3SLZA

The crystal structure of xmrv protease complexed with tl-3
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of the inhibitor complexes of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Dg-75 murine leukemia virus
molecule keywords gag-pro-pol polyprotein
total genus 23
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3slzA00
1B6JA 5P5NA 4D83A 5HDXA 3EL5A 1K2BA 1LYBA 4AA9A 2Q15A 4RCDA 1CMSA 5P18A 4CPUA 2G69A 1LF2A 3CKPA 5P47A 2WEZA 1TSUA 1KJFA 1KZKA 3G70A 4Y6MA 5P7SA 5P38A 3IVHA 3EBZA 4IVSA 4DJXA 5P6YA 6APRE 4ZE6A 1HBVA 2VKMA 2WECA 3OUDB 1UH9A 3URLA 3OXVA 5P39A 4PYVA 5P67A 4L7JA 2AZCA 3OUDA 5P3LA 2OHPA 1K6VA 3SA5A 2HB2A 5P4GA 5P5TA 3OXCA 5TOLA 5KQYA 1META 4APRE 5P3IA 3HDKA 3Q4BA 4B1EA 5P4EA 4LBTA 4Y3XA 1RV7A 5P0RA 3KM4A 5F01A 3LZYA 5P4ZA 3NUJA 4RYCA 5P75A 5P8UA 5OZGA 1PPME 1VIJA 3TLHA 2R5PA 5OZRA 4Y3PA 1HVJA 5HD0A 5OZXA 1ODWA 1GKTA 4KE1A 4FAFA 2G1SA 5P7QA 3EMYA 3PB5A 2B42A 3UTLA 5P6ZA 1M4HA 3LPIA 3HAWA 1M0BA 2JYSA 2BKSA 2ZGAA 4ACUA 3SA7A 3VYEA 1D4KA 4LHHA 1BBSA 3I7EA 4QJAA 4BFDA 1FMUA 4QJ7A 4ZSPA 2AVVA 2AOFA 2F3KA 3PHVA 5P03A 1ZPKA 5P2SA 2F81A 2A4FA 2J9JB 3UDHA 3D1XA 4DQEA 5P4BA 2H6TA 4Y41A 4COEA 1AJVA 3WZ8A 5P49A 2G1RA 2QP8A 4Y4GA 1FQ7A 3ZKIA 4Y3DA 5P1OA 3VFBA 2ZHTA 5P5UA 5AH8A 3INDA 5P2OA 2G20A 5P4OA 5P3NA 2WF4A 3O9LA 2QHZA 2OHUA 3GI5A 4KUPA 3SM1A 1GVXA 1HSHA 1MEUA 1BVEA 2AOJA 1EEDP 2G26A 3PWMA 4Q1XA 2Q11A 5AH6A 5P3XA 3SAAA 2VS2A 3NU4A 5SXNA 5P7YA 4N00A 2NPHA 5P7KA 3GI4A 4FIVA 4R91A 5P60A 5P6QA 1MT7A 5OYTA 2JXRA 4AZYA 4JOOA 1FQ5A 2JE4A 5HDZA 5P3YA 5OYVA 4Y51A 5OZYA 2G27A 4Q1WA 5IS4A 4Y4JA 5OYRA 1MSNA 5P4TA 2H6SA 5P31A 5P5EA 2JJJA 1MERA 4FE6A 4Y4ZA 1HVIA 2QMDA 3LPKA 2OHMA 4GJDA 2NMYA 4WY1A 1SP5A 2NXDA 1YM4A 3KN0A 4OBFA 5T4SA 5P6OA 1BXQA 5P3MA 4K4PA 3S56A 3R0YA 2BB9A 3EM3A 3VEUA 1FFFC 5P7OA 3KFPA 4CPSA 3QAAA 5HU0A 1ZP8A 3O9DA 5C9DA 4FRKA 5JG1A 4RYGA 3A2OA 1MSMA 5P4WA 4D88A 5P00A 5P4VA 2WF1A 2PSUA 2RMPA 1T6GA 2QNQA 1EPQE 3NU6A 1A30A 5P45A 4JECA 5P6GA 3IN4A 4Z4XA 4Y3QA 3U6AA 3DM6A 2RSPA 3VLBA 1W5VA 3R4BA 1FFIC 1AVFA 1PPLE 4R95A 3LINA 1OEXA 3ZKSA 3HVGA 2HAHA 3MSJA 4FLGA 3ZL7A 3T11A 4MC6A 3WSJA 2P8HA 2OHRA 3TNEA 5P5LA 5KR2A 3O99A 5P1GA 1G6LA 5P89A 5HU1A 5P14A 3KFNA 2AVMA 5P2EA 1C6ZA 2G24A 3KDBA 1E5OE 4J1HA 1QDMA 5COKA 5EZXA 1LZQA 2AOEA 5P26A 3EKQA 5IVSA 2BPVA 2G1OA 4J0TA 5P05A 5F00A 5P6WA 1UPJA 1W50A 5P4YA 1MRWA 2ZJJA 4CPQA 3S2OA 3SKGA 3EL9A 1ME6A 3Q70A 5P6CA 4MC2A 1D4LA 2IS0A 3NUOA 5IVRA 3QP0A 4YD5A 4RCFA 5OZTA 3T7QA 1G35A 1HVLA 1APUE 3EL1A 5I3YA 5P19A 1KJ7A 2ER6E 3F9QA 1MVPA 1HPVA 4QGIA 2Q64A 4Y5CA 1BXOA 3CKTA 3VCMA 3Q5HA 5P6BA 1BV7A 1E82E 1MT9A 3BVBA 4HDBA 3FKTA 3SA3A 5KQZA 5P88A 1F7AA 1ZAPA 5BWYA 1RPIA 4XX4A 5OZZA 2QK5A 4FM8A 2IKUA 3GI6A 5P85A 1BWAA 5DQCA 4Y36A 1FMBA 4HE9A 1ODYA 1FQXA 5P07A 4Y3NA 4Y4EA 5P8HA 2FGUA 1SGZA 4Y53A 5P2YA 1QRPE 3L5EA 5ENMA 5P41A 4I0GA 3PCWA 5P2GA 5P72A 5P2CA 4JP9A 5OZMA 5P7BA 4Q5MA 1WBKA 1EC0A 4Y3TA 3TPPA 5DGUA 2OHNA 5P6JA 4PZXA 3UDJA 3QI1A 1UH7A 4XXSA 3H0BA 4U7VA 5P12A 3K5DA 3UQXA 4YCKA 2AIDA 3PJ6A 2ZHVA 5OYSA 2NR6A 4FM6A 2NNPA 4YD6A 5IVQA 4DI2A 2PSVA 5J25A 3NWXA 4Y3GA 3BVAA 1MUIA 5DR4A 2QZLA 4J55A 4DQGA 4EQJA 3SFCA 5P6HA 4B0QA 3UDKA 5P0MA 4RVIA 5P5DA 5P3RA 3EKTA 4EP2A 2FLEA 4Y37A 2QI7A 4Q1YA 3OU1B 4EJDA 1Q9PA 2SAMA 6UPJA 1YT9A 4FAEA 3OUAA 5P1RA 5OZAA 5DQ5A 5OZJA 5P1FA 3CKRA 5I3WA 4FM7A 5P0OA 1AIDA 1FEJC 5P1SA 5P8VA 2VIYA 3VG1A 3O9HA 3OU1A 5P1DA 2QU3A 1K1TA 3EKVA 1A8KA 3LIQA 4CPWA 5P81A 5P11A 4NJSA 5P3OA 5P8PA 5P2TA 2APRA 4EPJA 3KFSA 4GJ6A 4YD4A 5P7GA 2FS4A 5P20A 5P7UA 2FIVA 1YTHA 2V10C 4S1GA 5P2KA 5P1LA 1HPXA 1G0VA 1FGCC 3O9GA 4J54A 5JFPA 3FSMA 2QU2A 3M9FA 4Y50A 3OXXA 5P6TA 1EAGA 3DJKA 1EC1A 3UF3A 3OTYA 5P3BA 3UFLA 4AMTA 4I0EA 5OYWA 5BRYA 5HDUA 4F76A 1SIPA 3LZUA 4EXHA 5AH7A 4B70A 2HS2A 3DK1A 2HC0A 3PM4A 5P5OA 2R43A 4B77A 3FNUA 4EP3A 1IVPA 4J0PA 4F74A 4HDPA 4Y56A 3RSVA 2FNTA 5P1VA 2WEBA 5FIVA 3DCRA 3S54A 4LXMA 3VSXA 1EBYA 2PH8A 3UCBA 1DP5A 4TVGA 1K6CA 5P83A 4DJVA 5P0JA 4I0DA 4Y9WA 5P17A 4DJRA 1RL8A 3GGAA 5ENKA 2I0AA 5P27A 5P1AA 3GGVA 5P70A 4Y5EA 3APPA 5P3EA 4GJ9A 3OGQA 3OQFA 1XL5A 1HTGA 5P55A 3VYFA 5P0UA 1TW7A 2P83A 5I3XA 2QI5A 3OQDA 2WF2A 4DPFA 4J1FA 5P0DA 4D85A 4ER2E 2XFIA 1SMEA 3B80A 2IDWA 3KMYA 3WB4A 2QMFA 5P3AA 5P2UA 4DQFA 4I10A 3LZVA 3QVCA 4GJ7A 2I4DA 1SBGA 3OU3A 2XYFA 5P8BA 1HVCA 5I3VA 4Y3AA 3PWRA 3C9XA 1MIQA 5HE4A 2HIZA 2Q63A 3I6OA 4J0YA 1T6EX 1VIKA 4GJ8A 3OADA 5DQ4A 2FXEA 5IE1A 5HE5A 3T6IA 4APEA 3BXSA 2P3CA 3U7SA 1IDAA 5P3DA 2BPWA 3HAUA 2R3WA 4AA8A 4H1EA 2WL0A 3PGIA 2OHQA 4CPXA 2AOHA 3CIBA 3EKXA 4NJVA 5P2BA 4F75A 1GVWA 1BWBA 5P8QA 1HXWA 4HVPA 5P0IA 2XYEA 2CEMA 2B7ZA 5OYUA 3QRMA 4Y3JA 5P3PA 2VA6A 3PMUA 3EL4A 4Y5KA 4ER4E 5P1UA 1BV9A 2ZJMA 4Y5LA 5ISKA 3LZSA 1ODXA 5P1PA 2G1NA 4YDGA 1AXAA 5P43A 5P50A 3EKWA 4QLHA 2VNMA 3VV8A 2PMAA 4HDFA 2VA7A 4B05A 5P51A 4I11A 3Q3TA 3PSUA 5P5XA 3T7PA 3SLZA 5P3TA 5HTZA 2OHSA 3NYGA 3HZCA 3KDDA 4Y4WA 1OHRA 4LC7A 3K4VA 1HWRA 4Y3ZA 2HB3A 4DH6A 1BVGA 5P4KA 1NSOA 5P7AA 2ZJNA 3OGPA 5P0XA 1PFZA 3FV3A 2JJIA 3BUHA 4QJ6A 1LYWB 2WEAA 2AVOA 5P4QA 1D4JA 1HIVA 5P1WA 3OHHA 3K5GA 5P5ZA 1PSOE 3OK9A 3OQKA 4HZTA 5P6AA 1ZJ7A 1HVHA 3K5FA 3BUGA 1B6PA 3D3TA 4L7HA 1LYWA 5P2WA 3PEPA 3VF3A 3UDQA 1QS8A 2IKOA 5OZDA 2IEOA 2VIZA 5P8AA 5P0YA 5OZ8A 5OZ0A 1XE5A 3ECGA 5P24A 3L5FA 4YCYA 2WHHA 9HVPA 2B7FA 4BEKA 3LPJA 3DOXA 3IA9A 2J9JA 4Y57A 1GNMA 3UDYA 4EQ0A 2I0DA 4GJBA 2G1YA 5DQ2A 4YOBA 5P30A 5OZ2A 4YD3A 1HXBA 4Y5GA 3CIDA 4HLAA 1GVUA 2F8GA 3RU1A 1EC3A 4YBIA 3OY4A 1MESA 5P3SA 2BPYA 3TTPA 3SA8A 3ZPUA 2WKZA 3IGBA 4Y4TA 2FMBA 5P5GA 5P8IA 2PYMA 3TOHA 1EPNE 2QMPA 5P2XA 1J71A 5P1ZA 4I0ZA 3UDPA 1EPPE 3OTSA 1HTRB 1Z1RA 3RTNA 5P2IA 1UH8A 5P1HA 1MTBA 1EPOE 2I1AA 3LIXA 3ST5A 1W5WA 3VV7A 1RQ9A 5KOSA 1IZDA 2ER7E 5P68A 1JLDA 5P7XA 1LF3A 5OZVA 1EBKC 4Y4UA 5P5IA 5P63A 1FMXA 3CYXA 4Y39A 4B72A 5P8NA 1LEEA 2HB4A 3UPJA 4EJ8A 4KE0A 3PWWA 5P0LA 4BELA 2V13A 5OZIA 5JFUA 1EPRE 3QIHA 1DAZC 3G72A 5P0SA 2BKTA 2I4VA 2WEDA 1W5YA 3SA9A 3O9EA 3UQWA 2QAKA 4JPCA 5P3UA 2R9BA 3SQFA 3TPJA 5P6EA 5P2RA 5P7NA 3GGUA 2MIPA 2VJ6A 3PI5A 5P25A 2UY0A 4Y5BA 4RRNA 5P5MA 1B5FB 3JVYA 4J0ZA 3L5BA 2R38A 1YM2A 3MWSA 5P3FA 3AIDA 5OZ6A 3GGXA 4XKXA 1IDBA 4I1CA 1B5FA 2FGVA 1F34A 5P7MA 4ACXA 2QZWA 2IL2A 3ER3E 1OD1A 1FKNA 2BJUA 5DR1A 4OBZB 5P09A 3S7LA 2ZDZA 1D4YA 4I0HA 5KQXA 4Y43A 5P0BA 2ASIA 5E5KA 5P5RA 4YOAA 5P0HA 4OBZA 1HPOA 2ER9E 1KJHA 3SKFA 4M8XA 3DV1A 2OHLA 3EL0A 5OZ3A 3MXEA 4RGHA 4B00A 5P0QA 1LF4A 5P44A 1W6HA 2FDDA 5P2MA 5P86A 3QRVA 4GJAA 4Y35A 1HHPA 4EJKA 3IN3A 3SA6A 4NPTA 5P4JA 2PWCA 3R2FA 2Q55A 5OYXA 2QZXA 4OBGA 4GYEA 1E81E 5P32A 4CPTA 2BPXA 4JPEA 2V11C 2PYNA 1ER8E 4R8YA 5COPA 4YCTA 1HIIA 3NXEA 5P23A 1EBWA 3KA2A 4RCEA 5HE7A 1B6MA 4Y58A 2IQGA 1LV1A 3OU4B 5OZSA 5DR0A 2PH6A 8HVPA 5P54A 3U71A 4ZSQA 1SGUA 4I0FA 4OBKA 5P7PA 5P4NA 5P7WA 5OZBA 5P57A 3JW2A 3OHFA 1DW6C 4ZLSA 5P7VA 3KFRA 1IBQA 5P8JA 3AUPA 3D91A 3OU4A 2QD6A 3PRSA 2G22A 4RVXA 1C6XA 1C70A 5P34A 2WF3A 4L6BA 4D8CA 5P78A 1T7KA 1A94A 3OOTA 3EC0A 4Y3SA 2VIEA 2O4KA 1XL2A 5P7LA 5P6IA 2PQZA 5P01A 4DQHA 5P5PA 1APVE 4OC6B 2ZJIA 5P0EA 5P71A 3R0WA 1A9MA 5P4RA 5P2AA 4Y4XA 4F73A 5P6XA 5P0VA 3CYWA 3OOZA 5HDVA 5P4CA 4CPRA 1AJXA 5P4IA 4R5NA 4GZFA 3HLOA 5P48A 1SDUA 4MC1A 5P7JA 4OBJA 5P3ZA 1HPSA 4ZEAA 1HVKA 4K9HA 4A6CA 3KDCA 2ZE1A 1SMRA 3OUBA 1LS5A 3SO9A 5C9BA 2NXLA 5P1YA 3LHGA 5P53A 4PPHA 3ZOVA 1OEWA 3S53A 3OAGB 4I8ZA 3NU5A 5P2ZA 4Y5MA 2QI0A 3NDUA 1B6KA 1NPAA 5P13A 2P3DA 1PSNA 2AQUA 3JVWA 4TRZA 5P74A 4RRSA 4R92A 4PZWA 3OAGA 3IAWA 4LXAA 4GMIA 4J1EA 3PLDA 1YX9A 2QHCA 3S43B 2V12C 3O9IA 5P6UA 2B8VA 1K6TA 2BPZA 4YA8A 3SPKA 3PCZA 1U8GA 2R5QA 1YG9A 4X2LA 2QHYA 3S43A 3WB5A 4Q1NA 4FRSA 3TOFA 5I70A 3N3IA 3QBFA 2P3BB 3VYDA 2P3AA 4J1IA 5P0NA 5AHCA 5P1KA 5ISJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6J A;  5P5N A;  4D83 A;  5HDX A;  3EL5 A;  1K2B A;  1LYB A;  4AA9 A;  2Q15 A;  4RCD A;  1CMS A;  5P18 A;  4CPU A;  2G69 A;  1LF2 A;  3CKP A;  5P47 A;  2WEZ A;  1TSU A;  1KJF A;  1KZK A;  3G70 A;  4Y6M A;  5P7S A;  5P38 A;  3IVH A;  3EBZ A;  4IVS A;  4DJX A;  5P6Y A;  6APR E;  4ZE6 A;  1HBV A;  2VKM A;  2WEC A;  3OUD B;  1UH9 A;  3URL A;  3OXV A;  5P39 A;  4PYV A;  5P67 A;  4L7J A;  2AZC A;  3OUD A;  5P3L A;  2OHP A;  1K6V A;  3SA5 A;  2HB2 A;  5P4G A;  5P5T A;  3OXC A;  5TOL A;  5KQY A;  1MET A;  4APR E;  5P3I A;  3HDK A;  3Q4B A;  4B1E A;  5P4E A;  4LBT A;  4Y3X A;  1RV7 A;  5P0R A;  3KM4 A;  5F01 A;  3LZY A;  5P4Z A;  3NUJ A;  4RYC A;  5P75 A;  5P8U A;  5OZG A;  1PPM E;  1VIJ A;  3TLH A;  2R5P A;  5OZR A;  4Y3P A;  1HVJ A;  5HD0 A;  5OZX A;  1ODW A;  1GKT A;  4KE1 A;  4FAF A;  2G1S A;  5P7Q A;  3EMY A;  3PB5 A;  2B42 A;  3UTL A;  5P6Z A;  1M4H A;  3LPI A;  3HAW A;  1M0B A;  2JYS A;  2BKS A;  2ZGA A;  4ACU A;  3SA7 A;  3VYE A;  1D4K A;  4LHH A;  1BBS A;  3I7E A;  4QJA A;  4BFD A;  1FMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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