3RSXA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 6-(thiophen-3-yl)quinolin-2-amine
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
387
structure length
375
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 375
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rsxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rsxA02
3B7VA 4J55A 2VA6A 1YT9A 5P0EA 2ZE1A 4B1CA 4BFBA 4FL8A 3OK9A 4Q1XA 1EBYA 2AZCA 1ZBGA 4EQ0A 1FQ5A 2V12C 3OUDA 3VSXA 2I4DA 4OBHA 4GZFA 4LXMA 1HTRB 5P46A 1B5FA 3TTPA 5KOQA 2HB2A 3EM6A 4QJ7A 2AZ8A 1C6YA 3INEA 2ZHSA 5OZLA 1MTRA 5HD0A 3SA7A 5P0DA 2Q5KA 5P8OA 1SIVA 1D4IA 4K9HA 1HSIA 2QHYA 4Y39A 3D1ZA 4DUSA 4FM8A 3LPKA 5P48A 4J17A 1AJXA 5P0OA 3OQFA 5HE7A 3EMYA 5I3YA 3BGCA 5P3WA 3SO9A 4Y5KA 5DR4A 4DQGA 2R5PA 1RV7A 5HDZA 1HIIA 4NPTA 4XKXA 1EC0A 3UDPA 5P01A 1GNNA 1PSOE 3IN3A 5P71A 3G6ZA 3IXJA 3FSMA 3VV8A 1HXBA 5OZFA 4QJ8A 2Q54A 4Z50A 5P0HA 2WF1A 1PFZA 3LZYA 1B11A 2I4WA 2FIVA 4RVIA 1IZIA 3R4BA 4Y3DA 5P8VA 5P2FA 2BB9A 1K6CA 5P0WA 3ZLQA 1BBSA 4BEKA 2J9JB 1J71A 4PHVA 4I0HA 4Y35A 2VKMA 2R43A 1TSQA 4Y5MA 3TNEA 4JP9A 2QK5A 1F34A 5OZZA 1MT9A 5P2XA 5P4WA 3CKRA 2ER7E 3DM6A 5P33A 5P73A 5I3VA 4DQFA 2QI1A 1SP5A 5P4MA 4HDPA 1BWBA 4F75A 1NPAA 4Z22A 3IA9A 2BPYA 4FAEA 2R5QA 4CPUA 3OQAA 3VLAA 4FSLA 5DR3A 5PEPA 2HM1A 3TH9A 2BKSA 5P8QA 1EC3A 5I70A 5P7VA 3ZMGA 3Q6YA 4Q1WA 4Y53A 1KJ7A 1SDUA 1HBVA 3UDJA 1EPRE 2R3WA 1MERA 5P17A 2G1YA 2BBBA 3BXSA 2UY0A 4B77A 4DJOA 2QMDA 3FNSA 4HE9A 3VV7A 3ST5A 3L58A 3UFNA 2ZDZA 3PLLA 2WEAA 5P3TA 1IDBA 4OBDA 5P0LA 2G24A 3EKXA 2ZJJA 4YOBA 1HIHA 2FGUA 4OD9B 3UDRA 1DMPA 5P7GA 1K6VA 5P76A 4S1GA 3KFSA 3OQKA 5P1JA 2QP8A 4ZPEA 5HVPA 3QBFA 4K4QA 1M43A 5P8GA 3OXVA 5P7MA 1XDHA 3DV1A 3FKTA 2G20A 2FNSA 1G35A 3TPRA 5P1CA 3KN0A 5P8IA 2F81A 3PM4A 1SMEA 3NU5A 5OZBA 3WB4A 2NMZA 5KQYA 2CENA 2ZGAA 3EKTA 3O9GA 4ER4E 1GVTA 1APTE 2ER6E 2PK6A 2NMYA 1HVSA 4D89A 5ER1E 3PBZA 4MC2A 5JODA 4I1CA 5P04A 5P5DA 2QI4A 1AXAA 4Y3YA 1DPJA 2ZJNA 4DJYA 3BHEA 4NJVA 5P4SA 3Q5HA 4MC9A 5P2JA 4GJAA 4J1CA 5P7KA 4Y4XA 1A30A 1JLDA 4B72A 4CPXA 5JG1A 3L5DA 2QNQA 5P7WA 2O4KA 4R93A 5P72A 1BIMA 5P1EA 3QI1A 4D83A 4Y5CA 5P4GA 4GB2A 4Y4BA 2F80A 3PI0A 5P77A 3PSGA 5P0UA 3VEUA 1YTHA 3HLOA 4MC6A 5P20A 5P8TA 4Y3ZA 2QZKA 4RVXA 4YD4A 4Y3QA 3LIZA 4RROA 1NH0A 4B70A 4EJLA 1W5YA 3D20A 3R0YA 2IGYA 3IGBA 4DQEA 1YTJA 1E80E 5P1DA 5J25A 4YD6A 3O9AA 1RL8A 3OWNA 3OXWA 5HU1A 5P6VA 1BAIA 5P68A 1W6HA 1BVEA 1BDLA 4I0JA 1FFIC 2VS2A 4L1AA 3L59A 5P0VA 4ZEAA 5P5OA 2PMAA 1K2CA 3RU1A 4KB9A 5P3CA 2JYSA 2ZJHA 2P3CA 5OZXA 5OZTA 1ZPKA 5P35A 1ZPAA 1B6JA 5P0QA 2FMBA 1SBGA 3K5GA 4J1EA 1ODWA 5OYRA 5P6SA 3JVWA 5DQ2A 1XL5A 3T6IA 2VJ6A 2FNTA 5P09A 4TVHA 4BFDA 5P2NA 5P6HA 3VUCA 3CYWA 1G2KA 1MPPA 4CPTA 2G21A 1XN2A 1SMRA 1QBTA 3NYGA 3APPA 4DJUA 5CONA 5KQXA 2V11C 5E5JA 3EM3A 2WL0A 4DJWA 5P8KA 5P5RA 5F01A 3PMYA 3ER3E 5P26A 1AM5A 3OU1A 3VG1A 2P4JA 4H1EA 4NJTA 1PPLE 3KM4A 5P1AA 1TCWA 4L7GA 5P65A 1K1TA 3T7XA 2F3KA 5P4JA 2I4QA 5P3IA 3TLHA 2ZHTA 3NUJA 1AVFA 1XE5A 3MXEA 5OZDA 5P2EA 3UDNA 5P3EA 4M8YA 5P4QA 2NXDA 5P2SA 4WY1A 4Y3JA 3UQRA 2PSVA 1W6IA 5P1YA 5P5SA 5P59A 1EC2A 4EJDA 5HDXA 5P16A 5P6KA 2R3TA 3RSVA 5P4DA 3DK1A 2ZJLA 4GJ8A 3VLBA 5P03A 5P6NA 3ZKIA 3OGQA 2PH6A 1HPSA 5P22A 2EWYA 5P7EA 2QHCA 1YM2A 3EL5A 5P1XA 2Q55A 1DIFA 3BUFA 2I4XA 2IQGA 5P0KA 3OADA 1MEUA 5P79A 3VF5A 4Z4XA 5KR2A 4D8CA 4AA8A 4IVTA 5P24A 2ER0E 5P10A 4K8SA 5P8BA 2QD8A 3UDMA 2RENA 2XFKA 4ZSMA 3R1GB 3IVHA 5P84A 3TOFA 1LYAA 3URLA 5P5LA 4EQJA 4ZIPA 2B7FA 1D4LA 3R2FA 5E5KA 1FQXA 2ZHUA 3UTLA 1PPKE 3PWWA 4FCOA 5CLMA 1LYBA 4H3FA 2IKOA 5OYVA 1CMSA 1GVWA 3SA4A 3LITA 3SFCA 5P2AA 4OBGA 2VJ9A 3TPJA 5P6YA 3KMXA 4Y5AA 1HTGA 1N49A 5P19A 5P2YA 3NLSA 5DQ4A 5P1VA 2WECA 3ZPSA 3O99A 2AVVA 1UH9A 4EWOA 3RTHA 2AZBA 1UPJA 5COPA 3UDKA 1EPPE 4J1IA 1MTBA 3WZ6A 4APRE 3UF3A 4YD3A 2I4UA 2V00A 4JPCA 4DH6A 2FDPA 5P02A 4OBZA 4RLDA 2IL2A 2QI5A 5HE5A 3HVGA 4EJKA 5P2VA 3IXOA 5OZIA 5P69A 3HZCA 2PQZA 3VV6A 2R9BA 5P6IA 3CYXA 5OZHA 1FFFC 5P31A 1FQ7A 5P3QA 3PCZA 2PSGA 1IBQA 3S2OA 5P1FA 5P52A 2O40A 4FS4A 4I8ZA 5P1QA 5OZNA 5OYZA 1D4KA 4I11A 5P81A 1DAZC 5P6XA 2FGVA 1EBZA 4Y54A 2HPFA 3WB5A 5DR8A 3ZL7A 3UDHA 4LL3A 4Y5GA 4OC6A 2JXRA 2BPVA 4Y50A 1B6MA 2AOJA 5P18A 3OUBA 2V13A 3K4VA 5P64A 2AOIA 1APVE 3RSXA 5P8LA 5DQ1A 3PHVA 4COEA 3QVCA 2OHKA 5P2GA 3OGPA 4R5NA 4YCKA 5OZSA 3AUPA 3LHGA 5OYXA 5P08A 2P3BB 4DJRA 3KT5A 3ER5E 3ZKXA 5P8DA 3KDCA 1GKTA 5OZ5A 2Q64A 2IRZA 4N00A 3IVIA 2WF0A 4KE1A 3FX5A 4AZYA 1SH9A 5P1LA 5P7HA 2P3AA 2VIJA 5P6LA 1LS5A 5P3XA 1FKNA 5P3GA 4U7VA 2A1EA 3LNKA 4TRWA 5OZ0A 2QMPA 2AOFA 6UPJA 3D1YA 1TZSA 5P6ZA 5BS4A 1E82E 4Y58A 4DQCA 2BPZA 5P7IA 5P5ZA 2FS4A 4ZLSA 5P7DA 3K4VC 1FB7A 2AIDA 3UQPA 4CPSA 4Z2ZA 3PJ6A 4Y3AA 2I4VA 3G72A 5KR0A 3S43B 1BV9A 2QD7A 1NPVA 5JFUA 2OHTA 2PC0A 1HVCA 3QN8A 5AH6A 3I6OA 5P2BA 5IE1A 4TRZA 2WEDA 4Y51A 5P3FA 3UFLA 4Y48A 4GJBA 5P3YA 4YDGA 4B0QA 3KDDA 4Y4WA 1FMUA 5P30A 5P2MA 1FF0C 5OZJA 3OUCA 1TW7A 4F76A 5P2HA 1HVRA 1HEFE 1MIQA 4ER2E 3WZ8A 5FIVA 5ISJA 5P8FA 2NTRA 1VIJA 1W51A 5BWYA 1TSUA 4Y45A 2P8HA 5P85A 3O9IA 5P3JA 3OXXA 3DUYA 2HB3A 1K1UA 1RPIA 3D1XA 3O9LB 3OAGA 1ZTZA 3QPJA 5P1NA 2OHMA 2VA7A 3KA2A 5P2KA 3O9EA 1LYWA 3KFRA 5P1PA 5P8NA 4Y5NA 3LZSA 1MSMA 4EPJA 5P2TA 5C9FA 2QZXA 3BVAA 4YCTA 4J0TA 5P6OA 5P6JA 2AOCA 2O4NA 1E81E 2OAHA 3CKTA 5OZRA 4GJDA 3T11A 3GW5A 5P15A 3GI0A 4RRNA 4DJPA 4U7QA 5P8RA 4J5JA 2AQUA 5P2CA 3NDWA 1HHPA 5SXNA 5P5QA 5P0TA 2SAMA 2Q11A 5OZ4A 4Y41A 2PWRA 3PWMA 3PB5A 1W5VA 3TKGA 1PSNA 4E43A 3QIHA 2QNNA 4FM7A 3SACA 4Y36A 5OZEA 1MVPA 4QLHA 3U7SA 3QBHA 3D3TA 2JE4A 4DVFA 4M8XA 5P75A 1ZSFA 3APRE 4Y3EA 2BJUA 1FEJC 4LC7A 1HVJA 3O9BA 2IEOA 1EPME 6FIVA 3BGBA 3HAUA 5P87A 5P6WA 2WEBA 2JJJA 1KJGA 2V10C 5P60A 5P61A 5P3SA 3DCRA 2HAHA 4Y3WA 2F3FA 2VNNA 4JOOA 5P3BA 9HVPA 4K4RA 2VA5A 5P1OA 1FMBA 5P6UA 4I10A 3VYFA 3O9CA 2B8LA 1C6ZA 5P4XA 3CKPA 5P7JA 5P5TA 2QAKA 4U8WA 5DGUA 1AAQA 3OUDB 2QHZA 3QS1A 3VF3A 1EPLE 5P7BA 5OYTA 3FIVA 1XL2A 1BV7A 1B5FB 1SGUA 2PYNA 3HBOA 2UPJA 4I0GA 1LV1A 4I0ZA 4CP7A 2FDEA 3DCKA 4J0ZA 3VSWA 5P55A 3EM4A 4OBKA 4FGXA 5P5KA 4APEA 3NDTA 4Y5BA 4EXHA 5P7NA 5P8SA 1VIKA 4EJ8A 3GI5A 5P4FA 5OZMA 4PZWA 5P5CA 1B6KA 3TOGA 5P1GA 5P4NA 4B1EA 3Q70A 5P05A 4B05A 4FRSA 5OYWA 2Z4OA 4ER1E 5AHBA 5P1RA 3KFPA 4A4QA 1MRWA 2BPXA 5SY3A 3SM1A 5P0PA 2HPEA 1EBWA 4DJXA 1XS7D 5P7TA 1ODXA 3OQ7A 1FQ8A 4Y57A 4Y3HA 2QCIA 4PYVA 2XYFA 3K5DA 5P3VA 6APRE 1EBKC 3BVBA 3NUOA 4FRJA 4J1KA 5P2DA 3PRSA 4B78A 3KYRA 4Y3XA 4HDBA 3MSKA 2APRA 5P5PA 3FNUA 5SZ9A 1FMXA 2B8VA 3UCBA 2IS0A 2G1RA 3GGAA 4J0PA 2ZJKA 5P67A 2VNMA 1YTGA 4CPQA 3BC4A 4HEGA 5OZPA 1ODYA 4FAFA 5OZ2A 1EPOE 3IAWA 1OEXA 1AJVA 3SKGA 1IZDA 2FLEA 1HPVA 1HWRA 4R92A 5IVTA 2B7ZA 1RNEA 5HCOA 1EPQE 1LF2A 2QZLA 1DW6C 3OOZA 3MSJA 3L5CA 3PLDA 1IIQA 2CEJA 3S85A 4Q5MA 4B1DA 3S7LA 1FQ6A 1PPME 4HVPA 5KQFA 1YG9A 5P6DA 5P5VA 3SA5A 5P8MA 3NWXA 5AHAA 5P4YA 3T3CA 3FV3A 4ZSRA 3O9FA 4ZSQA 1A9MA 1LZQA 5P0XA 2Q63A 3WSJA 3NU3A 3ZKMA 1OD1A 4Y4ZA 5OYQA 5P0BA 1T7IA 5P88A 4FLGA 2V0ZC 5IS4A 5KR8A 5P0JA 5DR1A 3EC0A 4YHQA 3GGVA 4Y3PA 5OYYA 5P4TA 5P3KA 2Q3KA 4GJ6A 3N3IA 3EL4A 4PPHA 1E5OE 5OZ7A 4HLAA 1HVKA 4JECA 4AA9A 5HU0A 1HTFA 5P2ZA 4RCFA 2OHLA 5P8HA 3I8WA 5P6CA 4DQBA 2QU3A 4CMSA 4PEPA 3RVIA 4J1HA 2WF2A 5P5GA 2FXDA 4Q1YA 4Y47A 1ZJ7A 1F7AA 1SIPA 2JJIA 3VCMA 4YE3A 2ZYEA 3SA3A 4DV9A 4EYRA 1YM4A 3SPKA 5P5UA 5P0NA 2HS2A 3RTMA 4QJ2A 1QDMA 3GGUA 5P4PA 1WKRA 4FM6A 3HW1A 3S43A 3OXCA 3KMYA 4CKUA 5P7ZA 4FRIA 1HPOA 3INHA 1HSHA 4XX3A 2RMPA 2QU2A 4HZTA 2QD6A 3PBDA 4Y5EA 2PK5A 5P3UA 5P6MA 5JFPA 1B6PA 5P5JA 3VYEA 3S53A 3EKYA 3U6AA 4Y4DA 5P1WA 5P23A 3VFAA 2J9JA 3DJKA 4ZPGA 2QI6A 3BUGA 5P2IA 2QMFA 4WY6A 4L1AB 3KFNA 1T7KA 1LEEA 5P06A 3LIQA 4GJCA 5P13A 2G22A 4A6CA 5HCTA 2HB4A 3VYDA 5P49A 5P3ZA 1MT7A 4DI2A 1Z8CA 4Y38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B7V A;  4J55 A;  2VA6 A;  1YT9 A;  5P0E A;  2ZE1 A;  4B1C A;  4BFB A;  4FL8 A;  3OK9 A;  4Q1X A;  1EBY A;  2AZC A;  1ZBG A;  4EQ0 A;  1FQ5 A;  2V12 C;  3OUD A;  3VSX A;  2I4D A;  4OBH A;  4GZF A;  4LXM A;  1HTR B;  5P46 A;  1B5F A;  3TTP A;  5KOQ A;  2HB2 A;  3EM6 A;  4QJ7 A;  2AZ8 A;  1C6Y A;  3INE A;  2ZHS A;  5OZL A;  1MTR A;  5HD0 A;  3SA7 A;  5P0D A;  2Q5K A;  5P8O A;  1SIV A;  1D4I A;  4K9H A;  1HSI A;  2QHY A;  4Y39 A;  3D1Z A;  4DUS A;  4FM8 A;  3LPK A;  5P48 A;  4J17 A;  1AJX A;  5P0O A;  3OQF A;  5HE7 A;  3EMY A;  5I3Y A;  3BGC A;  5P3W A;  3SO9 A;  4Y5K A;  5DR4 A;  4DQG A;  2R5P A;  1RV7 A;  5HDZ A;  1HII A;  4NPT A;  4XKX A;  1EC0 A;  3UDP A;  5P01 A;  1GNN A;  1PSO E;  3IN3 A;  5P71 A;  3G6Z A;  3IXJ A;  3FSM A;  3VV8 A;  1HXB A;  5OZF A;  4QJ8 A;  2Q54 A;  4Z50 A;  5P0H A;  2WF1 A;  1PFZ A;  3LZY A;  1B11 A;  2I4W A;  2FIV A;  4RVI A;  1IZI A;  3R4B A;  4Y3D A;  5P8V A;  5P2F A;  2BB9 A;  1K6C A;  5P0W A;  3ZLQ A;  1BBS A;  4BEK A;  2J9J B;  1J71 A;  4PHV A;  4I0H A;  4Y35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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