3S54A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug darunavir in space group p21212
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s54A00
4LHHA 5P3FA 2HB4A 2PWCA 4Y3WA 1W6HA 5P4KA 2P3BB 3S54A 4DQCA 5P27A 3OOTA 3CYXA 5OZ2A 5P05A 1D4HA 4NKKA 5P4EA 1PPME 1G0VA 4GJAA 5P8JA 1APWE 3SA4A 4FM6A 3PRSA 1ODYA 4I0ZA 3KT2A 5ISKA 5P2NA 5SY2A 2G26A 5P8OA 3BVBA 4MC6A 2OHQA 4GYEA 4Y3RA 2OHKA 3EKQA 3IXJA 4Y4TA 2QMFA 4OBFA 4GJBA 3LIYA 1WKRA 5DPZA 5P0IA 4FE6A 5P55A 5AH7A 2FS4A 5P8NA 1HPVA 1KZKA 4YBFA 3EM3A 3UPJA 1QBTA 5OZEA 2OHRA 1KJGA 5HTZA 5P2IA 3ECGA 3PM4A 1E5OE 2AVSA 2H6TA 4F76A 1B5FB 1NPWA 1SH9A 4I10A 4QJ9A 5DQCA 5P5DA 1LV1A 1LYBB 3S7MA 3VSWA 1PFZA 5F00A 5P2UA 1QBUA 5P0BA 4EXGA 1XDHA 4OBHA 4Y3HA 2NXMA 5P5QA 5P0UA 1MTBA 2I0AA 4R92A 1DMPA 5P2AA 4Y3JA 5P0VA 4N00A 5P1MA 1A8GA 1YM2A 2WECA 2FLEA 3HW1A 4HEGA 1K6PA 5P6RA 4ZPFA 2OHUA 4BEKA 4Y5LA 4YCYA 2F8GA 4FSEA 3TOFA 4APEA 3NWQA 5P4XA 3EL4A 2Q15A 4BFDA 3SA5A 3O99A 5CLMA 5P5UA 2R3WA 4BFBA 5P66A 1M43A 2IQGA 5P60A 4Y4DA 3PB5A 4RCFA 5P0RA 4EWOA 2WEBA 4H3IA 3KM4A 5HU1A 5B18A 2G22A 3D3TA 4Y36A 5P4FA 4EP3A 3KF0A 3DOXA 1NPAA 5P72A 4DUSA 3ZKXA 2IS0A 4YD3A 2AZBA 3TPLA 5AH9A 3LIQA 5OYXA 2VIEA 3G6ZA 3TLHA 2AVMA 5P6NA 5P3MA 1ZP8A 3IAWA 5P56A 2APRA 4Y3EA 2VJ6A 2PSVA 5P0MA 3Q3TA 1AZ5A 3BGCA 4Z22A 4CPTA 5P08A 5P1EA 4B1EA 1K1TA 2VJ9A 4TVHA 4Y3QA 2O4PA 4DVFA 2B42A 3UDRA 3VV7A 5P0JA 3CMSA 2QI4A 1MTRA 4YDFA 3FV3A 1XN2A 4EPJA 1T7IA 5P4GA 5P5ZA 5OZXA 5P5LA 1BDRA 5KQZA 1HVKA 4B05A 4WY6A 3OQAA 4RYGA 4RZ1A 4DFGA 2IEOA 4HLAA 4Y5EA 5OZ5A 5BWYA 5SZ9A 2QMPA 3B7VA 2QP8A 3UTLA 3EL5A 5P2TA 1K6CA 2V12C 3D20A 4D8CA 5P7VA 1LEEA 4R93A 2F3FA 3EXOA 3FNUA 4GJ8A 2OAHA 4JP9A 1HSHA 1MRWA 5P03A 2VA5A 2PWRA 5P45A 2G24A 2AVVA 1OHRA 3TKGA 3U6AA 5P4PA 3S45A 1LS5A 4K4QA 2WEZA 4H3GA 2BPVA 5P4LA 3EKTA 5OYSA 3UDKA 2B7FA 3LIZA 4FRKA 4Y48A 1XE5A 2VNNA 4AZYA 5P8TA 3ZL7A 1IZHA 5ER2E 3TPJA 1FQ8A 5E5JA 1HXWA 4I8WA 4AA8A 3PMUA 1RPIA 1HSGA 3TOGA 1DP5A 1SBGA 3DV1A 2V11C 1W5YA 2ZJJA 4MC2A 3OAGA 3C9XA 4ACXA 1F7AA 3VG1A 5P1CA 5IVTA 2CENA 2F81A 5P2ZA 2VS2A 3QP0A 4KE0A 4FAEA 3RU1A 3OUCA 4GMIA 1AIDA 3UDNA 5I70A 2AOGA 2VA6A 2WEAA 2WL0A 2B7ZA 5KR1A 1BVGA 4Y41A 4CPUA 4Y57A 2PSGA 5JG1A 4RRNA 4J5JA 1NPVA 4KB9A 1LYAA 4HDBA 2RENA 3CIDA 2UY0A 2AOCA 4YOBA 3UFNA 5P2OA 5OZDA 1G35A 5P1QA 5OZGA 2PMAA 1FG6C 3VLAA 2AODA 2MIPA 3FNTA 4J1EA 4OBZB 5P5VA 3LHGA 1YG9A 1FMUA 5P8UA 1AJXA 3D1XA 3HVGA 2HAHA 1YX9A 1UH9A 3DJKA 4FGXA 2Z54A 1K2BA 2NMZA 3GGXA 3APRE 1Q9PA 4I8ZA 4I12A 5OZ8A 5P7HA 3FKTA 3QRMA 5HE4A 3HDKA 3RTMA 3VEUA 4OD9A 5P5HA 3OQDA 5P67A 5P1ZA 4FSLA 2R38A 4L7JA 4CPXA 1TCXA 2QI5A 3S8IA 4CPQA 4B1CA 3K5GA 2AVQA 5P8GA 1APVE 5P28A 2R5PA 3O9AA 5P2JA 5P6ZA 4AA9A 2G1RA 1E80E 3OU4B 2AZCA 3PVKA 4I1CA 1T6GA 3OWNA 3OU1B 5OZMA 2VIYA 3I25A 4GJCA 2HPFA 4F74A 2OF0A 3VFBA 4DQHA 3ZLQA 3O9CA 3KFPA 3ER3E 5P6AA 1HVLA 1AM5A 4ZSQA 1QRPE 3DK1A 1HVHA 4GZFA 4MC1A 4H3FA 5P6SA 2VA7A 4FLGA 5P5GA 3M9FA 5P4YA 4DQEA 5P5YA 5P0HA 1ODXA 5P16A 3HAWA 4ZLSA 3DV5A 3BHEA 5DR1A 5KOSA 5P4IA 1KJHA 4DJRA 2PK6A 3L5BA 5I3YA 5P84A 3NDWA 1B6PA 1FIVA 2I4XA 5KR2A 3O9LB 2XFKA 3K5CA 3EKPA 5P3HA 3K5DA 2ZYEA 1F34A 3BC4A 4D83A 4X7IA 5P4JA 1DIFA 5FIVA 3T7QA 5P3UA 5KQYA 4Y4EA 5P5MA 4Y50A 1ME6A 5P8RA 5P78A 5DQ1A 1DPJA 2AOFA 2FXDA 1GNMA 3RTHA 1BXOA 1LYWB 2OHSA 3NDXA 2FDPA 2QI6A 4FRIA 4J0ZA 5OZ3A 2B8LA 4OC6A 3R2FA 3IA9A 5OZ1A 5P07A 5OZKA 5IVRA 3OADB 5P7IA 1LF2A 3BVAA 2B8VA 4L1AA 2BKSA 2V10C 3SM1A 5AHAA 5CONA 4K9HA 3NU3A 4APRE 5OZQA 4Y5BA 1HVCA 3IXKA 5ER1E 4DJQA 3NXEA 3G72A 2R3TA 3EKWA 4DJXA 3TH9A 3EM6A 4Y37A 5P5SA 1HIHA 2QK5A 2QU3A 5P7CA 2OHNA 2XFIA 2FGVA 2V0ZC 3I2LA 5P3XA 5P46A 2NNKA 5SXNA 3LNKA 5P1HA 5P1SA 3ZKMA 3ER5E 5OZOA 4ZSPA 5P3NA 2OHLA 3UHLA 2BPYA 2O4LA 1ZAPA 5JFUA 3UDQA 3SM2A 5P40A 5P5XA 3OXVA 4F75A 2QHCA 3RSVA 5P4BA 2NR6A 1BXQA 3UDHA 1IVPA 5P0TA 1AJVA 5P63A 1ZJ7A 2J9JB 4L6BA 4FCOA 5P7UA 4J0PA 5COOA 1C6XA 3IVHA 3PHVA 4NJSA 1Z1RA 5OZSA 5P5AA 4DQGA 3K5FA 3QRVA 3S56A 3UQPA 2HIZA 5P6UA 3SA6A 4CP7A 2G21A 1RQ9A 2RMPA 5P3DA 3WZ8A 3R4BA 5P4SA 4GJ5A 3LPJA 3OGPA 5P3JA 1GNOA 2PC0A 1ZLFA 4DJVA 3S43A 1HTGA 2G1OA 3DCKA 3MXDA 4NPTA 3L38A 1UPJA 2NXDA 5P8AA 2QHZA 1BDQA 4EQ0A 1QBSA 2BKTA 4I11A 4RCEA 2BJUA 1BWBA 5P2CA 3ZOVA 4Y3AA 4Y58A 1D4IA 5P7OA 3KFNA 2A4FA 5P1WA 4Y53A 3INDA 1SIVA 2QD7A 3QIHA 3IVIA 4Y6MA 2J9KA 3HAUA 3OUBA 3H0BA 4DQFA 4ZE6A 2ER7E 5P7LA 1K2CA 4Y3NA 5P26A 5P38A 4Y51A 5P5TA 1GVXA 3EMYA 4PYVA 5P0NA 5OYYA 2O40A 2WF4A 3D1ZA 1NSOA 5P4WA 4Y3YA 1YTIA 1D4KA 4AUCA 5P2BA 3SO9A 1FFFC 5P6XA 3PBDA 2ZHTA 5P2KA 1FMBA 5AH8A 1BILA 1D4LA 2R8NA 1ZSFA 5P2QA 5P1YA 2AOJA 3ST5A 1MUIA 3INEA 2QZWA 1SDTA 3EL0A 5P3TA 5P1KA 5P3QA 2WEDA 4RRSA 4A6CA 1QBRA 5P7DA 5P1NA 5P4RA 5KOQA 5P2SA 1PSNA 1HVIA 5P2YA 2JJJA 4RROA 3VF7A 5P7QA 5OZVA 5HE7A 5P4MA 1IZIA 5OYQA 5P3KA 2VIZA 3PWMA 1W5XA 4YD4A 3DM6A 4I0FA 3HBOA 4J1IA 3QBHA 2AOEA 3CKRA 1MPPA 3GGUA 2IRZA 5P4QA 5OZRA 5P4UA 1BIMA 1IZEA 2G20A 3VFAA 5P39A 2RKFA 4DPIA 3F9QA 4Q5MA 1APTE 4J1KA 5P82A 4LXKA 1W51A 4U7VA 5HE5A 3NU5A 3QVCA 1HPXA 2BPXA 4WY1A 3ZKSA 5P3WA 4FM7A 4Y38A 1OEXA 1D4SA 3HZCA 5HCTA 2EWYA 1EC0A 2IGXA 3EKVA 3NR6A 5P02A 5P8IA 1TZSA 2XYFA 4Y56A 2ANLA 5P6YA 3O9EA 1SGUA 4K8SA 2HPEA 5P88A 5P6IA 2O4KA 1YTHA 5P34A 1B5FA 5P6VA 3OOZA 4LBTA 3EC0A 3LZSA 1LYBA 3NYGA 5P7BA 3UCBA 3PI5A 5P58A 3ZKGA 3GI5A 3TOHA 3TPPA 2Q5KA 3VYDA 1LF3A 5P6WA 4Y5KA 2ZJLA 1FF0C 1EPLE 4ER4E 5P8LA 3OGQA 5P7AA 5JODA 5IVQA 5OZFA 4OBDA 3KT5A 3KA2A 5P2HA 2G1NA 2G94A 3O9FA 4ZPGA 1B11A 1EPQE 1UH8A 4DJPA 5OYVA 1FQ7A 5P2MA 4UPJA 3ZPSA 3TNEA 3LINA 1FQ5A 5P76A 5P7JA 5P81A 4YE3A 5P1XA 3PGIA 3SLZA 5P42A 5P2EA 4GIDA 2QCIA 3CICA 5OZLA 3QPJA 1BDLA 2NXLA 4I0IA 2HB3A 4Q1NA 2FDEA 4ACUA 1Z8CA 3JVYA 3G70A 2B60A 8HVPA 5OYWA 5BS4A 5P5OA 1TW7A 3UDYA 3VYFA 5P0XA 2I4QA 4R5NA 5P0WA 2ZHVA 4Y4BA 1J71A 2JJIA 5HCOA 5P10A 1PSOE 5P6GA 2FMBA 4GJDA 3QN8A 2RSPA 3PEPA 4F73A 5P53A 2V16C 4QJAA 1IZDA 4DI2A 3WB5A 4ER2E 1W6IA 5P5FA 4J1FA 3VV8A 2BB9A 2Q64A 4Y39A 3KN0A 5OZ9A 5DR3A 3LZVA 2VKMA 3NU6A 1YTGA 1ZTZA 2BPZA 1T6EX 5P1PA 2ER9E 1BV9A 4Y44A 1FQXA 1WBMA 5OZJA 1BV7A 2I4WA 3R0YA 4DV9A 5APRE 2PK5A 5EZXA 1HXBA 3B80A 4YDGA 4Y3LA 2JYSA 5P06A 5P7GA 5P43A 2IL2A 4Y3PA 3BGBA 1FQ6A 1EC2A 3ZKIA 4ER1E 1C6ZA 5P6JA 5EZZA 1TQFA 3EL1A 4GB2A 1KJ4A 4Y5NA 4IVSA 3T11A 3UQRA 4HDFA 1AXAA 5PEPA 3IXOA 3MSLA 3S53A 5P75A 1T7JA 2AZ8A 4XX4A 4Y43A 5P44A 3OUDB 3QVIA 2R5QA 2P8HA 1DW6C 2R43A 5HDUA 5P14A 2P83A 2G27A 1VIJA 5P41A 1ODWA 5ENMA 2QD8A 2SAMA 2FGUA 4JOOA 3BUHA 5P3VA 4I0HA 1C6YA 5OZ7A 6FIVA 5P18A 1META 1SP5A 2ZHSA 2QI3A 1K6VA 5P22A 5AGZA 4CMSA 2OHPA 3I8WA 3IGBA 5P4TA 3ZKNA 4OC6B 3TKWA 5HDZA 3PSYA 2QI7A 4RGHA 5P7KA 3HVPA 5KAOA 4D89A 5P3IA 1XS7D 2QU2A 5P1RA 3SKFA 3QAAA 2Q11A 4YCTA 2HS1A 4QJ7A 5OZWA 5DGWA 1U8GA 3BUFA 1GNNA 4TVGA 2FIVA 3JVWA 5P64A 2F80A 5P5NA 5P13A 2JE4A 5HDVA 3GGVA 5P6FA 4Q1WA 4Y3TA 3SFCA 5P69A 4ZIPA 4H1EA 5P5WA 1EPRE 1QDMA 1LZQA 1RV7A 3O9HA 3PCZA 5P59A 5OZ4A 5UPJA 5P61A 3NSHA 3AIDA 5SY3A 3T7XA 3S2OA 1MIQA 5AHCA 4KE1A 1W50A 3SA7A 2FDDA 3OY4A 4YCKA 5P17A 5P52A 3L59A 5P2XA 5P7WA 4WTUA 4PEPA 4NJVA 3U71A 2QHYA 5P4HA 1C70A 4Y4UA 4J1CA 5P8CA 3VSXA 1SMRA 4Y45A 1CZIE 1FG8C 1JLDA 3PJ6A 4X2LA 3LPIA 5KQXA 1B6MA 5P6TA 1PROA 4Y3ZA 1MERA 5HU0A 5P5CA 9HVPA 1HVSA 1T7KA 5P4VA 1A30A 4B00A 1FKNA 5P1BA 3OTYA 2PYNA 2O4SA 2A1EA 5OZZA 5P15A 5DQ2A 5P5EA 5P1TA 3LIVA 5P0EA 5P2GA 5P1JA 1GVUA 1HBVA 1EC1A 4J0VA 4QJ8A 5P7XA 3VUCA 1EBWA 3HD8A 3INFA 5P54A 1W5WA 2HM1A 3OU4A 4ZPEA 3T3CA 3OU1A 5P01A 3TL9A 2Z4OA 1MT8A 7UPJA 3PWRA 4LAPA 1W5VA 4EJKA 5P25A 5P32A 1EEDP 2P3AA 3RSXA 1BWAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LHH A;  5P3F A;  2HB4 A;  2PWC A;  4Y3W A;  1W6H A;  5P4K A;  2P3B B;  3S54 A;  4DQC A;  5P27 A;  3OOT A;  3CYX A;  5OZ2 A;  5P05 A;  1D4H A;  4NKK A;  5P4E A;  1PPM E;  1G0V A;  4GJA A;  5P8J A;  1APW E;  3SA4 A;  4FM6 A;  3PRS A;  1ODY A;  4I0Z A;  3KT2 A;  5ISK A;  5P2N A;  5SY2 A;  2G26 A;  5P8O A;  3BVB A;  4MC6 A;  2OHQ A;  4GYE A;  4Y3R A;  2OHK A;  3EKQ A;  3IXJ A;  4Y4T A;  2QMF A;  4OBF A;  4GJB A;  3LIY A;  1WKR A;  5DPZ A;  5P0I A;  4FE6 A;  5P55 A;  5AH7 A;  2FS4 A;  5P8N A;  1HPV A;  1KZK A;  4YBF A;  3EM3 A;  3UPJ A;  1QBT A;  5OZE A;  2OHR A;  1KJG A;  5HTZ A;  5P2I A;  3ECG A;  3PM4 A;  1E5O E;  2AVS A;  2H6T A;  4F76 A;  1B5F B;  1NPW A;  1SH9 A;  4I10 A;  4QJ9 A;  5DQC A;  5P5D A;  1LV1 A;  1LYB B;  3S7M A;  3VSW A;  1PFZ A;  5F00 A;  5P2U A;  1QBU A;  5P0B A;  4EXG A;  1XDH A;  4OBH A;  4Y3H A;  2NXM A;  5P5Q A;  5P0U A;  1MTB A;  2I0A A;  4R92 A;  1DMP A;  5P2A A;  4Y3J A;  5P0V A;  4N00 A;  5P1M A;  1A8G A;  1YM2 A;  2WEC A;  2FLE A;  3HW1 A;  4HEG A;  1K6P A;  5P6R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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