3SABA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af78
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sabA00
3R2FA 5P1AA 1LYAA 3OU4B 1HIIA 4U7QA 4RGHA 1HVLA 5AHCA 5P8CA 2ZJMA 4RCEA 5P81A 1KJ4A 4GJAA 1T7JA 3FNTA 2IENA 3OXCA 4RLDA 5P4HA 3BHEA 3EL4A 1YT9A 6UPJA 4I12A 3H5BA 2RMPA 5P5VA 3OXWA 2OHKA 3T3CA 2OAHA 2EWYA 2VS2A 2AOGA 5C9FA 1MIQA 1HWRA 5P0UA 2HPEA 4F73A 1HIHA 3SPKA 2NPHA 2PH6A 1QS8A 5P0SA 1D4LA 4Q1YA 1IIQA 1ZPAA 3VSWA 1D4SA 4FL8A 5P0EA 3FSMA 3UF3A 4OD9B 5P5QA 4Q5MA 1QDMA 4DQGA 4IVSA 4AA9A 1SIPA 5P6TA 4YBFA 1YTIA 4ZE6A 5OZWA 2IQGA 3KFPA 3S2OA 4J1FA 3K5FA 2NR6A 4FAEA 5P6KA 5P7ZA 1BVEA 5DR0A 4J0ZA 1J71A 5P0PA 4Z22A 5P3RA 2HS2A 1BDQA 5P8PA 4OBHA 2V12C 3NDXA 5SY2A 4JPEA 4QJ6A 5JODA 5P40A 1BV7A 5P4XA 5P3QA 4Y35A 2O4LA 4MC6A 4Y4WA 3PM4A 2BKSA 1W5WA 3O9CA 1U8GA 5P4NA 5P88A 5P78A 3I25A 5OYUA 1PPLE 3KFNA 1FFFC 5KQFA 5P6FA 2FNSA 3OTSA 5P6PA 4Y3MA 1SP5A 3I6OA 4NJUA 5P1UA 5OZ8A 1CMSA 3DM6A 5P4VA 5P6SA 3EKQA 3T7XA 5P3UA 5P8JA 1TSQA 1EAGA 3EL0A 5P6JA 4J0PA 4YDFA 5OYYA 2P8HA 4ZPEA 3LZYA 2PK5A 4E43A 5OZ0A 4HDPA 3IGBA 4DQHA 1T3RA 5P52A 1FQ7A 5P8AA 4Y3LA 4FRKA 3D1XA 5P5RA 3OAGA 1BVGA 4B78A 1ZJ7A 1FQ8A 2OHMA 5P0TA 4I8WA 1PPME 3EKTA 3NYGA 4ZLSA 5P74A 1BWAA 5P4QA 1FLHA 1D4KA 1T7IA 3SA9A 3B80A 1IVPA 2ZJHA 2IDWA 3VV8A 3HAWA 3ZMGA 3ST5A 2OHLA 4HE9A 4JECA 5P24A 3D1YA 1GKTA 3R4BA 5OZEA 3GW5A 5P8VA 4Q1NA 3KFRA 3EM3A 5OZ5A 1HPXA 5P5PA 3LIZA 5P6CA 1ZSRA 2HS1A 4YBIA 5P0AA 1QRPE 1MEUA 2V00A 1YTGA 4I0JA 3UDKA 2PMAA 3IN4A 3IVHA 3TPPA 2QD7A 5P4AA 3L59A 5P8TA 5P0GA 5P3IA 2QMFA 3INDA 2QD6A 4ZPFA 5P0XA 2HPFA 4Y3RA 1PFZA 3CIBA 4NPUA 5P87A 2QNQA 2RKFA 4J0VA 4DJVA 5P0ZA 5DPZA 5P27A 3FNUA 5P79A 3KF0A 2QI3A 5KQZA 1HTEA 5KR1A 5P1SA 4MC1A 1HTRB 1T6GA 5P49A 3LZSA 5BS4A 1HIVA 5E5KA 2V13A 2B8LA 1IBQA 4ER4E 4EQJA 3OQ7A 4CMSA 3CKRA 2OHSA 2R3TA 2VKMA 5KR8A 5P5CA 5AH6A 3PWMA 1EBKC 3LIQA 5P5TA 4TVGA 1EPQE 1LV1A 4S1GA 5P6YA 4GJ6A 1SIVA 3VSXA 5P1WA 5P28A 2O4PA 1C6XA 1HOSA 4BFBA 2XFJA 5P12A 4Y3WA 5P8GA 1LEEA 5P8LA 3OHHA 2CENA 4B72A 5KAOA 1Z1RA 4D83A 5P5JA 4Y36A 4GJCA 1OEXA 4EJKA 5P8MA 3OUBA 5P01A 3EKPA 5P4YA 1IZIA 1B5FA 2RENA 4KE1A 2HAHA 2BQVA 3L38A 5P47A 1BXQA 2NMYA 2VIYA 3QN8A 5P1QA 4Y47A 1MTBA 3HZCA 1FKNA 5P6WA 1FMBA 1MPPA 1MSMA 5P4CA 2UPJA 1K1TA 4FCOA 3KMYA 5SXNA 2PH8A 3BUHA 4EWOA 2IKOA 3ZPUA 2WKZA 3S7LA 1YM2A 3SO9A 4Y54A 3OQKA 2BB9A 3ZL7A 2QI4A 2O4NA 3NSHA 2P3BA 5P19A 3G72A 4QGIA 1B6LA 5P4WA 4RCFA 4TRZA 4QJ7A 5P07A 5P84A 3L58A 3K4VC 4OC6B 5DR3A 5P5EA 5P7HA 4FM7A 3BXRA 4Y3AA 2FNTA 3LIYA 4WTUA 4H3JA 1ODXA 5P3YA 3SLZA 3IXOA 4GJ5A 3HVGA 3R0WA 3INEA 1EPLE 2PWCA 3DV5A 1SBGA 5P59A 3NUOA 5P3SA 2G20A 1MERA 1F34A 2IRZA 4APRE 1T7KA 5P8UA 5P6VA 1NPVA 2IEOA 3T7PA 3L3AA 4Y3DA 1HEFE 4XX3A 4AMTA 1ENTE 1UH7A 4I0FA 1YG9A 3K5GA 1M43A 1LF4A 1SGZA 5P4FA 4CKUA 1N49A 3KDCA 3KM4A 5PEPA 2JYSA 3NU5A 3SM2A 5P3VA 5P5KA 5F00A 5OYXA 3OQFA 5P7VA 1TW7A 3LHGA 1DPJA 4DJYA 1XE5A 4Y3NA 5FIVA 5P8BA 3LITA 3UQPA 4EJDA 1TSUA 2AVOA 4D89A 3OU3A 1BXOA 1B6JA 2AOFA 3CICA 1G2KA 3Q70A 5P5BA 4DH6A 2OHPA 3KA2A 5SZ9A 1AAQA 3SA7A 4ZSQA 5EZXA 4R95A 5P8SA 2HB4A 4YCTA 3LIXA 4R93A 3K5DA 5P3NA 3UCBA 3GI4A 1YX9A 2PWRA 3UFNA 3SM1A 5UPJA 4LXAA 4GMIA 4OBZA 3O9LA 5I3VA 2WEBA 4GJ7A 2JXRA 2F81A 3UDRA 4Y5EA 3R0YA 4LBTA 5P8HA 5P2VA 2PC0A 3TPRA 2QI7A 5P11A 3BUGA 3UDNA 5P05A 5P2EA 3BGBA 5P4BA 3VUCA 2OF0A 3KMXA 4DJXA 1ME6A 3TKGA 2I4DA 4Y56A 4HA5A 2IS0A 1FF0C 3PCZA 5P3ZA 5P5DA 1Q9PA 4Y3PA 1BDRA 2FXEA 3MSJA 5HCTA 4L1AA 5P35A 4NPTA 4R8YA 5P57A 4UPJA 4Y5LA 5P7IA 4FIVA 3HLOA 5P15A 5P0OA 3TTPA 4Y5CA 5HVPA 3O9HA 1A8KA 3O9GA 4DJQA 1SMRA 3PGIA 1AZ5A 3C9XA 4Y9WA 4GYEA 3SAAA 3LIVA 5P7DA 5P18A 2QMGA 5P13A 4CPUA 3OADA 1K6PA 3OY4A 3EC0A 4F74A 1TQFA 5P3FA 5P0WA 2G24A 5P0DA 2QI5A 2NXMA 4HVPA 2H6SA 3NR6A 3AIDA 5P0LA 3OUDA 2I4UA 2P3DA 5OZAA 2I1AA 3NU3A 3LINA 2J9KA 3JVYA 1MSNA 3M9FA 2IL2A 3SFCA 3VFBA 4Y5MA 4FS4A 3BVBA 5P7QA 5P86A 1HVCA 2QK5A 5JFPA 4Y44A 3PLDA 2QHZA 4I10A 5P5ZA 3SKFA 3U71A 2ER0E 4CPRA 2XFKA 4OBDA 3OU4A 1NPWA 1LYWB 3URIA 5OZRA 4Y50A 4QLHA 4YE3A 4FLGA 4B05A 2NMZA 5P8QA 4K4RA 1FB7A 4F75A 5P4MA 5P1MA 5OZJA 3OU1B 4LAPA 1W5VA 3KYRA 4OBGA 1KZKA 2B60A 1EPME 1PROA 3IN3A 3HVPA 5P2RA 4Y3GA 3L5FA 1K2BA 3EMYA 1SDTA 4J1EA 2JJJA 5P5FA 2VA7A 5C9DA 5P29A 2AVSA 5P39A 5SY3A 4GJDA 5P0RA 3HAUA 3GGXA 3TL9A 2ZE1A 4ZSRA 3WZ8A 3NDTA 2QI0A 5OZVA 4OD9A 2OHTA 1RL8A 3VG1A 2F3KA 3WZ7A 1EPRE 4Z4XA 5DR4A 2BPYA 2NNKA 1FQXA 3TOHA 2FLEA 3KT5A 1FFIC 2BPVA 1B6PA 1BDLA 3NU9A 5OZ3A 5AHAA 1XL2A 3ZLQA 5P63A 5OZZA 3NUJA 4FRSA 3OUAA 5P5YA 2Q15A 5BWYA 4OBKA 3O9EA 3OHFA 4RVIA 4YDGA 5P45A 4PEPA 4I0GA 5P0IA 2NTRA 3LZVA 4ZPGA 2PYNA 3ZKSA 4L7HA 4FM8A 3UFLA 5COKA 3PJ6A 5P51A 3TOGA 2G1RA 4YOBA 2QHYA 2AOIA 1E80E 4ER1E 2AZ8A 4BEKA 3PWWA 2Z4OA 1HVIA 3RSVA 3RVIA 4NKKA 5P0HA 4B77A 5HE7A 1PSOE 5TOLA 5DQ2A 5OZ2A 1K6TA 3Q6YA 4FE6A 5P1EA 4DPIA 2HB3A 4HDBA 1M4HA 2PK6A 5P7TA 4Y4ZA 2V0ZC 1HXBA 3RSXA 4QJ2A 3PI5A 4Y3QA 3FX5A 1KJGA 2ZHVA 5P1JA 4YCKA 5P2CA 1IZDA 1HSIA 2ZHSA 5HE4A 5P8NA 3BRAA 5P7SA 3EKYA 4AA8A 4Y5NA 4I0ZA 3SA4A 3PWRA 2G22A 4J1IA 3UDQA 1ODWA 4B1DA 3U7SA 3SKGA 5P8OA 1ZLFA 3I2LA 5OZ1A 3NWQA 2ER6E 1TCWA 4Y4EA 1MRWA 2VA6A 5CONA 3O9FA 5P3OA 5P83A 1BBSA 2FS4A 3LPJA 3QP0A 4PYVA 5HDZA 2H6TA 4Y3YA 2AVMA 5P0CA 2ZJLA 5P5WA 1PPKE 5P30A 1FMUA 5I3WA 1EEDP 2WEDA 2OHRA 4EP3A 3D3TA 5P4GA 2ZHTA 3KFSA 2OHQA 2ZJKA 4DI2A 5IVRA 1Z8CA 2HC0A 4OBJA 5AH8A 2HIZA 1K1UA 3EM6A 3IVIA 5P2WA 2Q64A 5P0FA 1WKRA 3PSYA 5IVSA 1GVVA 2VIZA 5P7FA 4Y5PA 7HVPA 3QBHA 5KOQA 3O99A 4DQFA 4Y3TA 5P06A 3OGPA 4ACXA 4RYGA 1FMXA 1MT7A 2IGYA 3K1WA 4Y39A 4YCYA 4FSLA 3SA3A 5P0JA 5P4PA 5ER2E 5P3AA 4I0IA 1IDBA 4K8SA 2IGXA 1NH0A 3QROA 4WY1A 2CEJA 2NXDA 5BRYA 3SA5A 1LS5A 1LYBB 5P33A 1HEGE 5P7NA 3LNKA 5DR8A 1APUE 2B42A 2Q5KA 1OHRA 4U8WA 5DQ1A 4COEA 3MWSA 5P4OA 4LP9A 1EBYA 3FV3A 2QI6A 3BGCA 1B5FB 3UDMA 2VJ7A 4B1EA 3GI5A 3SA6A 3CYXA 2AVQA 4DJOA 5P4JA 5P73A 1HVSA 1W51A 4NJVA 1YTHA 1B11A 1E82E 1DIFA 3OOTA 5P2BA 5OZ6A 1HTFA 2AZCA 1CPIA 3K4VA 3QRVA 1UH8A 3O9BA 2V10C 2J9JB 1EC0A 3VFAA 5I70A 3VF3A 3FKTA 5P2QA 5OZXA 4TRWA 2QMDA 2P3BB 3DCRA 4D8CA 5IE1A 4I0DA 1CZIE 3OWNA 5P36A 2AOCA 1HPSA 5OZ9A 2O4SA 4ZIPA 2O40A 4Y4UA 5P0BA 5P80A 5P7YA 4Y4BA 3INFA 4XX4A 7UPJA 5P25A 8HVPA 4XKXA 4X2LA 3DUYA 5P2LA 1GVWA 5P37A 5P72A 1PSNA 5P42A 2A4FA 4A4QA 5P7EA 3DCKA 4Y38A 4EXGA 4FSEA 1FQ5A 4LHHA 2F8GA 1FIVA 5CLMA 3QS1A 1TCXA 2G69A 2R5QA 4EJLA 2ER7E 4GJ8A 5APRE 3KT2A 5DQ5A 4M8YA 5P60A 1D4HA 3IAWA 3HW1A 5P7MA 5P7CA 3QRMA 3UDHA 5B18A 4XXSA 3RTMA 4A6BA 3EXOA 1GNMA 3PSGA 1BAIA 4J1KA 5P7AA 4D88A 3GGAA 3VF5A 5P6ZA 3ZPTA 4B1CA 4Y43A 3EBZA 3UDYA 4TVHA 3TPLA 2V11C 2P83A 3D91A 3S56A 3EKVA 3TLHA 3EKXA 1EC3A 4YD6A 4RCDA 1HTGA 2G1YA 4J17A 4HLAA 2IKUA 1EPNE 5OZYA 1BV9A 1A94A 4RVXA 5OYRA 5P2DA 5P56A 1BIMA 3VV7A 5ENKA 6FIVA 1E5OE 1B6MA 5OZKA 2QP8A 2ASIA 3OQAA 5HU1A 5P16A 3HD8A 5P22A 3QRSA 1EC2A 4PZXA 5P1ZA 1QBTA 4DJWA 5P7LA 3D20A 5HDUA 1EPPE 3LPIA 3JW2A 5P76A 4PHVA 1ODYA 5P1LA 5P08A 1PSAA 5P7PA 4B0QA 1EBWA 3Q5HA 1AIDA 4MC9A 4OBZB 4J0TA 3O9LB 4RVJA 2FMBA 5P68A 1A30A 4BELA 4OBFA 5P1DA 4GZFA 5AH9A 5P2XA 3OTYA 5F01A 5P7KA 5P2GA 2G94A 5P6QA 5P5XA 3QVIA 4JOOA 5P7XA 2Z54A 5P2YA 5P71A 3WZ6A 3QI1A 2P3AA 3LZUA 1MT8A 3S54A 3U6AA 5OYSA 2BKTA 5OYWA 1ZSFA 4HDFA 5P3KA 5P26A 3S45A 5OZMA 2ZGAA 3OGQA 5P1BA 4YD4A 4Y6MA 3BVAA 3AUPA 4YD7A 3NU6A 3KDBA 3OK9A 2R9BA 3TOFA 4L7GA 2WEZA 1B6KA 5OZUA 3VLBA 5KR0A 2Q63A 5P4TA 4Y4AA 5ISJA 3S7MA 5P23A 1GVTA 5P5IA 1SGUA 4Y58A 4ZEAA 4Y41A 5P1XA 3OOZA 4BFDA 3OADB 3L5BA 3I8WA 5DGWA 2OHNA 3PSUA 4NJTA 1YM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R2F A;  5P1A A;  1LYA A;  3OU4 B;  1HII A;  4U7Q A;  4RGH A;  1HVL A;  5AHC A;  5P8C A;  2ZJM A;  4RCE A;  5P81 A;  1KJ4 A;  4GJA A;  1T7J A;  3FNT A;  2IEN A;  3OXC A;  4RLD A;  5P4H A;  3BHE A;  3EL4 A;  1YT9 A;  6UPJ A;  4I12 A;  3H5B A;  2RMP A;  5P5V A;  3OXW A;  2OHK A;  3T3C A;  2OAH A;  2EWY A;  2VS2 A;  2AOG A;  5C9F A;  1MIQ A;  1HWR A;  5P0U A;  2HPE A;  4F73 A;  1HIH A;  3SPK A;  2NPH A;  2PH6 A;  1QS8 A;  5P0S A;  1D4L A;  4Q1Y A;  1IIQ A;  1ZPA A;  3VSW A;  1D4S A;  4FL8 A;  5P0E A;  3FSM A;  3UF3 A;  4OD9 B;  5P5Q A;  4Q5M A;  1QDM A;  4DQG A;  4IVS A;  4AA9 A;  1SIP A;  5P6T A;  4YBF A;  1YTI A;  4ZE6 A;  5OZW A;  2IQG A;  3KFP A;  3S2O A;  4J1F A;  3K5F A;  2NR6 A;  4FAE A;  5P6K A;  5P7Z A;  1BVE A;  5DR0 A;  4J0Z A;  1J71 A;  5P0P A;  4Z22 A;  5P3R A;  2HS2 A;  1BDQ A;  5P8P A;  4OBH A;  2V12 C;  3NDX A;  5SY2 A;  4JPE A;  4QJ6 A;  5JOD A;  5P40 A;  1BV7 A;  5P4X A;  5P3Q A;  4Y35 A;  2O4L A;  4MC6 A;  4Y4W A;  3PM4 A;  2BKS A;  1W5W A;  3O9C A;  1U8G A;  5P4N A;  5P88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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