3SM1A

The crystal structure of xmrv protease complexed with pepstatin a
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of the inhibitor complexes of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Dg-75 murine leukemia virus
molecule keywords gag-pro-pol polyprotein
total genus 20
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sm1A00
3QPJA 5P65A 2UXZA 2J9JB 3OK9A 4M8XA 2ZHRA 3PWRA 1DW6C 4B05A 5P8TA 2ZDZA 1EPQE 5KR8A 4FS4A 3OXWA 3U71A 5JG1A 4DQBA 3UTLA 2RKFA 5ER1E 4FM7A 2G1NA 2BPVA 5IVTA 4Y5PA 5AH9A 4LXMA 3TPPA 2AOIA 1UH8A 5P25A 5P8HA 5IE1A 2I0AA 5P0OA 5P40A 1HVJA 4Y5CA 2Z4OA 5P1XA 1W50A 3OTSA 3UQRA 3OOZA 2OHMA 1CPIA 3KMYA 3B7VA 1RPIA 2QI7A 3O9CA 1HTGA 4B0QA 3NDTA 3EKTA 1ZSFA 4HDBA 4OD9B 1HPVA 2QMFA 1GNNA 4Y50A 4B78A 1AVFA 5P2SA 5HE7A 5P30A 4I0HA 3WZ7A 5OZ2A 4JP9A 5KAOA 1IBQA 1SGUA 2ER6E 1RNEA 2RSPA 4FRIA 3VYFA 1RV7A 3PB5A 2HB4A 5P1RA 3VV7A 4RVIA 5T4SA 2OHKA 3SA7A 3HBOA 1BIMA 5P42A 3T7QA 5P3RA 3VV6A 3EKQA 5P5DA 2J9JA 3OQ7A 5P89A 1IVPA 5HDUA 1J71A 5OYRA 2AZBA 1ZPKA 4F74A 1EC2A 2G20A 4H3IA 3B80A 3QRSA 5P0UA 4ZSPA 5P56A 5J25A 4ZSMA 4LL3A 2QI4A 5HDZA 4Y3FA 5HTZA 1W6HA 3C9XA 5P0KA 3HW1A 5P3DA 1EPLE 2OHSA 2RENA 5P0EA 3Q6YA 5P6EA 5P4UA 5P1YA 3UQWA 4FAFA 4UPJA 1TW7A 1OEWA 5DR8A 5P4NA 3UFNA 3IN4A 1IZEA 1SMEA 3KDBA 2IKUA 2PWRA 4H3JA 4CMSA 3ZKMA 3R0YA 4LXAA 4Y4TA 2IS0A 4ER4E 5F00A 4L1AB 2QNPA 5P66A 5P74A 5HVPA 4Y54A 5P8QA 4GJ5A 5P5VA 5C9DA 4CP7A 4OD9A 2V12C 3NXNA 1TSUA 2QNQA 1K1TA 2ZYEA 3OXXA 5P1PA 5UPJA 3PBDA 2WEBA 3MXDA 3O9EA 1WBKA 3K5CA 5P3HA 3LHGA 4B1CA 2A4FA 3PHVA 4AZYA 5P02A 3BXSA 4FGXA 3TOFA 5P8AA 4YCKA 5P50A 5OZQA 5P82A 3OAGB 5P5YA 3S43B 5P5FA 4COEA 5P0LA 1GVWA 3GI0A 1HEGE 3QVIA 2J9KA 5P5ZA 2ZJHA 4YHQA 2V11C 3L5FA 1E80E 5P6UA 4Y4DA 5P6PA 2Q64A 1LZQA 3NUOA 1XE5A 4HA5A 4Y36A 1MTRA 5OZBA 3QAAA 4A4QA 5OZZA 1FGCC 3U6AA 5P0RA 3O9HA 2BKSA 5OZVA 5P4FA 3VSWA 5OZ3A 1LYBA 4OBFA 3S54A 5P7OA 4GJDA 4Y53A 2G21A 5P55A 3PI5A 3NYGA 3UCBA 6FIVA 1BXQA 5P2WA 1NPAA 4HZTA 1MSNA 4DJQA 4E43A 1BAIA 4J55A 4EWOA 1HVCA 5P5XA 4I0DA 4L1AA 2PH6A 1XN2A 5P2ZA 5P2BA 3RVIA 5P2MA 2ZGAA 4RCDA 5P5AA 4NPUA 3BUHA 5AGZA 2FLEA 5AHBA 4B77A 1W51A 3ZKXA 1HXWA 3K1WA 5P8DA 5P3AA 1FFFC 5P2CA 1HPSA 4NJTA 4EP3A 5P07A 5P3UA 3D1XA 5HE4A 5P0YA 4RVXA 5P01A 4ZSRA 5HDXA 2FDDA 4JPEA 4ZEAA 1MUIA 1W5WA 2VNMA 3S43A 4D85A 3OU4B 3FV3A 4I0IA 5DGUA 5P4SA 1K2BA 3OXCA 5P4LA 4FSEA 5AH7A 3NWXA 2OHQA 5P1WA 1BV7A 5P77A 1XS7D 5P14A 5P84A 4Y4EA 4H3FA 5P4QA 3TTPA 4RCFA 4DJOA 1C70A 2AOGA 5P79A 5P35A 1IDBA 4EJ8A 1JLDA 2AZ8A 5P6JA 1BXOA 3HVPA 2HS1A 5P7GA 5P6BA 2AVVA 3SFCA 2QMPA 4J1IA 3T3CA 3ZKGA 3G70A 1ZP8A 1PSOE 4DJXA 2BJUA 2IEOA 3ZOVA 2QU3A 4Q1YA 3OGQA 5P86A 5P8NA 3BGCA 5P6QA 1Q9PA 5P11A 1MIQA 5P4JA 3TPRA 3NSHA 4I8ZA 5P6OA 4J1HA 2FNSA 3D91A 1PFZA 3GW5A 2O4PA 4S1GA 3ZKSA 1HIHA 5P2EA 5P1OA 5P58A 3EC0A 3QRMA 1FG8C 2SAMA 3RTMA 1TQFA 5OYXA 5P3MA 3VFAA 1NSOA 2B8VA 4OBHA 3T11A 4BELA 3L5BA 1XL2A 5P6YA 2XFKA 5P8BA 5HU0A 2F8GA 2HPFA 3HD8A 4Y47A 3O9IA 1XE6A 2B7ZA 4DJVA 5CONA 5P7EA 3URIA 2XFJA 2CEMA 3OU4A 3H5BA 5OZSA 3QS1A 3S7LA 5P2IA 3TOHA 4I0JA 1G6LA 4Y4UA 1A30A 3PRSA 1FG6C 5P0CA 4CPXA 6UPJA 5APRE 5JODA 3FIVA 4YD3A 1ME6A 5P51A 5DQ5A 5DGWA 3HLOA 2O4NA 5P7HA 3EM4A 1QBSA 3KDDA 5P61A 1F7AA 3LPKA 5ENKA 4TVGA 2I4XA 5P6RA 4TRZA 4EJKA 3NUJA 5P8LA 4Z4XA 3EKPA 2B42A 4PZXA 1K1UA 5P24A 1ODXA 3H0BA 3TKGA 2H6TA 5OZCA 5P70A 1NPWA 2VIZA 4CPWA 4U7QA 4DQGA 1BDRA 5KOSA 1MPPA 4HLAA 2NTRA 4FIVA 4R93A 5P8PA 5P83A 3KFPA 4XKXA 2HB2A 4OC6B 1QS8A 3I7EA 4WY1A 4MC6A 3UDPA 5OZYA 4ACUA 2QZKA 3EKVA 4FRSA 2WKZA 1XN3A 3JVYA 3FX5A 4J0VA 3ZL7A 2NR6A 5P04A 5OZAA 5P53A 2QZLA 3OADB 5OZOA 1VIKA 1EBZA 2P3AA 1ENTE 2G69A 3ST5A 1APTE 3AIDA 5P6AA 2P3DA 2Q5KA 3G72A 5P2QA 1FQ8A 3NU3A 2HAHA 4CPUA 3IA9A 5P3IA 7UPJA 3L5EA 3URLA 4GJ6A 5P5GA 4B1EA 5OZHA 5P1FA 4PYVA 2WJOA 5P6ZA 3A2OA 3MWSA 5OYTA 4Y56A 2FMBA 1W5VA 2VA7A 3QBFA 3OQDA 4KE0A 3DCKA 4Z2ZA 4RYGA 4Q1XA 3K4VA 5P3JA 2G94A 3O9BA 2R5QA 1G0VA 3ZKNA 3FNUA 3R4BA 5P5SA 1MT8A 2V13A 4WY6A 1ZLFA 2OHLA 3GGAA 1KJGA 2QI5A 4L6BA 1HRNA 5P2VA 5P2TA 5P1BA 1NH0A 4FCOA 4QJAA 3HDKA 3GI4A 2ZJMA 4OC6A 5P6DA 4MC9A 5P5UA 4FE6A 1HVIA 5OYUA 1T7KA 4DQHA 3INFA 1EAGA 1YTGA 5P7KA 1SP5A 4GYEA 5P0MA 1TCXA 1SIPA 3O9FA 3OADA 2AOFA 3LIZA 4FLGA 2Q3KA 2G22A 3BVBA 2BPYA 5OZ9A 2P8HA 3LZVA 3D20A 3PSUA 4J1EA 5P2RA 1HVHA 4ZLSA 2PSUA 3OWNA 3NWQA 5P8RA 5P5EA 5P3XA 1GVVA 1LF4A 1HIIA 5P7FA 3EL4A 4GB2A 5OZPA 5IVQA 1YT9A 4NJSA 5P8MA 4DJWA 2AVOA 5OZMA 1GVTA 5P7PA 5P5HA 1EPRE 1W6IA 5DR7A 9HVPA 5P85A 1GVXA 2WECA 2QMGA 4Y3PA 5P10A 3DUYA 4Y5AA 3EBZA 3QP0A 5P6VA 3QVCA 3BGBA 2BB9A 5P1VA 5P1SA 4HDPA 5P4PA 3UHLA 1MT7A 3TNEA 1HEFE 1KJ7A 5P3CA 5P54A 4B72A 4EXGA 4F75A 4XX4A 5P8OA 5OZ6A 4D8CA 4YDFA 3EKYA 3D3TA 2FIVA 4Y3RA 5P7MA 3UDHA 2HIZA 5KOQA 3UDKA 1PPLE 1LS5A 1RQ9A 2AOCA 3HVGA 2IKOA 5P0TA 5P7RA 1W5YA 3HZCA 5P2NA 3LNKA 3KFSA 2NXLA 4YD5A 2F3FA 3R0WA 2NXDA 3PWMA 3AUPA 3OOTA 1T3RA 3RTHA 1E81E 1FB7A 3IAWA 4ZSQA 4DFGA 5OZTA 3UDQA 1AXAA 2HB3A 4NKKA 2F81A 4OBZB 2Q63A 4J0TA 5P2FA 3OUBA 5P3SA 3OUAA 4RGHA 2I1AA 1B6KA 2QI6A 3KT2A 4Z22A 5P2YA 2CENA 5TOLA 5P8EA 5P7YA 2I4DA 1PSNA 4LC7A 1BVGA 3EL1A 3KA2A 5EZXA 1KJFA 4U7VA 5OZNA 5OYZA 3UQPA 3PSYA 6APRE 3OTYA 5P1JA 3MSJA 4RCEA 2G1OA 3D1YA 3L5DA 2HC0A 1FIVA 3O9DA 3OQAA 5OZFA 5P72A 4GJBA 1G2KA 1HVLA 5SZ9A 3NXEA 4HDFA 1K6CA 3KN0A 3RU1A 4MC1A 4JECA 3BHEA 5P43A 3VEUA 3K4VC 5P4HA 5P5CA 3N4LA 5BS4A 2WHHA 5P4BA 2BQVA 5P88A 2NNKA 4OBKA 3GGVA 1ZTZA 1APVE 4DV9A 4DVFA 1Z1HA 3INHA 5P6KA 1HIVA 5OZEA 4PHVA 3SM1A 1EPME 5P45A 5P1IA 5P5IA 4APEA 3UDYA 5DR1A 4ZPGA 1LV1A 5P7BA 5HCOA 2R9BA 2QI0A 3FKTA 4ZPFA 3LIYA 1KJHA 5IVSA 3NDXA 5P5LA 2R8NA 3LIQA 4FRKA 5P64A 4Y3JA 5COOA 4ZIPA 5P6CA 2A1EA 5SXNA 1QRPE 4Y3TA 4AA8A 3ZLQA 5I70A 2OHNA 3SA3A 5DQ2A 3KF0A 3CMSA 4RRNA 5P2OA 1BV9A 2PH8A 3O9GA 3SA8A 2AVQA 5P60A 4A6BA 2NMZA 1IVQA 1PSAA 4ER1E 5JFUA 5P7XA 1ODYA 5P1UA 3NR6A 3NU5A 5P62A 1HHPA 4HEGA 5P5RA 2QZWA 1K6VA 2BPZA 2APRA 5P1HA 5P3OA 3QN8A 3S53A 3OAGA 2IL2A 1YX9A 4CPQA 5OYYA 3VF7A 5P59A 3T7PA 1KZKA 3UDNA 5OZ5A 5P0ZA 2WEDA 4TRYA 4Y5BA 1SDVA 1EC1A 4EXHA 5P1EA 4DQFA 4QJ6A 5P57A 1T7JA 1E5OE 3O9AA 3VF5A 4X7IA 4Y3LA 1EBWA 1MTBA 3EM3A 4Y4AA 5P0IA 2IDWA 3L3AA 5P09A 5HD0A 8HVPA 5KQXA 1LF2A 3D1ZA 3JW2A 1AJXA 1YM2A 1ZJ7A 3GI6A 3SABA 4R95A 2PK6A 5CLMA 5P8GA 4Y4WA 3BUFA 5P3KA 5P31A 4J1KA 4K4RA 1K6PA 3QI1A 4YA8A 2QHCA 3LINA 5P19A 2RKGA 3SACA 5P3NA 4YDGA 1TZSA 3SQFA 3R2FA 4K9HA 3PVKA 1YTIA 4JPCA 1FEJC 4LP9A 5P13A 5P38A 5B18A 1T6GA 1AM5A 3EM6A 5P0FA 3TLHA 1K2CA 4J1FA 1EC3A 1ZBGA 5OZUA 4IVSA 3SAAA 3SPKA 5P2HA 2AOEA 4Y43A 2OF0A 2AZ9A 2QD8A 1HTRB 4KE1A 3VYDA 3KYRA 5P4CA 1VIJA 5P8UA 5HCTA 3KT5A 1OD1A 4RRSA 4HVPA 4EPJA 1M4HA 4FAEA 2B8LA 2F3EA 2P3BB 1FMBA 2IENA 3L5CA 5P20A 4Y3XA 3L38A 2PQZA 3PCZA 2FGUA 3IXOA 4DQCA 5P5PA 5P44A 4OBGA 2VIYA 3FNSA 5P52A 1AZ5A 3PWWA 5OZDA 1APWE 5HU1A 3UFLA 4J1CA 1YTHA 3IVHA 3VG1A 2R43A 5P1ZA 1FQ7A 3SM2A 5KR0A 3G6ZA 1HSGA 1AJVA 4R91A 5P6NA 5P0HA 5P71A 1D4KA 1UPJA 5P15A 3UDMA 3VV8A 5P4AA 3K5FA 4GJ7A 4OBJA 5P3TA 3S56A 3CYWA 1EC0A 5P78A 3UQXA 5P5OA 4Y3EA 3LIVA 2G27A 5P0PA 4Y5EA 3SKGA 3NDWA 1XDHA 2EWYA 3UF3A 5C9BA 5P0SA 2VS2A 3OU3A 4PZWA 1UH7A 4Y3WA 4I10A 3LPJA 3PEPA 2HM1A 1EPNE 1B6PA 4KB9A 4ZPEA 5P16A 3EL9A 3I6OA 3HAUA 3O9LB 5P4KA 4TVHA 2QHZA 4Y58A 4MC2A 5P34A 1WBMA 3S2OA 2QI3A 3ZPUA 3OUCA 1LEEA 2P3BA 1DP5A 1EEDP 2FDEA 2ZJLA 1DMPA 1BDQA 3S7MA 1HPXA 1IZIA 5EZZA 4BEKA 3PM4A 3ECGA 4FSLA 3OXVA 5P7WA 4NJVA 5ENMA 5P2GA 5P1LA 5P73A 5P17A 2V16C 5P48A 2PSGA 1PROA 5ER2E 5OZKA 4Y39A 3NU9A 1MVPA 5AHCA 3NLSA 1D4HA 5P32A 2QMDA 4GJAA 3VLBA 2NMYA 2JE4A 5P0QA 1M43A 2JJIA 2ANLA 1KJ4A 4AUCA 3CYXA 2JXRA 4NJUA 3O99A 4K4QA 3RSXA 1D4JA 4I11A 4YCTA 1D4YA 2OHRA 3OQKA 3I25A 1FFIC 2XYFA 3MSKA 1FF0C 1HVRA 2QHYA 3IGBA 3U7SA 5P2UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QPJ A;  5P65 A;  2UXZ A;  2J9J B;  3OK9 A;  4M8X A;  2ZHR A;  3PWR A;  1DW6 C;  4B05 A;  5P8T A;  2ZDZ A;  1EPQ E;  5KR8 A;  4FS4 A;  3OXW A;  3U71 A;  5JG1 A;  4DQB A;  3UTL A;  2RKF A;  5ER1 E;  4FM7 A;  2G1N A;  2BPV A;  5IVT A;  4Y5P A;  5AH9 A;  4LXM A;  3TPP A;  2AOI A;  1UH8 A;  5P25 A;  5P8H A;  5IE1 A;  2I0A A;  5P0O A;  5P40 A;  1HVJ A;  4Y5C A;  2Z4O A;  5P1X A;  1W50 A;  3OTS A;  3UQR A;  3OOZ A;  2OHM A;  1CPI A;  3KMY A;  3B7V A;  1RPI A;  2QI7 A;  3O9C A;  1HTG A;  4B0Q A;  3NDT A;  3EKT A;  1ZSF A;  4HDB A;  4OD9 B;  1HPV A;  2QMF A;  1GNN A;  4Y50 A;  4B78 A;  1AVF A;  5P2S A;  5HE7 A;  5P30 A;  4I0H A;  3WZ7 A;  5OZ2 A;  4JP9 A;  5KAO A;  1IBQ A;  1SGU A;  2ER6 E;  1RNE A;  2RSP A;  4FRI A;  3VYF A;  1RV7 A;  3PB5 A;  2HB4 A;  5P1R A;  3VV7 A;  4RVI A;  5T4S A;  2OHK A;  3SA7 A;  3HBO A;  1BIM A;  5P42 A;  3T7Q A;  5P3R A;  3VV6 A;  3EKQ A;  5P5D A;  2J9J A;  3OQ7 A;  5P89 A;  1IVP A;  5HDU A;  1J71 A;  5OYR A;  2AZB A;  1ZPK A;  4F74 A;  1EC2 A;  2G20 A;  4H3I A;  3B80 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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