3SKGA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with (2s)-2-((3r)-3-acetamido-3-isobutyl-2-oxo-1-pyrrolidinyl)-n-((1s,2r)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-2-(1,2,3,4-tetrahydro-3-isoquinolinyl)ethyl)-4-phenylbutanamide
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 86
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skgA02
1TW7A 3O9AA 1A8KA 5P41A 4BFBA 1DIFA 2QI7A 1K2BA 3I2LA 5P7IA 3UPJA 3OHHA 3MXEA 4RVIA 4Y3WA 2AOHA 4RLDA 1FMUA 4YE3A 3K5GA 3KN0A 1APWE 2WEDA 5P6ZA 4DJOA 2G69A 3DM6A 4I0ZA 4CPTA 4Y3SA 1NH0A 3KFRA 2V11C 2IKOA 1YM4A 3OADA 4Y3JA 1YM2A 5P24A 5P8BA 5DQCA 3Q3TA 5OZQA 5P82A 5IVQA 3A2OA 2PMAA 5P4WA 3VSXA 2QMPA 5COPA 4RVJA 2P3AA 1SDUA 1EPQE 4FAEA 5P6SA 4L6BA 5P53A 3LNKA 5P0VA 3ZKQA 3AUPA 3INDA 3QVCA 1AXAA 4HE9A 5OYRA 5P4GA 4ZIPA 3QPJA 4OBKA 3SM2A 3EKXA 3OXVA 2UXZA 1BIMA 2FXDA 2ZJIA 2BPWA 3R4BA 4R5NA 1EPPE 4OBHA 5OZ4A 4KE1A 4GJ7A 3EC0A 2AOCA 4LHHA 2FDPA 2VKMA 3NU5A 2VIJA 5OZ0A 1FQ6A 3PSGA 4I0JA 2O40A 1HPSA 1BVEA 4ACUA 4XKXA 5P23A 4GJAA 5SZ9A 1LF3A 2ZHRA 5P0HA 5ER1E 5P35A 5P8SA 4Y4JA 1EPME 2QU3A 5P1ZA 5P2UA 3UFLA 3CIDA 5P5LA 3DOXA 3LPKA 3OQDA 2H6SA 5P89A 3NLSA 1C6XA 2QZXA 5OZHA 2ZHVA 4FCOA 2Q11A 4CMSA 4FGXA 2R9BA 1XDHA 4TVHA 1LYAB 5P0PA 1XN3A 2QI4A 2WHHA 4MC1A 5DQ2A 5I3WA 2VS2A 3CMSA 1EC0A 3T3CA 4LP9A 2P3BB 3SKFA 3PJ6A 4J54A 3ST5A 3NDWA 4I8ZA 4GIDA 5P72A 2JJIA 3WB4A 5P0WA 2G1SA 5P3TA 4BEKA 1IZIA 5P1MA 4CPRA 4J1EA 3OHFA 4YDFA 1BDRA 5HDVA 3FIVA 2F80A 2UPJA 2J9JA 1PROA 1ODXA 1XL5A 2APRA 5P0SA 3DV5A 2P8HA 3FSMA 5P3CA 2P3BA 2R38A 2G26A 5OZKA 5ENMA 5OZXA 4CP7A 3GI6A 3VF3A 5P5CA 2QP8A 2AQUA 3T11A 3TKGA 4J1FA 5OYVA 2NNKA 2CEJA 3VF5A 4DJVA 3OAGA 4J1IA 3H5BA 3Q5HA 1EPOE 2IGYA 1G2KA 2PSVA 5JFUA 4Y3NA 5E5KA 5P6DA 3L3AA 2O4PA 3I7EA 2QNQA 2QCIA 4I0GA 3K5FA 3BGCA 4Y3EA 3PVKA 4J0VA 2HS2A 2R8NA 2HB4A 5AHCA 1ZJ7A 1TSQA 3MSJA 4FSLA 5KQFA 4Y45A 4Z50A 3EKVA 5OZSA 3WZ6A 1C6ZA 4OC6B 3O9LB 1QBTA 2RKGA 3EL1A 4UPJA 2ZHSA 2WJOA 5OZWA 3OU1B 2Q3KA 2R5QA 2WF4A 5P4IA 3T7PA 5OZYA 1FF0C 5P3UA 4Q1XA 5P7PA 2BKTA 5ISJA 2R5PA 3IAWA 4F74A 3S54A 3NUOA 5P5FA 3KFPA 4E43A 4GJ9A 4Y4UA 1HVJA 5P1SA 2FNTA 3SABA 4Y56A 3UDHA 4Y3MA 2R3TA 3LZYA 1GNOA 2OHSA 1EBZA 5P64A 4I0EA 3O9FA 3O9LA 5P08A 4ZPEA 5OZNA 4ACXA 4B0QA 5P31A 5P6NA 3K5DA 3OUDB 1BVGA 4ZSMA 2PH8A 5P8IA 4B00A 1GNNA 4APEA 5C9BA 5HU0A 2FMBA 1A8GA 3HD8A 5DPZA 3PMYA 1FGCC 5HDUA 3OQFA 5P3MA 2OHRA 2WEZA 3PMUA 5P6UA 4Y48A 4Y51A 2PK6A 4EHCA 5P7UA 1LF4A 1Q9PA 4LL3A 5P5XA 1AIDA 4FSEA 5P5IA 5P8KA 5P6TA 1EEDP 5P0GA 4YCYA 5P1GA 2QHYA 3OUDA 2QZWA 2WEBA 2VIZA 5HE4A 3SAAA 5P09A 2QK5A 1W50A 1EPLE 2IENA 2AOIA 2V12C 5ENKA 5P8TA 1HXBA 2AOJA 3UDQA 4EJKA 5P2XA 3QBFA 3PWRA 3PM4A 2PYNA 5P2OA 4DQBA 2QI6A 4NJTA 3UDMA 4GJBA 2AVMA 1FQ5A 4J55A 4J5JA 3VSWA 2J9KA 3OUBA 4Y38A 4OBZB 3EKPA 5OZBA 5P1DA 4YD6A 1HPVA 4YCTA 5P60A 5P0CA 3KT2A 4Y3DA 2G1RA 5P5VA 1K1TA 3PCWA 3NSHA 4N00A 5P8LA 4GZFA 3UFNA 2ZHUA 2HB3A 4I0IA 1HTGA 4Y37A 1LYWB 5BS4A 5P5YA 3BVBA 3EKQA 3ZLQA 1UH7A 3NWQA 4IVTA 4HZTA 1GVXA 4Y5KA 5P05A 5P69A 2PK5A 2VJ9A 1A9MA 3M9FA 1AAQA 5P2EA 4EJDA 4FRKA 4RCFA 3HBOA 3LIQA 4F75A 4DFGA 1HVIA 4QLHA 5P12A 2OHPA 3UDYA 4F73A 4Y4TA 5P67A 4EWOA 1C6YA 1TQFA 3B7VA 2QMDA 4X2LA 1K6PA 1LYWA 4YA8A 5P2TA 3IA9A 1MTBA 3OOTA 1HIIA 1EAGA 5HDZA 3BXRA 5HE7A 1RV7A 3KT5A 4R8YA 5P7CA 6FIVA 4Y47A 4ZSQA 1HBVA 2ZE1A 3L58A 3VLBA 3QI1A 5KQYA 1LF2A 2FLEA 4DQFA 3LPIA 5BRYA 5P7HA 1FG8C 3D1YA 5P6VA 5P7TA 1PSAA 4L7HA 1IVQA 3UHLA 5P54A 2NNPA 2G1NA 5P1XA 2ZJMA 1AJVA 3KDCA 3GGUA 1B6LA 2FGUA 4R92A 1DMPA 3RSVA 5P4DA 4DI2A 4EP2A 3EM3A 4OD9A 1YTIA 5COKA 3OU3A 5P2MA 5P1FA 5OZVA 3K4VA 5JFPA 3TOHA 2IEOA 5OZGA 5P6XA 3HVGA 5E5JA 2ER9E 1B6JA 5P7BA 5P6AA 1VIKA 3SFCA 3B80A 1G6LA 1HSGA 2AIDA 2Z54A 3APRE 3VV6A 5P3OA 3PHVA 5P8VA 1FIVA 3OTYA 4PYVA 5P8MA 3CYXA 5P6BA 4YD7A 5P4OA 5P4SA 3O9CA 1BXOA 2AZBA 4NPTA 2EWYA 4XX3A 2SAMA 3T7QA 3HVPA 2ZDZA 1MESA 2NMZA 4R93A 4H3GA 1ZBGA 3AIDA 3G70A 3LIYA 4FL8A 5P3HA 4Y4EA 2HPFA 2QMFA 3UQRA 1APUE 2XYEA 5P4ZA 3TPPA 5P45A 3URLA 2IKUA 1HIHA 1HOSA 2PC0A 1KJGA 5P40A 5P4BA 5JG1A 3LIXA 1IDBA 4PPHA 5P02A 1ENTE 2WF3A 5P7DA 5P8AA 5DR3A 5P5RA 5I3YA 5P5NA 6UPJA 3TNEA 3UQUA 1AJXA 3Q70A 5P3WA 5P7JA 1PFZA 4L7JA 4K8SA 1CZIE 2WL0A 1PSNA 1TZSA 1QDMA 4DQEA 2ASIA 4Q5MA 3OADB 2IGXA 5P1OA 4Q1NA 3OU4A 3OGPA 2G1YA 1TSUA 5T4SA 4CPWA 3O9EA 5P37A 5P3FA 1MEUA 1G0VA 3SA7A 2P4JA 2I1AA 3EM6A 3O9BA 1GVVA 3S53A 3WZ8A 3OY4A 3TL9A 1M0BA 2ZJJA 5OZJA 5P7EA 2WEAA 5P3PA 3SA5A 3L38A 4CPUA 5P7OA 3PRSA 3KFSA 5P4QA 4DJXA 3OQ7A 2HPEA 3KMXA 1D4KA 2AZ8A 2P83A 4DJRA 3LINA 4Y3AA 2QNNA 3RU1A 5OZTA 1YG9A 3OGQA 5P1QA 3EMYA 3GI4A 4EQJA 3RTNA 5P2RA 3UDPA 5B18A 5OZ3A 3TPLA 5P63A 1RNEA 1QS8A 5OYSA 5P66A 1D4SA 4Y5GA 4LXMA 5P3YA 3EKWA 4JECA 4A4QA 4YOAA 4R95A 1KJHA 2BKSA 5P86A 3IXKA 1APTE 2AZ9A 3S56A 5P6LA 5DQ5A 3LIVA 4NJVA 1W5WA 5P7RA 4ZSRA 3NU9A 4LXAA 5P46A 3K1WA 5P7KA 2PH6A 5P80A 5P20A 1NPVA 5P8HA 5P7XA 3UDKA 5P1LA 1UH8A 5KR1A 1EBWA 5P3GA 2AOFA 4AZYA 2QI5A 4Y35A 5P44A 1BDQA 3IXJA 4Y57A 1XN2A 5P74A 3T7XA 3PLLA 1T6EX 5P5JA 4I11A 5P0UA 5I70A 2FS4A 5P00A 7UPJA 2PYMA 5P4PA 1ZLFA 2FDDA 2FXEA 1FFIC 1FMXA 1C70A 4D8CA 4M8YA 2J9JB 1FQ4A 2QD6A 4F76A 3S7LA 2IQGA 5P2GA 1MTRA 1VIJA 3ZKSA 2BPZA 3EL0A 5P7GA 3K5CA 3PI0A 4Y3LA 3SM1A 4ZE6A 5P15A 5P5SA 3ZKXA 5P73A 4U8WA 5P3QA 2ZJHA 5P5BA 4B1CA 5P7LA 5P5MA 3QS1A 1UPJA 3NUJA 3OAGB 5P2DA 3Q4BA 1OEWA 1SDTA 5P4LA 3HAWA 3FNSA 3SLZA 3BGBA 3WSJA 2BPVA 1ZSFA 4M8XA 1FQ8A 4X7IA 5P6WA 1IIQA 2AOGA 5P0YA 1T7IA 5P75A 1MPPA 3UCBA 1A94A 3EL9A 2AODA 1HPOA 1FKNA 5P36A 2BJUA 4Y3RA 1OEXA 4Y4DA 5P0ZA 5P07A 1OD1A 5DQ4A 3L5BA 5OYUA 3LZVA 4RYGA 1BXQA 2O4NA 4K4QA 3QBHA 5P47A 5P4HA 4Y36A 5OZ7A 4RCEA 5OZCA 3APPA 1EPRE 1WBMA 4EYRA 1W6HA 5HCOA 1BBSA 2BB9A 3MXDA 3NR6A 1EC3A 1B11A 5DR8A 5AH8A 3R2FA 5P5AA 3GGVA 3IGBA 5P4EA 4OBGA 5P8CA 4Z22A 3HLOA 1CMSA 4HDBA 1D4LA 5P3LA 1NSOA 3SKGA 4HDFA 3ER3E 4PHVA 5P6MA 3ZL7A 5P0RA 5SXNA 4RROA 4QGIA 3KDBA 3ER5E 4J1CA 3ZPSA 2A1EA 3PLDA 1AVFA 2VIEA 4Q1YA 1IZHA 2Q54A 2FGVA 2ZJKA 1B6PA 5P4VA 5P78A 5P77A 8HVPA 5APRE 3VYDA 2B8VA 1PPKE 1GVWA 5P13A 1B6KA 1F7AA 5P6FA 4H1EA 3RTHA 4CPXA 1N49A 3PBDA 5P6RA 1KZKA 5F00A 2I0AA 3VYFA 4HEGA 3WB5A 4I12A 4TRWA 3IVIA 3ZPTA 2I4XA 4Y4GA 3UQWA 4EXGA 3F9QA 4ZPGA 1ER8E 5DR1A 3VFAA 2CEMA 1MSMA 1GVUA 1W6IA 4OBFA 2G20A 2QD8A 5P1AA 3KFNA 3NYGA 1HSHA 2Q15A 4RRSA 2F8GA 3N4LA 2OAHA 5P7VA 2QMGA 3SA4A 4HA5A 1UH9A 2F81A 5P2NA 2OHUA 3PBZA 4PZWA 5P2YA 2JYSA 4K4RA 4QJ7A 2B7FA 2OHKA 3FKTA 1B6MA 1W5XA 2NR6A 1T7JA 2PSGA 4DQCA 3S43A 3TH9A 4EPJA 3QRMA 1MT7A 5OZ9A 5P6OA 4LC7A 4Y4AA 4APRE 3LITA 5AH7A 5OZMA 1MVPA 1DP5A 5OZ2A 1MERA 4BFDA 1HVSA 4YD5A 4HVPA 1NPAA 5DGWA 1E80E 3K4VC 4Y3ZA 1TCXA 4QJ8A 1KJ7A 2P3CA 5P62A 1MRXA 4DUSA 4DJWA 3DJKA 1FEJC 3NU4A 5OZAA 5P6KA 5P87A 2WECA 4H3JA 5P6IA 5P3EA 3BUGA 1E5OE 5P4RA 3I8WA 5P4YA 1GNMA 4D88A 4NJSA 1MT9A 4LAPA 2JXRA 3T6IA 5I3VA 1PPLE 5P56A 2H6TA 2JJJA 5P1NA 4RVXA 1E82E 1IZDA 4CKUA 4YBFA 1HVHA 2ER0E 3BRAA 4Y5BA 5AGZA 1PSOE 5P84A 1B5FB 3OUAA 3ZKMA 2R43A 3ECGA 5OZDA 3PCZA 4YCKA 4FRIA 4Y5PA 3FNUA 1SGUA 3IXOA 5P8OA 1RL8A 1M43A 1YTJA 2NMYA 4B05A 1SGZA 3SA6A 1FLHA 5P4TA 4OD9B 1HTEA 1XE5A 2Q64A 1BV7A 4FM6A 1BWAA 5IVRA 2ZYEA 3PI5A 4D89A 3URJA 4J0ZA 5P4NA 5P2JA 1QBSA 5P0DA 1LYBA 3IVHA 2QNPA 3INFA 4EJLA 1B5FA 1LS5A 3QIHA 1MUIA 3PEPA 4ZPFA 4NKKA 4Y3TA 2PWRA 3UDJA 3TOFA 5P3NA 5OZEA 4XXSA 1EC1A 2HM1A 4Y4XA 5P2AA 2I4VA 4YBIA 3D91A 2R3WA 3PGIA 3U71A 1K6VA 4K9HA 2V13A 3D1XA 4DJPA 5P7ZA 5C9FA 5P4JA 5P3JA 3VG1A 3NXEA 2V16C 3VCMA 5P6JA 4Y5NA 5OZIA 4BELA 3NDTA 5P8GA 5P39A 3PB5A 5P3XA 2WF2A 2Q63A 3EBZA 5P3VA 2FDEA 1HVKA 4D85A 5KOSA 3EKYA 5P4CA 1T6GA 1QBRA 5OZ8A 5P59A 2OHLA 2P3DA 5P2IA 3BXSA 3G6ZA 2NXLA 3GW5A 1E81E 5OYXA 3NDUA 4CPSA 3MSKA 3O9DA 3KYRA 4EQ0A 1M4HA 5P1WA 4RGHA 5P7FA 4FLGA 4Y5CA 4Y4BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TW7 A;  3O9A A;  1A8K A;  5P41 A;  4BFB A;  1DIF A;  2QI7 A;  1K2B A;  3I2L A;  5P7I A;  3UPJ A;  3OHH A;  3MXE A;  4RVI A;  4Y3W A;  2AOH A;  4RLD A;  1FMU A;  4YE3 A;  3K5G A;  3KN0 A;  1APW E;  2WED A;  5P6Z A;  4DJO A;  2G69 A;  3DM6 A;  4I0Z A;  4CPT A;  4Y3S A;  1NH0 A;  3KFR A;  2V11 C;  2IKO A;  1YM4 A;  3OAD A;  4Y3J A;  1YM2 A;  5P24 A;  5P8B A;  5DQC A;  3Q3T A;  5OZQ A;  5P82 A;  5IVQ A;  3A2O A;  2PMA A;  5P4W A;  3VSX A;  2QMP A;  5COP A;  4RVJ A;  2P3A A;  1SDU A;  1EPQ E;  4FAE A;  5P6S A;  4L6B A;  5P53 A;  3LNK A;  5P0V A;  3ZKQ A;  3AUP A;  3IND A;  3QVC A;  1AXA A;  4HE9 A;  5OYR A;  5P4G A;  4ZIP A;  3QPJ A;  4OBK A;  3SM2 A;  3EKX A;  3OXV A;  2UXZ A;  1BIM A;  2FXD A;  2ZJI A;  2BPW A;  3R4B A;  4R5N A;  1EPP E;  4OBH A;  5OZ4 A;  4KE1 A;  4GJ7 A;  3EC0 A;  2AOC A;  4LHH A;  2FDP A;  2VKM A;  3NU5 A;  2VIJ A;  5OZ0 A;  1FQ6 A;  3PSG A;  4I0J A;  2O40 A;  1HPS A;  1BVE A;  4ACU A;  4XKX A;  5P23 A;  4GJA A;  5SZ9 A;  1LF3 A;  2ZHR A;  5P0H A;  5ER1 E;  5P35 A;  5P8S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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