3SA6A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af71
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa6A00
1UH9A 3VYFA 1JLDA 3NDWA 4DVFA 1EAGA 3D1XA 1K6PA 4GZFA 2P83A 5KR2A 5P1DA 5P16A 5P20A 1AXAA 5P7CA 2ZYEA 2R5PA 5P5OA 1A8KA 3CKTA 5P8KA 5P58A 5P32A 1ZSRA 4GJCA 4MC9A 4ZPGA 5P61A 4Y4XA 5EZXA 3WZ7A 3ZKSA 1HVKA 3KDBA 5P6KA 4F75A 2PH6A 3NDXA 3K5DA 5P7HA 4RVJA 4Y5PA 5P09A 3JW2A 3L59A 3WSJA 2QMFA 5SZ9A 3O9CA 5OZBA 3JVWA 2JJJA 5OZFA 3S2OA 5KR8A 3SA5A 4DV9A 2FGVA 2RENA 3UCBA 2G20A 3O9IA 5P8HA 3U7SA 1B6JA 3IAWA 1QBUA 2G24A 3Q70A 3FNTA 4AA8A 5P80A 4BFBA 5P1FA 4FIVA 2AOHA 4FRIA 2AZBA 2WF0A 1FQ4A 5DQ5A 2ZHVA 1U8GA 1B5FB 2QI3A 3OWNA 3HVGA 4Y4AA 5P5TA 5P5FA 2B8LA 2IDWA 3L5BA 4HE9A 4S1GA 3QRMA 4CPQA 6APRE 1HIIA 1MT7A 5P4FA 5OZ4A 2VIJA 3DJKA 4A6CA 4GB2A 5P3MA 3VFBA 5P6CA 5P41A 4Y5KA 1K6TA 2ZJNA 4HZTA 2G27A 2QNQA 4Y4JA 3GGUA 3UFLA 2XFKA 3UDMA 2V12C 1SDTA 5P6RA 4GJDA 1B6MA 2G69A 5P3AA 4LHHA 5P2FA 1D4LA 3OHHA 1A9MA 4L7JA 3OK9A 5P86A 5P3BA 3NU3A 5P3UA 5P14A 3URIA 5P54A 2ZJIA 5P4XA 5J25A 3CKRA 4Y5AA 3OU1A 5P47A 4QJ9A 3OGQA 4ZPEA 4LL3A 3D20A 5OZCA 4EHCA 1K1UA 3T7XA 2PH8A 4I0FA 5P3PA 2VIZA 4EQJA 4WY6A 4J1EA 4AMTA 2F81A 4I8ZA 2Z54A 2ZHRA 4NPTA 5OZZA 3FX5A 1EPNE 3ZKIA 5OYQA 3NWQA 4Z22A 1F34A 1CZIE 1YTIA 5P83A 1AM5A 5COOA 5P37A 2P3DA 2Q3KA 5P4LA 4NJSA 5P3YA 5P5RA 3KFPA 3PB5A 3D3TA 2O4SA 5PEPA 1HPSA 3EL5A 3GGAA 3S45A 1W51A 2RKGA 3SKFA 3L5EA 3R4BA 5P2DA 3UTLA 4WY1A 5P3SA 2WKZA 4LXAA 2I4XA 5P0CA 1EC2A 5ISKA 5P84A 4HDPA 5OZ8A 4A4QA 2QD7A 4APEA 2BB9A 3RSVA 4BEKA 4ACXA 5OZRA 3VCMA 1LYBA 1A8GA 5P2AA 2AOGA 3L38A 3HZCA 4OC6A 2NNPA 5P17A 5OZSA 4J1CA 4I0EA 4Y3NA 5OZXA 5CLMA 5COPA 1LF3A 1AJVA 1D4HA 4M8YA 3UDRA 4R92A 5OZKA 2FXEA 2V13A 3ZKMA 4Y6MA 3AIDA 3MSLA 4FGXA 4Y3LA 1KJHA 3FV3A 2QMGA 4TVHA 3UQPA 2ZJJA 2FNTA 4QJ7A 4YD5A 2I4DA 1BWBA 1MUIA 4Y57A 3WZ8A 1APWE 3KYRA 5P45A 4Y35A 3UDNA 5P2QA 5P3TA 1E81E 9HVPA 2G22A 1QBRA 1RL8A 4M8XA 5KQYA 4D83A 5CONA 5P5DA 4RVIA 1YM2A 5KQFA 3TOFA 2G1YA 5OZ0A 3OOTA 4RYCA 1LYAA 1HVLA 1DP5A 3VYEA 2HB2A 4RCFA 4DJOA 2AQUA 3GI4A 3U6AA 5P4MA 1FQ7A 1LYWA 4QJ6A 1T6EX 2IGXA 4Y3MA 3SABA 4Q1NA 4OBGA 3SM1A 7UPJA 4Y3QA 5P3KA 4YE3A 4D88A 4IVSA 3WB4A 5ER1E 1PPLE 1QBTA 2BPVA 4MC6A 5OYUA 5P2TA 4CPXA 5P2CA 3VFAA 5AH8A 3FIVA 4J0ZA 5P28A 4ZIPA 4EP2A 4Y3XA 2J9KA 1IVPA 1D4YA 1MESA 1LS5A 5P0JA 4J0PA 1WBKA 4L7GA 1AJXA 4JPCA 1A30A 2ER9E 5P4AA 2QU3A 4GJ9A 2XFJA 4Y5EA 4UPJA 1T7IA 4ACUA 4Z50A 5OZMA 2Q11A 3INFA 4OBKA 2HS2A 4GIDA 1ZLFA 5P1WA 5P8IA 4Y51A 1RQ9A 3PMUA 3DV1A 3K4VC 3KMXA 4ER2E 5P7RA 5P5PA 1XE6A 3LZUA 2BPZA 3L5FA 2FMBA 5P0ZA 3OOZA 1BVEA 3TKGA 2QZLA 2CEJA 2BPXA 1T7JA 1HTGA 3O9FA 2OHNA 3LZSA 5P3FA 1LV1A 1ZPKA 5P1VA 4HVPA 1DPJA 1BDRA 2QK5A 3UDQA 4I0ZA 5HDUA 5T4SA 3OY4A 1SMEA 4OBHA 5P7GA 4GJAA 1AZ5A 2IENA 5P4DA 1UH8A 1PPKE 5P1PA 2NXMA 2IKUA 5P6NA 5P62A 5P0KA 3BVAA 5DR8A 3VLAA 1KJ7A 2PQZA 5OZ1A 3BXRA 5P8VA 5OZIA 2ASIA 1EEDP 1ZP8A 3O9LA 4H3IA 1HEFE 3Q4BA 5P1XA 5P43A 3S53A 1HVCA 3Q6YA 1GVXA 5P3LA 2VA7A 3N4LA 2FDPA 3NYGA 5P1IA 2R43A 2IL2A 1D4IA 1E82E 1FMXA 3UDPA 5E5KA 5IVTA 4YBIA 5P46A 5P7NA 4TVGA 4Y43A 5P66A 5DQ1A 3EKWA 3G72A 1FLHA 3BHEA 1PSNA 3ZOVA 2ZDZA 5I3XA 5P6AA 2BPWA 3LIYA 1NPVA 4YBFA 3GGXA 1RPIA 2OHQA 3SA6A 1K2CA 3OXCA 4CKUA 2QI0A 5P6YA 2AVOA 5P12A 5P0WA 3IN3A 5P8FA 1Q9PA 5P3GA 2P3CA 3EM3A 1XN2A 4FRJA 3SA7A 5P71A 1SIPA 2G1NA 5OZHA 5P1NA 1PSAA 3FSMA 3URLA 5P3EA 5OZ6A 3PEPA 2Q5KA 5IS4A 4YA8A 1NPWA 5P11A 3QAAA 3OXWA 1SDVA 5P68A 4Y5GA 3G6ZA 5OZAA 4J17A 5P0QA 5OZUA 2UY0A 5P7DA 4EJKA 5P0PA 5OZGA 4K4RA 5P2RA 3S8IA 3GI0A 4Y5CA 2BJUA 4YDFA 1Z1RA 5P27A 3HLOA 2ANLA 3LIZA 3UPJA 3IVIA 1CMSA 5DGWA 3VUCA 1BBSA 4RYGA 1YM4A 3OTSA 4FAFA 3KA2A 5P24A 5P6FA 5OZPA 2Z4OA 5P0VA 3RTNA 3MXEA 3SACA 1ER8E 5P1YA 2FGUA 1FB7A 2BBBA 2R9BA 2JYSA 4Y45A 4EP3A 5HU1A 2BQVA 5UPJA 5OZ2A 4CPRA 4R8YA 5I3VA 5P3CA 4Y3HA 2I4WA 5OZVA 3VF5A 1M4HA 2O4LA 4YCYA 4ZSPA 5IVSA 3DM6A 1APVE 3OAGB 5DR0A 4Z2ZA 1AIDA 5P8OA 5I3YA 5OYVA 1MIQA 4QGIA 1IDAA 1BWAA 2NMZA 5P7LA 1MPPA 1DMPA 1HBVA 5P4HA 4APRE 5P6SA 3URJA 1HVRA 4EWOA 4F74A 1C6XA 5P6VA 2QHCA 3MXDA 5OZOA 4FRSA 4ER1E 3DOXA 5P65A 2AVQA 3DCKA 1MT8A 5P31A 5OZ5A 2V0ZC 1B6KA 5P8PA 2B42A 5P2NA 3RVIA 5P5UA 4KE1A 5P50A 3TTPA 2AVMA 5P6QA 1SGZA 4J1HA 2HC0A 2EWYA 5P0UA 5P7VA 1HOSA 1KJFA 2BKSA 1GNOA 4DJRA 1NSOA 5P2VA 3EKQA 2I1AA 2Q63A 4RCEA 3OQDA 1HIHA 5HDVA 5OZWA 5P0XA 3OU3A 4ZSMA 4NKKA 5P2ZA 2UPJA 3UDHA 5P1UA 5P8GA 4Y3SA 3K5GA 5P6BA 2ZJMA 5OZNA 5P1TA 4B00A 2ZHSA 3OTYA 4RGHA 5P69A 1G6LA 3S43B 4OBJA 3LHGA 1HWRA 1FQ8A 1META 2UXZA 1IZEA 3INEA 3PSUA 5ENMA 5P73A 2QP8A 4I0GA 2PYMA 1W50A 5P8QA 3K4VA 1YX9A 5P6WA 3CKPA 2PSGA 1WBMA 4DJXA 5OYZA 5P2EA 4JP9A 5HE7A 5P4CA 2VIYA 1G0VA 1HEGE 3KFSA 2I4VA 5P0HA 5P5WA 2FXDA 4DJPA 4RZ1A 1HSHA 1XN3A 2HB4A 5P7FA 4AZYA 2XFIA 1KJ4A 2PWRA 4XX4A 5OZ9A 3CIDA 4EJ8A 3EXOA 2JXRA 2ZJKA 5P2BA 5IVQA 4H3FA 2OHUA 2VIEA 5DPZA 1MVPA 1VIKA 1HXWA 3PWMA 5P7MA 2P4JA 5P36A 1VIJA 6FIVA 4AUCA 4MC1A 4Y3DA 5P6LA 3KFNA 5P19A 2AOJA 5B18A 3NUOA 3KMYA 3QROA 5P8AA 1A94A 1HXBA 5KQZA 1IBQA 3EKTA 4Q1XA 1AVFA 4D8CA 3BRAA 5P6GA 1TZSA 1HVJA 3L5CA 4K4PA 4Z4XA 2WJOA 3INHA 1FF0C 5P67A 2QHYA 4ZSRA 3ZPUA 1FMBA 3LIXA 4FSEA 4Y4WA 1BVGA 1LEEA 5P8RA 1K1TA 2NNKA 3VG1A 2AVVA 3PMYA 3SM2A 4GJ6A 2VS2A 2RSPA 4KUPA 2ZJHA 3SKGA 3OQAA 3HD8A 4DJUA 4Y3ZA 4YHQA 5KOSA 3M9FA 3I6OA 1K6VA 1FFIC 1LZQA 2ER7E 2NTRA 2OHKA 2P3BA 3VF7A 2QI7A 4COEA 5I70A 5P0FA 4Y54A 3CYWA 3T7QA 1BIMA 5P4YA 1CPIA 5P5SA 3NDUA 4YD6A 3R0YA 3CIBA 5P7UA 2AOEA 1HVSA 1K2BA 1XS7D 3QVIA 5P02A 5HCOA 3APRE 4TRZA 4DPIA 2IRZA 3ZKNA 3QRSA 4JOOA 3VLBA 4Y3RA 3IGBA 3VEUA 5E5JA 5P5ZA 1EC1A 5HDXA 2R38A 1HTEA 3LINA 4WTUA 4CPSA 2AVSA 1DW6C 2FS4A 5P4BA 4Y4GA 5P30A 3DV5A 5P8UA 1FKNA 3UQUA 1EPPE 2ZJLA 4I10A 5HVPA 3TLHA 5P87A 5P3HA 4Y5MA 4GYEA 4ER4E 2R3TA 5P4GA 5FIVA 5P8MA 3VV8A 2IEOA 4Y4TA 3IVHA 3BUGA 2AOCA 1FIVA 5P08A 1QS8A 3ZL7A 2VNNA 3KFRA 1HTRB 3R2FA 5EZZA 5P2GA 4K8SA 5DR7A 5P3WA 5P89A 1GVUA 5P4ZA 5OZ7A 5P39A 1AAQA 4YOBA 5P2MA 1GKTA 3EKXA 2PK6A 2B7ZA 3VYDA 5P6UA 2OHMA 2G26A 5P05A 1YTJA 3S85A 1ZSFA 5HDZA 2VJ9A 3EL0A 5P2WA 5P5EA 3OAGA 3ER3E 5P8TA 5P0EA 5P6HA 1ENTE 5P7SA 3IA9A 1FG8C 3SA3A 3NU5A 1DAZC 1GNMA 4B1DA 5C9BA 5P22A 2VA6A 4Q5MA 2Q15A 4Y58A 3BVBA 3NU4A 4FCOA 1BAIA 4ZPFA 2R8NA 5P1QA 3SAAA 5P5KA 3PRSA 1KJGA 3WZ6A 4X7IA 1IIQA 4DQHA 2RMPA 1T7KA 1LF4A 4Y36A 3PWRA 4R91A 2WF2A 4FAEA 2A4FA 3HVPA 1ME6A 4L1AB 4EXHA 5P18A 2AIDA 2QAKA 4GJBA 1TQFA 4DFGA 3HAUA 3OUCA 5HTZA 3KDDA 3S54A 5P7EA 4ZEAA 5P79A 3OHFA 4FM6A 5P1LA 3NSHA 4IVTA 5P8LA 3F9QA 4DJWA 3PGIA 3N3IA 3MWSA 2OHPA 2QI4A 5HD0A 5P3NA 3ZPTA 2P8HA 3LIVA 4FM7A 4J0TA 4Y3GA 3BXSA 4J1IA 3ER5E 1BDQA 5P0DA 3QPJA 4QJ2A 4ZSQA 2PSUA 1HHPA 4Y39A 3VF3A 2QMPA 4I0DA 3HAWA 2ZHUA 4J1KA 4A6BA 3PWWA 4Y37A 2AOIA 1HVHA 5P2KA 2G1OA 4E43A 2ER6E 5P4KA 1XL2A 5P34A 3SA4A 3QBFA 1B5FA 3LPIA 5P4QA 5P1RA 4QLHA 2F80A 4H1EA 1XL5A 1W5WA 2PYNA 3T11A 4H3JA 4JPEA 5OZTA 5P2UA 5P0AA 2AODA 5P4NA 4BFDA 2NXDA 2Q54A 1MRXA 5P13A 5P1ZA 5OZJA 3EL4A 4NJVA 3VSWA 3VV6A 5P03A 5P7BA 5P7OA 4RCDA 5P57A 2G21A 4Y41A 5P0GA 5P85A 5P07A 3L5DA 3PSYA 5AH7A 2PWCA 1TCXA 5DQ4A 1D4SA 3AUPA 4Y3TA 5P5CA 2QI6A 3UDYA 2F8GA 2QMDA 5P6DA 5P1KA 5OZLA 2A1EA 3OQKA 2XYEA 2HPFA 4Y5BA 5P0BA 2V00A 3I25A 3MSJA 4FRKA 5P3QA 2WF1A 3IXKA 5P44A 3GI6A 5C9DA 1Z8CA 5P81A 2PC0A 3UQRA 5BS4A 5DR1A 3O9HA 3RU1A 5P1HA 1BXOA 5P3OA 2J9JB 3OADB 3BC4A 4YCTA 1HTFA 1MT9A 4DQCA 3K5CA 3TPRA 5P29A 2F3FA 1OEWA 4DQFA 4HDBA 1FQXA 3T6IA 2WEDA 1LYAB 5P06A 4GJ5A 5P5JA 1D4JA 3OUAA 3OXVA 1EPLE 4EYRA 4XX3A 4J55A 1RNEA 1LYWB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH9 A;  3VYF A;  1JLD A;  3NDW A;  4DVF A;  1EAG A;  3D1X A;  1K6P A;  4GZF A;  2P83 A;  5KR2 A;  5P1D A;  5P16 A;  5P20 A;  1AXA A;  5P7C A;  2ZYE A;  2R5P A;  5P5O A;  1A8K A;  3CKT A;  5P8K A;  5P58 A;  5P32 A;  1ZSR A;  4GJC A;  4MC9 A;  4ZPG A;  5P61 A;  4Y4X A;  5EZX A;  3WZ7 A;  3ZKS A;  1HVK A;  3KDB A;  5P6K A;  4F75 A;  2PH6 A;  3NDX A;  3K5D A;  5P7H A;  4RVJ A;  4Y5P A;  5P09 A;  3JW2 A;  3L59 A;  3WSJ A;  2QMF A;  5SZ9 A;  3O9C A;  5OZB A;  3JVW A;  2JJJ A;  5OZF A;  3S2O A;  5KR8 A;  3SA5 A;  4DV9 A;  2FGV A;  2REN A;  3UCB A;  2G20 A;  3O9I A;  5P8H A;  3U7S A;  1B6J A;  3IAW A;  1QBU A;  2G24 A;  3Q70 A;  3FNT A;  4AA8 A;  5P80 A;  4BFB A;  5P1F A;  4FIV A;  2AOH A;  4FRI A;  2AZB A;  2WF0 A;  1FQ4 A;  5DQ5 A;  2ZHV A;  1U8G A;  1B5F B;  2QI3 A;  3OWN A;  3HVG A;  4Y4A A;  5P5T A;  5P5F A;  2B8L A;  2IDW A;  3L5B A;  4HE9 A;  4S1G A;  3QRM A;  4CPQ A;  6APR E;  1HII A;  1MT7 A;  5P4F A;  5OZ4 A;  2VIJ A;  3DJK A;  4A6C A;  4GB2 A;  5P3M A;  3VFB A;  5P6C A;  5P41 A;  4Y5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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