3SA7A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af55
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa7A00
3SABA 4RRSA 3UDQA 5P2QA 5P7NA 5DQ5A 4OD9A 5P6SA 2R43A 2HS1A 1HRNA 4L7JA 3ZKQA 4J0PA 2AOJA 4OBZA 1EEDP 5C9DA 4GJ6A 3O9CA 3CKPA 3AUPA 3FNTA 3HAUA 3TKWA 3UQUA 3FX5A 3I2LA 5SZ9A 1K6PA 1K6TA 4Y57A 1XE6A 1XS7D 2Q54A 5P8OA 1HTGA 3NUJA 4Y5CA 1TW7A 1HXBA 1YM4A 2VA6A 2IS0A 5P2MA 5P8TA 3RTNA 5IVRA 2G1SA 1XE5A 5P72A 5P3SA 3OHFA 5DR7A 1BXQA 3LIYA 4NPTA 3UDKA 4Y5EA 1G35A 4CP7A 3KDDA 4GJ8A 5P7DA 1T6EX 4EJKA 5P40A 2R3TA 5P2JA 1GVUA 3OXVA 5I3YA 1HTFA 3ZKMA 4YCYA 2WEAA 3EM3A 4Y47A 5P08A 2WF0A 1LF4A 2ZJJA 5P7VA 4Y4WA 3TPRA 5P1FA 3BXRA 4AUCA 4YD5A 1PFZA 2J9JB 5DQ2A 5P4RA 2XYFA 3L3AA 3L5FA 1SDUA 2QMPA 5P5CA 1ZSRA 3O9LA 4APRE 3SACA 3S43A 3QRVA 1HVSA 4Y5NA 5P5VA 2ZHVA 3TPLA 2WEBA 3S56A 4H3GA 2CENA 2A4FA 5P3KA 4I0HA 5P6BA 4EHCA 2IRZA 1BAIA 4I0GA 3S53A 1ZAPA 2FS4A 1JLDA 2QU2A 4XX3A 2R8NA 5OZIA 5P7BA 1APWE 1NPWA 2WF1A 2IGXA 5OYSA 5OZPA 5P2WA 1PROA 2R5PA 3UDNA 3URIA 3WZ7A 5P5JA 4NJVA 1FIVA 1W5YA 2FXDA 3IXKA 2B8VA 3G72A 4KUPA 3NDWA 4R8YA 5OZBA 5P64A 5KR8A 4J1CA 5P13A 4L7GA 4WY6A 4GJ5A 1ER8E 4K4RA 1BVGA 2HPEA 3DV5A 1LYAA 2ANLA 3KMXA 2B60A 3FV3A 1A9MA 4DVFA 5P6EA 4ZSQA 2ER9E 3OK9A 1BIMA 4Y3TA 4D8CA 3HLOA 1PPME 1QRPE 1T7JA 1MT8A 5P4UA 1DW6C 3TPPA 5P3EA 5P60A 5P6ZA 1MVPA 2HS2A 1FQXA 3PHVA 3BC4A 1MPPA 2JJJA 2QZLA 5DR3A 2JE4A 5FIVA 1TZSA 2R38A 5P2DA 3UDMA 5P7PA 5P23A 2I4UA 4Y5LA 4QJAA 3PSUA 4RYCA 5DPZA 5P65A 4H3JA 5P09A 3QRSA 2QD7A 5P29A 4OC6A 1Z1RA 2P8HA 5OYTA 2BB9A 5P8IA 2QK5A 1LYBA 3PCWA 5P46A 4CPTA 1YTHA 5P28A 1VIJA 3VLBA 3BUFA 2F3FA 3UFLA 4ER1E 1HVJA 4AZYA 2PSGA 5P4GA 4I8ZA 5P3IA 1GVXA 4LBTA 3QN8A 3T6IA 2F80A 3UCBA 5P5SA 2O4KA 1SGZA 4Y4TA 3NLSA 2I4XA 3HDKA 3SQFA 3OAGB 1PPLE 5P7YA 5P8QA 5P54A 4Y38A 5DR0A 1ZTZA 4Q1YA 3NDTA 5P7SA 1HEGE 1FG6C 2Q15A 1LEEA 4N00A 4FRKA 2XYEA 5P7RA 3OOTA 4EJ8A 5P51A 4R95A 3EL0A 5P38A 1KJ4A 1QBUA 2ZJLA 1UH9A 3VLAA 2OHTA 4EJLA 5P1LA 3QBFA 2ER7E 4HDFA 1AXAA 3O9BA 2AIDA 5P0FA 5P5HA 5P8MA 4LP9A 2PWRA 1PPKE 5P8PA 2BPYA 3SFCA 3OWNA 3Q4BA 2JJIA 3BGCA 4DJUA 5P0QA 5P1OA 3R4BA 1QS8A 3TH9A 2BPZA 5P61A 1DMPA 4Y56A 1SGUA 2PYNA 4JP9A 4EPJA 5P1YA 3R0WA 4PZWA 5HE7A 5OZVA 5P1VA 1AZ5A 3NDUA 5OZ7A 4NJUA 1FKNA 3OQFA 4DH6A 3CIBA 3EM6A 5P63A 4DQBA 3PWRA 5P66A 2QZKA 1BBSA 4Y3RA 3OQKA 1EPQE 4DJYA 1QBSA 4GJCA 2FLEA 5ISJA 1AJVA 5JFPA 3EKPA 1W5WA 1IVPA 2EWYA 3SKFA 2AZ8A 5OYRA 1J71A 4J1KA 3ZPSA 3CIDA 2QMGA 4DQGA 5C9FA 3LIQA 5OZRA 3OQ7A 4J1FA 5P86A 2F81A 4ZEAA 3FNSA 5P1IA 5P5IA 3PGIA 4X7IA 1B6JA 1D4JA 1MSMA 2I0AA 3M9FA 5P37A 3K4VA 5P83A 3K4VC 5P8VA 4H3IA 1Q9PA 4QJ2A 3EKQA 4NKKA 3I6OA 1BVEA 5ER2E 2FXEA 5I3XA 5P18A 1XN2A 3UDJA 4CPWA 3OGPA 5P41A 1TQFA 2HM1A 2IEOA 3L5DA 3LPIA 3OY4A 3S54A 1FGCC 3PM4A 4Y3MA 5P1DA 3URJA 3BGBA 5P5UA 4R91A 5DR1A 1HIVA 3PSGA 5AHAA 5OYWA 4HEGA 4NJSA 4B70A 1EC3A 5OZMA 1DP5A 3MXDA 4FM7A 5P35A 2B8LA 1IBQA 2F3KA 4D85A 4IVTA 3KFRA 1VIKA 2NXLA 4GB2A 9HVPA 2PMAA 5P4OA 2QI0A 2QNPA 4DJWA 1NH0A 3GGXA 1GNMA 3VYFA 1ZP8A 5AHBA 4I0DA 6UPJA 3EKXA 3OU3A 3LZSA 5P4SA 1M0BA 1ZSFA 1T7KA 4WY1A 4J17A 2SAMA 3LZVA 1HEFE 1RV7A 3OTYA 3IAWA 4FS4A 5P4WA 3KDCA 3OXXA 3B7VA 5P8NA 4FLGA 3LIZA 5P3VA 5P4HA 5P48A 3SM1A 1PSNA 5AGZA 1LYWB 3D1ZA 5OZLA 1EPNE 4Z50A 4OBDA 1WKRA 2BPWA 2FDEA 5KAOA 2R3WA 1LS5A 4ZE6A 2WEDA 1FMUA 2XFKA 5P0PA 2VS2A 5JODA 5P5RA 1IIQA 1D4LA 2JYSA 2ZHSA 5P7HA 3ZKNA 3QVIA 3IVIA 4FM8A 3KN0A 2VIEA 2ER6E 1XDHA 4J0YA 5HE4A 2QCIA 1HTRB 4OBGA 1EPPE 2B42A 5P3ZA 3HAWA 5P89A 4CPXA 3OOZA 5P5FA 6FIVA 5AH9A 5P8EA 3OADA 3VUCA 4PZXA 4EXHA 4Y3NA 5P0YA 3BRAA 6APRE 1YT9A 1K6VA 5P5PA 3S85A 2P3DA 2AOCA 4Y3SA 3OTSA 3SA3A 3KMYA 5P0EA 2PK6A 2RMPA 3OUBA 3DM6A 4RCFA 4YOAA 5P7UA 3PBZA 3DUYA 5P78A 4J0VA 5P0GA 5HDUA 5P77A 5P50A 1FQ6A 4DI2A 2V13A 4ER2E 3S7MA 2NNKA 5P1TA 5ENMA 2WF4A 2IGYA 3MWSA 5DQCA 5P30A 5P6QA 1EAGA 3EL5A 1ZLFA 5P2XA 1QBRA 3UQXA 5P1UA 3EL1A 3VF7A 5P2RA 1FEJC 5P1GA 5P85A 3PI0A 4HDPA 3OQAA 4K4QA 5P6YA 4DQCA 5P70A 5P3AA 2PH8A 4U7VA 2CEMA 2BQVA 5P0RA 2JXRA 5ISKA 1TSUA 3KYRA 5P7QA 1KJ7A 3O99A 3FKTA 4J55A 1IVQA 5SY3A 2OHQA 1EC1A 2WF2A 3VG1A 1PSOE 4AA9A 1TCXA 4XX4A 2WHHA 3CKRA 1GKTA 5OZ1A 2QD8A 5AH6A 2VJ9A 4Y44A 1OEXA 1A8KA 5AH7A 3S7LA 3PLLA 4MC6A 4I1CA 3A2OA 4FRJA 5P2HA 3IGBA 5P0MA 4DQHA 2AOHA 3BUGA 5OZ2A 2WF3A 3TOGA 2G26A 4YHQA 4LHHA 3UQPA 3C9XA 4Y36A 5P7FA 2HB3A 4HA5A 2QMDA 3ECGA 3PRSA 1EC2A 2Q11A 4CKUA 2V16C 3ZKGA 4CMSA 5HVPA 3OXCA 5P2OA 3RSXA 5P3WA 4PHVA 3QROA 3T7PA 5P55A 1ZBGA 5P6UA 1EBYA 2PWCA 3I7EA 3ZPTA 3QIHA 4GIDA 2HC0A 4Y45A 5OYVA 4YCKA 4JPEA 1BXOA 1MUIA 3VFBA 1ODXA 4K8SA 5P2YA 5P7IA 1B5FB 5DR4A 4FGXA 3OU1B 4ZPEA 2WEZA 1HHPA 2QNNA 5OYZA 2IL2A 4Y4BA 3VSWA 5P1XA 1APTE 2G1YA 4TRYA 4WTUA 1C6XA 4YBFA 1K6CA 3LHGA 2HPFA 4B05A 2VNMA 3JVWA 4RGHA 2P4JA 4RVXA 4TVHA 1Z1HA 3CKTA 1LF3A 3UTLA 1EPRE 5P45A 4ACUA 4ZSPA 5HD0A 1IZEA 4U7QA 1D4HA 4Y5KA 5KR2A 3EKTA 1KJGA 2HB4A 3APPA 1FF0C 5P11A 2F3EA 2QD6A 4Y51A 3U71A 4K4PA 2P3BB 5P59A 1N49A 2MIPA 3O9AA 3SA4A 5P2AA 5P2SA 5P1EA 5P33A 5DGWA 1META 3NSHA 4J1HA 4RCEA 1APVE 5P06A 5COKA 1SMRA 5P5MA 5P5XA 2WL0A 4Y39A 4DJPA 4Y3HA 4Z22A 5P7TA 4Y41A 3NU3A 3EMYA 1CPIA 4HZTA 3D20A 3LNKA 4IVSA 3PMUA 3DV1A 2G24A 2IENA 5P6CA 5P4FA 4Y50A 4EQ0A 1SBGA 1UH7A 5P24A 5P2NA 1GVVA 2QU3A 2AVOA 3NR6A 1FG8C 3UFNA 5P4MA 2IQGA 1RQ9A 4Y3XA 1D4SA 4Y3DA 2APRA 2ER0E 5P5TA 5P3XA 4YA8A 1E5OE 2P3AA 5P2KA 5E5JA 4MC2A 1ME6A 3R2FA 5OZCA 4A6BA 2PK5A 5PEPA 1HVKA 5P8DA 1HVCA 1BV7A 2V00A 2FDPA 5P7OA 4Y3AA 4Y4EA 3VF3A 1YG9A 1M43A 3D1XA 3KT5A 2B7ZA 4UPJA 5P4JA 1FMBA 3PWWA 5P0LA 5P0OA 5SXNA 3KF0A 4Y3JA 1HPVA 1YX9A 5P22A 3TKGA 3CYXA 1ZPKA 5P6AA 5P0DA 3T7XA 1T6GA 5P3CA 3S8IA 5OZQA 3UPJA 3QS1A 3NDXA 4ER4E 2ZE1A 5P0WA 1B6MA 2RKGA 3BVAA 3ZKSA 3PBDA 5P62A 5TOLA 5P2BA 5P4XA 3HVGA 2FMBA 2R5QA 5P16A 2VKMA 3PB5A 3OUDB 4FE6A 2PH6A 8HVPA 3TLHA 5P36A 2V11C 5P26A 5P8AA 3VYDA 5BRYA 4Y3ZA 5KQXA 2FNTA 5P3RA 1K1TA 3BVBA 2UPJA 4M8XA 4DV9A 3EXOA 2I1AA 2G20A 1DIFA 5F01A 2HB2A 3UDHA 4OBKA 1G0VA 4Z4XA 1FFFC 5T4SA 4Y48A 5P1JA 1FQ4A 4Y4DA 3VV7A 1ODWA 2H6SA 2G21A 4J0TA 1HSIA 1BDLA 4AA8A 5HCTA 3WZ8A 2AOFA 4D88A 2P83A 5P4VA 3FSMA 1EBKC 1MRWA 2NMZA 5APRE 5P5YA 3MSLA 1RPIA 3HVPA 2FIVA 5P4CA 4GJ9A 4BFDA 2OHSA 2R9BA 3G6ZA 5P7EA 3SLZA 4TRWA 4Y5MA 5P0UA 5P0NA 5P5NA 3NYGA 5OZUA 5OYUA 2QI5A 5P1CA 5P4LA 1SH9A 3IA9A 3SKGA 1EPOE 1UPJA 3OU4B 5P79A 5P04A 3SO9A 4M8YA 2A1EA 2AOEA 4Y4GA 3LIVA 3H5BA 5P82A 5P6NA 4FL8A 2NXMA 4HVPA 3NU5A 5P6XA 1MEUA 4LXAA 2OHLA 3L58A 4FRSA 2OAHA 5I3VA 5P0BA 2Q5KA 2ZJKA 5P2FA 3IN4A 2FNSA 1G2KA 1QBTA 4J1EA 5P8FA 5P52A 1EC0A 5HCOA 5J25A 4Y53A 1W51A 5P0HA 5OZHA 2B7FA 5P73A 2O4LA 5P03A 5P1ZA 5P1KA 1GVTA 4L1AB 3RU1A 2AVSA 5IVQA 4RCDA 3SA7A 5P3UA 5C9BA 5P43A 3OU1A 2VIYA 2J9JA 2IKOA 1MERA 1BILA 3MXEA 2PQZA 3ER5E 3OXWA 3F9QA 4GJBA 2AOGA 4ZSRA 2UY0A 1HVIA 4I8WA 1BWAA 4PEPA 4A6CA 3S43B 5P12A 2O40A 3GGVA 2ZHUA 2IKUA 5KQFA 1HBVA 1NSOA 4YBIA 5P1PA 1XL2A 5P3TA 4I12A 4J54A 5P02A 3OHHA 1AIDA 2FGVA 4B1DA 5P07A 5P14A 5P6PA 1HIHA 1BV9A 5OZOA 2AQUA 3LZUA 3H0BA 1LF2A 1MESA 3NWXA 3CICA 5JFUA 3L38A 5P3PA 5OZ3A 2P3BA 1XL5A 4L7HA 4RROA 5P4NA 3ST5A 4DJQA 3ZKXA 4B77A 5BS4A 4MC1A 3D1YA 4JPCA 1Z8CA 5P17A 4OBHA 1GVWA 1HPSA 5P7CA 5P1NA 3MSKA 5UPJA 4QJ6A 4ZLSA 1K2CA 5P6VA 2VA5A 3DK1A 2RSPA 3IXOA 5I70A 2Z4OA 5KOSA 3D3TA 1LYAB 3NWQA 2ZJHA 4RLDA 5OZYA 5KQZA 2NR6A 3WSJA 3T7QA 1F34A 5SY2A 5P05A 3SM2A 1KZKA 2QI7A 2CEJA 4EJDA 5OYXA 3PI5A 4Y4UA 4Y5BA 5P0JA 4Y35A 3BHEA 3VYEA 5P8GA 3L5CA 5OZZA 3GI0A 5ER1E 4BFBA 5P3OA 5P8SA 2G1OA 5P1MA 1D4YA 2ZJIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAB A;  4RRS A;  3UDQ A;  5P2Q A;  5P7N A;  5DQ5 A;  4OD9 A;  5P6S A;  2R43 A;  2HS1 A;  1HRN A;  4L7J A;  3ZKQ A;  4J0P A;  2AOJ A;  4OBZ A;  1EED P;  5C9D A;  4GJ6 A;  3O9C A;  3CKP A;  3AUP A;  3FNT A;  3HAU A;  3TKW A;  3UQU A;  3FX5 A;  3I2L A;  5SZ9 A;  1K6P A;  1K6T A;  4Y57 A;  1XE6 A;  1XS7 D;  2Q54 A;  5P8O A;  1HTG A;  3NUJ A;  4Y5C A;  1TW7 A;  1HXB A;  1YM4 A;  2VA6 A;  2IS0 A;  5P2M A;  5P8T A;  3RTN A;  5IVR A;  2G1S A;  1XE5 A;  5P72 A;  5P3S A;  3OHF A;  5DR7 A;  1BXQ A;  3LIY A;  4NPT A;  3UDK A;  4Y5E A;  1G35 A;  4CP7 A;  3KDD A;  4GJ8 A;  5P7D A;  1T6E X;  4EJK A;  5P40 A;  2R3T A;  5P2J A;  1GVU A;  3OXV A;  5I3Y A;  1HTF A;  3ZKM A;  4YCY A;  2WEA A;  3EM3 A;  4Y47 A;  5P08 A;  2WF0 A;  1LF4 A;  2ZJJ A;  5P7V A;  4Y4W A;  3TPR A;  5P1F A;  3BXR A;  4AUC A;  4YD5 A;  1PFZ A;  2J9J B;  5DQ2 A;  5P4R A;  2XYF A;  3L3A A;  3L5F A;  1SDU A;  2QMP A;  5P5C A;  1ZSR A;  3O9L A;  4APR E;  3SAC A;  3S43 A;  3QRV A;  1HVS A;  4Y5N A;  5P5V A;  2ZHV A;  3TPL A;  2WEB A;  3S56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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