22A 1HVSA 2ZHSA 4B72A 3VLBA 3S85A 4YD7A 5P18A 2PH8A 3INFA 5P0CA 4NJTA 1EBKC 5DQ1A 2O4NA 5P7QA 3HD8A 3D1ZA 3TL9A 4OD9B 1QBTA 6UPJA 4Y4DA 5P4FA 1D4SA 3VF3A 2XFJA 5P0XA 2G1NA 4OBZA 1ZSFA 4Y51A 2CENA 5OZOA 1MRWA 5P47A 3H0BA 4Y3YA 5OZTA 3GGVA 2OHRA 2PYNA 3VYEA 3EMYA 4TVHA 5P2JA 5P0RA 4HDBA 5P09A 2QI5A 2OHKA 5P3IA 2G69A 4I0GA 1UH7A 3VF7A 3EL5A 3QIHA 2IL2A 2IGXA 2ANLA 5P4NA 2WKZA 5P4MA 4Y53A 3UDQA 4KUPA 3QP0A 5P1RA 3IN4A 5P7VA 1APTE 1MSMA 5P3LA 3NYGA 5P12A 5P5SA 1UH8A 5KOSA 5P23A 5P2TA 1EPPE 2HPEA 1WBMA 3S7LA 1JLDA 1UPJA 3K4VA 4FRSA 2ZJLA 4GYEA 5P4WA 5P5UA 5KR8A 2V16C 3NLSA 3L5BA 2JJIA 4ZPFA 2IKOA 4NKKA 5P3VA 5P4KA 1PPKE 1YX9A 5P37A 3FNUA 1EBWA 1FQ4A 2R5PA 4EP2A 4FAEA 3I7EA 5P45A 3CMSA 3TH9A 1APVE 4YD5A 4QJ8A 1HPVA 5OZRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MET A;  5P11 A;  3UDN A;  1BIM A;  2WEA A;  3HW1 A;  2OHP A;  5DQ4 A;  1D4Y A;  5P7B A;  5P2Z A;  3EXO A;  1GVW A;  4DPF A;  4H3G A;  2FDP A;  3GI6 A;  5P6T A;  4ZEA A;  4Y3A A;  4CP7 A;  5P0W A;  2PC0 A;  1D4J A;  1PSO E;  2OHT A;  3L59 A;  1IZH A;  3OQ7 A;  4TRW A;  3VLA A;  1NH0 A;  6APR E;  5P0E A;  4Y5N A;  4D85 A;  5P3F A;  1HPO A;  3L58 A;  1ER8 E;  1RNE A;  2FXD A;  2BJU A;  5P7M A;  4Y3G A;  2NXL A;  1HEF E;  1ZAP A;  4Y45 A;  3SLZ A;  4EPJ A;  4LC7 A;  1MER A;  5I70 A;  3FX5 A;  2VA6 A;  2NNK A;  5ENK A;  5P5A A;  2IRZ A;  4J1K A;  2G22 A;  3KDC A;  2B42 A;  3BHE A;  2HC0 A;  3SAC A;  3UQX A;  1SP5 A;  2O4L A;  5P7S A;  4JPC A;  1APU E;  4I8W A;  5P1L A;  2JE4 A;  1A30 A;  3O9L A;  4I12 A;  4YCK A;  3Q3T A;  3Q6Y A;  5P1P A;  4L7J A;  5P3A A;  5P6U A;  4AUC A;  4APR E;  5P60 A;  5P7E A;  3NU3 A;  4AMT A;  4OBD A;  1HXB A;  2IDW A;  5P8O A;  1ODW A;  3BUG A;  3ZKM A;  5J25 A;  2BKS A;  2Q3K A;  2G27 A;  2R38 A;  3LPI A;  3CYW A;  2HS1 A;  3T6I A;  3QRV A;  4Y50 A;  1EPN E;  5P72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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