3SA4A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af72
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa4A00
1Z1RA 1DPJA 5P65A 1XN3A 1HWRA 4PZWA 4Y4JA 5P3EA 4UPJA 3JVWA 3PWRA 5P2CA 2JYSA 5P1FA 4Y3QA 1AZ5A 5P2HA 3FX5A 2O4NA 3BVBA 5KR8A 2ZDZA 3O9IA 1HTFA 3O9FA 5P2JA 4KE0A 4Q1XA 3NU4A 2OHQA 2QI4A 1YM2A 5IE1A 3CKPA 5P0NA 5P5JA 3OU4A 2OHNA 3JW2A 1KJFA 1LV1A 3BXRA 4D8CA 4AA8A 5B18A 1A8GA 3RTNA 3UDMA 5P5EA 3NLSA 3OU4B 2AOHA 2PC0A 5P5PA 5P34A 1AXAA 3INFA 4PHVA 1W51A 3SO9A 3SA6A 5P4FA 2IEOA 2FNTA 5P3AA 4Y3TA 5HDVA 1KZKA 3L58A 2VA5A 3MSJA 2AZBA 2ZJHA 2AOCA 5JFPA 1GVUA 3BUHA 3PEPA 3ZL7A 2NMZA 4DJYA 4OBGA 3HZCA 2B8VA 2B8LA 5OZHA 4CPRA 2VNMA 3KMYA 5IVRA 3VV8A 3EL9A 2VJ6A 5P43A 5P1UA 1FQ4A 4Y35A 1KJHA 3ZPUA 5P89A 1APTE 5P3BA 5ENKA 5OZ5A 2BQVA 4QLHA 1MPPA 1HVKA 4QJ6A 4TRWA 5P7UA 2JJJA 4TVGA 2WL0A 3OU1A 5P3HA 1UPJA 5P2VA 2F3KA 1HOSA 1PSOE 2PH6A 4L7JA 4Y38A 3HDKA 4ZIPA 4K9HA 3URIA 5P1RA 2PWRA 5P11A 5P4WA 3PB5A 5P37A 2Q55A 3K5CA 5P19A 5OZTA 2RKGA 4EQ0A 7UPJA 1QBTA 5P6KA 1FGCC 3TNEA 5C9DA 1T7IA 5P4OA 2NPHA 3EXOA 4FM6A 5P1QA 3SAAA 1IIQA 3OU1B 1GNNA 2R38A 5P8CA 4EQJA 2I4DA 5P0MA 3LZVA 4YD3A 5P03A 3T11A 2UY0A 2WECA 1HPSA 5JG1A 5P4ZA 1K6PA 2IKUA 5P4KA 5P10A 4D83A 1HHPA 5P3KA 4Q5MA 3CYWA 4DFGA 5P3YA 5P3DA 3WB4A 4OBKA 1DMPA 4APRE 1KJ4A 2ZHTA 2Q64A 5P4AA 5OZFA 5OZRA 3DOXA 4Y4UA 5P7HA 1IVPA 1BXQA 3OTSA 1EPPE 3PMYA 2A4FA 2PK6A 4OBZA 1K2BA 4NJVA 2JXRA 4EP3A 1ZLFA 2I1AA 4K4PA 5P0FA 5P4GA 4M8XA 5P3ZA 2OHUA 4J1HA 3EL4A 2QK5A 4A6BA 4ZLSA 1E80E 4X2LA 3NDUA 1TCXA 2QI7A 3TOGA 3L3AA 2I4QA 5P2GA 5P6QA 2G26A 1SDVA 5P09A 4F73A 3PJ6A 5P84A 3D91A 1MTBA 5P59A 1XS7D 2ER7E 1HTRB 4FL8A 3HD8A 4GIDA 3TKWA 3TPLA 2VKMA 5P7RA 3TTPA 2PYNA 4U7QA 5P1IA 3PSYA 1HPXA 3OQKA 3OWNA 4J0VA 4R95A 3BUGA 2CEMA 4TVHA 5JFUA 1HVRA 1T6EX 2V12C 1MERA 3EKVA 5APRE 5HDZA 1BILA 3FKTA 4YD7A 4GMIA 5P87A 5KR0A 3URLA 1W5XA 5DQ2A 2P3BA 5E5KA 5P0PA 2QCIA 2WF3A 1B6KA 3EM4A 1RL8A 3APPA 4EP2A 4GJ8A 1IDAA 3LZSA 2OAHA 4I8ZA 4J54A 5P4UA 5P1XA 4ER4E 4EHCA 4Y3DA 4D89A 1HSHA 3T6IA 5OYYA 3S7LA 3EKTA 4HZTA 2F80A 4CPSA 4GJDA 3ZOVA 3UCBA 3B80A 5P0IA 5P5MA 5P74A 4Y3YA 4DJXA 2HIZA 5ISKA 1APUE 5KQFA 2G20A 5OZ7A 5P4NA 2PSVA 5P5KA 2J9JA 1D4HA 1EBWA 3HAWA 2HC0A 5OYQA 4IVTA 2Z54A 5P3PA 2RKFA 2P83A 5P3VA 4FS4A 1FFFC 1WBKA 2WF4A 5OYRA 4Y5KA 5P6OA 5OZXA 5HU1A 2J9JB 5ER2E 5OZNA 3UQPA 3PRSA 5TOLA 5DQ1A 1YG9A 5P5BA 1EPLE 4RVIA 1K6CA 4Y50A 4DJVA 1TCWA 3OXVA 4Y54A 5P1AA 3SA9A 1NSOA 1BBSA 4HEGA 5OYVA 2QHCA 4I0EA 1D4KA 1ZPAA 2I0DA 2RENA 2VA6A 4DJWA 2B42A 1TW7A 5P1WA 3ZKGA 3VSXA 3ZKSA 2PK5A 4J0PA 4NJUA 4GJCA 3VEUA 1M4HA 3I6OA 1HVCA 5P6YA 3OQFA 3PGIA 5OZ2A 3NU3A 5P06A 1YT9A 1EC1A 2I0AA 2FDDA 3SA7A 5P2AA 3NDWA 3CIDA 5P1BA 1BDQA 1T7JA 3VFAA 4J1IA 3CICA 1GNMA 1VIKA 1K1TA 5OZMA 4Z2ZA 5P6MA 2IGXA 3VF3A 2R3TA 1ZPKA 4QJ2A 5DR8A 4FAEA 3KN0A 4XKXA 5P67A 2G94A 5P3QA 5OZUA 1EPQE 3OUCA 1MVPA 4Y3LA 4Y4AA 1HPOA 4EYRA 5P85A 5P7AA 3GGVA 1B5FA 3F9QA 2WEAA 3NXEA 1FIVA 4FRIA 3DUYA 2CEJA 1GVVA 1W5WA 4OD9B 4PZXA 2RSPA 2V13A 4R5NA 4L1AB 5P4PA 5P16A 1B5FB 2QD7A 1LS5A 4Y4XA 1QRPE 3UQRA 2XFJA 1GKTA 3UDQA 5SXNA 5P0KA 5P5VA 5P63A 1EBKC 5OZKA 5P32A 4YBFA 1W6IA 1SGUA 3O9EA 5P7PA 3I25A 3URJA 4NJTA 1U8GA 1G35A 3UDHA 4FE6A 5P3OA 3SLZA 5OZ9A 3ZKXA 1YM4A 2AZCA 3S43A 2B7ZA 1OHRA 1LYBB 4ZSRA 5P79A 3O9LA 4ZSMA 3UDJA 3D1ZA 4RCFA 1MRWA 4B05A 5P1GA 1MRXA 1RQ9A 2QMPA 1HSGA 1EPME 4ACUA 9HVPA 1PFZA 2F3EA 5P5FA 3TOFA 2ZJNA 3KMXA 3O9LB 4YD6A 2IENA 2OHTA 4ZE6A 3EL0A 3UDKA 3FV3A 4Y3SA 1YTJA 4XXSA 3GI5A 4Y3HA 1W5YA 4GZFA 3QRVA 1PSAA 4QJ8A 5DQ5A 4LC7A 1B6LA 5P0SA 3K5FA 5P4MA 1EAGA 4F76A 4LL3A 1IZDA 2IKOA 3SM1A 3TPJA 1Q9PA 1C6XA 5P7QA 1BVGA 3NDTA 5P25A 1PPLE 5P5NA 5P6UA 3RU1A 4YCTA 1IZHA 1OEXA 1W6HA 1MTRA 5P8AA 5P5RA 2XFKA 4GYEA 2I4WA 5OZCA 5P31A 3FNSA 2BPZA 4RROA 5P0XA 5P42A 3PWWA 5AHBA 5AHAA 5P3FA 3UQWA 5P75A 2NNKA 3UQXA 3WSJA 1A9MA 4J1FA 1NPVA 2QAKA 5P86A 5P5IA 2OHKA 1FQ8A 4J1KA 5P4TA 4RYGA 5KQYA 4Y4ZA 5P7EA 4KB9A 3PI0A 1HPVA 4OC6A 1MT9A 2XYEA 4J0YA 2JE4A 2R43A 2AVMA 3OXXA 6FIVA 4EPJA 5ISJA 2IGYA 5P53A 4OC6B 2FGVA 2WF0A 3JVYA 4CPXA 4Y3AA 2BBBA 3OHHA 2WEDA 1HVLA 5P8FA 5P3UA 2QZLA 2ZJLA 1UH7A 4TRZA 5P1PA 2B60A 2AVVA 1RPIA 5P5XA 2VJ7A 1SP5A 2BKSA 2V16C 3IXJA 3PBZA 5OZYA 5P5DA 5SZ9A 3EKXA 2QI0A 4DJPA 5DR0A 4YOBA 3UDYA 3GGUA 3O9CA 5P7JA 3IN4A 1LF4A 3QVIA 4JOOA 1E81E 3LIZA 1ZSRA 3HAUA 5OZ1A 4B0QA 6UPJA 5I3XA 5JODA 5P7WA 5HCTA 2CENA 2HAHA 3O9AA 3SA3A 1EC3A 3RVIA 1XL2A 5P2SA 4J0ZA 3INDA 5OZ0A 1AM5A 3INHA 5HU0A 3LINA 3PLDA 4S1GA 3R2FA 4EWOA 1YTIA 2P8HA 5P1TA 3VG1A 4I0IA 5P6DA 5P2TA 4NPTA 3HVPA 2ANLA 5KOSA 4QGIA 3HBOA 4CPTA 3NWQA 1HTGA 2MIPA 1EC0A 5P1MA 4Y48A 5P4SA 4Y3NA 1LEEA 4A6CA 1LF3A 3T7XA 3Q5HA 3KT2A 4DJUA 5P02A 4GB2A 5P1EA 5HVPA 4H3GA 3S54A 3IGBA 4HDPA 4L7GA 3PCWA 5P0AA 5DR7A 2ZYEA 5P2MA 5P7MA 3R1GB 3G72A 4R92A 3FIVA 5AH8A 5P8DA 2Z4OA 5P3LA 4WTUA 3L5DA 2AODA 2NMYA 2PSUA 2QHZA 5C9FA 5SY2A 2AOJA 3AIDA 1APWE 1PROA 3EM6A 3OGQA 4ZSQA 4YA8A 2PYMA 1XN2A 4HVPA 3U6AA 3WB5A 1RNEA 4FRSA 1ZBGA 5KQXA 1CPIA 2Q3KA 3IAWA 5P6AA 4XX4A 4Y3WA 4NJSA 4Y3JA 5P0ZA 4BEKA 2BKTA 4Y47A 4Z4XA 1JLDA 5P30A 4APEA 5P8PA 4J17A 4YD5A 3MSKA 4RYCA 2OHLA 4QJ7A 4OBZB 1HEFE 4CKUA 4NPUA 4BFDA 1IZIA 3LPJA 3SA8A 5P08A 5P12A 4L6BA 4A4QA 4I8WA 1BAIA 3PSGA 4Y5BA 2ER9E 2AOGA 1TQFA 3TH9A 1QDMA 3PLLA 2P4JA 4RVXA 3PSUA 3K5GA 2O4LA 4Y4BA 3EKPA 5OYXA 5P73A 2QU3A 3PWMA 5P3JA 5P4BA 1FMUA 5OZDA 1D4LA 3GW5A 5P4VA 1QBUA 4CPWA 5P23A 4I0HA 5P6SA 1GVXA 2H6SA 5OZPA 2HM1A 2PWCA 5P2ZA 3H0BA 3OOZA 1MSMA 5P6RA 4H1EA 2ER0E 7HVPA 2QD6A 3N4LA 5P5CA 3QI1A 5P4IA 3NUJA 3O9DA 1PSNA 3B7VA 2HB3A 1TSUA 3UDRA 4YCYA 4OBJA 2BPXA 2P3AA 3I2LA 4RCDA 2OHRA 3EKWA 5P7YA 4B78A 4Y37A 2ZJMA 3OUDA 2ZE1A 1Z8CA 4Y56A 5OZBA 5P3SA 1FKNA 5P04A 5P24A 1M0BA 2F8GA 2ZHRA 5P8IA 1DW6C 5P4RA 5P2BA 5OZGA 4JPEA 5DR3A 5I3VA 1NH0A 2P3BB 2NXLA 5P52A 4H3FA 4J55A 2VIYA 1OEWA 3HVGA 3SFCA 4Y5LA 3WZ6A 1ZAPA 3UDNA 1FQXA 5UPJA 2APRA 4Y5CA 1KJGA 1QBRA 5ENMA 5P2LA 3OQ7A 4Y3XA 5OZWA 3KFNA 1F7AA 1N49A 4Y57A 4Y3ZA 5T4SA 2I4UA 3OUAA 3QAAA 4B77A 5P2KA 1FFIC 4F75A 3S85A 2Q63A 5P88A 4I0ZA 4Y45A 3VCMA 3VLAA 5J25A 3OU3A 4DQHA 1BWBA 5P7VA 3UHLA 3OQDA 5E5JA 5OZQA 2RMPA 1SGZA 5P1NA 3KFPA 5DQ4A 3HLOA 3OADA 1AAQA 4DJOA 1XE5A 3R0YA 3OHFA 4Y39A 4B00A 2FMBA 4FSLA 4MC9A 2O4SA 3A2OA 4RCEA 4Y6MA 5P1JA 1MESA 3GI6A 1LZQA 2QI6A 2ZJJA 4R8YA 2AVQA 3KT5A 3L5EA 5HE4A 5HE7A 2QMDA 1ZJ7A 3IXKA 5OZZA 2FS4A 4I0DA 4CP7A 1FQ6A 5P6LA 4OBFA 5P4CA 3SKGA 4QJAA 5P7XA 2OHMA 4AA9A 3NSHA 5P7DA 1MUIA 4TRYA 5P0WA 3S8IA 5P8GA 4YCKA 2WF2A 2ZJKA 5OZLA 3K5DA 5P7KA 3LIQA 2R5PA 4DPFA 1XE6A 3EMYA 1LYAA 4GJ5A 3ZKIA 1G2KA 3CKRA 3OAGA 5IS4A 4OBHA 5P8BA 4Y3FA 1AJVA 5HE5A 5P5GA 4CPQA 3KFRA 1K6TA 1A8KA 5COKA 4I12A 2HPFA 2IRZA 3O9GA 5P36A 1HIHA 2ZJIA 5HDUA 2G21A 5P0QA 4FRKA 5P6CA 4R93A 3S2OA 3BRAA 3KYRA 3BGBA 5P6BA 3O99A 3ZKMA 1T7KA 5P38A 3LNKA 4Y51A 4R91A 4DQGA 3S56A 5AH6A 1FEJC 5P1HA 5P0GA 2QZWA 5OYZA 1B6MA 5P0LA 5P7GA 5P39A 4DI2A 5P29A 3WZ7A 5I3WA 4FAFA 4FRJA 1PPKE 3C9XA 1ME6A 5ER1E 3OXWA 5OZJA 3MSLA 1IVQA 4PYVA 1EPOE 1OD1A 3SM2A 4OBDA 1ODXA 4FM7A 5P5YA 5DGUA 4Y5PA 2NXDA 2G1RA 2FXDA 2V11C 4DH6A 1UH9A 5P1ZA 4D88A 4EJ8A 1F34A 3QVCA 5IVTA 3VFBA 4IVSA 5P6EA 2QD8A 5AH9A 1BV7A 1DIFA 3QRSA 5OZSA 5CONA 3GI4A 5P1YA 3EC0A 1D4JA 5P4DA 4JP9A 3ER3E 2O40A 2G1NA 2VS2A 5KAOA 4AUCA 3RTHA 5P8TA 3QRMA 3TL9A 2HB2A 4DJQA 4RRNA 3NDXA 5P47A 3OK9A 4EJDA 3S43B 4Y5MA 5P71A 4DQFA 2Q11A 4FM8A 3TKGA 5P05A 3K4VC 5P4XA 5P83A 3KDCA 5I70A 1LF2A 1E82E 5P2UA 5P49A 2AVOA 4DQBA 4M8YA 4K4RA 5P07A 4EJLA 5P62A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Z1R A;  1DPJ A;  5P65 A;  1XN3 A;  1HWR A;  4PZW A;  4Y4J A;  5P3E A;  4UPJ A;  3JVW A;  3PWR A;  5P2C A;  2JYS A;  5P1F A;  4Y3Q A;  1AZ5 A;  5P2H A;  3FX5 A;  2O4N A;  3BVB A;  5KR8 A;  2ZDZ A;  3O9I A;  1HTF A;  3O9F A;  5P2J A;  4KE0 A;  4Q1X A;  3NU4 A;  2OHQ A;  2QI4 A;  1YM2 A;  5IE1 A;  3CKP A;  5P0N A;  5P5J A;  3OU4 A;  2OHN A;  3JW2 A;  1KJF A;  1LV1 A;  3BXR A;  4D8C A;  4AA8 A;  5B18 A;  1A8G A;  3RTN A;  3UDM A;  5P5E A;  3NLS A;  3OU4 B;  2AOH A;  2PC0 A;  5P5P A;  5P34 A;  1AXA A;  3INF A;  4PHV A;  1W51 A;  3SO9 A;  3SA6 A;  5P4F A;  2IEO A;  2FNT A;  5P3A A;  4Y3T A;  5HDV A;  1KZK A;  3L58 A;  2VA5 A;  3MSJ A;  2AZB A;  2ZJH A;  2AOC A;  5JFP A;  1GVU A;  3BUH A;  3PEP A;  3ZL7 A;  2NMZ A;  4DJY A;  4OBG A;  3HZC A;  2B8V A;  2B8L A;  5OZH A;  4CPR A;  2VNM A;  3KMY A;  5IVR A;  3VV8 A;  3EL9 A;  2VJ6 A;  5P43 A;  5P1U A;  1FQ4 A;  4Y35 A;  1KJH A;  3ZPU A;  5P89 A;  1APT E;  5P3B A;  5ENK A;  5OZ5 A;  2BQV A;  4QLH A;  1MPP A;  1HVK A;  4QJ6 A;  4TRW A;  5P7U A;  2JJJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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