3TKGA

Crystal structure of hiv model protease precursor/saquinavir complex
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
103
structure length
103
Chain Sequence
SFNFPQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Terminal interface conformations modulate dimer stability prior to amino terminal autoprocessing of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 103
sequence length 103
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tkgA00
5OZTA 5P0OA 5P2CA 5OZ4A 4KB9A 1FMBA 4RVJA 1LV1A 3SM1A 5P1OA 2WECA 3SA7A 1SDVA 1HIIA 4FRKA 5P19A 3LPJA 3INDA 3S53A 5P6IA 3UQXA 2ZHRA 2NXDA 3VF3A 2HB2A 3APRE 3KN0A 5P7HA 3NU5A 1XL2A 3K5CA 4DI2A 5KQZA 2G24A 4CPQA 5EZXA 5P5WA 3BXSA 5P5ZA 5P7XA 5P6ZA 3EL5A 4Q1XA 2FGUA 4Z2ZA 4K9HA 4QJ9A 3NR6A 1BDQA 1QBUA 1AM5A 2IRZA 2NNKA 3L59A 3AUPA 3OAGA 3URLA 1QBSA 5OYQA 3TKGA 3LINA 2QNQA 3PM4A 5CLMA 5P6LA 1FQ6A 4Y6MA 2O4LA 2QI4A 3NSHA 5P89A 1T6GA 1GNNA 3OU1B 5P8MA 5P4SA 4LAPA 2UY0A 2ZJKA 2G1YA 3SA3A 3HBOA 3INHA 5KR2A 4CPXA 5P2DA 2QMDA 1SDUA 2PMAA 3EKWA 5P5RA 4YD6A 1FF0C 5P72A 5C9DA 3PWMA 5P51A 1MRWA 2B8LA 4GMIA 1KJ4A 5P2TA 1AVFA 5P65A 1AJXA 5ER1E 5DQCA 1SGUA 1YTIA 3FV3A 2VJ6A 3PI0A 4RZ1A 3QS1A 5P6BA 3IXJA 4ER2E 4B00A 4ZIPA 2WF1A 2RKGA 3GI4A 1TCXA 3T3CA 5P3YA 1ZTZA 4Y35A 2B7ZA 1LF3A 4TVGA 1HHPA 1E5OE 4E43A 3O9LA 1TW7A 5P5UA 3T6IA 2OHQA 4J1HA 5AHBA 5P8IA 2HPEA 1RPIA 2VA7A 3GGUA 5APRE 5P2IA 4Y4XA 1HOSA 1EPLE 2IGXA 4Y3DA 2ZHVA 1HVLA 3QBHA 3ZOVA 1LF4A 1BVEA 3PMUA 4ZSRA 2BPVA 5OZ6A 5P6NA 3O9AA 4YBFA 2O40A 2QNPA 4J0VA 2V16C 3EBZA 3K4VA 4Y3YA 4DUSA 4K4QA 5DR3A 4ER1E 1HWRA 5P2SA 5P5IA 4YCKA 5P0SA 5P4DA 5P75A 1HIVA 1LYWA 1HXBA 5P8CA 3G70A 3NYGA 1GVXA 1DPJA 3D91A 3PLDA 3PGIA 5P01A 2FXDA 5P1FA 3UDNA 2AVMA 5P0XA 5KQFA 2QZXA 5PEPA 3O9CA 3KYRA 4KE0A 2P3BA 4Y9WA 3QROA 5P7WA 3IA9A 2PK5A 5P3QA 4EJKA 3UQPA 1YG9A 5P3GA 4DPIA 3O9GA 1LYWB 5P7BA 2XFIA 2OHTA 5ER2E 1GVUA 3NLSA 3IN4A 3S2OA 5P0MA 5P5OA 4HE9A 4UPJA 3GI6A 1ZAPA 4J0PA 5DPZA 5P1HA 5P29A 3TOFA 5P3EA 5P7LA 4Y3NA 3NXNA 3DM6A 5P3NA 4CPRA 5P69A 5JFUA 3WZ7A 5OZ3A 4HDBA 1APUE 5P11A 3IVIA 1BWBA 2WEAA 1WBKA 3A2OA 2I4DA 2AZ9A 4Y5NA 1HTEA 3OQDA 5P0HA 5OZWA 4IVSA 2EWYA 1SIPA 4RGHA 5P5AA 1IZDA 2RKFA 5P6OA 1A30A 3L58A 1APTE 1YTHA 2ZGAA 3RTMA 1LEEA 2JXRA 1BBSA 4WTUA 4OC6A 9HVPA 1U8GA 5P2XA 1EPNE 1MVPA 2WJOA 2BPZA 3WB4A 2V11C 3QI1A 5IVSA 4X2LA 4GZFA 2OHNA 3BUFA 2PQZA 3HD8A 1B6LA 2WKZA 2WF0A 2Q5KA 1B5FA 4YDGA 4Y53A 5P2GA 1NPVA 4FE6A 3KFRA 5P7GA 5P6RA 5P6KA 4R95A 5ISKA 3RU1A 1HTGA 5P5KA 5P7TA 3TKWA 3UQUA 5P5MA 5P5LA 1MERA 4EXGA 5P04A 4DQHA 1PSOE 4Y58A 1HVRA 3O99A 3PHVA 2G21A 2FNSA 5OZJA 2PH6A 4EJLA 5B18A 1ZBGA 3QVCA 4Y38A 5P2OA 3CICA 4FRSA 2IGYA 4Y3JA 5P5VA 3TNEA 4R91A 5P4KA 2CENA 1A9MA 3I2LA 5P3KA 5OZEA 5AGZA 4R8YA 3MWSA 2NMYA 2ZYEA 5P70A 2P3AA 5P8JA 1K6CA 2OHKA 1FFFC 4DQFA 5DGWA 5OZHA 4XXSA 2PWRA 3OUDA 4ZLSA 1D4HA 1FGCC 5P8QA 1HVKA 5P0FA 1XS7D 4GB2A 3OXXA 8HVPA 5P6TA 3F9QA 3VV6A 4COEA 5OYVA 2AOFA 2QD8A 4YHQA 5P1NA 5P6GA 5P7IA 4MC1A 1B6KA 1HRNA 4S1GA 5P1LA 3TH9A 5P86A 3BXRA 2VIEA 2OHSA 2ZHUA 1B6MA 2I4VA 4J17A 1PFZA 3OQFA 2ZE1A 2VIYA 4J1EA 4CKUA 5P0IA 5P7SA 5HE5A 1EBWA 3OGQA 2SAMA 5HDZA 5P46A 1HEGE 3QN8A 4D89A 3NWQA 5P2MA 3PBDA 3LIZA 3G6ZA 5P8NA 2OF0A 4RVXA 3MXEA 4YCTA 4L1AA 5AH9A 3TPJA 3K5DA 5P6JA 4K4RA 1EAGA 5P2RA 3NU3A 2PH8A 3L3AA 1LS5A 2BB9A 3UTLA 3MSJA 4OD9A 1EC0A 3VV7A 3FKTA 2QD6A 2V12C 1MESA 3U71A 1FMUA 5P26A 3KT5A 4NJSA 3D1XA 3PBZA 4OBZB 5P1DA 5P63A 2G26A 5P2YA 3EL1A 4YA8A 1SMRA 2F3EA 4BFDA 4DJXA 5P79A 1SH9A 3FX5A 5P4WA 3S45A 4YE3A 4NJTA 5P3WA 4GJAA 3NUJA 3OHFA 5OZXA 7UPJA 3D20A 5P2WA 4F76A 1APWE 4H3GA 3CMSA 4Y3RA 1MT9A 3HZCA 5HCTA 4A4QA 4Y3ZA 1FB7A 5P7PA 1HVSA 1T7KA 5P12A 1A94A 1XN3A 5JFPA 1CPIA 5DQ1A 4Y3LA 4EJDA 2NNPA 5P3RA 3HAUA 4LL3A 5P5CA 2Q64A 3TPRA 3UQWA 5P3BA 1W5WA 3UDMA 4Y3MA 1BXQA 4D83A 3K4VC 5HDVA 1GVWA 3D1ZA 4PYVA 4L7HA 3BVBA 2PSGA 1XL5A 4RYGA 4XKXA 3ZLQA 1FEJC 2AVSA 3SA5A 3APPA 4J0TA 5IVTA 5P7OA 4FS4A 1PROA 4Y43A 3SAAA 4HLAA 4U7VA 4Y5GA 5P38A 5P8EA 3CIDA 5P0JA 1QBTA 4GJ6A 2BBBA 3LITA 5P6WA 5HD0A 3TPPA 4FRIA 3KDDA 3L5CA 5P0LA 5KQYA 5P7DA 4XX4A 4B0QA 5BWYA 3H5BA 3G72A 2HAHA 3R2FA 4ZSMA 5P10A 2APRA 4XX3A 1EEDP 5P0RA 2P4JA 4Y4UA 4I0ZA 4Y4WA 5P13A 4JECA 5P4PA 4DFGA 1PSNA 2ZJLA 4GIDA 1KZKA 1HSHA 1Q9PA 2A1EA 3KFSA 3EKQA 4Y44A 4WY6A 5P2HA 3KFNA 5P5GA 4FM6A 1MT8A 1DIFA 5P4NA 4NJUA 3NDTA 1MIQA 1HIHA 2PSUA 3BVAA 1BDLA 5P07A 4EQJA 3UFLA 5P8HA 1SMEA 4RVIA 3NU4A 2NTRA 4L7GA 3LIXA 3LPKA 3UDQA 3I25A 1D4IA 4Y3HA 2H6TA 4Y4JA 4RRSA 1T6EX 1K1TA 1FQXA 4OBKA 2B8VA 5P0UA 5P82A 5UPJA 4APEA 5P1TA 2ER9E 3MXDA 3B80A 3DCRA 3VUCA 5OZPA 5HU1A 5OZGA 3PSGA 3OXVA 4H3IA 3OU1A 3LNKA 2AZ8A 2QMFA 2I4WA 1UH7A 3HVGA 4AA8A 1IBQA 2O4KA 4I1CA 5P7VA 5P5TA 4HEGA 4Y3WA 4CPSA 2FGVA 4FLGA 4U8WA 1MTRA 5P0CA 5P3CA 5F01A 1TQFA 5OZBA 5P5DA 4Y3TA 3EKYA 3GGAA 2WHHA 1KJHA 1HVJA 5P02A 4OBJA 3KFPA 5P1KA 4DJVA 2G20A 3LZUA 1MT7A 2AOEA 5P7JA 1QS8A 5HVPA 1MSMA 1YX9A 4FRJA 1HBVA 4EP2A 5P66A 4FAFA 2I4QA 1FG6C 3PB5A 1XE6A 2B42A 3OADB 3N3IA 2G1RA 4NJVA 5P4IA 3UDHA 4Y41A 5IE1A 4Y4GA 4GJ8A 5P58A 1AIDA 1HEFE 4AMTA 5JG1A 3ZMGA 5KR0A 3VF5A 3EL9A 4KUPA 2Q55A 5P3DA 1D4JA 5P4EA 3NWXA 4I8ZA 1ODWA 3GI5A 5P80A 1ME6A 3BGBA 4Y5PA 5P3MA 5OZSA 3VSWA 1YTGA 3DOXA 5P2NA 3DK1A 3QRMA 4Y37A 3S43A 4Y5EA 1IZEA 3EM4A 5P0EA 1C6YA 5P1YA 5P4XA 1EBZA 5P53A 3UQRA 5BRYA 4N00A 4YD4A 5OZ9A 5ENKA 2QHCA 4I0GA 4F75A 4RRNA 3EKTA 5P8GA 3UDRA 1D4LA 2FMBA 1LYBA 2HM1A 3L5DA 3UDJA 4APRE 1RNEA 4H1EA 3Q6YA 5P17A 5P1RA 4RYCA 3IAWA 3S43B 2FXEA 2V13A 3VSXA 1Z1HA 3LZSA 1K6PA 5P3AA 2QU3A 3PCWA 2F80A 1EBKC 1FG8C 1EPME 4K8SA 2AOGA 2FNTA 1LYBB 5FIVA 4EPJA 1PPKE 3U7SA 3OQKA 4DJQA 1MPPA 2H6SA 3R4BA 5HDXA 5T4SA 4FM8A 3BC4A 6APRE 1QRPE 2J9JB 3ER5E 2B60A 5AHAA 4I8WA 5P2BA 5COPA 1EC2A 4Y45A 3JVWA 1FQ4A 5OZUA 5P0YA 4FAEA 4H3FA 4D88A 1ZSFA 1ZPAA 2G1OA 2QI7A 5P0BA 4PZWA 5P33A 3NDWA 5P6XA 1RQ9A 3OOZA 2AZBA 4QJ2A 3SO9A 4Y4TA 1M0BA 1B11A 1FMXA 2FDEA 5HE4A 4B1EA 1XN2A 2CEJA 5OZ8A 1G6LA 1EC1A 3PVKA 4BFBA 5P83A 1A8KA 3D3TA 2IQGA 4B1CA 4Y5KA 4MC9A 5HE7A 5SY2A 5P6SA 5P76A 4NPUA 1HVIA 3VV8A 2R8NA 3IN3A 4BELA 5P4LA 4DJUA 2ZJIA 2Z54A 3EMYA 2XFKA 4Y5BA 5P39A 3OOTA 3R0WA 1G0VA 5OZ2A 3HLOA 3UPJA 5P1BA 4Y3GA 3MSLA 1ER8E 1YM4A 3PCZA 2ZJMA 5OYXA 2F3FA 3VFBA 3ZKNA 1FLHA 2ER7E 4GJ7A 1GVTA 4LHHA 5P1PA 4HDPA 5P60A 2CEMA 5P42A 3VF7A 1JLDA 3UDPA 3EL4A 2IL2A 4TRWA 1TSUA 2VNNA 2QK5A 4Q1YA 4B77A 3EKVA 2V00A 5P0KA 1META 1EC3A 4FIVA 5P2QA 1NSOA 2AQUA 3RSVA 2UPJA 3TOHA 4AA9A 4NKKA 1ENTE 5OZZA 5IVQA 3S85A 5P3HA 2FS4A 1WBMA 3PWRA 5P15A 1HPOA 5P1AA 5P3PA 2R38A 5P1VA 4LC7A 5P09A 3VLAA 3LIQA 5P61A 2ZJJA 5OZVA 5TOLA 4J1KA 3FNUA 5OZ7A 3CKRA 2BJUA 5P2LA 2WF3A 1EPQE 3CKPA 5P40A 3ZKIA 5P48A 3RSXA 3VCMA 2AVQA 2HB3A 5P64A 4J1IA 3UF3A 5P0GA 1C6XA 3T7XA 1LZQA 5P1XA 3VFAA 4LXAA 3VEUA 4Q1WA 1BDRA 5P6PA 5P78A 2HS1A 2PSVA 5P7QA 4EXHA 4QJ8A 2QZKA 3EM3A 2HIZA 2NXLA 3OTYA 5P0QA 3WSJA 2AOJA 4CPUA 4X7IA 3HAWA 1ZPKA 4YDFA 1SIVA 1W5YA 1HSIA 4I12A 4B78A 5P06A 3OTSA 5P8AA 3I8WA 3BHEA 3PI5A 5P5QA 5P5NA 4U7QA 4M8XA 4A6BA 5P05A 2Q15A 2R3WA 3URIA 4F73A 3QRSA 4ER4E 5J25A 2JJJA 5P1ZA 5P6QA 2JJIA 3EXOA 3O9FA 4OBZA 1BV7A 5P4QA 5P5BA 4L7JA 5P20A 3QPJA 3Q4BA 4EQ0A 3EL0A 4Y3PA 1OD1A 5P74A 2G69A 4Z50A 5IS4A 2XYEA 2HC0A 3EC0A 2WF4A 5P52A 3INEA 1MTBA 5P0ZA 4EWOA 3JVYA 2V0ZC 3OWNA 3SM2A 4Y54A 5P8RA 2QD7A 2VA5A 5P4YA 5P4FA 4I0EA 5P0PA 5P81A 5P1GA 4Z22A 5P4BA 5P5HA 1NH0A 3S8IA 3EKPA 2G1SA 2HS2A 5P8FA 5P0WA 4QJ6A 3KDBA 5HU0A 5P5FA 5P6VA 4DJPA 3RVIA 3S7LA 4I0FA 4Y50A 4RCEA 1MUIA 1IZIA 1W5XA 2VIJA 1IDAA 3ZPSA 4A6CA 3KMYA 5P6CA 5DR0A 2R5QA 3SA4A 2VJ7A 4Y4BA 1B6JA 4ZE6A 1HXWA 5DR4A 2QU2A 1EBYA 1SP5A 5P3SA 3T7PA 4DQEA 3U6AA 5P2ZA 5P6EA 1E81E 5P2AA 4EYRA 5P3LA 4HDFA 2F81A 1GKTA 4Y39A 3AIDA 4Y57A 1CMSA 5OZCA 3HDKA 5P35A 2F8GA 5P8OA 5AH7A 2QHZA 5C9BA 5P27A 5P34A 3UHLA 2IEOA 3NDXA 3BGCA 4Y4AA 4LXKA 3OU4B 1FQ8A 4RROA 3KA2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZT A;  5P0O A;  5P2C A;  5OZ4 A;  4KB9 A;  1FMB A;  4RVJ A;  1LV1 A;  3SM1 A;  5P1O A;  2WEC A;  3SA7 A;  1SDV A;  1HII A;  4FRK A;  5P19 A;  3LPJ A;  3IND A;  3S53 A;  5P6I A;  3UQX A;  2ZHR A;  2NXD A;  3VF3 A;  2HB2 A;  3APR E;  3KN0 A;  5P7H A;  3NU5 A;  1XL2 A;  3K5C A;  4DI2 A;  5KQZ A;  2G24 A;  4CPQ A;  5EZX A;  5P5W A;  3BXS A;  5P5Z A;  5P7X A;  5P6Z A;  3EL5 A;  4Q1X A;  2FGU A;  4Z2Z A;  4K9H A;  4QJ9 A;  3NR6 A;  1BDQ A;  1QBU A;  1AM5 A;  2IRZ A;  2NNK A;  3L59 A;  3AUP A;  3OAG A;  3URL A;  1QBS A;  5OYQ A;  3TKG A;  3LIN A;  2QNQ A;  3PM4 A;  5CLM A;  5P6L A;  1FQ6 A;  4Y6M A;  2O4L A;  2QI4 A;  3NSH A;  5P89 A;  1T6G A;  1GNN A;  3OU1 B;  5P8M A;  5P4S A;  4LAP A;  2UY0 A;  2ZJK A;  2G1Y A;  3SA3 A;  3HBO A;  3INH A;  5KR2 A;  4CPX A;  5P2D A;  2QMD A;  1SDU A;  2PMA A;  3EKW A;  5P5R A;  4YD6 A;  1FF0 C;  5P72 A;  5C9D A;  3PWM A;  5P51 A;  1MRW A;  2B8L A;  4GMI A;  1KJ4 A;  5P2T A;  1AVF A;  5P65 A;  1AJX A;  5ER1 E;  5DQC A;  1SGU A;  1YTI A;  3FV3 A;  2VJ6 A;  3PI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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