3S43A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDEIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s43A00
3OXWA 3OQDA 7HVPA 3TLHA 3EL1A 1BILA 2QNNA 4GJ5A 2QMGA 2HPEA 2QP8A 5P05A 5OYZA 5KQFA 1PROA 5P22A 5P6CA 2Q63A 2G22A 4PHVA 1NPAA 5P8FA 3K5CA 1FB7A 1HSHA 3HBOA 2BPXA 4I0FA 1MT7A 2QI7A 5P4IA 3EL4A 5P59A 4Q1NA 1APUE 4DUSA 2IQGA 1SIVA 4Y48A 3SO9A 2P3AA 1E82E 3VEUA 1FF0C 3SAAA 3ZKGA 2ZJHA 3HW1A 3D1XA 3QBFA 4EYRA 2NXMA 2V0ZC 5P8AA 3GGUA 4FM8A 1G0VA 4LHHA 5C9FA 3NU3A 5P5HA 4BEKA 3K5GA 4CPWA 3PMYA 4XXSA 1ZPAA 3EKQA 5P0AA 3ZKSA 3S7LA 1FG6C 4H3FA 2NR6A 5P4CA 3DV5A 4H1EA 2FNSA 5P33A 4J1CA 3T7QA 4ER4E 4EJLA 5P76A 4QJAA 4Y56A 3JVWA 3Q6YA 4K9HA 1XN2A 2AVMA 5P58A 2B8LA 5P29A 1BVGA 1YX9A 3ZOVA 5P7HA 5P3NA 4Y9WA 4DJOA 3K5FA 5P2KA 3T6IA 4L7HA 2RENA 2V00A 5P0JA 1APVE 1FQXA 3SM1A 4XX3A 3VV7A 1XE5A 4HDFA 5P6JA 4ZEAA 5OZ4A 5P14A 1K6PA 5P2HA 4FM7A 3VYEA 5P11A 5P2ZA 3RU1A 1OD1A 2G20A 4Y4TA 2G26A 5P7JA 1EPME 1ZPKA 2XFIA 3KYRA 4Y3HA 1TSUA 2H6TA 5OZTA 4DPFA 3INEA 1EPQE 4I0IA 1K6CA 1IIQA 4OBZA 2IGYA 4QJ8A 5P5KA 1ME6A 1ZSRA 2BPYA 1FFIC 3SQFA 3URJA 2RKFA 3O9BA 5P5XA 1BWBA 5P03A 5P3PA 4I0HA 5P6FA 5AHAA 1DP5A 4Y50A 1B6MA 3ZKNA 3UDJA 5OZIA 5P3EA 1WBKA 5P6VA 4HEGA 1ZLFA 5P5JA 2IEOA 4Y5NA 2VA7A 1FKNA 1FQ7A 3OU3A 4GJ6A 5P0VA 3LIXA 1EPRE 3U6AA 5P5AA 4B1CA 3FIVA 2NTRA 3I6OA 5AH6A 5P0IA 4B00A 1B6KA 1IZDA 2PSVA 2QI6A 5P26A 4Y3ZA 5AGZA 4NJTA 4ZIPA 3BRAA 4NJUA 1SP5A 3KM4A 2OHSA 4I8WA 5P3DA 1TQFA 5P6WA 3ZPTA 3VFBA 2BBBA 2QI0A 4AZYA 3VV6A 3EM3A 3PWRA 1XN3A 4FRIA 4Y38A 2PYNA 3RSVA 4J1EA 4DV9A 5P7EA 5P74A 4I8ZA 3DOXA 3OGQA 1MTRA 3DM6A 4L7JA 5P4PA 2ZYEA 2R43A 2OHLA 2JYSA 5P2MA 1AJVA 3QN8A 2BKSA 5P2EA 4H3IA 5P54A 5P3QA 5P5RA 3PCWA 4L1AB 1RL8A 2Q3KA 5P8QA 4HDBA 4Y35A 4EQ0A 5IVTA 2WF4A 3OY4A 4RVIA 2OF0A 2G1SA 3NDXA 4RYCA 1FLHA 1LYAB 5P2LA 3S56A 2AOFA 5P6XA 2QZKA 2XFJA 3VSWA 5P0PA 5P60A 1LF3A 1Z1RA 4YA8A 3UF3A 3O9LA 5P52A 1EPNE 5OZZA 3DJKA 2XFKA 5HTZA 5IE1A 5P13A 2CEMA 3WZ7A 3OUBA 1E80E 1PSOE 5P19A 3SA3A 3OTYA 5P8MA 3IA9A 3VYDA 5KQZA 5P8KA 4Y36A 5P8HA 4U8WA 3VUCA 1PPME 2ER6E 3NDUA 3LHGA 5P0LA 4APRE 4GJCA 3Q3TA 3LIVA 3MWSA 2QHCA 1OHRA 4MC9A 2ZHSA 1XDHA 3APRE 2VNMA 4F73A 5AHBA 3L58A 4X2LA 5CLMA 5P0NA 2BJUA 4APEA 3PMUA 5KR2A 5P62A 1HTEA 5HE5A 2ER0E 5ER2E 4Y3MA 1DAZC 2B60A 1ODWA 1HRNA 1D4HA 4GB2A 4RCFA 3CICA 3CIDA 3L59A 1T7KA 2MIPA 4QJ7A 4XKXA 5P7ZA 3UDQA 1WBMA 3UCBA 4J1HA 3Q5HA 5OZKA 5P15A 5OZCA 5FIVA 3RSXA 4PYVA 3AIDA 1YM4A 4HZTA 5P3AA 1IVQA 1BXOA 1W6IA 3MSJA 2QD8A 4EXGA 1K2CA 2QI5A 1KZKA 3PI5A 5P8CA 4D83A 5OZQA 2I0AA 3PM4A 3JVYA 2F3EA 5OZFA 2V10C 4Y45A 5P1DA 4EQJA 1FMXA 1DPJA 2WEBA 1TW7A 3QP0A 4DVFA 5P1FA 3DK1A 2R8NA 2PH8A 3OU1B 1KJ7A 5P2FA 4Y4GA 4Y5MA 4YOBA 5P72A 4Y5KA 4QGIA 5DR8A 4DJPA 5P5TA 1FFFC 3NYGA 4Y5LA 1DMPA 3GI6A 5KR8A 4L6BA 1CMSA 5P1KA 3LZVA 2Q5KA 1HVKA 4FL8A 2F3FA 5P5PA 2H6SA 2FIVA 2WL0A 4AA9A 5DR7A 1AXAA 3PEPA 3OHHA 3EKTA 3U71A 1HSGA 2OAHA 2Q55A 3HD8A 5IVRA 1T7IA 1IDBA 3PSYA 3PWMA 5P4MA 3KDCA 4Y4WA 2VIJA 1FMBA 1LV1A 3LZUA 1EAGA 3M9FA 4YD6A 2B7FA 3DCKA 2FNTA 2WEAA 5P8DA 5EZZA 5P4OA 1W6HA 5P2YA 2OHPA 3SA6A 5P5DA 1MSMA 5P3SA 1K6VA 3OADB 1LZQA 5P4YA 5P34A 4ZSQA 1F7AA 2HPFA 5OZRA 4CMSA 1TCWA 5P44A 1M0BA 5P01A 5P4SA 3SM2A 2G21A 2AZCA 4PPHA 3ZKXA 5I70A 1FQ5A 4GMIA 1META 5P1AA 2QZXA 4F76A 1MRWA 1C6YA 4I0JA 2ZGAA 4I11A 5P8VA 3N4LA 1KJFA 3NR6A 3CYWA 4IVSA 1D4JA 5F00A 5P7LA 3IAWA 4QJ2A 4Y58A 2G24A 3UDYA 3SA8A 1HVIA 4U7QA 1FEJC 3UHLA 2PWCA 4YD7A 5P81A 3NUJA 2R5PA 2WF2A 5P7NA 3ZMGA 5P42A 4DQEA 1AIDA 5DPZA 4Y4JA 3TPPA 3KDBA 5P8PA 3QVCA 3NXEA 5P78A 3UQPA 1SDVA 5P4GA 3H5BA 2B8VA 4L1AA 1SIPA 2I4WA 4HE9A 2HC0A 1G35A 4EJDA 4Q1YA 5AHCA 1LF4A 3WZ6A 4NPTA 4COEA 1B11A 1ENTE 2AIDA 5P69A 4DQCA 4Y3SA 2RKGA 5OZ2A 5P1IA 4Y43A 3D20A 5P2UA 5P1BA 3U7SA 5P70A 5P39A 1B6PA 4GJ8A 3BVBA 3O9CA 4Y57A 2BQVA 5OZ8A 5P4FA 4ER1E 5BRYA 4EHCA 5P86A 5KR0A 2FGUA 1FQ8A 4N00A 4TVHA 5P0CA 5KR1A 1M43A 5OYUA 4Y3XA 1ODYA 3NDTA 5P2TA 3TKGA 3SKFA 1FGCC 1J71A 3H0BA 3EKXA 1MESA 1A9MA 5JG1A 5OZVA 1FG8C 4LBTA 5P6DA 2PWRA 2NPHA 5P2SA 4F74A 4HVPA 5P4LA 4R92A 1DW6C 2ER9E 1QRPE 3ER3E 4FIVA 4Y54A 2FGVA 4Y3NA 5P3XA 2J9JA 1RPIA 5HDZA 1TZSA 4CPSA 1IVPA 3HAWA 3I7EA 5P5NA 3DV1A 3PJ6A 5P7YA 4HDPA 5P80A 2Q64A 5P4RA 5KOSA 4LP9A 3QI1A 1HEGE 1B5FB 1LYWA 5I3XA 2SAMA 2OHUA 2FDEA 5P7TA 4RRNA 3FNTA 2P83A 2AOCA 3B80A 3SKGA 1IBQA 2FXEA 1UH7A 3HVGA 1CZIE 1KJ4A 2ZJMA 3S7MA 5OYWA 3SA7A 3EBZA 3INDA 3TL9A 4GJAA 4J0TA 1KJGA 1QS8A 5P3GA 2JE4A 2O4NA 5E5KA 4FM6A 3HLOA 3S8IA 5P5OA 3WB4A 4LXMA 3OU1A 2FXDA 2ZHVA 1T6GA 3G6ZA 1BDLA 1W5WA 4LC7A 1HEFE 1W5YA 3URLA 2NMZA 3TPRA 2VIEA 5P1PA 2ASIA 5P3VA 5P0GA 3PCZA 1PSNA 5OZMA 2QI3A 4L7GA 3O9EA 3VF5A 1W5XA 3LNKA 4Y3GA 3A2OA 5HCOA 5P4DA 5P5VA 4Y4AA 3SA5A 5P23A 1HIHA 1GNNA 3TNEA 2PH6A 3EKVA 4F75A 5P0MA 1K2BA 2ZDZA 5P4VA 1QBRA 4JPCA 4RVXA 2QCIA 5P6SA 5P4WA 1QBTA 5DR3A 5P7OA 2OHTA 5P5EA 3EM6A 2BPVA 2O4LA 4Z2ZA 2HIZA 4QLHA 5P4NA 4RCEA 5P0KA 3S43B 3CKPA 3ZL7A 5ER1E 5OZWA 3OADA 4KB9A 3PRSA 3QIHA 3UDKA 5P3YA 4I0ZA 4Y4ZA 5UPJA 4TVGA 5KQYA 2ZHUA 5P1EA 5P41A 3WB5A 2IDWA 4D89A 5OZLA 2WKZA 5JFUA 3OAGB 5E5JA 2HS2A 1ZSFA 5P6MA 3PGIA 4KUPA 4B1EA 4DPIA 3UDPA 2AODA 4TRZA 1MERA 5OZ6A 1AZ5A 3TPJA 3NWXA 5P47A 2WJOA 3RVIA 2VA5A 4K4PA 3K1WA 3NSHA 4WY6A 1SMEA 4J54A 2I1AA 4S1GA 2I0DA 4Y51A 5P4BA 3NXNA 3LIYA 2P4JA 5P6TA 1YG9A 5P88A 5P1WA 3O9IA 2IS0A 1ZJ7A 5OZYA 5P61A 1APTE 4YOAA 4HLAA 5P0QA 5P2BA 3EKYA 3OUAA 5DGWA 1SMRA 5P0HA 4R91A 2VIYA 4Y5AA 5ISJA 2CEJA 2HS1A 4RGHA 5P64A 2O4PA 5P5BA 1BWAA 4J0PA 5P1NA 2AVOA 4DQHA 1T6EX 1LYBB 4PZXA 1UPJA 5P46A 5KQXA 5P06A 3G72A 2RSPA 4EP2A 4Y6MA 5IS4A 2QMDA 5P0OA 5P6HA 5P6AA 4EJ8A 1YTHA 5P0TA 5P89A 2ANLA 5P2QA 5F01A 4I10A 7UPJA 2HB3A 5IVQA 5DR4A 4Q1WA 2A1EA 3TTPA 1BVEA 3L5BA 1EBZA 1GNMA 2B42A 4FLGA 3HAUA 4YBFA 3GI4A 3BUGA 2F3KA 3S45A 4CKUA 3GGAA 4YD5A 1EC3A 5P6PA 4NPUA 1N49A 3Q70A 5P7BA 4J0ZA 1HXWA 2APRA 4QJ9A 4A6BA 3QRVA 3BGBA 4Z4XA 5P3TA 5I3YA 3HVPA 4OBFA 3VG1A 1PPLE 1GVXA 4DQBA 5P7KA 5P18A 4FRSA 5JFPA 5OZ0A 2Z54A 5P1MA 5P4HA 2QMPA 5P63A 4B78A 4B77A 1E81E 2Q54A 3O9HA 1SDTA 4PEPA 4CPTA 1HXBA 3CMSA 5P3BA 3UPJA 3ER5E 6APRE 4R5NA 2V12C 3TPLA 2JJIA 5P25A 3URIA 2F8GA 1HPOA 3L3AA 3BUFA 5P37A 1QBSA 1VIJA 1U8GA 1EC0A 2WEDA 3L5EA 3L5FA 3VCMA 1SDUA 4FRJA 5P24A 4ACXA 3K4VC 3NDWA 3IN3A 3PLLA 5P7GA 2BKTA 3KFRA 2V16C 1BDRA 5P2OA 1WKRA 5OZOA 2QI1A 1FIVA 2BB9A 5P2XA 5P8GA 1MT9A 4KE0A 5P1OA 2VIZA 1PFZA 3L5DA 1FQ6A 5COKA 3ST5A 3CKRA 5DQ5A 5P5YA 5P0RA 3EKPA 1HTRB 3OQFA 1IZIA 4RROA 1HIVA 5P1TA 1EBWA 4M8YA 5P3ZA 1BIMA 1YTJA 1YM2A 5AH8A 5P8TA 1MIQA 2UPJA 2O4SA 4Y3LA 3PSUA 3OUDB 1ZTZA 5P6NA 3BGCA 5BS4A 3OQ7A 1EC1A 2NXDA 5P3HA 2Q15A 5P0SA 1EC2A 2PMAA 5P8EA 4H3GA 5P55A 4CP7A 5P6KA 3O9GA 1AAQA 2G1YA 5P6UA 2FS4A 2O40A 5P5SA 4YCKA 1HVCA 5PEPA 3DUYA 4UPJA 4HA5A 3TOFA 3EKWA 4Y4XA 5HCTA 4Y4BA 1MT8A 1JLDA 4I0GA 4ZSMA 3VSXA 1UH9A 2BPZA 4Q5MA 1K1UA 5P7MA 4RZ1A 3OU4B 2QK5A 3OAGA 4ZE6A 3LPIA 1BAIA 2AOGA 2G27A 2Z4OA 4ER2E 5P2VA 5OZPA 3S53A 1Q9PA 5ENMA 1HPSA 4CPRA 5P7FA 2ZJKA 2XYFA 4RRSA 3C9XA 2QZLA 3CIBA 1A94A 3S85A 5P7SA 3R0WA 5P0EA 5P7DA 5P1XA 5P66A 2VS2A 1LF2A 4LL3A 4ACUA 3I8WA 5P6OA 3O99A 1CPIA 5P6LA 3G70A 3LINA 4Y3RA 5IVSA 5P09A 3NWQA 3KT5A 5HE7A 2WEZA 5P5GA 3ZPSA 5P02A 5P04A 1SBGA 1MPPA 3KFPA 6UPJA 1D4YA 3EL5A 5I3VA 3OOZA 3T7PA 5P2AA 4J17A 3LZSA 3EXOA 3N3IA 5P2GA 3PSGA 4YE3A 2ZJNA 3BUHA 2NNPA 5P35A 2HM1A 5P7AA 3KT2A 1LYBA 5P65A 4AA8A 3PHVA 1NPVA 1BDQA 4FGXA 5P0BA 2IRZA 3ZKQA 1HVRA 4J1KA 2O4KA 5OZDA 5P4XA 1LYAA 2AVQA 4Y47A 1K6TA 2R5QA 3D3TA 4Y5EA 5P1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXW A;  3OQD A;  7HVP A;  3TLH A;  3EL1 A;  1BIL A;  2QNN A;  4GJ5 A;  2QMG A;  2HPE A;  2QP8 A;  5P05 A;  5OYZ A;  5KQF A;  1PRO A;  5P22 A;  5P6C A;  2Q63 A;  2G22 A;  4PHV A;  1NPA A;  5P8F A;  3K5C A;  1FB7 A;  1HSH A;  3HBO A;  2BPX A;  4I0F A;  1MT7 A;  2QI7 A;  5P4I A;  3EL4 A;  5P59 A;  4Q1N A;  1APU E;  4DUS A;  2IQG A;  1SIV A;  4Y48 A;  3SO9 A;  2P3A A;  1E82 E;  3VEU A;  1FF0 C;  3SAA A;  3ZKG A;  2ZJH A;  3HW1 A;  3D1X A;  3QBF A;  4EYR A;  2NXM A;  2V0Z C;  5P8A A;  3GGU A;  4FM8 A;  1G0V A;  4LHH A;  5C9F A;  3NU3 A;  5P5H A;  4BEK A;  3K5G A;  4CPW A;  3PMY A;  4XXS A;  1ZPA A;  3EKQ A;  5P0A A;  3ZKS A;  3S7L A;  1FG6 C;  4H3F A;  2NR6 A;  5P4C A;  3DV5 A;  4H1E A;  2FNS A;  5P33 A;  4J1C A;  3T7Q A;  4ER4 E;  4EJL A;  5P76 A;  4QJA A;  4Y56 A;  3JVW A;  3Q6Y A;  4K9H A;  1XN2 A;  2AVM A;  5P58 A;  2B8L A;  5P29 A;  1BVG A;  1YX9 A;  3ZOV A;  5P7H A;  5P3N A;  4Y9W A;  4DJO A;  3K5F A;  5P2K A;  3T6I A;  4L7H A;  2REN A;  2V00 A;  5P0J A;  1APV E;  1FQX A;  3SM1 A;  4XX3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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