3RSVA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with (r)-3-(2-amino-6-o-tolylquinolin-3-yl)-n-((r)-2,2-dimethyltetrahydro-2h-pyran-4-yl)-2-methylpropanamide
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
364
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 88
structure length 364
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rsvA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rsvA02
3LPKA 5P6CA 2QI0A 5P5JA 1ZPKA 2FXEA 5JG1A 3NDUA 4F74A 1MUIA 5P47A 2Z4OA 2PMAA 5J25A 1BDRA 2ZGAA 3BC4A 1MTRA 2IRZA 3EKVA 1PPKE 5HDUA 5P1GA 3IXJA 5P8DA 4J0ZA 2G1RA 5P88A 5OZ3A 1APTE 2WKZA 2R3TA 3KMXA 1TQFA 5P42A 4I8ZA 4I0ZA 1SIPA 5P71A 4Y4JA 1HVKA 4ZPGA 3EM3A 1DMPA 2P8HA 5KR0A 4FM8A 4Y3ZA 5P6WA 2AVQA 5P6QA 2IKOA 4H1EA 2QI4A 1PSAA 1TSUA 3IVHA 5OZJA 5P5DA 5AH7A 5P0SA 3RSVA 3ZLQA 3OTYA 4DJVA 5P18A 5OZ5A 4EPJA 2NNKA 2RKGA 3I7EA 4DJOA 2VKMA 1GNOA 3NDWA 4EQ0A 1HBVA 3A2OA 5P3WA 1META 1SGUA 3KFNA 5F00A 2PWCA 3UPJA 4EJLA 3ZKSA 3EMYA 4YDFA 3SAAA 5OYVA 3UDKA 4NJUA 1HRNA 2R5QA 3RU1A 3NU5A 4Y3PA 3PSGA 5P2FA 3D1ZA 5P89A 5AGZA 3LIZA 5P3EA 4Y5PA 5P0LA 3MXDA 5P1YA 2FLEA 1HSHA 2BPZA 2FDEA 2QMGA 1AM5A 1RV7A 1PROA 1TZSA 2F3KA 5P5GA 5P4GA 5P5MA 1EPRE 1SDUA 3D1XA 4ZEAA 2Q11A 4AUCA 5P28A 1T7IA 3T3CA 4AA9A 4ER2E 5P8QA 5P4MA 1EPOE 5P8OA 5SY2A 4K4PA 1LYBB 3CKTA 3OUBA 1MTBA 4Y3GA 2QHZA 3DK1A 3L59A 4WY1A 4R93A 4D85A 5P7LA 3TOHA 5COKA 5P72A 2AVOA 3GGUA 1E81E 3HZCA 4U7VA 1N49A 2VIJA 3FV3A 5P4WA 5P1QA 5HU0A 4FRJA 5P7WA 5P60A 2NNPA 2BBBA 4B72A 5P3ZA 4I0FA 3HBOA 5P8MA 5C9FA 2FGUA 5P4NA 1HVCA 3EM4A 2BKTA 4I0HA 5P1NA 3S43B 4Y3RA 5P7DA 1GNMA 5P5NA 3VSXA 1B6PA 3NSHA 5P0IA 2AZCA 4OBDA 5P79A 3OU4B 5P0DA 3Q70A 1LZQA 3T11A 1SBGA 4L1AA 3S45A 3VF3A 1FQ6A 3LZUA 4Y3XA 3O9EA 3D3TA 1T7KA 3LINA 5DR0A 2I4QA 4ZIPA 2RKFA 5P4AA 3WB4A 3ZKGA 4CKUA 3FNTA 5P7OA 5OZKA 1FLHA 1AIDA 3S56A 1LYBA 1FG6C 3DM6A 5P8IA 2AQUA 4Y58A 3EC0A 1XS7D 4AMTA 3EL4A 5P7XA 5OZAA 5P74A 2AVSA 5P2CA 4YCKA 4H3IA 2QHYA 5P1WA 5HD0A 3FX5A 1K1UA 3OU1A 1OEWA 3KYRA 5P29A 3INEA 3PJ6A 4Y36A 5P7IA 1RQ9A 3O9LB 5P7CA 5P5LA 3DCRA 3VYDA 3T6IA 5P7MA 4J54A 1FMBA 5P77A 3NU6A 3TPPA 3QRVA 1D4KA 2I4WA 1EC0A 1GNNA 4Y4DA 1ZP8A 5P2KA 2WEBA 4DV9A 1MRXA 3WZ7A 5P87A 4A4QA 5P1CA 2SAMA 5P0EA 1GVXA 3VLAA 5P8AA 5P23A 1FB7A 1TW7A 4OBZB 5P6KA 1BXOA 3UQPA 3ER5E 2HIZA 2RMPA 4YHQA 5P40A 1GVTA 1FKNA 3VG1A 5OZHA 5P10A 1BV9A 1LF3A 4Q1WA 3S7MA 1A8GA 4JECA 5P4EA 2ZJNA 2OF0A 5DR1A 2HB2A 5P30A 2VS2A 5P5FA 1LYWB 5P3BA 4Y3NA 7UPJA 4HDPA 5OZGA 5P6HA 5P3RA 5P7VA 5P8SA 2P4JA 1K2CA 3O9FA 4FSLA 5JFPA 1HPXA 2G1OA 4PPHA 5DR8A 4BEKA 3B80A 2QCIA 2G24A 4I0JA 3KN0A 5P0MA 5P1LA 1XE5A 4I1CA 5P8FA 2V0ZC 1EBYA 3FIVA 1DAZC 5P55A 1HPVA 4LXKA 4FRSA 1APVE 4DJXA 5P2XA 3OGQA 5P6YA 3LNKA 2V00A 5P5PA 5UPJA 2ER6E 3O9AA 3TOGA 2Q5KA 4APEA 2QMFA 1KJ4A 4B00A 1CMSA 5HU1A 3DV5A 3SA3A 5P8NA 5P66A 3ZOVA 5OZ4A 4HLAA 5COOA 5P3LA 2V10C 4B05A 1MT9A 1NH0A 5P39A 4OBZA 3FKTA 3PI5A 5P22A 1FFIC 4B1DA 1YM2A 2I4UA 1IZHA 1G6LA 4R91A 3O99A 2OHPA 2PSGA 3UTLA 5P0XA 3F9QA 2FNTA 3EKQA 3S53A 3TLHA 1B6JA 4DQCA 5P1UA 4HE9A 1LYWA 3KFPA 4PHVA 2B7FA 2NXLA 2IS0A 5P16A 2V13A 5P38A 3HW1A 5P65A 4EP3A 2CENA 5P02A 5OZLA 5P33A 5P24A 4I0IA 4ZPEA 4FAFA 2JJIA 2OHNA 4F73A 1QS8A 3OK9A 3OY4A 5EZZA 5P1SA 4LXMA 1PSNA 5P0ZA 1FFFC 3H0BA 3ST5A 4CPUA 4CPTA 2AVVA 5P5WA 2Z54A 5P4FA 5P48A 5P08A 3MWSA 3SA5A 3L38A 2NR6A 2P83A 5IE1A 5P1KA 4GJ6A 3PSYA 3URLA 4Y4BA 4IVSA 4NJVA 5P56A 5ISJA 5P6PA 2WJOA 1LV1A 4Y5GA 5P6IA 3OADB 5P7JA 1GVUA 2F80A 4KUPA 3D20A 1ZAPA 5P6LA 5P1IA 5OZFA 4Y56A 5P4VA 5P5CA 3SFCA 3DV1A 2HPFA 3DJKA 3S7LA 1C6YA 3KFSA 3LZVA 5OZVA 3PRSA 5P3TA 4Y3WA 1ZBGA 5P86A 5P1DA 4D88A 2VJ6A 2WEZA 1BAIA 5P0CA 2QU2A 5KQYA 3EL0A 5P3FA 4LBTA 5P06A 3D91A 5P3GA 1M0BA 1KJ7A 1C6ZA 2QI1A 3VSWA 5P2WA 5AH6A 3S54A 3HAWA 1YG9A 3TNEA 5OYUA 1MT7A 3BHEA 4ZPFA 5P20A 3SA4A 5P8VA 5C9BA 4Y3QA 1YTJA 2VA7A 2P3CA 4GYEA 3TTPA 5P3UA 1SMRA 2FS4A 4DI2A 3PCZA 4Q5MA 3CIBA 3KFRA 5P0FA 3QN8A 4RCFA 1D4SA 5P41A 1EEDP 1JLDA 3HVGA 4YD5A 1IIQA 3SO9A 2QI6A 5P6AA 3OADA 5P68A 3SLZA 4DQHA 3K1WA 2FDDA 1K1TA 4X2LA 5P7HA 4Y3FA 2H6SA 2QAKA 2VA6A 3SQFA 4J1EA 3K4VA 5P1FA 5AHCA 2NXDA 1KZKA 3SA6A 5P3DA 3OHFA 3LZSA 2R8NA 5P09A 5P2EA 4A6CA 3NLSA 3AIDA 5OYQA 5P6DA 2V11C 4Y5AA 1QBUA 4U7QA 1ODWA 5OZ1A 3ZKNA 3L3AA 2VIEA 5IVRA 1T7JA 3OUDB 2AOFA 5P2SA 3IN3A 3VV7A 4OD9A 5OZ6A 3KM4A 3GGAA 2VJ7A 2QD7A 4D83A 1EBKC 3SA8A 4GMIA 2ER0E 5P85A 4M8YA 3NU4A 4EXHA 2O4KA 7HVPA 3KDBA 5OZUA 3OUAA 3BUHA 3Q4BA 5P84A 4QJ2A 2G1YA 1BWBA 4HA5A 4QJ8A 5OZOA 3ZPSA 4D8CA 2ZJHA 4YD7A 4MC6A 3SA7A 3OQ7A 4K4RA 5E5JA 5SXNA 4B0QA 5OYSA 5P37A 4YBIA 3OGPA 2QHCA 3NU9A 3KDCA 1BDQA 2Q15A 1UH7A 4EYRA 5FIVA 5KOSA 3TH9A 4I0GA 4K4QA 3ER3E 3RTNA 4APRE 2PH6A 4Y4UA 2ER7E 5P5IA 2QI7A 4L7HA 5P8KA 1NPVA 3EL9A 5P50A 3R0YA 4UPJA 3PMYA 1UH8A 1EBWA 3U7SA 2IDWA 2QZXA 1HVJA 3C9XA 3MSJA 3QS1A 4DFGA 1HVHA 4MC9A 1HVRA 1IDBA 5P5ZA 2FDPA 4YBFA 1B5FA 5AHAA 5SZ9A 3PGIA 4OC6A 1IZIA 4Y44A 2ZHRA 3NYGA 3QAAA 2P3AA 1IZEA 4L7GA 5P31A 1NSOA 5P80A 4R95A 3L5DA 5P2GA 5P0YA 4WY6A 1QRPE 4Y5LA 1KJHA 3OXXA 1HTFA 2PYMA 3UQWA 2BPYA 5ENKA 1FQ4A 1LF4A 5P2DA 4J0YA 4FAEA 3UDRA 5PEPA 4LHHA 4M8XA 2UXZA 3SM1A 5P4CA 3RTMA 5P57A 5P2JA 4S1GA 2P3BB 3UDYA 3CIDA 1T6GA 5P4XA 4FRIA 5P7NA 1DW6C 5HDVA 3K5DA 3LITA 2ZE1A 1IDAA 3ZPTA 4ZLSA 1WBKA 3HAUA 3UF3A 5CLMA 3VYEA 5OZ8A 2I4XA 4A6BA 3OQFA 3NR6A 3SA9A 1LYAB 3GI4A 1EPNE 4NPUA 1RL8A 2AOJA 5P4LA 1ODYA 1EAGA 4J1FA 5HDZA 5P32A 3T7XA 2AIDA 3EL5A 4JPCA 2UY0A 4CPSA 4J0VA 5P8PA 3CKPA 3TPRA 5P2HA 4CPWA 1G2KA 1C6XA 2B42A 1SDTA 2F81A 5KOQA 5P12A 1SMEA 2AOHA 5P3HA 1SP5A 4I0DA 3SPKA 3UDMA 4K8SA 5P25A 5P0QA 5P5VA 5P6GA 4FL8A 1YTHA 5P3OA 1ZJ7A 2G21A 5P13A 5ENMA 5P8CA 3VEUA 1HOSA 3UDJA 5P7QA 3LIQA 4Y37A 2ZHSA 1FQ7A 3BVBA 2CEJA 5P0GA 3Q5HA 2PC0A 2OHTA 4QJ7A 4ACUA 2G22A 1FMUA 1YX9A 5P36A 4DJYA 4JPEA 3L5BA 4L7JA 4R8YA 5KR2A 4DQEA 4R92A 4KE0A 2O4SA 5DR7A 4R5NA 5P3CA 3EL1A 1M43A 4F76A 5BWYA 1OEXA 5P69A 3O9HA 4Y41A 2A1EA 5P6ZA 2ZJMA 5HVPA 1HVIA 2Q63A 4GJ5A 4JOOA 1FQ5A 1BWAA 5P63A 3QPJA 4RROA 1W6IA 2IGYA 4Z50A 5HE4A 4JP9A 5P3XA 4Q1NA 1B6MA 4RZ1A 3S43A 2O4LA 5P2BA 2O4NA 5EZXA 5IS4A 4DQBA 4RVXA 4LXAA 3OU3A 5P4YA 1GKTA 2BPWA 1MSNA 2WF4A 5P00A 3UQXA 3BVAA 3OU4A 2G20A 1XN2A 5P7TA 1QBTA 1UH9A 1AZ5A 3QVCA 4RYCA 2V12C 1FGCC 3PWMA 5P0OA 3HDKA 2NPHA 3N4LA 3RVIA 1BV7A 1BXQA 1TCWA 3OTSA 3U71A 2O40A 1G0VA 1EBZA 2Q3KA 5OZEA 4EWOA 1MIQA 3NUOA 5P6RA 1W5XA 1K2BA 1A9MA 5DQ1A 5P4DA 1BILA 3S2OA 1KJFA 4J5JA 3PVKA 5P6TA 2PQZA 5P1BA 2AODA 1ENTE 5P6FA 3TKWA 3K4VC 5P78A 3HLOA 3QP0A 5P5KA 2ASIA 2QZKA 4GJ8A 2J9JB 4I0EA 2RSPA 5OZBA 5P03A 5OZCA 3ZPUA 5P3AA 3L5FA 1FQXA 3O9LA 1SGZA 1ZLFA 2AOCA 1HIVA 3K5CA 3R1GB 5DQ5A 5DQ4A 4AZYA 2G69A 3T7PA 4DVFA 5P5RA 5OZ0A 5OZRA 1KJGA 4XKXA 4QGIA 1XL5A 5P61A 3NWQA 4YE3A 5P5XA 4B1EA 3G70A 4F75A 4Z2ZA 1D4IA 5P17A 4BFDA 1EC2A 2B7ZA 1HHPA 5CONA 4Y38A 4FS4A 5OZSA 3I6OA 5P4RA 1HEGE 1QBRA 4OBHA 5P8LA 1LEEA 3EKPA 5P5TA 5KR1A 2H6TA 2F3FA 3FNSA 1F7AA 4XXSA 4COEA 2FMBA 3WZ6A 4Y6MA 4DH6A 1PPLE 5P3IA 2JE4A 2FXDA 4DUSA 1QBSA 1W51A 5P2RA 2WF2A 3O9CA 2ER9E 2F8GA 5P6OA 5P76A 1MVPA 4Y3JA 3PLDA 3UFNA 2QK5A 5P2IA 5HDXA 2OHKA 2VIZA 2J9JA 3ZL7A 1APWE 5ER1E 3DCKA 1HIHA 5P3PA 5P4HA 3LPIA 4Y9WA 2I1AA 1CZIE 1PPME 2AZ8A 5I3VA 3WSJA 5AH8A 3NDTA 2Q55A 3DOXA 3INFA 4PZXA 4TRZA 1QDMA 2XFIA 3GI6A 5OYTA 4EJDA 2XFJA 5P8TA 4GIDA 4MC1A 5P7RA 4ZSRA 3O9IA 1K6TA 2APRA 2UPJA 1EPLE 5HE5A 3APPA 5P44A 3OOTA 3PHVA 2JJJA 3INHA 3MXEA 2B8LA 2J9KA 5P82A 5P7AA 3IN4A 3KT2A 1TSQA 1Z1RA 4Y3EA 5OZDA 5P1ZA 1XN3A 4YD6A 4DPFA 5P0KA 3VF5A 5OZTA 3Q6YA 3PMUA 5P70A 4CPQA 4YA8A 5OZNA 5P7BA 5OZZA 2AOIA 5P4TA 2IENA 5P0WA 1FMXA 4HEGA 3I8WA 4EHCA 3PLLA 3VFAA 1Z8CA 2BKSA 5P6MA 1SDVA 3ZKQA 5B18A 3VLBA 1HTEA 2ZDZA 5P11A 5P2YA 2CEMA 5ER2E 1B6LA 1A94A 1IVPA 4Y4GA 3SKGA 3IVIA 1AVFA 2RENA 3GI0A 4Y53A 5DQ2A 5P1JA 3PCWA 5P7FA 4E43A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LPK A;  5P6C A;  2QI0 A;  5P5J A;  1ZPK A;  2FXE A;  5JG1 A;  3NDU A;  4F74 A;  1MUI A;  5P47 A;  2Z4O A;  2PMA A;  5J25 A;  1BDR A;  2ZGA A;  3BC4 A;  1MTR A;  2IRZ A;  3EKV A;  1PPK E;  5HDU A;  5P1G A;  3IXJ A;  5P8D A;  4J0Z A;  2G1R A;  5P88 A;  5OZ3 A;  1APT E;  2WKZ A;  2R3T A;  3KMX A;  1TQF A;  5P42 A;  4I8Z A;  4I0Z A;  1SIP A;  5P71 A;  4Y4J A;  1HVK A;  4ZPG A;  3EM3 A;  1DMP A;  2P8H A;  5KR0 A;  4FM8 A;  4Y3Z A;  5P6W A;  2AVQ A;  5P6Q A;  2IKO A;  4H1E A;  2QI4 A;  1PSA A;  1TSU A;  3IVH A;  5OZJ A;  5P5D A;  5AH7 A;  5P0S A;  3RSV A;  3ZLQ A;  3OTY A;  4DJV A;  5P18 A;  5OZ5 A;  4EPJ A;  2NNK A;  2RKG A;  3I7E A;  4DJO A;  2VKM A;  1GNO A;  3NDW A;  4EQ0 A;  1HBV A;  3A2O A;  5P3W A;  1MET A;  1SGU A;  3KFN A;  5F00 A;  2PWC A;  3UPJ A;  4EJL A;  3ZKS A;  3EMY A;  4YDF A;  3SAA A;  5OYV A;  3UDK A;  4NJU A;  1HRN A;  2R5Q A;  3RU1 A;  3NU5 A;  4Y3P A;  3PSG A;  5P2F A;  3D1Z A;  5P89 A;  5AGZ A;  3LIZ A;  5P3E A;  4Y5P A;  5P0L A;  3MXD A;  5P1Y A;  2FLE A;  1HSH A;  2BPZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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