3SLZA

The crystal structure of xmrv protease complexed with tl-3
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of the inhibitor complexes of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords gag-pro-pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Dg-75 murine leukemia virus
total genus 23
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3slzA00
3O9CA 3HAWA 3OOTA 3NUJA 3OAGB 2G1OA 5P6JA 3SA5A 4NPTA 5OYWA 1DPJA 3NUOA 5DQ2A 4FSLA 4A6CA 1HVKA 2HC0A 1B5FB 1UH7A 5AH9A 3VF5A 4I0EA 5P0PA 5C9FA 1MERA 1K6CA 3FV3A 1FB7A 2AZ8A 5P2IA 2AVQA 5KR1A 3AUPA 4K4RA 2QZXA 2G69A 4F75A 4CPTA 1C6YA 5SY2A 3MSJA 3LZSA 4TVHA 4EP3A 2R3TA 3QVCA 1PPKE 4J1CA 4I10A 2PH6A 5P8VA 4J0TA 2NXMA 2R3WA 2V0ZC 1YG9A 2V13A 3DUYA 1SIPA 4Z4XA 5P5EA 3NXNA 5P1KA 2I0DA 5P1IA 5P4WA 4I0FA 3BRAA 4RZ1A 4X2LA 1HVIA 5P8BA 5P63A 5I3VA 1APVE 4Z2ZA 3SM1A 1LYAB 5P22A 4NJSA 5COOA 5P11A 5P4RA 4Y43A 1G35A 2ZYEA 4Y3QA 1FFIC 3DV1A 4DQHA 2QD6A 1LYBA 2QCIA 3PVKA 2VIZA 4GJ9A 5P16A 2AZCA 5I3WA 5P0DA 1T6GA 5P2UA 1XL5A 3CKRA 5HVPA 3GGAA 3BUFA 3IN4A 4APRE 3OXXA 5AHCA 4H1EA 2QNQA 5P7EA 5F01A 1HVSA 3S53A 5P7SA 5DR8A 4RLDA 5P2CA 5P4BA 4FM8A 3EBZA 2RMPA 4CPRA 5P60A 5P5LA 4YD4A 3BHEA 4CP7A 5P8QA 2PSVA 2VIYA 5P5TA 5P5FA 5DR0A 5P5VA 2PK5A 5P66A 3UDRA 1FMBA 4Y5GA 2G20A 5P19A 2Q11A 2F3FA 2NPHA 2WEDA 5P7AA 1AAQA 2QHCA 5P8AA 4GJ6A 1B6MA 5P7PA 4RYCA 4Y4EA 4Y5KA 4YBFA 4Y5BA 3GW5A 5P3NA 2QD8A 1EPNE 2PC0A 6FIVA 1EPPE 3PHVA 4Y38A 2P3AA 2V11C 5OZFA 4FSEA 4J55A 3PSYA 4RVIA 5P0FA 4OBFA 5P6SA 3VYFA 3D1ZA 2QI0A 3PI5A 5CLMA 1WKRA 5P13A 3CICA 1QDMA 3OQ7A 3FX5A 4GJ5A 3ZOVA 1A8KA 3FNTA 1D4HA 1HPSA 2FMBA 5P6OA 3DV5A 3FKTA 2V00A 2QZLA 5P7UA 4GJBA 4XKXA 5P8NA 5P1CA 4I8WA 4CMSA 1YT9A 4DJWA 5P3OA 5P3XA 5P2GA 2PWRA 1MSMA 5P69A 5P3GA 1LF2A 2JJJA 5P59A 2SAMA 5P5GA 4HDPA 5P3PA 1SDUA 1HSIA 5P6HA 5P82A 2PK6A 5P0AA 3R2FA 1PSAA 4L7HA 5P4LA 5P5SA 4RCDA 1LYWB 5P7LA 3S45A 2QK5A 5P0XA 2WEBA 2FXDA 3TL9A 5P6MA 3K4VA 3EM4A 3K5GA 3RSVA 1XN2A 4LBTA 5AHBA 4OC6A 1FMUA 5DQ1A 4LXMA 4B1CA 3SLZA 1HPVA 4B1EA 3KYRA 3OGQA 2OHKA 3UDMA 2VS2A 1HRNA 4Z22A 4DJUA 4Y3DA 5ISJA 4HA5A 1Q9PA 3I6OA 4Y3WA 2AQUA 5P7MA 4GJCA 5OZ3A 1IVQA 2ZE1A 1M4HA 2O40A 1DAZC 3QBFA 2J9JA 5COPA 6UPJA 1HXBA 5P5OA 4YD5A 2IKUA 1SGZA 3M9FA 4U8WA 5HU1A 4FAEA 4Y3EA 3KFPA 5P3UA 4J1KA 5P3YA 5P35A 5P85A 4L7GA 3TPRA 4Y5NA 4J1EA 2QI4A 1K6PA 3L38A 5P6FA 3B7VA 4B72A 5P3JA 5P8FA 4NPUA 2QI3A 1E80E 2VA5A 3L5FA 1FQ4A 4K9HA 3UQPA 3OWNA 1YM4A 2ZJNA 4TRWA 7HVPA 5P72A 3BUGA 4YOAA 1B11A 3ZLQA 2B7FA 3OXWA 5OZWA 3SPKA 4B77A 4H3JA 4EHCA 5P1JA 5P6AA 5P1HA 3INEA 3LZVA 5EZZA 5P04A 1LEEA 5P7CA 1T7IA 1C6ZA 1BAIA 4RYGA 2A4FA 3GI0A 3LNKA 1PPLE 2P3DA 5P58A 2PH8A 3OTYA 5AH6A 3FNSA 2PYMA 2G26A 1BIMA 3OXVA 5P37A 4J1IA 1A30A 3LPJA 2OAHA 3Q4BA 5P6BA 1BXQA 2VA7A 3PI0A 5P2BA 4L1AB 5P1FA 3OUDB 1GVTA 5P1DA 1AJXA 1DP5A 1IZIA 2FGVA 2WEZA 3KT2A 2QHYA 4I0GA 2ER7E 4FM7A 5JFPA 4Q1NA 4HE9A 1GVWA 4J5JA 3NU5A 5P0YA 1MT8A 5KAOA 2I4XA 1EPLE 3EL5A 4Y3NA 2QD7A 5P2OA 1NSOA 1ODYA 4J0YA 2CEJA 4BEKA 2WJOA 4B0QA 4YD6A 2ZDZA 4I8ZA 5OZHA 5DR1A 2ZHSA 3QRVA 4TRZA 3TPJA 1E5OE 1FG6C 3H0BA 3OK9A 4F74A 2RENA 1K2CA 4HDFA 3O9DA 5P7TA 2NMYA 3RTHA 5OZNA 1META 5OZAA 5P5YA 2WHHA 5P3BA 3OU4A 3KDBA 2P8HA 3KFNA 3D1YA 4J0VA 1ZPKA 2VIJA 4DJQA 4EP2A 3IN3A 3HDKA 2FDDA 3LIQA 3NWXA 3GI5A 4L7JA 3VFAA 3U6AA 5P8DA 1HIHA 5KQYA 5SY3A 3UCBA 4DPIA 3AIDA 5P0BA 2V12C 2H6SA 4DFGA 3DCKA 5P46A 5P3TA 3C9XA 4I0ZA 4Y6MA 2Q55A 2PSGA 1YTGA 1ME6A 2IRZA 4DQEA 5P2YA 3BC4A 3EM3A 2G27A 2RKGA 5DQ4A 3K1WA 3KDDA 5P1VA 4U7QA 3SA7A 5P7ZA 3NWQA 3QS1A 5P87A 4Y3ZA 1EPRE 1W5WA 5P3CA 3VV8A 5HE5A 5DR3A 4K4QA 2I4UA 3F9QA 5P2KA 5P3QA 4DJYA 1K1UA 2HB3A 5P7YA 3HW1A 3O9LB 5P64A 3NR6A 3B80A 4CPXA 5APRE 1EPOE 1HHPA 5E5KA 3VF7A 4GZFA 4Z50A 1FF0C 1RV7A 1ZTZA 3BUHA 1ODWA 1VIKA 3NU9A 3KMYA 5P74A 1IZHA 1M0BA 4ER1E 5P32A 2AZ9A 3OUBA 5ISKA 5P1ZA 4YDGA 4HDBA 1HTRB 3ZKIA 4D85A 5P3VA 4R95A 2AVSA 3BXSA 3INHA 4QGIA 5OZ0A 2PMAA 2WL0A 3N3IA 1HVRA 1K1TA 4JOOA 4ER4E 2AVMA 3N4LA 3VLAA 1G0VA 5P41A 4ZPFA 5P5HA 5IVQA 5IE1A 4M8YA 3NDUA 1ZPAA 4Y3PA 1W5YA 4FAFA 2BKTA 5DGWA 1KZKA 4HLAA 1D4IA 3QP0A 2WF3A 3NU6A 4JECA 5C9DA 4EJLA 2VJ9A 4Y5LA 3S8IA 5P06A 2BPXA 5OZ1A 5P7RA 5P36A 3URIA 5P1LA 2ER6E 3EKXA 5P71A 2WECA 2OHUA 2BBBA 2JXRA 3K5CA 2HB4A 5P1UA 4Y5EA 2HAHA 5P43A 3WB4A 1CPIA 3KT5A 2G24A 4Y58A 5P83A 3R1GB 4ZE6A 4ZIPA 3EL4A 2AOFA 2ZJKA 5P2RA 1ODXA 2OHTA 4UPJA 5OZ8A 5P08A 5P4JA 4OD9A 5P8UA 2FDPA 3GGUA 4QJ7A 5OZSA 3VV7A 2O4KA 4Y54A 3IAWA 3ST5A 5P0UA 4Y35A 5P0LA 4I0JA 5P3LA 5OYSA 5P3WA 1D4LA 5P8SA 5HDUA 4EQJA 5P5CA 2UY0A 2VA6A 5P38A 2IEOA 1T6EX 5P4UA 2ZHTA 5OZTA 2F3EA 3QI1A 2NXDA 2NNKA 1BWBA 4Y3GA 1YTJA 5P25A 4RRNA 4EXHA 5P4HA 3RTNA 5P0QA 4D89A 5OZ6A 3URJA 1HOSA 3UDYA 4F73A 5P7BA 1HIVA 1TCXA 1TZSA 2IQGA 5P4FA 3ZKNA 3TNEA 5P00A 5P61A 5P1BA 5OZUA 4J1FA 5P3DA 5P27A 2Q15A 5P6IA 2IKOA 4TRYA 3S54A 4FL8A 1RNEA 4EJDA 5BRYA 5IVRA 3KF0A 4QLHA 3GI4A 4FRJA 2Q5KA 5P8JA 2BPVA 5P56A 2I4DA 4D83A 2QNPA 2VIEA 4AA9A 1BV9A 1KJFA 5P7NA 4OBDA 4K8SA 1W5VA 5HE4A 3QAAA 3S7LA 3VSWA 3SM2A 2P3BB 5P4AA 2VNNA 5P33A 4R92A 4Y3FA 1MT7A 5P1XA 1N49A 1D4SA 4MC9A 3I2LA 1QBUA 5KQFA 3VYEA 4ZSMA 1ER8E 4I0HA 3WZ6A 3TOHA 4A6BA 1MPPA 2F81A 3LIVA 3MSKA 1MRWA 5KR2A 3HAUA 3OU1B 3PWWA 4QJ8A 3S2OA 2G21A 5P2FA 3R0YA 3L59A 2P4JA 3PCZA 5P6WA 3T7XA 1HPXA 1T7KA 1FIVA 1FQ5A 5AH8A 5P0ZA 3OU3A 4JP9A 4APEA 1RPIA 4Y3TA 5P5RA 4MC1A 3TPPA 3VUCA 4D88A 4EYRA 4EWOA 4PYVA 3SABA 1GNMA 5OZGA 4QJAA 5I70A 3BGCA 1BV7A 5OZEA 3IXJA 3NU3A 1FQ7A 3LPIA 3QBHA 3UDJA 4R5NA 1SH9A 4RCFA 3EXOA 4DQBA 5P7VA 4YHQA 2QI5A 5P4EA 1ZLFA 4J54A 4RGHA 1GVVA 1EBYA 5P8HA 4OBZB 1BDRA 5P02A 2QU2A 3TOFA 1HVJA 1SDTA 2BQVA 3PEPA 4BFBA 5P0MA 2NXLA 4CPQA 5P6NA 1T3RA 4I1CA 1JLDA 4E43A 5P2HA 3PM4A 3T3CA 3I7EA 3A2OA 5KQZA 2PSUA 4NJTA 3ZL7A 2I1AA 1A94A 5P15A 1HXWA 3OADB 5JODA 4COEA 1GNOA 4JPEA 5P4XA 1D4KA 1APUE 4YCTA 3OQDA 2R8NA 3QPJA 5P7FA 3PLDA 2ZJIA 5T4SA 1EAGA 5P4QA 1OD1A 5P1EA 1D4YA 4RROA 5P6KA 1MRXA 2WEAA 3OQKA 5P88A 3VFBA 5OZIA 1KJHA 5P2ZA 1EC0A 4B00A 2EWYA 3PMUA 2BPYA 3UHLA 1FQXA 1HPOA 1BXOA 3GGVA 2AOHA 4YD7A 2BB9A 5ER1E 4YCYA 5P8MA 1G2KA 5HD0A 3IGBA 2HPFA 1XE5A 4FLGA 3TKWA 4FIVA 5P5BA 2O4SA 1B6LA 4Y3HA 5OYZA 4Y4DA 1BVGA 5P67A 3EL9A 5B18A 2QP8A 1K6TA 3QN8A 4NJVA 2Q64A 4H3IA 1TQFA 3S43B 4Y39A 5P4KA 3DCRA 3L58A 2R9BA 5AGZA 4B05A 5P7IA 3APPA 5P78A 4ZSRA 4DQCA 5ENKA 2QI7A 5P7DA 4GB2A 3PJ6A 2HM1A 5P8IA 5P0VA 3JVYA 5P30A 4ZPGA 3SKFA 5P7JA 1SP5A 4RVJA 1FKNA 3SACA 3OOZA 3LIYA 1AM5A 3VLBA 3R0WA 3VG1A 5P8TA 3CIDA 3OAGA 2I4VA 3HVPA 3NXEA 4Y3XA 3DOXA 5OZ5A 1HEFE 5P3ZA 1ENTE 5P55A 5P1PA 1FG8C 1B5FA 3UQRA 1BDLA 3WZ7A 5OZKA 3CYWA 1MSNA 3KM4A 5P7XA 5P8PA 3ZPSA 1LZQA 4CPWA 2G94A 3S85A 1HEGE 2WF0A 3SA3A 4Y5CA 5P6TA 5P03A 4QJ9A 3LITA 2ZJHA 1EC3A 1HWRA 1TSQA 3LINA 3NSHA 5F00A 3UQXA 3Q70A 2UPJA 1ZJ7A 4GJDA 3Q5HA 1XE6A 3L5CA 3K4VC 4Y4ZA 2G1NA 1J71A 4PPHA 2O4PA 5ENMA 2AOJA 3NYGA 5OZRA 3MXDA 2I0AA 3UF3A 1LYBB 5OZ4A 4J0ZA 4U7VA 4RVXA 5IVSA 1LYAA 2AVVA 5P34A 4Y57A 4Y4WA 2QZWA 5HDVA 3HLOA 2FGUA 4M8XA 4R93A 2Q63A 4AUCA 2FS4A 4ZSPA 2CENA 5IVTA 4L6BA 5P3FA 4Y4GA 4IVTA 1AVFA 4AMTA 4GIDA 2VKMA 5P23A 1D4JA 4Y47A 5P0KA 5P3AA 2OHQA 3HZCA 3PLLA 1MESA 5P5ZA 2V16C 3RU1A 3LPKA 5P5NA 4A4QA 2QZKA 5P0OA 5P1TA 4AZYA 5P1AA 5P89A 5P31A 4XXSA 4Y9WA 2APRA 1GVUA 4OBKA 1AXAA 1LF4A 3VF3A 2HIZA 2BJUA 5P6PA 1W6HA 5P1WA 4DI2A 2WF4A 5UPJA 3ZKSA 4Y53A 2ZJJA 2PWCA 3OHHA 5P4OA 5AH7A 2R38A 1SIVA 4LC7A 5OZMA 3O9EA 4KE1A 1MEUA 3EKYA 5P2EA 5OZBA 5P5DA 3VEUA 4PZWA 3OHFA 4IVSA 5OZJA 4Y4JA 5P3IA 1YTHA 3KFRA 4FRSA 5P2AA 2IGXA 5BWYA 4K4PA 5P0RA 1F7AA 1LV1A 1AZ5A 2FDEA 3FSMA 1QBTA 5P4PA 3EL0A 5P4YA 3HVGA 1SDVA 5P0EA 1B6JA 2QMPA 5P1SA 2B8LA 2Z54A 4Y4BA 3OQAA 5P5WA 5P4NA 4Y5AA 2R5QA 5SXNA 1HVLA 5DQ5A 3MWSA 5P09A 4ZPEA 1B6KA 5P8EA 3EKWA 1IVPA 5OZOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9C A;  3HAW A;  3OOT A;  3NUJ A;  3OAG B;  2G1O A;  5P6J A;  3SA5 A;  4NPT A;  5OYW A;  1DPJ A;  3NUO A;  5DQ2 A;  4FSL A;  4A6C A;  1HVK A;  2HC0 A;  1B5F B;  1UH7 A;  5AH9 A;  3VF5 A;  4I0E A;  5P0P A;  5C9F A;  1MER A;  1K6C A;  3FV3 A;  1FB7 A;  2AZ8 A;  5P2I A;  2AVQ A;  5KR1 A;  3AUP A;  4K4R A;  2QZX A;  2G69 A;  4F75 A;  4CPT A;  1C6Y A;  5SY2 A;  3MSJ A;  3LZS A;  4TVH A;  4EP3 A;  2R3T A;  3QVC A;  1PPK E;  4J1C A;  4I10 A;  2PH6 A;  5P8V A;  4J0T A;  2NXM A;  2R3W A;  2V0Z C;  1YG9 A;  2V13 A;  3DUY A;  1SIP A;  4Z4X A;  5P5E A;  3NXN A;  5P1K A;  2I0D A;  5P1I A;  5P4W A;  4I0F A;  3BRA A;  4RZ1 A;  4X2L A;  1HVI A;  5P8B A;  5P63 A;  5I3V A;  1APV E;  4Z2Z A;  3SM1 A;  1LYA B;  5P22 A;  4NJS A;  5COO A;  5P11 A;  5P4R A;  4Y43 A;  1G35 A;  2ZYE A;  4Y3Q A;  1FFI C;  3DV1 A;  4DQH A;  2QD6 A;  1LYB A;  2QCI A;  3PVK A;  2VIZ A;  4GJ9 A;  5P16 A;  2AZC A;  5I3W A;  5P0D A;  1T6G A;  5P2U A;  1XL5 A;  3CKR A;  5HVP A;  3GGA A;  3BUF A;  3IN4 A;  4APR E;  3OXX A;  5AHC A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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