3SQFA

Crystal structure of monomeric m-pmv retroviral protease
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
KPSLTLWLDDKMFTGLINTGADVTIIKLEDWPPNWPITDTLTNLRGIGQSNNPKQSSKYLTWRDKENNSGLIKPFVIPNLPVNLWGRDLLSQMKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Mason-pfizer monkey virus
molecule keywords Protease
total genus 23
structure length 95
sequence length 95
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.23: dUTP diphosphatase.
pdb deposition date 2011-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sqfA00
4APEA 1KJGA 4Y50A 3SA8A 4LP9A 5AH9A 1KJ7A 5P50A 5P6QA 4BELA 1D4KA 2XFJA 2NTRA 5P7MA 5P0NA 1FG6C 5P1AA 5P33A 1HEFE 1GVUA 3S56A 5P3ZA 2HIZA 5P25A 3I6OA 3OXXA 1APVE 4Q1XA 4RRSA 3DK1A 3PLDA 1ENTE 1RPIA 3VUCA 1T7IA 4L1AB 2HC0A 3Q5HA 4KUPA 5P5ZA 3SKGA 4GMIA 5P59A 5P7JA 2QI5A 5P3GA 5OZ3A 3OADA 2AOFA 2ZHUA 1MIQA 1KJFA 1UPJA 3KT5A 1FQ7A 2V11C 1EPRE 3ER3E 3B7VA 4Y3HA 2ZHRA 3PWRA 4EJ8A 5P5FA 1UH8A 4PYVA 3OTYA 5P70A 1A8KA 1KJ4A 5P5BA 3UDKA 3IAWA 2QD8A 5P58A 4COEA 1IIQA 2FS4A 1AXAA 2WL0A 4F74A 2HPEA 3SKFA 1XN2A 2FMBA 5P05A 5P1DA 3OOTA 2BKSA 5OYSA 3KDBA 1M0BA 1FMXA 3OU4A 1NPWA 5COOA 9HVPA 4N00A 4Y44A 5P5NA 4Y3EA 3PMUA 5P5CA 5DR0A 5P8JA 4K4QA 4JOOA 1B6MA 3S7LA 5P00A 2VS2A 5P4YA 1ZAPA 3PBZA 5P5PA 5P66A 4D89A 3URJA 5KOQA 3O9BA 2QI6A 1PSNA 5P4LA 3UDRA 5OZCA 3ZOVA 5COKA 5KR0A 4TRYA 3EL0A 4JPEA 3WZ8A 2AZBA 4Y3GA 5OZAA 1META 1QDMA 1HSHA 5P0JA 4DI2A 2UXZA 4I12A 3TOGA 4Y3WA 5P5UA 1W5XA 1HTFA 4R8YA 2H6TA 1K1UA 5OYRA 1EPOE 2BPXA 4OC6B 3VSWA 5IVQA 1YM2A 2B8LA 3L3AA 1FMUA 3ZLQA 1T3RA 5P6TA 4Y3AA 5IS4A 4S1GA 3O99A 1MSNA 5P03A 4J0VA 2BQVA 2CENA 3QVIA 1LYBB 3SA7A 2Q15A 4CMSA 4GJ5A 5OZQA 2BPVA 2WJOA 3FNTA 5OZDA 3DCKA 3O9GA 5P53A 4Y36A 1B6JA 1SIPA 1T7JA 5P1WA 4DVFA 4DJUA 5P0WA 4RGHA 1HSGA 5P6YA 1HVJA 5P1QA 4B1CA 1HPVA 5DR1A 4DQHA 5P4VA 4A6BA 3NU4A 5P8MA 3R1GB 5P3SA 5P7YA 3EBZA 4H1EA 3ZKSA 5P2NA 2WF2A 4GJ9A 1IDAA 2ZHSA 1EPPE 5F01A 1E82E 5OZBA 1BWAA 2NNKA 5P8BA 2QK5A 5OZYA 4B0QA 5P8KA 3DV1A 4EWOA 2WEDA 4U7QA 1LZQA 5P6OA 4EPJA 4QJAA 3QN8A 2ZDZA 3NR6A 3VSXA 4Y4EA 4Y3MA 4LBTA 2P3CA 2AOGA 2AOJA 5P89A 3CKRA 3SABA 3BUHA 3OAGA 4YCKA 3UTLA 1MPPA 4DV9A 1MERA 4EJDA 1AM5A 3MWSA 5ER2E 3JW2A 2VJ6A 1PPME 5P5AA 1FQ4A 5OZIA 1HTGA 1ODYA 2OHQA 2PK5A 5P6PA 5P5EA 5P6JA 2O4SA 3TPJA 1QRPE 3VV8A 4J5JA 3KFNA 1Q9PA 1BWBA 5DQ2A 3KYRA 5P6XA 1LS5A 3ZMGA 2VA6A 5P0VA 4FM8A 1EPME 4Y3TA 5P3DA 2Z54A 1HIHA 1HTEA 4FE6A 5P8SA 1MUIA 1W51A 4Y53A 1GVVA 5I70A 5P77A 3LNKA 5P34A 4YBFA 3TPPA 5P24A 2B42A 2OHKA 1D4SA 3KMXA 5P47A 2JXRA 5P0MA 3EXOA 5P14A 5P4PA 1FGCC 4Y39A 4EJLA 2PC0A 4QJ6A 1WBMA 2ZE1A 5P4RA 1EC1A 3UDHA 2G20A 5P0FA 5OZEA 1MT8A 1SDVA 5P3LA 2QZKA 1XL5A 3I2LA 3ST5A 1AVFA 4DH6A 1IZIA 2F3KA 4DJYA 3NDXA 5P1OA 1NH0A 1EEDP 2NR6A 5OZ5A 1TCWA 2XYFA 4D8CA 2VNMA 2Q11A 2QMFA 4L6BA 2RKFA 5P2EA 5P8OA 1VIKA 3TKGA 4FSEA 3G70A 3RTHA 1XE6A 4OBFA 2UY0A 1AJVA 5DQ5A 2HS1A 3M9FA 5OZJA 2QI4A 2G69A 2HM1A 2I4DA 1K6CA 4FSLA 4GB2A 1G2KA 4J1CA 2J9KA 1XE5A 3UFNA 2R9BA 1NPAA 2OAHA 4Y43A 4UPJA 3TOHA 5P7PA 4HE9A 1ZTZA 4IVSA 5P2LA 5OYXA 1C6ZA 5P2JA 3RSVA 5OZGA 2G1SA 5AHBA 4J0PA 3U6AA 3MSLA 1ME6A 3D1XA 4DJRA 1T6GA 5OYTA 1FMBA 2OHSA 3PEPA 5P04A 2RMPA 5OZ4A 5P2OA 4EYRA 4Y37A 4I0IA 3KFSA 5P75A 5P0KA 5P08A 2IEOA 5P88A 5OZPA 5P1BA 1HPXA 5P7RA 5P7ZA 2FGUA 3SA5A 3N3IA 5P3TA 3LIXA 3LZVA 4B1DA 3SA4A 5P0XA 4PEPA 3FIVA 5P2IA 4BEKA 5P4EA 3O9IA 5IVTA 3OQDA 5P46A 5P6AA 3FNUA 5P4AA 1AJXA 4FM7A 2V0ZC 4KB9A 2QZLA 3SLZA 5P2TA 2AOIA 2QAKA 4Y5KA 5P8AA 5AH8A 5P2AA 3HW1A 2Q5KA 1HPSA 4EQJA 3CKPA 5DQ4A 1EBKC 4YD3A 1A8GA 5P1HA 2BBBA 3K1WA 4I0GA 3HLOA 4MC1A 5P81A 4Y3ZA 2Q64A 4TRWA 5OYYA 4HDFA 3S2OA 3QPJA 4X2LA 5P0TA 3QBFA 5P45A 4DQFA 2Q54A 2AZCA 3VYDA 1IBQA 1Z1RA 3PSUA 1SMRA 3SACA 5P8PA 3ZL7A 2R5PA 5P26A 1B5FA 3ECGA 5P6WA 2BPWA 5P0OA 3O9AA 3GGXA 2G1OA 3GI5A 2QMDA 4RVIA 3UQXA 6APRE 5HE4A 4GJ7A 2WEAA 5SXNA 5P2HA 2JJJA 1SIVA 3EL9A 4Z22A 3MSKA 1HRNA 1EAGA 3AIDA 5P7DA 2AOEA 2QCIA 3LIVA 5P3VA 2OHMA 1GNNA 1YG9A 3OQKA 4H3GA 4MC9A 1HOSA 2R8NA 5P02A 3L58A 2FXEA 5P0UA 5P7AA 4DFGA 3EC0A 2ZJMA 4OBKA 2RSPA 5P1FA 1LF2A 5P5QA 3IN4A 5P3UA 5P23A 4KE1A 4Y3FA 5P40A 4PHVA 4AA9A 2O4LA 2PSGA 2FXDA 3NYGA 2WF0A 2ZHTA 1HVSA 3Q6YA 4GJDA 3WZ7A 5P3PA 2IQGA 3OGQA 1NSOA 1HTRB 3UFLA 5KR8A 5ER1E 2OHTA 3OXCA 2VIEA 3VLBA 5P1JA 4B05A 5P4DA 4GIDA 3OXWA 2ER7E 3APPA 3ZPUA 5P0YA 2IKOA 3EKYA 4HLAA 5P3XA 1BXOA 3OY4A 5P71A 5HU1A 1DAZC 5P8GA 2O40A 1ZPAA 4RROA 3ZKGA 4LXAA 5P7NA 5OZVA 1K2CA 3S43B 5P3KA 5HCTA 4I0DA 3HAUA 4Y5NA 5P4KA 5P52A 5P6ZA 2R5QA 5P6LA 5P1PA 5P5DA 1BXQA 4I0ZA 5P2QA 1LEEA 1YTHA 2VJ7A 5P4TA 4LXMA 2R3WA 1XDHA 5P44A 4YD4A 3MXDA 2BKTA 2AZ9A 5P7UA 3ZPTA 5P6IA 4ER1E 3BGCA 5P38A 2ASIA 5P5LA 4LXKA 5P3FA 4CPWA 3QI1A 3D1ZA 5E5JA 4DJVA 1MT9A 3G6ZA 4I1CA 2JE4A 5I3VA 4R95A 3IA9A 4Y3YA 2IDWA 5P27A 2G1RA 1TW7A 4B72A 2IGYA 1LF3A 5P42A 3ER5E 2AQUA 2F3EA 3O9FA 5P6BA 5P0ZA 4DQBA 1HVKA 1HIIA 3BVAA 3K5FA 2CEJA 1C6YA 4B1EA 3T6IA 5KOSA 3TOFA 4QJ2A 2MIPA 4NPTA 1EPLE 4YE3A 5OZNA 3S54A 1LYAB 3H0BA 5P8HA 4DJQA 2NXDA 1MRXA 3LITA 1OEXA 5P37A 4Y5AA 4Y3RA 3UQUA 4CPRA 4M8XA 5DQ1A 4OBJA 4D88A 3ZKNA 4CP7A 1MESA 1QBUA 4Y3NA 1FKNA 2AOCA 3SAAA 3MSJA 1A9MA 3PM4A 1G6LA 5SY2A 4I0JA 4U7VA 1LYWB 5P3MA 5P8IA 2PMAA 3OQFA 2P3BB 1KZKA 4XKXA 3IXJA 1HHPA 1EPNE 4YOBA 5HVPA 4Z2ZA 4J1KA 5P01A 3DJKA 3PBDA 5P6CA 3H5BA 1HVCA 5P84A 5I3XA 1K6VA 5P73A 5P69A 2NXLA 5P74A 1M4HA 1CMSA 3KMYA 2H6SA 3O9HA 1W6IA 5P4UA 1EBWA 2O4NA 3HBOA 4L7GA 3OU1A 5OZKA 3RU1A 3I7EA 5P2DA 3FV3A 3L5EA 4AUCA 1SH9A 5P7BA 5DQCA 3GGAA 5KQYA 4FS4A 2QZXA 3VFBA 2ER9E 3NUOA 3WB5A 1HSIA 3ZKQA 2ZJKA 1DIFA 2QHZA 1YX9A 5P8CA 2P3AA 5P3JA 4DQEA 5FIVA 1D4HA 5P48A 2WKZA 2B7ZA 2FNSA 2ZJLA 5DGUA 5OZTA 4Y3QA 1PFZA 4Y3LA 2PQZA 4Y57A 5P18A 4TVGA 6FIVA 1B6KA 3JVYA 1ZLFA 5P3OA 4GYEA 3RSXA 3T7PA 4XX4A 3DOXA 5P6HA 2I4QA 3SA9A 3Q4BA 5OZHA 1W5VA 4B70A 2WF1A 2ZGAA 5HU0A 4Y3SA 5P5JA 4FCOA 3KM4A 2QI0A 3PGIA 1ZSFA 1HVLA 2G24A 5P3RA 5OZFA 4GJ8A 4Y51A 5P6VA 1OEWA 3GI4A 4OBHA 5P51A 3VYEA 5P7HA 4ZPEA 5P13A 4WTUA 3SA3A 4OD9A 4Y4WA 2OHLA 3KDDA 3VEUA 3BXSA 3R0WA 5P2SA 4D83A 5P67A 2V10C 4Z4XA 3L38A 3DCRA 5P0QA 4EQ0A 3VYFA 2P3DA 3KN0A 5P7SA 5P1YA 4PZXA 3PCWA 4EJKA 1XL2A 5P5KA 3EM3A 3A2OA 1RQ9A 4Y3JA 4GJAA 1FQ6A 5P1CA 5P64A 1Z8CA 2VIYA 5ENMA 5OZ7A 5OZOA 2HS2A 1APTE 5OYVA 3OWNA 5DGWA 3NUJA 3NDWA 5OYQA 3Q3TA 4OBZA 1VIJA 3U7SA 2WEZA 5P4WA 5P87A 2P8HA 2V13A 2G22A 4MC6A 5P65A 1IZHA 3NDUA 5P36A 2IL2A 4YD5A 5KR2A 3INHA 3MXEA 2HB4A 5P60A 5P7XA 1IZEA 1HPOA 2NPHA 2JYSA 2VKMA 2NMZA 1B6PA 3K4VA 4HDBA 1K2BA 4Y4XA 4CPUA 4Y9WA 5P5OA 5P30A 2IRZA 1WBKA 5P17A 2Q55A 5P3EA 2F3FA 2QD6A 2ZJNA 5P6EA 1WKRA 1YTIA 5KAOA 4J0ZA 5OZMA 1APWE 5P1EA 3LIZA 4Y5LA 4ACUA 5P3AA 1UH7A 3QRVA 3OADB 3OQ7A 2ER0E 4ZLSA 2J9JA 3HD8A 5P0SA 2QU2A 3EKQA 5P0BA 3OU3A 1YTGA 3KF0A 3OUCA 2ER6E 2BPZA 1ER8E 4YDFA 5P5XA 4I0FA 5HDZA 5P5IA 1RNEA 5P3QA 4ER2E 4FAEA 5AH7A 5P4ZA 3VF5A 2QP8A 5P8VA 4I8WA 5P2FA 3IXKA 5P09A 4RCEA 1SBGA 3RTNA 1BV7A 3BXRA 4YCYA 4Y4JA 4JPCA 5E5KA 5AH6A 5P6RA 5P82A 4HDPA 3OU4B 1GVTA 4F73A 1DPJA 3UQRA 3UDNA 2PSVA 3UDYA 4H3FA 3S53A 4DJXA 1W5WA 2PH8A 3PWMA 3LIQA 2R3TA 5UPJA 1W5YA 1D4JA 4J17A 2RENA 5HDVA 3KDCA 5P39A 5P8UA 5P4BA 4J0YA 4F75A 3OQAA 3LHGA 5P2MA 3R2FA 3PLLA 5P7OA 5IVSA 4CKUA 2VIZA 1PSAA 1MSMA 2AVVA 3T7QA 3SO9A 2V16C 2FNTA 3EL1A 5P5MA 3NDTA 5P68A 3NWXA 3BHEA 4R5NA 5P76A 2IKUA 1U8GA 3O9CA 3PI5A 5OZ6A 4Y4BA 3IXOA 3PSGA 2QNNA 4HVPA 5P4FA 3B80A 2IENA 2OHUA 3RTMA 2AVMA 5P3NA 4Y4UA 5P5YA 2V00A 5P57A 5OZ0A 5P29A 3SM1A 4ZEAA 4RYCA 1AIDA 5P80A 4CPXA 2FLEA 1J71A 2F80A 4ZSMA 4CPQA 5P41A 1CPIA 5P4JA 4Y47A 4YD6A 1HVHA 3EMYA 1HBVA 1CZIE 5P3CA 3L5CA 5P1VA 3PI0A 3QS1A 5P4MA 2I0DA 3HZCA 2BJUA 4YCTA 1GNMA 4IVTA 4CPSA 2B7FA 4Y5EA 1MVPA 2AZ8A 5ISJA 1BDLA 2G1YA 2PK6A 3DUYA 2OHRA 1DP5A 1PROA 2G21A 4DQCA 5P72A 2A4FA 5I3YA 5P8EA 3D1YA 5OYWA 2IS0A 5OYZA 5P8NA 1ZBGA 5JG1A 3TTPA 3T7XA 4Y5CA 1FQ8A 5P3BA 5P3YA 5OZZA 5P0AA 5C9DA 3SFCA 5P85A 3TKWA 1IDBA 3OHFA 2WEBA 1MT7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4APE A;  1KJG A;  4Y50 A;  3SA8 A;  4LP9 A;  5AH9 A;  1KJ7 A;  5P50 A;  5P6Q A;  4BEL A;  1D4K A;  2XFJ A;  2NTR A;  5P7M A;  5P0N A;  1FG6 C;  5P1A A;  5P33 A;  1HEF E;  1GVU A;  3S56 A;  5P3Z A;  2HIZ A;  5P25 A;  3I6O A;  3OXX A;  1APV E;  4Q1X A;  4RRS A;  3DK1 A;  3PLD A;  1ENT E;  1RPI A;  3VUC A;  1T7I A;  4L1A B;  2HC0 A;  3Q5H A;  4KUP A;  5P5Z A;  3SKG A;  4GMI A;  5P59 A;  5P7J A;  2QI5 A;  5P3G A;  5OZ3 A;  3OAD A;  2AOF A;  2ZHU A;  1MIQ A;  1KJF A;  1UPJ A;  3KT5 A;  1FQ7 A;  2V11 C;  1EPR E;  3ER3 E;  3B7V A;  4Y3H A;  2ZHR A;  3PWR A;  4EJ8 A;  5P5F A;  1UH8 A;  4PYV A;  3OTY A;  5P70 A;  1A8K A;  1KJ4 A;  5P5B A;  3UDK A;  3IAW A;  2QD8 A;  5P58 A;  4COE A;  1IIQ A;  2FS4 A;  1AXA A;  2WL0 A;  4F74 A;  2HPE A;  3SKF A;  1XN2 A;  2FMB A;  5P05 A;  5P1D A;  3OOT A;  2BKS A;  5OYS A;  3KDB A;  1M0B A;  1FMX A;  3OU4 A;  1NPW A;  5COO A;  9HVP A;  4N00 A;  4Y44 A;  5P5N A;  4Y3E A;  3PMU A;  5P5C A;  5DR0 A;  5P8J A;  4K4Q A;  4JOO A;  1B6M A;  3S7L A;  5P00 A;  2VS2 A;  5P4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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