3S53A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug darunavir in space group p212121
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s53A00
4OD9A 1D4YA 1FF0C 3QRSA 2RKFA 3VV6A 4R95A 3K5CA 2SAMA 4YCTA 2R3TA 5P7OA 5P4LA 4B78A 3ST5A 3KDBA 5P3GA 5P40A 5AHBA 5P5YA 3AIDA 3RTNA 5P4JA 4CKUA 5SZ9A 4FRIA 5P0BA 1APUE 5P6DA 3R0WA 4EXGA 5CLMA 5P33A 5P58A 3EL0A 5P6NA 2NNPA 3INDA 1EC3A 5AH7A 1OHRA 5P3BA 5P7YA 2QD7A 5P11A 4B05A 5P8QA 5P4AA 1EBZA 3SQFA 4J17A 5P15A 2WECA 2WF1A 1IZDA 3PI0A 1T7IA 4Y51A 1YTIA 1TSUA 2JJJA 1BV7A 4XKXA 3FNSA 5P5GA 1B6JA 3DCKA 2WJOA 1ZTZA 4A6BA 5P7LA 2AOEA 3FKTA 3BVAA 3D1YA 3OXVA 2XYFA 5HDZA 3PMUA 1SMEA 3OQ7A 4ZSMA 4D89A 1LS5A 5P1FA 1GNMA 3NDWA 4QJAA 5P43A 2RMPA 3IA9A 1VIJA 4I0EA 5P0AA 3U7SA 4DJUA 1U8GA 4WY6A 5OZSA 3SA8A 2G69A 5P66A 3VYEA 4DJPA 3BXSA 5P6YA 5OYRA 2FDDA 5P3XA 5P1PA 1SIPA 1KJGA 5IVQA 3G70A 4B00A 3I7EA 5DQ4A 4KE0A 5P4BA 1VIKA 2AVQA 5P5PA 5P29A 4Y5MA 4JPEA 3MXEA 5P0DA 4YHQA 7UPJA 2OHKA 4PPHA 2IS0A 1W6HA 5P0PA 3MXDA 2AQUA 4RVJA 2ZYEA 2F81A 5P3KA 5P6TA 2VS2A 1W5XA 1LYWB 2QK5A 4TRYA 5P10A 3B80A 4EP2A 2G26A 2I0DA 1FQ8A 4J5JA 5P42A 4XX4A 4Y5PA 5P4EA 2OHRA 5P19A 4Y4ZA 2ZDZA 3UFLA 3K5GA 2QNPA 2I4WA 1B11A 5APRE 4OC6A 5P22A 1ER8E 4YE3A 1HSGA 3NXNA 4JOOA 3PWWA 4R92A 3EL5A 3PLLA 4CPUA 2PQZA 3EKXA 2QI7A 4FL8A 5P0VA 4LP9A 1EPLE 3O9LB 4Y3MA 4LXAA 4HEGA 5P5UA 3PHVA 5P2WA 5KOSA 5P3PA 2G1OA 4L6BA 2G27A 4ZPGA 1UH7A 2FXEA 3PCWA 3UDYA 5P3DA 3KFSA 4BELA 4Y54A 4HA5A 2AODA 4Y4JA 2QHZA 3K1WA 5P4NA 4GJ6A 5DQ1A 4B70A 5P6VA 3LZVA 4H3GA 5P2MA 5P7XA 2QNNA 1LF4A 2V00A 2PMAA 3VFBA 1TZSA 3S85A 5P8IA 1A94A 3QROA 5P6FA 3L5EA 5P72A 3UQPA 5P5VA 3TKGA 2JXRA 1ENTE 4RGHA 4FM6A 2AVVA 4Z4XA 5P0QA 4Y6MA 5OYYA 1RL8A 4K4QA 7HVPA 3PWRA 5P60A 4NJTA 3PSGA 5P52A 4Y53A 5P3OA 3TH9A 2H6SA 2QI0A 4CP7A 4D85A 2I0AA 3QP0A 3IVIA 3TPJA 3OADB 4TVHA 4TRZA 1T3RA 3PI5A 5HDXA 5AH6A 3D1XA 1T7KA 2NXMA 4PEPA 5P12A 4JPCA 5OZ1A 5P1LA 3GGUA 5IVSA 4I0HA 4J1EA 5P36A 4ZE6A 2FLEA 2ZJMA 3OXCA 5HU0A 5AH9A 4DJOA 5P0RA 2XFIA 3EL4A 3OQAA 2I4UA 5P0MA 2VIYA 4EP3A 5AHCA 2HS2A 3UFNA 3OXWA 5P5RA 3PLDA 4J1KA 3VSWA 1NH0A 3PBZA 3URJA 5P3RA 4H3FA 3C9XA 4J0YA 4Y9WA 1META 3OUDA 1QDMA 1AXAA 3UQWA 1HVCA 3T6IA 3URIA 3O9DA 4DQCA 5P8LA 1B5FA 3O9AA 4WY1A 5P0JA 4RRSA 5IE1A 3HLOA 5P26A 1MVPA 2QZKA 4LC7A 2QMPA 1IIQA 4DPIA 5P6UA 2QI3A 5P5IA 4OD9B 2BJUA 3NYGA 5KQFA 3KA2A 3OUCA 4FS4A 4FAFA 3SM2A 1XS7D 5P2GA 4ZPEA 4JECA 1DPJA 3VF3A 4Y43A 2MIPA 1KJFA 5P3MA 3BGCA 3TL9A 4I12A 3OOTA 1APWE 3EMYA 2AVSA 3Q3TA 4Q1WA 5OZOA 3IN3A 5P4PA 1LF2A 2BPXA 4Y5LA 1W50A 4M8XA 4APEA 5P6GA 2V10C 2HM1A 1FLHA 3OY4A 2G1NA 4DQFA 1ODYA 5OZ4A 5OZKA 3ECGA 4EYRA 3T11A 1MSMA 5OYWA 4GJAA 5P7UA 2AOIA 3L3AA 3UPJA 4J0VA 3NU3A 1MTBA 1A9MA 4B1EA 4PHVA 5P25A 5P8JA 1EC2A 1HTFA 5DR8A 1JLDA 3SAAA 2QI4A 4DH6A 4Y39A 3SA6A 4CPXA 1ODWA 5TOLA 2Q63A 5P7IA 4J0PA 5P4SA 4R8YA 5ISKA 3O99A 5P3CA 2ZJNA 2B8VA 5OZHA 5P17A 5P0NA 3D3TA 4ZIPA 5P5CA 5P8UA 3UDJA 1T6EX 2OHPA 3FX5A 2WF3A 5OZ8A 2O4KA 1MPPA 3SA5A 5OZYA 5P6LA 5PEPA 3S43A 1DW6C 1AZ5A 2QMGA 3OUAA 4Y35A 5P3NA 5P3TA 1QS8A 3H5BA 1KJHA 3GI6A 3ZKQA 5P7QA 1DAZC 1K6CA 4FLGA 2NNKA 5P0KA 4FRJA 3O9IA 4OC6B 1FKNA 4X2LA 4WTUA 5P0UA 2OHNA 2WL0A 4QGIA 1PSNA 5KR2A 3TKWA 4OBHA 3L5FA 2FNTA 5OZ0A 5P0FA 3ZKIA 5P6EA 1EAGA 4Y36A 5P39A 2G22A 5P27A 4Y37A 2VJ6A 5P2UA 3KF0A 2QNQA 4YA8A 1N49A 1BDQA 2RENA 4Q1NA 3NU4A 3S53A 5P59A 4ZPFA 4I0DA 3ZKNA 2I4QA 5OZFA 4H3JA 5DPZA 2ZHRA 4OBGA 1HVJA 3UTLA 5P8HA 5P6HA 2I1AA 3GGAA 2Q3KA 5P32A 5P6BA 4EQ0A 4ZSPA 5OZJA 4F74A 2F3FA 1AJVA 3IXJA 4F76A 2QP8A 4BEKA 5P89A 5OZTA 1W51A 3EXOA 2O4LA 5P8FA 3NDXA 2R5QA 3JW2A 3LHGA 5P48A 5P05A 1HXWA 3OQFA 4ER4E 2BKSA 4GJ8A 1AAQA 4J55A 1FQ6A 3LZSA 3TPLA 2ZGAA 1MTRA 2RKGA 2VA7A 1OEXA 3QVCA 3S56A 3NWXA 5ER2E 5P47A 1EPME 3CKRA 5OYZA 3RSVA 1AJXA 3ZMGA 1NPWA 3EKTA 4YD6A 1IZHA 4DJVA 3VCMA 2R3WA 5P81A 1EBYA 4Y4XA 3IAWA 1HVLA 2B42A 1FMBA 3KYRA 5I70A 1FB7A 4BFDA 1M0BA 1BAIA 1GVVA 1FFFC 5IVRA 5P1JA 2AIDA 2VNMA 1GVUA 2V13A 4NJSA 2ZE1A 5P8BA 2G1SA 3DJKA 4Y58A 2OHMA 6FIVA 5BWYA 3LIVA 5P5LA 2V12C 1SDTA 1Z1RA 4J1HA 2PH6A 1HTEA 1K2BA 3VV7A 3OK9A 1NPVA 2O4SA 4GJ9A 4QJ9A 5P4RA 3OQKA 5ISJA 1HEFE 5OZLA 1HXBA 3OWNA 2HS1A 1YTJA 4D88A 1BWBA 3EL9A 2QU2A 1FMUA 3EKWA 5KR0A 2IEOA 1FIVA 1B5FB 3LIQA 1LZQA 1W6IA 5P3SA 5P5BA 5P5HA 4GYEA 1FG6C 3QI1A 4M8YA 2O4PA 3EBZA 4Y3FA 1UH8A 5P37A 4Y41A 6UPJA 1EC0A 2WEZA 3OU1A 1BVGA 5P5FA 1HIVA 3I25A 2OHLA 2NTRA 2RSPA 3NU5A 4HDPA 4ACUA 2R8NA 5P2ZA 3DV5A 4U8WA 2A1EA 1GVWA 5P6AA 3ZKMA 3T3CA 1YM2A 1QBSA 3BUHA 5COOA 4I8ZA 5P3ZA 4UPJA 2FDEA 5DR4A 5KQXA 1KZKA 5P6QA 3OU4A 1LV1A 4FGXA 5P14A 5P4TA 2UY0A 1DIFA 2NPHA 3Q4BA 4AMTA 3SA4A 3DM6A 5P2HA 4ZEAA 4EWOA 4J0TA 1PROA 4OBKA 3O9GA 4NJUA 3RVIA 5I3XA 5P7PA 3VF5A 1D4JA 3L5BA 1QRPE 3UDNA 5P7TA 4EQJA 1MEUA 2ZJKA 3BVBA 1ZPKA 4H3IA 5OZPA 2VJ9A 5P70A 4EJLA 1RPIA 5P1HA 5P79A 3KM4A 1Z8CA 2Q15A 5ER1E 5EZZA 2QI5A 1LF3A 1PFZA 5OZIA 5P5KA 1XL5A 5P73A 1XN3A 4B1DA 5P50A 3B7VA 2Q54A 3HD8A 4OBZB 2AZ9A 2HPFA 4I11A 4DJRA 3SLZA 8HVPA 5DR1A 3QBHA 2O40A 4FE6A 1DP5A 5E5JA 1PSOE 3MSLA 5OZXA 4YD4A 3AUPA 3KMXA 5P45A 2OHUA 2IRZA 3NSHA 3GI5A 2OHQA 2F3KA 4QJ7A 5P0XA 5P5WA 5HCOA 3S43B 3PGIA 4K4RA 2Z4OA 2APRA 2AVOA 1FMXA 5P08A 4K9HA 5P0YA 1QBRA 1D4IA 5P3AA 3I8WA 3Q70A 2HPEA 3O9HA 4Y4AA 4TRWA 1MUIA 2BPYA 5OZ7A 5P7GA 5JG1A 4EXHA 5P4ZA 5P24A 2ZHSA 3NUJA 2AVMA 3INEA 1WKRA 4YDFA 5P8VA 5HTZA 2B60A 2WKZA 3IVHA 5OZ5A 4NPTA 4YD3A 3LPJA 1SDUA 1HVSA 3SKFA 5P8MA 5HDVA 1W5WA 1BXOA 4I10A 3RTHA 2P3CA 4Y3PA 4DJWA 1HWRA 5P7ZA 6APRE 3L59A 3UQUA 3NLSA 4MC9A 5OZ9A 2ER0E 1MSNA 2R43A 4Y5EA 1MIQA 3ER5E 3MSKA 1GKTA 4J1CA 4DQGA 5SY3A 3N3IA 3RU1A 3ZKGA 2WF2A 3GI4A 2NXDA 4HDBA 5P4XA 1CZIE 4NKKA 1SIVA 2BPVA 1YTGA 5P4CA 3PRSA 4ZSRA 3BGBA 2PWCA 5P2AA 3N4LA 2ZJJA 5AGZA 3SA7A 2BPWA 2HIZA 5P74A 3S45A 4AUCA 2ASIA 3OTSA 3O9BA 2QZLA 2VKMA 1T7JA 3DK1A 1ZSFA 5P6RA 2QZWA 2AOJA 4D8CA 3VLBA 4ZLSA 2ANLA 1GNNA 2F8GA 2G94A 2AOCA 2B7ZA 3KT5A 3VYFA 1NPAA 2B8LA 3LNKA 5P65A 5P75A 4LBTA 2P3AA 4QJ6A 2PK5A 3HW1A 3KFNA 3ZKSA 5P01A 3WB4A 1IZIA 1D4KA 3RTMA 2IQGA 3DOXA 4DQEA 4Y4TA 5AHAA 2P83A 5I3YA 5HCTA 5P5DA 5P1NA 2PC0A 5P3LA 5P4MA 5HE7A 3L5CA 3SO9A 1A8KA 1ZP8A 5P8PA 2F3EA 3DUYA 5P4WA 4NPUA 2VA5A 5P3IA 1TSQA 1HEGE 1IDAA 2OHTA 3HVGA 4RCEA 3SABA 5P4GA 4EPJA 5P8CA 2XFKA 4DJXA 5KQZA 3VF7A 3OU1B 3SA3A 3INFA 2BPZA 1ME6A 1GVXA 3WB5A 4Z22A 5P7DA 5P0WA 2BBBA 4RROA 4FM7A 5P1VA 5P88A 5P64A 1APVE 4TVGA 2NMYA 5C9FA 1D4HA 2P3DA 4Y3NA 3D20A 4FSLA 1C6XA 2WF0A 2FIVA 2V0ZC 5FIVA 5P1TA 3UQXA 3HVPA 4JP9A 1HSIA 5P8AA 4KB9A 5P2OA 1EBWA 5OZAA 3OU4B 5P7AA 3OU3A 4FRKA 5ENMA 2JJIA 5P2KA 4QJ8A 5P8DA 4FAEA 4F73A 4PZWA 4APRE 5KQYA 4I0GA 1EPOE 1YG9A 3IGBA 3QAAA 1KJ7A 4U7VA 5P2IA 4LXMA 3PSUA 4FRSA 4CMSA 5P5AA 5DGUA 4L7HA 1SH9A 1AIDA 5P6KA 3UQRA 2CENA 4GIDA 5P1KA 4OBZA 4J1IA 4Y3WA 5COPA 3UHLA 3BC4A 1HIIA 1B6PA 3S7LA 3FSMA 1XDHA 2NMZA 3TNEA 2ZJHA 5P5SA 1FEJC 3OHFA 3WZ7A 3I6OA 4Y56A 5P8TA 5P0CA 4CPQA 4R93A 1UH9A 5OZGA 3IXOA 1DMPA 1FQ4A 2FMBA 4GJDA 4Y5NA 4DPFA 1K2CA 3RSXA 3VG1A 5P1SA 5P3YA 5P5EA 4OBDA 4RYCA 5E5KA 1XL2A 5P2YA 5P83A 3ZKXA 5P6MA 4B77A 1LYBA 1TW7A 3KMYA 5P6SA 5SY2A 5P4VA 1GNOA 5OZQA 5P2VA 5P5XA 5P2BA 4Y44A 4YD5A 4Y5KA 5OZWA 2OAHA 4Y3ZA 5P4QA 3TPRA 5P4IA 1BVEA 1EC1A 3HZCA 1HVRA 2G24A 1MERA 5P5TA 4EJ8A 3F9QA 3QRMA 2P3BA 2VIZA 2CEMA 5P28A 4AA8A 5P23A 5P7WA 1WBMA 4HE9A 2QU3A 1BILA 1AVFA 5P68A 2QAKA 3UDQA 4B1CA 4F75A 1BWAA 4U7QA 1TCXA 2UXZA 1J71A 2VA6A 4LXKA 1E82E 2PK6A 4QJ2A 2P8HA 3KDDA 2R5PA 3WSJA 1ZBGA 4OBJA 3HDKA 4RVIA 2FNSA 5P2RA 3IXKA 5C9BA 2VIJA 3EKQA 4GJCA 3QRVA 2O4NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OD9 A;  1D4Y A;  1FF0 C;  3QRS A;  2RKF A;  3VV6 A;  4R95 A;  3K5C A;  2SAM A;  4YCT A;  2R3T A;  5P7O A;  5P4L A;  4B78 A;  3ST5 A;  3KDB A;  5P3G A;  5P40 A;  5AHB A;  5P5Y A;  3AID A;  3RTN A;  5P4J A;  4CKU A;  5SZ9 A;  4FRI A;  5P0B A;  1APU E;  5P6D A;  3R0W A;  4EXG A;  5CLM A;  5P33 A;  5P58 A;  3EL0 A;  5P6N A;  2NNP A;  3IND A;  1EC3 A;  5AH7 A;  1OHR A;  5P3B A;  5P7Y A;  2QD7 A;  5P11 A;  4B05 A;  5P8Q A;  5P4A A;  1EBZ A;  3SQF A;  4J17 A;  5P15 A;  2WEC A;  2WF1 A;  1IZD A;  3PI0 A;  1T7I A;  4Y51 A;  1YTI A;  1TSU A;  2JJJ A;  1BV7 A;  4XKX A;  3FNS A;  5P5G A;  1B6J A;  3DCK A;  2WJO A;  1ZTZ A;  4A6B A;  5P7L A;  2AOE A;  3FKT A;  3BVA A;  3D1Y A;  3OXV A;  2XYF A;  5HDZ A;  3PMU A;  1SME A;  3OQ7 A;  4ZSM A;  4D89 A;  1LS5 A;  5P1F A;  1GNM A;  3NDW A;  4QJA A;  5P43 A;  2RMP A;  3IA9 A;  1VIJ A;  4I0E A;  5P0A A;  3U7S A;  4DJU A;  1U8G A;  4WY6 A;  5OZS A;  3SA8 A;  2G69 A;  5P66 A;  3VYE A;  4DJP A;  3BXS A;  5P6Y A;  5OYR A;  2FDD A;  5P3X A;  5P1P A;  1SIP A;  1KJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3LIT A;  3UDH A;  5P57 A;  4YDG A;  5P1X A;  5P7B A;  5DR0 A;  5P2Q A;  3IN4 A;  4KUP A;  1F34 A;  3URL A;  3ZOV A;  4DFG A;  2PWR A;  5P1R A;  5P1I A;  3ZLQ A;  5P69 A;  3O9C A;  3CKP A;  4Y5A A;  4Y45 A;  5JFP A;  2Q11 A;  5P09 A;  2BB9 A;  3NUO A;  2PSG A;  5HD0 A;  2IGY A;  5P5Z A;  1YTH A;  2ZHT A;  5P3V A;  2EWY A;  2Q64 A;  2WEB A;  2ZJI A;  3L58 A;  3R2F A;  1LYA B;  3KDC A;  4RCD A;  2QHY A;  5BS4 A;  2ER6 E;  3OAG A;  5DQC A;  1OD1 A;  3D91 A;  5P7E A;  3GGV A;  2WEA A;  3S2O A;  3UF3 A;  5P5M A;  4I1C A;  5P13 A;  5P8E A;  2AOH A;  3QN8 A;  2BKT A;  5OZV A;  2XFJ A;  1BBS A;  1YT9 A;  5P1Z A;  2V11 C;  1CMS A;  3CIB A;  3OGP A;  1SGZ A;  5P4O A;  3PCZ A;  1B6L A;  3R0Y A;  5P6P A;  4EHC A;  4K8S A;  2FGU A;  2Z54 A;  5OZU A;  4R5N A;  4I0F A;  5OZR A;  5P5N A;  1K1T A;  3TOG A;  1FGC C;  3OHH A;  2HC0 A;  3OTY A;  4Y4B A;  5P0I A;  2QI6 A;  2BQV A;  3VYD A;  5P18 A;  5P2C A;  1PPM E;  5P5Q A;  5BRY A;  4GJ7 A;  4HVP A;  4YOB A;  4Y47 A;  4L1A B;  5J25 A;  5P61 A;  3DV1 A;  2PSV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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