3SA8A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kb83
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa8A00
3KN0A 2J9KA 3OADB 2PSVA 5OZ1A 1BDLA 4B0QA 4YHQA 4K8SA 5P43A 5P8GA 4DFGA 4EWOA 5P3WA 2AODA 1Z1HA 2QI5A 5P35A 4J1HA 4R92A 4Z2ZA 2AZ8A 3UQWA 5P5EA 4FGXA 4B05A 3CKTA 5P7FA 2OHKA 5HTZA 5P75A 1KJFA 4ZSQA 3CKRA 4BFBA 1W51A 2OHMA 1FQ7A 5C9FA 5ENMA 2NXDA 4ZPEA 4DI2A 3QI1A 4CMSA 2IS0A 3PSYA 1LYBA 1RNEA 5P2OA 5P7YA 5P2NA 2IKUA 4Y5PA 1AZ5A 4ZEAA 5P0VA 4LP9A 2VIEA 4Y4GA 4B78A 1SBGA 3INHA 5P5FA 2QCIA 5P2KA 3JVYA 5P0ZA 4YOBA 5P74A 1T7KA 3OUDA 1W50A 5P1BA 5P70A 3OOTA 3PEPA 4OBGA 3S53A 3H0BA 5P83A 5P2UA 4Y58A 4D89A 4Y3YA 4RRSA 5P34A 4NJVA 2Q63A 3EM6A 4OD9A 3NU9A 2QU3A 2WECA 4Y5GA 4QJ8A 5P79A 5P5IA 3TOGA 3ZPUA 4E43A 5P42A 4FRSA 4DPFA 3K4VC 2BPVA 3QRSA 1SIPA 1DAZC 1FFFC 3SA8A 1K6PA 3EKWA 5KQZA 1ODXA 5P76A 3VFAA 4J1EA 4FM8A 5P7TA 1HBVA 2AQUA 3OAGA 4DQHA 4OBZA 1XL2A 2FXEA 1OEXA 3R4BA 3ZLQA 3SA4A 3NWXA 5P53A 3S54A 2O4LA 3Q5HA 5P68A 4DQBA 5P0EA 4Y41A 5OZVA 5P1PA 2QZWA 5P4UA 1WKRA 2PWCA 2V13A 4QLHA 4L7JA 3EM3A 3DUYA 5P1LA 1APTE 4LHHA 5KAOA 3O9LB 1UPJA 3O9GA 1ODYA 5P2EA 1M4HA 1BXOA 2I4WA 4Y3JA 1MT8A 1HIIA 3DOXA 2HB3A 3G72A 1HTGA 3ZKNA 5P7JA 5P6BA 4APEA 1GVTA 3B80A 2VNNA 5P1DA 4YD4A 5P0IA 4OC6B 4RVIA 5DGWA 2I4DA 4F75A 1YTHA 1PPLE 2R3TA 1GVWA 3KDDA 1B6KA 3U71A 3O9AA 1BVGA 2FDDA 2HB2A 5OZOA 3KYRA 5DR0A 2WF0A 5P45A 2NNPA 3LITA 2OAHA 1EPNE 5P4MA 5P17A 5OZHA 2ZE1A 3OXCA 1D4YA 1C70A 1HSIA 4CPRA 3ZKXA 3NYGA 3EM4A 5P2TA 1FMBA 1HVLA 5P4GA 5OZRA 1HPXA 5P1ZA 3URJA 3HZCA 4Y50A 3BVAA 3OU4A 5P6RA 3PB5A 4I0ZA 1Z8CA 3EKPA 4Y3AA 3UDQA 2G1OA 4YD3A 2B42A 5P5DA 5P0UA 2IL2A 5P66A 5P3OA 3ER5E 1MRWA 2J9JB 3F9QA 5P3EA 4D83A 4RZ1A 4PYVA 3AUPA 2FLEA 2PWRA 3UDJA 4ZLSA 5OYZA 4JPEA 4NJTA 5P14A 3S45A 4WTUA 3PJ6A 3UDMA 8HVPA 3EL9A 3TNEA 2FMBA 2Z4OA 3CYWA 5P4HA 2QMDA 3MXEA 2G1NA 3EKVA 5P0LA 4GJ7A 1GVXA 3VEUA 4CPWA 5P16A 1PSNA 1EBYA 3SA9A 3FNUA 3O9HA 3FNSA 4J1FA 5OZBA 2R43A 2R3WA 4ZSMA 2AIDA 5OYVA 5OZXA 4Y6MA 5HE7A 3KFSA 3TPLA 2ANLA 1LEEA 4Y36A 4R8YA 5P41A 4NKKA 2G1SA 3SO9A 5P78A 2QZKA 5OZTA 1LS5A 1ODWA 4J0VA 5P08A 3UDKA 3KDCA 5P2LA 3PGIA 1D4IA 4DQCA 5P85A 3PI0A 3UFNA 3S85A 4GJ6A 1PPKE 5P3QA 3UQXA 5DPZA 5DR3A 5E5KA 5UPJA 3LIYA 2QHYA 3NWQA 1HEGE 3SAAA 5AH6A 4Y4WA 5P2JA 5P6PA 5P4VA 4Q1WA 3FSMA 4GIDA 2VIYA 3HW1A 3L5EA 4J0ZA 2AZBA 4Y45A 2ZJMA 2NTRA 4KE0A 5P7WA 4Y3RA 5P37A 5IVRA 3O9LA 1T6GA 5P0FA 5P4ZA 5P6EA 2I4QA 5I70A 1PFZA 2F3EA 2AVMA 3K5CA 3WZ7A 1XS7D 5KQXA 4Y43A 5P2CA 4ZIPA 1T7IA 2AOEA 2ZJJA 3INDA 4OC6A 4RVXA 5P02A 5P4YA 1MVPA 5P6QA 1K2BA 3HAWA 5P05A 5P5GA 3UPJA 3AIDA 4PHVA 5P8DA 5P4KA 1N49A 5P1AA 5P3MA 5P8TA 4CPQA 4Y3HA 1IVPA 1Z1RA 4J17A 2BQVA 3Q70A 1M0BA 4CPTA 3QAAA 2P83A 1EC0A 4Y3SA 2ZJNA 5SXNA 5HDUA 1MT7A 1PSAA 5OZPA 4YCKA 5P6IA 2ZHRA 5APRE 3S43B 5HE5A 5P3JA 4Z50A 4Z22A 5P1EA 5P4AA 3QBFA 5P3IA 3WB4A 1BDQA 4Y51A 4Q1XA 3TOFA 3SA7A 1EC2A 5OZMA 3O99A 1YX9A 1B6PA 5TOLA 3QVCA 5T4SA 3O9IA 3SKFA 5P3XA 3IN4A 2NNKA 5P5UA 2J9JA 4YDGA 4CKUA 2QHCA 2QU2A 1WBKA 1FQXA 4Y3GA 3PCWA 1XN2A 4B70A 4YCYA 5KOQA 3BUHA 2H6SA 5ISKA 5P44A 3HVGA 6FIVA 3UDYA 1ZBGA 4DH6A 3NUOA 4J54A 3SA5A 3BHEA 5P8JA 4A6BA 3URLA 4YD5A 3PSGA 1APUE 1E5OE 5P4EA 2WL0A 3OU1B 1PROA 4Y48A 4I0HA 5KR8A 5DQ2A 1A94A 3OUDB 1ZTZA 2F3FA 1FG8C 1GNNA 4H3IA 1K6VA 4XXSA 4K4PA 3OGPA 1EBKC 5P4FA 3UDNA 5P18A 5P5HA 4J55A 4Y3MA 3MSKA 4OD9B 1B11A 2AVOA 5C9DA 3NDUA 1NPVA 2UXZA 3FNTA 3PCZA 2QNPA 2R8NA 3EL5A 3L3AA 5ER1E 1YM4A 2Q54A 1OD1A 5SY3A 1BV7A 3QRMA 1ZAPA 3GI0A 5P64A 1A9MA 5P4OA 1W5VA 3TKWA 1SGUA 5AHBA 2B60A 3TOHA 3OQKA 3FX5A 4Y3LA 2XYEA 3VF5A 5P67A 3KFRA 5P5SA 5P8HA 4MC9A 5P2YA 2OF0A 2ZHSA 4HDFA 5HVPA 2PK5A 3VYDA 5P29A 2Q55A 3QIHA 3KA2A 3K5FA 3LZUA 5DR8A 1W5XA 4EHCA 5KR1A 1TQFA 3OWNA 4ZPGA 2ZHTA 5OZ6A 5P4JA 3NDWA 4RRNA 4GJBA 4F73A 5I3VA 3TKGA 5OZ3A 2G27A 2P3BA 3BC4A 3IXOA 3UTLA 3EL4A 5P1FA 2ZJIA 4FSEA 5P8FA 4JP9A 4YA8A 3IVHA 1EEDP 1D4HA 5OZZA 5P2MA 5P5XA 4D8CA 2FXDA 5P3BA 5ENKA 5P46A 4X2LA 5P27A 1M43A 1TZSA 4RGHA 5P31A 2PQZA 1TCXA 4B1DA 2F3KA 3O9CA 2ER0E 1FIVA 3IXKA 3WZ6A 3ZPTA 5P3CA 2FGVA 2BB9A 2QD6A 5I3WA 1DP5A 4WY6A 5P5PA 4Q1YA 5P1IA 4K9HA 1FB7A 3SACA 4HE9A 4AA9A 5P1XA 1PSOE 4EYRA 4DQEA 5C9BA 2RKFA 1EPPE 5P7OA 5P54A 5B18A 2BJUA 3O9DA 5P6AA 3OU4B 2NMYA 2JJIA 2P8HA 3NU5A 3EL1A 4GMIA 3VG1A 1G0VA 5P4XA 3GGVA 3PWWA 2EWYA 5HDVA 3NU3A 4L7GA 4TRYA 3HDKA 4YCTA 2P3CA 4EJKA 1KJHA 3NXNA 4Y4ZA 5P3KA 5OZ0A 3D1ZA 3CKPA 2IGXA 5AH9A 1BWAA 5P0YA 1YG9A 4CPUA 4ACUA 4DJPA 2WKZA 3RSXA 3SA6A 2O4NA 1D4SA 5P23A 5P30A 2AOJA 3WSJA 1HVCA 3OU1A 4JPCA 5P0XA 3WZ8A 3K1WA 5P89A 2VJ6A 4Y57A 4ZSRA 1HVRA 5P7GA 1MPPA 4YBIA 2F81A 2AVQA 5P7BA 5P47A 5OZDA 5P1JA 4Y4UA 5P5RA 2G94A 2QD8A 2WHHA 4I8WA 2RMPA 1MIQA 4R95A 2V00A 5HCOA 5P59A 3S8IA 5P5ZA 5P8IA 6APRE 5P7DA 4YDFA 5P5LA 3VFBA 1FF0C 3JVWA 2SAMA 1EPOE 5P8VA 4UPJA 3HVPA 5P3SA 2IKOA 5OZJA 4I8ZA 4I12A 3VYFA 4NPUA 5P5BA 1MTRA 2ZJKA 1SMRA 4L7HA 5P6TA 4GYEA 4MC2A 3PBDA 2RENA 1GNOA 5P1MA 4Y4JA 3INEA 1HEFE 4Y35A 3KT5A 3QVIA 4QJ2A 3MSJA 5OZYA 5P62A 9HVPA 5DQ4A 4Y5LA 3ZMGA 1B6JA 5P6ZA 4I11A 3OK9A 1LF4A 1CPIA 4Y4EA 1BILA 5P6KA 5P20A 4R91A 2WEZA 2V16C 2BBBA 4YE3A 1W6IA 5CLMA 3TPPA 3UDHA 4Y5KA 3LZSA 5P26A 5P2BA 5P2QA 4I0IA 1DIFA 5ISJA 3VCMA 2VA6A 5P49A 5P0HA 4KB9A 3SFCA 7HVPA 4Y5CA 1T7JA 2FS4A 1ZPAA 5KQYA 5I3YA 2AOGA 2ZHUA 2AOHA 6UPJA 4ER1E 4GJDA 5JODA 5P87A 1HXBA 4DJUA 3CIDA 1E80E 4GB2A 5P1VA 3FKTA 5P4RA 1AM5A 4Y56A 5OZEA 1XE5A 3OUAA 3VYEA 1CMSA 5P1SA 1MEUA 3NXEA 5P01A 4Y3DA 5EZZA 2WF2A 3EXOA 4QJ6A 3JW2A 2NXLA 2QMFA 1FQ5A 3OY4A 1IZIA 5P7ZA 5P0AA 4MC1A 4H1EA 2WF1A 2IRZA 4HZTA 2Q15A 2ER9E 5OZQA 1VIKA 2PK6A 2ZGAA 2OHQA 2BPYA 4FM7A 5AHCA 3ZL7A 3EMYA 4DJRA 5OZ9A 1U8GA 4B00A 2BKSA 3CYXA 2AOIA 5P4IA 1MRXA 3O9BA 3PM4A 1IVQA 5P7NA 3ST5A 2QI6A 4APRE 3PLLA 4DJVA 3D3TA 2NPHA 3K4VA 3VSWA 3LNKA 4Y5BA 5P6LA 5OYRA 3HBOA 5HDZA 2QI4A 3K5GA 5P3NA 3L58A 4EP2A 4Y47A 1HPSA 1YT9A 2NR6A 3LIVA 1BVEA 5AH7A 2QZLA 2R5PA 2APRA 4RYGA 4PPHA 4EXHA 5P0OA 1ZJ7A 4ZE6A 3QN8A 3VLBA 2OHNA 1TW7A 2QK5A 3DCRA 4HEGA 4XKXA 3ZKMA 4TRZA 4CPXA 4IVTA 1FLHA 2XFIA 1QDMA 3VSXA 5P71A 1RV7A 5P82A 5P77A 5F00A 1UH9A 3OXWA 4HDPA 4HA5A 3R0YA 2P4JA 4OBHA 4FRIA 5P63A 5JFPA 4FE6A 4KE1A 4ZPFA 4F74A 2V10C 1KJ7A 4Y3ZA 2WF4A 2ZYEA 1XDHA 4FLGA 5P8CA 2PC0A 5P3TA 4NJUA 4WY1A 3BXRA 1IZEA 5P7CA 1IDBA 2BKTA 4Y9WA 4DJWA 1ENTE 5P32A 4X7IA 2R38A 3SA3A 1FMUA 5P1TA 3L59A 5P8BA 3ZOVA 5AHAA 4NPTA 2JE4A 2QMPA 3APPA 1D4KA 5P4WA 3OXXA 4KUPA 3KMXA 5P3VA 2FDPA 2AOFA 5P28A 4GJAA 1F34A 2P3BB 2PYNA 5P36A 2QI0A 4HDBA 5P84A 3TTPA 5OZ7A 4EXGA 4FIVA 2PSGA 4RVJA 2VIJA 3NSHA 5P1KA 5P5VA 5OZWA 4TRWA 4Y38A 4I1CA 1HTEA 3MWSA 1LF2A 5P2RA 1FGCC 4J0PA 5P51A 5P48A 4JECA 5P8NA 4CPSA 4DUSA 1E82E 2I1AA 3HLOA 1F7AA 2G21A 1HRNA 5P7SA 3NLSA 3UDRA 5P3HA 3LIZA 4HLAA 4DV9A 2NXMA 5P3LA 5OZKA 3ZPSA 3HD8A 5P19A 2HS2A 1CZIE 3R1GB 5P80A 1IIQA 4Y5EA 5P3PA 5P1QA 3TLHA 3B7VA 3L5CA 5EZXA 2QAKA 3S7MA 2BPWA 4FCOA 4I0EA 3S56A 4Y5AA 3PSUA 1MTBA 1SDTA 4EJDA 4J0YA 5P3UA 5P2IA 4DVFA 3IAWA 3EC0A 1ZLFA 1APVE 4NJSA 1LV1A 3ER3E 1PPME 5P2AA 2FNSA 4FRJA 3D1XA 2A4FA 3UQUA 3KFPA 3I8WA 5P6OA 5P09A 1GNMA 3L5FA 3IA9A 3I7EA 1QBRA 4GJ5A 4MC6A 4OBFA 3I6OA 2WEDA 5OYTA 5P4NA 5SY2A 4RLDA 2PMAA 3MSLA 5P8SA 2JXRA 5E5JA 4EQ0A 3PRSA 1K2CA 4J0TA 5P8OA 3Q4BA 2VJ7A 1SMEA 1GKTA 5P4LA 5P86A 4EJLA 2WJOA 5P5OA 4EQJA 5P03A 2IDWA 3EBZA 1QS8A 5DQCA 3LINA 3EKQA 5OYQA 5P7UA 4Y3XA 1NPAA 1HTRB 4AUCA 1K1TA 1KJGA 1HSGA 2WEAA 4H3JA 1HPOA 3APRE 1K6CA 2I4XA 5P4CA 1KJ4A 5P6VA 4Y53A 1DW6C 3CICA 3FV3A 5P0SA 1SH9A 2IGYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KN0 A;  2J9K A;  3OAD B;  2PSV A;  5OZ1 A;  1BDL A;  4B0Q A;  4YHQ A;  4K8S A;  5P43 A;  5P8G A;  4DFG A;  4EWO A;  5P3W A;  2AOD A;  1Z1H A;  2QI5 A;  5P35 A;  4J1H A;  4R92 A;  4Z2Z A;  2AZ8 A;  3UQW A;  5P5E A;  4FGX A;  4B05 A;  3CKT A;  5P7F A;  2OHK A;  5HTZ A;  5P75 A;  1KJF A;  4ZSQ A;  3CKR A;  4BFB A;  1W51 A;  2OHM A;  1FQ7 A;  5C9F A;  5ENM A;  2NXD A;  4ZPE A;  4DI2 A;  3QI1 A;  4CMS A;  2IS0 A;  3PSY A;  1LYB A;  1RNE A;  5P2O A;  5P7Y A;  5P2N A;  2IKU A;  4Y5P A;  1AZ5 A;  4ZEA A;  5P0V A;  4LP9 A;  2VIE A;  4Y4G A;  4B78 A;  1SBG A;  3INH A;  5P5F A;  2QCI A;  5P2K A;  3JVY A;  5P0Z A;  4YOB A;  5P74 A;  1T7K A;  3OUD A;  1W50 A;  5P1B A;  5P70 A;  3OOT A;  3PEP A;  4OBG A;  3S53 A;  3H0B A;  5P83 A;  5P2U A;  4Y58 A;  4D89 A;  4Y3Y A;  4RRS A;  5P34 A;  4NJV A;  2Q63 A;  3EM6 A;  4OD9 A;  3NU9 A;  2QU3 A;  2WEC A;  4Y5G A;  4QJ8 A;  5P79 A;  5P5I A;  3TOG A;  3ZPU A;  4E43 A;  5P42 A;  4FRS A;  4DPF A;  3K4V C;  2BPV A;  3QRS A;  1SIP A;  1DAZ C;  1FFF C;  3SA8 A;  1K6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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