3SKFA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with (2s)-2-((3s)-3-(acetylamino)-3-(butan-2-yl)-2-oxopyrrolidin-1-yl)-n-((2s,3r)-3-hydroxy-4-((3-methoxybenzyl)amino)-1-phenylbutan-2-yl)-4-phenylbutanamide
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 97
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skfA02
3WB4A 5P8VA 1MSMA 1W50A 4PHVA 4Y5BA 2HAHA 5P5PA 3OAGB 5P0WA 3CKPA 2RKFA 2XYEA 4B1DA 4BEKA 4GB2A 2QZXA 2ZHRA 1MT7A 4D85A 5P03A 1LYBB 5P0HA 4BFDA 1ER8E 3UDYA 1EC3A 3QBHA 4R5NA 4Y51A 3O9DA 2O4PA 2I4WA 5OZ5A 5P4MA 4Y5LA 5P4OA 1YX9A 2AODA 2VIJA 2QI7A 4NJUA 4Y5AA 5OZZA 4Y3TA 3TOHA 3OOTA 5P8TA 4MC6A 1GVVA 5I3WA 1B6PA 5P5OA 3KDDA 3UDJA 3OUCA 4Y39A 3OAGA 4GJAA 3EL5A 5P00A 2QCIA 3GGUA 2VS2A 2QK5A 4LXKA 3FNSA 1LYBA 4Y3PA 4Y4EA 5P7WA 5P3UA 1EPPE 2RKGA 4YCTA 5PEPA 1QRPE 2O40A 3WZ6A 5P81A 4TVGA 1FB7A 5C9DA 4Z50A 2AOJA 5OZDA 3NYGA 1WBKA 4RCFA 2VJ9A 1E82E 2OF0A 5P6DA 5HU1A 5P35A 3O9BA 3NLSA 2Q15A 5P62A 5P0OA 3B7VA 1YTGA 4DV9A 4GJ5A 4Y47A 3INDA 2NXDA 6APRE 2I4XA 1XN2A 2ER9E 3TL9A 5F01A 4YA8A 1ZSRA 4Q1WA 3CYXA 2ZHUA 4DQEA 2R8NA 2R3WA 5P3DA 4ER1E 2HS2A 5P2DA 3IN3A 5AH8A 4Y4WA 5SZ9A 1GVUA 2AVMA 5BRYA 5AHAA 2FGUA 5P36A 2FNTA 1GNNA 2ASIA 5OZHA 4Y4XA 1BV7A 1M4HA 4COEA 1PROA 5P86A 5P48A 5P11A 3H5BA 5P6PA 1DAZC 1EBYA 7HVPA 4HDFA 3K4VC 2OHQA 5P8QA 1AXAA 5OYTA 3UFNA 4EQ0A 2BKTA 1YM2A 3I6OA 5OZIA 2F3EA 3M9FA 5P1VA 5P4EA 1IBQA 2BPWA 4U8WA 3PHVA 1HOSA 3PMYA 5P6XA 2G22A 3SA3A 3G6ZA 3CKTA 3TKWA 5OZNA 4M8YA 5P8PA 3URJA 3SA6A 2OHLA 1BILA 1K6CA 3KF0A 5P7YA 4FRJA 4DJYA 1DIFA 5P2UA 3UHLA 3S43A 4OBFA 1EPNE 1LYWB 3LITA 2ZJIA 5P2IA 2HB4A 5P2HA 4GJDA 1Z1RA 2CENA 1XS7D 3VLBA 4YCYA 1BIMA 5P3AA 2FMBA 1OHRA 3KMYA 3HZCA 3SKFA 2B8LA 4TRWA 5OYVA 5P4FA 5P7JA 1OD1A 5I70A 2ER6E 2WJOA 4LXAA 4L6BA 3OK9A 2J9JB 3NXEA 3LPIA 2G26A 5P3SA 5P40A 5HVPA 3NWQA 5P5QA 1XE5A 1CPIA 5APRE 5P66A 3SFCA 2QMPA 5P43A 3ZL7A 2BPXA 1MTBA 4L7JA 2AZBA 3UFLA 5P0CA 3KN0A 4H3JA 2G69A 5F00A 3QVCA 4Y53A 1AIDA 2OHNA 4OBJA 5P4VA 2QP8A 5OZOA 3KFNA 3WB5A 2G1SA 2QI4A 4A6CA 3KYRA 3QBFA 5P28A 5P5DA 5P2NA 2FLEA 3KFRA 1IZEA 4J0TA 5P5IA 4R95A 5P0JA 1K2CA 2Q55A 2J9JA 1HPOA 5HCOA 4I0EA 2AOHA 3SA7A 5P1TA 2O4NA 3VYDA 5P0PA 3T7QA 5P84A 3OHFA 5IVQA 3VF5A 4ZSQA 5DQ4A 3WZ8A 4HDPA 3NDXA 5OYUA 3VFBA 1AJXA 1NSOA 4RLDA 3I25A 3PCWA 5P67A 1FKNA 5E5KA 2JJJA 4QJ9A 3FIVA 1NPVA 5AH6A 3RTMA 3F9QA 1BVEA 3U71A 3S2OA 1CMSA 5P6YA 1ZPAA 3NU3A 4K4PA 5P1MA 5P4JA 2QMDA 5KR2A 4ACUA 5P4CA 1FQ8A 2PQZA 1FIVA 3OU4B 3INFA 1PSAA 3MSLA 5ISKA 1B5FB 5P7IA 4Y3MA 2QZWA 3IN4A 3PSGA 5P1OA 3QRMA 4I0DA 4Y37A 1D4KA 2AOEA 2VJ7A 4J1HA 4CPRA 3LPJA 5DQ5A 3OQFA 1ODYA 5P4RA 4ACXA 1LV1A 2QNNA 5P58A 4LC7A 3SACA 4KE0A 5DR0A 1A9MA 3HLOA 1BDRA 3C9XA 2IKOA 1N49A 5OZUA 1APUE 5JODA 3CYWA 5P8UA 5KOSA 1FQ4A 2ZJNA 5P7OA 5C9BA 2IRZA 2V11C 4N00A 4OBDA 1SMRA 3TTPA 1HIHA 4Y3QA 5P1YA 3EL0A 4Q5MA 4EWOA 3BUHA 3GI4A 5P19A 3KDCA 3K5FA 5P7KA 4YOBA 5JFUA 4ZPGA 4FM6A 4JECA 1K6TA 4Y5NA 3LZYA 4AUCA 5OZ1A 3S7LA 1JLDA 1HWRA 2PMAA 2BBBA 4TVHA 1B11A 1PPLE 4Y41A 4OBHA 5P38A 5P1UA 5P3JA 5P0AA 1F34A 2NMYA 2V13A 3OGPA 3Q6YA 5P29A 1UH8A 1RPIA 3BUFA 3CKRA 4I12A 4Y3EA 5P0MA 3TPJA 2P8HA 5P73A 1EEDP 4YD3A 5P8JA 3ZLQA 5P0IA 2F81A 3PBZA 3AIDA 1BDQA 3S53A 3DK1A 1HIVA 2Q5KA 1MT8A 2AOFA 5P5WA 3BC4A 5P0GA 1D4LA 2VNNA 4I11A 5P6WA 5P3CA 3GGAA 5P59A 3BRAA 5P6LA 1W6IA 5P65A 2AOIA 2NTRA 5P57A 5P0XA 3ZKMA 1HPVA 3SPKA 2I4QA 1MT9A 5P5HA 4J17A 1IDBA 2P3AA 3BVBA 3UDPA 3QAAA 2CEMA 4A6BA 1SDVA 5DR1A 1PSNA 1EPOE 5P0QA 3UDRA 4GJ9A 1LF4A 1YM4A 2ER0E 4OD9A 3DOXA 4H1EA 3LHGA 5P3PA 2QMFA 1BVGA 1FFIC 5P1XA 5OYXA 4APRE 1FEJC 4B1CA 1TQFA 5P18A 5P7AA 2QZLA 4IVSA 3DV1A 4Y3JA 4CPXA 2IL2A 2AVVA 4EJKA 5P89A 5P1EA 4D88A 2FDEA 5P7SA 2AIDA 7UPJA 3NU6A 5HDUA 4XX4A 5P4AA 2AVQA 5IVTA 3PLDA 4DJPA 4LBTA 2A4FA 1UH9A 2BQVA 3LIXA 2JE4A 1A8GA 4NPUA 4TRZA 2H6TA 3OY4A 4EJLA 2ZHVA 3UQUA 3NU5A 2ZJHA 3L5FA 5OZBA 1AM5A 3SQFA 5P1SA 3UQXA 5T4SA 5P6IA 5P68A 5P4SA 4Y57A 5P0YA 3HD8A 4I8WA 3ZKGA 4AMTA 5I3XA 4Y3ZA 5HDVA 5P1DA 5P4WA 3RSVA 5P47A 2O4KA 3ZKNA 5P7QA 5EZZA 2FXEA 5P25A 4YCKA 4Y5PA 4J0YA 4QJ2A 3OUAA 4Y5GA 5P14A 5P3XA 3RTHA 1VIKA 1YTHA 2BJUA 3ER3E 1GNOA 3TPPA 4Y5CA 4DPIA 4F73A 5P3KA 4WY6A 1C6YA 2I4VA 5KR1A 2VA5A 3CICA 3RVIA 5P5KA 4NKKA 2G1NA 4JPEA 2QZKA 5P2RA 5P31A 5P7GA 1QBUA 2PYNA 4I0IA 4KE1A 4Y4GA 5P2CA 3INHA 5P7MA 5P0SA 4Y3SA 3OQ7A 4OBGA 2PK5A 4BELA 2V12C 4Y4TA 4Y35A 5P7BA 4DVFA 5P4YA 1HEFE 5OZMA 5TOLA 5P3NA 1PPKE 5SY3A 4ZLSA 1FFFC 1B6KA 1M0BA 3K5DA 5P5EA 3HW1A 2HPEA 4Z4XA 2PSVA 2Q54A 5P64A 3KDBA 3Q5HA 2P3CA 1HIIA 5P5MA 3LIYA 4HDBA 3EKWA 4HA5A 4Y50A 5P2FA 1TSUA 1TZSA 1XL2A 5P37A 2OHRA 3L5EA 1SDTA 5P8NA 3O9LB 3O99A 3RTNA 2AVOA 4GJ7A 5P6EA 3QRVA 4EQJA 2AZ8A 2PWRA 1FLHA 5P1GA 4QLHA 4R93A 1D4HA 5P1ZA 3URLA 1NPAA 1B6LA 4L1AB 4RRNA 4Y3XA 5P1QA 4EPJA 5P4IA 5P8AA 2IGYA 3L5CA 5P70A 4Y3GA 5P6AA 4LL3A 3PI0A 5ENMA 3KMXA 2J9KA 5P2ZA 4WTUA 3OXCA 2QI0A 5P5SA 3FNUA 2IDWA 5P0VA 1RV7A 5P6VA 2VIEA 5P55A 5P1HA 3EKQA 3INEA 1B6JA 5P5XA 3TLHA 3O9LA 3QVIA 5P7VA 5P22A 3APRE 4MC9A 5P8SA 3QROA 2UXZA 5DGWA 4B77A 3CMSA 4Y3AA 3BVAA 4L1AA 1EC1A 5P1WA 3OWNA 2XFIA 3GGXA 1T6EX 5IVRA 4RYGA 5P1RA 4QJ7A 4CPQA 1TCXA 5P6FA 5P72A 3RSXA 2PWCA 4FS4A 4Y48A 5P23A 2VNMA 1W5VA 5HCTA 5P3LA 1ZP8A 1DW6C 2BKSA 3NDTA 4RRSA 1MTRA 4I1CA 3ZKIA 4DI2A 4CPUA 5P05A 5P4KA 1T7IA 5P3IA 5KQXA 4DFGA 1A8KA 3EL1A 5P75A 4FRSA 5P2SA 3U7SA 1KJ7A 4QGIA 5P2GA 2Z54A 5P0DA 5P7LA 5C9FA 4PZXA 2B60A 2ER7E 3LPKA 4PZWA 5P30A 4Y5EA 5P6KA 3QP0A 1TCWA 1D4YA 1FMUA 3O9AA 5P8GA 1AAQA 4Y3NA 5P10A 3VYEA 2PH6A 4R92A 5P54A 2WF2A 2NR6A 5P7PA 4YBFA 2BB9A 5OZFA 4U7QA 3KT2A 4ZPEA 2RSPA 2PSGA 1APWE 2WL0A 5P5ZA 3EL4A 4Y54A 5P5GA 6UPJA 3UCBA 2F8GA 3GGVA 5COOA 4RGHA 3D1YA 4HEGA 3PWWA 1HVKA 3S54A 5P52A 2AOGA 1META 3OXWA 4PYVA 3ZKXA 3I8WA 1W6HA 2G24A 1HTGA 3IXOA 3IA9A 4YD4A 5P02A 1ODWA 3OQKA 1SIPA 5P8BA 1IIQA 5P46A 5P3RA 3TH9A 5P0ZA 1YTJA 1C70A 1HVIA 2AZ9A 1AZ5A 2Q11A 1LYWA 4Y4AA 3L3AA 5P4NA 1QBRA 5P6JA 3T3CA 1IZIA 1EPME 5P69A 4B1EA 5P15A 3O9GA 1NH0A 3GI5A 5P07A 3EKPA 5P3FA 2R5PA 2OHKA 5OYYA 5P2OA 5P08A 1FG6C 3QI1A 3L59A 5I3VA 3UDKA 5ISJA 4QJAA 1FG8C 2WF1A 2G1OA 3TOGA 4J5JA 5P0EA 3G70A 3OOZA 5P49A 4EJ8A 1RL8A 5E5JA 1ENTE 1QBTA 3O9FA 4CPTA 3S56A 1TSQA 3OADB 1SGUA 3ZMGA 5P7ZA 4QJ8A 3SLZA 3VF7A 2OHMA 2FXDA 2AZCA 3MSKA 2PYMA 2ZGAA 3L5BA 5P51A 1HSGA 4NJTA 2QHCA 1QS8A 3VEUA 1MRWA 5P71A 1T7KA 4GYEA 5DR8A 5P77A 5P4PA 5P88A 1K6PA 3JVYA 3ZPUA 1WKRA 1FQ7A 1EC0A 3D91A 3S8IA 2VA7A 2FS4A 3EC0A 1QDMA 4B72A 4ER4E 5P4LA 2JJIA 4Q1YA 2NPHA 3LZUA 5P2VA 5P5AA 5P1CA 3LIZA 5P5JA 5P04A 4L7GA 1J71A 4Y3WA 3B80A 3PSUA 2OHUA 4ZE6A 5AH7A 4FCOA 1SGZA 1Z8CA 4Q1XA 4FRIA 3ZPSA 2R43A 4CPSA 1ODXA 4H3IA 4NJVA 5SY2A 5P7FA 3OTYA 4KUPA 1EBZA 5P85A 5B18A 1EBWA 3HDKA 2NMZA 1LEEA 1YG9A 4K4RA 4FLGA 5P6UA 3R4BA 4Y36A 1FGCC 3EBZA 3OU4A 4H3FA 5OYQA 3OHHA 1B5FA 5P1FA 4K9HA 5OZRA 5OZXA 1HXWA 4I0ZA 3SA5A 4DQFA 5P2JA 3ZKSA 3SA4A 4RVJA 1EPQE 4Y4DA 2OAHA 5P5VA 5BWYA 1ZBGA 5P6HA 4GJCA 2VIYA 1HPSA 1MESA 1K6VA 2QNQA 5P2AA 3TNEA 5OZ7A 2FGVA 2Q63A 5P13A 2HB3A 2HM1A 1KJFA 5OYZA 3R1GB 5OZWA 4LXMA 2BPYA 4K4QA 1GKTA 1HTFA 2XFKA 3HBOA 5P61A 5P1KA 4JOOA 5P6OA 1KJ4A 3MSJA 3A2OA 3HAUA 2P3BB 5P1PA 3QRSA 1E81E 5P60A 5P7DA 2WF0A 5P1IA 2VA6A 3L5DA 5P8LA 4Y44A 4DJXA 4FM8A 4CP7A 3EKXA 3OUBA 5P0KA 2MIPA 3G72A 2G27A 2I0AA 4EYRA 5P27A 1G35A 5P01A 3LZVA 1HRNA 2SAMA 5OZCA 5COKA 2ANLA 1PPME 5P3WA 1XE6A 5OZ3A 3S7MA 1IZDA 4B78A 4YE3A 5P8EA 3UDHA 4Y4JA 3VCMA 5AH9A 4DQHA 5P45A 5P3TA 5P2LA 3APPA 6FIVA 3PWRA 2IENA 3QPJA 5P24A 1D4JA 3OU3A 1HVCA 5P8FA 2RMPA 2QMGA 2R5QA 5BS4A 4YDGA 2PK6A 3T7XA 3KT5A 1RQ9A 3LZSA 4RVXA 5OZ8A 2I4UA 1HXBA 4DJUA 3IVIA 2Q64A 3EKYA 5UPJA 2WF4A 4I0JA 3LINA 3PWMA 2HIZA 3FV3A 4J1KA 1FMBA 1SMEA 3EL9A 3FNTA 2G21A 4RYCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WB4 A;  5P8V A;  1MSM A;  1W50 A;  4PHV A;  4Y5B A;  2HAH A;  5P5P A;  3OAG B;  5P0W A;  3CKP A;  2RKF A;  2XYE A;  4B1D A;  4BEK A;  4GB2 A;  2QZX A;  2ZHR A;  1MT7 A;  4D85 A;  5P03 A;  1LYB B;  5P0H A;  4BFD A;  1ER8 E;  3UDY A;  1EC3 A;  3QBH A;  4R5N A;  4Y51 A;  3O9D A;  2O4P A;  2I4W A;  5OZ5 A;  5P4M A;  4Y5L A;  5P4O A;  1YX9 A;  2AOD A;  2VIJ A;  2QI7 A;  4NJU A;  4Y5A A;  5OZZ A;  4Y3T A;  3TOH A;  3OOT A;  5P8T A;  4MC6 A;  1GVV A;  5I3W A;  1B6P A;  5P5O A;  3KDD A;  3UDJ A;  3OUC A;  4Y39 A;  3OAG A;  4GJA A;  3EL5 A;  5P00 A;  2QCI A;  3GGU A;  2VS2 A;  2QK5 A;  4LXK A;  3FNS A;  1LYB A;  4Y3P A;  4Y4E A;  5P7W A;  5P3U A;  1EPP E;  2RKG A;  4YCT A;  5PEP A;  1QRP E;  2O40 A;  3WZ6 A;  5P81 A;  4TVG A;  1FB7 A;  5C9D A;  4Z50 A;  2AOJ A;  5OZD A;  3NYG A;  1WBK A;  4RCF A;  2VJ9 A;  1E82 E;  2OF0 A;  5P6D A;  5HU1 A;  5P35 A;  3O9B A;  3NLS A;  2Q15 A;  5P62 A;  5P0O A;  3B7V A;  1YTG A;  4DV9 A;  4GJ5 A;  4Y47 A;  3IND A;  2NXD A;  6APR E;  2I4X A;  1XN2 A;  2ER9 E;  3TL9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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