3SA4A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af72
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa4A00
5DR0A 5P0ZA 3B7VA 3L5CA 5P0QA 3OXWA 1FMUA 4Y3WA 5P2CA 4A6CA 2WJOA 3QVIA 3DK1A 5C9BA 5P1WA 5P32A 2AOEA 1SDTA 2RKGA 1SGZA 4AZYA 5P1OA 2EWYA 4ZE6A 3VYEA 1FG6C 4RCFA 4Y47A 1NPAA 3AUPA 5OZ1A 5FIVA 5P7MA 4J5JA 5BRYA 3D20A 1ME6A 2VNNA 4Z50A 4RYCA 5P0LA 1E5OE 3LIYA 3UDYA 1K2BA 2AZBA 2WEBA 2R5QA 3LIXA 4YCKA 2F81A 4D89A 4A4QA 5C9FA 5P4WA 5P7YA 1GVWA 3EL1A 3IXJA 3OTSA 5P05A 4I1CA 5AHAA 3KMXA 3S7MA 1T3RA 4N00A 5OZ9A 2F3FA 3EKPA 2WKZA 3PEPA 1W6HA 1M4HA 5P88A 3URLA 1HPVA 3I2LA 3L5DA 4IVTA 3TTPA 5ENKA 2ZHSA 3UHLA 3K4VA 4DQEA 5P1KA 3NSHA 2OHKA 4D83A 1QBSA 2HPFA 4GJ7A 3L59A 5P5RA 2J9JB 8HVPA 1MEUA 3TPRA 3PWWA 3IN3A 5P7NA 3OHFA 4TVHA 5P0HA 2VA5A 5I3VA 2HAHA 5P0GA 1VIKA 4EWOA 3GI6A 1FMBA 5P5AA 4AA9A 4GIDA 4OBGA 2PYNA 1W50A 1ODXA 3APRE 4TVGA 2I4VA 5P4ZA 5P84A 3O9EA 3ZL7A 4Q1WA 3LIQA 5P6SA 3T7PA 3VV8A 5P2ZA 1QRPE 5P6KA 2IEOA 4NJTA 1A8GA 2V0ZC 5P3CA 4J1HA 4EP2A 3M9FA 5P8PA 5SZ9A 1LYBA 1F34A 4Y3HA 2B60A 4FM6A 1K1UA 5P7BA 2QD6A 4Y5MA 4XX3A 5OZKA 4YBIA 5DPZA 2OHUA 2NNPA 3CICA 1E82E 5P3XA 2F80A 5IVQA 1CPIA 4Y5PA 5OZAA 2HM1A 3VEUA 5OZGA 5EZXA 3GI5A 1IDBA 4EJ8A 1HVLA 2I0DA 5P7HA 2UPJA 3EKWA 3I7EA 5OZMA 4I0EA 5P2RA 1AM5A 1FB7A 3UDQA 4Y5NA 2I4XA 5OZYA 3KF0A 3K5CA 4Y3SA 3A2OA 4EYRA 4U8WA 4ACUA 2OHSA 4Q1YA 4JECA 5P4JA 2XYEA 3SA3A 3TH9A 1Z1RA 2O4PA 2BKTA 1HVRA 4YD5A 2UXZA 3TKGA 3IVHA 2QNQA 4Y38A 2NXMA 5P4LA 2ER0E 2O4LA 3ER5E 3NLSA 4DV9A 3SA8A 3OQFA 3SFCA 5P54A 5P6ZA 3OADA 5P39A 1EEDP 2BPZA 3WB4A 5P75A 3VYDA 2O4SA 1C6ZA 2QZWA 2G1SA 1BVEA 5P2TA 5P5BA 3QRVA 5P0FA 3OOZA 4Y4UA 2R3TA 2WF4A 4K4QA 5DR8A 1KJFA 2Z54A 2G26A 3PHVA 2QU2A 2V12C 3RTNA 4PZWA 1LF2A 2VIJA 3VV7A 3INDA 2G94A 1AVFA 5IS4A 2FXEA 2AVVA 3SM2A 1PPME 2AIDA 3VLBA 5P06A 3VF7A 5P3DA 1LYWA 3OWNA 5P07A 4I0FA 1A94A 2NR6A 3OY4A 4JOOA 3ZKSA 5HCTA 5DQ1A 1EC1A 4RLDA 1HIIA 4J1FA 3TOFA 4J1EA 1XN2A 4EJKA 4Y5AA 3OUBA 1BV7A 3H5BA 1GVVA 4WY1A 4Z4XA 1TW7A 3HDKA 5P2NA 5P7UA 1BXQA 5P7TA 2HS1A 5P46A 1GKTA 3JVYA 1LYBB 3NXNA 4Y5BA 5P6RA 1SDUA 5P4AA 4D88A 2PSGA 2I0AA 3UQRA 1BXOA 5P7QA 2AOHA 4HLAA 4J54A 3G72A 1RPIA 4RVIA 1J71A 2OF0A 5P12A 4Y58A 5C9DA 5AH7A 2JJIA 3OAGB 2AOJA 5P1SA 4NPTA 4ZPGA 3BVBA 4DQHA 3S8IA 1FEJC 3OU4B 1MT9A 3ZLQA 2QI1A 3D91A 5P52A 3RTHA 3T6IA 2FGUA 3QS1A 3LNKA 4Y48A 5P42A 2G1RA 1QBRA 1DW6C 2BPXA 3SLZA 3NDWA 4FAFA 1ZSFA 2VIYA 4FRIA 3U7SA 2O4KA 1QS8A 4RCEA 5P5YA 1UPJA 1ZPKA 4BFDA 5P85A 4R95A 4ZEAA 3DV5A 2BQVA 3DM6A 4L6BA 5P5VA 2ER7E 1SIPA 4X2LA 4CPQA 3FV3A 4LP9A 4F74A 4CP7A 1HBVA 3QP0A 4DUSA 1NPWA 1OEXA 2Q55A 2FNSA 2UY0A 3O9LB 4HDPA 5AH6A 3NWQA 1IBQA 5P6YA 1IZDA 3VFBA 1NPVA 5P87A 2V10C 1EC3A 4I0DA 1ENTE 5P0SA 3SM1A 5KR2A 4Y5CA 4RRNA 3QVCA 3ZMGA 3ZKMA 4DPIA 1LYWB 4B70A 5P5SA 5BWYA 2A1EA 4Y9WA 5P36A 3OGQA 3VSWA 3S7LA 4Y4BA 3F9QA 4FE6A 3Q5HA 4R5NA 3MWSA 4GJDA 2PSVA 3S85A 4Y3EA 2JE4A 1APWE 1PPKE 3OQKA 3Q70A 3LPIA 5P5NA 3WB5A 5P20A 5P08A 5P29A 2OHPA 1HHPA 5P6EA 4DH6A 3SO9A 5P3TA 5P4PA 5P6MA 2R38A 4J1KA 5P80A 1MIQA 5IE1A 5P1CA 3KT2A 3UFLA 3CYXA 4PEPA 3S43B 1EPQE 4GJ9A 1APUE 1C6XA 4B05A 4Y44A 5P8HA 1META 4LHHA 5P4QA 2XFIA 3CIBA 3D1XA 3PWRA 4RRSA 4EJDA 3UPJA 5P2SA 3NUJA 4Y4JA 2R43A 5P4RA 3OU3A 1G0VA 5P6GA 2G24A 3GGAA 4DJUA 3I6OA 2OHTA 3MXEA 4FLGA 4DJOA 5SY2A 7HVPA 1A30A 4HA5A 2AVSA 5AH9A 4L1AB 2G69A 5OZ4A 3OUDB 5P8BA 5P50A 4CPWA 1TSUA 2B8VA 5P6TA 1K6TA 5P0KA 5P56A 1GNMA 4OBZB 4X7IA 1MRWA 5P7JA 1XE6A 1D4IA 5P70A 4Y5KA 3QAAA 1XL5A 4YE3A 1SIVA 4OC6A 3PWMA 1GVUA 2ZHUA 3EKQA 5P0YA 4OD9B 3KA2A 3NU4A 2Q11A 3UQWA 5F00A 5P78A 2QI4A 4FAEA 2QHYA 2BJUA 1NSOA 5KQXA 1B5FA 5P6NA 5P3YA 3URJA 1FFFC 3BGBA 5P6WA 3OXVA 3IXOA 4RZ1A 3QIHA 3FIVA 5P3OA 5P0AA 5P63A 5P1YA 4H3IA 2IKOA 3KFNA 4GJ5A 4L7GA 1HSIA 3ECGA 3BUGA 2QCIA 5E5JA 4MC1A 5KAOA 5P28A 2WEZA 2PC0A 3BHEA 3GW5A 2O4NA 2CEJA 5P51A 2FDPA 2QK5A 3CKTA 5P5WA 3BRAA 5P0JA 3UDKA 5P1ZA 5B18A 1FQXA 1TSQA 1W5YA 4Y4DA 5P2QA 1YTHA 2VJ7A 3O9CA 1QBTA 3SPKA 1KJHA 3NDXA 4EPJA 5P5UA 2P3AA 3R0YA 1HOSA 1W5WA 2WF2A 2QI0A 4I12A 3K5DA 1W5XA 1D4JA 3VLAA 5ER1E 3GI4A 5P0BA 3IXKA 2ER9E 4YDFA 6UPJA 5OZ8A 3C9XA 5P45A 1AJXA 1MT8A 6FIVA 4I0HA 5SXNA 5P6DA 2ZJHA 2RKFA 4B72A 1MSNA 2VJ9A 2WEAA 1QBUA 1G35A 4GJCA 5P23A 2P3DA 1KJGA 4OBKA 1SDVA 4Y37A 5P5IA 3T7XA 5P0WA 3VF5A 5P5MA 3URIA 2VNMA 4Y56A 3KDDA 1HXBA 4K4RA 3QRSA 2IGYA 3ZPSA 2B7ZA 4FSEA 4A6BA 2PYMA 1Z1HA 3L5BA 5P0VA 5DR7A 3ZPUA 4OBHA 1B11A 5P48A 5P3AA 4DQGA 3INHA 1UH7A 4CKUA 3IAWA 3Q6YA 4NJSA 5P6FA 4DI2A 2G1OA 1JLDA 4WY6A 5P1XA 3O9HA 5P86A 3TLHA 3HVPA 4OC6B 5P3BA 1HTRB 4B1DA 2B8LA 5P1JA 2AZCA 5OZNA 5P0DA 5P1TA 3FX5A 5P00A 2ER6E 4B0QA 1C70A 1YG9A 5HDZA 5P3RA 2ZHTA 4GYEA 4Y6MA 1RV7A 1B5FB 1YM4A 3CYWA 3SAAA 5P44A 5P30A 2IS0A 2IKUA 3KDCA 2G20A 1BILA 1IDAA 2PSUA 4ZSQA 3LZUA 3L5EA 3S2OA 2Q5KA 5DQ4A 1IZIA 4DJRA 4Y3ZA 1EBZA 4R91A 5P15A 5P8UA 3INEA 1APTE 5OYVA 3FKTA 2MIPA 4YBFA 5P2DA 5P8OA 2BBBA 3FNTA 4PHVA 1TCXA 2P3BA 3PLDA 4YD6A 1MPPA 3KN0A 4J0ZA 4J1CA 4LXMA 5P4DA 3HVGA 5HD0A 5OZSA 2XFKA 4BFBA 2QZXA 3PI0A 5P2FA 1VIJA 3EXOA 1WBKA 2I1AA 2AVMA 3KYRA 4GJAA 1KZKA 2V16C 1HEFE 5P1NA 1NH0A 3QBHA 5P7ZA 4XX4A 5P6XA 4GMIA 3TPLA 1MESA 5P3EA 4Y4TA 5P34A 1HPOA 3R1GB 2IENA 4Y4WA 3PLLA 5OZ2A 4Y3QA 2AVQA 4QGIA 2PK6A 5P5HA 2NNKA 4Y43A 3PVKA 3VCMA 1D4YA 3UFNA 1T6EX 4DVFA 5P16A 2FXDA 2QD8A 4B00A 7UPJA 1YTJA 3VV6A 5P58A 5P2YA 3UQXA 5OZEA 3OUAA 4CPSA 5P55A 4H3JA 5P81A 4GZFA 4Y4XA 5P7RA 3EM3A 1BIMA 4Y3NA 2RMPA 5P5TA 3NU3A 3RSVA 2OHMA 3DOXA 4L7JA 1GVXA 1EPME 4NJUA 4YCTA 5P5KA 1DIFA 5HE4A 5P2UA 4Y3FA 4Z2ZA 4GJBA 1FLHA 5P17A 5P1LA 3OXXA 3QN8A 2F3KA 5OZ3A 5OZUA 4CPTA 2PQZA 5P5JA 4J0TA 4CPXA 4ZPFA 5P83A 5P0OA 3OQ7A 3QROA 4Y3XA 2BPVA 1K2CA 5P72A 2I4QA 5HDVA 5P65A 4DJQA 4I0JA 1FFIC 1PSOE 1APVE 2P8HA 1D4LA 3GGXA 5P5ZA 5JG1A 2ZJMA 4Y54A 5OYSA 4Y45A 3N3IA 4EQJA 1WBMA 2ZJNA 4OBFA 1FQ4A 5CLMA 3SACA 4QJ2A 2WF1A 5P6QA 3UCBA 4Y3AA 4EXGA 1B6PA 4ZPEA 5P0IA 4AMTA 2G21A 3ZKGA 4YD7A 3VG1A 2G1YA 5P8SA 5OZTA 4YDGA 4NKKA 1K6PA 4KE1A 5P7VA 1EPNE 1YT9A 2QI3A 5P66A 3EKTA 4H3FA 3BUHA 5OYTA 5DQ5A 5P6PA 4K8SA 5P35A 2I4DA 2AOCA 3VF3A 3VSXA 5P60A 5E5KA 4Y3MA 1AJVA 4EJLA 2FDEA 4FM8A 5P4YA 1A9MA 4AUCA 5P2LA 4RGHA 1HXWA 1EC2A 1HTEA 3LINA 3Q4BA 2IL2A 3LIVA 1HPXA 1XS7D 5P2HA 5HDUA 5P59A 1UH9A 5P0TA 4QJ8A 4Y41A 3U6AA 3L38A 3HAUA 3I25A 1TZSA 4ZIPA 5P26A 2AZ8A 5KQZA 2ZGAA 4PYVA 5P19A 5JFUA 4U7VA 4JPCA 2HB4A 1EC0A 1W6IA 4ER4E 5P67A 3OADB 3QRMA 1XN3A 4GJ6A 5COKA 5ER2E 1YM2A 1EPPE 4B77A 3KDBA 4FL8A 4GJ8A 2AOGA 5P7CA 1HVSA 3O9IA 4Y3RA 5P01A 3PBDA 3PCWA 1OD1A 3SQFA 2V00A 3CKRA 3SA4A 3D1YA 2WF0A 4S1GA 1PPLE 2Q15A 5P7OA 5P8FA 3DJKA 1M0BA 5P4IA 4ZSMA 4HEGA 1RL8A 4GB2A 4Y4EA 3NXEA 5P3JA 1ODYA 5P0CA 4FM7A 1K6CA 1FG8C 5OZJA 5P2GA 3PCZA 5P4TA 2PH6A 1MVPA 2QAKA 4TRYA 3L5FA 4RROA 3OK9A 1CZIE 5HU1A 4ZSPA 1ODWA 1ZLFA 3GGUA 2FMBA 4Y3DA 4B1EA 5P1UA 3BC4A 5P40A 2BB9A 5P4FA 1MTRA 1EAGA 4Y39A 1B6KA 3UQUA 1EPLE 2WEDA 5P5QA 3EL4A 3VUCA 1LYAA 2FGVA 3N4LA 1YX9A 5OZWA 4I0ZA 1Q9PA 5P6IA 1Z8CA 5P11A 5P82A 4D85A 1HTFA 5OZXA 5P3PA 5P2MA 4QJ7A 3JVWA 5P73A 4F76A 5P8RA 5P8QA 5DGWA 3T7QA 2ZHVA 2QNPA 3EBZA 3D1ZA 5P2OA 1EBWA 5P4HA 5P5EA 4Y5EA 3DUYA 3O9GA 2R5PA 1ZAPA 1W5VA 2QP8A 5UPJA 3RTMA 3AIDA 3NU5A 3OUCA 4DJVA 2NTRA 4B1CA 2QMPA 1FQ6A 2Q3KA 5P8TA 4LC7A 5OZ0A 5OZIA 4TRZA 2AQUA 4I11A 3OTYA 5P7LA 1BDLA 3NWXA 5P8KA 5P0EA 3CKPA 3HBOA 2JXRA 5CONA 3FSMA 3L58A 5JODA 1E81E 3APPA 4J0YA 4LXAA 1KJ4A 5JFPA 5P8NA 4RCDA 5P4VA 4NJVA 5COPA 1GVTA 2HPEA 5P43A 5P3VA 1SMEA 2ASIA 2F8GA 5KR8A 1DP5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR0 A;  5P0Z A;  3B7V A;  3L5C A;  5P0Q A;  3OXW A;  1FMU A;  4Y3W A;  5P2C A;  4A6C A;  2WJO A;  3QVI A;  3DK1 A;  5C9B A;  5P1W A;  5P32 A;  2AOE A;  1SDT A;  2RKG A;  1SGZ A;  4AZY A;  5P1O A;  2EWY A;  4ZE6 A;  3VYE A;  1FG6 C;  4RCF A;  4Y47 A;  1NPA A;  3AUP A;  5OZ1 A;  5FIV A;  5P7M A;  4J5J A;  5BRY A;  3D20 A;  1ME6 A;  2VNN A;  4Z50 A;  4RYC A;  5P0L A;  1E5O E;  3LIY A;  3UDY A;  1K2B A;  2AZB A;  2WEB A;  2R5Q A;  3LIX A;  4YCK A;  2F81 A;  4D89 A;  4A4Q A;  5C9F A;  5P4W A;  5P7Y A;  1GVW A;  3EL1 A;  3IXJ A;  3OTS A;  5P05 A;  4I1C A;  5AHA A;  3KMX A;  3S7M A;  1T3R A;  4N00 A;  5OZ9 A;  2F3F A;  3EKP A;  2WKZ A;  3PEP A;  1W6H A;  1M4H A;  5P88 A;  3URL A;  1HPV A;  3I2L A;  3L5D A;  4IVT A;  3TTP A;  5ENK A;  2ZHS A;  3UHL A;  3K4V A;  4DQE A;  5P1K A;  3NSH A;  2OHK A;  4D83 A;  1QBS A;  2HPF A;  4GJ7 A;  3L59 A;  5P5R A;  2J9J B;  8HVP A;  1MEU A;  3TPR A;  3PWW A;  3IN3 A;  5P7N A;  3OHF A;  4TVH A;  5P0H A;  2VA5 A;  5I3V A;  2HAH A;  5P0G A;  1VIK A;  4EWO A;  3GI6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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