3S56A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug saquinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s56A00
2ZJLA 5P8GA 5OZDA 1MRWA 5P09A 3SAAA 5P6NA 4Y3MA 3TH9A 3SABA 3OADB 1FQXA 1NPWA 2IKOA 1BBSA 4GJ9A 1T3RA 2OAHA 4LL3A 3U7SA 4HEGA 5P3HA 1QS8A 3KDBA 3SA5A 3NWXA 5KR2A 5P2JA 2Z54A 5OZ5A 5P3LA 1GVXA 3NDUA 5C9DA 3B7VA 4M8XA 5P64A 5P45A 3OAGA 3K5CA 3K1WA 1LYAA 1IBQA 5HD0A 5P07A 1ER8E 3PEPA 4J1KA 4Y4AA 4Y3YA 5DQ5A 3UFLA 4BEKA 2G1SA 5P2IA 1IVPA 2V11C 5P6PA 2FGVA 1DW6C 3UCBA 1A94A 1TSQA 2FXDA 3VV6A 5P7DA 4YDGA 1KJ7A 1OEXA 5P40A 4GB2A 5P47A 1FEJC 4OBZA 4Y4WA 3RSVA 3OUCA 1W50A 4HDFA 3NDWA 5COPA 3UHLA 5DR0A 2HB2A 2I4UA 3NDTA 5P6SA 2UPJA 3URIA 5P1QA 3ZPTA 5P3TA 5P31A 3LZYA 3SM2A 3IN3A 4FM7A 1T7JA 2A1EA 4HE9A 1ZBGA 4Y3AA 4L1AA 5P4YA 1UH8A 1FG6C 5P0XA 4RCDA 5ISJA 2BPYA 4Y6MA 4Y3EA 2VNNA 5OYTA 3APPA 5P7RA 2WL0A 3LIXA 5P6FA 1TCWA 1G0VA 4DQGA 5P2RA 4L7HA 3U6AA 1XS7D 4U7QA 1A30A 3QVIA 4J5JA 5IVRA 4J54A 5I70A 4N00A 1E81E 3KFNA 4Y44A 1Z1HA 2PH8A 5OZHA 5P14A 3RTHA 3WB4A 3NU6A 1WBKA 5P5QA 3CKPA 5P3CA 1WKRA 5P2OA 1K6CA 5P6IA 4Y5MA 3BUHA 5P7HA 4CMSA 5P1JA 4B1EA 3ZKQA 2NXMA 4J55A 4Z50A 1A8GA 2XYEA 3ECGA 4QJAA 3EL9A 4JECA 5P5SA 1GNOA 5P6XA 1IDBA 1T6GA 5P1RA 4OBKA 4EP2A 2BQVA 5P8AA 1HIVA 4NJSA 3APRE 1RNEA 2VIJA 2RKGA 2B42A 4PEPA 2QD8A 4YDFA 2B60A 3ER5E 2AOGA 1FFIC 1D4LA 2O4LA 4ZSRA 1N49A 5P8CA 3T11A 5HU1A 3TPJA 1E5OE 1OD1A 1PPKE 1HEGE 3LPIA 4I0HA 3UDQA 5JODA 3QROA 1NPVA 4GIDA 5P3XA 4JPEA 1YTGA 2OHRA 5P3GA 3KDDA 3H0BA 2WF2A 5P0PA 5P5DA 1W51A 1AZ5A 3PRSA 3K4VA 4Y3DA 2NR6A 3BXRA 3UF3A 1NPAA 4RVXA 5P4OA 4B1DA 1W6HA 4Y5PA 4CPWA 3GI4A 1HVJA 3OGQA 4HDBA 3UDKA 3URLA 1ZPAA 2Q11A 1HPOA 3BC4A 5OZOA 3O9EA 5P70A 3S7MA 3OAGB 1OHRA 2A4FA 3OOTA 1LF3A 4L7GA 1K6TA 2I4XA 1LYAB 3PB5A 3DV5A 5P68A 5IVQA 1IZEA 2BKSA 4YCTA 4GYEA 2VIYA 5P1PA 5P1HA 5SXNA 1BWAA 1ZSRA 5AH6A 1AJXA 1BILA 5P3AA 1LS5A 5P89A 3ZKNA 3NYGA 5OZVA 2H6TA 3Q5HA 5OZIA 2SAMA 5P82A 3N4LA 4Y3RA 5P7FA 4OBZB 1BIMA 5P6RA 1EAGA 3ZPSA 1HTEA 3IXKA 2IRZA 3MSJA 3PSYA 1AIDA 2VIEA 1HIIA 2WEBA 3HVPA 4QJ2A 4FRKA 2HPFA 4R5NA 2WJOA 5P6WA 4FIVA 2G26A 1APUE 4RCFA 5P8LA 3RTNA 4D89A 3L5BA 3EKYA 4L1AB 2WF0A 2G69A 1BXQA 4Y43A 5P5MA 5OYXA 5P7XA 2J9KA 3T7PA 2OHMA 5P1BA 2HS1A 5P6HA 1D4YA 3KT5A 1FFFC 2ZJKA 5P3WA 2IENA 3KMYA 4ZSQA 5OZXA 4Y47A 2OHPA 1XL5A 3ZKIA 3CYXA 5CONA 5BWYA 1EC3A 5HTZA 4A4QA 3TL9A 1QRPE 1EBWA 2XFKA 1AVFA 4Q1WA 3CKRA 3VF5A 4F75A 4FGXA 4FAFA 4B0QA 4L6BA 5P1FA 3PI0A 4J1HA 1BVEA 1SIPA 1EPME 5P3BA 5P7WA 5P8QA 3KT2A 3EMYA 1RQ9A 2AOCA 2G94A 5P7TA 4D85A 5P2LA 5P88A 3SA9A 5HDZA 2JE4A 4LP9A 3UDYA 5P6EA 1EC1A 4FL8A 4Y4TA 4B72A 3UQUA 5P2FA 1B6PA 5KR0A 4QJ6A 5P2HA 2OF0A 1KJ4A 5P5VA 3WZ8A 4ZE6A 4QGIA 5P53A 4FAEA 4PYVA 5P0LA 1IZIA 3BRAA 4F76A 3O9BA 3PMUA 3UDNA 2AIDA 2V13A 4DQFA 3VFBA 3DUYA 5P3DA 1EPNE 3EKXA 4RLDA 1CZIE 2QZXA 4HDPA 5B18A 5P5YA 3B80A 1UH9A 2XYFA 5P0BA 5P46A 1BDQA 5P74A 4J0PA 3U71A 1XL2A 1ZJ7A 4I0GA 1PSAA 5BRYA 5C9BA 4F73A 2QNPA 3NDXA 2XFIA 5P27A 5P54A 4TVGA 4K4RA 3VUCA 4R91A 2P3CA 4Y56A 2R9BA 5P71A 1FG8C 5P05A 5P4AA 5P5LA 1GKTA 1YM4A 3KFPA 4Y4DA 5P0NA 2Q3KA 5ER2E 3I6OA 1WBMA 4CKUA 1FLHA 4X2LA 4LAPA 2QP8A 3R1GB 3PBDA 5OZ7A 2WEDA 1D4JA 1FB7A 3O9FA 4GJAA 2HS2A 1D4KA 3S45A 4Y4XA 5P8NA 1EC2A 1K6VA 3PGIA 4GJDA 5P2EA 4J1FA 5OZTA 5P32A 4QLHA 2ZHTA 4QJ8A 3ZPUA 5P4GA 5OZJA 1LYWA 5DGWA 1BXOA 3GW5A 2AOJA 4LHHA 3IN4A 3WZ7A 2UY0A 5OZAA 4DQBA 5P0KA 5P2QA 2AOEA 3TLHA 5P61A 4MC1A 4ZPEA 5P24A 5OZRA 3OQAA 5KAOA 2HM1A 2O4PA 3OUDA 5P52A 4OC6B 5P4IA 3MXEA 3ZKXA 1DIFA 5P17A 5HE4A 3D1ZA 1NH0A 3BHEA 4KE0A 5P11A 2WEAA 5P29A 4IVTA 4CPSA 4I8WA 1OEWA 5P6OA 5P36A 4JOOA 1C6XA 2IGXA 3KDCA 3PLLA 2G24A 3PJ6A 4FRJA 1LYBA 3DOXA 1XE5A 4Y35A 3SO9A 2Q63A 2VKMA 3HZCA 3G6ZA 5I3XA 5P8TA 2BJUA 2I4DA 4GJ7A 1C6YA 2ER7E 4DJYA 3KA2A 5COOA 3IVIA 2JYSA 5P77A 4M8YA 5P1OA 5P4QA 5P3RA 5P6GA 3WZ6A 5FIVA 1BV7A 3R0YA 4QJ7A 1MSMA 1YM2A 4GJBA 2ZJMA 1ZPKA 2G20A 2PK6A 2RKFA 2FLEA 1HEFE 2AVMA 1EBYA 2FXEA 1SMEA 2WHHA 4XX3A 2WF1A 2AOFA 5P2XA 4PZWA 5P8SA 2ZYEA 5P8MA 5P4XA 3R0WA 5P6LA 2F3EA 5P86A 5P2SA 3S53A 2QCIA 5P5BA 5DGUA 5P76A 4DUSA 2NTRA 1B5FA 5DR4A 3SA8A 4B70A 2JJJA 3OY4A 1HTGA 5OZZA 2PWCA 3G72A 1UPJA 4AUCA 1APTE 3HVGA 4TVHA 2PMAA 5P62A 5P7QA 5HU0A 2AVVA 5P4MA 2ER0E 2OHNA 2I4WA 5P3FA 5P5FA 4Y38A 5P5EA 4DJXA 3GGVA 5P2BA 5P5XA 4EWOA 2V16C 4GJ5A 3L38A 1EPPE 1Z1RA 4RZ1A 4Y36A 2QZWA 4WTUA 2O4NA 5OZ2A 1BV9A 4QJ9A 5P3NA 5P7SA 4RCEA 1GNNA 1ZP8A 1ZAPA 2QI5A 4Y3FA 1RL8A 1GNMA 3DV1A 2FNTA 5HDUA 4MC2A 3T6IA 2I4QA 5DQ2A 3S43A 3UDMA 1KJGA 3AIDA 4Y5EA 5DR1A 1B6LA 2R3WA 1LF4A 4Y3NA 1LYWB 2ER9E 1SMRA 5P48A 1TCXA 3RTMA 1KJHA 5P7EA 4IVSA 4ZPGA 1VIJA 3UFNA 3T7QA 5P2NA 2F8GA 3DCKA 5KQZA 4YHQA 4EJDA 5P2YA 3VLAA 1K1TA 2R5PA 3GI6A 5P7AA 5P8HA 4J17A 1QBUA 1HTRB 3RSXA 3SKFA 1AJVA 3OUDB 3BGBA 5P5JA 3LIQA 2PSUA 5OZQA 1QDMA 2G1OA 4ZSPA 1HBVA 1MT9A 3HBOA 2CENA 3S7LA 5DR7A 3LIZA 5OZLA 3ZL7A 1HRNA 3IAWA 2BPXA 3TPLA 3VF3A 5P0OA 3EL1A 4Y3GA 2ZGAA 3H5BA 2PSVA 5P2ZA 4DQCA 3QP0A 5P5TA 2P3AA 4Y48A 5IS4A 5J25A 2VIZA 4Y3XA 4YCYA 5P6VA 1LYBB 5P5ZA 4E43A 5P7OA 3HAUA 3LIYA 4OBDA 4EPJA 3PCWA 1T7IA 1A8KA 2Q54A 3VSXA 3DJKA 8HVPA 2AVQA 1EPRE 4Y3ZA 5P3KA 4Y51A 2QI4A 1FQ7A 2ZJHA 1K2BA 3BVBA 3KF0A 5P0ZA 1HVLA 2WF3A 4Y4GA 3BXSA 5P60A 4XXSA 4NJTA 5P4TA 2VJ6A 1SH9A 3HD8A 4YCKA 1ME6A 5P18A 2QNNA 4PPHA 1SGUA 5P7PA 3VEUA 5P1EA 4I11A 1QBSA 1M4HA 5OZ1A 3S56A 2IKUA 3VYDA 1W5XA 5P01A 3O9IA 5P57A 1E82E 3LPKA 5P3ZA 4Z22A 5P6JA 3HDKA 5F01A 1B5FB 2WECA 3KFRA 3OTSA 1YTIA 5P4JA 4ZPFA 2BKTA 4Y4JA 5ER1E 4CP7A 3UDHA 3SLZA 3PMYA 1K6PA 2FIVA 1SDVA 4NPUA 3UQPA 3BUFA 2AVSA 1YX9A 3ZKMA 1HOSA 1D4SA 5OZFA 4OBHA 5P5PA 1M0BA 1FMUA 6UPJA 1BAIA 5P42A 3VV8A 4APEA 1BDRA 4UPJA 5P7GA 3ST5A 1PSNA 5P15A 1FQ5A 5P4HA 4Y54A 2QU3A 3LNKA 3D3TA 3UTLA 4A6BA 3TKWA 5P1NA 5P6CA 3VYFA 2ZDZA 3FNSA 3HAWA 5P8JA 4R95A 4Y58A 1EBKC 3JVYA 2FMBA 1XN3A 3Q3TA 5JFPA 3L58A 3S43B 5IE1A 5P4KA 2PH6A 5AGZA 1DAZC 4Y3WA 3VFAA 2QHYA 5P39A 2H6SA 1KJFA 2BPWA 3CICA 5P65A 4I12A 5P1GA 5OYQA 4Z4XA 4H3IA 4EYRA 2FDEA 2G1RA 3HW1A 5P4SA 2PYMA 2QK5A 1M43A 2CEMA 2ZJIA 5P0IA 3CKTA 5COKA 1G35A 4I0EA 4Y53A 1RV7A 5P3UA 2VNMA 3OHHA 1HPVA 4DFGA 3KYRA 1HHPA 3L5CA 2MIPA 5P4BA 5HCTA 2R3TA 5E5JA 2B7ZA 4I0JA 3PLDA 4X7IA 4Y5CA 5OYRA 1FQ8A 3UDPA 5P50A 4NKKA 1APWE 5P7YA 1SBGA 3O99A 4B00A 5JG1A 4DH6A 5JFUA 5P7MA 5I3YA 3OXWA 5P1UA 2AZ9A 3PVKA 4DPIA 2QHZA 3QS1A 3KFSA 2R43A 2P4JA 1UH7A 3QAAA 5P13A 4Q1NA 2QD6A 4Y3PA 4GJCA 2J9JA 4CPUA 4FS4A 2AODA 1MSNA 1MERA 5P84A 3F9QA 2BBBA 2QI1A 2PC0A 5HE5A 3O9HA 3K5DA 5AHCA 5P38A 3PSGA 3ZKSA 2AQUA 3FV3A 4NJUA 3UDRA 1CMSA 5P4PA 3OHFA 4YE3A 4GJ8A 4NJVA 1EPQE 3LINA 5OZ0A 4OD9A 5P3VA 1RPIA 5P7VA 5P67A 5P7ZA 3EL4A 1SDUA 2FDDA 1T6EX 2HPEA 5APRE 3PCZA 1B6KA 4ACUA 5P23A 2QI3A 2P8HA 5P87A 4LXMA 2F3FA 5P3IA 5P2WA 2OHUA 4B1CA 3A2OA 4U7VA 1MPPA 4Y57A 5AHAA 5P44A 5P4EA 5P25A 3QVCA 2VA7A 5P63A 2NPHA 5P55A 4XKXA 5P8VA 1PPME 3SQFA 5P8RA 3TOFA 1DMPA 1MUIA 1HVHA 4Y5LA 5P6MA 4DJQA 1W5WA 4Y5BA 5P20A 1IDAA 1ODWA 4F74A 5P1CA 2ZHRA 2P83A 5P1WA 5P80A 2EWYA 4R8YA 4LBTA 5OZKA 4RYCA 1HPSA 1J71A 5P0SA 3TPRA 2QD7A 3N3IA 2IS0A 5P5HA 2QMFA 5P49A 3TTPA 4R93A 3EKWA 5P0EA 4TRZA 4Y3LA 4B05A 2BPVA 1PROA 3KN0A 5P1MA 5T4SA 5HCOA 2QZKA 3UQXA 2B8LA 1W5YA 5P33A 3L5EA 4I1CA 4Y3JA 5P1LA 1AAQA 3FNUA 4I8ZA 5P5UA 5P3YA 4KUPA 4EJLA 3FNTA 5OZUA 3RU1A 2IDWA 7HVPA 4TRYA 1DPJA 5P8KA 2RENA 3QIHA 5P8DA 4J1CA 1ODXA 4RYGA 4DJPA 3O9GA 4FSEA 5P7JA 5ENKA 2I1AA 3BUGA 4Y4BA 5P0DA 5P5GA 4JPCA 3SKGA 2V0ZC 3VLBA 5P3EA 3QN8A 4K4QA 2BB9A 4A6CA 3BGCA 1BVGA 1BWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJL A;  5P8G A;  5OZD A;  1MRW A;  5P09 A;  3SAA A;  5P6N A;  4Y3M A;  3TH9 A;  3SAB A;  3OAD B;  1FQX A;  1NPW A;  2IKO A;  1BBS A;  4GJ9 A;  1T3R A;  2OAH A;  4LL3 A;  3U7S A;  4HEG A;  5P3H A;  1QS8 A;  3KDB A;  3SA5 A;  3NWX A;  5KR2 A;  5P2J A;  2Z54 A;  5OZ5 A;  5P3L A;  1GVX A;  3NDU A;  5C9D A;  3B7V A;  4M8X A;  5P64 A;  5P45 A;  3OAG A;  3K5C A;  3K1W A;  1LYA A;  1IBQ A;  5HD0 A;  5P07 A;  1ER8 E;  3PEP A;  4J1K A;  4Y4A A;  4Y3Y A;  5DQ5 A;  3UFL A;  4BEK A;  2G1S A;  5P2I A;  1IVP A;  2V11 C;  5P6P A;  2FGV A;  1DW6 C;  3UCB A;  1A94 A;  1TSQ A;  2FXD A;  3VV6 A;  5P7D A;  4YDG A;  1KJ7 A;  1OEX A;  5P40 A;  4GB2 A;  5P47 A;  1FEJ C;  4OBZ A;  4Y4W A;  3RSV A;  3OUC A;  1W50 A;  4HDF A;  3NDW A;  5COP A;  3UHL A;  5DR0 A;  2HB2 A;  2I4U A;  3NDT A;  5P6S A;  2UPJ A;  3URI A;  5P1Q A;  3ZPT A;  5P3T A;  5P31 A;  3LZY A;  3SM2 A;  3IN3 A;  4FM7 A;  1T7J A;  2A1E A;  4HE9 A;  1ZBG A;  4Y3A A;  4L1A A;  5P4Y A;  1UH8 A;  1FG6 C;  5P0X A;  4RCD A;  5ISJ A;  2BPY A;  4Y6M A;  4Y3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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