3S53A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug darunavir in space group p212121
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s53A00
3NUJA 3OHHA 3UQRA 1TCXA 4I10A 2P83A 1MT9A 2EWYA 1EC0A 4R92A 4FIVA 5P2IA 5P3VA 5P2AA 5COOA 5P2SA 5P42A 4Y53A 3VF5A 1ZPKA 3K5DA 3NDUA 5P69A 3LIXA 4YD3A 4TVHA 4EXGA 4I0FA 5P01A 3INFA 2JE4A 4GJAA 3EM4A 5OZ6A 3UPJA 3CIDA 3EKXA 4RYGA 5P7AA 1ODWA 4Y4WA 3OK9A 5P76A 1FKNA 5P8EA 4BFBA 5P1KA 3VV8A 1FGCC 4LXAA 1ZAPA 3S54A 1HBVA 1MRXA 5P03A 5P2GA 1DPJA 1HTGA 2I4XA 4MC2A 5AHAA 4XXSA 3DM6A 5P4UA 4B1CA 3Q6YA 5C9BA 3DOXA 5SY2A 4D85A 3T3CA 3M9FA 1M0BA 4NJVA 5P5YA 2PH6A 4J17A 5IVTA 3O9LA 3ZOVA 4PZWA 2PK6A 3INEA 1N49A 3OU3A 2RENA 3Q4BA 5P2VA 4L1AB 5P5AA 5P0DA 3GGXA 4OBDA 4D88A 3EKPA 2QMDA 5DPZA 3UTLA 2F80A 5P7OA 1KJ4A 4QLHA 2IGXA 3ZKXA 1SMEA 3BUHA 5P5TA 4ZSQA 1APUE 1FQ8A 4XX3A 1SMRA 5P26A 3SA7A 1SGZA 3PLDA 1YTJA 1B6MA 4Y4BA 3NU9A 1E80E 5P4ZA 4Y54A 2B8VA 3NXNA 1XN3A 5ISKA 1FQ5A 2CEJA 4Q1WA 4GJ6A 3OU1A 5P7PA 3IVHA 5OYRA 5P3CA 4JP9A 1HVKA 5KQZA 1EBYA 2FDEA 4HVPA 1MESA 2AOGA 3QI1A 4YBFA 3EL5A 1HPSA 2G27A 5P3JA 4FAFA 5P7DA 4Z50A 3PCWA 5P3MA 1C6YA 3BRAA 4AZYA 4RVIA 1JLDA 2Q64A 5P5IA 5P22A 1A30A 4AMTA 3SACA 3MSLA 2NMYA 3K4VC 4H3JA 5P4VA 3SA9A 4FRJA 3VG1A 3EMYA 3DCRA 3KFRA 3G72A 5OYSA 3LITA 2F3EA 5IS4A 4XX4A 4Z2ZA 1K6CA 2V0ZC 4FRIA 2VA6A 3URIA 2P4JA 5P3DA 3ZKIA 3NR6A 5DQ4A 3HW1A 1IVPA 2QZWA 3OAGB 5OZVA 3FNTA 5OZFA 3LHGA 5P37A 3TOFA 3UDNA 3O9BA 2BPWA 2AOFA 1EPLE 3NWXA 3GW5A 3KMYA 5P18A 3VV6A 1FQ6A 5E5JA 3PMUA 3KF0A 2VA5A 1IZDA 2J9KA 3PB5A 5P09A 5P0YA 5P04A 3QIHA 4J0YA 5P6RA 5P7YA 3ZKNA 2Q5KA 4Q1YA 5P8IA 3F9QA 5P15A 3Q5HA 5OYTA 5P2KA 3PCZA 2I1AA 2Z54A 2Q3KA 4DQFA 5HE4A 4QJ8A 5HCOA 4QJ7A 2OHTA 2VIJA 4B0QA 5P6SA 4Z22A 5AH8A 1GVXA 3VLBA 3NYGA 5P0MA 5P0PA 2B7FA 5P1SA 3RTNA 5P1JA 3D1XA 4ZE6A 4ZLSA 1PPME 3DJKA 3K4VA 3OHFA 1BV9A 1HVSA 3CKRA 3B7VA 5P6DA 1F34A 5OZ5A 3D1ZA 3PI0A 3RSVA 5P3QA 5E5KA 1TSQA 9HVPA 3OGQA 4Y50A 4J0ZA 1BWBA 1Q9PA 2ZJNA 2B42A 3PWWA 3QN8A 5P2XA 1BIMA 3ER3E 4Y48A 5P6JA 4ZPFA 2QZXA 3BVAA 2CENA 4FE6A 5COKA 5P19A 2AVMA 1HPOA 5ISJA 2UXZA 3HD8A 3OADA 5APRE 5P17A 5P5NA 5AH6A 2OF0A 2F3KA 4Y4EA 4A4QA 1AXAA 2PQZA 1TQFA 5P82A 5SZ9A 2QAKA 3PRSA 4OC6A 4J1EA 1MERA 3S7LA 5ENKA 2FMBA 4Y44A 3SQFA 3ER5E 2BPZA 1EPQE 3S56A 5P0LA 5F00A 5P0CA 4CKUA 5P2LA 5OZHA 4H3IA 4ZIPA 4Y3LA 5P2MA 1SBGA 5C9DA 4F75A 1MRWA 1MIQA 5P2OA 1FQ4A 3VSWA 3ZLQA 5P8DA 3NXEA 3I8WA 2IRZA 3BXSA 4J0VA 2VJ6A 5IE1A 3UDYA 2QMFA 4OBZB 4EJLA 4NJSA 3UQWA 1VIJA 3CIBA 1FEJC 1SDUA 3FKTA 1DMPA 2IQGA 2XFJA 6UPJA 3LIYA 5P7FA 4L7JA 5P13A 5P3KA 1APTE 2ZHTA 5P8LA 3KFNA 3PSGA 3N4LA 1HPVA 5JFPA 3KM4A 5P78A 1U8GA 4YD4A 1IZHA 4K4QA 4YA8A 3EKYA 1F7AA 5OYYA 5P5WA 5P1PA 5IVQA 3TH9A 5P51A 1T7KA 1HSIA 4GJ9A 5DR1A 1NSOA 1C6ZA 5OZIA 1K2BA 4BELA 5P0ZA 5P7TA 4RVJA 4FL8A 1D4IA 3VYDA 3QRSA 1BWAA 3OU4A 2QMGA 5P0QA 2R3TA 1E82E 3UFLA 5OZ2A 1FIVA 1ZP8A 1KJHA 5P64A 2AOEA 4KB9A 4L7HA 4DQBA 4GJDA 3HZCA 5P25A 3QBFA 3ECGA 5P77A 5P6UA 1W5VA 2PWRA 2OHPA 5P0JA 5OZWA 1Z8CA 3UDHA 2O4LA 4Y3YA 1HWRA 2I0DA 5OZ9A 2I4VA 2IKUA 5P7NA 3O9DA 3IAWA 2F8GA 1KJ7A 2AODA 4I8ZA 2RMPA 2PYNA 1G0VA 1LYAB 5DR7A 3PMYA 3K5GA 3SO9A 5P44A 2G20A 1VIKA 2JXRA 3PHVA 2F81A 2R5PA 2O40A 2VA7A 5P7XA 4ER1E 5OZOA 3O9EA 4NPTA 2R3WA 4B77A 4Y3SA 1EEDP 3IA9A 5P1CA 5P6YA 4Y5MA 2V10C 2A1EA 1W6HA 5P0WA 3T7PA 3BXRA 4FSLA 4Y4GA 5P59A 1SDVA 1W5XA 4ZSRA 1APVE 2V00A 5JG1A 4EP2A 1SIVA 5OZ3A 4DQCA 5OYVA 1W6IA 3O9FA 5P7SA 5P5MA 3VYEA 1MSMA 2Z4OA 1EC3A 3KDCA 5P4MA 4ZEAA 5P65A 3DV1A 3OUDB 3EM3A 3FX5A 5P4IA 4OD9B 4WY1A 3R2FA 3ZPTA 3MWSA 2QI5A 3LPKA 2QNPA 1D4JA 5P6XA 5P34A 2P3BA 2IDWA 3TOGA 3IXKA 3UDMA 5P5GA 4J0TA 5P2HA 3CKTA 5I70A 1LYBB 2R43A 4E43A 4PPHA 7UPJA 5P6ZA 4LXMA 1MUIA 2PH8A 5P2TA 5DQ1A 5SXNA 5SY3A 1GVWA 3SKGA 3JVWA 4GJ8A 5P3IA 5P6MA 5BS4A 1HVHA 4I12A 1D4YA 5IVSA 3R1GB 2VNNA 3WSJA 2AVOA 5P12A 2WL0A 4R5NA 3OXVA 1TSUA 4Y5LA 5P5KA 4S1GA 1T7JA 3QRMA 1J71A 4RRNA 5P0RA 2Q54A 1PROA 2AOJA 3DCKA 5P0OA 5AHCA 5P5PA 4RCEA 1B5FA 2QK5A 3MSKA 5P1ZA 3VSXA 3WZ8A 1HTRB 2OHNA 5P8VA 5P83A 1EC2A 1KJGA 5P6FA 4DQGA 5P88A 2ANLA 1NPAA 2AVVA 3EL1A 4YE3A 4COEA 4J55A 3O9AA 5P4SA 4R8YA 5P3FA 5P36A 5P8RA 2ER7E 3PSYA 2QI1A 1HXBA 5KR2A 5P8HA 2QD8A 5P20A 1T6EX 5P73A 2QHYA 2HC0A 4Y35A 5P62A 1T7IA 3GGUA 4IVSA 4Y5KA 3IN3A 1HHPA 1IBQA 4ACXA 1OD1A 5I3YA 1GVUA 4BEKA 3K5FA 1BDRA 3JW2A 4OBZA 5P56A 2WF1A 4DPFA 1AM5A 1AJXA 2HPEA 1QBTA 1MSNA 3S2OA 1XE5A 1EPPE 5P05A 4J5JA 4HDPA 1QDMA 2ZHVA 4Y5BA 5P2EA 2WJOA 1FG8C 3KFPA 4I1CA 5P5BA 3U71A 1HVCA 4GMIA 4HDBA 5F01A 3NDWA 5P4JA 3PBZA 5KOSA 5P3XA 4DI2A 3OXXA 1RQ9A 5P2UA 1YG9A 1EBKC 1W5WA 2ZGAA 3IGBA 3S85A 1EC1A 5P23A 4H3FA 3WZ7A 5P2CA 3MXEA 3QRVA 4Y4ZA 1ZLFA 5P5EA 1HXWA 4DFGA 3ST5A 5P5XA 5P4RA 1EPOE 4GB2A 3G70A 5HD0A 5P8NA 2ER6E 1HOSA 5OZLA 5C9FA 5P7QA 3GI0A 1IDBA 2H6TA 1TZSA 3A2OA 2NMZA 5KR0A 2ZJMA 4FRSA 5P6VA 2B7ZA 5EZXA 5P4OA 1GNOA 4LAPA 5P8GA 3GI6A 2PMAA 3OXWA 1WBKA 5P58A 5HU0A 5P85A 4HA5A 1MEUA 1HTFA 2AZ8A 4RRSA 4DJPA 4GJ5A 4RROA 3D3TA 2I4UA 3EKTA 3O9IA 1GVTA 4FS4A 2NNPA 2WHHA 4LHHA 3LINA 3I7EA 1LYAA 3LIQA 2ZDZA 1XN2A 3B80A 5P4GA 1UH8A 1GNNA 4GZFA 4MC1A 4ZSMA 3LZSA 5P14A 5P1DA 5P8AA 3ZKSA 1ENTE 5P6TA 4Y58A 1RL8A 3MSJA 2P8HA 2NNKA 5P5OA 5P81A 3KT2A 4QJ2A 2O4PA 2VJ9A 5P30A 4EYRA 3TPJA 5P32A 3KMXA 5P7LA 3GI5A 4OBJA 2APRA 5P5CA 4I0IA 4Y41A 5P2JA 5P0EA 4Y45A 5OZGA 5HDZA 5P70A 4DJVA 4LP9A 4Y38A 3PEPA 4K9HA 5P6LA 1FFIC 3EXOA 4B72A 4NKKA 5AHBA 3OUDA 3KDDA 3OXCA 1XS7D 4X2LA 3NU4A 2J9JB 2AOCA 2XYFA 2R5QA 4CPSA 4B70A 2AZ9A 4Q1NA 5T4SA 4HE9A 2G69A 3EL4A 3RU1A 5P0TA 5P55A 3WB5A 5P0AA 3O9HA 2P3AA 5ER1E 2RKFA 1SGUA 1LYBA 3OTYA 5P71A 3DUYA 1FQXA 1ME6A 1SP5A 1C6XA 3VV7A 3BGBA 2NR6A 4I0JA 4NPUA 3APRE 5P7KA 5AH9A 3IVIA 4JOOA 3S43B 2OHSA 5P4YA 5COPA 5DQCA 3BGCA 3HVGA 4FRKA 2HS1A 5P3RA 3GI4A 5P0HA 5P2QA 4NJUA 5P86A 5P6EA 1LYWA 4J1FA 3OUAA 3K5CA 1K1UA 2G94A 1FB7A 3EL9A 2QD6A 1YT9A 3UFNA 1M43A 5P27A 4TRYA 2PSGA 4DV9A 3NDTA 5P1TA 1BVGA 4QJAA 1ZBGA 5P0GA 4Y43A 1WKRA 5P8KA 5OYUA 1AIDA 4YHQA 5P3UA 2VKMA 1WBMA 5P5DA 2AQUA 1APWE 4Y4AA 1PFZA 4JECA 3H5BA 4APRE 3D1YA 2HIZA 2BQVA 4RVXA 5OZ7A 3SA5A 3LPJA 1D4LA 3I25A 3KT5A 5P8UA 4EJKA 1D4KA 2Q11A 4Y3AA 3GGAA 5P1OA 3UQUA 3UHLA 4LC7A 1W5YA 2HS2A 3QROA 4JPCA 4YOAA 5KR1A 4H1EA 2NXDA 3VFAA 5HCTA 5P39A 3TPPA 5P6GA 5OZSA 1ODYA 4J1KA 4I0HA 1W51A 4PYVA 3UDPA 5P0FA 1A8KA 3U7SA 5ENMA 4PEPA 1FF0C 2HAHA 5B18A 5CLMA 1AJVA 4MC9A 4Y3QA 4Y3EA 4B1DA 1E81E 5HDXA 2O4KA 3TNEA 5DGUA 3KFSA 3VUCA 5P4QA 1EBZA 4HDFA 5P1VA 5P4AA 5P2ZA 3HVPA 5P45A 5P7EA 1NPWA 5P3OA 3L5CA 3ZKQA 5OZUA 5P6HA 2FNTA 5P3LA 5P8TA 5OZBA 1PSNA 5KQXA 2BKSA 3EL0A 2NPHA 5P87A 3D91A 4FAEA 4L1AA 3OOTA 1B11A 4GYEA 3LZUA 5P89A 2CEMA 4K4RA 1B6JA 2WF4A 2AOHA 1IZIA 3RVIA 2JYSA 3LZVA 5P4TA 5P8OA 1G2KA 4Y57A 5P1HA 2ZJIA 1MPPA 5DR3A 2I4DA 4B00A 3SM1A 1FG6C 3NUOA 5P10A 5P1BA 4QGIA 5P4CA 1Z1HA 3L59A 5P4FA 3SABA 3NWQA 2RKGA 3PBDA 1ER8E 3O9LB 4R93A 1IDAA 3NSHA 3CICA 2QCIA 4ZPEA 4B05A 4DUSA 5OZEA 4U8WA 2FGUA 5P29A 1LF3A 5P79A 5P1IA 2QI7A 2R9BA 2UPJA 2BKTA 3H0BA 5P0BA 3R0YA 4YBIA 5P1RA 2WKZA 5DR8A 5P3GA 5P3YA 4EXHA 3O9GA 1QRPE 2WEZA 4B1EA 6APRE 4DJXA 4YOBA 5P84A 5P7GA 3ZKGA 4HLAA 1HEGE 3PWMA 4J1IA 4OBFA 1T6GA 4Y3XA 5CONA 4Y3HA 3VYFA 4FSEA 1RNEA 5P08A 1CZIE 1T3RA 2ZYEA 4DH6A 1XL2A 1K6VA 3AUPA 3QP0A 1HRNA 2ZHUA 5I3VA 1W50A 3UDRA 4YCKA 3OAGA 4K4PA 3I6OA 3NU5A 2Q55A 5P7IA 1HVIA 1HVLA 5P2DA 4F74A 5P47A 4Q1XA 4ER2E 5P4BA 5OZMA 4DVFA 3EBZA 3RTHA 4CMSA 5P7VA 3L5EA 4J0PA 4Y47A 4Y4UA 4QJ6A 3LNKA 2G21A 1FMBA 3AIDA 4CPUA 2PWCA 5PEPA 1PPLE 3BC4A 3UDKA 5P3ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NUJ A;  3OHH A;  3UQR A;  1TCX A;  4I10 A;  2P83 A;  1MT9 A;  2EWY A;  1EC0 A;  4R92 A;  4FIV A;  5P2I A;  5P3V A;  5P2A A;  5COO A;  5P2S A;  5P42 A;  4Y53 A;  3VF5 A;  1ZPK A;  3K5D A;  3NDU A;  5P69 A;  3LIX A;  4YD3 A;  4TVH A;  4EXG A;  4I0F A;  5P01 A;  3INF A;  2JE4 A;  4GJA A;  3EM4 A;  5OZ6 A;  3UPJ A;  3CID A;  3EKX A;  4RYG A;  5P7A A;  1ODW A;  4Y4W A;  3OK9 A;  5P76 A;  1FKN A;  5P8E A;  4BFB A;  5P1K A;  3VV8 A;  1FGC C;  4LXA A;  1ZAP A;  3S54 A;  1HBV A;  1MRX A;  5P03 A;  5P2G A;  1DPJ A;  1HTG A;  2I4X A;  4MC2 A;  5AHA A;  4XXS A;  3DM6 A;  5P4U A;  4B1C A;  3Q6Y A;  5C9B A;  3DOX A;  5SY2 A;  4D85 A;  3T3C A;  3M9F A;  1M0B A;  4NJV A;  5P5Y A;  2PH6 A;  4J17 A;  5IVT A;  3O9L A;  3ZOV A;  4PZW A;  2PK6 A;  3INE A;  1N49 A;  3OU3 A;  2REN A;  3Q4B A;  5P2V A;  4L1A B;  5P5A A;  5P0D A;  3GGX A;  4OBD A;  4D88 A;  3EKP A;  2QMD A;  5DPZ A;  3UTL A;  2F80 A;  5P7O A;  1KJ4 A;  4QLH A;  2IGX A;  3ZKX A;  1SME A;  3BUH A;  5P5T A;  4ZSQ A;  1APU E;  1FQ8 A;  4XX3 A;  1SMR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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