3S85A

Discovery of new hiv protease inhibitors with potential for convenient dosing and reduced side effects: a-790742 and a-792611.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease/reverse transcriptase
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s85A00
5P0AA 1HIVA 4Y4ZA 5P4PA 5P2GA 3L5DA 5P8OA 5P7YA 1FEJC 5IS4A 1IVPA 5P43A 4Y53A 5P79A 1BV9A 5P0OA 2PSUA 4GMIA 1K6VA 2RSPA 5I3XA 2AZ9A 2XYFA 1K2CA 3CICA 5P3JA 3TOFA 3KN0A 2QZWA 4Y3GA 5PEPA 1NPAA 5P6IA 1OEXA 2Q5KA 3FNSA 1SMEA 4L1AB 3UDQA 1MIQA 2OHQA 5P0BA 5OYVA 5P3PA 5OZ5A 5OZFA 1EPQE 4J1IA 2NXLA 5P20A 1W6IA 3ZKQA 2QI7A 8HVPA 1IDBA 1UH9A 5JFPA 3ZKSA 2QZLA 3I2LA 1SDVA 2OHSA 4I12A 3PCZA 2I4WA 4TRZA 5HCOA 3SABA 3PM4A 5ER1E 5OZLA 2QZXA 5P80A 5P1AA 2G20A 2VKMA 4HDBA 3NYGA 1VIKA 1T3RA 3IN3A 2AVSA 2QP8A 5P54A 4RVIA 5P55A 5P2TA 3VG1A 5P3YA 5P59A 4EQJA 1EPNE 5P1OA 4S1GA 2PK6A 1LYAB 4DV9A 2FMBA 3WZ8A 5P8BA 3RU1A 1APUE 5P5KA 4GJ5A 1HTFA 5P0IA 3MXEA 1EPLE 2FS4A 2QMDA 2BPYA 4MC2A 1MERA 1NSOA 4GZFA 2G1SA 3VUCA 3PWWA 1MRXA 1K1UA 1XL5A 4YBFA 2J9KA 2V00A 2WF2A 1XS7D 2Q11A 2SAMA 5APRE 5P31A 3VYDA 2WEZA 4OBJA 1W6HA 5P7QA 1HXWA 5CONA 4DJPA 5BS4A 3NLSA 2P3CA 2WEDA 3EKPA 5P2NA 3O9LA 5P2JA 1FQ6A 3O9DA 3LHGA 5OZZA 3SA6A 2PSGA 3UQWA 1YM4A 1IZHA 5P39A 5B18A 3SACA 3OHFA 3OGPA 5P3RA 3ZPUA 1BV7A 3OU4B 5P2QA 4GJDA 2ZHUA 3FKTA 5P6HA 3NSHA 3BXSA 2FNSA 4Q1YA 1GNMA 1DAZC 2AVOA 3ZKXA 3S54A 5P7UA 1QS8A 4NJTA 3G6ZA 1B6KA 4DJXA 2FIVA 2IL2A 4YCKA 3L5FA 5P5UA 4XX3A 3EKYA 1HPOA 1M43A 4DH6A 2O4LA 3PVKA 3QRSA 2BPVA 2HIZA 2AOIA 3UQXA 5KR1A 3KFSA 5P8EA 3EM3A 4K4RA 3OK9A 5P1LA 2BBBA 1PFZA 4JPCA 4RCFA 3CIDA 3CYXA 4YCYA 2ZJIA 2RKFA 5P76A 5HDUA 5P2SA 4J17A 4Y5KA 4U8WA 5P6EA 1T6GA 4Y3QA 2NR6A 3L5CA 4B72A 1HEGE 3SA9A 4GJCA 1T7IA 2O4NA 5DGWA 2VNMA 2J9JA 4J5JA 1HTGA 4Z2ZA 3GGAA 4BELA 3NU5A 5P4GA 4GJ6A 5P6AA 1MSNA 5E5JA 5P3QA 2R5QA 5P6MA 1NPWA 3ECGA 3KDBA 2AVQA 4CMSA 2HAHA 4N00A 3LPJA 1GNOA 1W5XA 1DP5A 3T7PA 2ZJJA 3Q6YA 4Y3SA 1AAQA 5OYXA 5P6WA 1YTHA 5P8JA 3Q5HA 2ZJNA 3VSWA 1QRPE 5KQFA 3K4VA 1ZPKA 5P1HA 4E43A 4MC1A 5P37A 3OU1B 2QD8A 3SM1A 2QHCA 3OWNA 3IXOA 3K1WA 5P7ZA 2R43A 4I1CA 2NXDA 3ER5E 1TSUA 5P44A 2F81A 5OZ9A 4D83A 3LIQA 5OZPA 5P3WA 3I6OA 4U7QA 1HOSA 2PWCA 4YDFA 4RVJA 2IS0A 4X2LA 2I4DA 2ER9E 2G22A 2AOHA 1D4SA 5OZQA 1HHPA 4OBDA 3BHEA 2FDEA 1T7JA 3FIVA 5ER2E 4LL3A 3IN4A 5P71A 4Y48A 4RGHA 5P7SA 5P60A 3EKVA 5AHAA 5DR3A 1RV7A 3S43A 5P7FA 2AOJA 1OEWA 3S7MA 4J1CA 5AH9A 4I0EA 2WL0A 5P1YA 1MT8A 4PZXA 3RTMA 3MXDA 2ZYEA 1Z8CA 4B0QA 3RTHA 1XDHA 3SM2A 3EL1A 3UCBA 2VA6A 3INEA 4L1AA 3FX5A 2ZJMA 2WEAA 2PK5A 4CP7A 4Y4EA 1YM2A 5P8NA 2XFIA 5P25A 5P5OA 4Q1NA 5OYTA 2BQVA 3A2OA 5P1CA 2V16C 4ZPFA 5OZ6A 1WBKA 2ZGAA 4GYEA 1FG6C 2HC0A 4FSLA 1HTRB 4L7JA 5P2WA 4LXAA 5P56A 1FQXA 5P4EA 4CPUA 3Q70A 1E80E 4FRJA 3TKWA 4B05A 3T7XA 5SY3A 3TOGA 1DPJA 3B80A 5DR7A 5P4MA 4WTUA 3QAAA 3O9LB 1NH0A 1LYAA 3BUGA 5OZYA 1ZJ7A 1ZTZA 3KDDA 3EM6A 2ER6E 5P66A 1MSMA 5P73A 1F34A 3PCWA 3UDMA 3IXKA 5P1XA 5P28A 3EBZA 2AOCA 5P1TA 3DCKA 1BXOA 1W5WA 2QNPA 1BILA 4OBZB 2ZHTA 5P42A 3LZYA 5P4WA 3S8IA 4M8YA 3MSKA 2XFKA 5IVSA 5P8HA 1LF4A 5P7IA 4GJBA 5P5VA 5P8MA 3LZVA 3VV8A 3PSUA 5P57A 5ISJA 4XXSA 5P36A 5P7TA 1ZPAA 2V11C 5P1KA 3NDWA 4OBFA 3S56A 3INDA 3FNUA 5F01A 4CPQA 4DJOA 4L7HA 3VLBA 2H6TA 2OHMA 5P4UA 5P34A 3O9EA 2NNKA 2I4XA 3URJA 1GVWA 2I4QA 1A30A 3QS1A 5P49A 3HAWA 1ZLFA 2OHTA 4Y41A 1BWAA 1DIFA 5KQYA 5OZIA 1KJFA 5HDZA 3L38A 3L59A 2NMYA 5OZ3A 5P7LA 1BIMA 3KA2A 5P5CA 5P17A 3NXEA 2QI1A 4Y54A 2J9JB 3ZPSA 4QLHA 3LPKA 2VIJA 1JLDA 2RMPA 3K5GA 2P8HA 4ZSQA 4YDGA 1EC2A 1A8GA 2I1AA 3IXJA 5OZ7A 4ER2E 5P1WA 3EM4A 4EYRA 3O9BA 1QBTA 2MIPA 2B8LA 3UQUA 2H6SA 1K6TA 1IVQA 2V0ZC 2G94A 2BB9A 2V12C 2R8NA 5P0QA 4Q1WA 5P3OA 1UH7A 1FMXA 4YOAA 2G21A 5P1SA 4Y44A 4CPWA 4F76A 2IDWA 1E5OE 5P6SA 4OBHA 4OC6B 4Y4AA 2G1OA 3L3AA 4RCDA 3ST5A 4AUCA 1AXAA 3VF3A 2AOGA 1XN2A 2PH8A 5I3VA 2BKSA 1EBYA 5OZOA 3WSJA 3OUAA 2QI3A 4H3FA 3APPA 5P0EA 5P69A 4EJDA 4BEKA 2IRZA 5P3GA 3TNEA 4TRYA 1KZKA 1MTBA 3D20A 3AUPA 2I4VA 2O4SA 5P88A 1HRNA 5P7EA 4Y3EA 5P0JA 5P48A 5SXNA 3WB5A 1HBVA 1Z1HA 2OHLA 5P5MA 3PEPA 3L5BA 1TZSA 4LXMA 3OU1A 1C6ZA 1TCWA 3N3IA 1BBSA 3S43B 2AVMA 5ISKA 5P4RA 3LITA 5OZ8A 3RSXA 1D4JA 1MVPA 4FSEA 5P7OA 3OADB 1EC1A 1D4HA 5DPZA 2VNNA 4TRWA 4LAPA 3KYRA 5IVRA 3OQAA 4FM8A 5P68A 1MESA 3O9IA 3KMXA 4CKUA 4J1EA 5OZNA 2WECA 4QJ6A 5T4SA 4Y3JA 1HVIA 1HTEA 4GJ7A 3TLHA 3FSMA 5DR8A 5OZ4A 5P7GA 4B77A 5JFUA 5OYUA 5P6JA 4J55A 1TQFA 2AQUA 2WF3A 5OZ1A 1LEEA 3RTNA 2QI6A 3DV5A 3PSGA 4RRNA 5P8PA 4LHHA 5COPA 1FB7A 3PMYA 5P0ZA 5I70A 5OZUA 5P4VA 5P2UA 1LYBA 1K1TA 3G72A 1T6EX 4Y3XA 4ZEAA 2NXMA 5P6NA 4GJAA 4Q1XA 3LNKA 3WZ7A 1B6PA 2BJUA 1SIPA 5P7AA 3NU6A 4YD4A 5P2FA 5P2DA 4ER1E 3IAWA 2AZBA 3D1YA 4IVSA 1CPIA 2PC0A 7HVPA 1NPVA 2B60A 4KB9A 2IGXA 3T7QA 5C9BA 4FRIA 4Y3WA 5P3UA 2CENA 5P11A 4ER4E 3I7EA 3OOZA 2B42A 1HVKA 5OZMA 2IQGA 3EMYA 2F80A 3GI6A 5P3NA 3VV7A 5P5PA 3UQRA 2ER0E 4Y5LA 5HCTA 2UY0A 1BAIA 4EPJA 4PYVA 5P77A 3QN8A 1SBGA 5UPJA 5P5QA 3VFBA 3BXRA 5P03A 1EC3A 2JXRA 2AZCA 3S7LA 5P3DA 5P7VA 4F75A 3NU4A 4EXGA 1MPPA 1HIIA 3S45A 3PHVA 5P8TA 2PYNA 1ZP8A 2WF4A 3HBOA 3LZSA 1HIHA 1GVTA 4FRKA 3GGUA 3SKFA 5AH6A 5ENMA 4OBZA 2QI0A 3M9FA 4XX4A 4Y3AA 2VIYA 4EHCA 4A4QA 4Y5CA 1GVXA 1HPXA 5P6ZA 1HVJA 5P0NA 5P1ZA 3KFRA 2FNTA 2WEBA 2Z54A 1RQ9A 1E82E 5P47A 3NR6A 4ZPGA 2HB4A 5P41A 4J0TA 5P5IA 3OQDA 5P82A 2QU3A 1D4KA 1MEUA 4EQ0A 3TPPA 1U8GA 5P5LA 1KJ4A 5OYRA 5P4HA 5HU0A 5P87A 1B6MA 3TPLA 1SDUA 5P1FA 4Y57A 1ZSFA 2FLEA 5P67A 3BC4A 5P8GA 1B5FA 3JW2A 4Y38A 4ZSPA 4Y3DA 3TTPA 1BXQA 4GB2A 4DJRA 1FLHA 1QBUA 5P08A 1ME6A 5P0PA 2Q54A 3H0BA 5P8IA 5P4CA 1KJHA 3DOXA 5F00A 1DMPA 5P1GA 3EKXA 1EPOE 1A8KA 1GKTA 1LZQA 4DQGA 4ZSMA 5P0GA 4ZLSA 5P84A 5OYSA 1SDTA 3CMSA 2QZKA 3PWRA 5BRYA 5FIVA 5HDVA 3SPKA 4J1KA 1K2BA 1LS5A 4I0JA 1N49A 2HB3A 4EJLA 4FCOA 4Y3ZA 4Y47A 1T7KA 1BDQA 2FDPA 4FM7A 3OGQA 2ZDZA 4Y3HA 4OC6A 3NUOA 5P2OA 2AZ8A 3BRAA 1FF0C 4F74A 2JJIA 5P5DA 5P74A 4BFDA 4Y4GA 3DV1A 4A6BA 3DM6A 5COKA 3SO9A 5P1VA 4Y3FA 3GI0A 4DFGA 5OZRA 5HTZA 1D4YA 2ZJHA 5KQZA 1BWBA 4J1FA 3QVCA 3LINA 4R91A 5P2HA 4Z22A 3IA9A 2QMPA 3EL9A 1IZIA 3PSYA 2Q55A 3O9FA 4QJ2A 5P8DA 3ZMGA 5P6GA 1FFIC 4B78A 4D88A 3KFNA 4EP2A 1ODXA 2ER7E 5P23A 3D3TA 2QNNA 5P4KA 5P89A 3CKPA 5P1DA 3OADA 3PGIA 4Y3LA 2WF0A 4Y5MA 5P14A 4DJQA 5P7KA 9HVPA 4I8ZA 4OBGA 2VJ6A 2AIDA 5P5EA 3KFPA 1YT9A 1LYBB 5AH7A 3SFCA 1GNNA 1W5YA 1Q9PA 3R2FA 1IIQA 5AHBA 4FAEA 4ZSRA 1AZ5A 3OTYA 5P07A 3ZL7A 4HLAA 4QJ9A 1M0BA 4Q5MA 2JJJA 1YTJA 4RCEA 5OYQA 3URIA 4EP3A 5P40A 2JE4A 5DQ4A 3OXVA 5P12A 2OHKA 4DUSA 2ZJLA 4Y43A 5HD0A 2BKTA 5P3BA 4JECA 5P3ZA 4Y3PA 4FLGA 5SZ9A 1AM5A 5P5GA 2QAKA 5OZJA 4JP9A 2Q63A 5P3CA 4HE9A 3GW5A 2R3WA 1LYWA 3LIXA 2QCIA 1BVEA 3UDYA 1W51A 3NU9A 4ZPEA 5P6DA 4H3IA 5P2KA 5P18A 2AOEA 2R38A 5P2RA 2F3EA 3VYEA 4JPEA 1K6PA 1ZBGA 4H3JA 5P4LA 2HS1A 3OHHA 2P83A 3KT2A 5P6UA 3R1GB 2PQZA 5KQXA 1HVLA 5P6YA 1MT9A 4FAFA 5P32A 3UFNA 4RZ1A 2F3FA 5P0XA 6FIVA 5P35A 5C9DA 3INHA 5P45A 4Y50A 2R3TA 3PI5A 5P4OA 1IZDA 1SMRA 5P0HA 2I4UA 1HPSA 2Q15A 5HU1A 1B11A 4J1HA 1QDMA 3QP0A 5P4TA 5P8LA 4KE1A 5OZEA 3UPJA 5P65A 5KAOA 4GJ8A 3QPJA 1XN3A 4PEPA 4NJVA 3QIHA 5ENKA 3PJ6A 4NPUA 4I0IA 3PLLA 5P6RA 5COOA 4LC7A 2FGVA 1Z1RA 1B5FB 3TKGA 5P4IA 5P2XA 4DPFA 5HE5A 5KR8A 5P0RA 5OZTA 4DQCA 3EC0A 4YA8A 3UDHA 5P4NA 4D8CA 1E81E 1A94A 3FV3A 5P5WA 3BVAA 4Z4XA 5KOSA 2O4PA 4Y39A 3I25A 4Y9WA 4QJAA 5HE4A 2A4FA 5OZSA 2BPWA 3C9XA 5IVTA 3EL0A 3SLZA 3MSLA 4J54A 5P7RA 5C9FA 5P64A 5P3IA 2AODA 1HSHA 3PBZA 1PPME 5AGZA 4OD9B 2VA5A 3LIYA 1YTGA 4R95A 4D85A 1WKRA 1B6LA 4EXHA 1WBMA 4NJSA 4YHQA 5P1UA 4Y51A 2Q3KA 5P22A 3QROA 3EL5A 4HDFA 1AVFA 3VF5A 4PHVA 3O99A 4DQHA 5P6PA 5P00A 3SA7A 3O9GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0A A;  1HIV A;  4Y4Z A;  5P4P A;  5P2G A;  3L5D A;  5P8O A;  5P7Y A;  1FEJ C;  5IS4 A;  1IVP A;  5P43 A;  4Y53 A;  5P79 A;  1BV9 A;  5P0O A;  2PSU A;  4GMI A;  1K6V A;  2RSP A;  5I3X A;  2AZ9 A;  2XYF A;  1K2C A;  3CIC A;  5P3J A;  3TOF A;  3KN0 A;  2QZW A;  4Y3G A;  5PEP A;  1NPA A;  5P6I A;  1OEX A;  2Q5K A;  3FNS A;  1SME A;  4L1A B;  3UDQ A;  1MIQ A;  2OHQ A;  5P0B A;  5OYV A;  5P3P A;  5OZ5 A;  5OZF A;  1EPQ E;  4J1I A;  2NXL A;  5P20 A;  1W6I A;  3ZKQ A;  2QI7 A;  8HVP A;  1IDB A;  1UH9 A;  5JFP A;  3ZKS A;  2QZL A;  3I2L A;  1SDV A;  2OHS A;  4I12 A;  3PCZ A;  2I4W A;  4TRZ A;  5HCO A;  3SAB A;  3PM4 A;  5ER1 E;  5OZL A;  2QZX A;  5P80 A;  5P1A A;  2G20 A;  2VKM A;  4HDB A;  3NYG A;  1VIK A;  1T3R A;  3IN3 A;  2AVS A;  2QP8 A;  5P54 A;  4RVI A;  5P55 A;  5P2T A;  3VG1 A;  5P3Y A;  5P59 A;  4EQJ A;  1EPN E;  5P1O A;  4S1G A;  2PK6 A;  1LYA B;  4DV9 A;  2FMB A;  3WZ8 A;  5P8B A;  3RU1 A;  1APU E;  5P5K A;  4GJ5 A;  1HTF A;  5P0I A;  3MXE A;  1EPL E;  2FS4 A;  2QMD A;  2BPY A;  4MC2 A;  1MER A;  1NSO A;  4GZF A;  2G1S A;  3VUC A;  3PWW A;  1MRX A;  1K1U A;  1XL5 A;  4YBF A;  2J9K A;  2V00 A;  2WF2 A;  1XS7 D;  2Q11 A;  2SAM A;  5APR E;  5P31 A;  3VYD A;  2WEZ A;  4OBJ A;  1W6H A;  5P7Q A;  1HXW A;  5CON A;  4DJP A;  5BS4 A;  3NLS A;  2P3C A;  2WED A;  3EKP A;  5P2N A;  3O9L A;  5P2J A;  1FQ6 A;  3O9D A;  3LHG A;  5OZZ A;  3SA6 A;  2PSG A;  3UQW A;  1YM4 A;  1IZH A;  5P39 A;  5B18 A;  3SAC A;  3OHF A;  3OGP A;  5P3R A;  3ZPU A;  1BV7 A;  3OU4 B;  5P2Q A;  4GJD A;  2ZHU A;  3FKT A;  5P6H A;  3NSH A;  3BXS A;  2FNS A;  4Q1Y A;  1GNM A;  1DAZ C;  2AVO A;  3ZKX A;  3S54 A;  5P7U A;  1QS8 A;  4NJT A;  3G6Z A;  1B6K A;  4DJX A;  2FIV A;  2IL2 A;  4YCK A;  3L5F A;  5P5U A;  4XX3 A;  3EKY A;  1HPO A;  1M43 A;  4DH6 A;  2O4L A;  3PVK A;  3QRS A;  2BPV A;  2HIZ A;  2AOI A;  3UQX A;  5KR1 A;  3KFS A;  5P8E A;  3EM3 A;  4K4R A;  3OK9 A;  5P1L A;  2BBB A;  1PFZ A;  4JPC A;  4RCF A;  3CID A;  3CYX A;  4YCY A;  2ZJI A;  2RKF A;  5P76 A;  5HDU A;  5P2S A;  4J17 A;  4Y5K A;  4U8W A;  5P6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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