3ST5A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with c3-substituted hexahydrocyclopentafuranyl urethane as p2-ligand, grl-0489a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of HIV-1 Protease Inhibitors with C3-Substituted Hexahydrocyclopentafuranyl Urethanes as P2-Ligands: Synthesis, Biological Evaluation, and Protein-Ligand X-ray Crystal Structure.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3st5A00
2ER0E 3PBZA 4Y57A 5KQZA 1YG9A 4Y4BA 2OHRA 3NXEA 5COOA 5P2XA 5P6WA 5OZGA 4Q1XA 1FEJC 5P7LA 1EC1A 3UFLA 5P3SA 3VUCA 3URJA 4Y50A 3TLHA 5P0BA 4OBHA 5P8LA 4CPRA 7HVPA 2V10C 5P2YA 3LINA 5P2CA 1AIDA 1FKNA 1LV1A 4J0PA 5P03A 3VYEA 1WBKA 2OHKA 5P8VA 4DQFA 2OHQA 1EPNE 4GIDA 2QMDA 5OZDA 2UY0A 3OQDA 5OYSA 1W6HA 3INFA 4ACXA 3CIDA 2Q11A 4KE1A 1HVSA 5I3VA 5P6AA 4OBZB 4Q1NA 5IE1A 4YA8A 4J1EA 1W50A 5I70A 5OZZA 4HLAA 7UPJA 1ZPKA 3UDYA 5JG1A 4ZSQA 3EL1A 1ZAPA 5P1QA 4I1CA 1AAQA 4FM8A 5P0IA 1E5OE 1BVGA 4WY1A 3ZL7A 2QI4A 5P1DA 3MWSA 5P1HA 3LPKA 3OUDB 4ZE6A 3WB4A 5P52A 3SACA 4RRNA 3FNUA 1J71A 4JOOA 5DR0A 5P1OA 5P6OA 2HPEA 3QRVA 5P7AA 1IBQA 4GJ8A 2QI1A 4D85A 2QI0A 5P13A 3H5BA 1YX9A 3EM3A 5P86A 3OQFA 3T3CA 4PPHA 4B70A 2NNKA 2IQGA 4GJ5A 1QBSA 3RTHA 4Y4UA 4ACUA 4EP2A 3KDDA 1FQ7A 1HTRB 2BB9A 2RMPA 4I8WA 3SM1A 2BKSA 1FG6C 1K1UA 1EAGA 3FX5A 2FXDA 5P27A 2B60A 3ER3E 3RU1A 3VSXA 4B1CA 5P4ZA 3PWRA 5P4AA 3PLLA 3ZKXA 4A6CA 5P7FA 3BVAA 5P6VA 4N00A 5P4PA 3D3TA 5HCOA 5P5DA 2CEJA 2Q3KA 2R3TA 4EJLA 4R8YA 4YBFA 5OZIA 5P2ZA 2ZJJA 3BRAA 2ER9E 3D1XA 3O9DA 5P5OA 5P6BA 5OZ9A 5P0HA 3LIQA 5P5NA 5P1XA 2MIPA 3PMUA 2G21A 3FNTA 4Y5CA 5OZPA 4B1DA 4J1CA 3T7PA 4Y54A 4Y3LA 3QRMA 5OZCA 2G26A 5OZ3A 1HVIA 2QHCA 3LZVA 4IVSA 3UDQA 2O4KA 5P88A 3CIBA 5P8NA 2ZHRA 5DR4A 2OHLA 2JJIA 3UQWA 1HVCA 2IKUA 1M0BA 5P4WA 1W51A 3Q5HA 1ZJ7A 3S43B 4Y4AA 1MEUA 2PYNA 2P3BB 4ER4E 5P3GA 4GJDA 3O9HA 4Q1WA 2FDEA 5P8DA 2G69A 5P89A 1LYBA 1Z8CA 4I10A 1GVUA 5P22A 3PRSA 4H3FA 1D4KA 4ZPEA 4EQ0A 2WKZA 2HB4A 2OF0A 3ER5E 3OU4B 3ZPSA 1NPVA 5OZLA 1M4HA 3DUYA 3K4VA 4Y45A 5P8TA 4MC6A 5P3DA 5IVTA 5P5CA 1ODYA 5P2IA 4FM6A 4NJVA 5P6MA 2OHNA 2ZHVA 5P7XA 4TRYA 3S8IA 5P2JA 1SDVA 5P2UA 5AH7A 4QGIA 2FMBA 3TL9A 5P2AA 1G0VA 5P8JA 1SIVA 1MPPA 3UHLA 4J0VA 4EQJA 1GVWA 5P4OA 4Y4XA 3OHHA 1T6GA 2J9JA 5P4QA 1YTJA 5P1WA 3VEUA 3OUCA 1VIKA 5P43A 3KT2A 2IL2A 5P7GA 2NR6A 3HBOA 3S54A 2AOCA 5P61A 4FM7A 1XDHA 5P34A 5P1TA 2PSUA 2WHHA 3EBZA 3KDCA 4LAPA 2R38A 1U8GA 5KR2A 5BS4A 1ZPAA 5P04A 9HVPA 4DVFA 2IDWA 2J9KA 5P45A 5P66A 1D4JA 1W5YA 2IS0A 1EPLE 5P1EA 3SA5A 1SGUA 3K5DA 2QMFA 3DK1A 4XXSA 5P5MA 3TOGA 4CP7A 5OZ4A 3OXVA 3BHEA 4YCYA 5P71A 2I4UA 5P7CA 1KJGA 3IAWA 2B8VA 3GI0A 2OHSA 4Y9WA 3FIVA 5P12A 3NUOA 4OBFA 1TW7A 2O4PA 4J1FA 5P1CA 2WF2A 5P20A 4DQHA 5OZ1A 4B72A 2ZJMA 1AXAA 4Y3GA 5P1SA 5P6EA 1HWRA 3O9GA 3IVIA 5P6TA 4F73A 4NJTA 3MSKA 3M9FA 5P57A 2AVMA 3BVBA 4DQGA 1FQ6A 3SA9A 2VNNA 5P7TA 1XN3A 1GVTA 5P4GA 1E80E 5P77A 1KJ4A 4D83A 2OHTA 2ZHTA 3Q3TA 4Q5MA 3EKVA 5HD0A 3L5FA 1W6IA 5DQ1A 4DI2A 2ZJIA 4XX4A 3OHFA 4Y3HA 5P6SA 2AZ8A 1DIFA 3K5GA 5P4YA 1IZHA 5P73A 4OBGA 4PYVA 4YBIA 3I6OA 5P8RA 5P05A 5P4VA 4DJUA 4AA9A 4Y4WA 4H3JA 4WTUA 2XFJA 3PEPA 2ZHSA 5P38A 2F81A 2FNTA 4Y3YA 3LITA 2WL0A 3OGPA 4HA5A 1MVPA 2OHUA 2AZ9A 4I0ZA 1NPAA 5P2NA 2QMPA 5P3XA 5P5RA 4TVHA 3QN8A 4EPJA 3OADA 2PSVA 3R0WA 3ZPUA 2PSGA 5P8UA 6APRE 5P3MA 5HU1A 5P15A 3SA7A 3TOFA 3PB5A 1IZIA 1HSIA 2PWRA 3U6AA 2ZYEA 1HVKA 2Q54A 3VLAA 1LF3A 3CYWA 4L7JA 2VIEA 1SMEA 4APRE 2QI3A 3GGAA 4GJ9A 4TVGA 1YTGA 2HS1A 3NDTA 5P2FA 1K2BA 5P76A 3S53A 4DV9A 5CLMA 2B42A 4J0TA 5P8AA 5P4NA 2QD6A 3L5CA 1N49A 4DUSA 3OU1A 1OHRA 1HTGA 2FDPA 1FB7A 5C9FA 3IXOA 3L38A 5P8OA 4M8XA 2IENA 1KZKA 1YTIA 3R0YA 5ENMA 4DJRA 3RSVA 5P7JA 1LZQA 5P1JA 5P62A 1E82E 5P2VA 4Y4GA 3UDJA 5OZ7A 1APTE 2QHYA 5OZUA 2P3AA 2BPZA 3IN3A 4D89A 2QNNA 3TPPA 5OZJA 1F34A 1MTBA 4YHQA 3TTPA 5DR7A 5OZRA 4I0HA 5P7OA 5P7MA 3S45A 3SFCA 5OZQA 5P42A 3QRSA 2V12C 2O4LA 5P1ZA 4ZLSA 5OYYA 5P19A 5P54A 3ST5A 4Y5KA 6UPJA 5P0QA 4Y5AA 5AHBA 2ZHUA 3SLZA 5P0FA 4NPUA 1HBVA 1A8KA 3MSLA 3S85A 3IXKA 2PK6A 3LNKA 5P3CA 1HSHA 3ZPTA 5P1AA 4QLHA 2NMZA 2WF3A 5P5JA 2NXDA 4UPJA 2BBBA 3OQKA 4J1HA 5P5PA 1LEEA 1SP5A 1QDMA 2PC0A 5SXNA 5P3IA 1HPVA 1C70A 5P1FA 5P56A 5P3NA 1W5WA 1FMBA 1IDAA 3UDNA 4OD9A 4H3IA 4GYEA 2ZJHA 1RL8A 1DPJA 4YCTA 3URLA 1XN2A 4JP9A 3KFPA 2O4NA 2F80A 3O9EA 5HDXA 2WJOA 5APRE 4DJYA 5KQFA 5P41A 2H6TA 3Q4BA 4K4QA 4K4RA 2FGUA 2VA5A 5P2KA 1OD1A 3HW1A 3L58A 1KJFA 2J9JB 3TOHA 3GW5A 2RKFA 4Y47A 4J17A 4NJUA 3K5FA 5P5AA 5P16A 1DAZC 3DOXA 4I12A 4YCKA 3VV8A 2FGVA 4Y43A 2VJ7A 2O40A 5OZOA 1W5XA 4QJ6A 3K4VC 3EL9A 1C6ZA 1MIQA 2G24A 4RYCA 5P70A 2I4VA 3PBDA 4FGXA 3HAUA 5OZEA 4Y53A 3UFNA 3SKFA 5P1MA 2ZJLA 5P7IA 4Y58A 3EKXA 4LXMA 3RSXA 5P6HA 1UH7A 3SPKA 3WSJA 3SA6A 1XE5A 2HC0A 3PMYA 1APVE 5P1KA 3WZ8A 1C6YA 5KQXA 5OZNA 4ER1E 1EPPE 1HPXA 3KM4A 1DMPA 4I8ZA 3R2FA 5I3WA 5P30A 4CPWA 4BFDA 5P60A 1A94A 2VS2A 3EKTA 3N3IA 5P3RA 5P2QA 4EP3A 2ASIA 3VCMA 3LPIA 3Q70A 5P75A 5P0SA 5DR3A 5OZ6A 1SGZA 5P3ZA 2QNQA 5P2BA 5P0UA 2O4SA 5P0OA 5P3LA 1BXOA 4ZPGA 5HCTA 2QZWA 1HIHA 2QZXA 1PROA 3TKGA 5P0LA 5P7NA 4Y5PA 5P7PA 3QPJA 5P2LA 3QI1A 1SBGA 3TH9A 4Y3ZA 5AHCA 1EPOE 3UTLA 2IGYA 4BFBA 8HVPA 1HVHA 3R4BA 5P6ZA 3KFNA 4R5NA 5P08A 1XL2A 3IGBA 4Y38A 1EC0A 3EKYA 5KR8A 3GI6A 3OADB 4MC9A 1ODWA 5P4TA 5P4HA 4Y3XA 4Y3MA 1GNMA 4Y3PA 3JVYA 1HTEA 4DJPA 1B5FA 2B7FA 4XX3A 5OYZA 4Z22A 3EKPA 3SO9A 1BIMA 2QHZA 4GJCA 3O9AA 5P6DA 3OQ7A 5P49A 5P5SA 1GVVA 3I8WA 2QU3A 3SABA 4LXAA 5P6XA 5P11A 2NXMA 1EPRE 4Y3FA 2P8HA 5OZMA 3OK9A 3K1WA 1LYWB 3BUFA 4FS4A 3T11A 1MRWA 4CPSA 4Y35A 2G27A 4FRKA 5P6YA 3NDUA 1EPME 5KOSA 3OU1B 3H0BA 3S7MA 1AJVA 4Y4DA 4Y4ZA 3NU5A 3CYXA 5OZAA 4HZTA 5P44A 3A2OA 5P5TA 1JLDA 5COPA 3MSJA 5P8HA 3OOZA 5P07A 4D88A 3U71A 2PWCA 4B77A 5P6PA 3BC4A 4QJ9A 5OYWA 1RPIA 1DW6C 5P5LA 4L7HA 5P6KA 1YT9A 1UH8A 5ISKA 1LYAA 2UXZA 1G35A 4X7IA 2OHPA 4L1AB 1D4IA 2G1OA 3PWWA 2NPHA 1NPWA 5EZXA 4QJAA 3JVWA 3NDWA 3L5BA 5OYTA 3S7LA 1HIIA 2I4DA 3BUGA 3L5DA 3MXDA 3UQUA 3NSHA 1EBKC 5P3EA 2VNMA 5P72A 5P68A 5P3BA 2RSPA 4Y3RA 3HD8A 5P5YA 5KR0A 5P8KA 1T3RA 4RVXA 1PPKE 4HDBA 2FXEA 4Y4TA 2JXRA 1A9MA 3QBFA 1PSOE 4R92A 5BWYA 5P46A 1YM2A 3OQAA 4OBKA 5OZBA 4U7QA 2AOIA 2UPJA 1G6LA 3UDPA 1PPME 4OD9B 1M43A 4ZSPA 3OTSA 2R8NA 2BPYA 1HEGE 5OZ8A 4DJOA 5P29A 3OU3A 4FLGA 5P0MA 1EEDP 4LXKA 3TKWA 3T7QA 2ZJNA 4Y5NA 4ZSMA 3VFAA 5P4IA 4GJBA 5P37A 3OY4A 2WECA 3ZKGA 2G94A 1K6PA 5P5VA 5IVQA 1FGCC 3D20A 1SIPA 2V13A 3EXOA 5P7ZA 5IVRA 5SY2A 1MT8A 5P7WA 1B6KA 5P1RA 5P1VA 4K8SA 1OEXA 2R5PA 5T4SA 5DGWA 3GGXA 5P7VA 2HS2A 2IRZA 2P3DA 1PSAA 4H3GA 5P64A 3DCRA 5P80A 1BILA 3LHGA 3TPRA 3ZMGA 1FQ4A 4Y6MA 4Y3EA 3U7SA 2VKMA 4Y3WA 2P3CA 4Y51A 4BEKA 4CPUA 3FSMA 5DPZA 3LZSA 3BXRA 3O9LA 3OXCA 5HDZA 1FFIC 5P58A 4I0GA 5OZSA 4KE0A 4GJ7A 1UPJA 4EHCA 1IZEA 1AJXA 4Y44A 1Z1RA 5HDVA 1TQFA 4YE3A 4QJ7A 4DJQA 4RYGA 5P3AA 1C6XA 3LZYA 2OAHA 3QAAA 1WKRA 3UDHA 5P81A 1YM4A 5SZ9A 1KJ7A 5KOQA 5P4KA 3HLOA 3HAWA 1ODXA 1T7IA 4DJWA 3APPA 5P7UA 4Y3DA 3F9QA 4KUPA 5P5BA 4CMSA 5P32A 4HE9A 1T7JA 2BJUA 5C9BA 3HVPA 3BUHA 1B6MA 4YD5A 3S2OA 3QBHA 5IVSA 5P0KA 1MESA 2G1YA 5P09A 3PVKA 5DQCA 4AMTA 5P1NA 5P7KA 2HPFA 5P7YA 1SDUA 1QBUA 5OZ5A 4YD6A 1QBRA 3OAGA 1BBSA 5OYRA 4NKKA 2HAHA 1EBWA 3IN4A 2VIYA 5E5JA 5DR8A 1SMRA 2Q15A 1MSMA 4H1EA 3IVHA 1IVPA 3BXSA 3O9FA 1FQ5A 5KAOA 2BPXA 3I25A 3L5EA 3TPJA 3ZKSA 4FAEA 4B78A 2QU2A 5P01A 4FIVA 1HSGA 2G1RA 2QP8A 4LHHA 5P0VA 4Y5BA 3D1YA 3VF3A 2QD7A 2QAKA 1BVEA 4FL8A 3PI0A 2BQVA 4B0QA 5P5FA 5P4MA 2I1AA 3WZ7A 5P8EA 3OUAA 1EC3A 5P3VA 3OU4A 1FQ8A 4HDFA 3LPJA 1QBTA 1GNOA 3PGIA 3AUPA 5P5EA 1PFZA 3CMSA 4Y3JA 2QNPA 3GI4A 5P4RA 4JECA 5HDUA 2F3FA 3DV1A 3B80A 5F01A 4CPQA 1AVFA 4OBJA 4DFGA 5P1UA 4RLDA 4EYRA 1XS7D 4CKUA 4B1EA 4JPCA 1T6EX 1MTRA 1DP5A 2ZDZA 5P0JA 3VSWA 5I3YA 5OYUA 5FIVA 5P6NA 2HM1A 4NJSA 5HE5A 5P0RA 3SM2A 3NWXA 5P3JA 5DQ5A 5P5WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER0 E;  3PBZ A;  4Y57 A;  5KQZ A;  1YG9 A;  4Y4B A;  2OHR A;  3NXE A;  5COO A;  5P2X A;  5P6W A;  5OZG A;  4Q1X A;  1FEJ C;  5P7L A;  1EC1 A;  3UFL A;  5P3S A;  3VUC A;  3URJ A;  4Y50 A;  3TLH A;  5P0B A;  4OBH A;  5P8L A;  4CPR A;  7HVP A;  2V10 C;  5P2Y A;  3LIN A;  5P2C A;  1AID A;  1FKN A;  1LV1 A;  4J0P A;  5P03 A;  3VYE A;  1WBK A;  2OHK A;  5P8V A;  4DQF A;  2OHQ A;  1EPN E;  4GID A;  2QMD A;  5OZD A;  2UY0 A;  3OQD A;  5OYS A;  1W6H A;  3INF A;  4ACX A;  3CID A;  2Q11 A;  4KE1 A;  1HVS A;  5I3V A;  5P6A A;  4OBZ B;  4Q1N A;  5IE1 A;  4YA8 A;  4J1E A;  1W50 A;  5I70 A;  5OZZ A;  4HLA A;  7UPJ A;  1ZPK A;  3UDY A;  5JG1 A;  4ZSQ A;  3EL1 A;  1ZAP A;  5P1Q A;  4I1C A;  1AAQ A;  4FM8 A;  5P0I A;  1E5O E;  1BVG A;  4WY1 A;  3ZL7 A;  2QI4 A;  5P1D A;  3MWS A;  5P1H A;  3LPK A;  3OUD B;  4ZE6 A;  3WB4 A;  5P52 A;  3SAC A;  4RRN A;  3FNU A;  1J71 A;  4JOO A;  5DR0 A;  5P1O A;  5P6O A;  2HPE A;  3QRV A;  5P7A A;  1IBQ A;  4GJ8 A;  2QI1 A;  4D85 A;  2QI0 A;  5P13 A;  3H5B A;  1YX9 A;  3EM3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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