3SO9A

Darunavir in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The higher barrier of darunavir and tipranavir resistance for HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydorlase/hydorlase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3so9A00
3D20A 5P76A 2ZGAA 5IE1A 4DPIA 3PSUA 4Y43A 5EZXA 4ER1E 4Z4XA 5OYWA 2ANLA 2BJUA 1D4YA 4Y3WA 4JPEA 4Y3NA 3QRSA 3BUFA 4Y4ZA 2P3AA 5P4JA 4TVHA 5P6KA 5P4HA 5C9FA 3QRVA 4DQHA 2RENA 3UDPA 3OQAA 4HDFA 2VS2A 3PI5A 2BKTA 3FIVA 4DJUA 1YG9A 5P5RA 4Y4GA 1Z1RA 5P7AA 1FQ5A 3FKTA 3Q70A 5OZIA 5P29A 3ZMGA 5AH6A 5P8DA 5P2UA 1ER8E 5P1HA 4Y57A 2HB3A 5C9BA 3PLLA 1FKNA 3OUDA 2PYMA 3VEUA 2A4FA 3ZKQA 1YTIA 5P3HA 5KOSA 2AVMA 5P2XA 5P5UA 2HM1A 4HEGA 5FIVA 3VFAA 3O9DA 1SDUA 4B1CA 4EP3A 3MXEA 1EPRE 1OD1A 1CPIA 4EPJA 4BFDA 4GJCA 5ENMA 5P38A 2QI7A 3PCZA 4H3IA 1B5FB 5P8QA 5P7OA 5OZYA 1HSGA 3ZOVA 4Q1WA 3VV8A 3L5DA 5P0EA 2G27A 5KR0A 5P0SA 4I1CA 4RROA 1RPIA 3FX5A 4BFBA 2ER0E 5P4ZA 5P1JA 1SGZA 4RVJA 1MUIA 5OZAA 4R95A 2OHPA 3NLSA 4HE9A 2G20A 4ACUA 1HTFA 5OZPA 4E43A 2VJ7A 5JG1A 5P3NA 5HU0A 3HBOA 3BVAA 5DQ1A 5P0XA 1FQ6A 5P4MA 5HVPA 3T6IA 1RL8A 5DR1A 3EL9A 5P5ZA 2AVSA 3OU4A 4KE1A 2QNNA 4PZXA 5P24A 2CEJA 4Y5MA 2QMFA 4OBZB 2R9BA 1FMXA 3PCWA 1LF3A 5P5PA 2O4NA 3ZPSA 3SFCA 2G21A 4A6BA 4AA8A 1B6MA 4EHCA 4I12A 5DR7A 4TVGA 2ER6E 1HIIA 5OZLA 5OZ2A 5P2KA 5P46A 2A1EA 2AODA 3OU4B 1FFFC 3KDDA 4Y4UA 3NU5A 5P8IA 2NXLA 4I8WA 5P31A 2V11C 3VF5A 5P4IA 2IS0A 5P1DA 1QBUA 5HE4A 1ODWA 1EPLE 1UH8A 3KYRA 5OZDA 1HVRA 5P6MA 5C9DA 2QD6A 3TPJA 2UPJA 1GVUA 4FM8A 5KQFA 1FG8C 5OYVA 2NR6A 3BRAA 2OHUA 4H3JA 4GMIA 4L7HA 5P4FA 1G2KA 4R91A 5OYZA 1FFIC 2PSVA 1LYBA 5KR1A 5OZFA 5J25A 5P7DA 1B11A 5P8CA 1M0BA 3LIXA 4Y4DA 5OYSA 3NXEA 3S7LA 1EPPE 4NJVA 4YD6A 3T7QA 1LYBB 2B60A 2P3CA 4Y37A 5BRYA 5P0CA 5P7HA 2F3FA 2WF3A 4NJUA 3CIDA 1K6TA 5P7YA 4EQJA 4GIDA 5P8MA 2V16C 5P49A 4DQCA 1FMBA 4D88A 3AIDA 3IVIA 5P2NA 6APRE 4XX3A 5P7JA 2G1RA 3O9EA 2B42A 2NNPA 4F75A 4CPUA 2V12C 4J54A 2F3KA 5P1MA 5P7LA 3ZKGA 4Y4EA 5OZOA 4QJ6A 4I0HA 4AA9A 5P1BA 4GZFA 5P1SA 5P3PA 3L58A 2VIZA 3OHFA 5P1UA 5P4BA 4B05A 1PFZA 5P08A 1BAIA 3D1YA 1NPAA 4DV9A 3RVIA 1SIVA 4Y3XA 2O4SA 3TKGA 3EBZA 1IVPA 1AZ5A 3H0BA 1QS8A 6FIVA 5IS4A 1Z1HA 3S85A 1LF2A 4Y3TA 5P2IA 2F81A 3INDA 2QU2A 1W5XA 4AUCA 5P2DA 4EQ0A 3MWSA 4QJAA 1SH9A 2WEBA 5P6FA 2OHRA 4CMSA 4OBGA 2IEOA 5OZKA 2AVOA 2QK5A 1FIVA 1HSHA 4PEPA 5P6LA 5P33A 2WF4A 5P6RA 3SO9A 2IGYA 4XKXA 7UPJA 2Z4OA 3S54A 5P8OA 5P6BA 3R4BA 5P7FA 4Y5GA 3PB5A 4J1HA 5P88A 1VIJA 5HDUA 1T7KA 3LZSA 2PWCA 3OQDA 1ZPAA 3UFNA 1KZKA 5P14A 1EC1A 4H1EA 1T6EX 5P5EA 2BPXA 5P6XA 5P1ZA 1EPQE 3T11A 1BV9A 1EC0A 2XFKA 3BVBA 3ZKIA 4DI2A 1FEJC 1LS5A 4I0GA 2PH6A 5AGZA 1E82E 1G6LA 3O9AA 4RVXA 4GJ9A 5P2OA 5P2BA 5P0YA 4ZEAA 4FRKA 5P7WA 4Y45A 3LIQA 3NU3A 5AHAA 2IRZA 3QN8A 5P4PA 5P7QA 2FNSA 5P7UA 2QU3A 4Q1NA 1TCWA 3KFPA 5OZ0A 1OHRA 1C6YA 2ER9E 4CPWA 3HVPA 1EBKC 3IVHA 1A94A 4HDPA 1BVEA 5OZWA 3IN3A 1GVXA 1OEWA 4R92A 4Y48A 5P17A 3TLHA 5P13A 5P1VA 4I0JA 2G69A 5P5NA 5P6NA 1KJHA 4DJVA 4YOBA 5HD0A 4PHVA 2UY0A 2P3BA 4K4QA 5P5AA 1B6LA 3INEA 5P8GA 1FQ4A 4YD5A 2IDWA 3OK9A 5P5CA 5OZRA 1FG6C 2NMYA 2ZJJA 2V13A 5P7CA 2PMAA 2CENA 4ZSMA 1W6HA 1NPVA 4RYCA 5P0BA 5P3EA 1MPPA 2WECA 3SA6A 1EPME 2WF1A 3NUOA 4CKUA 3U6AA 3ER5E 5P0JA 5OZMA 1AAQA 1FQ8A 4L7GA 5P2EA 1ZAPA 4RCFA 4ACXA 4GJDA 1QBRA 1HTGA 1W6IA 5P66A 3KDBA 4YOAA 3O9GA 1KJFA 4NJSA 2AZCA 4Y4WA 1RV7A 2NXDA 5P4KA 2FMBA 3MXDA 1ZTZA 1TW7A 1EPNE 1PSNA 1SMEA 2WF2A 5I3YA 4Y3LA 1A30A 4J1IA 2NTRA 5P47A 4Y44A 4BEKA 2JXRA 2ZYEA 5P10A 5P3WA 4EP2A 5OZ1A 2AOGA 3R1GB 3KDCA 5P1TA 3PMYA 3F9QA 3EKPA 1GVVA 4Y4AA 3IXJA 4YBIA 4DUSA 5F01A 2QP8A 5KQZA 5KOQA 1TSQA 5OZ6A 2VKMA 4RVIA 1DP5A 4FLGA 4QJ9A 1K6CA 2R5PA 3KN0A 4NPUA 5OZ4A 3URLA 5P45A 1C70A 1B6JA 3SA5A 3NSHA 5P7BA 1BBSA 2WL0A 3PMUA 3SKFA 4NJTA 3OQFA 1HEFE 5F00A 1HPXA 3APPA 3L5FA 4ER2E 4Y5LA 4CPRA 5ER1E 2JJIA 1APVE 3URJA 2G1SA 3SM1A 3VV6A 1FF0C 4RYGA 3VUCA 3DK1A 3PBDA 4FSLA 4ZPFA 5P2ZA 5P8BA 1BDRA 5P3IA 5P1EA 1SP5A 3R0WA 5P2LA 5P3GA 2QI5A 3NU9A 1GKTA 3O9LA 4YD3A 5P2QA 3GI6A 2ZJKA 5BS4A 4Y3EA 5P28A 5CONA 3OOTA 5P6CA 1BILA 3NU4A 4GJAA 3RSVA 3SM2A 5ER2E 3OXWA 4AMTA 4LP9A 2F8GA 5P7NA 1TQFA 5P1GA 5SY3A 1W5VA 1D4LA 1K1TA 9HVPA 3HDKA 5P1KA 5P0OA 3O9LB 1BWAA 3QAAA 3ZPUA 4ZIPA 5P1QA 4ER4E 5P2TA 5HCTA 5P34A 2QI3A 3NU6A 3VSXA 3PM4A 5P09A 5IVRA 1LV1A 5P86A 1MSMA 1CZIE 1PSAA 2Q3KA 3B80A 3U7SA 4F74A 1K1UA 1LEEA 1MERA 5CLMA 4QGIA 2FXDA 3O9IA 4YDFA 4U7QA 3S53A 2R8NA 3EM3A 2OHMA 5P6JA 4APRE 4I0DA 5P3MA 2WEZA 3I2LA 3OU3A 1ZJ7A 3PVKA 2G1YA 1HXBA 1HVJA 2JYSA 2Q55A 5OYUA 5P43A 2FDDA 1B5FA 4Y4TA 3U71A 5P3BA 3UDHA 3ZL7A 3NYGA 2ZHUA 3N4LA 4Z50A 2BPZA 5P3UA 3TL9A 5P73A 3UDQA 2J9KA 1ZBGA 3I7EA 4S1GA 5P4YA 5P1AA 5HDZA 4OD9A 2AOHA 3KMXA 5P40A 4GYEA 4I0ZA 4J17A 5P77A 3OUCA 4RCEA 5HDXA 3DM6A 3D1ZA 5OZ5A 2G24A 4FAEA 3LZUA 2QHCA 5JFPA 5BWYA 1LYWA 3L5CA 3DCRA 3HZCA 5P75A 4CP7A 5ISKA 4OD9B 5P18A 3RTHA 3KA2A 1TCXA 5P3KA 3KT2A 5HU1A 4OBZA 2QD7A 5P0DA 3NXNA 2ZJHA 5P6IA 4EJ8A 1LYWB 4Y6MA 5P65A 1MTBA 4M8XA 5OZUA 2I1AA 5P1LA 5P5IA 3EKTA 4B1EA 1YT9A 5DQCA 2ZJIA 3Q4BA 4RRSA 3QBHA 4Q5MA 3RTMA 1APUE 5P7KA 2QI0A 3BUHA 2G22A 2QMDA 1C6ZA 1EBYA 5P2MA 2NMZA 5P0PA 2J9JB 5P58A 2RMPA 1F34A 3JVWA 3K5FA 1IZDA 4FRJA 5E5KA 1MT7A 3WB4A 1IBQA 5OZHA 5P3OA 4RLDA 5P0AA 5P7SA 5P2RA 5P8KA 1C6XA 1NH0A 5P6DA 3SA7A 4J0YA 3S56A 2ZHRA 1RNEA 4DJOA 3HD8A 3UQPA 4FCOA 4GJBA 2HPFA 4Y5BA 3DUYA 3CKPA 4FRSA 1AM5A 2P4JA 3BGBA 5OYXA 3QS1A 1EEDP 5P3XA 3GGAA 5P53A 5P8TA 5P6EA 1MVPA 5P62A 4Y3ZA 1WBMA 1IZEA 5P55A 3TOGA 3G72A 4J1KA 4L7JA 5P5OA 2QHYA 3MSLA 4J0TA 4L1AA 1E81E 4U7VA 5P44A 3K5CA 5P51A 5KQXA 3DV1A 2R38A 5AH7A 2I4WA 5P63A 4YDGA 3SLZA 5OZVA 3VLBA 5P5QA 2I4UA 3SPKA 2HC0A 5P3TA 3UHLA 5P27A 5P0QA 4QLHA 2HPEA 5OZJA 3OTSA 4L1AB 3VYDA 1AJVA 3I6OA 2WEDA 2QZKA 3VF3A 1MSNA 1XDHA 2QZLA 5OZEA 4HVPA 5P5XA 2WKZA 1VIKA 2AOIA 2I4XA 5P6PA 2AOCA 2XYFA 4Y56A 3M9FA 5P48A 2ZJLA 3L3AA 4PZWA 4Y5NA 5P4EA 3NWXA 4QJ8A 4FAFA 5OZZA 3GI4A 4Y4BA 2QNQA 2Q64A 4Y38A 2SAMA 1YTGA 5P6QA 3EL5A 3ZKSA 5SXNA 1BDLA 4Y5PA 1PPKE 5DQ4A 1SDVA 2OHLA 4B70A 4HDBA 2IKUA 4KUPA 3TOHA 1ZP8A 4GJ7A 2PYNA 4DVFA 2HS2A 2HB4A 2IKOA 5P5KA 4GJ6A 2AZBA 4FS4A 3S2OA 1HVCA 3GW5A 5P22A 2XYEA 1RQ9A 5P8HA 2ZHVA 1YX9A 5P36A 1D4IA 1XL2A 3OAGB 5P54A 5OZ7A 4EJKA 5P5DA 1NPWA 3EL1A 5P8NA 4EWOA 2V00A 5P78A 3EKQA 3CKRA 3QIHA 1APWE 3PSYA 1A8KA 2R5QA 4Y35A 5P7XA 5P11A 1HVSA 3HLOA 4OBFA 1IZHA 4B72A 4DJXA 1YTJA 2APRA 3LITA 1BDQA 2NNKA 5P50A 1META 3IXOA 5HE7A 2XFIA 1PPME 5P1RA 5P87A 5P12A 3UF3A 3NDWA 4I11A 1XL5A 4FM6A 1KJGA 3HAWA 1BXOA 2QAKA 1EBZA 3IAWA 5P70A 5P5GA 1HIVA 3QI1A 5P00A 4APEA 1IZIA 1MTRA 5P6YA 5HCOA 2FIVA 1D4SA 2P3DA 5P6AA 2ZJNA 2AIDA 3L59A 1W51A 4OC6B 4J0ZA 5TOLA 2R3TA 3OXCA 5HTZA 3L5EA 3UQUA 4CPXA 4M8YA 4OBKA 5EZZA 3TPRA 5P04A 2OF0A 4ZSRA 5P2FA 3SA4A 3O9FA 3UCBA 5P1WA 1JLDA 4MC2A 1E5OE 4N00A 1GNNA 1HOSA 5P7ZA 2H6SA 1EAGA 1GVWA 1AIDA 8HVPA 1SDTA 1BXQA 1FGCC 4EJDA 5DPZA 2QI6A 3HVGA 1LZQA 1QDMA 3BXSA 4R93A 5P0RA 5P1FA 3B7VA 4Q1YA 4R5NA 2FDEA 3ZKNA 1YM4A 2FNTA 2WHHA 4CPTA 7HVPA 3I8WA 3QVCA 4Y3DA 3RTNA 3APRE 4H3FA 2FGVA 2QNPA 3EXOA 4Z22A 3TPPA 4K8SA 4Y36A 3CMSA 2CEMA 5P3CA 3VG1A 3KM4A 5P32A 1MRXA 3DCKA 5P3QA 3D1XA 5P7IA 2O40A 2B8LA 5P3ZA 4J5JA 3BC4A 5P0UA 1TZSA 3GI5A 4J0PA 5P3SA 3S8IA 3PEPA 5P6OA 2PWRA 5P4XA 4R8YA 3TTPA 5P5HA 4Y5AA 3UDNA 4OBJA 3LPKA 2OHSA 4Y4XA 1DPJA 2MIPA 4X2LA 4LL3A 1KJ7A 5T4SA 1XS7D 4BELA 3L38A 1J71A 1QRPE 3VFBA 4A4QA 3EKYA 1HIHA 4EXHA 2VNMA 1XN3A 1WBKA 2OHKA 5P81A 5P8RA 1PROA 5OZ3A 2XFJA 3WZ6A 3DJKA 1AVFA 3SA8A 4YD7A 1BIMA 4JPCA 4DJWA 3GGVA 3EM6A 3SA9A 4FSEA 1DIFA 1ODXA 1EBWA 2QZXA 1FLHA 4Z2ZA 1MT9A 4LXAA 1IDBA 5P3JA 3FNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D20 A;  5P76 A;  2ZGA A;  5IE1 A;  4DPI A;  3PSU A;  4Y43 A;  5EZX A;  4ER1 E;  4Z4X A;  5OYW A;  2ANL A;  2BJU A;  1D4Y A;  4Y3W A;  4JPE A;  4Y3N A;  3QRS A;  3BUF A;  4Y4Z A;  2P3A A;  5P4J A;  4TVH A;  5P6K A;  5P4H A;  5C9F A;  3QRV A;  4DQH A;  2REN A;  3UDP A;  3OQA A;  4HDF A;  2VS2 A;  3PI5 A;  2BKT A;  3FIV A;  4DJU A;  1YG9 A;  5P5R A;  4Y4G A;  1Z1R A;  5P7A A;  1FQ5 A;  3FKT A;  3Q70 A;  5OZI A;  5P29 A;  3ZMG A;  5AH6 A;  5P8D A;  5P2U A;  1ER8 E;  5P1H A;  4Y57 A;  2HB3 A;  5C9B A;  3PLL A;  1FKN A;  3OUD A;  2PYM A;  3VEU A;  2A4F A;  3ZKQ A;  1YTI A;  5P3H A;  5KOS A;  2AVM A;  5P2X A;  5P5U A;  2HM1 A;  4HEG A;  5FIV A;  3VFA A;  3O9D A;  1SDU A;  4B1C A;  4EP3 A;  3MXE A;  1EPR E;  1OD1 A;  1CPI A;  4EPJ A;  4BFD A;  4GJC A;  5ENM A;  5P38 A;  2QI7 A;  3PCZ A;  4H3I A;  1B5F B;  5P8Q A;  5P7O A;  5OZY A;  1HSG A;  3ZOV A;  4Q1W A;  3VV8 A;  3L5D A;  5P0E A;  2G27 A;  5KR0 A;  5P0S A;  4I1C A;  4RRO A;  1RPI A;  3FX5 A;  4BFB A;  2ER0 E;  5P4Z A;  5P1J A;  1SGZ A;  4RVJ A;  1MUI A;  5OZA A;  4R95 A;  2OHP A;  3NLS A;  4HE9 A;  2G20 A;  4ACU A;  1HTF A;  5OZP A;  4E43 A;  2VJ7 A;  5JG1 A;  5P3N A;  5HU0 A;  3HBO A;  3BVA A;  5DQ1 A;  5P0X A;  1FQ6 A;  5P4M A;  5HVP A;  3T6I A;  1RL8 A;  5DR1 A;  3EL9 A;  5P5Z A;  2AVS A;  3OU4 A;  4KE1 A;  2QNN A;  4PZX A;  5P24 A;  2CEJ A;  4Y5M A;  2QMF A;  4OBZ B;  2R9B A;  1FMX A;  3PCW A;  1LF3 A;  5P5P A;  2O4N A;  3ZPS A;  3SFC A;  2G21 A;  4A6B A;  4AA8 A;  1B6M A;  4EHC A;  4I12 A;  5DR7 A;  4TVG A;  2ER6 E;  1HII A;  5OZL A;  5OZ2 A;  5P2K A;  5P46 A;  2A1E A;  2AOD A;  3OU4 B;  1FFF C;  3KDD A;  4Y4U A;  3NU5 A;  5P8I A;  2NXL A;  4I8W A;  5P31 A;  2V11 C;  3VF5 A;  5P4I A;  2IS0 A;  5P1D A;  1QBU A;  5HE4 A;  1ODW A;  1EPL E;  1UH8 A;  3KYR A;  5OZD A;  1HVR A;  5P6M A;  5C9D A;  2QD6 A;  3TPJ A;  2UPJ A;  1GVU A;  4FM8 A;  5KQF A;  1FG8 C;  5OYV A;  2NR6 A;  3BRA A;  2OHU A;  4H3J A;  4GMI A;  4L7H A;  5P4F A;  1G2K A;  4R91 A;  5OYZ A;  1FFI C;  2PSV A;  1LYB A;  5KR1 A;  5OZF A;  5J25 A;  5P7D A;  1B11 A;  5P8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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