3SKGA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with (2s)-2-((3r)-3-acetamido-3-isobutyl-2-oxo-1-pyrrolidinyl)-n-((1s,2r)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-2-(1,2,3,4-tetrahydro-3-isoquinolinyl)ethyl)-4-phenylbutanamide
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skgA02
5I3WA 3SA8A 1SIVA 1HEGE 4AA9A 5SZ9A 1PROA 2UPJA 2WHHA 4J1IA 4J0YA 5P67A 1RPIA 2V16C 5P0KA 5IE1A 2O4NA 4NJTA 5DR8A 4Z2ZA 4WY6A 2OAHA 1FIVA 2WF4A 1EBWA 3CIBA 5P0JA 4LXKA 4L7GA 1BAIA 5HVPA 2AOGA 2FNSA 4OBHA 1F34A 2R9BA 3GGUA 5P71A 3SACA 5P78A 4COEA 3ECGA 3QIHA 5P13A 5KR2A 2V11C 2IKUA 5IS4A 4DJOA 3VYFA 4Y48A 5I70A 5P5ZA 4GIDA 3ST5A 5P36A 1DW6C 2PK6A 5P57A 3HAUA 1MT8A 1TCWA 2HS1A 2G22A 1W50A 1D4KA 5KOQA 2B7ZA 4TRZA 3D91A 3UDQA 3HVPA 4Y4AA 3CKTA 3NU6A 5OZ5A 5OZQA 1AZ5A 4Q5MA 3K1WA 1W51A 3OAGA 2IKOA 5P6JA 2PWCA 5P1KA 5P37A 5P0LA 4X7IA 1RL8A 1E81E 3NDXA 5OZBA 3OXXA 4Y5EA 2BPZA 1HIVA 5P7SA 3APRE 5P7ZA 5P5RA 5P02A 1M43A 4KB9A 2Q63A 5P01A 4OC6B 5P26A 4B72A 4CPRA 4X2LA 4I10A 1HBVA 4I0IA 5P6LA 4K4RA 3OTYA 5P1RA 1IZEA 5P5EA 3S7MA 2QMFA 4RYGA 5OZKA 1DAZC 3UDMA 2I1AA 4H3JA 2QI6A 3QPJA 2PYMA 3QRMA 3HDKA 3EKYA 2XYFA 3I2LA 2BPWA 1D4IA 3OGPA 4Y3WA 4K4PA 3URLA 4GJAA 2VA7A 3SM2A 4NKKA 5P7EA 2XFIA 5P1GA 1FMUA 2Q11A 3PSUA 4Y9WA 5P4VA 1IZDA 3NDTA 3O9HA 1KJ7A 3SAAA 4Y5MA 3OU3A 7UPJA 3KYRA 1FKNA 3IN4A 2NMZA 4CP7A 2Q3KA 3TTPA 4GJ6A 1OD1A 5P2XA 5F01A 2PK5A 3G72A 4EJ8A 5P4OA 2RSPA 3UCBA 4Y3QA 4FCOA 4YHQA 5P3UA 4B78A 2AVOA 1BDRA 4Y3SA 2QI7A 1KJHA 5P12A 5P2BA 3CKRA 5OZOA 5P4IA 1LYWA 2O4LA 4YD5A 3ZMGA 2AZBA 1FQ7A 1UH8A 3D1ZA 1PSNA 4Y4DA 2PC0A 4DJRA 5P8DA 3INEA 3PCZA 2QCIA 2QAKA 5P2HA 5P54A 1HTFA 5P1UA 5P6KA 5HCTA 3CMSA 4N00A 2ZHRA 5P3LA 1MPPA 4RZ1A 2IS0A 4ZEAA 4LC7A 4DQEA 5P2TA 1HVLA 4RVJA 1MRWA 4Y57A 5P3XA 2HC0A 4D89A 5P77A 5DQ2A 5P55A 8HVPA 3FSMA 5P5DA 5KR8A 1META 2V00A 1LF4A 5P2YA 2QNPA 4QLHA 3SKGA 1HPSA 3PRSA 4QJ9A 3KFPA 1T6GA 1EBZA 1QBRA 3EC0A 5ER2E 4Y3ZA 3PMYA 5OZGA 5P28A 4D88A 3LZYA 5OZ8A 3TPRA 5P5BA 4Y39A 3NUJA 4JP9A 4I0FA 5P3KA 2G1YA 3G70A 3PM4A 1BBSA 2RMPA 5P0RA 4APEA 5HE7A 4KUPA 1HVRA 4J1CA 2EWYA 3PLLA 5P18A 3EKVA 3RSXA 3CYXA 1EPNE 1XS7D 1T6EX 4I0ZA 2HB2A 4Y5AA 5P4FA 4HZTA 1BDQA 2IRZA 3EL0A 5P4HA 4RYCA 3LNKA 4FGXA 5P2UA 4EPJA 2Z4OA 4B1DA 5P5JA 4J5JA 5P70A 5C9FA 3A2OA 5P40A 5P14A 4FM6A 4B1EA 4FRIA 5P0SA 5T4SA 5P1OA 1MTRA 4B0QA 2I4WA 1BWBA 5CONA 3OUDB 3H0BA 5P6BA 3IGBA 4Y45A 3FNUA 1XE6A 1IBQA 5ENMA 5HDUA 5OZVA 1PPME 3JW2A 5P30A 3I25A 1HHPA 1C6ZA 2QI3A 4U7VA 5P8KA 4GJBA 5P39A 5F00A 5OZEA 1ZPKA 3KM4A 2ER0E 4B77A 3U6AA 1LYAA 5HCOA 3LIXA 5P6YA 2NR6A 2QP8A 4OBJA 1EEDP 5DQCA 5P3AA 2I4QA 1KJGA 5P76A 5EZXA 2MIPA 5HDXA 2AOCA 5P3TA 4YBIA 5P2KA 2XFJA 4WTUA 3GI4A 1LS5A 3INDA 5P07A 5OZPA 5OZ9A 3PBDA 1B6PA 1ZSRA 5P7DA 1Z1RA 3HD8A 5P3IA 5P8JA 3OOTA 4DJQA 2XFKA 5P46A 5DQ5A 3VFAA 4DPIA 4CPTA 1C6XA 5P3WA 3BGBA 1BWAA 2QHZA 2HM1A 3CKPA 1QS8A 4Y3RA 3RTMA 2JJJA 4GYEA 5P0BA 1FQ4A 5P1IA 5P6IA 2FLEA 4RCDA 3RTNA 1G0VA 3LPIA 2PQZA 5P38A 4I12A 3S85A 1D4LA 1XL2A 3AIDA 2HS2A 2IQGA 3INFA 1K1UA 5B18A 2ZJNA 3OADB 1YTGA 4K4QA 5OZ6A 1CPIA 4DPFA 1A30A 5P7IA 4XKXA 1MT7A 5P3OA 5OZWA 3IXOA 2QMGA 3O9DA 3O9IA 2WKZA 3PB5A 5P27A 3I7EA 1YG9A 2VS2A 3GW5A 3O9EA 2CEJA 1QRPE 5P7YA 1HEFE 2VIZA 4HDBA 4KE0A 4R92A 4Y5LA 3QRSA 5OZ0A 2WEBA 1T7KA 4EHCA 4J1KA 1EBKC 1OEXA 2QU3A 5KQFA 5P64A 4YA8A 1YTJA 3FIVA 4IVSA 3LINA 5AHBA 3JVYA 1BDLA 5AH6A 2BPYA 4FSLA 1HXWA 4CPUA 4Y5NA 5P79A 1OEWA 1IZIA 1D4YA 1LEEA 3M9FA 5P1FA 5OZHA 1M4HA 2F80A 2HPFA 4MC9A 3HW1A 1K6PA 4EP3A 2NNPA 2JJIA 3OUBA 3KDBA 2I4DA 5P1HA 3BVAA 4FAEA 1HVKA 4BELA 2G1OA 4RVIA 3CIDA 1XN3A 3VF5A 5P25A 3SA7A 1AXAA 2BQVA 2AZ8A 1ZBGA 5P75A 3EL9A 4DJPA 4M8YA 3QVCA 5ISJA 3MWSA 1EC2A 3LZVA 1QDMA 2FNTA 5P0PA 5P1PA 3VYDA 4J55A 2AOJA 5P3MA 3UFLA 5P4AA 3L59A 1FG8C 4Y3AA 5P6PA 3VFBA 3TKWA 1FMBA 3UF3A 4Q1XA 3ZPTA 1AAQA 4IVTA 3ZLQA 5OZFA 4MC6A 3IVIA 5P7PA 5P5MA 5P3RA 2G24A 5P22A 4RCEA 2R38A 3OAGB 3NWQA 1D4SA 2ZJMA 4Y38A 5OZUA 5P44A 5P2VA 2VJ9A 4A6BA 1M0BA 1VIJA 5P6QA 5OZ3A 1APTE 1HIIA 5P4ZA 3SABA 3QRVA 3NSHA 5AH8A 5P7GA 1T7JA 4TVHA 4Y56A 1FQ8A 5P86A 2APRA 5HD0A 3ZKMA 3IVHA 2WJOA 3S56A 2VNMA 3GI0A 4GJ9A 1A94A 5P3PA 3KDCA 5P6NA 1HPVA 1YTIA 3B7VA 3GI5A 3UDRA 5P5XA 3OU4B 3TOGA 5P72A 5ER1E 2FIVA 1ER8E 5P5QA 1ZSFA 4R8YA 5P5NA 3SA4A 2V0ZC 4Y4GA 3O9LA 3SA9A 3NDWA 5P8LA 3OQAA 4L6BA 1ZLFA 4FLGA 2QZKA 1PFZA 1Z8CA 1RNEA 4ACXA 1PSOE 1MUIA 4DUSA 3CICA 4EJLA 3K4VC 2G69A 3FV3A 5P15A 3O9FA 5OYSA 5P0AA 1E82E 2G1NA 2OHSA 4Y3HA 2QHCA 1HTRB 5P0XA 5P6XA 1TCXA 2P8HA 2ZJKA 2FGVA 5P47A 1G2KA 2NNKA 5P3FA 4CPQA 4Y5KA 3NWXA 1ZJ7A 3KMXA 3OQDA 5P5UA 5KR0A 3BGCA 1RQ9A 2G1RA 3S2OA 5P4YA 5P4SA 2OHNA 2VJ6A 5APRE 1LYWB 3K5FA 4F75A 3O9GA 5P6AA 2AZCA 2WEZA 5P6HA 5P5TA 4YD6A 3NXNA 5OYXA 2OHTA 1BVGA 4NJVA 3PHVA 3ZKSA 4Q1NA 5DR0A 3OU4A 3L58A 3ZKXA 2FXDA 3NLSA 4J0ZA 5P1CA 5P35A 1LYBB 4GB2A 3MSLA 4QJ8A 2OHRA 2QNNA 5OYRA 5P32A 2J9KA 4EP2A 1MERA 2ZDZA 4YD4A 5UPJA 3BVBA 3MXEA 4ER2E 5P3VA 5P59A 5IVSA 3ER3E 4EXGA 4LHHA 2OHUA 3ZOVA 5P2CA 3U7SA 1EC0A 2BPXA 2AVSA 4NJSA 5P0HA 5P1WA 3KDDA 3OUCA 5COKA 3OTSA 5P2NA 4NPUA 4Y4UA 1QBUA 1OHRA 2AVQA 4FM7A 5P17A 5BS4A 5P48A 4DJVA 5I3VA 3L5BA 3VG1A 2QI4A 7HVPA 4TRYA 5P52A 5P1AA 1QBTA 1HPXA 1EPRE 2NPHA 3IXJA 4JPCA 5E5JA 2OHKA 3WZ6A 1NPVA 3PWWA 3ZKGA 2QNQA 3DK1A 5P4WA 3HLOA 5P8CA 5P51A 3TPLA 2R3TA 5P3QA 1YX9A 2PSVA 2PSGA 2RKGA 2P83A 4H3IA 3TKGA 2WL0A 5JFPA 2V12C 3IAWA 1SGUA 2I4VA 2F3FA 5P65A 1APVE 2HB4A 3TNEA 1LYBA 2WF0A 3APPA 3UDKA 4EXHA 1SMEA 2G21A 4TRWA 4ZLSA 1W5XA 1FQXA 2B42A 4EWOA 2ER7E 3U71A 1FQ6A 4ZPGA 5P4LA 3OXVA 3VV7A 5P5FA 3HVGA 2OHQA 2G20A 2CENA 5P1YA 3UTLA 5P66A 4YD7A 5OZIA 5P3EA 4MC1A 4ZIPA 4PEPA 4GZFA 3OXCA 1YTHA 2ZE1A 4Z22A 1WBMA 4EQ0A 1UH7A 2QI5A 5P16A 1EBYA 2AOIA 3L5EA 5P2FA 4D83A 4UPJA 2PH6A 5P6TA 5P8IA 1U8GA 2ZGAA 1TW7A 4DQFA 4Y4JA 3IN3A 1BXOA 3PEPA 4GJDA 2JXRA 4HDFA 4YDGA 3SA3A 4L7JA 1SBGA 3NU5A 1LYAB 3OQ7A 1HSIA 4Q1YA 4A6CA 5P4GA 3DJKA 5OZRA 4Z4XA 4Y3LA 1F7AA 1SGZA 2RENA 3WB4A 4OD9B 5HDVA 3PSYA 4J0TA 3NU4A 3NR6A 5I3YA 5IVQA 5P03A 3S53A 5P2LA 4JOOA 4PHVA 3K4VA 5DR3A 5OYUA 3LITA 3H5BA 4QJ6A 5DR4A 4I8ZA 5P7TA 3T7XA 5P3BA 1DP5A 3EM3A 3D3TA 5DR1A 1DPJA 5BRYA 1PPKE 3QVIA 5P7OA 2H6SA 4Y43A 1K6CA 5P6ZA 1ODXA 3O9CA 2VA6A 1MEUA 3NDUA 5P1DA 1T3RA 3ER5E 5P7RA 4PZWA 5P6MA 1B6JA 4L1AA 3VEUA 1FQ5A 1HSHA 3PLDA 2CEMA 1D4JA 4F73A 5OZXA 4FRKA 4APRE 1CMSA 3VV6A 2I0DA 3BC4A 5P7CA 2WECA 5P8BA 1ZAPA 3T7PA 3KT2A 5P61A 1HVIA 3L5FA 5P43A 2F8GA 1BV9A 1AJXA 3URIA 5P1EA 1FFFC 5P80A 3QS1A 5P4DA 3KFRA 3RVIA 3PWRA 3VSXA 5HE5A 5P3CA 2HIZA 1LV1A 3VUCA 4OD9A 5P0QA 5KQZA 4RRNA 3S8IA 4XXSA 1GVWA 3UDJA 1G35A 5P3ZA 1B6MA 1Q9PA 5P6GA 3QROA 4Q1WA 2IGXA 4B1CA 3RSVA 3VF7A 3KMYA 3MSJA 2Z54A 5P2SA 2OHPA 2P3BA 2ZHTA 5KOSA 1B5FA 4Y3FA 4ER1E 5P4MA 3JVWA 5P8VA 5P88A 1APWE 4ZSPA 1SDTA 2FGUA 4D85A 3C9XA 5P8UA 3LZSA 4YBFA 1ODWA 4Y3MA 2BB9A 2FS4A 4YDFA 5P8RA 3EXOA 1ODYA 4D8CA 5P4XA 6UPJA 2QD8A 4B00A 4M8XA 4HDPA 1NH0A 1W5WA 3EKWA 2UXZA 2P3CA 4DQHA 1KZKA 4JECA 1K6TA 5IVRA 2BJUA 3BXSA 1C6YA 4BEKA 4DI2A 1HOSA 4DJUA 1EPQE 4R91A 5P33A 3SO9A 5COPA 1MIQA 5ENKA 1JLDA 2UY0A 2P3DA 3NUOA 2BPVA 5OZJA 5P7NA 2VJ7A 2F3EA 4EJDA 1E80E 3KN0A 2B8LA 3UQUA 4CPWA 1B6LA 4I11A 2P3AA 3DV1A 3OUAA 4OBGA 2I4XA 1MSNA 3PCWA 3QAAA 3OWNA 3VV8A 5P2OA 1FF0C 3UQWA 1WBKA 1Z1HA 4QJ2A 5P7XA 3UDYA 2AOFA 2ZHUA 4U8WA 1FMXA 2VIEA 3BRAA 1EC3A 4RLDA 2ER6E 3RTHA 5JODA 1SDVA 1MRXA 2XYEA 4GJ5A 2F3KA 5P4QA 5OYYA 4YOAA 4LP9A 5P1SA 5P04A 1GNOA 2IGYA 4HA5A 3WZ7A 1HSGA 3PJ6A 2ZJIA 5P1XA 1QBSA 3TOHA 3O9LB 2FDDA 3PGIA 2IL2A 4DJYA 3L3AA 5P56A 2NMYA 2B60A 2FDPA 5P5AA 5OZDA 4I1CA 3VCMA 3KFNA 2QHYA 3L5CA 5KAOA 1IDAA 2VIJA 2B7FA 3BUGA 5P05A 4Y4TA 4Y3TA 3EL4A 1KJ4A 3KF0A 5P3HA 5E5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I3W A;  3SA8 A;  1SIV A;  1HEG E;  4AA9 A;  5SZ9 A;  1PRO A;  2UPJ A;  2WHH A;  4J1I A;  4J0Y A;  5P67 A;  1RPI A;  2V16 C;  5P0K A;  5IE1 A;  2O4N A;  4NJT A;  5DR8 A;  4Z2Z A;  4WY6 A;  2OAH A;  1FIV A;  2WF4 A;  1EBW A;  3CIB A;  5P0J A;  4LXK A;  4L7G A;  1BAI A;  5HVP A;  2AOG A;  2FNS A;  4OBH A;  1F34 A;  2R9B A;  3GGU A;  5P71 A;  3SAC A;  5P78 A;  4COE A;  3ECG A;  3QIH A;  5P13 A;  5KR2 A;  2V11 C;  2IKU A;  5IS4 A;  4DJO A;  3VYF A;  4Y48 A;  5I70 A;  5P5Z A;  4GID A;  3ST5 A;  5P36 A;  1DW6 C;  2PK6 A;  5P57 A;  3HAU A;  1MT8 A;  1TCW A;  2HS1 A;  2G22 A;  1W50 A;  1D4K A;  5KOQ A;  2B7Z A;  4TRZ A;  3D91 A;  3UDQ A;  3HVP A;  4Y4A A;  3CKT A;  3NU6 A;  5OZ5 A;  5OZQ A;  1AZ5 A;  4Q5M A;  3K1W A;  1W51 A;  3OAG A;  2IKO A;  5P6J A;  2PWC A;  5P1K A;  5P37 A;  5P0L A;  4X7I A;  1RL8 A;  1E81 E;  3NDX A;  5OZB A;  3OXX A;  4Y5E A;  2BPZ A;  1HIV A;  5P7S A;  3APR E;  5P7Z A;  5P5R A;  5P02 A;  1M43 A;  4KB9 A;  2Q63 A;  5P01 A;  4OC6 B;  5P26 A;  4B72 A;  4CPR A;  4X2L A;  4I10 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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