3SKFA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with (2s)-2-((3s)-3-(acetylamino)-3-(butan-2-yl)-2-oxopyrrolidin-1-yl)-n-((2s,3r)-3-hydroxy-4-((3-methoxybenzyl)amino)-1-phenylbutan-2-yl)-4-phenylbutanamide
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
387
structure length
387
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 387
sequence length 387
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skfA02
2O4NA 5IVQA 3UQRA 4WY1A 3L5CA 4Y51A 1EPNE 4Y53A 1FIVA 5P56A 5HDVA 4R91A 5P2OA 3DOXA 3KDCA 1XS7D 4DUSA 3I8WA 1CPIA 5P7KA 4KE1A 5P7JA 5P8JA 5P2VA 5P8AA 3VYEA 5OZFA 2VIJA 5BRYA 3SA8A 1ZPKA 1NH0A 1IDBA 1OEXA 3BHEA 4TRWA 5P69A 1DPJA 5COOA 4TRYA 5P1LA 2WF4A 5P3AA 1EC0A 4LXMA 2ZGAA 2QI1A 1LZQA 4ZEAA 5P6VA 1AIDA 2AOCA 5P7GA 3PCZA 2WF1A 2QHCA 2QMPA 2QNNA 5OZLA 4B1DA 1MTBA 4Y3WA 1BAIA 2IGXA 5IS4A 1HXWA 1HBVA 2V12C 4J0ZA 5P5PA 1K6VA 2B42A 2HPFA 3WZ6A 2IENA 6UPJA 3VSWA 3URJA 2VA5A 3VG1A 5P8CA 3UFLA 5P7OA 2IS0A 3EKXA 5PEPA 3SAAA 3OQ7A 4Y5KA 5P2MA 3H0BA 5P8SA 3BUHA 3ER3E 3PSGA 3Q5HA 1FF0C 5P0KA 4YD4A 5P8NA 2WEAA 3L5DA 3OXVA 3SQFA 3FNTA 2ANLA 3R0YA 4Y45A 4F73A 3MSKA 1E80E 5BS4A 1MSNA 3K5FA 1TCWA 5OYVA 5P5RA 3R0WA 4FRKA 4DVFA 5P3BA 5P5XA 1G35A 5P5NA 1FQ7A 3PBDA 3UDKA 3VF5A 3SKGA 4B1CA 1HPXA 3VEUA 4QJ9A 3TOHA 5P12A 4J0PA 1EBKC 3PGIA 2VJ9A 7HVPA 3VFAA 1OHRA 3Q6YA 4JECA 5P1MA 4HLAA 1C6ZA 3BVBA 5P7ZA 3T7PA 2AVVA 5P0CA 1IZEA 5P1IA 4H3GA 4CPUA 1HVCA 5P1KA 3L59A 5P80A 3UQXA 5OZRA 2FNTA 3NDXA 5IVTA 1FKNA 2CENA 4I0JA 5P0TA 2NXDA 3OQAA 3IGBA 3ZLQA 5P6LA 4H3JA 4Y43A 5OZ8A 2R8NA 4OBFA 1HVHA 1APTE 4H1EA 5P0DA 1D4JA 4CPWA 5P8TA 5P2GA 4BELA 2Q55A 5P4VA 3UFNA 4Y3FA 1ZTZA 5P0XA 2NMYA 3ZPSA 3L5EA 1C70A 4H3FA 5P7DA 2QZWA 3QROA 1ODXA 3EKQA 3KDBA 4GB2A 4Y3NA 3SO9A 2FDPA 5P3KA 4DQGA 2BBBA 3PLDA 1PPLE 3CKPA 3NUJA 4FRSA 4F74A 2P3AA 2WF0A 2JJIA 4QJ7A 3INDA 2G1SA 3TPRA 3PWMA 5P5HA 3VSXA 5P5CA 1A9MA 5P06A 2ZHSA 4L1AA 8HVPA 1D4KA 3SABA 2IDWA 5P14A 3NU9A 2WEDA 3DV5A 2P83A 4PEPA 5P7FA 3EBZA 2JYSA 2B8LA 3GGVA 3OHHA 5P3YA 2G27A 5P6PA 4OC6A 1APUE 5P84A 2AZ8A 4Y4AA 3QBFA 2P8HA 5AHBA 5P8DA 4CPQA 3QRMA 2Z4OA 2QD8A 3GGAA 1PSAA 1EBWA 3QBHA 3UDPA 2V0ZC 4L6BA 4EP3A 5P4DA 5P78A 4EPJA 5P55A 4ZLSA 5AH9A 5P3RA 3O9EA 1HEFE 1UPJA 4EXHA 5OYZA 4ZPEA 5P6DA 2ZDZA 5P1VA 3BVAA 1HWRA 4B77A 5EZXA 4I0EA 4J1HA 5P1DA 1BWAA 1LEEA 1AM5A 3EM6A 4TVHA 4DJUA 5P0LA 5P73A 1XE5A 4J0VA 5P2XA 3U7SA 3LIXA 4Y3TA 4EJLA 1MVPA 5JG1A 3SA7A 2UPJA 4ZPGA 1HOSA 3CKRA 3LPIA 3NU5A 3GI5A 2IKUA 1T7IA 2FS4A 4YDGA 3RTMA 5HU1A 2FIVA 5P39A 5DR3A 4GJ8A 5P61A 5P53A 2JE4A 1TW7A 2O4KA 3IXKA 4FSLA 4R95A 5KR0A 1PPME 1SP5A 5P0MA 1W6IA 1MPPA 5P58A 5P1FA 3KMYA 3RTNA 1K6PA 3KYRA 5P5AA 4ACXA 3JVYA 5OYSA 1IIQA 3K5CA 3N3IA 4DFGA 5P2DA 5P37A 3OXWA 4NJUA 5OZIA 3LPKA 4Y44A 3IN3A 4YE3A 5OZ7A 5P1ZA 1EPME 3WB4A 4Y4BA 4DPFA 3PHVA 2VIZA 2QU2A 4Y3PA 5P1NA 3GI0A 1M43A 4K4QA 5OZ5A 3DUYA 5P6JA 1BVEA 5FIVA 1MSMA 3Q70A 4AA8A 3ZKMA 2AZBA 5P1PA 4FM8A 4KE0A 4K9HA 4Y9WA 4Z22A 1T6EX 1EPLE 4L1AB 5P2NA 1A30A 5DGWA 1XE6A 5I3VA 2HC0A 4J1KA 5P3XA 4Y3JA 3KF0A 1Q9PA 2JXRA 3D1ZA 4HEGA 1XL5A 3LIZA 4CPXA 4OBZA 1OEWA 5P8BA 6APRE 1K2BA 5P7BA 3EC0A 4FIVA 4GJ7A 4OC6B 3UDRA 5P7XA 3ECGA 4Y3HA 1TZSA 2WEZA 3LITA 3TLHA 4DQBA 4Y3ZA 3WZ7A 1FMUA 5P3SA 5OZBA 5P4JA 5OZXA 5P87A 2R3WA 4LBTA 3QRSA 4HDPA 4PZWA 5P5DA 4B05A 4YDFA 3OK9A 2OHTA 1B6LA 5KR2A 2QI0A 3I6OA 4HDFA 4DJWA 4Y3LA 4Y3YA 5P0PA 5P42A 1YG9A 5P7IA 1D4IA 5P6BA 5OZVA 5OYYA 3HD8A 5P2JA 2BPXA 5KQYA 5P0OA 4EQJA 2VJ7A 4F75A 2ZJNA 1OD1A 5BWYA 5P3OA 2RKGA 5OZSA 3IA9A 2I1AA 2FXDA 5F00A 5P59A 3D91A 3SFCA 1LV1A 1AAQA 2Z54A 5P7NA 2V16C 1G2KA 4Y5NA 3LIQA 2FLEA 2HB4A 5P4WA 5P27A 2AZ9A 4A6BA 3U6AA 3QAAA 5OZ1A 3O9LA 5P5IA 5P5GA 5F01A 2G1OA 4I0ZA 1FG6C 4Q1WA 3O9AA 1HTEA 3K5DA 5P85A 5KOSA 5P8RA 1SDTA 5P2QA 5E5KA 4N00A 5P5BA 5P4YA 1QBUA 2P3DA 5P15A 2NR6A 4FLGA 4J0YA 5AH7A 3HVGA 5P19A 4Y5GA 3KFPA 2JJJA 1MERA 3MXDA 5P3PA 1MT7A 5P2ZA 1E5OE 3CKTA 4Y57A 3S53A 3RTHA 2AVMA 1GVUA 2QNQA 5P7AA 4RYGA 4IVTA 5HDUA 3LZYA 1A8GA 4DJXA 5P44A 5P5WA 4XX3A 5P0GA 5P47A 3KN0A 4NJVA 4OBZB 2B8VA 5DQ1A 1E81E 2PWCA 2PK5A 5P34A 2Q5KA 5I70A 5HE4A 1YM4A 5COPA 4D85A 1PSOE 3DM6A 1TSUA 3IVHA 4GJ9A 1Z1RA 1W5WA 3APPA 2ZE1A 1HPOA 5P7MA 4Y39A 5P30A 3RVIA 5OYWA 5P7TA 4Y38A 1D4YA 1IBQA 7UPJA 4ER4E 3PMYA 5KAOA 1EPRE 2FDDA 1EBYA 2F3KA 5P3NA 5P1XA 2ZJKA 5I3XA 2QZKA 1PROA 5P1HA 4Z50A 5P0FA 4B78A 1SMRA 5P0BA 1BIMA 2QHYA 5P6QA 5KQZA 1HVLA 3OOZA 2ZHRA 3OY4A 4GJCA 1PSNA 5DR0A 2F8GA 3EKWA 5DQCA 1GVXA 5P4BA 4I0DA 3VCMA 2R43A 5P75A 4ZSPA 5P6ZA 5P10A 4YA8A 4OBHA 4DJPA 5P70A 5P3WA 1FQ4A 3GGXA 4EYRA 3UDQA 3NLSA 1XN3A 2A1EA 2CEJA 1GKTA 1IDAA 3ZKSA 5P63A 5P7QA 4Y4UA 3OQFA 4R92A 4MC1A 4OD9A 5P11A 2G22A 3O9LB 1LYWA 2OAHA 2NNKA 4UPJA 5P17A 3NWQA 4MC6A 5P5EA 2AOGA 4RCFA 5P71A 1G0VA 3IN4A 3S54A 5C9BA 3VFBA 2O4LA 4BEKA 1EEDP 3BUFA 1PFZA 5P0JA 5P1BA 1SGZA 1ZSRA 4A6CA 2ZJIA 5EZZA 1K6TA 4Y3AA 2FXEA 3PCWA 5P4TA 3ZKGA 3NUOA 3NXEA 3JW2A 2I4VA 3KFNA 5OZTA 3NWXA 4Y36A 1B6PA 4Q1XA 1HXBA 5P7VA 3EKPA 3Q3TA 4ZPFA 4DPIA 2PWRA 4XXSA 5P8VA 1WBKA 2QD7A 1CZIE 5P09A 5P4FA 2PH6A 3NU6A 5P7PA 3VUCA 5OZUA 2OHMA 3NDWA 4XX4A 5OZKA 5P20A 5OZ9A 5P0ZA 1T7JA 5AGZA 2Q3KA 2HPEA 3URLA 2MIPA 5P81A 1BBSA 3VYFA 1ER8E 1LYBA 5P45A 1K1UA 2ER9E 4OBKA 5P4RA 4J54A 5P0VA 1VIJA 2VNMA 3U71A 5ER2E 5AH8A 2CEMA 2QZLA 5P07A 4DJYA 2I0DA 3PMUA 2SAMA 5P2AA 1XN2A 3NR6A 3OUAA 3D20A 4M8YA 4B70A 3PEPA 1FLHA 1YTGA 5CLMA 5KQXA 1GVVA 5P3VA 3T7XA 3GW5A 5P2CA 5P29A 3EL4A 3LNKA 4U8WA 5P7WA 2ER6E 4EQ0A 3S8IA 4J1EA 1APVE 4R5NA 3I2LA 2QCIA 2XFIA 5P1GA 5P8IA 3OQKA 4I8ZA 5OZPA 5P1CA 2VIEA 4QJ8A 2IKOA 5HDXA 3UDYA 4FRJA 4YCKA 2G21A 1BV9A 1HIVA 2H6SA 3AIDA 1NPAA 5P4AA 3EL1A 3UTLA 4QJ2A 1BDLA 4K4RA 3Q4BA 5AHCA 4OD9B 4Y3QA 1LYWB 1FQ5A 5P62A 2HB2A 4HDBA 1TSQA 5P8HA 2I4XA 1ZJ7A 3OUBA 3LINA 3TPJA 4I1CA 4NPTA 5P77A 3WZ8A 2NNPA 5DR4A 1FMBA 4DJVA 3PBZA 4Y5LA 3HVPA 3KM4A 1TCXA 3GGUA 5KR8A 5P4HA 2AVQA 4GMIA 1FQXA 2RENA 4PZXA 3B80A 3D3TA 5P74A 3SA4A 1HSGA 2RSPA 3S56A 2R5QA 4D89A 1FFIC 3VYDA 1IZDA 4RCEA 4IVSA 5J25A 4Y6MA 1RL8A 2G26A 3QN8A 5P2RA 5P5ZA 5P6MA 3EMYA 3ZKQA 5TOLA 2XFJA 3LZVA 4Y54A 3SKFA 4DJQA 2F3EA 2F81A 5P7CA 2PH8A 4ZSMA 3INHA 5P2FA 4RLDA 5P4XA 5HCTA 1GVWA 2RKFA 4Y4ZA 5P60A 5P1QA 4CPRA 3OQDA 2P3BA 1YTIA 3OAGA 5P3TA 3D1XA 3LZUA 3CIDA 1LYBB 3EM4A 3H5BA 5AHAA 4B1EA 2BPYA 5P3JA 3PI5A 5OYXA 5P0WA 5P89A 5P5MA 4K8SA 2VS2A 2EWYA 2WECA 4YCYA 2RMPA 3LHGA 5P72A 4Y5PA 1WKRA 4YBFA 2OF0A 4BFBA 5OZZA 3SA6A 5P3FA 2R38A 5P3UA 4EHCA 5COKA 2QU3A 2QI5A 1HRNA 4U7VA 5P33A 4CPSA 1MIQA 4YD5A 3BXRA 4XKXA 1MESA 2G1NA 4D8CA 1U8GA 2FMBA 3DK1A 4LP9A 5OZ2A 5P5VA 1VIKA 5P8OA 1M0BA 2ZJMA 1GNMA 2QD6A 2WHHA 4J1IA 2IEOA 5P8EA 1LYAA 3CIBA 4I10A 4FAFA 1EC1A 2PSUA 5P6OA 3I7EA 3IXJA 3L5BA 3SPKA 1D4HA 3EKTA 5OZOA 3T7QA 4FE6A 1HTGA 1FQ6A 5OZDA 4LXKA 1Z8CA 3KA2A 4L7GA 3SM2A 5P86A 2QNPA 5P4GA 5DGUA 3KFRA 5P2LA 2B7FA 4YD3A 2QI7A 5P6WA 3S7LA 3QPJA 2OHKA 5HTZA 4Y5MA 1GNNA 1BXQA 2F80A 2QK5A 1DW6C 1E82E 2I4QA 2G1RA 3OXCA 3O9IA 1K2CA 1QS8A 2IL2A 5P4LA 4RVXA 4Y37A 5UPJA 4NKKA 3MXEA 2VIYA 5HE7A 5OZQA 2Q15A 2QZXA 4FSEA 3O9BA 3UDJA 3OU1A 4FCOA 4RRSA 3ZL7A 1W5YA 4I0FA 5P1AA 1C6YA 2J9KA 1XDHA 3PVKA 5P3DA 3GI6A 5HU0A 1HPVA 4EJKA 2P3BB 2O40A 3OAGB 5OZCA 5P0EA 5I3YA 2IRZA 2BKTA 1IVQA 3UF3A 3UQUA 3RSXA 4RCDA 3S2OA 3NDTA 5P50A 2XYEA 3KDDA 4FRIA 5P0AA 5KR1A 5P5QA 2XYFA 2QMFA 2OHNA 3PM4A 4OBGA 3EKYA 4I0IA 3INFA 4YBIA 3APRE 2BJUA 3TTPA 3HAUA 3O9HA 5OZ0A 5P49A 3VLAA 1MEUA 3KT5A 5P38A 4J17A 3TH9A 3QS1A 1HTRB 3NYGA 1AXAA 3PB5A 2VJ6A 3LZSA 2QAKA 4KB9A 5OZ6A 4DQHA 3SM1A 2OHRA 3VF7A 3OUDA 2G20A 1HVJA 5P2BA 3R4BA 5P6HA 4Y41A 1HHPA 3ER5E 3S45A 5P4QA 3G70A 5CONA 2WF2A 5P6EA 5OZEA 3UDNA 4ER1E 1APWE 4OBJA 3FV3A 4Y4WA 1LYAB 2F3FA 2B60A 5P3ZA 5P66A 4Z2ZA 5KQFA 3TOGA 1DMPA 5P4CA 1D4SA 4Y3SA 5P1OA 2FGUA 1RQ9A 3MSLA 3ZKNA 3CICA 4GJDA 4FAEA 1ZSFA 5P28A 1YM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4N A;  5IVQ A;  3UQR A;  4WY1 A;  3L5C A;  4Y51 A;  1EPN E;  4Y53 A;  1FIV A;  5P56 A;  5HDV A;  4R91 A;  5P2O A;  3DOX A;  3KDC A;  1XS7 D;  4DUS A;  3I8W A;  1CPI A;  5P7K A;  4KE1 A;  5P7J A;  5P8J A;  5P2V A;  5P8A A;  3VYE A;  5OZF A;  2VIJ A;  5BRY A;  3SA8 A;  1ZPK A;  1NH0 A;  1IDB A;  1OEX A;  3BHE A;  4TRW A;  5P69 A;  1DPJ A;  5COO A;  4TRY A;  5P1L A;  2WF4 A;  5P3A A;  1EC0 A;  4LXM A;  2ZGA A;  2QI1 A;  1LZQ A;  4ZEA A;  5P6V A;  1AID A;  2AOC A;  5P7G A;  3PCZ A;  2WF1 A;  2QHC A;  2QMP A;  2QNN A;  5OZL A;  4B1D A;  1MTB A;  4Y3W A;  1BAI A;  2IGX A;  5IS4 A;  1HXW A;  1HBV A;  2V12 C;  4J0Z A;  5P5P A;  1K6V A;  2B42 A;  2HPF A;  3WZ6 A;  2IEN A;  6UPJ A;  3VSW A;  3URJ A;  2VA5 A;  3VG1 A;  5P8C A;  3UFL A;  5P7O A;  2IS0 A;  3EKX A;  5PEP A;  3SAA A;  3OQ7 A;  4Y5K A;  5P2M A;  3H0B A;  5P8S A;  3BUH A;  3ER3 E;  3PSG A;  3Q5H A;  1FF0 C;  5P0K A;  4YD4 A;  5P8N A;  2WEA A;  3L5D A;  3OXV A;  3SQF A;  3FNT A;  2ANL A;  3R0Y A;  4Y45 A;  4F73 A;  3MSK A;  1E80 E;  5BS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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