3SA9A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af68
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa9A00
4EJLA 5C9FA 1FG8C 1K1TA 3BUFA 5OYZA 3EL9A 5P5JA 3UQPA 4CPTA 4DJWA 4DQEA 4Y3GA 5P6XA 3SO9A 1HSGA 5P0TA 2OHNA 5P7WA 5P3WA 1AXAA 1GKTA 2FGVA 1EC1A 1ODXA 1AIDA 1CPIA 4J55A 3ST5A 5P6CA 5P48A 3NU6A 2VA7A 5P0PA 5C9DA 3OAGB 5DQ2A 5P0NA 1SDVA 4YBIA 3KDDA 5P3ZA 4YCTA 2F3FA 4EP3A 4DPIA 4EYRA 4RCEA 5P65A 3SM1A 3OXVA 2HM1A 2P3DA 2P8HA 3PB5A 4MC9A 5P88A 4EP2A 2Q15A 2V11C 5P26A 4Y3WA 1LZQA 7HVPA 3KYRA 4Y3QA 3TKWA 4BFDA 3FSMA 5P2ZA 4LXAA 5P6DA 4FSEA 3DM6A 3HVGA 1EBYA 5P77A 5OZMA 5P1PA 5APRE 3TKGA 2FMBA 5OZEA 1PPME 1T7IA 2WF2A 3ZKIA 4AUCA 5P6QA 1BIMA 2QK5A 4WTUA 2V12C 5P51A 2XFKA 3L5BA 5P7TA 5P71A 1PSAA 1FGCC 2R3WA 1HHPA 4D89A 3I8WA 4Y3EA 1K6TA 3TH9A 4J1KA 2BQVA 4Y3TA 5ISJA 1MT9A 4FRJA 4Y38A 1NH0A 5BWYA 1LEEA 5P3YA 3B7VA 5OZIA 3CICA 2WJOA 3CMSA 5P8PA 3QVCA 3SPKA 5P46A 2QMFA 4FLGA 3K1WA 4Y41A 2IKUA 3KMYA 3VV6A 4UPJA 3AIDA 4ZLSA 5P7KA 4Y3AA 3VFAA 3B80A 1A30A 5P31A 4I10A 3S53A 4Z4XA 3HD8A 3QI1A 3LZVA 3VF5A 2OHRA 5P33A 1EPOE 3VYEA 1ZJ7A 2FIVA 3N4LA 3WZ6A 3IGBA 4OBKA 1HBVA 5P02A 5P3CA 5P1RA 3EKTA 3N3IA 2V00A 1JLDA 5P8RA 3TTPA 2V16C 3KFPA 1Z1RA 4JOOA 1MT7A 1FFIC 1FMBA 3OQFA 5P44A 1HTFA 5OZBA 5ER1E 5P5OA 5P7DA 3LIQA 5P0FA 5P15A 1LYAB 3DJKA 3UDKA 3NDXA 5P3TA 5C9BA 3Q4BA 4LAPA 1EBZA 2R5QA 2AVQA 3QBHA 1UPJA 2PK6A 5P8BA 3ZKSA 3T7PA 2WEAA 5P5IA 5P6HA 3EM4A 2I4UA 2ZJHA 3SA6A 3PLDA 5OZSA 4DVFA 5P7ZA 2NR6A 2VIZA 5P32A 4GJ9A 1MRXA 2BKSA 5P0ZA 4YOAA 3U71A 3UHLA 1PSNA 5OZ9A 4LHHA 3Q70A 5HVPA 1KJ4A 5HD0A 1HXBA 5OZPA 2QI7A 2QP8A 2J9JB 2HB4A 2IQGA 1APVE 4FS4A 1MPPA 1TQFA 3EL5A 4PYVA 4EQJA 3NDTA 4Y4XA 1Q9PA 5PEPA 1FKNA 1ODWA 4TRWA 5P8MA 4R93A 3PWRA 5P87A 4YD7A 3BRAA 4GZFA 4Y5KA 3EBZA 1M0BA 5P2HA 2QI3A 3DCKA 3OUCA 2UPJA 5P7NA 3EKYA 5HE5A 1A8GA 1XDHA 3OXCA 3L5EA 4J1IA 5OZ7A 5HDUA 4Y56A 5P67A 2AQUA 5COKA 4DQCA 5OZWA 3K4VA 2P4JA 2WL0A 3IXOA 3TPJA 2R38A 5P7IA 4EPJA 3EKPA 3TL9A 2P3BA 1RL8A 4RRNA 2G94A 2QNPA 3OTSA 3DV5A 5P3QA 5P5GA 5P3HA 2APRA 2I4QA 4RVJA 4U7VA 4I12A 3LHGA 5P68A 3SABA 2QD6A 5IVTA 1ZBGA 2VIEA 3VLBA 5P7FA 5ISKA 3A2OA 1KZKA 3ECGA 3OWNA 2FS4A 3MXDA 1SH9A 2BPZA 1AVFA 2VA5A 3EM6A 3UDHA 2OHLA 4RVIA 4GJCA 4Y36A 3RSVA 5OZ8A 5OZKA 4JECA 3PJ6A 1MTRA 2F80A 2B7ZA 5OYRA 1FMXA 3PSGA 5HU1A 5P5EA 1NPAA 2VJ7A 4YD6A 1YG9A 5HE7A 5P03A 2XFJA 4Q5MA 5P4UA 5IVQA 1K6PA 1B6KA 3G6ZA 1HWRA 5P8KA 4Y3PA 3GW5A 1EPPE 3GGAA 5P8DA 3OU3A 1F7AA 1MUIA 4Y4GA 1E80E 3APPA 4R5NA 3G70A 4DJYA 5I70A 3UQRA 2AZ9A 3RU1A 5P1WA 4ZSPA 2F8GA 1FIVA 5EZXA 3PLLA 3TPPA 4OBZB 2QU2A 1D4YA 1LYAA 5P4LA 3VSXA 1YM2A 4M8YA 5P43A 2IKOA 1D4JA 5DR8A 5P22A 5P8LA 1YM4A 5AH8A 3VYFA 5P63A 5KR2A 3VEUA 3KDCA 4Y4UA 4Y4JA 5P8QA 3S7MA 2PK5A 5P2CA 2AVSA 4OBHA 2QU3A 4LC7A 4KE1A 4L6BA 2XYFA 5P1EA 3LZUA 3UQWA 2ER9E 2ZHVA 5P5HA 3UFLA 2BB9A 1XE5A 2G26A 1IVQA 4J17A 5AGZA 1Z8CA 1MESA 4GIDA 2HB3A 1F34A 3AUPA 4EJ8A 5KQXA 5P6TA 4R91A 5P35A 5P06A 5P6EA 1BV9A 5P4EA 1HPVA 5DPZA 3O9CA 1HIVA 5P4JA 3PEPA 1HEGE 1NSOA 3VSWA 2HPEA 4HVPA 1HVLA 5P1FA 1HVKA 3VUCA 5P7QA 2ZJJA 1XL5A 2AZ8A 4PPHA 4QLHA 5OZZA 4DQHA 2QI4A 3FNUA 4K9HA 2I0DA 2RENA 1IDBA 2O4SA 3GGUA 3OGQA 5P3JA 5DGWA 1B5FB 4DUSA 1KJFA 1EPME 3QROA 2ZJNA 5SY3A 3RTMA 4XX4A 1IZEA 1SDTA 5P07A 3BVBA 2ZHSA 3SA3A 1SMRA 5P7CA 5P2MA 5JG1A 4IVSA 2Q54A 1FFFC 4GJ5A 5P4AA 3O9BA 2ZJKA 4H3IA 5P5CA 3EL4A 4NPUA 5P85A 4FRSA 3PCWA 4J0PA 4YA8A 2P3AA 2BPWA 5P4WA 4ACXA 5P4QA 1OD1A 4Q1XA 5OZHA 4H3GA 1YTIA 5P1ZA 3S43B 3IAWA 1HTGA 3INDA 4HA5A 5P3NA 3KT2A 2I4DA 3GI0A 2R5PA 4Y4BA 3TOHA 3Q3TA 5P1BA 3UDPA 5OZUA 4Z2ZA 5P18A 4YBFA 2AOEA 1N49A 1IBQA 5J25A 5UPJA 4RYGA 5AH6A 4YOBA 4GMIA 4QJ6A 5P6BA 3O99A 5OZTA 5P39A 2IS0A 2F3KA 4Y4EA 2OHUA 1TW7A 3D3TA 1SBGA 3TPRA 2BPXA 5JODA 5P5VA 1ER8E 3Q6YA 4DQFA 4Y44A 2QHCA 1G2KA 2V13A 2V0ZC 3OU4B 1W51A 3PBDA 3OU1A 4DV9A 3PBZA 7UPJA 5P1QA 3UDRA 5SXNA 4J1CA 5P6PA 2RKFA 4RVXA 4ER2E 3LIVA 5P53A 3ER5E 1QBTA 1DPJA 2AOIA 3LIXA 2ANLA 4Y39A 5P3LA 5P05A 4B1EA 4TRYA 5P0HA 1GNMA 3OOZA 4Y45A 4L7GA 4Y5AA 5P5KA 3NU5A 3NYGA 5P0OA 2WKZA 1B11A 3NDWA 3OQ7A 3OHHA 4EHCA 4B05A 5F00A 1IZHA 3MXEA 5P57A 1HEFE 2NXMA 3UQUA 4JP9A 1D4IA 2JJJA 4K4QA 5DR0A 5OZ5A 1KJGA 4A4QA 5OZ4A 3PHVA 3O9DA 5P81A 1GVVA 1OEWA 5P5ZA 5AH9A 3APRE 1IDAA 4RGHA 3WZ8A 1OHRA 5P4DA 2BKTA 4YE3A 2F3EA 5P83A 3OADB 2A1EA 3D91A 4ZPEA 5B18A 4I8ZA 4FM6A 4NJVA 5P0XA 3BXSA 2ER6E 3O9LA 5P25A 4Y3SA 4HDBA 2O4KA 1MVPA 1B6MA 3R1GB 4OC6A 5P1AA 5P5XA 3RSXA 2PWCA 5P0EA 4EJKA 1KJ7A 5P4TA 2WHHA 5P6WA 2OAHA 2BBBA 2VIYA 4GJ6A 5P7BA 3L5DA 3RTNA 1B5FA 3CKPA 2PH6A 3CYXA 5P56A 5P7HA 5OYSA 4Y51A 2P3BB 2CENA 5P6LA 4XX3A 2R3TA 5KR0A 1W5YA 2ZJLA 1D4KA 4BELA 3S56A 2FXEA 3MSKA 3INHA 3CIDA 3KN0A 2QNNA 3DK1A 2QI6A 3TOFA 4NJUA 4Q1YA 4Y3JA 3LZYA 3S43A 1GNOA 1W6IA 1RV7A 1FEJC 3OUDA 4KE0A 1EC2A 5P2BA 1EPQE 4CPUA 1FQXA 5P0KA 1EEDP 5P0IA 1A9MA 1W5XA 5KR8A 5P1JA 4PEPA 5KOQA 3O9EA 3UPJA 4I8WA 5HDVA 5P2OA 4Y4ZA 4X2LA 2WEZA 5CLMA 1GNNA 3SACA 3SM2A 3EL1A 1PROA 5P2GA 2HAHA 4R92A 4ZSQA 3UFNA 2I0AA 2AZCA 1UH8A 1ZSRA 5P1MA 5DGUA 5P0MA 4YDGA 4F76A 1BWBA 1SDUA 4CPQA 3JW2A 1J71A 3LPIA 1K6VA 3OU4A 3PCZA 1XL2A 3ZKNA 3LINA 4X7IA 5P6AA 4H1EA 4GB2A 5P2XA 5P49A 4A6BA 3L58A 4CP7A 4S1GA 5P8SA 5P1IA 4FE6A 4NJSA 1YTGA 4B77A 1M4HA 5P89A 5KQZA 1ZPKA 4QJ7A 4EXHA 3QAAA 4CPRA 4Y43A 5HE4A 2G1RA 3ZPSA 4Y3FA 4AMTA 3L3AA 2FXDA 1HIIA 3SFCA 2RSPA 4MC1A 4B70A 3Q5HA 5P2WA 4LXMA 1EPRE 2FDEA 2BJUA 4Y3YA 3M9FA 3UDYA 4ZEAA 3S2OA 4CPWA 3TLHA 5P5PA 1K6CA 1SIVA 2CEMA 5P47A 1BV7A 4DQGA 3VLAA 1K2BA 1M43A 1PPKE 1T6GA 5P0RA 3LITA 4EQ0A 2I4WA 3K5GA 5P40A 1TZSA 3LPKA 5P1LA 5P2IA 4Y35A 4HDFA 3OADA 5COPA 3KMXA 4MC6A 4DJUA 4NKKA 4J0VA 3BXRA 5P0AA 5IVRA 4DI2A 1EPNE 5KQFA 3DUYA 3HLOA 2PQZA 3NDUA 4HZTA 5OZ0A 3EXOA 3L38A 5P3DA 3SQFA 4HE9A 3SA4A 4Y50A 2JE4A 5P1SA 4YD3A 5P7AA 3L5CA 3ZKGA 2AVMA 5OZDA 3RVIA 1E81E 3L5FA 1HXWA 4QJ2A 5COOA 5P2UA 1WBKA 1BDLA 3MSJA 4CMSA 4ZSRA 3BUHA 5P5QA 3H0BA 5P24A 4FM8A 4Y5GA 4CPXA 1FG6C 3O9HA 5OZNA 5P38A 1D4LA 5P8NA 3R0WA 3NLSA 3WZ7A 2PSVA 2RKGA 2Q64A 1MIQA 3EC0A 5P27A 4BFBA 1C70A 1XN3A 3IN4A 3URIA 1G0VA 3HAUA 3PI0A 1YTHA 5SZ9A 1TCWA 5P4MA 1BWAA 1DIFA 4JPCA 3HVPA 4GJAA 3GI5A 5P5LA 5TOLA 3URLA 4J1FA 5P37A 5P1KA 2OHSA 5P7EA 2QZKA 2VNNA 5P04A 5P0SA 5ENKA 4OBFA 1HVJA 4H3FA 3BGBA 2IGXA 4PZWA 4I0DA 5P2DA 2WF1A 4YCYA 2EWYA 3OQKA 3OTYA 5P5YA 4FAEA 1VIJA 5P6VA 2QHZA 4YDFA 5P4RA 2G27A 4Y3LA 2J9KA 1ZPAA 5IS4A 3OU1B 4U7QA 4ZPGA 1YX9A 1AJXA 3KDBA 5E5KA 1C6ZA 1AZ5A 1HPOA 4QJ8A 3NUOA 2ZYEA 4D88A 2B8VA 2NXLA 4I1CA 5P3MA 2B42A 5P0WA 5KAOA 3NU9A 3ER3E 1LS5A 5P0DA 3QVIA 5P54A 4RCDA 3LIYA 1TSUA 1BDRA 1TSQA 5P4GA 4KB9A 4IVTA 5P3IA 5OYYA 4Y5MA 5P1YA 5P6FA 3UDJA 1B6PA 2VA6A 3KM4A 4B00A 5HTZA 2NXDA 5P6GA 3K4VC 4JPEA 5DQCA 2MIPA 5P8JA 2V10C 2NMZA 5P4SA 2QI5A 5P16A 1T6EX 3C9XA 5AHBA 1HVIA 4K4RA 4M8XA 3LZSA 4Q1NA 5P23A 2G1NA 4WY1A 1K2CA 1T3RA 3UF3A 5HDXA 5OZVA 2VIJA 5P1DA 4QJ9A 3OQAA 5P4KA 5P7XA 4ZSMA 5JFUA 5ENMA 4RROA 3D1ZA 5P66A 4ZE6A 3OK9A 5IVSA 5EZZA 1FQ6A 5HCOA 1XS7D 5P4FA 2WF4A 3K5FA 3O9LB 5T4SA 4K8SA 4Z50A 3OUBA 3QRMA 5DR7A 2PC0A 5P78A 4OC6B 5JFPA 5P11A 1HOSA 3VF7A 3VV7A 1BAIA 3INFA 5HCTA 3VF3A 3KFRA 3INEA 1ZSFA 2FDPA 1WKRA 3O9GA 1ODYA 4WY6A 1W50A 5P7YA 3PM4A 3HAWA 3ZKMA 5KR1A 1B6JA 5IE1A 2Q5KA 4AZYA 2AVVA 1HVRA 1D4SA 2PMAA 3QRVA 3I6OA 4TRZA 5OYTA 5P58A 4B1DA 5P80A 3NWQA 5P3KA 3GGVA 5OZOA 3MWSA 1ZP8A 4RLDA 5P6YA 1APUE 4FL8A 3RTHA 1HPSA 3OUDB 4ER4E 1RQ9A 3U6AA 2RMPA 5OYVA 1D4HA 5P1CA 4J0TA 5P4BA 1MT8A 1META 3QS1A 2O4LA 3LIZA 2VJ6A 2PSGA 3IA9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJL A;  5C9F A;  1FG8 C;  1K1T A;  3BUF A;  5OYZ A;  3EL9 A;  5P5J A;  3UQP A;  4CPT A;  4DJW A;  4DQE A;  4Y3G A;  5P6X A;  3SO9 A;  1HSG A;  5P0T A;  2OHN A;  5P7W A;  5P3W A;  1AXA A;  1GKT A;  2FGV A;  1EC1 A;  1ODX A;  1AID A;  1CPI A;  4J55 A;  3ST5 A;  5P6C A;  5P48 A;  3NU6 A;  2VA7 A;  5P0P A;  5C9D A;  3OAG B;  5DQ2 A;  5P0N A;  1SDV A;  4YBI A;  3KDD A;  5P3Z A;  4YCT A;  2F3F A;  4EP3 A;  4DPI A;  4EYR A;  4RCE A;  5P65 A;  3SM1 A;  3OXV A;  2HM1 A;  2P3D A;  2P8H A;  3PB5 A;  4MC9 A;  5P88 A;  4EP2 A;  2Q15 A;  2V11 C;  5P26 A;  4Y3W A;  1LZQ A;  7HVP A;  3KYR A;  4Y3Q A;  3TKW A;  4BFD A;  3FSM A;  5P2Z A;  4LXA A;  5P6D A;  4FSE A;  3DM6 A;  3HVG A;  1EBY A;  5P77 A;  5OZM A;  5P1P A;  5APR E;  3TKG A;  2FMB A;  5OZE A;  1PPM E;  1T7I A;  2WF2 A;  3ZKI A;  4AUC A;  5P6Q A;  1BIM A;  2QK5 A;  4WTU A;  2V12 C;  5P51 A;  2XFK A;  3L5B A;  5P7T A;  5P71 A;  1PSA A;  1FGC C;  2R3W A;  1HHP A;  4D89 A;  3I8W A;  4Y3E A;  1K6T A;  3TH9 A;  4J1K A;  2BQV A;  4Y3T A;  5ISJ A;  1MT9 A;  4FRJ A;  4Y38 A;  1NH0 A;  5BWY A;  1LEE A;  5P3Y A;  3B7V A;  5OZI A;  3CIC A;  2WJO A;  3CMS A;  5P8P A;  3QVC A;  3SPK A;  5P46 A;  2QMF A;  4FLG A;  3K1W A;  4Y41 A;  2IKU A;  3KMY A;  3VV6 A;  4UPJ A;  3AID A;  4ZLS A;  5P7K A;  4Y3A A;  3VFA A;  3B80 A;  1A30 A;  5P31 A;  4I10 A;  3S53 A;  4Z4X A;  3HD8 A;  3QI1 A;  3LZV A;  3VF5 A;  2OHR A;  5P33 A;  1EPO E;  3VYE A;  1ZJ7 A;  2FIV A;  3N4L A;  3WZ6 A;  3IGB A;  4OBK A;  1HBV A;  5P02 A;  5P3C A;  5P1R A;  3EKT A;  3N3I A;  2V00 A;  1JLD A;  5P8R A;  3TTP A;  2V16 C;  3KFP A;  1Z1R A;  4JOO A;  1MT7 A;  1FFI C;  1FMB A;  3OQF A;  5P44 A;  1HTF A;  5OZB A;  5ER1 E;  5P5O A;  5P7D A;  3LIQ A;  5P0F A;  5P15 A;  1LYA B;  3DJK A;  3UDK A;  3NDX A;  5P3T A;  5C9B A;  3Q4B A;  4LAP A;  1EBZ A;  2R5Q A;  2AVQ A;  3QBH A;  1UPJ A;  2PK6 A;  5P8B A;  3ZKS A;  3T7P A;  2WEA A;  5P5I A;  5P6H A;  3EM4 A;  2I4U A;  2ZJH A;  3SA6 A;  3PLD A;  5OZS A;  4DVF A;  5P7Z A;  2NR6 A;  2VIZ A;  5P32 A;  4GJ9 A;  1MRX A;  2BKS A;  5P0Z A;  4YOA A;  3U71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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