3TL9A

Crystal structure of hiv protease model precursor/saquinavir complex
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Terminal interface conformations modulate dimer stability prior to amino terminal autoprocessing of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tl9A00
1ZTZA 3KF0A 1VIJA 4YCKA 5KQFA 5P17A 1MIQA 4HDFA 2WEZA 1FQ5A 5P2HA 1KJHA 1ER8E 3LZUA 3SM1A 5P1EA 3QRMA 2P83A 3VV8A 3EKTA 3QVIA 4Q1NA 1W50A 3QVCA 4YD3A 5OYSA 2CEJA 2I4VA 5P8MA 3URLA 3IXOA 2OHRA 4OBZA 2VJ9A 3ECGA 4UPJA 5P8SA 5DGUA 4I8ZA 2IRZA 2J9KA 5P4SA 4DI2A 1LYAB 1BILA 3OWNA 1E82E 3K5CA 2I1AA 3DCRA 4PPHA 1E80E 2JJJA 5OYXA 4B70A 2G1YA 3UDKA 3PCZA 4DFGA 1HSIA 5P7YA 9HVPA 4JOOA 4H3FA 2F3FA 2IEOA 1EAGA 5OZXA 2PQZA 1FQ8A 3D1YA 1BV7A 2PYNA 5P37A 4JP9A 5P7TA 2V0ZC 3O9IA 2NXLA 5OZWA 2VIZA 4DJUA 2QMDA 3H0BA 2Q63A 5ISJA 3L3AA 4MC1A 4Y5GA 3OXWA 4F73A 3L5DA 4YD6A 1QBUA 2JYSA 5KR2A 5P3IA 5P0LA 5P3CA 5P3SA 1HHPA 3K5DA 1MRWA 5P16A 3OU1B 3UQUA 4FLGA 5P6FA 1Z8CA 1NH0A 3PB5A 5P3MA 5E5JA 4QJ7A 3EKVA 5P5DA 2R9BA 3TPJA 5P10A 2QNPA 3EM3A 4B77A 5P8EA 2JE4A 4DPIA 4NJUA 2IGXA 3VSXA 8HVPA 4DQFA 3ZPTA 2I4QA 2Q5KA 2WKZA 1MESA 3OUDB 4CPUA 4RVIA 2G1OA 3OGPA 3PCWA 5P6SA 5P2LA 1BWBA 4H3JA 1FMBA 1BDRA 3DV5A 4MC6A 4U7VA 2FNSA 2NPHA 1T3RA 1HSGA 1G0VA 3KDCA 5OZ9A 2B8VA 5P63A 3SLZA 3QS1A 4KUPA 3SQFA 5DQ2A 2MIPA 2QZXA 5DR1A 3NU6A 4Y5PA 2XYFA 5I70A 1B6KA 3ZKGA 3ER3E 1APVE 2HB2A 7HVPA 2ER7E 5P3YA 1LYBA 4GZFA 3VCMA 3GI4A 4J1EA 1GVTA 3O9BA 4EJLA 3DK1A 1TSUA 1ZLFA 2XFIA 5P8JA 3EBZA 5P2AA 4Y4TA 3SA5A 2BBBA 5OZQA 2ZYEA 5OZKA 3EC0A 4M8XA 3KFRA 3OOZA 4N00A 1QRPE 3BVBA 5P34A 3RSXA 3QP0A 5P8VA 5P3NA 5JFUA 3VF3A 5HD0A 3OGQA 5DR0A 2WJOA 4I0HA 1RL8A 2SAMA 5FIVA 4RGHA 5OYWA 2IL2A 3NUOA 1IVQA 3LITA 4Y50A 4D89A 3RTHA 4JPCA 4ER1E 2VIYA 5P8UA 5P7DA 1G35A 1B6MA 4LBTA 5OYZA 3BUGA 5P2EA 1LYAA 2PMAA 1KJFA 4NJTA 3GGUA 4HDBA 5DQ4A 4J1FA 2AVSA 3UDQA 2F3EA 5P1WA 2NR6A 1T7KA 1HWRA 2HPFA 3CYXA 5P39A 5P52A 5P6TA 3QBFA 3B80A 4QJ8A 2P4JA 4LXKA 1SH9A 1IDBA 1SIVA 3MSKA 3O9CA 4Y6MA 2QHZA 2PSVA 2WECA 1M43A 1BBSA 3JW2A 5P5JA 3BGBA 4K9HA 3S43B 1DW6C 4Y5CA 3IN3A 3KFSA 2ASIA 3SKFA 3Q4BA 2ZDZA 5P20A 5P55A 1HPSA 1MERA 2WEBA 5P3VA 3ZPSA 4RRNA 3O9HA 3FNTA 2AOFA 5IVTA 5P8DA 2B8LA 5P8RA 1META 3OU1A 4ZPGA 5P32A 1TZSA 3URJA 4DJXA 4CMSA 2OHNA 4Q1WA 5P76A 5P4MA 5P22A 3KYRA 3UHLA 4LAPA 3KA2A 4ZSMA 5P4NA 4Y3ZA 1EPRE 5OZBA 5P6JA 3O9FA 3VF5A 1TCWA 3OUDA 2PC0A 2BPZA 5P2TA 5P1GA 3JVWA 5ENKA 5P6YA 5P7UA 4GJ6A 2J9JB 3A2OA 1IZEA 3BVAA 1BAIA 2BB9A 1YTJA 5DR3A 2B7FA 4ZSQA 3SA9A 5P1DA 1LZQA 2VJ6A 1D4JA 5P7GA 5P68A 5P0YA 4I10A 1HEGE 2I0DA 3LZVA 3PBZA 2Q64A 4ZEAA 1UH9A 5P6BA 4LC7A 1K2CA 1F34A 1APWE 5P64A 4H3IA 3L5BA 1SMEA 1AJVA 3K5FA 5P81A 4YOAA 5OZEA 3Q6YA 5P8OA 3UQPA 1ZAPA 3EKWA 5APRE 4Y54A 2BQVA 2ZJNA 5P1TA 5OZIA 5P72A 4RLDA 4Z22A 3R2FA 3LZYA 3WZ6A 3EL9A 2OAHA 3NLSA 1G6LA 4Y3SA 3I2LA 4WY6A 3O99A 6UPJA 1HTEA 3TLHA 1LF4A 2QD7A 3WB5A 2VJ7A 3NDUA 5P5GA 3UF3A 3NSHA 3O9EA 2BPVA 3GW5A 5ISKA 5P1JA 2F81A 2HB3A 2PH6A 5P7FA 5P0HA 5P4UA 2G1RA 3PI5A 5P4EA 4GJBA 4Y57A 5HDVA 3PBDA 4DQCA 1WKRA 1M0BA 5AGZA 4APEA 1CMSA 5P1VA 1EPME 5P7MA 2PH8A 3T7XA 2BPXA 3S43A 1U8GA 2ER6E 3NDWA 1SBGA 2Q15A 4Y4XA 1UH7A 5P8CA 5OZ2A 3IA9A 5P04A 4DVFA 2RENA 4CPQA 1T6GA 3H5BA 5HDUA 3AUPA 4Y3LA 2IKUA 4Y3AA 4MC2A 5C9BA 3SA7A 4RZ1A 3OADB 3O9LB 2JJIA 1FG8C 3SABA 3VYFA 1ZJ7A 3IVIA 2AOCA 2BPYA 4QGIA 3IVHA 5OZDA 5P4RA 1TSQA 2ZHUA 4M8YA 4DJPA 4QJ9A 1UPJA 1FFIC 4Y9WA 3MSJA 3QRVA 4NJVA 5P1XA 2ER0E 1OD1A 2OHUA 1FQ7A 1HVLA 5P27A 5AHAA 3UDMA 4ACUA 1NPAA 5P0EA 2ZJLA 1QBTA 3LPIA 2A1EA 5P0TA 2XFKA 2ANLA 4FSLA 2J9JA 4FGXA 4FM6A 4Y3NA 1ODWA 5OYUA 4LHHA 2VA7A 2HAHA 4H3GA 4TRZA 2R8NA 5UPJA 2ZJJA 1ZPAA 4X7IA 5P3EA 4FM8A 5P8AA 5BRYA 2QI5A 5KR1A 5P33A 5P0PA 3L5EA 4F76A 1SGUA 4J5JA 5P59A 2ZHSA 3FV3A 3PSUA 5HCTA 3N3IA 5P54A 1YTIA 5P0AA 5HDZA 3LINA 5P7NA 3NDTA 2QU2A 4HE9A 1PSNA 5P4FA 3K1WA 1AAQA 3ZKQA 5KOSA 5KQXA 2QHCA 4R8YA 3TKGA 5KOQA 5P5UA 4JECA 1DP5A 4Y35A 1B6LA 4Y3JA 2VS2A 5P6RA 5P3KA 3HVPA 2PK6A 1AVFA 1QS8A 3UQWA 5P2IA 5P7EA 3ER5E 2BKSA 2ZJHA 5P4YA 5P5NA 4CP7A 5P06A 1A94A 2QZWA 5P42A 1FQXA 2A4FA 5OZLA 1TCXA 1D4IA 3Q5HA 3PHVA 4J54A 5P0GA 2RKFA 3FSMA 3UDHA 1SDVA 4OC6B 2F3KA 5P00A 4J17A 5P4VA 4FRSA 3OXXA 1HPXA 1HTFA 4NPTA 5P6EA 5OZGA 3UPJA 1HRNA 5P08A 4ZLSA 2WF1A 4Y5MA 4GJAA 4HLAA 3LPJA 3INFA 5P0UA 5P36A 3SFCA 4ZPEA 5P1QA 1HVHA 5P60A 4Y3RA 5P2ZA 4MC9A 5P7JA 5P8NA 1LF3A 5P35A 4R95A 5P3FA 1F7AA 3EL4A 5ER1E 3O9AA 1D4SA 4Y3GA 3OADA 3O9LA 3KM4A 4DQHA 3OU4B 3QBHA 1GNOA 1MTBA 1XDHA 2AOEA 2UY0A 5DPZA 2FDDA 1FGCC 5P8IA 2H6TA 1MT7A 5P1RA 2IS0A 1HXWA 3SA6A 1QBSA 3UTLA 2I4UA 3VEUA 5P6QA 5OZJA 3UCBA 1YM4A 5P7CA 3UDJA 4J1KA 4DH6A 2QNNA 1GKTA 5P4BA 5P8LA 4Q5MA 2VKMA 1HPOA 5OZ5A 2QD8A 1MT9A 4Y44A 5P0SA 4Y5LA 2I4XA 2AVVA 4J0PA 2NMYA 3S8IA 5I3WA 5P1HA 3GI5A 5P2BA 5IVRA 4OBHA 5P4TA 5P1NA 5P2OA 1W5YA 3VV7A 4HVPA 3HAWA 4Y5NA 4DJYA 2NXMA 5P1MA 4QJAA 3PLDA 2ZHRA 2P3AA 1K1TA 5I3VA 5HU0A 3EKPA 2AZ9A 2V13A 4GJCA 1IZHA 2O4KA 2Q55A 4WY1A 3OUAA 4EPJA 3SM2A 5P40A 2O4SA 3NDXA 1K1UA 2WL0A 2Q3KA 4Y3EA 5OZ3A 4GJDA 5P7ZA 2G20A 1MUIA 2O40A 3AIDA 1BIMA 5IVSA 5OZCA 1IZIA 2WHHA 5P1KA 3BUFA 4R93A 5P8QA 1ODXA 1ZPKA 4EP3A 5P3XA 1QDMA 2G94A 3GGVA 4J0ZA 5F00A 5P3HA 2OF0A 1LYWB 1SGZA 3KMXA 5P2FA 2NTRA 5P3ZA 1IDAA 3FKTA 4D8CA 1MTRA 3R0WA 5P28A 2QNQA 3LZSA 5SXNA 1AM5A 5P0IA 5I3YA 2EWYA 3OU3A 4J1CA 5KR8A 1T6EX 4OC6A 3RTMA 2P3CA 4YBFA 1IZDA 5DR4A 5C9DA 4TRWA 2PSUA 1XE5A 2FNTA 5P1IA 5P8TA 2XFJA 2H6SA 1YTHA 1HTRB 1HBVA 3QROA 5P3GA 3T7QA 1C6ZA 3APPA 1FF0C 3S2OA 1MVPA 5J25A 5P0VA 1AZ5A 5P01A 3CKRA 1PFZA 3VUCA 4AA9A 3DV1A 3WB4A 4Y3FA 4Y47A 3BGCA 3D3TA 5P6WA 5KAOA 2QI3A 5IS4A 3T11A 2AZ8A 4DQGA 5P3QA 5IE1A 5P5LA 3EL5A 3I6OA 3OU4A 5P53A 1D4YA 4JPEA 5P0XA 1K6TA 3GGXA 3GI0A 2QU3A 4XKXA 6APRE 5P23A 4EYRA 2BPWA 3LIYA 5P1LA 4PEPA 3KN0A 5P03A 4R92A 4K4QA 1W6HA 1W5WA 3NU9A 3HLOA 3UDPA 2AIDA 5P2SA 3BRAA 3FNUA 5AH6A 3SA3A 4I12A 4GJ8A 3U6AA 5BS4A 4FIVA 3TPLA 1GVXA 3PWWA 4CPTA 1HOSA 2WEAA 5P73A 1TQFA 1BXOA 4GMIA 5OZNA 2QHYA 3S85A 4QJ6A 3IXKA 5P0OA 1QBRA 1XN2A 4TVGA 4NJSA 5P43A 1PSOE 5P19A 2OHMA 3GI6A 2AVMA 1BVGA 2R3TA 2R5PA 5P5FA 5P6VA 4RYGA 1FQ6A 3SPKA 4AUCA 5P2GA 3KT5A 4ZIPA 1KJ7A 5P0CA 5P5AA 1CPIA 2F80A 2G21A 3Q70A 3QRSA 5B18A 5EZZA 1FMXA 5P65A 4B05A 1OEXA 3O9DA 1EBZA 5P57A 5P3TA 2OHLA 4LXMA 5P49A 2QK5A 3NXNA 3KDDA 5HE7A 5P44A 5AHCA 1GNNA 4Y4UA 3CICA 4KB9A 4EXHA 4QLHA 3KFPA 2QMGA 4RVXA 4Y56A 1GVWA 1MEUA 4QJ2A 1NPWA 5P84A 5KQZA 5P1CA 3VV6A 5P1UA 4GJ7A 3NU5A 2OHPA 2RSPA 1MPPA 4A6CA 4Y4AA 1A30A 5P62A 1LYWA 1KZKA 2AZCA 2FMBA 5P30A 3UFLA 5P4DA 5P82A 4YOBA 1C70A 4DJWA 3DCKA 5P7WA 4J0YA 1IIQA 3CYWA 5KQYA 4Y3WA 5P2NA 3M9FA 5JFPA 5OZSA 3R4BA 2WF2A 3NWQA 3L58A 5P0ZA 3I7EA 5PEPA 5P4HA 1EBWA 4XX3A 3VLAA 3I8WA 3C9XA 1DMPA 1MRXA 2R38A 5OZHA 5P88A 3LIZA 4PZWA 5P7LA 4RCFA 3PSGA 5DQ1A 1AXAA 2WF0A 3L59A 3EL0A 3VFAA 5DQ5A 5P7XA 3ZLQA 7UPJA 2P3BB 1W5VA 5P0WA 3LIXA 4XX4A 4FM7A 3DM6A 5P4QA 5P41A 1FMUA 1HPVA 3NU3A 4NKKA 5P0KA 3BXRA 2BJUA 4OBFA 2PK5A 3K4VC 3HVGA 3OQAA 5P78A 4YCYA 3S7LA 1HVJA 5P5SA 4L7GA 1B6JA 2G1NA 2HC0A 5OZYA 1XL5A 4OBKA 2IDWA 3BXSA 5P48A 1SMRA 3PGIA 5P0FA 5DR7A 5ER2E 3OXVA 3OUCA 5P4WA 1GVUA 4R5NA 1E81E 1HVSA 5P8FA 4DQEA 3TTPA 4I0FA 3OXCA 4LL3A 4B00A 4YBIA 2FDEA 4HEGA 4DV9A 2QAKA 5T4SA 3BC4A 5P2UA 2RMPA 3OHHA 3SAAA 2FGUA 4HDPA 5EZXA 1IVPA 4Y5EA 3O9GA 5P6PA 5P1AA 5P85A 2UPJA 5P89A 2G24A 5OYTA 2R3WA 3RU1A 2AVQA 3I25A 1HVKA 3NR6A 2G1SA 5OZUA 5P2MA 4F74A 4R91A 2B60A 4Y3MA 4Y4JA 3ZKXA 5P87A 3INDA 5P5YA 1MT8A 4GB2A 4Y4DA 4EJ8A 1J71A 4D83A 3N4LA 5P0BA 4OBGA 1PPME 1ZSRA 5AH9A 3TOGA 3OAGB 5HDXA 5P7AA 4RYCA 5P6CA 5HVPA 5P1ZA 1RNEA 5P0NA 4I1CA 2WF3A 1W51A 4ZE6A 1YX9A 1N49A 2QMFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZTZ A;  3KF0 A;  1VIJ A;  4YCK A;  5KQF A;  5P17 A;  1MIQ A;  4HDF A;  2WEZ A;  1FQ5 A;  5P2H A;  1KJH A;  1ER8 E;  3LZU A;  3SM1 A;  5P1E A;  3QRM A;  2P83 A;  3VV8 A;  3EKT A;  3QVI A;  4Q1N A;  1W50 A;  3QVC A;  4YD3 A;  5OYS A;  2CEJ A;  2I4V A;  5P8M A;  3URL A;  3IXO A;  2OHR A;  4OBZ A;  2VJ9 A;  3ECG A;  4UPJ A;  5P8S A;  5DGU A;  4I8Z A;  2IRZ A;  2J9K A;  5P4S A;  4DI2 A;  1LYA B;  1BIL A;  3OWN A;  1E82 E;  3K5C A;  2I1A A;  3DCR A;  4PPH A;  1E80 E;  2JJJ A;  5OYX A;  4B70 A;  2G1Y A;  3UDK A;  3PCZ A;  4DFG A;  1HSI A;  5P7Y A;  9HVP A;  4JOO A;  4H3F A;  2F3F A;  2IEO A;  1EAG A;  5OZX A;  2PQZ A;  1FQ8 A;  3D1Y A;  1BV7 A;  2PYN A;  5P37 A;  4JP9 A;  5P7T A;  2V0Z C;  3O9I A;  2NXL A;  5OZW A;  2VIZ A;  4DJU A;  2QMD A;  3H0B A;  2Q63 A;  5ISJ A;  3L3A A;  4MC1 A;  4Y5G A;  3OXW A;  4F73 A;  3L5D A;  4YD6 A;  1QBU A;  2JYS A;  5KR2 A;  5P3I A;  5P0L A;  5P3C A;  5P3S A;  1HHP A;  3K5D A;  1MRW A;  5P16 A;  3OU1 B;  3UQU A;  4FLG A;  5P6F A;  1Z8C A;  1NH0 A;  3PB5 A;  5P3M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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