3SA9A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af68
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa9A00
3PWWA 5P13A 1HVJA 4J0YA 5P5JA 5P3OA 3LNKA 3SA4A 4Y5PA 4YBIA 5OZGA 5P1YA 4CMSA 5P0SA 2OF0A 5ENMA 3T7PA 5P0IA 5OZJA 5P6YA 4A6CA 1N49A 4HDFA 3BVBA 1BXOA 3C9XA 4I0EA 4EXGA 1IDBA 5P7SA 3IXOA 1APTE 4DVFA 2O4PA 2HB3A 2XFKA 1VIKA 4DQCA 4GJAA 4H3JA 5P7RA 2QMGA 3BGCA 5P5AA 5P16A 3QVIA 3QBHA 3GGXA 3EL0A 5P7KA 3R0YA 1BXQA 5P2KA 4I11A 5P8EA 5OZ1A 5DGWA 2QHCA 3SA7A 3Q5HA 1GVWA 3PSGA 2PSGA 5P1LA 1XN2A 4N00A 1TZSA 4BELA 2I4UA 2RSPA 5P8AA 5OZQA 3VV6A 5P4QA 2WKZA 5P0VA 5CONA 3LIZA 3LPJA 1IVQA 3QRVA 5P67A 2G27A 3D20A 4Y5LA 5P09A 4YBFA 4DFGA 5P6UA 5P3KA 1JLDA 3UPJA 1FQ6A 5P4UA 3RTHA 2UY0A 3EKQA 5ER1E 3JVYA 4DPFA 3KA2A 1AJXA 1ENTE 4QJ9A 3EXOA 5P7IA 3T3CA 5P32A 3L5EA 5P6WA 1D4LA 5P3YA 5E5JA 4Y4UA 3TTPA 3NLSA 4Y4JA 5HE4A 5P8FA 3NUJA 3QPJA 1W50A 1ZPAA 3SPKA 3QRMA 3L5BA 5OZHA 2AOFA 5DR7A 5P6IA 2XFIA 5P08A 1T7JA 4LHHA 5P2IA 3PCWA 2V0ZC 5P1FA 4K4QA 3URLA 2P3AA 2WF2A 4RRNA 3NWXA 1QBTA 3RVIA 5ENKA 3L58A 3MSJA 2OHPA 1SH9A 5P1DA 1NSOA 3Q70A 5P04A 2QNQA 5P5PA 4EJ8A 5P1JA 5HCOA 2FXEA 3VV7A 4ER1E 3KMXA 3S56A 3UQRA 3ZKGA 4GJBA 3OK9A 5DQ5A 4HDPA 2NMYA 5OZ2A 3ER3E 3OAGA 2R9BA 2I4VA 5P4PA 4B0QA 3U7SA 5P7UA 1BWBA 3U6AA 2NR6A 5P4HA 1MSNA 5P4IA 5E5KA 1TSQA 5P1IA 2B42A 3AUPA 4WY1A 5OZ7A 5P3JA 4Y3JA 1BV9A 1QBUA 3Q3TA 1PSAA 5P0UA 3DUYA 1LEEA 1DMPA 3RTNA 1META 3NDXA 1MVPA 1NPWA 2F3EA 3CKTA 5P38A 2AIDA 3PSUA 4Y5EA 3N4LA 5P5XA 3FV3A 4YD5A 1FLHA 5P5ZA 2R5QA 4I1CA 3Q4BA 5OZRA 3URIA 4B00A 3KDBA 4PEPA 4NJSA 1E81E 3KM4A 5I3XA 4OBJA 1IVPA 4DJRA 4RCEA 5P49A 1BV7A 1EEDP 3SFCA 1HPSA 1HTFA 2WJOA 4J1HA 5P68A 1DAZC 5P6AA 1YM2A 3O99A 3GGUA 5P5RA 4I0GA 4JP9A 2Q63A 5P3LA 5P7LA 1FEJC 4LAPA 4LL3A 1IZHA 4X2LA 1KJFA 5P34A 1A30A 1FQ7A 3TNEA 1LS5A 1TCWA 3O9CA 2VIZA 1HTRB 2R3TA 5ER2E 1HSHA 3OU1B 4YCTA 3R1GB 1HWRA 1TQFA 3TPLA 1HIVA 1FMBA 5P73A 5P5HA 5P7HA 1D4SA 5P7BA 4RROA 3I8WA 3G72A 5P24A 4PZXA 3R4BA 3TPJA 3M9FA 3INDA 1MUIA 4Y53A 5P7ZA 5AH9A 2H6SA 2PK5A 5P39A 5IVTA 2ER9E 4YCYA 4ACXA 3SM1A 2FS4A 4OBGA 1MRWA 4Y5KA 2QZXA 2VJ9A 3S2OA 5DQCA 5P0XA 4DJUA 3WB4A 4F75A 4ER4E 3PLLA 1CPIA 2AOEA 5P1MA 5FIVA 1B6LA 3S7MA 5P4YA 5OZLA 3EKTA 5P8BA 4Y3YA 5KQXA 1HIHA 5P3GA 5P7GA 2O4LA 3EMYA 2QD8A 1YTGA 8HVPA 1XN3A 1LV1A 3SKFA 4B05A 3OHHA 3S7LA 4FLGA 5UPJA 2QI4A 5P4CA 2VA6A 4TRWA 2ZJKA 1BDLA 2QU3A 1HRNA 3TKWA 3OTSA 2HC0A 1YM4A 3KT5A 4GB2A 5P6EA 2NXLA 1XE5A 1HVSA 2CEJA 2QP8A 2PH6A 2QI5A 5P61A 3SA9A 3LITA 5P8HA 5P28A 5P89A 4X7IA 2PSUA 5P81A 1UPJA 1PSOE 1APUE 2QZKA 5COKA 5P87A 4DJVA 3EL9A 5P7TA 5P6SA 4KE1A 3OQFA 4L6BA 3MWSA 2QI7A 3NU6A 5P1HA 3QP0A 3HVGA 4Y54A 5P2GA 4Y5BA 4FL8A 2Q11A 4CPTA 4HVPA 5P33A 1MSMA 2WEBA 3D1ZA 3GI4A 3HLOA 3HW1A 3LIQA 5OZSA 3K1WA 4L1AB 5P8CA 4M8XA 3RSVA 5P4BA 2QU2A 4Y6MA 4DJWA 4F73A 4EPJA 5P7OA 1MIQA 5P19A 4I0IA 5P6ZA 3EC0A 1IBQA 1KJGA 4Y3HA 4EQJA 2ZDZA 3NU9A 2HM1A 3SABA 4YD7A 1T7KA 4Y5NA 4ZPFA 1B5FB 5P45A 4ZSPA 3HAWA 1B6JA 3LIVA 5P4WA 4YA8A 4DI2A 5P1BA 3UQUA 4R5NA 5SXNA 3OQAA 4Y3TA 3SQFA 4Z50A 1SDUA 3KDCA 4Y3EA 4Y48A 5OZTA 2OHSA 5P0NA 4U7QA 5P06A 3PI0A 4K4PA 3H0BA 5SZ9A 5P6KA 3NU3A 4APEA 2O4KA 1CMSA 4B72A 3LPIA 3UDHA 5P7PA 2QD6A 3OU3A 3HBOA 5P40A 4YDFA 5P18A 1YX9A 3TOGA 1C6ZA 3QBFA 3VEUA 5OZ4A 2B8VA 4PZWA 2FDDA 3NDWA 2Z4OA 4CPSA 2SAMA 3RSXA 1APVE 1ZSFA 5P0WA 2Q3KA 4Y56A 5OZEA 1W6IA 2BPYA 5HVPA 3KYRA 5DR0A 5P8JA 5T4SA 3UDNA 5P7AA 5DQ2A 3PBDA 4NJVA 5P5SA 6FIVA 4YCKA 1EC1A 5J25A 2AVMA 5KQYA 2QZWA 1FQXA 2ZHVA 4NKKA 2G94A 1A94A 4HLAA 2G69A 2I0AA 2G1RA 5P2DA 3WB5A 1MERA 2WF1A 1APWE 5APRE 5P0KA 2OHMA 1DPJA 1K2BA 5P63A 1FQ5A 2ZJNA 2FDPA 1B6MA 2AOJA 2NXDA 5P00A 1HPOA 3T11A 4CPXA 5P6VA 3I6OA 5P7YA 3EL1A 2AOGA 5P4DA 4LP9A 5P05A 1E82E 5P4MA 3SM2A 1GNMA 3O9LB 3I2LA 3TLHA 1K6TA 2Q55A 1SGUA 1HTGA 2VS2A 1RNEA 5P25A 2NTRA 1HVLA 5P2VA 2FGVA 3ZL7A 4TVGA 3EL4A 4HA5A 4IVSA 4Y3RA 4F76A 3OADB 1GVUA 4EQ0A 4WTUA 2P83A 5P8QA 5P66A 4Y43A 4OC6B 5P8LA 4Y4EA 3ZKQA 2ZE1A 2QNPA 4KUPA 5P56A 2WEDA 4L1AA 4CKUA 3PEPA 4Y3PA 2PYNA 4CP7A 5P1UA 2P3BB 4UPJA 5COPA 5P31A 4MC1A 4LBTA 2FGUA 3OUBA 4APRE 4YD3A 3EKVA 2PWRA 1MRXA 3NU4A 2F3KA 1SMRA 4DJPA 3D3TA 2AZCA 4COEA 1T3RA 1YTJA 4B70A 5OZZA 4XXSA 3ZPSA 3T7XA 3UCBA 2ER6E 4H3FA 4RVJA 4RRSA 1B5FA 3EM4A 4RVXA 5P3AA 5P8MA 2HPEA 5P55A 1HEGE 4AA8A 3OUCA 2P3CA 2BBBA 4Y4TA 1EPME 5P80A 1OEWA 2BKTA 5P2SA 2G20A 2PK6A 5P74A 1AVFA 5P3NA 5P88A 5P2EA 4KE0A 4I12A 3MSLA 1D4YA 2AVQA 2I4QA 4EJKA 3EL5A 3VF3A 3HAUA 5P6OA 2CENA 4ZPGA 4ZSQA 5P6CA 3SKGA 4HZTA 3INFA 3TPPA 3KFPA 3ZOVA 3T6IA 2V10C 1NPVA 2G1YA 5P6BA 4MC2A 4D83A 3NU5A 3LHGA 5P44A 1C6XA 5PEPA 3DV5A 2IGYA 4A4QA 5P1PA 5P82A 2PSVA 5HDXA 4Y3LA 2WF3A 2QMFA 4FRKA 1EPPE 3APPA 1HVKA 5P1AA 3S53A 5P1CA 5P5FA 3WSJA 1C70A 4Y58A 5JODA 1OD1A 5OZYA 1UH9A 4YD4A 2JE4A 5C9DA 3RU1A 2ASIA 4I0DA 2JXRA 5P15A 1FG8C 2OHRA 5OZBA 1TCXA 1IIQA 4EHCA 4RGHA 5P7XA 3VSWA 3KMYA 1GNNA 4ER2E 4FAFA 1PSNA 4GIDA 5HDUA 4AA9A 5P3QA 3OUDB 3VF5A 5P7JA 4Y5GA 3O9LA 4GMIA 3UF3A 1HSIA 3TH9A 3OXCA 2F3FA 5P0YA 5P65A 1M0BA 4J1IA 5P2AA 1W5WA 3VCMA 4AZYA 5OZOA 5B18A 1YT9A 1A8KA 1XL5A 5AH7A 4DJYA 4B1EA 3EKYA 5OZNA 4CPWA 4HEGA 4DUSA 5P6DA 3ZPTA 3GW5A 4D89A 4FM6A 1RPIA 1PROA 3KF0A 4I10A 5P5LA 4K9HA 1LYBA 3CYXA 3HD8A 4J5JA 2FNSA 1Q9PA 3OGPA 1WBKA 5P3DA 5P4KA 5P62A 2FNTA 5P0FA 5P6RA 1AZ5A 3OU4B 3KFSA 5P3EA 3KT2A 2QAKA 2A1EA 4GJ8A 3VV8A 2PWCA 4PYVA 3R0WA 4M8YA 5P8SA 1G2KA 5P4FA 4Y57A 5OYUA 5P5YA 3SLZA 5P47A 3K5DA 1AIDA 5P7DA 5P64A 2FMBA 5SY3A 5AHBA 2IL2A 3S54A 5P85A 3OQKA 3ZLQA 5P50A 5P1SA 3ZKXA 1ODXA 5I70A 4OD9B 3SAAA 3CICA 1KJ7A 1ER8E 2Q54A 5P4VA 5P77A 4EP3A 4LXMA 3ZKNA 4NPUA 3CIBA 1T7IA 1QBSA 4ZSMA 3ZKIA 5P7CA 2VIYA 1Z1HA 1YTHA 1OHRA 4FSLA 4Y38A 4U7VA 4Y4BA 7HVPA 4Y4AA 5P5CA 3OY4A 4QLHA 1EPOE 5P2TA 3O9AA 2BQVA 2QI3A 4D88A 5P2ZA 3SA8A 3S43B 5P6QA 3LIYA 1QRPE 4L7HA 4R8YA 1IZEA 5P84A 3K5GA 4J0TA 4OBFA 1GKTA 5P37A 1EC3A 5P69A 5P86A 4Q1XA 1MT9A 4Q1YA 2AOCA 5P11A 3UQXA 4BFBA 3OTYA 3OUAA 4Y3NA 2BPVA 5P6TA 5P5DA 2QZLA 4ZSRA 4HDBA 2BB9A 2ZHUA 3S85A 4FM8A 5P0EA 2G22A 5P1OA 3O9BA 2AVVA 1AAQA 4YOAA 2J9KA 3UQPA 5P52A 1BIMA 3EM3A 2VKMA 4FRJA 4Y4DA 2OHNA 3KFNA 4GZFA 5P79A 2CEMA 4Y51A 4FAEA 2QI6A 5P0AA 4LXKA 4Y4WA 1KZKA 2O40A 4EJDA 2WL0A 5HE5A 5BRYA 1GVVA 2OHLA 1W5XA 5P2YA 2WECA 2OAHA 5P8OA 4Y39A 4DH6A 2I4XA 4OBDA 5P14A 5P3CA 5P4EA 3GGVA 1SDVA 2IRZA 4EXHA 5OYXA 3ZPUA 1ZPKA 1BAIA 3FNUA 3LZYA 1B6PA 4J1EA 4Y9WA 4GJ9A 2BPZA 4Y5CA 1ZJ7A 5P53A 3OOTA 1HVHA 5P2FA 2IKUA 2RMPA 3OU4A 2BJUA 5KR2A 3O9DA 5P3IA 2VNNA 5P4GA 3PGIA 5P5IA 1W5VA 1EBKC 4BEKA 3PB5A 4I0ZA 3BUFA 1EAGA 1A9MA 5P6PA 4RCDA 3URJA 1E80E 3IXKA 5IVQA 4GJCA 2Q15A 3PRSA 5OZ8A 3B7VA 1QDMA 5OZ3A 4EP2A 1EPQE 2ANLA 5HTZA 4YE3A 1EC2A 4Y3GA 3PWRA 3AIDA 7UPJA 3BXSA 4Y4GA 1HSGA 4XX4A 3T7QA 5P2JA 2PYMA 4E43A 2QD7A 1B11A 2OHQA 3PHVA 3IXJA 1U8GA 3SACA 2FDEA 5OZMA 1T6GA 5P12A 1J71A 2G1OA 4KB9A 2VIJA 4Q1WA 1NPAA 3H5BA 5ISJA 5P4ZA 5P5GA 4OBKA 5P3TA 2F81A 5OYYA 3D91A 1C6YA 5P70A 3S43A 5DPZA 4J17A 1K1TA 5P78A 3O9FA 5P3RA 2IS0A 2G1SA 1MEUA 2IEOA 3MSKA 5P4OA 4FCOA 2ZHRA 4BFDA 3PMUA 5P3MA 3OU1A 4YOBA 1K6VA 5C9FA 4OBHA 1DP5A 1ZP8A 1OEXA 5HE7A 3F9QA 2IKOA 5P2WA 1GVTA 2FIVA 3BVAA 5OZFA 5P1NA 1BDQA 1D4HA 3CYWA 4L7JA 2QHYA 3GI0A 5P2RA 5OZWA 2V12C 5P3PA 1FMUA 3PVKA 3DOXA 1D4IA 3CIDA 5P8TA 4FRSA 5P48A 3LINA 3QIHA 3A2OA 5P57A 5P6MA 2XFJA 4D85A 3PWMA 4J0PA 5OZKA 3EBZA 3K5FA 5P29A 1HXBA 4DJXA 2ZHSA 3HZCA 3JVWA 5P2NA 5P5QA 5HDVA 1RV7A 3DCRA 2ZGAA 4A6BA 4YD6A 2VNMA 3TOFA 5P1ZA 3SA3A 5P36A 5P6HA 2ZJJA 3VUCA 4GYEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PWW A;  5P13 A;  1HVJ A;  4J0Y A;  5P5J A;  5P3O A;  3LNK A;  3SA4 A;  4Y5P A;  4YBI A;  5OZG A;  5P1Y A;  4CMS A;  5P0S A;  2OF0 A;  5ENM A;  3T7P A;  5P0I A;  5OZJ A;  5P6Y A;  4A6C A;  1N49 A;  4HDF A;  3BVB A;  1BXO A;  3C9X A;  4I0E A;  4EXG A;  1IDB A;  5P7S A;  3IXO A;  1APT E;  4DVF A;  2O4P A;  2HB3 A;  2XFK A;  1VIK A;  4DQC A;  4GJA A;  4H3J A;  5P7R A;  2QMG A;  3BGC A;  5P5A A;  5P16 A;  3QVI A;  3QBH A;  3GGX A;  3EL0 A;  5P7K A;  3R0Y A;  1BXQ A;  5P2K A;  4I11 A;  5P8E A;  5OZ1 A;  5DGW A;  2QHC A;  3SA7 A;  3Q5H A;  1GVW A;  3PSG A;  2PSG A;  5P1L A;  1XN2 A;  4N00 A;  1TZS A;  4BEL A;  2I4U A;  2RSP A;  5P8A A;  5OZQ A;  3VV6 A;  5P4Q A;  2WKZ A;  5P0V A;  5CON A;  3LIZ A;  3LPJ A;  1IVQ A;  3QRV A;  5P67 A;  2G27 A;  3D20 A;  4Y5L A;  5P09 A;  4YBF A;  4DFG A;  5P6U A;  5P3K A;  1JLD A;  3UPJ A;  1FQ6 A;  5P4U A;  3RTH A;  2UY0 A;  3EKQ A;  5ER1 E;  3JVY A;  4DPF A;  3KA2 A;  1AJX A;  1ENT E;  4QJ9 A;  3EXO A;  5P7I A;  3T3C A;  5P32 A;  3L5E A;  5P6W A;  1D4L A;  5P3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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