3SA8A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kb83
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa8A00
5P8NA 5OYRA 1TZSA 5OZ5A 5P7WA 2P83A 1A8GA 3LINA 1D4JA 1IDBA 4AUCA 5BS4A 1PPLE 3BVAA 4PHVA 4Y4TA 4QJAA 5P4OA 1G35A 1MVPA 4OBDA 4Y9WA 5P24A 1C6XA 1HSIA 2ZJJA 5P7LA 2R3WA 1MT8A 2RENA 3KM4A 3LZUA 3EL4A 5P6PA 3SA7A 1KJFA 4PZWA 5P41A 2I4XA 2AOHA 5P4GA 3OY4A 5P6JA 5P70A 1GVUA 1MRXA 4U8WA 5P0DA 5P4TA 1EC1A 3K1WA 2OHTA 4ZSQA 3UQRA 5P5UA 2NNPA 4I0FA 4X7IA 2BPWA 5OZVA 5P8GA 5P7QA 2AVVA 1E80E 4Y5KA 5P0ZA 5APRE 3ER5E 2AZ9A 5P60A 5P1CA 5IVQA 4B78A 4K4RA 1EPRE 3UDKA 1HSHA 4CPQA 5P8CA 4EXGA 2WF4A 1SBGA 3SA8A 3IGBA 5P1OA 3CKRA 5KR1A 5P1YA 3PJ6A 5P19A 3OAGB 4YD7A 5HVPA 4H1EA 1LS5A 4DQCA 3CYWA 2NNKA 4M8XA 2WEDA 1AZ5A 5P0XA 4MC1A 2QHCA 5P53A 3QAAA 3OGPA 2QI4A 5P3XA 5OZYA 5P7AA 5P1QA 4J55A 2HB3A 5P7VA 3UF3A 1T7KA 4Z50A 1HTEA 4XX3A 4JP9A 5P40A 2QU3A 3EM4A 5P3TA 3IA9A 2O4PA 2NR6A 3D20A 3G70A 2I4QA 5P4YA 1RNEA 4DVFA 4Y4EA 3QPJA 3TPPA 3PSUA 1ER8E 3ZLQA 2RSPA 1A8KA 3VUCA 1GNMA 4Y3WA 4GMIA 2I4UA 1MT9A 4QJ7A 1OEXA 3EKVA 2VA6A 1G6LA 5KOQA 5P7YA 4BFDA 4HA5A 5DQCA 3HD8A 4Y3YA 6FIVA 2MIPA 5P5EA 5P59A 2NTRA 1HVJA 4EJLA 5P5MA 1AXAA 5P3PA 4JOOA 5P73A 4U7VA 2IRZA 2R43A 4FS4A 4K8SA 1HPVA 4IVTA 3PVKA 4CPRA 1OD1A 5P1UA 4GJBA 5P4MA 4J17A 4Y35A 1CZIE 5OZ1A 4Q5MA 5P4EA 4A6CA 2IL2A 4AA8A 4R91A 2G24A 3B80A 5P7NA 3TH9A 1BVEA 5P8AA 2H6SA 3D1XA 4EJ8A 4Y5BA 3UDRA 4FGXA 4KE0A 5P8OA 3OOTA 1K1UA 1PPME 5P2KA 2R5PA 2JXRA 2J9KA 5P3DA 1LYWB 1SGUA 5P7OA 5P0KA 5P1BA 5OZLA 5P47A 1LEEA 2PYNA 3Q70A 4GJ5A 5BRYA 5P2YA 5KR2A 5P55A 4RVJA 5OZUA 2R3TA 5P5HA 3UDQA 4Y5AA 3T7QA 2V16C 3OAGA 1RL8A 3KDCA 5P12A 4ZLSA 3OQAA 1KJGA 4Z22A 2Q11A 1EC3A 3EMYA 2QMGA 1NPWA 4Y5LA 1RPIA 1UH7A 5P3ZA 4RCDA 1YM2A 3PGIA 2AVMA 1D4SA 4I0HA 5J25A 3LIYA 3PCZA 4RROA 2BPYA 5P0OA 4DPIA 5P7KA 5P8IA 3CIBA 5P8JA 4YBFA 4JPEA 5P23A 4HDFA 3DOXA 4TRWA 3OXCA 2I4DA 5KQZA 4RCFA 4HVPA 1SGZA 4BFBA 2A1EA 4Y4GA 1TCXA 1QBSA 4DPFA 4DJRA 3NU3A 3TL9A 2QMDA 3K5FA 1YX9A 2WJOA 3PMUA 3ST5A 3FIVA 2ZHTA 2PQZA 3EM3A 4EJKA 4XKXA 5AH8A 1EBWA 1HTGA 4QJ6A 3UQPA 5SY3A 4JECA 2F3EA 3UHLA 3LPKA 5ER2E 1HWRA 4OBHA 5P46A 4HE9A 5OZXA 3M9FA 5P49A 1LZQA 2BPXA 3NDXA 5P6IA 3D91A 2V00A 5EZXA 1K6VA 2QNPA 4RCEA 5P2AA 2VNMA 4H3JA 3EKPA 1GVXA 1APTE 3PHVA 3S8IA 5P1KA 2AZBA 2H6TA 4ER1E 5HE7A 5P82A 2FNTA 5OZ3A 3HW1A 4FRIA 1WKRA 3QRVA 5JFUA 5P69A 1LYWA 5P4CA 5P3BA 2F8GA 1FFFC 3PWWA 4QLHA 5P3GA 1A30A 3LPIA 4KB9A 5P0GA 1E82E 2BKSA 3IXJA 3PI5A 2ZJNA 5ENKA 3LIQA 5P3HA 3OUBA 6APRE 5P1FA 2R5QA 3PSGA 3FV3A 2Z54A 3AIDA 5BWYA 5P0UA 3DUYA 4YE3A 5COOA 2FIVA 4DJWA 2AOEA 4FM8A 2WF3A 4R95A 4Y57A 4J54A 4U7QA 5DQ1A 3EKQA 3T6IA 1AJXA 1FQ7A 3A2OA 5I3YA 2I4WA 4Y3DA 4Y5EA 4NJVA 5P65A 3SO9A 1JLDA 2WEBA 3K5DA 3LZVA 4TVHA 4Y3QA 5OZSA 1EC0A 4Y5PA 5P05A 5P51A 3IAWA 5HCTA 2WECA 2VIYA 5P0AA 3NU6A 1EBKC 2ZYEA 1A94A 5P6EA 2IKUA 5P6RA 4Y58A 5OZRA 3PI0A 3NR6A 4YCTA 5OZGA 1SDVA 4Y38A 3OWNA 4Y3RA 4QJ9A 1T7JA 2O4NA 4YD5A 3QBFA 5P02A 1IIQA 4Y48A 1EBYA 5P5CA 3NUOA 2F80A 5OZEA 1LF4A 4FL8A 3RSXA 3UDYA 3SM2A 4GJ9A 4K4PA 2WF1A 5P07A 2V10C 5P8HA 5P0CA 2QI7A 5P85A 5OZ9A 5P04A 1XL5A 3BXSA 4EP2A 5P7JA 2XYEA 3OGQA 5IS4A 2G94A 1KJ7A 1C70A 2J9JB 5SY2A 5P6TA 1K1TA 3PEPA 2AIDA 2PMAA 4KUPA 4DQEA 1TSQA 1HSGA 1UH9A 3LZSA 3S53A 2FNSA 1VIJA 5P16A 3OU4B 5P6AA 5P1ZA 4F76A 4JPCA 4FRSA 3KN0A 5P4PA 5P80A 4GB2A 4ZPEA 3FNTA 4FCOA 4Y5CA 5P0VA 3BVBA 1B11A 3NLSA 4QJ8A 5P4DA 3LZYA 1Q9PA 5P63A 3OXXA 4QGIA 5P0BA 2FDEA 5P52A 1ZAPA 2EWYA 5P09A 1YTJA 2FDPA 5KQFA 4J1CA 5P0FA 2QCIA 3SPKA 4LBTA 3QN8A 3S43B 5SXNA 4Y4JA 3RTNA 4A4QA 1DIFA 4ZIPA 3VLAA 1TQFA 3GGUA 5OZQA 4FSLA 4Y5MA 1G0VA 5P08A 4EXHA 1BV9A 5P3QA 4IVSA 5P38A 5PEPA 2AOCA 5P6WA 2AVQA 1AIDA 4B1DA 1YTHA 1APUE 1NPVA 5P6SA 2UY0A 2WHHA 2HPEA 2PYMA 2G1RA 5I3WA 3D3TA 5OYWA 4CPXA 2QZWA 1BDRA 2Q55A 5OZPA 2WF0A 2PSUA 5P2IA 2QI5A 3SQFA 5P3LA 5P74A 3URLA 3U71A 3CYXA 3URIA 3SABA 1W6IA 1HVHA 2F81A 4FM7A 3OUAA 2FXDA 4OBGA 4WY6A 5P13A 5P3VA 1NSOA 5P1HA 4NPTA 4J1FA 3O9DA 3EXOA 3NWQA 5P48A 5P7RA 5P3UA 1MPPA 5P2WA 4I10A 3ZKXA 4H3GA 3ZPSA 2J9JA 2RKGA 4DQFA 4DJVA 4I8ZA 3L5DA 1FQ6A 4ZPFA 4YBIA 5P00A 3RTMA 3MSLA 2R38A 4FRKA 5P1NA 3QVCA 1HIHA 2OHKA 4J1KA 2I0AA 3OU4A 5P6BA 2A4FA 3GI5A 1A9MA 2F3FA 3DJKA 4Y41A 5P83A 4BEKA 3PB5A 1DP5A 1QRPE 5P39A 4RVXA 3I7EA 1MSMA 5AHAA 5P8EA 3MSJA 4I0JA 1MRWA 5P66A 3GW5A 2Z4OA 5P75A 5P2TA 3D1ZA 3NYGA 4Q1XA 5CLMA 3S43A 5P7GA 1EAGA 2AQUA 2B8LA 5P20A 3R4BA 2IGYA 3QRSA 3N3IA 1W5WA 1ZBGA 1FQ8A 5P0EA 3KYRA 1YTGA 2HS2A 3KFRA 5P1JA 1MTBA 1FFIC 3MWSA 2JE4A 5P78A 3I2LA 5OZ4A 4GJDA 3EC0A 3LNKA 2P3DA 2P3CA 5P1LA 5P5PA 1KZKA 4DJXA 3NU4A 2HPFA 3SAAA 3VCMA 5HU1A 5P84A 5OYVA 3KMXA 5P2QA 3ZMGA 4D83A 1CMSA 1FQXA 5P1VA 3G6ZA 3WZ7A 5P6MA 3SA6A 1BDQA 5P3IA 5P5WA 5P0RA 4Y3PA 4DH6A 1PSNA 5P3EA 4Y44A 5P6VA 3LIZA 3TOFA 3UDJA 2ZDZA 4Y3TA 1FMBA 3T3CA 1PSAA 2ZHUA 3RTHA 2QZKA 5P2JA 1ZP8A 2PK5A 3RU1A 3UQWA 5P1XA 2PSGA 3OK9A 5P7UA 2AOGA 3WB5A 2BBBA 3ZKQA 4YD6A 1GNNA 1NH0A 2OHSA 4WY1A 3VV6A 3IXKA 4D88A 3O9CA 2FGUA 3SFCA 2G1NA 2G26A 4AZYA 1IVQA 4TVGA 1TW7A 4ZSRA 2BJUA 2O4SA 3EKYA 4Y4BA 4NJSA 5P8SA 5OZAA 1B6PA 4EJDA 5P44A 1AVFA 1QDMA 4RYGA 3TKGA 1AM5A 2ZJIA 4YDGA 5P6YA 5OYQA 5P11A 1F34A 5P37A 2APRA 4QJ2A 3R1GB 3QP0A 1C6YA 5P5LA 5P4KA 5P1EA 5KAOA 5P6HA 5P7IA 5OZDA 1QBUA 4J0YA 1B6JA 4J1EA 4Y3MA 5P8RA 1BVGA 2UXZA 4CPSA 5OZ7A 5P3NA 3OADB 5P5QA 2ZJLA 3BUFA 5P54A 1BWAA 2VA7A 3R0WA 5P4IA 5P71A 4MC6A 3L5BA 2IGXA 4FSEA 5P5AA 2WEAA 3VYEA 5DPZA 1KJ4A 3INFA 5AH9A 5P26A 2QZXA 5P7DA 5HU0A 3PRSA 3FNUA 4Y37A 5P4QA 3EKWA 3NU9A 3B7VA 4K4QA 2QMPA 3S54A 3H5BA 4E43A 5OZWA 5OYZA 4RZ1A 1MUIA 5DR3A 5P7FA 5P25A 1FQ5A 5IVTA 3NDWA 4ER4E 5OZ6A 4L7JA 3UPJA 1Z1HA 2QI1A 4FIVA 1HIVA 1QS8A 3TOGA 3FKTA 2NPHA 3IVIA 1HTRB 3BUGA 4ZSPA 1HOSA 3U7SA 4RLDA 5P43A 2PK6A 1EPNE 4OC6B 5HD0A 4RYCA 3L5CA 5P3YA 3EL0A 1SP5A 4S1GA 2QNNA 1K6CA 3PLLA 4L1AB 3VG1A 2QK5A 4F73A 4Y3ZA 2HB2A 1IVPA 3O9AA 5P2NA 4K9HA 5P30A 4GJ8A 2QP8A 2HC0A 3HDKA 5P3KA 3CIDA 3AUPA 5P1GA 5P2ZA 3TPJA 3SA4A 3RVIA 5P5OA 1K2CA 3KFPA 5KOSA 2IENA 5C9BA 1FEJC 1K2BA 4DJUA 1HPOA 2NXDA 5CONA 4R8YA 1HBVA 3OOZA 5DR7A 5P68A 2O40A 1SH9A 3SA3A 5C9DA 4PYVA 5P2HA 5HDZA 1XN2A 5DR0A 5KQXA 5KR0A 9HVPA 3NWXA 2QZLA 5P1IA 1W5VA 1KJHA 3U6AA 4H3IA 4I0DA 3S45A 1HEFE 2VKMA 1M0BA 5P14A 4Y5NA 1LF2A 3UDPA 1PPKE 3TOHA 4I0ZA 5P2MA 4I0IA 3OHFA 5OZTA 3ZKNA 5P17A 5P3CA 5P31A 3OADA 2IS0A 4D89A 4NPUA 5TOLA 4XXSA 4PEPA 1FIVA 3IVHA 1M4HA 5SZ9A 2P4JA 5P4JA 5OYUA 3SKFA 2RMPA 1HEGE 3PBDA 3ZKMA 5P3SA 5C9FA 1FGCC 5P6CA 3ZPUA 4LAPA 4NJUA 2ZHVA 1HRNA 5EZZA 5T4SA 2G1SA 4Y39A 5P50A 4EQ0A 2XFIA 3HAWA 4Q1WA 3OUCA 1MTRA 5P8UA 4J5JA 3OQFA 5I70A 5P35A 3VEUA 4FE6A 5P77A 3INEA 1WBKA 4J0PA 5AH6A 4Y4UA 5DR4A 2QD7A 5P7ZA 4Q1YA 5P1SA 2PC0A 5P8LA 1ZPKA 3FX5A 5P5JA 1HVCA 2IQGA 2IEOA 1LV1A 5COKA 4YHQA 4OC6A 5UPJA 5DR1A 1ENTE 5P27A 3NDUA 1GNOA 3PBZA 4ZEAA 2AOFA 4L1AA 3UFNA 5P8BA 5AGZA 1XE5A 2HIZA 3KMYA 4APRE 1M43A 5P1MA 1ODXA 5P4HA 4DUSA 3QI1A 2OHQA 3KDDA 1BV7A 3D1YA 3Q5HA 5P45A 1HPXA 5HCOA 5P4BA 1T6GA 3LPJA 4FLGA 4Y47A 4HEGA 5I3XA 2BPZA 4F75A 4RRNA 4Y3AA 2OHPA 5P6GA 4Y54A 2G69A 5P4ZA 4EWOA 5COPA 4LXKA 3N4LA 5P89A 4Y4WA 4YCKA 5DGWA 4XX4A 1HHPA 1EBZA 5P4AA 4GZFA 1HPSA 5P0JA 3NXNA 4OBKA 3Q6YA 3G72A 4Y5GA 3WZ8A 7HVPA 3EL1A 1G2KA 5P1DA 4YOAA 1QBTA 3HVPA 5P7EA 5JG1A 5DQ4A 2OHRA 3S85A 5P4VA 3VFBA 3KT5A 3VF7A 5P5YA 4Y43A 3R0YA 3OXVA 1MEUA 1BDLA 2ZE1A 3O9IA 3O9BA 3O9EA 4EQJA 4FRJA 1E5OE 2B8VA 3GI4A 5OZBA 3TKWA 5P5XA 2BB9A 5P3AA 5OZKA 3CKPA 4I0GA 2NMZA 5P6XA 3ECGA 2WF2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8N A;  5OYR A;  1TZS A;  5OZ5 A;  5P7W A;  2P83 A;  1A8G A;  3LIN A;  1D4J A;  1IDB A;  4AUC A;  5BS4 A;  1PPL E;  3BVA A;  4PHV A;  4Y4T A;  4QJA A;  5P4O A;  1G35 A;  1MVP A;  4OBD A;  4Y9W A;  5P24 A;  1C6X A;  1HSI A;  2ZJJ A;  5P7L A;  2R3W A;  1MT8 A;  2REN A;  3KM4 A;  3LZU A;  3EL4 A;  5P6P A;  3SA7 A;  1KJF A;  4PZW A;  5P41 A;  2I4X A;  2AOH A;  5P4G A;  3OY4 A;  5P6J A;  5P70 A;  1GVU A;  1MRX A;  4U8W A;  5P0D A;  5P4T A;  1EC1 A;  3K1W A;  2OHT A;  4ZSQ A;  3UQR A;  5P5U A;  2NNP A;  4I0F A;  4X7I A;  2BPW A;  5OZV A;  5P8G A;  5P7Q A;  2AVV A;  1E80 E;  4Y5K A;  5P0Z A;  5APR E;  3ER5 E;  2AZ9 A;  5P60 A;  5P1C A;  5IVQ A;  4B78 A;  4K4R A;  1EPR E;  3UDK A;  1HSH A;  4CPQ A;  5P8C A;  4EXG A;  2WF4 A;  1SBG A;  3SA8 A;  3IGB A;  5P1O A;  3CKR A;  5KR1 A;  5P1Y A;  3PJ6 A;  5P19 A;  3OAG B;  4YD7 A;  5HVP A;  4H1E A;  1LS5 A;  4DQC A;  3CYW A;  2NNK A;  4M8X A;  2WED A;  1AZ5 A;  5P0X A;  4MC1 A;  2QHC A;  5P53 A;  3QAA A;  3OGP A;  2QI4 A;  5P3X A;  5OZY A;  5P7A A;  5P1Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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