3SABA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af78
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sabA00
5KR1A 1OD1A 1HVCA 2ZHUA 3OU4A 1BVEA 4RRSA 2ANLA 4A6BA 4JPEA 4Y5BA 5KOSA 1YTJA 2F3KA 3Q3TA 2HPFA 5P1IA 5P8BA 5ENKA 5P1BA 4Y3YA 2HAHA 4GJ8A 4ZE6A 3Q4BA 3VV6A 3K4VC 4I12A 5P3TA 5I3VA 3PWRA 2XFJA 4ZPEA 5P1RA 3M9FA 4Z50A 3SKFA 4ZSPA 5P2TA 2J9KA 4Y35A 3L5BA 4MC9A 3O9FA 5P14A 2I0AA 5OYUA 5P5TA 2FDPA 2PWCA 3LINA 5P68A 5P35A 4Y4GA 4B1EA 3D91A 4F74A 4X2LA 4DUSA 1SDVA 2B7ZA 1TCXA 3PBDA 3K5GA 1E5OE 2OAHA 1A8KA 4FRKA 3OADB 5P0XA 2IQGA 5P10A 5DGUA 4Y37A 3T3CA 5AH9A 3ZPSA 3SPKA 3UDPA 2NNKA 1A30A 2Q11A 4AA9A 1QBRA 4Y5LA 7UPJA 3MWSA 4HA5A 4ZIPA 4OBZA 3BVBA 4Y56A 4DI2A 3EC0A 5P4KA 5P5CA 3IXJA 4EP2A 1SDTA 5P1PA 4R95A 5P5DA 2F3FA 2QZKA 3R1GB 5P09A 4EQ0A 3N3IA 3VYDA 3S54A 1EC0A 3OUDA 4U7VA 5OZ0A 3T7PA 1HOSA 1KJHA 5P2SA 5P7AA 3BRAA 4LBTA 4J0TA 5P2WA 5CONA 1E80E 3KDBA 5DGWA 3QIHA 3PBZA 2I4XA 3EKWA 3ZKIA 1IDBA 4ACXA 5P54A 4Y3LA 3S85A 4KB9A 4L7HA 2OHMA 3OU1B 5P3DA 5E5KA 1BV9A 5P4UA 5P7CA 4XKXA 5T4SA 2NNPA 1SMRA 3H0BA 3KT5A 3VCMA 2ER0E 2OHKA 2QNNA 1ZLFA 3OTYA 5P2YA 4Y3ZA 1EEDP 2FNTA 2V10C 2HIZA 5P0BA 4J1CA 5DPZA 1LF4A 2VIZA 2G94A 3BUFA 3SM2A 3VYEA 4PPHA 5OYVA 5C9BA 3EL9A 4OC6A 1APWE 3GGAA 4J0YA 5P8EA 4LL3A 5P4EA 4Y50A 5OYRA 3QI1A 5P69A 1SP5A 4B05A 4Q1XA 1SBGA 5I70A 3TPRA 3EL0A 1EBKC 3OQDA 3QP0A 5P8IA 5P8JA 4OBJA 1B6LA 5BWYA 4Y3TA 2MIPA 1M43A 3KF0A 1K6VA 5P4DA 3H5BA 1GNOA 5P8PA 5P06A 5P4PA 3ER3E 3WSJA 1PSAA 1PROA 2ZJJA 3A2OA 3IVIA 3IXKA 3U6AA 5P75A 4DPIA 2BPWA 2WL0A 1ZAPA 2H6SA 2PSUA 2AOIA 5APRE 1C6YA 3CKPA 2ER6E 2PQZA 5P63A 1UPJA 5P7HA 1K1TA 4RGHA 1SDUA 2ZJKA 2OHRA 5P64A 3UDKA 5P30A 4OD9B 3LIYA 4I0FA 5P6RA 2JYSA 4ZSMA 4DJXA 3FNUA 3I6OA 4NJSA 5P7RA 5P2DA 1LF3A 4FL8A 2I1AA 3SABA 1BIMA 2G1SA 3VV8A 4GJ6A 4Y4TA 4OBZB 4OBKA 5P0PA 5P2QA 5P8HA 3DCKA 5P31A 3EM4A 3LIZA 3EKPA 1M4HA 4YBIA 5P1TA 5P38A 3RVIA 3R0YA 4RVXA 1HWRA 3HZCA 1OHRA 4L6BA 2PC0A 2VJ9A 5P46A 3VYFA 5F00A 4CPRA 3RTNA 3NU3A 3DOXA 1SGZA 3K5FA 1LEEA 2VNMA 4TVGA 5P3LA 3ZPUA 1EPME 5P72A 1PSNA 5KR0A 5DR3A 1RV7A 3KYRA 5P5JA 5P5QA 5P01A 5P3VA 5P7FA 1F7AA 5P34A 4XXSA 3BC4A 5ER1E 4HE9A 4K4RA 3DK1A 3NU4A 4CP7A 3JVWA 1IIQA 5P24A 5P00A 4Y5AA 4QJ9A 5OZEA 4CPQA 3EKQA 2QZLA 5AH6A 4CPSA 3UTLA 3NDTA 3O9BA 2O40A 2AVOA 2P8HA 4BELA 2ER9E 1IZHA 1B5FA 3N4LA 4FSLA 3QRMA 1B6KA 4RVIA 2AVMA 3EL1A 5P0LA 1HPXA 5P18A 1K2CA 4Y38A 6FIVA 4I1CA 2IS0A 4QJ6A 1HTFA 1XS7D 3DJKA 5P82A 3KMXA 4EP3A 1FFIC 2OHPA 5HCOA 2P3BA 4I0EA 3QRVA 2V11C 3QBFA 4PYVA 1DMPA 2FIVA 3BUGA 1HSHA 1YTGA 2AOJA 4HEGA 1EPOE 3LPJA 3CKTA 4RYGA 2HB3A 3PGIA 5P8CA 5P0VA 1MSMA 3O9DA 5DQ4A 5P1GA 2IGYA 4DFGA 5P3PA 4K4PA 4QJ2A 5P1SA 3INHA 5P7GA 4DQGA 3BGCA 5P6AA 2PYNA 2EWYA 4JP9A 4AA8A 5P20A 5P6YA 2BPYA 3CIBA 2R3WA 5P4RA 5P8FA 2AVQA 3PWMA 5DR1A 4FAFA 3VV7A 5P3AA 1B11A 5P4HA 4RYCA 2RKGA 3T11A 3KA2A 2O4LA 4BEKA 3UDHA 3TPJA 4GJ9A 4K4QA 5P5ZA 2IL2A 2P83A 3SLZA 5B18A 2WF1A 4J1IA 1EPLE 2PK6A 5P1VA 4DV9A 2PSVA 1APUE 4RCDA 5P2NA 3IA9A 5P3KA 3HAWA 5OZ3A 4AMTA 1GKTA 1AAQA 3TL9A 3MSKA 5HTZA 3OK9A 5P6FA 4RLDA 1RL8A 5P0FA 1UH9A 4XX3A 5COOA 3SACA 4MC2A 3TTPA 5P7YA 3HDKA 2IENA 3CMSA 3D1XA 1BDLA 1ODXA 4FSEA 1W5XA 4R8YA 3GI5A 1FG6C 1D4JA 5AHAA 3OTSA 2FS4A 2G1OA 1B6PA 4DJUA 5P6JA 5P7QA 3VF3A 3SO9A 3L58A 3PHVA 2HPEA 1YM2A 4Y5NA 4Y3DA 4Y3QA 4EPJA 5P7OA 2WKZA 4Z22A 3DM6A 5P6NA 4CPXA 4Y3RA 3SQFA 2OHUA 4JPCA 4CKUA 5OYZA 1A9MA 3NU6A 4Y3NA 4OBDA 2WEZA 2P3AA 2VA5A 4FM7A 1DAZC 2JJJA 1AJVA 3MXDA 3ZKXA 3OXWA 5P0KA 1HXBA 1WKRA 3UPJA 3C9XA 3KFNA 5P6QA 5IVQA 4I8ZA 1HPVA 5P8SA 2WJOA 3ER5E 3U7SA 3ZKGA 1ZP8A 4K8SA 1RNEA 2P3CA 5OYTA 4EXHA 1MT8A 3S43B 4Y51A 3NXEA 3OU1A 4EHCA 5OYXA 5OYYA 3O99A 4Z4XA 2QNQA 2ASIA 3RTHA 2PSGA 4HDPA 5DR4A 2I4VA 2Z4OA 1K6CA 5OZ1A 3KFSA 5P8DA 4BFDA 5OZ8A 5I3YA 3ST5A 2ZGAA 1MUIA 1BVGA 3D20A 1FMUA 3DV5A 3LIVA 3PCWA 2FLEA 1AJXA 5P0HA 3PSGA 1FQ6A 1WBMA 2NMZA 2BJUA 3O9IA 2IGXA 1GNNA 3PSUA 1ZSRA 1LZQA 1NH0A 1EPPE 5P74A 4K9HA 1LYWA 1MIQA 1IVQA 4FM8A 5P71A 5P76A 1A94A 1FB7A 2CEJA 5P66A 4Y5KA 1HTEA 1W5WA 1META 4OBHA 5P4YA 1HTGA 3RTMA 1FGCC 5OZ7A 1GVTA 3O9LA 4APRE 4KUPA 1IZIA 4RROA 3OAGB 3BVAA 4J1KA 2A1EA 4TRYA 1KZKA 2HC0A 1HIVA 2ZJIA 6UPJA 5P44A 4J0PA 5P5KA 2ZHSA 5P56A 3GI0A 5P3GA 3EKXA 1TZSA 5HU1A 5DQ2A 3FKTA 4Y53A 5IVTA 4CPUA 2ZHRA 4J54A 4PZWA 4I11A 4ACUA 2VKMA 5OYWA 4OD9A 3HAUA 5P5AA 1BDQA 3L5FA 2QI5A 5P5IA 5P6HA 2G26A 2OHLA 5P7JA 4GMIA 4UPJA 1MT7A 3GGUA 5P5MA 3URLA 4FIVA 1FMXA 3FNSA 3FNTA 2WHHA 5SY2A 1FQ4A 3RSXA 2WF3A 4FLGA 3UFNA 1MTBA 3LIQA 4PZXA 1T7KA 4D88A 3K1WA 5P5EA 5P6SA 2WEDA 4LAPA 1ZBGA 3GGVA 2G69A 5P48A 5P6IA 1EC3A 2QD8A 3BUHA 2G1RA 5P7LA 3UHLA 4Z2ZA 3PM4A 5P2MA 1QS8A 5DQ5A 2CENA 3UQWA 3CICA 5ISKA 1G6LA 1RQ9A 4YOAA 3BGBA 5OZ2A 5P0CA 4B72A 2QI0A 5P7WA 1KJ7A 2OF0A 5EZXA 3R0WA 5P7UA 2FNSA 3OY4A 2OHNA 4L1AA 2Q55A 2RMPA 5P7IA 5KQXA 3VF5A 1UH8A 4YOBA 5P4NA 3G72A 3O9AA 5P16A 5P0TA 4B70A 1EC1A 1QBUA 3TOFA 4LXKA 4Y4ZA 3KN0A 3S7MA 5P7DA 4GJAA 4YCTA 5TOLA 4Y3WA 4Y4WA 3TLHA 1AIDA 4YE3A 2QMPA 2FXEA 3K5CA 2B42A 2A4FA 3HW1A 3URJA 5P42A 5P6UA 5HD0A 3G6ZA 3NDXA 5P2LA 2QMGA 2VA7A 1T6GA 4J1FA 2G21A 4R91A 3EL5A 1HVHA 2ZYEA 5P8VA 2VJ7A 5OZCA 5P57A 1LYWB 1MRXA 2B8VA 2Z54A 3UFLA 1MTRA 3INDA 1YTHA 3ZKSA 5C9FA 3L3AA 2QD7A 2QD6A 3SAAA 4CPWA 2HM1A 5P4TA 5P6PA 3O9LB 5OZYA 2AOGA 5P15A 5P3OA 5ER2E 1XE5A 4OBFA 3PLDA 5P28A 4MC6A 1HPOA 5P3HA 2ZDZA 5OZVA 5P67A 2HB2A 3S8IA 1G2KA 5OZUA 2V12C 5P12A 3LNKA 1D4YA 1G35A 3LPIA 5P0UA 5P5BA 1YTIA 4GJ5A 1HVJA 3CIDA 5HDUA 3O9GA 1OEWA 1TSQA 4YDFA 4Y47A 4Y5GA 3T7XA 4Y4UA 4L7JA 5P40A 4DJWA 1B6JA 3I25A 5ISJA 5IS4A 3UDYA 5P0MA 5P6DA 4NPUA 2FMBA 5P5NA 4XX4A 5IE1A 4LP9A 3L5CA 3TH9A 5P3UA 3NR6A 3S56A 1Z1HA 3QN8A 5P84A 1QBTA 3VFAA 4U7QA 1HPSA 1TSUA 4DJQA 3CYWA 1BWAA 1NSOA 1FQ7A 5P3ZA 1E81E 5P04A 2F3EA 4R92A 1ODYA 4I0ZA 2RKFA 1EPQE 3VF7A 4GJDA 5P0JA 1W50A 1HHPA 3ZLQA 5P2FA 5P2XA 3EMYA 4I10A 5OZZA 5P1YA 4GZFA 4L1AB 2QI3A 5P25A 1HVKA 3LZUA 4EYRA 1GVWA 5AGZA 1BV7A 5P8NA 2Q15A 2Q63A 4PEPA 3KFRA 2XYFA 5P1KA 3BXRA 2QHYA 1SMEA 4FCOA 2R8NA 4Y4BA 1FQ8A 4NJVA 3DV1A 5OZQA 1MESA 1FEJC 4Y57A 5P1WA 2QU2A 1VIJA 3D1YA 5OZXA 2R3TA 2ZJHA 3G70A 5P6BA 3L38A 5P1MA 5DR7A 3LZYA 5P13A 2CEMA 5HE5A 3UQXA 4LXAA 5P53A 3T6IA 1VIKA 5HDZA 2PMAA 3I2LA 3S43A 5P17A 5P6XA 5P89A 3RU1A 5P7ZA 4B78A 5DR8A 4H3IA 3GI4A 4KE1A 3NU5A 3OXCA 4YCYA 4D85A 5C9DA 2AZCA 5P32A 3R2FA 5P1NA 4Q5MA 5P0IA 2FDEA 5HE4A 5FIVA 5P2KA 5AHBA 1F34A 3QPJA 4Y41A 4EQJA 2NXLA 1K1UA 3Q5HA 1W6HA 5SZ9A 4FAEA 3UCBA 4I0DA 5OZ6A 3LHGA 5EZZA 4YHQA 5P6CA 3RSVA 2UXZA 4APEA 5P50A 4L7GA 1BWBA 3QS1A 2R9BA 2QMFA 3EKTA 1MPPA 3AUPA 3MXEA 4Q1NA 3VSWA 1EC2A 3TOHA 1EBYA 5P49A 2ZHTA 2B7FA 3K4VA 3TPPA 5P1EA 3UDQA 4IVTA 3QROA 4B1DA 1PPME 5P83A 4A6CA 2NMYA 5P85A 4HVPA 4R93A 1T7IA 3OAGA 5P29A 3ZL7A 1W5YA 1PPLE 2H6TA 1PPKE 5OZ5A 5P5RA 4Y3SA 1FKNA 1FQ5A 5P2GA 3L5EA 4DQFA 5P2BA 3OQAA 4RCFA 5P8MA 5UPJA 3L5DA 3PLLA 2QHCA 3OUBA 1GNMA 3SA6A 3ZMGA 4ZSRA 3KDDA 4IVSA 5P0DA 3UDNA 3FIVA 5OZWA 1Z1RA 5P3QA 4MC1A 5P02A 3ZOVA 3QVCA 5HE7A 5P1UA 3PSYA 2AOEA 4F76A 1JLDA 4DVFA 3TNEA 2FDDA 1SIVA 5P6GA 4Y54A 3MSJA 4Y3HA 5DQCA 2IRZA 4N00A 5OZKA 3WZ6A 3SA3A 5HDXA 3SA9A 4DJVA 3ZPTA 1W51A 5P73A 5P1QA 2O4SA 3VFBA 4YD5A 3EXOA 5P4IA 4YD4A 4Y3JA 5E5JA 5P1LA 1HBVA 3LZSA 5OZDA 4WY1A 1DP5A 5P2IA 1D4SA 2HS2A 2F80A 1D4IA 4FM6A 2VIJA 5P1XA 1TW7A 3JVYA 5P19A 4Y5MA 2WF4A 4S1GA 2G20A 1QBSA 3LIXA 2G22A 5P87A 4OBGA 5P47A 4RVJA 5KQYA 4Y4DA 5P03A 5OZGA 4Q1WA 5P7VA 5P3WA 3CKRA 1E82E 5OYSA 1J71A 5P7EA 3INEA 5P52A 2BQVA 5P45A 5P5OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KR1 A;  1OD1 A;  1HVC A;  2ZHU A;  3OU4 A;  1BVE A;  4RRS A;  2ANL A;  4A6B A;  4JPE A;  4Y5B A;  5KOS A;  1YTJ A;  2F3K A;  3Q3T A;  2HPF A;  5P1I A;  5P8B A;  5ENK A;  5P1B A;  4Y3Y A;  2HAH A;  4GJ8 A;  4ZE6 A;  3Q4B A;  3VV6 A;  3K4V C;  4I12 A;  5P3T A;  5I3V A;  3PWR A;  2XFJ A;  4ZPE A;  5P1R A;  3M9F A;  4Z50 A;  3SKF A;  4ZSP A;  5P2T A;  2J9K A;  4Y35 A;  3L5B A;  4MC9 A;  3O9F A;  5P14 A;  2I0A A;  5OYU A;  5P5T A;  2FDP A;  2PWC A;  3LIN A;  5P68 A;  5P35 A;  4Y4G A;  4B1E A;  3D91 A;  4F74 A;  4X2L A;  4DUS A;  1SDV A;  2B7Z A;  1TCX A;  3PBD A;  3K5G A;  1E5O E;  2OAH A;  1A8K A;  4FRK A;  3OAD B;  5P0X A;  2IQG A;  5P10 A;  5DGU A;  4Y37 A;  3T3C A;  5AH9 A;  3ZPS A;  3SPK A;  3UDP A;  2NNK A;  1A30 A;  2Q11 A;  4AA9 A;  1QBR A;  4Y5L A;  7UPJ A;  3MWS A;  4HA5 A;  4ZIP A;  4OBZ A;  3BVB A;  4Y56 A;  4DI2 A;  3EC0 A;  5P4K A;  5P5C A;  3IXJ A;  4EP2 A;  1SDT A;  5P1P A;  4R95 A;  5P5D A;  2F3F A;  2QZK A;  3R1G B;  5P09 A;  4EQ0 A;  3N3I A;  3VYD A;  3S54 A;  1EC0 A;  3OUD A;  4U7V A;  5OZ0 A;  3T7P A;  1HOS A;  1KJH A;  5P2S A;  5P7A A;  3BRA A;  4LBT A;  4J0T A;  5P2W A;  5CON A;  1E80 E;  3KDB A;  5DGW A;  3QIH A;  3PBZ A;  2I4X A;  3EKW A;  3ZKI A;  1IDB A;  4ACX A;  5P54 A;  4Y3L A;  3S85 A;  4KB9 A;  4L7H A;  2OHM A;  3OU1 B;  5P3D A;  5E5K A;  1BV9 A;  5P4U A;  5P7C A;  4XKX A;  5T4S A;  2NNP A;  1SMR A;  3H0B A;  3KT5 A;  3VCM A;  2ER0 E;  2OHK A;  2QNN A;  1ZLF A;  3OTY A;  5P2Y A;  4Y3Z A;  1EED P;  2FNT A;  2V10 C;  2HIZ A;  5P0B A;  4J1C A;  5DPZ A;  1LF4 A;  2VIZ A;  2G94 A;  3BUF A;  3SM2 A;  3VYE A;  4PPH A;  5OYV A;  5C9B A;  3EL9 A;  4OC6 A;  1APW E;  3GGA A;  4J0Y A;  5P8E A;  4LL3 A;  5P4E A;  4Y50 A;  5OYR A;  3QI1 A;  5P69 A;  1SP5 A;  4B05 A;  4Q1X A;  1SBG A;  5I70 A;  3TPR A;  3EL0 A;  1EBK C;  3OQD A;  3QP0 A;  5P8I A;  5P8J A;  4OBJ A;  1B6L A;  5BWY A;  4Y3T A;  2MIP A;  1M43 A;  3KF0 A;  1K6V A;  5P4D A;  3H5B A;  1GNO A;  5P8P A;  5P06 A;  5P4P A;  3ER3 E;  3WSJ A;  1PSA A;  1PRO A;  2ZJJ A;  3A2O A;  3IVI A;  3IXK A;  3U6A A;  5P75 A; 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 2QZL A;  5AH6 A;  4CPS A;  3UTL A;  3NDT A;  3O9B A;  2O40 A;  2AVO A;  2P8H A;  4BEL A;  2ER9 E;  1IZH A;  1B5F A;  3N4L A;  4FSL A;  3QRM A;  1B6K A;  4RVI A;  2AVM A;  3EL1 A;  5P0L A;  1HPX A;  5P18 A;  1K2C A;  4Y38 A;  6FIV A;  4I1C A;  2IS0 A;  4QJ6 A;  1HTF A;  1XS7 D;  3DJK A;  5P82 A;  3KMX A;  4EP3 A;  1FFI C;  2OHP A;  5HCO A;  2P3B A;  4I0E A;  3QRV A;  2V11 C;  3QBF A;  4PYV A;  1DMP A;  2FIV A;  3BUG A;  1HSH A;  1YTG A;  2AOJ A;  4HEG A;  1EPO E;  3LPJ A;  3CKT A;  4RYG A;  2HB3 A;  3PGI A;  5P8C A;  5P0V A;  1MSM A;  3O9D A;  5DQ4 A;  5P1G A;  2IGY A;  4DFG A;  5P3P A;  4K4P A;  4QJ2 A;  5P1S A;  3INH A;  5P7G A;  4DQG A;  3BGC A;  5P6A A;  2PYN A;  2EWY A;  4JP9 A;  4AA8 A;  5P20 A;  5P6Y A;  2BPY A;  3CIB A;  2R3W A;  5P4R A;  5P8F A;  2AVQ A;  3PWM A;  5DR1 A;  4FAF A;  3VV7 A;  5P3A A;  1B11 A;  5P4H A;  4RYC A;  2RKG A;  3T11 A;  3KA2 A;  2O4L A;  4BEK A;  3UDH A;  3TPJ A;  4GJ9 A;  4K4Q A;  5P5Z A;  2IL2 A;  2P83 A;  3SLZ A;  5B18 A;  2WF1 A;  4J1I A;  1EPL E;  2PK6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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