3S85A

Discovery of new hiv protease inhibitors with potential for convenient dosing and reduced side effects: a-790742 and a-792611.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease/reverse transcriptase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s85A00
5P1DA 3BXSA 5P3DA 4HEGA 4YCKA 2RMPA 4I0IA 3I8WA 3QN8A 2OHMA 1ZPAA 5B18A 3S54A 5P2HA 5P1EA 5P60A 2O4LA 4Y3PA 5P8VA 3NDUA 4Y3JA 4Y5LA 5OYQA 3S8IA 3QI1A 4YDFA 3APPA 1SGUA 5P8AA 3TL9A 3KDBA 5P71A 1EC1A 5P5WA 4Y56A 2PH8A 5P7CA 5P3MA 4RLDA 5P80A 4WY6A 1BVGA 2HPFA 2F80A 5KQXA 3HDKA 1ZP8A 1B11A 2WF3A 4TRYA 3OUDB 5P8BA 3BRAA 2QMFA 4EQ0A 1G0VA 3OU3A 2BQVA 2F3FA 5P5PA 2NNKA 2G21A 5P6JA 4NJVA 1SIVA 1ZLFA 2R3WA 4RYGA 5P03A 5P36A 3FKTA 3EL9A 5P7OA 1D4HA 3WZ7A 3O9LB 4DJRA 5P14A 4FLGA 4RRNA 5P84A 1YT9A 1Z1RA 4QJ2A 2FXEA 5P43A 5P3YA 5P7XA 2ER0E 3UDJA 2AZ9A 3H0BA 1E5OE 1EC3A 5JFUA 5CLMA 1PFZA 1G2KA 2XYFA 1Z8CA 4FCOA 3QVCA 3NUJA 1DW6C 1HPSA 2I4VA 2HAHA 2VIEA 3D91A 4CPRA 3PI5A 3KFRA 1NSOA 2VS2A 4Y4DA 2VA7A 3OOZA 4Y5MA 1SP5A 2QI6A 2QI0A 4RRSA 5P1RA 2FS4A 5P5BA 3KMXA 5P2DA 2R5PA 5C9FA 4EHCA 4J0ZA 5P1GA 1BV7A 3BC4A 3CYXA 1ZSFA 4I8WA 5HDVA 1OD1A 4I0ZA 2P4JA 1LYAB 5P6HA 5P7PA 4R8YA 3NU6A 5P3ZA 2WF0A 2AOEA 4B78A 1TW7A 5P67A 3HBOA 1K6PA 1FKNA 5P6TA 5P4AA 3ZPSA 3UDKA 2O4PA 2AZBA 2AOHA 5P0EA 3OUDA 1A8KA 1FQ4A 4DVFA 1APVE 3PRSA 2VA5A 2WEZA 1HPXA 3HZCA 2BPZA 4RVJA 4RGHA 1SDVA 5OZ3A 1GVVA 2G1NA 3U7SA 2ER9E 4KE1A 2IQGA 5OZUA 4Y4WA 5P56A 3VYFA 4DQHA 4F73A 3UCBA 3UDNA 5IE1A 4B70A 3KFNA 5P37A 1TCWA 3O9LA 4OBHA 1DIFA 1AVFA 4YCYA 4I0JA 5P42A 5P3WA 4GJCA 3L5CA 1MTRA 3OADB 3FNUA 4OC6A 3PWRA 4NJSA 3EL5A 4ZPGA 3DM6A 3MXEA 5HTZA 5P6OA 2JXRA 1HHPA 3SA3A 2FGVA 4TVHA 2V10C 1KJHA 5PEPA 5P18A 5ENKA 4ZIPA 1NPAA 2V16C 1XS7D 4LBTA 1MSNA 3RSXA 2FLEA 5P8QA 1ER8E 1UH7A 3LZUA 2P3BA 3KDDA 3OQDA 3QBFA 3UQXA 3TOGA 3OAGB 3FNTA 1EBZA 5AH7A 5P5ZA 5P5LA 3QAAA 1BILA 5P4EA 2SAMA 3SFCA 3D1ZA 4APRE 5P39A 2CEMA 5P0AA 5P19A 1LYAA 3O9BA 3TTPA 3WB4A 1TSQA 2RENA 4Y5BA 5OZLA 4EPJA 2ZE1A 3EL0A 2QD7A 4U7VA 5P2IA 1W5YA 5AHBA 5P6XA 5P0TA 3ZKSA 3T6IA 3OGQA 4GJ9A 2QI3A 3OHHA 4ZSRA 5HVPA 3ZKNA 1GNMA 1SH9A 5HE7A 5P2YA 1MSMA 4R5NA 1HTEA 2FMBA 4Y3QA 5DR4A 2VNNA 4BELA 4JOOA 3NDWA 3ER3E 5P55A 2QD6A 5P5DA 5OZHA 5P1TA 4GB2A 4FIVA 5P8RA 3OQAA 3B80A 5P1IA 2AOCA 1LF3A 4YDGA 1EEDP 1HPVA 2G1RA 3PI0A 3EM6A 3S45A 2R9BA 4PZWA 1IDBA 2B8LA 3OTSA 1WKRA 3O9DA 1UH9A 2I4WA 2ZHTA 5P4XA 5P1KA 4DJWA 3PMUA 2NXLA 2G94A 3OADA 3BGBA 3SAAA 4L7GA 4LAPA 2V12C 2Z54A 4J1EA 4IVTA 2ZJNA 4NKKA 2F81A 3QRMA 2AOIA 2B7ZA 4K8SA 5P4ZA 5P58A 4AA8A 2F3KA 4WTUA 2FDEA 5P07A 2WF1A 5P8SA 2FXDA 1GVXA 4EJ8A 1EPOE 5P11A 4OBZB 3ZKGA 3MSJA 3OAGA 1HVLA 5P6UA 4U7QA 5COKA 5HU0A 1K6VA 1MTBA 5P2UA 5P4SA 4YE3A 3RU1A 3L3AA 3KFPA 3VYDA 1AXAA 1BAIA 1KJ4A 4QJ8A 5P8MA 4Y41A 3TH9A 2R8NA 4B1CA 4DQEA 1IZEA 1APWE 4OBDA 5P2QA 3O9EA 4MC9A 4A6BA 2PWCA 3VYEA 5OZ5A 2QMGA 1SBGA 2ZDZA 1W5VA 3VSWA 5P22A 2WJOA 5P1MA 3VCMA 2OF0A 1A94A 1SGZA 4EJDA 3UTLA 4B0QA 3S7MA 5P7NA 3NWXA 5P79A 5P88A 5DQ1A 2VJ7A 4F74A 4E43A 1LV1A 4Q1NA 5P3AA 3KM4A 2XFKA 5HDZA 1FFIC 3K5CA 5P1NA 1RPIA 3HAWA 3NUOA 4Y3MA 3QS1A 5P8EA 1GNNA 4I12A 1IVPA 1XN2A 2IEOA 5P3FA 5P1FA 5P0SA 4Y5EA 5OZ2A 4I10A 1G35A 4Y37A 5P70A 3MSLA 5P0YA 1J71A 5DQ5A 4J0VA 1HIHA 4J0YA 5P8HA 1T6GA 2RKFA 5P62A 5JODA 5P8UA 5OYZA 1TZSA 2R3TA 3ZMGA 1W5WA 2QNNA 3QP0A 1FB7A 4LL3A 4LXKA 3VV8A 4Y43A 5P0CA 3MWSA 1XN3A 5P8FA 5P5OA 3PSUA 1LF4A 4Y36A 2WF4A 5OZCA 3PLDA 2QZXA 5P2LA 4Y4JA 5P32A 5P53A 1W5XA 4J1KA 3EKWA 2MIPA 2IGXA 4RZ1A 2V0ZC 4I1CA 1APUE 4Y4TA 5OZ4A 4OBZA 5P7HA 2XFJA 2BPXA 2UXZA 3D20A 1FMXA 2OHRA 2Q54A 5TOLA 1EC2A 1D4IA 5P7JA 2JJJA 3ZKQA 3T3CA 5J25A 1FQ7A 1APTE 5P5HA 2NXDA 1BDQA 1RNEA 4Y5PA 3NU5A 4XX4A 3UQPA 5DQCA 2VKMA 3GI5A 4PZXA 5P7KA 1M0BA 1Q9PA 2B7FA 5P5IA 4GJ5A 3SABA 3NSHA 3INHA 3TPRA 3VF3A 1ZPKA 5OZWA 4ZPFA 2I0DA 1SIPA 5P8PA 3SQFA 5P3IA 3SA9A 2B60A 2RSPA 4DH6A 5P02A 1MRWA 4Y3WA 5P0QA 5HDUA 6FIVA 2CEJA 3UFNA 3BVAA 4Y3NA 5P69A 3NDXA 4MC1A 1B5FB 2PYNA 3T7QA 6UPJA 2BPYA 4Z22A 5P44A 2Q5KA 5AGZA 5P40A 1MESA 5P61A 5P1BA 4Y3ZA 5ENMA 5I3WA 4H3JA 1FMBA 5OZVA 1YTJA 4LC7A 2QCIA 5P0XA 2FDDA 3HVPA 5P06A 5P23A 2R38A 4DQCA 4YHQA 4L6BA 4Y3GA 5P7UA 5P0JA 5P50A 3OU1B 1K6CA 4D88A 1HVRA 1QBTA 3ZPUA 5P3NA 4L7HA 4FS4A 3A2OA 5OZKA 5P38A 3T7PA 5P76A 5P1YA 2IDWA 4Y3TA 4J1IA 5P4HA 4FE6A 3FNSA 3LPIA 5AHCA 2AZCA 3Q3TA 2QU2A 3UDMA 5P64A 2BPVA 3UDYA 1AAQA 3GI4A 3VV6A 3OXXA 3RTNA 4OBJA 4FAFA 5P8DA 5I3YA 1YTIA 5P1HA 3I25A 2APRA 5P6NA 1HRNA 3F9QA 4GJAA 2A4FA 5OZGA 4EQJA 4I0GA 4J5JA 5P86A 1HEGE 5P2NA 5DR7A 1HOSA 3EKPA 2FNSA 3OHFA 4EP3A 2G20A 1DPJA 1U8GA 3IGBA 3EM4A 2QI4A 5P5CA 4DUSA 3R4BA 4EYRA 5JFPA 4Y44A 5P6DA 2I0AA 3VUCA 4I0FA 5P8OA 3ZKMA 4J1CA 3RVIA 1HIVA 4HLAA 1IDAA 1C6ZA 4B72A 5IVSA 4ZLSA 5DR3A 4H3FA 2NXMA 4IVSA 4OD9B 2WL0A 4Y3EA 3PWWA 4HDBA 5OZ8A 3UQUA 3TKGA 3EBZA 3OQFA 3D1YA 5DR8A 3SA6A 1MERA 4OBFA 3RTMA 3S43A 5P0NA 5P15A 1W51A 3LINA 1B5FA 1FQXA 3NU9A 4A6CA 4FRKA 4ZSPA 4DJYA 3L59A 1FG6C 5KQFA 2O4SA 3DJKA 2WKZA 2WEAA 3HW1A 3UFLA 3PHVA 5P2KA 4COEA 2WF2A 3PLLA 1K2CA 2Z4OA 3OU1A 2AIDA 5P7YA 1HVCA 3OU4B 3SKGA 3LPKA 1EPME 4AUCA 5P1PA 1VIKA 4Y48A 3DV1A 5P83A 7UPJA 4CPQA 1SDUA 1ZAPA 4LXAA 3WB5A 1FG8C 5P2ZA 4FM8A 3ZPTA 3CYWA 5P5RA 4RROA 5P7WA 5KR0A 5E5JA 5P4WA 5DQ4A 2WEBA 2RKGA 3KT2A 5UPJA 3L5BA 3UQWA 3OUBA 1IZIA 4JECA 5OZFA 1LS5A 4Y4UA 3CKPA 4AZYA 3TPPA 2NTRA 4YBIA 4Y47A 4DFGA 1HSIA 5P1VA 3QIHA 4RCEA 1OEXA 4DQGA 1FLHA 3OK9A 4L1AB 5OZZA 3OOTA 2BB9A 4Y51A 5P34A 3PBDA 4DJVA 5P30A 5HE5A 4H1EA 3S53A 1M4HA 3I6OA 5P2BA 3TLHA 4N00A 4HA5A 5P51A 1KJFA 5P81A 5KAOA 5P3HA 1HTFA 4K9HA 1PSNA 4EWOA 3WSJA 4ACUA 5P4NA 5P0LA 3KDCA 2O4NA 4I11A 2AOGA 5OZRA 4MC2A 3IVIA 4ZSQA 3VFAA 2ZGAA 3BXRA 3PSGA 3LHGA 5P73A 4B00A 5IVTA 3URJA 4Y4ZA 4K4PA 4H3IA 4DJOA 3QVIA 4Y4XA 3PB5A 5OZDA 2P3DA 3L5DA 5P29A 2OHPA 4OD9A 2Q64A 5P6LA 2QAKA 4GJ7A 4FSLA 2Q55A 2UPJA 3QBHA 5DR0A 5P20A 4DJQA 1SMEA 5P5AA 1N49A 1TCXA 4GIDA 4JPCA 4Y4AA 3SLZA 5P6MA 4A4QA 1D4YA 2QNPA 2Q15A 1HWRA 3CIDA 5P2SA 3L58A 1JLDA 2Q11A 5P5YA 3M9FA 5P5SA 5P6EA 5P7ZA 1CPIA 2VIZA 5ISJA 3OUCA 5COPA 1D4SA 2VJ9A 1HVHA 4F75A 3UF3A 5P2XA 5AH6A 3GGXA 3IXKA 5P54A 3ER5E 3OU4A 1XDHA 4JP9A 3LZVA 7HVPA 4UPJA 6APRE 5P10A 2AVQA 4J0PA 1ME6A 1YTHA 3PGIA 4Y9WA 5P4LA 3KT5A 4GYEA 1BVEA 5P74A 1MT9A 2J9JB 2QD8A 3HD8A 1LYWB 1W6HA 3G6ZA 4ER1E 5P8IA 1TSUA 2ER7E 3PJ6A 1NPVA 2B42A 4QLHA 3SKFA 5P0FA 4DJXA 4YOBA 3SM2A 4EJKA 5OZAA 5P82A 3OXCA 1CMSA 4L1AA 2CENA 4FRIA 3PSYA 1D4LA 1GVUA 5P68A 8HVPA 5P3CA 2P83A 5JG1A 5P4BA 2G1YA 4X7IA 2I4DA 1HVIA 4FL8A 3KF0A 4F76A 3S85A 2FIVA 3OQ7A 5P0HA 3URIA 5P0RA 2HC0A 1OHRA 3VLBA 4DPIA 2HS2A 5I3XA 4DJUA 4AMTA 3OGPA 3GGVA 2OHKA 3FIVA 1DMPA 5P1ZA 2ASIA 3O99A 3RSVA 1T6EX 2OHUA 2PSGA 3SPKA 5P08A 2V13A 3FX5A 5P2MA 5P16A 2VA6A 4K4RA 5P1QA 3T11A 5P7GA 3PVKA 5P35A 4ZPEA 1GVWA 2IGYA 3ZKXA 3IA9A 5HCTA 3MXDA 4ACXA 3GW5A 4MC6A 1PPME 3KYRA 2FDPA 3S7LA 2JE4A 5P26A 1SDTA 5F01A 4EXHA 1E80E 4PPHA 3OY4A 3K4VC 3NDTA 5P2RA 5P0GA 3O9FA 3URLA 1RL8A 4Y3RA 4TRZA 3FSMA 3WZ8A 4FM6A 4Y38A 5C9BA 5P5TA 2QMPA 1B6PA 5P0VA 4CPUA 5P09A 1T7JA 4FGXA 4ER4E 3GI0A 5P5JA 5IS4A 5OYWA 1WBMA 1A8GA 4XXSA 5P5NA 5OYRA 5P3OA 4Y3DA 3L38A 4D8CA 5SY2A 5OZ0A 1AM5A 5DPZA 5P05A 1E81E 1G6LA 3I7EA 5P3QA 3BUGA 5P4FA 4YCTA 5P0IA 3SA7A 2J9JA 1LYWA 3DUYA 5OZYA 4QJ6A 3PBZA 4KE0A 1BXQA 5P2EA 4J54A 2HB4A 5HD0A 5OZ9A 5OZPA 5P1JA 5OZXA 4Y5KA 2VNMA 2OHSA 4ZEAA 2AVVA 1FFFC 3NXNA 3BVBA 3NU4A 2ZJLA 3NXEA 2PK5A 3SA4A 5P2TA 3O9IA 5P0KA 3JVWA 3O9GA 5FIVA 3U71A 4YD4A 5P0WA 3Q70A 5OZIA 5P3PA 3N3IA 1B6LA 4ZE6A 5P52A 1KZKA 2OHLA 3LNKA 5P01A 1IVQA 2HS1A 5P2WA 5P3RA 5P4PA 5P4IA 1XE6A 4DQFA 3Q6YA 5P2VA 5P5UA 3UPJA 1E82E 1FIVA 5KQYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1D A;  3BXS A;  5P3D A;  4HEG A;  4YCK A;  2RMP A;  4I0I A;  3I8W A;  3QN8 A;  2OHM A;  1ZPA A;  5B18 A;  3S54 A;  5P2H A;  5P1E A;  5P60 A;  2O4L A;  4Y3P A;  5P8V A;  3NDU A;  4Y3J A;  4Y5L A;  5OYQ A;  3S8I A;  3QI1 A;  4YDF A;  3APP A;  1SGU A;  5P8A A;  3TL9 A;  3KDB A;  5P71 A;  1EC1 A;  5P5W A;  4Y56 A;  2PH8 A;  5P7C A;  5P3M A;  4RLD A;  5P80 A;  4WY6 A;  1BVG A;  2HPF A;  2F80 A;  5KQX A;  3HDK A;  1ZP8 A;  1B11 A;  2WF3 A;  4TRY A;  3OUD B;  5P8B A;  3BRA A;  2QMF A;  4EQ0 A;  1G0V A;  3OU3 A;  2BQV A;  2F3F A;  5P5P A;  2NNK A;  2G21 A;  5P6J A;  4NJV A;  1SIV A;  1ZLF A;  2R3W A;  4RYG A;  5P03 A;  5P36 A;  3FKT A;  3EL9 A;  5P7O A;  1D4H A;  3WZ7 A;  3O9L B;  4DJR A;  5P14 A;  4FLG A;  4RRN A;  5P84 A;  1YT9 A;  1Z1R A;  4QJ2 A;  2FXE A;  5P43 A;  5P3Y A;  5P7X A;  2ER0 E;  3UDJ A;  2AZ9 A;  3H0B A;  1E5O E;  1EC3 A;  5JFU A;  5CLM A;  1PFZ A;  1G2K A;  2XYF A;  1Z8C A;  4FCO A;  3QVC A;  3NUJ A;  1DW6 C;  1HPS A;  2I4V A;  2HAH A;  2VIE A;  3D91 A;  4CPR A;  3PI5 A;  3KFR A;  1NSO A;  2VS2 A;  4Y4D A;  2VA7 A;  3OOZ A;  4Y5M A;  1SP5 A;  2QI6 A;  2QI0 A;  4RRS A;  5P1R A;  2FS4 A;  5P5B A;  3KMX A;  5P2D A;  2R5P A;  5C9F A;  4EHC A;  4J0Z A;  5P1G A;  1BV7 A;  3BC4 A;  3CYX A;  1ZSF A;  4I8W A;  5HDV A;  1OD1 A;  4I0Z A;  2P4J A;  1LYA B;  5P6H A;  5P7P A;  4R8Y A;  3NU6 A;  5P3Z A;  2WF0 A;  2AOE A;  4B78 A;  1TW7 A;  5P67 A;  3HBO A;  1K6P A;  1FKN A;  5P6T A;  5P4A A;  3ZPS A;  3UDK A;  2O4P A;  2AZB A;  2AOH A;  5P0E A;  3OUD A;  1A8K A;  1FQ4 A;  4DVF A;  1APV E;  3PRS A;  2VA5 A;  2WEZ A;  1HPX A;  3HZC A;  2BPZ A;  4RVJ A;  4RGH A;  1SDV A;  5OZ3 A;  1GVV A;  2G1N A;  3U7S A;  2ER9 E;  4KE1 A;  2IQG A;  5OZU A;  4Y4W A;  5P56 A;  3VYF A;  4DQH A;  4F73 A;  3UCB A;  3UDN A;  5IE1 A;  4B70 A;  3KFN A;  5P37 A;  1TCW A;  3O9L A;  4OBH A;  1DIF A;  1AVF A;  4YCY A;  4I0J A;  5P42 A;  5P3W A;  4GJC A;  3L5C A;  1MTR A;  3OAD B;  3FNU A;  4OC6 A;  3PWR A;  4NJS A;  3EL5 A;  4ZPG A;  3DM6 A;  3MXE A;  5HTZ A;  5P6O A;  2JXR A;  1HHP A;  3SA3 A;  2FGV A;  4TVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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