3TH9A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant q7k v32i l63i with a cyclic sulfonamide inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design, Synthesis, and X-ray Crystallographic Analysis of a Novel Class of HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 lw12.3 isolate
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3th9A00
5P5RA 3LZUA 2WEZA 5DR3A 3DCKA 5P6SA 3VFAA 2IKOA 1IBQA 2BKSA 4N00A 4AMTA 1SGUA 1W5XA 4WTUA 1OEXA 4RGHA 4Y3FA 5P2BA 7HVPA 5OZLA 1UH9A 3GI6A 1N49A 5F01A 5EZXA 5OZBA 2P4JA 5OYXA 5P3RA 1B5FB 4MC2A 3KMYA 5P0TA 2G26A 4ZIPA 3IN3A 4I0EA 2AOEA 3Q3TA 4LP9A 5T4SA 1IZDA 2NR6A 3EC0A 5P76A 5OYYA 3UPJA 5P01A 5P6IA 3MWSA 1K2CA 2HAHA 1HSHA 4GJ7A 5P25A 3IXJA 2Z54A 1YM4A 5BWYA 1SDUA 1A8KA 4EWOA 3PBZA 1AAQA 4Y5PA 5P8HA 1HVRA 5P4ZA 5E5JA 3FIVA 4Y3YA 3OU4A 2BPVA 3EKQA 3LPKA 3Q4BA 4X2LA 5OYUA 2PWCA 4I0JA 5SY2A 5P8KA 3SACA 1EBKC 5P7GA 5COPA 5P6YA 3UFNA 4FLGA 3DV1A 5DQCA 5P43A 3VYFA 2A1EA 4DJVA 2HS2A 5P4PA 5P2DA 1MT8A 2NXDA 5P35A 3PMUA 5P4NA 5HU0A 1FF0C 3OQFA 1IVQA 1LEEA 4Y4BA 3APRE 1HVSA 3ZMGA 5KOQA 1GNOA 3S45A 3ECGA 1VIKA 5P7PA 3OUCA 3OXVA 1TW7A 5P2TA 2RSPA 4YBIA 5I3WA 3OXXA 4Y54A 5P3MA 1G2KA 2P8HA 2RENA 3TPJA 3NWXA 3QBFA 5OZRA 4U8WA 5P47A 3OGQA 1D4IA 4E43A 3C9XA 5P1WA 5P3CA 4L7JA 2NNPA 3ZPUA 1EPRE 2QMDA 5P3SA 3UDJA 5P0DA 4Y58A 4H3IA 2VIJA 2AOCA 3GGVA 4EXHA 4NPUA 5P7CA 4B70A 2QK5A 4Y3RA 2OAHA 2V00A 3K5FA 3NUOA 4OBJA 1SMEA 3S2OA 4DJQA 5P4KA 5P3LA 1MT9A 5P2NA 2FGVA 5P40A 5OZKA 1Z1RA 5P62A 5OZIA 2IGXA 3PHVA 4B1CA 2MIPA 1ODXA 1QDMA 3CIDA 5P8JA 5OZSA 1A8GA 3LZVA 3INDA 5P2YA 3NXNA 1HVLA 4D88A 2VJ6A 4ZSRA 1ER8E 2QZXA 5P4BA 4YD3A 4A4QA 3QPJA 3ZL7A 5OZ6A 2QI0A 3OK9A 3WSJA 4GIDA 1NPWA 3LITA 1WBKA 5P7QA 4Z2ZA 3ZPTA 3T7XA 2ZJMA 3ZOVA 5P8VA 5OZCA 4B1EA 1RV7A 3EKYA 4Y50A 2VA6A 1EPOE 1D4LA 2Q54A 5P1NA 1LF2A 3EKPA 3VV7A 2G94A 1SP5A 2IKUA 3L5BA 3BUFA 3LPJA 4FSEA 3U71A 4WY6A 5P53A 5P6DA 1FIVA 1W6HA 3OUAA 1MSMA 5P3VA 3URLA 2O4SA 1LYBB 2WF3A 4I0GA 1G35A 2ANLA 2NMZA 3UQXA 3O9FA 2PK5A 1ZP8A 4YBFA 5IVTA 3SLZA 2ZGAA 3D1ZA 1EAGA 3SA3A 4H1EA 3LPIA 2G22A 5HVPA 5KQZA 1FMBA 4ACXA 5C9DA 5P2QA 3SQFA 4H3FA 3QRVA 2PSVA 5I3XA 1RPIA 2QD7A 3ER3E 4DUSA 2HPEA 4Y37A 1FQ8A 3IA9A 3OQ7A 3UQUA 3OXWA 3SA6A 5P2FA 1NPAA 5P4HA 4Y35A 3SFCA 2QI1A 5P3HA 4TRWA 4QJAA 2QI3A 5P28A 3PWMA 1MUIA 4L7HA 2V11C 4IVSA 5DR1A 1WKRA 3O9DA 3B7VA 1PFZA 2F3EA 1T7IA 1XDHA 3D3TA 4U7QA 1EPPE 2PYMA 5P67A 3UDNA 4BFBA 2OHQA 5P55A 1W51A 1SIVA 2OF0A 1K6TA 5P42A 5P8EA 3TLHA 5P4OA 2P3BB 5AHBA 5P5UA 2QMPA 4YD5A 5P3QA 3ER5E 5P5LA 3IGBA 5P5SA 4Y5CA 1HSIA 4KUPA 2RKGA 4Q1YA 2IDWA 3FV3A 5P45A 5P4SA 3UDYA 1GVWA 1BVEA 5P74A 1TSQA 2XFKA 2G27A 1LYAB 1FMXA 5P7LA 5P1XA 3AIDA 3UQWA 5HU1A 4Y5LA 5P77A 3L3AA 2FGUA 3QRMA 5P4DA 5P32A 4OD9A 2JXRA 5P73A 5P6UA 3B80A 5P6KA 4DPIA 3N3IA 1DPJA 5AH8A 3NU9A 5OZAA 5P3PA 3KA2A 3GW5A 2FXDA 3CIBA 3BVAA 2JJJA 1BAIA 5HDZA 4J1IA 4Y3LA 1EBWA 4EQJA 1BDLA 5P2ZA 1D4YA 5P0KA 5P7BA 4EJDA 4J1KA 4RVJA 1HIIA 4ZSMA 3GI4A 5HE5A 3NXEA 4Y47A 5P0NA 4EHCA 1HEGE 5OZTA 5P4LA 5P7IA 1F34A 4RVIA 5BS4A 4QJ8A 2G1NA 5P13A 4GJAA 3OAGB 3NYGA 3VG1A 1HTGA 5DQ4A 3FSMA 3CMSA 3OGPA 3NDUA 4F74A 3SM1A 2WF2A 3VLAA 5P6WA 1FG8C 9HVPA 3QRSA 3NLSA 5P64A 2QAKA 5P2JA 5P2EA 1AXAA 1HIVA 5JG1A 2J9KA 3NU4A 4GJ6A 2HIZA 5P4RA 1HPOA 3LIQA 2FMBA 1W5YA 1B6JA 4DQFA 3OADB 5P0FA 1WBMA 5P5BA 4MC9A 4R5NA 3FNTA 3H5BA 6UPJA 3CKTA 2H6SA 4YD4A 3PCZA 1PPKE 5OYWA 5OZ3A 4OBDA 4S1GA 2WF4A 5P33A 1OD1A 5P5WA 2BJUA 5P08A 1HXBA 3LZYA 4JOOA 1ZLFA 1QBSA 4CPXA 2ZJJA 1Z1HA 4H3GA 4RCEA 3PSGA 1HVKA 3ST5A 4XX3A 4NJSA 5P2VA 3VYEA 2CEJA 1MRWA 5P29A 2AVSA 4A6CA 5I3YA 5HTZA 4Y5NA 2IENA 4LL3A 5P8PA 5OZUA 5P4YA 4KB9A 5PEPA 4ZPGA 2B7ZA 1EBZA 2P83A 4TRZA 3URIA 6FIVA 5P5JA 5P60A 1EC3A 1FG6C 2ZHTA 1EEDP 3U6AA 3KFSA 1NPVA 3R0YA 1U8GA 3ZLQA 3HAUA 3NSHA 3IAWA 3GI5A 4R8YA 4CPTA 4D83A 2WKZA 1K6CA 3PLLA 4HDFA 5P5EA 4FRKA 4NPTA 5P14A 5P1RA 1T7KA 4J0YA 1FEJC 5P50A 3OUDA 4Y4JA 5OZ1A 3NU6A 2ER0E 5P2UA 4K8SA 2CEMA 3I2LA 5P02A 5P05A 5P30A 4R95A 1CPIA 1TCWA 2ER9E 1UH8A 4GB2A 5DR4A 3WB4A 3TOFA 5P5YA 5P3OA 4LXKA 5P12A 4RLDA 3CYWA 5P41A 2AOFA 1GVUA 5P0SA 5P6JA 5P7FA 3TPPA 4J54A 1MEUA 2B42A 4FM7A 3UTLA 5P8FA 2QU3A 4Y4UA 1AM5A 5OYRA 4YDGA 1EPQE 3PGIA 5P7XA 5P6BA 5P6MA 3CICA 3U7SA 5P4JA 1AJVA 1YT9A 3SA8A 4GJ9A 3TL9A 1MPPA 3EMYA 4FL8A 3O9AA 4HDBA 1FGCC 5P3YA 3DK1A 3JVWA 4Y51A 1IVPA 1QRPE 5P66A 5P68A 1EPME 3KFPA 5P8RA 5P6FA 5IVQA 5OZ8A 5ER1E 4MC1A 3NDXA 4I11A 5P8IA 3K5CA 1CZIE 3BRAA 1FQXA 3VF5A 5P2RA 4B78A 1T3RA 4AA8A 3SO9A 2O4KA 3D1YA 1F7AA 3G70A 5CONA 1BIMA 2QHCA 4Y3SA 4YHQA 4PZXA 1HBVA 5P6CA 1ZPKA 5HCOA 5P1FA 3MSJA 5HE4A 4LC7A 1GNNA 4ZSPA 3VYDA 2QHYA 3ZKXA 1DP5A 2UPJA 4A6BA 3UF3A 4DQHA 1UH7A 4F73A 5P7TA 2V10C 5P4FA 3O9IA 1EC0A 5KR0A 1T6GA 4D8CA 5P3DA 1B6LA 3KN0A 5P2IA 2JYSA 4J1EA 1B6KA 3HBOA 3S54A 4DH6A 4JECA 1YX9A 2PWRA 5P1GA 4YCYA 5DPZA 3KDBA 2BKTA 2HB4A 3I25A 4GJ8A 3GGUA 3T6IA 4CPQA 1JLDA 5P1UA 1FLHA 3VLBA 5EZZA 3VV8A 1TSUA 2HB2A 5P0HA 5P1DA 2AVVA 4RCFA 4FRSA 5P7ZA 3ZKSA 5KOSA 4PHVA 2R8NA 5P0RA 4NJTA 4HA5A 1QBTA 3R2FA 5P6LA 3OU4B 4FCOA 4Y3AA 5P1TA 3PEPA 4CKUA 5P8LA 5P6QA 3PB5A 2PMAA 2J9JA 1G6LA 4Y3HA 2ER6E 5P78A 3O9GA 4EXGA 1AJXA 4XKXA 3Q6YA 3O9CA 5P48A 1MESA 3TH9A 4OBZA 4I8ZA 2B7FA 4YDFA 2I0AA 5P4XA 1GKTA 5P7YA 3OY4A 5P8DA 1XN3A 3TOGA 2P3AA 1PSAA 4CMSA 4DQEA 4J0ZA 4TVHA 3WB5A 2PQZA 5P3KA 3L5CA 4DJXA 4NJUA 1DMPA 5OZFA 4R93A 3VF7A 4Y3ZA 4Y3QA 5P5NA 3UQPA 5J25A 1MVPA 3M9FA 3LINA 1C6YA 3PJ6A 3ZKIA 2A4FA 4J5JA 3QAAA 1LS5A 5P7DA 5JFPA 4D85A 2HPFA 1HTFA 4CPSA 5I70A 3JW2A 4ER4E 5P2CA 2ZJKA 5SY3A 2UXZA 3CKPA 3D20A 2XYEA 4L6BA 2QHZA 1M43A 3OHHA 3PBDA 3ZKQA 3CKRA 4LXMA 5I3VA 5P7KA 5OYZA 4JPEA 1FMUA 2R38A 5HE7A 2ZYEA 4YD7A 5P5FA 3S53A 4Y5KA 5P1QA 3SA5A 4UPJA 2BPXA 5P0QA 5P59A 5P83A 6APRE 3UQRA 4DVFA 5P6GA 4H3JA 1APTE 4HDPA 5P0IA 5P87A 5P8AA 3S43A 2I0DA 4Y3EA 4J55A 2AVQA 4I1CA 2NNKA 5P16A 3PRSA 3VFBA 2ZJNA 1KJFA 4J1HA 5P51A 3OUBA 5P4QA 5P5AA 5P15A 2O40A 5OZDA 2BQVA 2VNNA 4Y4WA 2ZDZA 3UDPA 4Y45A 5AH6A 2I4UA 4DFGA 5P03A 5C9BA 1FFFC 2ASIA 3O9BA 1W6IA 4DPFA 4EYRA 3OQAA 5P3FA 2Q15A 5APRE 4OBHA 5P5PA 2PYNA 1EBYA 3Q5HA 5P7OA 5P82A 2PK6A 3INFA 4WY1A 3T7PA 5P1JA 4HZTA 2OHTA 5P0ZA 1XN2A 4AA9A 2H6TA 4EJKA 1ZAPA 2RMPA 4YE3A 1DW6C 5P1LA 1G0VA 1KJ7A 5P7UA 4JP9A 5P6OA 5ISKA 4J1FA 3KDCA 5P5DA 2BPZA 4J0VA 4DJPA 3O9LA 5P09A 5P0JA 2VIEA 3NDTA 5P71A 5P2LA 2Q64A 5P86A 4L7GA 1IZIA 5OZYA 3EKWA 2ZE1A 3I7EA 1RQ9A 1K6PA 5BRYA 3R0WA 5P0LA 3SA9A 1A30A 5P2SA 2V12C 5OZWA 2B8LA 4DJUA 4ZSQA 3BXRA 4Y6MA 4ER1E 1APVE 5P4VA 1GNMA 3QI1A 5P0VA 2F80A 4YCTA 3GGXA 5P7NA 2UY0A 5P5IA 2IQGA 5SZ9A 4Y4DA 5P1IA 5P39A 2VNMA 1FQ4A 1W5VA 4HEGA 1BWBA 5P19A 2SAMA 5P7JA 3QROA 3RU1A 1ZTZA 5P0OA 1OEWA 2VA5A 2IEOA 1ZSRA 3BC4A 5P3BA 4GMIA 5COKA 4Y38A 4APEA 2G1SA 4QJ9A 3GGAA 4RCDA 4B77A 4EPJA 4TRYA 3L58A 3EL9A 1BDRA 5P7MA 1C6ZA 4LHHA 4OBGA 2P3CA 5KQYA 4OD9B 1FFIC 1HIHA 4B05A 3L59A 5KR2A 1ODWA 1FKNA 2PH8A 5P8MA 5P37A 5P2WA 4Y41A 3OOTA 5P6ZA 2AVMA 1HTRB 2WHHA 5JFUA 4Q5MA 4Z22A 3KM4A 5KAOA 2AVOA 3TPRA 2OHSA 4PYVA 4Y3WA 3KMXA 2B8VA 3N4LA 1EC2A 1W50A 5P3JA 2FNSA 1HPVA 2AODA 5P2HA 3FX5A 3SAAA 5HDUA 2QZWA 5P72A 5P8GA 2OHRA 3QS1A 5B18A 4OC6A 5P6AA 8HVPA 1D4JA 5SXNA 5P69A 2ZJLA 5OZ4A 5P88A 2NTRA 3EL4A 4Y53A 1QBRA 5HDXA 5AHCA 4KE0A 5P7VA 1K1TA 1SDVA 5P8QA 1MSNA 2ZHUA 4RYGA 1FQ6A 3OHFA 5P06A 3VUCA 5DQ1A 1IZHA 5P1BA 3RSVA 3UDRA 4L1AB 3NDWA 4Y4XA 3HDKA 3PI5A 4ZPEA 2VJ7A 4B0QA 4Y5EA 4NJVA 1LF3A 4Q1XA 3L38A 3QVIA 4DQBA 5P58A 5OZ2A 2Q11A 5P4CA 3URJA 1YTGA 5P4IA 5P0WA 3K4VC 5P8SA 5P0BA 5P6TA 3RSXA 1SMRA 5P1PA 5P3AA 2OHPA 3DV5A 4Y3MA 5P61A 4K4QA 3TKWA 3KF0A 4EQ0A 3MSLA 2QNQA 3UFLA 1KJHA 5P5XA 3OOZA 5DGWA 3OU3A 1D4SA 4U7VA 2WJOA 1KZKA 3DJKA 3TKGA 1SBGA 4DQGA 1HHPA 3PM4A 3NUJA 3SKGA 3EL5A 3BUGA 1MTBA 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5R A;  3LZU A;  2WEZ A;  5DR3 A;  3DCK A;  5P6S A;  3VFA A;  2IKO A;  1IBQ A;  2BKS A;  4N00 A;  4AMT A;  1SGU A;  1W5X A;  4WTU A;  1OEX A;  4RGH A;  4Y3F A;  5P2B A;  7HVP A;  5OZL A;  1UH9 A;  3GI6 A;  1N49 A;  5F01 A;  5EZX A;  5OZB A;  2P4J A;  5OYX A;  5P3R A;  1B5F B;  4MC2 A;  3KMY A;  5P0T A;  2G26 A;  4ZIP A;  3IN3 A;  4I0E A;  2AOE A;  3Q3T A;  4LP9 A;  5T4S A;  1IZD A;  2NR6 A;  3EC0 A;  5P76 A;  5OYY A;  3UPJ A;  5P01 A;  5P6I A;  3MWS A;  1K2C A;  2HAH A;  1HSH A;  4GJ7 A;  5P25 A;  3IXJ A;  2Z54 A;  1YM4 A;  5BWY A;  1SDU A;  1A8K A;  4EWO A;  3PBZ A;  1AAQ A;  4Y5P A;  5P8H A;  1HVR A;  5P4Z A;  5E5J A;  3FIV A;  4Y3Y A;  3OU4 A;  2BPV A;  3EKQ A;  3LPK A;  3Q4B A;  4X2L A;  5OYU A;  2PWC A;  4I0J A;  5SY2 A;  5P8K A;  3SAC A;  1EBK C;  5P7G A;  5COP A;  5P6Y A;  3UFN A;  4FLG A;  3DV1 A;  5DQC A;  5P43 A;  3VYF A;  2A1E A;  4DJV A;  2HS2 A;  5P4P A;  5P2D A;  1MT8 A;  2NXD A;  5P35 A;  3PMU A;  5P4N A;  5HU0 A;  1FF0 C;  3OQF A;  1IVQ A;  1LEE A;  4Y4B A;  3APR E;  1HVS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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