3RTHA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 6-(2-(3,3-dimethylbut-1-ynyl)phenyl)quinolin-2-amine
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
371
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 371
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rthA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rthA02
2FMBA 4ZPEA 2FGUA 5P33A 5P4QA 1D4KA 3CIBA 4Y4UA 5P12A 5P1BA 1B6MA 4Y47A 3OXCA 1C70A 1T6GA 3I7EA 2VJ9A 5P2TA 3AUPA 5OYWA 3UDPA 1FMUA 3AIDA 4GJCA 5P4PA 3OADA 2BPVA 1SH9A 1KJFA 5P88A 2BKSA 2I4DA 3TOFA 3L58A 5P4CA 5P5MA 3SKFA 5AH8A 5P2MA 9HVPA 2NR6A 3NSHA 1T7KA 2O4LA 5P6UA 1QBTA 5OZKA 5OZSA 5DGUA 5E5JA 5P7GA 2OHQA 5P00A 5B18A 1HVKA 1IDBA 5IVSA 5P39A 1W5VA 1MTBA 5P7FA 3SO9A 4ACUA 3O9LB 5P5PA 3L5FA 5DR1A 5P0YA 3OY4A 1EC1A 5APRE 4F73A 5KAOA 3TPPA 1C6ZA 5P22A 1HXWA 3NDTA 3OQ7A 5P2RA 4FRSA 4ZSRA 5P8BA 5P43A 1EAGA 1OD1A 3OQKA 5P72A 2WF1A 3IVHA 3UFNA 1QBUA 5C9FA 5P2GA 5P4GA 2WF2A 3LPIA 5P81A 2J9KA 3VSXA 5OZDA 4ER1E 2F3FA 2F3KA 3BHEA 1F34A 1UPJA 2B8VA 1BVEA 2ANLA 4D8CA 4K4QA 5P3DA 3VSWA 5P7IA 2J9JA 3ST5A 5P4DA 3KM4A 3NDXA 3EL4A 4Z50A 3K5CA 1HTRB 4EXHA 4RYCA 2IDWA 2QU3A 5P3EA 5KR0A 5P4TA 3OADB 5P42A 3O9EA 4CPTA 1PFZA 4WTUA 5OZGA 5P24A 3VYFA 5P4HA 4FIVA 3EM4A 5P1LA 2PSGA 3ER5E 1HBVA 5ER1E 4ZPGA 5AGZA 1BIMA 4X7IA 1Z8CA 1Z1HA 5OYXA 3ZKMA 5P4ZA 2G1RA 1QDMA 1FF0C 5P1CA 4Y3DA 5HE5A 5HDUA 5P0GA 5P3GA 4PEPA 5OZFA 5P3PA 1HRNA 4X2LA 1HIHA 3OGPA 2AOGA 4Y5KA 5P4VA 7UPJA 4Y4AA 4B1EA 3NWXA 4YD3A 5P8UA 4Y53A 1SDUA 1GKTA 2NXDA 3EKVA 5P0AA 4GJDA 3U7SA 3PMUA 1MESA 5KR2A 1MRWA 2QNPA 4EXGA 1PPKE 2V12C 3OU1B 5P2WA 4ZLSA 5OZ9A 4FCOA 5P6AA 2FS4A 5P8CA 3NDUA 4J5JA 4Y56A 2I4XA 2Q3KA 1MRXA 2HB3A 5KQYA 5P3BA 4R91A 5P1ZA 5P5EA 2ZGAA 3ER3E 2G22A 3KMYA 3FSMA 5P55A 3EC0A 1SDTA 2B8LA 4QJ8A 3CKPA 3BVAA 4HDFA 4R95A 1IDAA 1C6XA 4YE3A 4YA8A 3INHA 3OGQA 4OBZA 4Y5PA 1BAIA 5DQ2A 4Y38A 4Y44A 5P11A 1EPNE 3EKWA 5BS4A 5P86A 2RSPA 3UTLA 1SBGA 3PSGA 3BGCA 2PMAA 4U7QA 1HVIA 5COKA 4U7VA 3KMXA 3Q3TA 2IS0A 5P1OA 2FDPA 3NU4A 5P0TA 4Y3PA 1SDVA 1ZAPA 3OU3A 5P7CA 3SA5A 1MPPA 5P05A 7HVPA 5EZZA 4AA9A 4Y35A 3IAWA 2B42A 5P0LA 4F76A 4I0ZA 1LZQA 5P2OA 5P83A 5IVRA 3KDCA 3PCZA 5P29A 5P5FA 4FAFA 5P4IA 5P7HA 4OBHA 5P2QA 3SACA 1FKNA 1AAQA 4ZSQA 2QU2A 3SM2A 4Y3QA 2QZXA 2IEOA 5P68A 4EPJA 2ZYEA 1U8GA 1EPOE 5P0JA 5P47A 2PSUA 4YOBA 3OHFA 5P0FA 3SLZA 2AVMA 1RQ9A 1A8KA 5P0KA 1RL8A 1W6IA 3BUGA 2ZJKA 3ECGA 1MEUA 3BUHA 4F75A 5DR7A 4I8ZA 4XX4A 2V00A 4Y4BA 4GMIA 4YOAA 3TNEA 1HSGA 5P7JA 3O9GA 1MT8A 3Q6YA 6APRE 3MWSA 5P3MA 4XKXA 1HIIA 1LYWA 4DJXA 4QGIA 4Y3FA 4HZTA 3TOGA 5P1AA 3EM6A 5HDVA 2WL0A 5P7PA 1RNEA 4D83A 5P8SA 2V0ZC 2P3AA 1W51A 3FKTA 1HPXA 3IXOA 1EEDP 3HVGA 1DW6C 3K5GA 5P5JA 4Y45A 2RMPA 1HTGA 3ZPTA 4BFDA 3D91A 3LIQA 3OWNA 3ZPUA 2QI6A 4EQJA 2BQVA 5P5HA 5KQZA 5FIVA 5P3LA 2R5QA 3ZLQA 4OBFA 5P13A 1SGUA 4RROA 2QP8A 4I11A 2OHLA 4Y3YA 3EKXA 4L1AB 5P1IA 5OZRA 5I3VA 3CKTA 3KT2A 5P32A 2WEDA 1IZHA 2MIPA 5P06A 3T3CA 4JPEA 5IVQA 1PPLE 4Y5LA 5OZ6A 3PRSA 5P6ZA 5P7AA 2VJ7A 4FM6A 3S8IA 5P1DA 1F7AA 5P8GA 4FRIA 5P50A 4ZEAA 1B6JA 5P79A 5P3KA 3O99A 4TRZA 4WY6A 3OU4B 3OAGB 2ZHSA 1QBRA 4J1CA 4KUPA 4B0QA 4Y58A 4H3FA 5P7DA 5C9BA 5P8LA 3VV7A 2RKFA 3PI0A 4Y43A 5P0OA 5HU1A 1T3RA 1DPJA 2ER7E 4XX3A 5P5OA 1AZ5A 4Y4DA 3JVWA 4RRSA 2HB4A 4R8YA 2R38A 5AHCA 3UDRA 4B1DA 5P8RA 3TL9A 3TOHA 5P6CA 4ZE6A 1FMBA 1ZLFA 1Z1RA 5P87A 2O4KA 2VIJA 4NJUA 2QD7A 3NWQA 5COOA 3PB5A 1QS8A 2G94A 4LXMA 1HTFA 4DVFA 3R0WA 5P8DA 1FB7A 1GVTA 5P85A 1AJVA 5P1TA 1FQ6A 5HDXA 3ZKIA 4DJUA 4QJAA 4FRKA 3O9AA 4OBDA 5OZOA 4AMTA 4EJDA 4Y3TA 5P71A 5P6QA 1PPME 1XS7D 2AOFA 5F00A 4PHVA 1HVJA 1DIFA 1TSQA 2Q5KA 3L5EA 5HCTA 2ZJJA 5DQ5A 3ZKSA 1HSHA 4DPIA 1Q9PA 5P0QA 2BPWA 5P1RA 3DV5A 3S7MA 2QNQA 3KFSA 2AOCA 3G6ZA 4OC6B 3LZUA 3OXXA 4R93A 3URIA 4DJQA 4CPWA 2CEMA 1LYAB 3L3AA 3CYWA 2AOIA 1B11A 3UDYA 2QMPA 3OQFA 2AZBA 5P6JA 3UDKA 1YTHA 4GB2A 5P2BA 3JVYA 3SFCA 2PH6A 2RENA 5P6FA 5AHAA 2VIEA 1EPQE 3DM6A 4Y4WA 4AA8A 1WKRA 4I0DA 3QN8A 4DQHA 1HHPA 3EKTA 3O9LA 2O4PA 4L7GA 3INDA 3WZ8A 5P0BA 5P4SA 5OZ1A 1E82E 5P5ZA 3OXWA 3QRMA 5P16A 5P58A 3WZ6A 1GVUA 4Q1WA 5JODA 1MSNA 1GVVA 5OZ2A 5P7TA 3MXDA 3PBZA 3IGBA 3GI4A 3D3TA 4H3JA 4DJOA 1DP5A 2V13A 5P4LA 2WF0A 3QAAA 1NPAA 3Q5HA 2PSVA 5OZVA 2ZHUA 3PMYA 1M43A 5P4YA 5P0NA 3S43B 5P8VA 3FNUA 4KB9A 4Y54A 4JPCA 3NXNA 5HCOA 3FIVA 3HBOA 1D4SA 5P0SA 1EBZA 4R5NA 4JP9A 1BWBA 2G1SA 5P09A 1ZSFA 8HVPA 2QK5A 3HZCA 5P56A 1META 4HDPA 5P89A 3ZKQA 2BPXA 3WSJA 2HC0A 3FV3A 5P30A 3LPJA 4HE9A 3T6IA 4Z2ZA 3VFBA 1C6YA 2VA6A 3HD8A 2G24A 4PYVA 5P1NA 2V10C 3OUCA 4Y3LA 4Y48A 5P5WA 5P2CA 5P3NA 4CP7A 3K1WA 5P3AA 1MT9A 3SA3A 1PROA 4DJRA 5P2NA 2O4NA 1B6PA 1APWE 1GNMA 1W5WA 3LIXA 1ODYA 2XYEA 4ZPFA 5P5TA 1MT7A 3NU9A 2HAHA 5P4NA 4ER4E 3PSYA 4GZFA 3LHGA 5P8AA 5P6NA 2ZHRA 1B5FB 3OU1A 5OZMA 5P23A 2O40A 3R4BA 5P26A 2CEJA 4D85A 4D89A 5P60A 4Y3SA 4RVIA 2NXMA 3R0YA 5OZQA 3O9FA 1G0VA 3EKYA 3UQWA 3Q70A 5P0RA 1HWRA 1TZSA 1ZJ7A 4RVXA 5P0EA 2EWYA 4TVGA 5OZEA 5OZ3A 3S53A 1AIDA 5P6DA 5DGWA 5P59A 5P57A 1BV9A 3PM4A 5P8NA 5P5UA 4FSLA 4Q1YA 4B1CA 4Y3ZA 3KYRA 4L6BA 5P2DA 5P7YA 3PWRA 3QPJA 1LEEA 2JE4A 2NXLA 4U8WA 5DR8A 5P5LA 3ZL7A 5P0HA 1TW7A 4D88A 5SZ9A 2RKGA 1W5XA 1HVHA 2QMGA 5P03A 2QHYA 5P7EA 4F74A 2XFKA 1IBQA 1VIJA 5ENKA 2A1EA 3TPJA 2WEZA 4JOOA 5P80A 1KJGA 4L7HA 5P6SA 4LP9A 4KE1A 3JW2A 5OZLA 5P07A 5OZHA 3SA9A 2ASIA 4TVHA 1K6CA 5P6XA 3VLAA 3UCBA 4J0TA 1EBKC 1FQ4A 5P31A 2B7ZA 1YTGA 5P8TA 4HA5A 1HTEA 2IL2A 3EL0A 5P3FA 4M8XA 2QNNA 5P7RA 5P3YA 3RVIA 5P5VA 2P83A 4RCDA 4UPJA 3T7XA 5OZPA 4RVJA 5P2FA 3LITA 3TKGA 2AIDA 3DUYA 5P7XA 4M8YA 4DJPA 5AH9A 5HE4A 5P8JA 3SPKA 3OQAA 3N4LA 3URLA 3OQDA 5P35A 4GJAA 5P4FA 2P8HA 4J1KA 1NPVA 3INFA 2PYNA 3NUOA 2PH8A 2G1YA 3VEUA 5P40A 1B6LA 3KT5A 1MERA 2UY0A 4YDGA 2NPHA 3QS1A 1EBYA 2ER9E 2FNTA 5P2UA 4DJVA 5P7LA 1ZTZA 3PEPA 5P7UA 2AOEA 3NLSA 4Y3MA 4EJKA 3DOXA 3PLLA 5P1JA 3PBDA 2IKOA 1SIVA 2ZE1A 2OHMA 3GGUA 5I3XA 5P6WA 5TOLA 5OZYA 2WF4A 5ER2E 5I3YA 1XDHA 1W5YA 5P6HA 3EXOA 5P8EA 4A6CA 5P6LA 3A2OA 2IQGA 3I6OA 4NPUA 4B00A 2XFIA 2B7FA 5P73A 2HS1A 4EWOA 3DCRA 1A30A 5ENMA 5SXNA 4DI2A 1PSAA 1W50A 3CYXA 1K6TA 3D1YA 3SAAA 5P36A 4RYGA 4Q1XA 3T11A 4J0YA 2PC0A 2A4FA 4L1AA 4Y4ZA 5P6IA 4Y57A 4GIDA 5P7KA 5P6MA 3S7LA 6UPJA 2JYSA 2AQUA 2OAHA 4K4RA 1D4YA 4EP3A 2NTRA 3KA2A 4JECA 3PWMA 5P0UA 1DAZC 4YD5A 2WHHA 4GJ9A 1BDRA 4GJ6A 2FLEA 3EKPA 4Y3AA 5OZJA 5OZ0A 1AJXA 3OU4A 3UQRA 2PWRA 3EL5A 3OAGA 4Y3WA 3GGVA 2IGYA 1BDQA 3OTSA 1YM4A 4YD6A 1HEFE 3NU3A 5OZUA 3SA7A 1NPWA 2F8GA 5P49A 3G70A 1XL2A 5OZBA 2PWCA 1MIQA 4RLDA 4APEA 4Y3RA 5P14A 5P6OA 5P7VA 2AOHA 4FRJA 5P1PA 2Q15A 1ZPKA 4PPHA 2HPFA 4CPUA 5P6EA 1ODWA 3TTPA 1ME6A 1LF3A 1CMSA 5P1QA 1LV1A 3HVPA 2OHUA 2VJ6A 3UFLA 3S54A 3L5BA 2VIZA 5P3UA 3QBFA 1EPPE 4FLGA 5P7QA 5F01A 5P5IA 5BWYA 1NH0A 1AXAA 2R3WA 4WY1A 5P3IA 4H3GA 3K5DA 4GJ8A 4YD4A 4DQEA 4QJ6A 4I0FA 5OZNA 3LIVA 5P08A 3HAUA 3L5DA 5P3JA 3OUBA 1FQ5A 4DPFA 2G21A 5P4KA 4EJLA 3VF7A 5JFPA 4J0ZA 3WB5A 1KZKA 5IS4A 4Y3NA 4Y5NA 1EC0A 2IRZA 4PZXA 4CMSA 2ZJHA 2JXRA 3SM1A 2R9BA 4RCEA 3I8WA 4MC2A 4YHQA 5P27A 4OC6A 1K2CA 4J1IA 5KR1A 1LYAA 5P4MA 4Y6MA 5P5RA 1EC3A 4CPQA 4GJ5A 2I0DA 2OHTA 5P82A 3UHLA 2HS2A 3TLHA 3UQPA 3OXVA 5P48A 4OBGA 5P7SA 3BRAA 3APPA 4HLAA 4Y5AA 5P1XA 3IN3A 1BV7A 3OOZA 4LC7A 5P1WA 1MVPA 1ENTE 4Z4XA 5P2AA 1A9MA 1OHRA 4YCKA 1FFIC 2BJUA 4DUSA 2R8NA 3PCWA 4N00A 1LF2A 3B7VA 3QVCA 4Y39A 2VA7A 3PLDA 5DR4A 5T4SA 2VNMA 3TH9A 1QRPE 2QMFA 3BXSA 3QRSA 4DQFA 4Y3GA 5P6KA 1EPRE 2P3BB 4ZSMA 5J25A 1T6EX 4RCFA 5OYZA 3S43A 5P3QA 5P3TA 4OD9B 3OHHA 2WECA 5P74A 2VA5A 3UF3A 5P8OA 1GNOA 2ZJMA 4J0VA 1BVGA 2HM1A 2Q55A 2ER0E 4DJYA 4H3IA 4QJ2A 3EMYA 1BXOA 5P70A 3OK9A 1HPOA 3FNSA 4LXKA 3ZKGA 2Q64A 5OZ4A 4DJWA 4LXAA 1SP5A 5P01A 4TRYA 3LZYA 4MC1A 3O9DA 4OBJA 5DPZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FMB A;  4ZPE A;  2FGU A;  5P33 A;  5P4Q A;  1D4K A;  3CIB A;  4Y4U A;  5P12 A;  5P1B A;  1B6M A;  4Y47 A;  3OXC A;  1C70 A;  1T6G A;  3I7E A;  2VJ9 A;  5P2T A;  3AUP A;  5OYW A;  3UDP A;  1FMU A;  3AID A;  4GJC A;  5P4P A;  3OAD A;  2BPV A;  1SH9 A;  1KJF A;  5P88 A;  2BKS A;  2I4D A;  3TOF A;  3L58 A;  5P4C A;  5P5M A;  3SKF A;  5AH8 A;  5P2M A;  9HVP A;  2NR6 A;  3NSH A;  1T7K A;  2O4L A;  5P6U A;  1QBT A;  5OZK A;  5OZS A;  5DGU A;  5E5J A;  5P7G A;  2OHQ A;  5P00 A;  5B18 A;  1HVK A;  1IDB A;  5IVS A;  5P39 A;  1W5V A;  1MTB A;  5P7F A;  3SO9 A;  4ACU A;  3O9L B;  5P5P A;  3L5F A;  5DR1 A;  5P0Y A;  3OY4 A;  1EC1 A;  5APR E;  4F73 A;  5KAO A;  3TPP A;  1C6Z A;  5P22 A;  1HXW A;  3NDT A;  3OQ7 A;  5P2R A;  4FRS A;  4ZSR A;  5P8B A;  5P43 A;  1EAG A;  1OD1 A;  3OQK A;  5P72 A;  2WF1 A;  3IVH A;  3UFN A;  1QBU A;  5C9F A;  5P2G A;  5P4G A;  2WF2 A;  3LPI A;  5P81 A;  2J9K A;  3VSX A;  5OZD A;  4ER1 E;  2F3F A;  2F3K A;  3BHE A;  1F34 A;  1UPJ A;  2B8V A;  1BVE A;  2ANL A;  4D8C A;  4K4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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