3SAAA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af77
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3saaA00
2IDWA 1HRNA 5P36A 1T7IA 4I11A 3TH9A 1B6LA 2AOFA 2ER6E 1SDUA 4CPSA 1B5FB 5P8QA 5P44A 3ZKXA 4Y45A 1SP5A 3KF0A 5P8PA 3WSJA 3O9IA 2ZJLA 2P3AA 1LYBB 3HDKA 5P6EA 4B00A 2OHKA 4MC2A 3ZPTA 2PQZA 3PJ6A 4DJPA 3INEA 5P8GA 4NJSA 5P46A 2QZWA 1NPVA 4QJ2A 3TTPA 2R38A 1HBVA 1FGCC 4RGHA 3CMSA 3EKPA 1LYWA 4Y39A 2R9BA 3VV8A 5P82A 4EHCA 5IS4A 4F75A 5OZIA 5OZAA 4NJUA 2NPHA 2ZYEA 1XN3A 5P55A 2WEDA 2JJJA 3CIDA 1EBKC 4NKKA 1BIMA 3OU1A 3PEPA 3O9HA 4DUSA 3LITA 3FIVA 4DJXA 5P0TA 4Y3EA 3FKTA 4TRYA 3OAGA 4HE9A 4KE1A 5DR1A 3SACA 4L7JA 2Q3KA 2OHUA 5P7HA 1LF4A 3NDXA 1XS7D 2BB9A 5P8DA 2G27A 3HAWA 3I8WA 1UPJA 4FAEA 4PZXA 4Y38A 5AH9A 4J1CA 2G1OA 5AHAA 2V10C 2V0ZC 5OZMA 3OU3A 5P65A 2PK6A 2V00A 1FQXA 2QU3A 3SLZA 2QMGA 5P7MA 5P0GA 4EP3A 4QJ8A 4Y4WA 4EJLA 5IE1A 1HPSA 5P2VA 4GB2A 3VUCA 5P0NA 1MTRA 4RZ1A 4EYRA 5P0KA 4KUPA 1HIIA 1W50A 1YTJA 2Q5KA 3PBDA 5ISKA 5BS4A 5P0AA 3ZKGA 4FM8A 2R5PA 4U7VA 4J0YA 4WY6A 5P5MA 3URLA 4COEA 5P4JA 3S56A 2O4SA 1XDHA 2PSGA 1E80E 2ER9E 2BPWA 3QAAA 5OZNA 5P2OA 2QCIA 3FSMA 4Y4DA 4Y48A 4R91A 3HVGA 3GI0A 3S8IA 1EBZA 4Y5LA 5P6NA 1META 2VA7A 5P29A 3PRSA 4Y3AA 1G35A 2PMAA 4GJ6A 1QBTA 1APWE 4NPUA 3H0BA 1FFFC 4LC7A 4BFBA 2UY0A 4J54A 3S54A 1T7KA 4Y44A 4DQBA 1IZEA 1HVHA 5DR3A 5P00A 3BVAA 4YDGA 5OZTA 5P5XA 3OUCA 2PH6A 3PI5A 1VIJA 5P09A 5PEPA 5P1WA 2BPZA 1IBQA 2VNMA 1K2BA 4I0JA 3VG1A 3QI1A 2AQUA 2IL2A 3RSXA 5P40A 4AUCA 3PB5A 4TRWA 3NDUA 3L5DA 2XFIA 3PGIA 3KDDA 1YT9A 4PEPA 2Q64A 4LBTA 3UQRA 1SIPA 2FXEA 4Y5KA 3PLLA 1E81E 5P4FA 5P8JA 2O4KA 5OZCA 1HIVA 2AVQA 1LF2A 1FG6C 5P6TA 3S43B 5P06A 1XE5A 1BDQA 4Y4JA 5P4CA 5DR0A 1KZKA 3K1WA 5P56A 4Y3FA 3LZSA 1MSNA 2WJOA 2WF0A 4GJ5A 5P24A 3I25A 3OUAA 1B6MA 4YD6A 2WECA 3NU4A 5P4WA 1G2KA 3QN8A 1GVWA 2PYNA 5DR8A 3NDWA 2IQGA 2O4LA 5DR7A 2QI7A 5C9DA 3EKYA 3ZOVA 2R3TA 5KR2A 5P27A 5P3PA 5P1SA 3O9FA 5P2NA 2G24A 1G0VA 3O9LA 4Y3HA 2AOJA 4YOBA 2FIVA 5P7TA 2I0DA 1MT8A 5OYVA 1EC0A 3NDTA 1RL8A 5P1FA 3BXSA 5P20A 5HE5A 1MESA 1ODXA 5P5SA 2OAHA 1LYWB 5P1UA 2VA6A 3BRAA 5P59A 5HU1A 4Y4XA 3ZPUA 4GJDA 4Y5EA 4ZSPA 3R4BA 3URJA 5P2CA 2NXMA 3T3CA 3OU1B 3SA7A 1DIFA 3KM4A 3NU5A 5HCOA 5P3IA 1PSOE 3CKPA 1HTRB 5P5NA 3K4VA 1K1UA 3VV6A 3OGPA 5P81A 5P1EA 3LPKA 4Y3WA 4GJBA 1BXOA 3L5FA 3S7MA 1EPOE 3VV7A 1MEUA 4J1IA 3ZKQA 5OZLA 1HHPA 1ODWA 5ER2E 1EC1A 5P0HA 1W6HA 1MT9A 4YHQA 5P2DA 5OZFA 3LNKA 5P5OA 2IKOA 3LPIA 2I4VA 5P70A 2ZGAA 1XN2A 3CKTA 5P22A 4ZLSA 1HVRA 3LZVA 5P8UA 4DPIA 1A9MA 4Y3PA 2WEBA 4Y58A 1HSIA 4YOAA 3JVYA 3L3AA 3PHVA 4RVIA 2VNNA 5P0YA 5P58A 5P8AA 1M4HA 4YD7A 3GGUA 3VSXA 5KQXA 5P1MA 4E43A 5P41A 4R92A 4LP9A 2B7ZA 4GZFA 2I4QA 2G1YA 1RV7A 1D4KA 3SPKA 3BGCA 4QLHA 4Y3TA 3VSWA 5TOLA 1F7AA 3UQUA 1Q9PA 4ZPGA 3DOXA 5P6KA 5OYUA 5P5BA 4JECA 2HB4A 1EPNE 4A6CA 3MWSA 5P30A 3INDA 1FFIC 5B18A 5P4DA 4WY1A 3SA4A 3UDKA 3O9DA 5P8SA 5P7XA 5P6PA 2UXZA 4U8WA 5P7JA 3L5CA 2OHTA 5KQFA 3PSUA 5OZQA 3SO9A 4FGXA 3BVBA 3UDHA 4KE0A 1PROA 5P69A 3KT2A 5P0QA 2CEMA 2AZ9A 4DJYA 2NNPA 4GJ7A 5P0WA 4D83A 1Z1RA 4JP9A 4GJCA 4FRSA 4GMIA 5P0PA 1HXWA 2OHLA 1IDAA 4NJVA 2AODA 5P7RA 5P4UA 4PYVA 3KFRA 2OHSA 4K8SA 4ACXA 3T7PA 4B77A 5ISJA 1D4HA 5P2UA 3NUJA 4NPTA 3INFA 3D1YA 4F73A 1FQ4A 3UDPA 3EL5A 4KB9A 2FS4A 4TVGA 5P1IA 3EXOA 4APEA 2WF2A 2VJ9A 1D4LA 2AOCA 2P8HA 3DK1A 1DW6C 5P43A 3KMXA 2QD7A 2G1SA 1HVLA 1JLDA 3DV5A 1APUE 2V13A 4H1EA 4RROA 5P1TA 5AH8A 2HB3A 2MIPA 4MC6A 4FLGA 4LXAA 5P67A 3PM4A 1ZJ7A 5P4VA 3T6IA 1DMPA 5P3GA 3FV3A 4Y3GA 4RYCA 4AA9A 4RRNA 5P1ZA 4L7HA 3O9LB 4Y5NA 5P13A 5P3FA 1IZHA 5P6GA 5J25A 4FS4A 5P34A 3MXDA 1DAZC 5P6VA 1VIKA 2AVMA 2ER7E 5P76A 2QMDA 1HEFE 4R95A 3LZUA 2B8VA 5P79A 9HVPA 3ER5E 3EL1A 3L38A 4OBZA 3OQDA 5KR8A 1FQ6A 3MXEA 3ZL7A 4ZSRA 4ZSQA 5P8IA 5P0LA 1IIQA 4DJOA 5P4SA 5P53A 3AUPA 4EWOA 3TOFA 3K5FA 5P4AA 2I4XA 2V16C 5P8CA 3GGXA 5F01A 5P5RA 5SZ9A 2HIZA 3OHHA 5P6RA 3UFLA 2XFJA 3ECGA 2HS1A 4RCDA 5P6UA 1HEGE 2A4FA 4Y4AA 2Z4OA 5P4ZA 5P3UA 1ODYA 1SGZA 4Y4ZA 5C9FA 3IVHA 3JW2A 5P5YA 1UH8A 5AH6A 3EKWA 4DPFA 4XX4A 3S43A 4QGIA 3LZYA 2ZJIA 2NTRA 4Q1XA 5P6YA 4Y36A 5P2GA 5P8RA 4YBFA 2BQVA 4BFDA 2F3FA 5KR1A 1IDBA 3IAWA 3HAUA 5P7VA 2OF0A 5P4YA 1TCXA 1NH0A 2NNKA 2P3CA 4J0PA 1SGUA 2IRZA 1T6GA 2QI3A 4OBFA 3TLHA 2IKUA 5P52A 4GJ8A 4LL3A 3R1GB 2HPEA 3RU1A 1B11A 5P3CA 5P7GA 4CPWA 5P1JA 4GYEA 3C9XA 1A94A 4Y57A 3KMYA 3BGBA 4ZIPA 5P61A 5P4GA 5P4IA 5P16A 3GI6A 3O9CA 3LIVA 2R43A 4Y37A 3PWRA 5P0MA 2P4JA 2NXDA 3NXEA 4DJUA 1AVFA 5OZPA 4PHVA 2IEOA 3UFNA 3HBOA 3INHA 2BKTA 2Q63A 3TPPA 5FIVA 3T7XA 4R8YA 6APRE 2AZBA 3A2OA 3I7EA 5P6QA 3OU4A 4B78A 2O4NA 3BUFA 5P1KA 2Q55A 1ZAPA 4LAPA 1W6IA 5CONA 3VYDA 5P3DA 5OZ7A 2Z54A 5P6HA 1UH7A 4Y5BA 3UTLA 2ZHTA 5P3QA 4FAFA 4J0TA 1TW7A 1FQ8A 3BUGA 4I12A 5DQ4A 5P01A 2QZLA 2P83A 3M9FA 4Q5MA 2VJ6A 1K2CA 1HVJA 4ZSMA 2F3KA 1W5VA 3OADA 5P39A 5JFPA 2G20A 2JE4A 5DR4A 4EJDA 3U71A 4Y51A 5P05A 2QNNA 3VFBA 1PSNA 1HSHA 3I6OA 1YM2A 4GIDA 3ZKNA 4DV9A 5P1DA 2XYFA 5APRE 3B7VA 4Y5MA 5P7WA 2FNSA 5P3RA 4JPEA 5P63A 3EL9A 4J55A 3NU6A 1FKNA 3JVWA 3TKGA 2F81A 3LIZA 5P86A 2FXDA 3UDNA 3VF7A 3KN0A 5EZXA 2AVOA 4JOOA 2WEAA 5AGZA 4HDPA 3G72A 4Q1YA 3L59A 3PLDA 1A8KA 4X7IA 1KJ7A 5P48A 3RVIA 2QMPA 5P2RA 3OGQA 1U8GA 2QHZA 4DQGA 2QI0A 2ZDZA 2QI6A 1EPPE 2JXRA 2AZ8A 1HTGA 1LZQA 3H5BA 3ZKMA 5OYYA 4BELA 4B1CA 5AHCA 5P5FA 4RLDA 1LEEA 5P03A 5P2SA 1N49A 1ZPAA 5P62A 4B72A 1ENTE 4OBKA 5HDVA 5P7ZA 7UPJA 4I8WA 3S45A 5P0CA 4OBZB 4XX3A 5P37A 1G6LA 4Y56A 5P4BA 3OXCA 4Q1NA 1PSAA 2G1NA 5E5JA 2QHYA 4ZPFA 5P02A 4Y4EA 5P0JA 4B70A 2QI4A 4CPRA 1E82E 4DQHA 3VF5A 3VYFA 4DH6A 4YD5A 1EPME 1TQFA 5P4EA 5P5PA 4I0FA 3SM1A 5OYWA 5P2ZA 5P7EA 3Q6YA 3G70A 5P51A 1MRWA 2G69A 5P6DA 2V11C 4K4QA 3IN3A 4X2LA 2HS2A 3IGBA 4HA5A 1YTIA 1HOSA 3EKXA 3PMYA 3PSYA 5P7FA 2I4UA 2IENA 5OZRA 1AIDA 4CMSA 5OZ5A 5P3XA 2ZHSA 3OQFA 3IVIA 3U7SA 4Q1WA 4DQCA 5OZ6A 3TPJA 4RCFA 3EM4A 5P1XA 5P5JA 5P5HA 5P0OA 1HVSA 5P1NA 3DV1A 5P07A 3EM6A 2H6SA 4ZPEA 1HTEA 2V12C 4Y3DA 5F00A 5P1CA 4Y4UA 3EMYA 3PCWA 5P3WA 5OZUA 1LS5A 5P1LA 2AOHA 3QS1A 1OHRA 5OZHA 5OZVA 5P88A 5P5TA 1HPXA 2J9KA 3KT5A 5P5QA 1OD1A 3D91A 4Y9WA 3WZ8A 4GJAA 5KOQA 1TSUA 5P6MA 1DPJA 3DUYA 3QPJA 5DQ1A 1EC2A 2ASIA 2NMZA 5DGUA 5I3WA 4U7QA 3ZPSA 4K4PA 5P32A 3OQAA 5P2YA 3OU4B 5HVPA 1BV7A 5P0FA 5KQYA 3NSHA 4TRZA 4OC6B 4Y41A 5P12A 3TPLA 3TOGA 3SA5A 4Z2ZA 3EL0A 1NSOA 2RENA 4EP2A 5P0IA 3HZCA 3FX5A 5P31A 1HPVA 4B1DA 2HM1A 1FMUA 1KJ4A 5P2WA 1MSMA 3NWXA 3EC0A 3OQ7A 4Y53A 4PPHA 1NPWA 2UPJA 1BDRA 1QDMA 3OADB 2AOGA 2G21A 5P7UA 4OBHA 1A8GA 5P5DA 3NUOA 2WL0A 1AJXA 4AZYA 1SIVA 2G94A 3BUHA 3ZKSA 2IGYA 3R2FA 3Q3TA 3R0YA 3VLBA 5IVTA 4Z50A 5P0VA 4R93A 3N3IA 5P1VA 5HDUA 5P7LA 2ER0E 1KJHA 2VA5A 2FDEA 1T3RA 5P4PA 3U6AA 5P77A 1MERA 3DJKA 1ME6A 2RKGA 5E5KA 2XYEA 4NJTA 1MUIA 3KYRA 2F8GA 4I1CA 3KFNA 1DP5A 5P08A 5P72A 3O9AA 4L6BA 4XKXA 1QS8A 5I3YA 5P0XA 1SBGA 3AIDA 3N4LA 4F74A 1K6PA 3FNUA 4D88A 4L1AA 2Q54A 5OZKA 3F9QA 5P4KA 1MVPA 3UDMA 3FNSA 2ZHUA 4ER1E 5P6ZA 4A4QA 1D4SA 3EKVA 1YTHA 1Z8CA 5P7SA 1GNMA 5P6WA 5P1QA 1GVXA 4HDFA 1T7JA 5P19A 5P7KA 1GVVA 4LXKA 5OZSA 4FM6A 2VKMA 2F80A 1FMBA 2A1EA 2FDPA 3NWQA 2AIDA 4ACUA 4Y5PA 1FEJC 3QRSA 3KDCA 1CPIA 2B42A 5P26A 4Y5CA 5P5AA 1FIVA 3LINA 1LYAB 4Y4GA 3QROA 3UQWA 4K9HA 3CYWA 4JPCA 3WB4A 5COKA 5DQ2A 1B6PA 3EKTA 5P2LA 5P3HA 2OHNA 5P3JA 1HWRA 2JYSA 4FRKA 3O9GA 2ZE1A 3CKRA 5P3YA 1PPLE 2QP8A 2ZHRA 5P80A 1IZDA 4A6BA 1HXBA 5HE7A 5P4XA 1C6XA 4I0DA 5P3OA 3CIBA 3TPRA 2AVSA 3OK9A 4YD4A 2FGUA 3VLAA 4EXGA 2QHCA 2IS0A 1HVCA 3GGAA 4F76A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IDW A;  1HRN A;  5P36 A;  1T7I A;  4I11 A;  3TH9 A;  1B6L A;  2AOF A;  2ER6 E;  1SDU A;  4CPS A;  1B5F B;  5P8Q A;  5P44 A;  3ZKX A;  4Y45 A;  1SP5 A;  3KF0 A;  5P8P A;  3WSJ A;  3O9I A;  2ZJL A;  2P3A A;  1LYB B;  3HDK A;  5P6E A;  4B00 A;  2OHK A;  4MC2 A;  3ZPT A;  2PQZ A;  3PJ6 A;  4DJP A;  3INE A;  5P8G A;  4NJS A;  5P46 A;  2QZW A;  1NPV A;  4QJ2 A;  3TTP A;  2R38 A;  1HBV A;  1FGC C;  4RGH A;  3CMS A;  3EKP A;  1LYW A;  4Y39 A;  2R9B A;  3VV8 A;  5P82 A;  4EHC A;  5IS4 A;  4F75 A;  5OZI A;  5OZA A;  4NJU A;  2NPH A;  2ZYE A;  1XN3 A;  5P55 A;  2WED A;  2JJJ A;  3CID A;  1EBK C;  4NKK A;  1BIM A;  3OU1 A;  3PEP A;  3O9H A;  4DUS A;  3LIT A;  3FIV A;  4DJX A;  5P0T A;  4Y3E A;  3FKT A;  4TRY A;  3OAG A;  4HE9 A;  4KE1 A;  5DR1 A;  3SAC A;  4L7J A;  2Q3K A;  2OHU A;  5P7H A;  1LF4 A;  3NDX A;  1XS7 D;  2BB9 A;  5P8D A;  2G27 A;  3HAW A;  3I8W A;  1UPJ A;  4FAE A;  4PZX A;  4Y38 A;  5AH9 A;  4J1C A;  2G1O A;  5AHA A;  2V10 C;  2V0Z C;  5OZM A;  3OU3 A;  5P65 A;  2PK6 A;  2V00 A;  1FQX A;  2QU3 A;  3SLZ A;  2QMG A;  5P7M A;  5P0G A;  4EP3 A;  4QJ8 A;  4Y4W A;  4EJL A;  5IE1 A;  1HPS A;  5P2V A;  4GB2 A;  3VUC A;  5P0N A;  1MTR A;  4RZ1 A;  4EYR A;  5P0K A;  4KUP A;  1HII A;  1W50 A;  1YTJ A;  2Q5K A;  3PBD A;  5ISK A;  5BS4 A;  5P0A A;  3ZKG A;  4FM8 A;  2R5P A;  4U7V A;  4J0Y A;  4WY6 A;  5P5M A;  3URL A;  4COE A;  5P4J A;  3S56 A;  2O4S A;  1XDH A;  2PSG A;  1E80 E;  2ER9 E;  2BPW A;  3QAA A;  5OZN A;  5P2O A;  2QCI A;  3FSM A;  4Y4D A;  4Y48 A;  4R91 A;  3HVG A;  3GI0 A;  3S8I A;  1EBZ A;  4Y5L A;  5P6N A;  1MET A;  2VA7 A;  5P29 A;  3PRS A;  4Y3A A;  1G35 A;  2PMA A;  4GJ6 A;  1QBT A;  1APW E;  4NPU A;  3H0B A;  1FFF C;  4LC7 A;  4BFB A;  2UY0 A;  4J54 A;  3S54 A;  1T7K A;  4Y44 A;  4DQB A;  1IZE A;  1HVH A;  5DR3 A;  5P00 A;  3BVA A;  4YDG A;  5OZT A;  5P5X A;  3OUC A;  2PH6 A;  3PI5 A;  1VIJ A;  5P09 A;  5PEP A;  5P1W A;  2BPZ A;  1IBQ A;  2VNM A;  1K2B A;  4I0J A;  3VG1 A;  3QI1 A;  2AQU A;  2IL2 A;  3RSX A;  5P40 A;  4AUC A;  3PB5 A;  4TRW A;  3NDU A;  3L5D A;  2XFI A;  3PGI A;  3KDD A;  1YT9 A;  4PEP A;  2Q64 A;  4LBT A;  3UQR A;  1SIP A;  2FXE A;  4Y5K A;  3PLL A;  1E81 E;  5P4F A;  5P8J A;  2O4K A;  5OZC A;  1HIV A;  2AVQ A;  1LF2 A;  1FG6 C;  5P6T A;  3S43 B;  5P06 A;  1XE5 A;  1BDQ A;  4Y4J A;  5P4C A;  5DR0 A;  1KZK A;  3K1W A;  5P56 A;  4Y3F A;  3LZS A;  1MSN A;  2WJO A;  2WF0 A;  4GJ5 A;  5P24 A;  3I25 A;  3OUA A;  1B6M A;  4YD6 A;  2WEC A;  3NU4 A;  5P4W A;  1G2K A;  3QN8 A;  1GVW A;  2PYN A;  5DR8 A;  3NDW A;  2IQG A;  2O4L A;  5DR7 A;  2QI7 A;  5C9D A;  3EKY A;  3ZOV A;  2R3T A;  5KR2 A;  5P27 A;  5P3P A;  5P1S A;  3O9F A;  5P2N A;  2G24 A;  1G0V A;  3O9L A;  4Y3H A;  2AOJ A;  4YOB A;  2FIV A;  5P7T A;  2I0D A;  1MT8 A;  5OYV A;  1EC0 A;  3NDT A;  1RL8 A;  5P1F A;  3BXS A;  5P20 A;  5HE5 A;  1MES A;  1ODX A;  5P5S A;  2OAH A;  1LYW B;  5P1U A;  2VA6 A;  3BRA A;  5P59 A;  5HU1 A;  4Y4X A;  3ZPU A;  4GJD A;  4Y5E A;  4ZSP A;  3R4B A;  3URJ A;  5P2C A;  2NXM A;  3T3C A;  3OU1 B;  3SA7 A;  1DIF A;  3KM4 A;  3NU5 A;  5HCO A;  5P3I A;  1PSO E;  3CKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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