3S2OA

Fragment based discovery and optimisation of bace-1 inhibitors
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 88
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s2oA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s2oA02
2NXDA 5P70A 5P0QA 5P5GA 5P8DA 5P6FA 3BXRA 5P36A 2IS0A 5P3MA 4H3FA 3OOTA 2I0AA 2NMZA 5P1RA 2QD6A 4Y3TA 1BV9A 5P65A 2QMDA 4AMTA 5P6OA 3SAAA 4Z4XA 3VUCA 3CKPA 2A4FA 3S43A 4EXGA 4OBDA 1YTJA 5P01A 5P7TA 3R2FA 4Q1XA 3UQUA 1Z1HA 3NXNA 4ACXA 4L7JA 3LIQA 5P2VA 5P4PA 3KDDA 2VIEA 1VIJA 4NPTA 2F81A 3OOZA 2FS4A 3VSWA 4EP2A 4DQFA 3OUDB 3PEPA 3TKGA 4DPFA 2OHSA 3IXJA 3VFAA 4XX4A 4OC6B 2FGUA 3PLLA 1FF0C 2UXZA 5P6JA 5P3GA 2ZGAA 3RSXA 4FL8A 2AVOA 5OZXA 1HPOA 4FRIA 3HBOA 2WJOA 1B6MA 3OWNA 4YOAA 3G6ZA 3Q70A 2QZXA 2I4VA 5P60A 4ER1E 5P2FA 1IZIA 5OZWA 5P2IA 2P8HA 1FQ6A 4RROA 3UQWA 2QI3A 5IVRA 3VEUA 1QRPE 1MRWA 1GVTA 2PSVA 5P5FA 5P5BA 1IDBA 1GVUA 1Z1RA 1SGZA 4Y51A 5P0KA 5P2QA 1T3RA 1T7JA 2QD7A 4K4RA 4CKUA 5P7CA 4CMSA 4L7HA 5OZLA 5ISJA 4DJPA 5P54A 1J71A 2FMBA 5P14A 5P7QA 2FDEA 3H0BA 4Y4EA 2P3BB 3Q3TA 4Y45A 1W6IA 2Q11A 4ZSMA 1ER8E 4I0ZA 4PZWA 3ZKSA 5P0LA 1B11A 2Q54A 1ODXA 3PI0A 5P67A 5P5OA 5HTZA 5OZKA 2EWYA 2NR6A 4I10A 1QS8A 1XN2A 3OU4A 2QK5A 2QNPA 5P0RA 1PSOE 3HVPA 4Y38A 2JE4A 3Q4BA 3PSUA 3LPIA 3OQ7A 1FMUA 5P3SA 5P0HA 1HVJA 3PBDA 1EBZA 2ZHTA 2PK5A 2ZYEA 3D1YA 3D1ZA 5P3EA 3FKTA 1OEXA 5P73A 3UQXA 3GI5A 2QNQA 3BC4A 1FEJC 3QRSA 4R5NA 2VIJA 3T3CA 1BIMA 1DPJA 5P87A 3KN0A 1KJ4A 4I0EA 4Q5MA 4JP9A 1EBKC 2V10C 1Z8CA 7HVPA 2ANLA 5P0NA 2R3WA 1A9MA 3EXOA 3UQRA 4CPWA 5P4VA 5C9FA 2RENA 5P80A 3QP0A 5DQ4A 2UY0A 3EL4A 5P7HA 3KFPA 4OBHA 3DV1A 1LV1A 1W5VA 5P2MA 4PHVA 1QBSA 4YD5A 3KDBA 5JG1A 3QS1A 3K4VA 1T6GA 2R5PA 2R3TA 2I4WA 5ER2E 2WF2A 4U8WA 2WECA 1EC2A 1TSQA 2V0ZC 1LF3A 3VSXA 3PGIA 4NJUA 1NH0A 5P2YA 3R4BA 4R8YA 3OUAA 5DQ5A 3OGQA 4Y9WA 4HDBA 3SQFA 5P09A 3BUFA 2PSUA 3K5FA 1WBMA 5P6EA 2PWRA 3URLA 5P5KA 5P50A 4J0ZA 5HU0A 1B6JA 5P0UA 5P4TA 1AZ5A 5P5YA 2NTRA 1HXWA 3ZKMA 3PWRA 4EPJA 1D4IA 1QDMA 5P28A 4FRSA 4GB2A 5DR0A 1PSAA 5OZDA 4YD3A 1EPLE 2PC0A 5P81A 3UFLA 1XS7D 1EPNE 3DOXA 5P2DA 5OZ1A 3OU1B 4Y5NA 4TVGA 5P8OA 4RRNA 9HVPA 3I8WA 5P0VA 3EM3A 3OUBA 4CP7A 1D4KA 1Q9PA 4Y3EA 5P5IA 5P8IA 3VCMA 1GNNA 1LF4A 4LC7A 4F76A 5OZTA 3OU3A 2ZDZA 3EKYA 2J9KA 1FQ8A 2HPEA 4J55A 5P2LA 2HAHA 2AOIA 3PJ6A 2QHZA 4ER4E 1SGUA 1FIVA 4Y5AA 3EKXA 5P0MA 3SFCA 1RL8A 5KR1A 5OYTA 3CIBA 1FKNA 4NJTA 5P68A 3FIVA 3T6IA 5OZ3A 3NXEA 4KUPA 5P07A 4Q1YA 5OZUA 4Y5LA 3VF5A 3WB5A 2R5QA 5OZHA 5P8BA 1HEFE 1B6LA 5P84A 2AOJA 5DGUA 5OZCA 2VIZA 3IXKA 5P4HA 1SIVA 4Y39A 4Y3ZA 2IKUA 5P12A 3VYFA 3GGVA 4GMIA 1UH8A 5P6CA 4RGHA 3UDRA 3FNUA 6FIVA 4Y5GA 4EXHA 1SP5A 5JFPA 3OUCA 3HLOA 4FCOA 3GGXA 5OZ7A 3S56A 3VV6A 3R0YA 2WF1A 4BELA 1NPAA 4HZTA 3O99A 3BUHA 3LZSA 5OZ5A 2HS2A 1B5FB 2AODA 1CZIE 2QMPA 3PBZA 4U7QA 5P3AA 3OQKA 3PMUA 3PSGA 5P4WA 4QJ9A 4WTUA 2P3AA 3S53A 4EJKA 3O9HA 5P7BA 1W5YA 5P3IA 5OZIA 1K1UA 1PPME 2AVSA 2IRZA 5P5RA 5F00A 3O9BA 4ZE6A 1WBKA 5P62A 4RRSA 4COEA 5OYRA 3S2OA 4YOBA 2G1YA 3ZKXA 4UPJA 1APVE 4Y3GA 3L59A 5CLMA 4QJ7A 3PRSA 3BUGA 1YG9A 5P7XA 3TPLA 2Q63A 5P5SA 3U7SA 5P76A 3LZYA 2AZBA 5P55A 3VLAA 4PPHA 5P1NA 2QI0A 3I25A 2JXRA 1FB7A 3PCZA 5P0BA 2OAHA 3CMSA 3TPPA 1K1TA 4GIDA 2HM1A 3URJA 4A6CA 5P6VA 3S54A 5P0JA 2FDPA 3KDCA 1HTGA 2WF0A 2J9JB 1HSGA 4JOOA 1FQ5A 1LYWA 5P79A 2HS1A 4ZSQA 1N49A 4B1EA 2AZ8A 4GJ8A 4Y4UA 2BPYA 4J1EA 4B1CA 1HSHA 5P0DA 5P4CA 5B18A 4QGIA 4NKKA 4LHHA 1AIDA 1MPPA 4PZXA 4Y4DA 3EL1A 5P3TA 5KR0A 5P5UA 2P4JA 3ZKQA 5AHAA 5P8KA 2OHLA 5P6HA 1ZLFA 5P8MA 3ZL7A 5P30A 1SDVA 3UFNA 2P83A 5COPA 2BPWA 4J1IA 3O9LA 3B80A 1NPWA 5P3JA 4GJ6A 5DQ1A 5OZ2A 2ZJMA 1LYAA 5P63A 3OUDA 2Q55A 1G2KA 3TKWA 2QZWA 2XYEA 5P6TA 3PWWA 3DUYA 5HCTA 3MSLA 3N3IA 5P35A 5P75A 3PCWA 3NDWA 3EM6A 5P6RA 4I0JA 4FLGA 5P3OA 2ER7E 2I4DA 5P3KA 5P4YA 3IAWA 2RSPA 3URIA 5P7LA 3LPJA 4DFGA 3BRAA 5F01A 5P4IA 3NU9A 2QMGA 5P18A 3FV3A 3IGBA 3O9EA 5P8FA 5P2UA 2HC0A 2IEOA 3QRMA 5P4UA 4Y36A 4Y5EA 3APRE 1RQ9A 1FMBA 5P4AA 1MT8A 3ZKGA 4AUCA 4Y35A 1A8GA 2OHRA 4DJXA 4WY6A 1MEUA 2ER6E 4K8SA 2ASIA 2BPVA 5P6YA 3RTHA 2V13A 1M4HA 5OZAA 1K6PA 4YHQA 4Y4GA 5P8AA 2I0DA 2P3BA 5HU1A 4GJ9A 2ER0E 3T11A 1YX9A 2RMPA 5I3WA 1HVIA 3FSMA 2RKFA 3UHLA 3IVHA 2AIDA 2XFKA 4OBZB 5P6AA 4Y5PA 4Q1WA 4Z50A 3I2LA 4ZSPA 4HDFA 3PI5A 3NDTA 5OZBA 3KA2A 4LAPA 1GKTA 5P46A 2CEJA 4QJ2A 3BHEA 3TOGA 3IN3A 4U7VA 5IS4A 5P7GA 2BKTA 1LYBB 1APUE 5P0OA 5OYSA 1HVSA 2QI5A 1DW6C 5AHCA 5P44A 1AAQA 1MVPA 3OXCA 3OADB 4Y44A 5OZMA 4EQ0A 1LEEA 2ZJJA 5P3BA 2B8LA 4HLAA 5P7DA 5P6ZA 2VKMA 5C9BA 5P1ZA 5P0SA 2UPJA 5P27A 5P56A 5DR4A 3ST5A 3QVCA 4GJ7A 1HRNA 1PROA 3UDQA 5P5WA 5P74A 5OZNA 4HE9A 1E5OE 3F9QA 4H1EA 4X2LA 4KE0A 5AGZA 1YT9A 1G35A 5ISKA 5P5TA 4ZSRA 1HIIA 5HE7A 5EZXA 3U6AA 5AH7A 4Y3YA 3EKTA 4Y3AA 4EJDA 5P2ZA 1EC1A 3QN8A 3WB4A 5AH9A 3WZ8A 3RTMA 5KQFA 1LZQA 5P26A 2OHMA 2PMAA 1TCXA 4ZIPA 5J25A 1SMRA 1HOSA 2G22A 3UCBA 2FNSA 3VV7A 3EKPA 1DMPA 5P7FA 2QP8A 1AJXA 3K5GA 3L5DA 1ZJ7A 1BXQA 5AH8A 2FDDA 4AA8A 3L5EA 3UQPA 4Y4XA 5P7MA 4NPUA 4FAFA 3S43B 5JFUA 1HEGE 1WKRA 3L58A 4F75A 4ZPGA 3OU1A 3NU4A 2B8VA 2H6SA 3PMYA 3PLDA 2I1AA 1FFIC 3KT2A 4Y5CA 5P86A 4Y5KA 1NPVA 2QI4A 3OTSA 3SA4A 1BVEA 4Y3RA 5P2BA 3C9XA 1KZKA 4FRKA 1A8KA 2G21A 1MSNA 5I3YA 2NNKA 3SO9A 5P5AA 5P22A 3GGUA 4DUSA 4QJAA 4YDGA 4A4QA 1GVXA 3VG1A 1C6XA 5P77A 4MC1A 2IL2A 5P6LA 5P4GA 3MSJA 2NNPA 1UPJA 4Y4AA 5KOQA 4LP9A 1YTGA 5PEPA 4DPIA 2PK6A 3N4LA 4M8XA 3NDUA 5P2WA 5P4DA 3DCKA 4I1CA 4RCDA 4Y37A 4APEA 3BGCA 1HTRB 3VLBA 4H3GA 4Z2ZA 1MESA 1HTFA 1BVGA 3FNTA 5P1QA 4RYGA 1KJHA 1EBWA 5E5JA 5I70A 5P7NA 4Y3LA 4EHCA 5P2TA 2ZJIA 2Z54A 5P72A 3D1XA 2AOGA 3VYDA 3LIYA 5P52A 2FNTA 5P7AA 3L5FA 1BV7A 5OYWA 4GJAA 3SPKA 5P4BA 3ZPSA 1B5FA 5HDVA 3DV5A 3BXSA 5P1HA 4Y58A 1FQXA 3CYXA 3SM1A 3SKGA 4R95A 4QJ8A 1K6TA 2PH6A 5P57A 3DCRA 4WY1A 1W6HA 3EL9A 5P7PA 2ER9E 3OU4B 5P2OA 1ZP8A 5P8NA 4J0VA 3VF3A 2G1SA 3BVBA 5P4MA 1LS5A 3T7QA 4PEPA 4YCYA 5OZFA 4Y3HA 1D4YA 3PM4A 3EL0A 3NR6A 5P1PA 4B1DA 5P20A 5P6BA 5HCOA 5P0AA 1JLDA 2G1OA 4Y57A 2VJ9A 3R0WA 1SDTA 5OZJA 1W50A 2G27A 3CKTA 3EL5A 2VNMA 4EP3A 3S85A 5P3QA 3INDA 4ER2E 5P23A 1GNOA 3CKRA 4KB9A 5P6GA 2BPZA 2IENA 3TL9A 3TOFA 4B00A 5P15A 2AOCA 5P7RA 4EJ8A 2V12C 1E80E 1BDLA 5P1IA 4Y3WA 4HVPA 4CPQA 2BBBA 5KQZA 3JW2A 2I4UA 2QHCA 4Y3FA 4Y4BA 5P0FA 1UH9A 3DK1A 4OBKA 2QZLA 2PSGA 5P5CA 1TCWA 3Q5HA 1BWBA 4GJDA 5DR1A 3QROA 5P66A 3ER5E 1VIKA 4I12A 3KMYA 4DJQA 3HVGA 4OBGA 4DQGA 5P08A 3UTLA 3IXOA 4J0TA 5P5XA 4Y4ZA 1TZSA 2CENA 3ER3E 2HIZA 4OD9A 2OF0A 1ZTZA 5P3VA 5P16A 3QPJA 2G20A 1HIVA 1IBQA 2NMYA 3KM4A 3LIVA 1OEWA 4D88A 5HDUA 3IA9A 3SA8A 3NSHA 1AXAA 3OQAA 1PSNA 1TW7A 4FM8A 5CONA 3VV8A 1EPME 1MTBA 3NU6A 1HPXA 4L1AB 2VA5A 1FG8C 5T4SA 1RNEA 4A6BA 2P3DA 5P64A 2QI1A 1EPQE 3UDMA 4RVJA 2VA7A 2APRA 5P7SA 5P2AA 1M0BA 1KJFA 2IQGA 2O4NA 3INFA 3RU1A 4CPRA 1XDHA 3LPKA 5SY3A 2PYMA 5P0XA 1EAGA 3GGAA 2R43A 2VJ7A 4BEKA 3O9IA 5P34A 3LZVA 5IVSA 4RLDA 1ME6A 1ZSFA 5P3FA 5P8LA 5P13A 1BDQA 4FM7A 3AIDA 4CPUA 4Y6MA 5KAOA 1NSOA 3ZKNA 3M9FA 4LBTA 5DQ2A 4I0GA 3TOHA 5P89A 5E5KA 5IVTA 4Y53A 1MIQA 3APPA 4DJRA 5OYZA 2VIYA 5P5MA 1ZBGA 2A1EA 5P25A 3CYWA 5P06A 3KYRA 2QD8A 5KR2A 5P0EA 1E81E 1PPLE 3NWXA 4TRZA 3TPRA 5OZSA 5P29A 1MTRA 4Y3SA 3EKVA 5P3XA 3LHGA 4MC2A 3L5CA 5P0ZA 5P1EA 3QRVA 5I3VA 5P02A 5P6WA 2PH8A 5P40A 3QI1A 3DJKA 4J5JA 1RV7A 1HXBA 5OZ0A 5P4QA 2IKOA 2WF3A 5IE1A 1K6VA 5BWYA 5OYQA 4EWOA 3KT5A 5ER1E 2B60A 3K4VC 4GJ5A 1M43A 5P88A 5P3ZA 1IVPA 5P6XA 1HWRA 5P6NA 3VF7A 4FIVA 4QLHA 3DM6A 1T7KA 1LYBA 1XE5A 3SA5A 1BAIA 4Q1NA 5HD0A 4JPEA 1EBYA 4OC6A 5P3YA 3FX5A 4L7GA 5P85A 4ZLSA 4K4PA 4TVHA 4DQEA 1FGCC 5P7JA 5P5NA 5P3CA 1A94A 1BILA 2AOHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NXD A;  5P70 A;  5P0Q A;  5P5G A;  5P8D A;  5P6F A;  3BXR A;  5P36 A;  2IS0 A;  5P3M A;  4H3F A;  3OOT A;  2I0A A;  2NMZ A;  5P1R A;  2QD6 A;  4Y3T A;  1BV9 A;  5P65 A;  2QMD A;  4AMT A;  5P6O A;  3SAA A;  4Z4X A;  3VUC A;  3CKP A;  2A4F A;  3S43 A;  4EXG A;  4OBD A;  1YTJ A;  5P01 A;  5P7T A;  3R2F A;  4Q1X A;  3UQU A;  1Z1H A;  3NXN A;  4ACX A;  4L7J A;  3LIQ A;  5P2V A;  5P4P A;  3KDD A;  2VIE A;  1VIJ A;  4NPT A;  2F81 A;  3OOZ A;  2FS4 A;  3VSW A;  4EP2 A;  4DQF A;  3OUD B;  3PEP A;  3TKG A;  4DPF A;  2OHS A;  3IXJ A;  3VFA A;  4XX4 A;  4OC6 B;  2FGU A;  3PLL A;  1FF0 C;  2UXZ A;  5P6J A;  5P3G A;  2ZGA A;  3RSX A;  4FL8 A;  2AVO A;  5OZX A;  1HPO A;  4FRI A;  3HBO A;  2WJO A;  1B6M A;  3OWN A;  4YOA A;  3G6Z A;  3Q70 A;  2QZX A;  2I4V A;  5P60 A;  4ER1 E;  5P2F A;  1IZI A;  5OZW A;  5P2I A;  2P8H A;  1FQ6 A;  4RRO A;  3UQW A;  2QI3 A;  5IVR A;  3VEU A;  1QRP E;  1MRW A;  1GVT A;  2PSV A;  5P5F A;  5P5B A;  1IDB A;  1GVU A;  1Z1R A;  1SGZ A;  4Y51 A;  5P0K A;  5P2Q A;  1T3R A;  1T7J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BKS A;  5P0P A;  5P33 A;  2V11 C;  1HTE A;  3RSV A;  2ZJK A;  2HPF A;  2SAM A;  3T7P A;  4J1F A;  1BXO A;  4DJU A;  5DR3 A;  3CIC A;  2BQV A;  5P3L A;  5P82 A;  5P6Q A;  3KFS A;  4K4Q A;  5P8C A;  4DJO A;  1HSI A;  4RYC A;  4Y47 A;  2G69 A;  3EBZ A;  4B0Q A;  5P41 A;  2JYS A;  4I0I A;  1CMS A;  3UDY A;  5P1L A;  1SBG A;  2MIP A;  4FSE A;  1W5W A;  2Q5K A;  3HZC A;  3ZPT A;  4N00 A;  3GW5 A;  5P4N A;  2Q64 A;  5P48 A;  5P4O A;  5TOL A;  4CPS A;  1MER A;  3FNS A;  3R1G B;  3SA3 A;  5P7U A;  5HE4 A;  4HA5 A;  4DI2 A;  3EC0 A;  4NJV A;  5P7Y A;  5P6M A;  4OBZ A;  3NYG A;  2CEM A;  5OZ6 A;  4B78 A;  1XN3 A;  5APR E;  3PHV A;  4OD9 B;  2FXD A;  4YD6 A;  4I0D A;  3S8I A;  4ZPF A;  3QAA A;  4FM6 A;  3ZKI A;  2G94 A;  4I0F A;  3UF3 A;  5P59 A;  4KE1 A;  5C9D A;  5P69 A;  1FLH A;  5P2E A;  4YBF A;  5P5J A;  3K1W A;  3SKF A;  2ZHU A;  4LXA A;  5P8Q A;  4E43 A;  5OZZ A;  3OK9 A;  4B72 A;  1PPK E;  5P32 A;  4Y3Q A;  2O4K A;  1D4J A;  3OAD A;  5UPJ A;  2OHK A;  5P4L A;  1AJV A;  5P5Q A;  5P1Y A;  1APT E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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