3SM2A

The crystal structure of xmrv protease complexed with amprenavir
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of the inhibitor complexes of xenotropic murine leukemia virus-related virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Dg-75 murine leukemia virus
molecule keywords gag-pro-pol polyprotein
total genus 21
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sm2A00
1PROA 2G26A 4DJWA 5OZ0A 1W51A 3EKXA 1M4HA 2QI7A 1K1UA 3OU1A 1T6EX 5P7TA 5P2EA 3PHVA 1G0VA 1G6LA 5HDZA 4Y3QA 3WB5A 1SDVA 4L7GA 3SO9A 2O4NA 2QHYA 4Y58A 2QHCA 5P1LA 3R0WA 5P0MA 5P56A 3UDRA 2G69A 5OZDA 3KMXA 4PZWA 3UFLA 1IDAA 2FIVA 3UHLA 2V16C 1C6ZA 3JVWA 1E81E 5OZ1A 1ZLFA 4HEGA 3OOTA 3TOHA 4HVPA 2I1AA 5P1BA 4YDFA 3QPJA 3BXRA 1FG6C 3OUDA 4MC1A 5P07A 3HVPA 3LPJA 4I0EA 3TH9A 3NU9A 5P14A 4GJ7A 3SA4A 2QNQA 4J1FA 1D4YA 2Q11A 5P2AA 5P36A 1A8KA 5P8LA 4DQBA 1EBKC 1WBKA 4Q1WA 3S7LA 5P7PA 4Y5CA 5COPA 2BPXA 3WZ7A 3EM4A 4JPCA 5P6NA 7HVPA 5P0ZA 5P33A 2XFKA 3N3IA 3K5CA 3NDUA 5KR8A 4KE0A 5P5SA 2F3FA 3UPJA 2P8HA 4OC6A 1HVHA 1T7KA 3OADA 2AZCA 2ZJNA 2VNMA 4CPUA 4H3IA 5P3FA 3KM4A 4BEKA 1APVE 3O9GA 1Q9PA 5P67A 4ZPFA 4Y3FA 3ZPUA 5OYRA 1META 2AZ8A 3I25A 1PPKE 5P4PA 4S1GA 3NUJA 3I8WA 4RVJA 5KR2A 4Y3LA 5P10A 5IVRA 2AZBA 1T7IA 5P29A 4R91A 4KB9A 2BPZA 2BPVA 4YCTA 5P58A 5P8GA 3VYDA 5P4RA 5P26A 5P1GA 5P8EA 4AMTA 1C70A 5P6GA 2QD8A 3D91A 4EQ0A 2Z54A 1TQFA 2NXLA 5P8RA 5HCOA 4R5NA 4APEA 3UDNA 4EJKA 1YG9A 5P3WA 4LXKA 5P7FA 3VFAA 1WBMA 2ZJHA 4GJCA 2AOHA 5P4QA 3RTHA 1MT7A 1MSNA 1OEXA 2ZJIA 1W5YA 5OZ4A 5AHAA 5OYYA 1D4IA 5P43A 2QMFA 3FX5A 1HIIA 5SY3A 1BV9A 1SMEA 1ODXA 5P2IA 2HPFA 3OXVA 3VCMA 5P2FA 1ZPAA 4NJVA 1AVFA 1TSUA 5OZ7A 2VJ9A 5P8AA 5P4FA 4YHQA 5P76A 4Y36A 2G22A 3L3AA 1HXWA 5P4ZA 5P1SA 1HTEA 3INFA 4DJYA 2J9JA 4FAEA 4FLGA 3QP0A 2BJUA 2B60A 3OK9A 3BUFA 5P6LA 1YM2A 2IKUA 5CLMA 4PEPA 3O9HA 5P0YA 1TW7A 2PSVA 4YBFA 3HW1A 5P47A 2PH6A 3OAGB 1A8GA 5P38A 4DUSA 5C9BA 1IZIA 5OZAA 3UDPA 2CEJA 3TPRA 2F80A 1HSGA 4BFBA 1K2CA 1PFZA 1HVCA 3O9IA 2O4LA 5P4EA 1FIVA 1LYWA 1YX9A 5P30A 4RRNA 4YOBA 1RL8A 5P2CA 4Y5GA 5P1HA 5P6AA 5OZXA 5P7WA 3TTPA 4FAFA 1MESA 1TSQA 4ZSQA 3SKGA 2ER0E 3LIXA 3PLDA 1QRPE 3IA9A 1AJXA 8HVPA 2OHPA 5P18A 3OXWA 2NXMA 3UQRA 2OHRA 3GGXA 5P3HA 3OU3A 5P6YA 4Y47A 5P52A 5DQ5A 3DCRA 3OXXA 3QVIA 5KQXA 3NDXA 3BC4A 2VA7A 2WKZA 3S2OA 1MIQA 3K5DA 1D4HA 2IDWA 1FGCC 4Y5PA 2QZLA 3DK1A 4OBZB 3PRSA 4Y54A 2Q55A 4IVTA 5P8TA 1LYBA 5P81A 2PSGA 4MC2A 5P68A 3EKWA 3KN0A 2I0DA 2QZKA 5P0CA 2VKMA 3SLZA 2QI3A 1LF3A 3LHGA 1VIKA 1EPPE 3GI5A 5OZ3A 4ZIPA 2XFIA 5P7SA 5P7XA 1B6MA 2OF0A 5P7DA 4K4PA 3PLLA 4XXSA 4H1EA 3S54A 1G35A 2HB3A 3TPPA 5P0LA 3IAWA 4GYEA 2NPHA 5JFPA 3OUBA 1SP5A 3K1WA 2PYMA 3QAAA 2O40A 3UDHA 1LYAA 2BPYA 1QBUA 3ER5E 5P7EA 5P8UA 5SY2A 1UH8A 2UPJA 5P7IA 1MRXA 5DR0A 5P04A 1BV7A 1BVEA 3Q3TA 1MUIA 4QLHA 1B5FA 4XX3A 3INDA 3O9BA 5P5LA 1HPSA 1FFIC 4JPEA 3K4VA 3S45A 4FRIA 3VSWA 5P66A 5P74A 4WY1A 4OBDA 1DIFA 4OBHA 3PCZA 5P7HA 4YBIA 2FXEA 2OAHA 4QJ2A 5P7MA 2H6SA 4B78A 5OZNA 5P8HA 1EC2A 3OU1B 3QBHA 5EZZA 5P23A 4YD7A 1HTRB 5P16A 2IQGA 5P2NA 4Y43A 4FM8A 3FV3A 3I2LA 1ZSRA 4HDBA 4LP9A 5P0DA 2G94A 2ZJMA 1MSMA 3INHA 5P4NA 2NXDA 5P1QA 3DCKA 4K9HA 5P2WA 1HPVA 2WF0A 4AA8A 3SABA 3EKYA 3ZPTA 2HM1A 1E5OE 4Y3EA 5P0NA 5P7RA 4NPUA 4JECA 3K5GA 4H3FA 5P2MA 1KZKA 5OZEA 4J54A 5TOLA 5P54A 1HVJA 3VYEA 2I4WA 4DQEA 1BWAA 4DJOA 4UPJA 5APRE 4I0ZA 1MEUA 5P5BA 2NMYA 5P3UA 5P6ZA 1FG8C 5P4LA 1U8GA 2WF4A 3RSXA 5P55A 5P69A 2ZJLA 2ZE1A 3T7XA 1RNEA 2R9BA 4YA8A 5I3WA 1D4SA 3URLA 3NLSA 1GVWA 4Y5MA 4L7HA 4FSLA 2FDEA 1LV1A 3DJKA 4ZE6A 3PBDA 5P1XA 3D1XA 4B00A 1NPWA 1LF2A 3EM3A 3WZ8A 3OQAA 5CONA 1K6PA 3PCWA 5P5AA 3OQKA 5P3KA 3OADB 3M9FA 5E5JA 2QI5A 5P1WA 4B1EA 3GGUA 3LZSA 4PPHA 1AXAA 1HTGA 3OXCA 5P8OA 2QZXA 5OZUA 2AOIA 3KA2A 3SM1A 1NSOA 5DQ2A 1K6CA 4B05A 4Y53A 2PK6A 5P8BA 4Y44A 4PZXA 5P0PA 3RTMA 4PYVA 3SA8A 2R3TA 4Y3SA 2QMPA 5KQZA 4DI2A 5P0TA 4B77A 5P44A 5P8IA 1GNNA 5P1RA 3EC0A 4EQJA 1FMBA 5P4YA 1LZQA 5P35A 5P75A 5AHBA 2QU2A 5P22A 2IS0A 1EBWA 4RGHA 5P19A 4CPSA 5P2TA 1FMUA 4DJVA 1RV7A 5ENMA 3NUOA 4GJ8A 1A9MA 2PSUA 2O4KA 1NPVA 4CKUA 3ZKSA 5P1TA 3NWXA 4TRZA 5P1YA 5P89A 5I3VA 4OBJA 5P5DA 3EMYA 3S8IA 5P4KA 2OHSA 4ZSRA 1HEFE 5JG1A 4J1EA 5P8QA 4Y3ZA 4OD9A 4FCOA 3WZ6A 4F74A 5P1PA 1YTIA 4B1DA 2HAHA 5OZWA 2J9JB 3QRVA 5P0IA 5P6XA 4APRE 4L6BA 5P6QA 5P87A 2B7FA 3PSGA 5P12A 4Z22A 3HZCA 1FB7A 2R8NA 4Y3NA 3TPJA 5AH8A 5P3NA 1DMPA 4J1HA 5P41A 3GGVA 5P57A 4B72A 4J1KA 5P3TA 5P3OA 1T6GA 1F34A 1BAIA 5P7UA 5P6DA 1DAZC 3VG1A 3KDCA 2VIEA 3PJ6A 4CPQA 3OHFA 1GVUA 5DQ1A 1QS8A 4ZLSA 2I4VA 5P31A 3TKGA 4I10A 3C9XA 3NU3A 5P1UA 5P28A 2G27A 2XFJA 3SFCA 1SIVA 5P3LA 3KFPA 1W5WA 5PEPA 1YTJA 5P8CA 1LEEA 5P1JA 5P4UA 2AVQA 4J0TA 3KFNA 5P2DA 3G72A 2PMAA 3NDTA 5P2VA 3OTYA 1HVKA 2WEDA 3VFBA 5P3MA 3O9LA 1ODYA 5P8KA 3BUGA 2P3BA 4EWOA 4ZPGA 5P32A 1HTFA 3D1ZA 1K6TA 1EPNE 2QNNA 1VIJA 3MSKA 3IN4A 5P7QA 5P4VA 4EP3A 2AODA 3SA7A 4Q1XA 3EXOA 2V11C 2ZHSA 3ECGA 4Y39A 2BB9A 3L5FA 3EKVA 3JW2A 1HIVA 5P0XA 5P6FA 5HDVA 2AVSA 3UDQA 1C6XA 3UQWA 4CP7A 2ANLA 1PSNA 4WY6A 4GJBA 3R1GB 3G70A 5OZYA 9HVPA 4DQGA 3BHEA 4I0HA 4DH6A 5P65A 5I3XA 1XE6A 5P6TA 1EBZA 1W50A 3SPKA 2G1YA 3VF3A 5DGUA 3ZLQA 5P5JA 1IZEA 3D20A 5P39A 1CMSA 2WF2A 2FNTA 1ZPKA 3S7MA 2A1EA 2FMBA 2QMGA 5OZFA 4HA5A 1IZHA 4TVHA 2AVMA 2O4SA 3VLBA 2J9KA 5P5FA 2XYEA 5KQFA 2IL2A 5HE7A 2AQUA 4ZEAA 3BRAA 2IGYA 1ZP8A 4D83A 3CIDA 1B5FB 2FGUA 1K1TA 5P05A 5P49A 1CPIA 3O99A 5OYXA 1GNMA 2FS4A 3AUPA 5P13A 4M8XA 5OZMA 4ZSMA 4A6BA 1XE5A 5F00A 3ZKNA 2V0ZC 1XN3A 4Y5NA 3K4VC 4GJ6A 5P85A 5OZVA 3ZOVA 4J0VA 4Y50A 2F3KA 5P64A 3KFSA 1MRWA 1K6VA 3OWNA 2OHTA 3UTLA 5IVSA 3H5BA 3MSJA 2IENA 1LS5A 2OHKA 5P02A 3PSYA 1SGZA 5P62A 5P3EA 5P3QA 4CPRA 5P2ZA 2JE4A 5P4SA 4AUCA 4D8CA 5KR0A 4YD5A 4Q1NA 4J5JA 5OZ2A 4RYGA 1JLDA 3QRSA 5P7JA 3VV6A 1ER8E 4DPFA 4R8YA 2WF1A 3FKTA 1XS7D 1ZSFA 5P2YA 3SACA 4NKKA 4DJQA 3S43A 2R5PA 5P4JA 2IGXA 5KQYA 1AZ5A 2G24A 4QJ6A 5OZSA 3KT5A 3OGPA 1BDRA 5P4WA 4Y56A 5P7BA 3ZKXA 2OHUA 2I4UA 1MT9A 5P0WA 5ER1E 3QROA 4Y3JA 3SA9A 5P86A 1KJFA 3EL1A 1LF4A 4CPXA 4AA9A 5P7VA 1FQXA 4K4QA 4GIDA 6APRE 5P2KA 5P6EA 5P51A 2AOFA 5F01A 1WKRA 2HS1A 3HAWA 2BPWA 3O9FA 3L38A 5P20A 5P59A 5P7AA 2HB4A 1OHRA 2O4PA 3T7PA 5P1MA 2ZHTA 5OZBA 5HDXA 5HVPA 3SAAA 3FIVA 3QS1A 3LIYA 3U71A 1DPJA 3MXDA 5P2JA 3TOGA 1SBGA 4COEA 3O9AA 5P6PA 1IZDA 2B8LA 3N4LA 2G20A 5OYZA 4RCDA 4HDPA 3BVAA 5KR1A 1B6PA 1YTGA 4LXMA 3EKTA 3OGQA 5P0KA 3T11A 5P6KA 1FMXA 3MXEA 3NXNA 4DJPA 2PQZA 1GVXA 5P40A 2ZGAA 5P8DA 3VLAA 1B6LA 5ER2E 2MIPA 2Q15A 3R4BA 4Y5KA 5P0BA 5ISJA 4WTUA 3IVHA 2P3DA 4TVGA 1FFFC 1BBSA 2BBBA 1HWRA 2AIDA 4Y4DA 5IE1A 5P03A 1HPOA 5P5WA 1GNOA 4ZPEA 3INEA 1EBYA 2WEAA 4FRKA 3EL9A 5P25A 3KF0A 4EJLA 5P4OA 3OY4A 5P1DA 4GJDA 1BIMA 3NU6A 4Y35A 3D1YA 5DR8A 2AOGA 5IS4A 2PYNA 2QHZA 5OZCA 1IVQA 4L1AA 3IVIA 4J0YA 4F76A 4Y3YA 1SH9A 4RYCA 3CYWA 1FQ4A 5P1AA 2HIZA 1ENTE 3BGCA 3L5CA 4EYRA 4OD9B 4YD3A 1M0BA 2QCIA 3T6IA 4I0IA 5EZXA 2AZ9A 1AAQA 3KT2A 4GJAA 5OZLA 1HVLA 3LPKA 5DR1A 5OYWA 5OYSA 1AM5A 3O9CA 4XX4A 1YT9A 5P4TA 5P27A 4QJ9A 2VJ7A 4Y5AA 5P4IA 5HU0A 2QI4A 3UFNA 1UH7A 4DQHA 4U7QA 3UQUA 3FNSA 3L58A 4Y3PA 5P78A 3RTNA 5B18A 1PSOE 3G6ZA 5BWYA 5P46A 5IVTA 1A30A 2WHHA 1YTHA 5P5RA 2IKOA 5P5KA 3DUYA 2QNPA 2EWYA 3QIHA 2Q64A 2P3CA 4GB2A 2WEBA 4EPJA 1IBQA 4Y3MA 3PWMA 5OYVA 4I0JA 3VV8A 3UDMA 1PPME 1EPME 4FGXA 4FRJA 3Q70A 4Y51A 3KFRA 3OUDB 5P37A 4HE9A 4RVIA 1D4JA 1APUE 4GJ5A 3OQ7A 3ZKGA 4E43A 4Y5LA 2PWCA 4L7JA 5P5VA 3L5DA 4EP2A 4Y4WA 2APRA 4LHHA 5OYTA 4D88A 3NR6A 1FQ5A 3HAUA 4K8SA 5P8NA 1MVPA 5P8MA 5P2GA 2QAKA 2ZYEA 1A94A 3OAGA 3LIVA 3PI5A 4GZFA 1FEJC 1RPIA 5P3RA 4DQCA 2NMZA 4OC6B 3PMYA 3CKRA 3F9QA 5P1FA 3RSVA 1BDQA 2B42A 2HC0A 5P42A 1OEWA 3EL0A 5P17A 3PBZA 5P2LA 2G1OA 4Y4TA 5P0SA 5P1OA 3LZYA 4I0FA 4F73A 4Y4XA 5P2RA 1RQ9A 4X2LA 3UDJA 5HE5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PRO A;  2G26 A;  4DJW A;  5OZ0 A;  1W51 A;  3EKX A;  1M4H A;  2QI7 A;  1K1U A;  3OU1 A;  1T6E X;  5P7T A;  5P2E A;  3PHV A;  1G0V A;  1G6L A;  5HDZ A;  4Y3Q A;  3WB5 A;  1SDV A;  4L7G A;  3SO9 A;  2O4N A;  2QHY A;  4Y58 A;  2QHC A;  5P1L A;  3R0W A;  5P0M A;  5P56 A;  3UDR A;  2G69 A;  5OZD A;  3KMX A;  4PZW A;  3UFL A;  1IDA A;  2FIV A;  3UHL A;  2V16 C;  1C6Z A;  3JVW A;  1E81 E;  5OZ1 A;  1ZLF A;  4HEG A;  3OOT A;  3TOH A;  4HVP A;  2I1A A;  5P1B A;  4YDF A;  3QPJ A;  3BXR A;  1FG6 C;  3OUD A;  4MC1 A;  5P07 A;  3HVP A;  3LPJ A;  4I0E A;  3TH9 A;  3NU9 A;  5P14 A;  4GJ7 A;  3SA4 A;  2QNQ A;  4J1F A;  1D4Y A;  2Q11 A;  5P2A A;  5P36 A;  1A8K A;  5P8L A;  4DQB A;  1EBK C;  1WBK A;  4Q1W A;  3S7L A;  5P7P A;  4Y5C A;  5COP A;  2BPX A;  3WZ7 A;  3EM4 A;  4JPC A;  5P6N A;  7HVP A;  5P0Z A;  5P33 A;  2XFK A;  3N3I A;  3K5C A;  3NDU A;  5KR8 A;  4KE0 A;  5P5S A;  2F3F A;  3UPJ A;  2P8H A;  4OC6 A;  1HVH A;  1T7K A;  3OAD A;  2AZC A;  2ZJN A;  2VNM A;  4CPU A;  4H3I A;  5P3F A;  3KM4 A;  4BEK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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