3TOFA

Hiv-1 protease - epoxydic inhibitor complex (ph 6 - orthorombic crystal form p212121)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tofA00
2CEJA 1ZTZA 2J9JA 1ODXA 4R95A 4JPCA 5P1IA 5P10A 3TTPA 2ZHTA 5P8PA 5DQCA 2V10C 4Y3DA 4ZSQA 3D1XA 3NDWA 3OY4A 2VIYA 3ZPUA 1BV9A 2P3AA 2OHQA 1LZQA 3B7VA 5P7PA 3SO9A 5P4HA 4B0QA 2IENA 4GJ8A 4Y41A 2BKTA 3S85A 1RL8A 2G21A 5OZ2A 3H5BA 2Q15A 2AZCA 5HU1A 1HEGE 3FNTA 3A2OA 5P78A 4OBGA 1RPIA 3K5FA 2WEBA 5P0HA 5F01A 4IVTA 1T7JA 2O4KA 2I0DA 2Z54A 3T7QA 1CPIA 5P1SA 3UF3A 5P4UA 3OU3A 4WY1A 4RLDA 2HM1A 5P12A 3TKGA 1BDLA 4HE9A 5DR7A 3L38A 5AHCA 5P8EA 3ZKIA 5HDZA 4FRJA 3K5CA 1HSHA 3OU4B 5P27A 3DUYA 4HVPA 5P08A 4OC6B 2WJOA 5P2FA 1IZDA 2BPZA 5OZSA 5P4SA 4I12A 4R93A 5C9DA 4COEA 3MSJA 5P5BA 3VF3A 4Y3HA 4JP9A 3RTNA 1A94A 4I11A 2NPHA 5P7UA 2VJ7A 5P61A 4MC2A 5P5KA 4PPHA 5P8MA 1ODWA 4CPWA 5OYWA 2OHKA 2OAHA 4H1EA 5P7WA 5OZ3A 5KQXA 1XL2A 2JE4A 2Q55A 5P7OA 2G26A 6UPJA 4Y5LA 1B11A 5P3UA 3LHGA 1BILA 2BPVA 4I0JA 5P1GA 3Q4BA 4NKKA 2VKMA 3T6IA 5P0OA 4YD7A 1EC3A 1QBRA 1MPPA 2FDPA 5OZEA 5P2AA 4OBFA 4WY6A 5P4AA 5P05A 1T3RA 4D83A 3PCWA 1G35A 2AVOA 5P70A 3NR6A 4Y36A 5P36A 4ZIPA 5P64A 5P5UA 1EBKC 1HXBA 3BGBA 4DQEA 3T3CA 3T11A 3Q70A 3IVHA 3HDKA 3LZUA 5P6HA 1HVKA 2BB9A 5P6QA 5P3MA 4PHVA 5P04A 4DJQA 5HDVA 2H6SA 1HIIA 3S56A 4DJYA 4CMSA 5P0PA 3FSMA 3DCRA 5P0LA 4FAFA 1HPVA 3SFCA 5P79A 2QMPA 5P4NA 5P46A 4KB9A 4ZSPA 1YM4A 3MXDA 2FNSA 5P65A 3F9QA 5P33A 5P1EA 2A1EA 1CMSA 1YM2A 2Q54A 3CMSA 5P25A 3WZ6A 4FE6A 2I4QA 1GNNA 4X7IA 5ER1E 4EXGA 1PSNA 3EC0A 3TNEA 4H3JA 1AJXA 1N49A 4A6BA 2NMZA 4R92A 1W5WA 3LZYA 2IS0A 1BDRA 3R4BA 1MUIA 4GJ5A 5P0TA 2NNPA 3O9LA 3ZLQA 1M4HA 1HRNA 3KT2A 9HVPA 1W50A 1C70A 5P1RA 5OYYA 3NDUA 2I0AA 1DP5A 3UDNA 2ZJMA 3U7SA 3LIQA 5P1XA 4K4RA 3LINA 4A4QA 5P0QA 1FIVA 4BEKA 2JJJA 5HDXA 5P18A 5P16A 5P7MA 1MVPA 1BWAA 4EJKA 2J9JB 3O9GA 1K6TA 1FFIC 1DIFA 2R38A 1LYAA 4Z22A 5P3IA 1M43A 1U8GA 3N3IA 1DW6C 1W5YA 1HIVA 5KAOA 1LV1A 1ZLFA 4YHQA 2R43A 1ZAPA 4RRNA 3QI1A 4OBZB 3KDDA 3VFAA 2ZHUA 5OZHA 1AAQA 1MEUA 3KF0A 3ZMGA 3L3AA 1PPME 2QI5A 2IRZA 4GJDA 2AZBA 3PM4A 5P0ZA 3TPPA 2QHYA 1PFZA 4J55A 1IDAA 4CPRA 3PBZA 3HBOA 1HBVA 4I8WA 1BXQA 4GIDA 1GVTA 3NSHA 5OZDA 3EL1A 1HOSA 4B1EA 4AA8A 4S1GA 2G24A 3PMUA 1D4YA 3U6AA 3KFRA 5P51A 1BBSA 2WF4A 4ZEAA 2NXMA 3PWMA 2IKUA 5P38A 5P8NA 5P2OA 1IZEA 4J0TA 3HVPA 5DR0A 4LAPA 2IEOA 3QROA 2PK6A 4JECA 2P3DA 5TOLA 4LC7A 1XE6A 4BELA 5ENKA 1CZIE 5P8HA 3UPJA 1DAZC 5P7XA 2OHRA 5COKA 4Y5CA 5OZGA 5P8LA 4EJLA 5P63A 1EBYA 1TCWA 3PLLA 5P7QA 4XXSA 4DQHA 3Q3TA 5P6RA 4EJ8A 5P7CA 3AIDA 4UPJA 1APTE 3NWQA 4Y3TA 2G20A 5P4VA 3SA5A 4DJRA 5AH6A 5ENMA 5P60A 5P1WA 3OQDA 3I2LA 4ACUA 4D8CA 3JVYA 2WEAA 5P4QA 4J1HA 1D4LA 3LZVA 1BWBA 2ZHSA 5P1FA 3BHEA 1B5FB 5P71A 4RVJA 3VLAA 5KQYA 5P2WA 4RROA 1HEFE 1A8GA 5P1JA 5P39A 5P4EA 5P66A 4Y3LA 3D1YA 5P4RA 3CYWA 3VYDA 4DUSA 3CKRA 3KN0A 5P7NA 3VF5A 4Y3MA 1TCXA 5P7FA 4YCYA 2OHLA 3OU4A 5KR0A 2BPYA 3OTYA 5OZMA 5P07A 3IN4A 2I4XA 3EKYA 3NWXA 4ZPGA 4J17A 1NH0A 4FRIA 4RRSA 2OHNA 4Y3YA 3ZKMA 2CEMA 1QBSA 3PB5A 4I10A 5OZNA 3MSLA 1GVXA 2PYNA 5OZ4A 4DFGA 5P0EA 3ZL7A 4GJ9A 5P2HA 4Z2ZA 3ZKNA 5HE5A 5OZOA 4L6BA 1AXAA 5P5NA 1MTBA 1YTGA 3ZPSA 1FLHA 4RVXA 5P85A 5P40A 5P0SA 2ZJHA 3VV8A 5P3DA 5OZXA 1B6MA 3LNKA 3NU9A 2ZYEA 3DCKA 3O9LB 2QI0A 1QS8A 3G72A 3D1ZA 2G1OA 2AQUA 4F75A 2XYFA 1QBTA 4MC9A 3SA9A 4Y3ZA 5P6WA 5P6TA 1Z8CA 4ZLSA 3O9DA 3KDBA 2HB2A 3H0BA 5P03A 2PH8A 4QGIA 4DJXA 3FKTA 4NPTA 3DK1A 5P4KA 1KJGA 3KMXA 1LYAB 4YDGA 1LYBB 3EKXA 1E5OE 5KR8A 3HAUA 2P3BB 2ZJLA 3WSJA 4QJ6A 4Y3RA 5P1HA 5C9FA 1HVLA 5DQ4A 5P87A 2IGXA 4RCEA 5P6AA 5P11A 5P7AA 4U7VA 4APEA 1NPWA 3UTLA 3ZKSA 1D4HA 1SMEA 1MERA 4OBJA 5CONA 5IVTA 1UPJA 3UHLA 1ZPAA 1J71A 5P6EA 5BWYA 3LIYA 4OBDA 3CKTA 4QJ7A 5P1TA 3LIZA 5P6YA 3NU3A 2BQVA 5P54A 1LF3A 3WB4A 1HSIA 1SP5A 2PK5A 5P6LA 2MIPA 4Y35A 2B42A 5P5RA 5P20A 3RVIA 2F3FA 3L59A 1BDQA 3PWRA 4FCOA 1TQFA 5P5OA 2OHMA 1B6KA 5P88A 1A8KA 3UQWA 5P7EA 5OYTA 2PMAA 5P0IA 4J0YA 1ZP8A 3LPJA 4XX3A 2WKZA 2ZJNA 5P8VA 4QJAA 3UDYA 1EPLE 5P6MA 4FRSA 4LXAA 4OBZA 1AIDA 3ER5E 1AZ5A 5P1VA 2WF2A 4I0IA 5P5YA 2HB4A 3QBFA 3SKFA 5P6PA 5I3WA 1IDBA 3UFLA 3LIVA 4YE3A 3PI5A 3TOFA 5P6FA 1EAGA 5P17A 1XN2A 4XKXA 5HCTA 1WBKA 5P0NA 3Q6YA 5EZZA 1FQ4A 5JFUA 1HTEA 3EKVA 3OUDB 1HPOA 2EWYA 4Y4UA 1SIVA 5P00A 1YTJA 4ZE6A 1XS7D 2P3CA 3GGXA 2AZ8A 4OBHA 5P0RA 4Y4XA 1FG6C 2QAKA 5P2VA 1SDUA 5KR1A 3VLBA 3BC4A 2JJIA 2NXDA 4Z4XA 5P0XA 5P7HA 5OZTA 3S43B 5P15A 1TW7A 2F81A 1LF4A 5P2MA 5P7LA 4IVSA 1PROA 3EKQA 1FQ7A 5P82A 4HZTA 3QN8A 5OZQA 5HD0A 3OQ7A 1QRPE 2OF0A 2QMFA 4Y3JA 3EM4A 1ZBGA 5KQFA 1SGUA 2P8HA 2ZJKA 4Y3FA 2OHUA 5OZUA 2F3EA 5P1PA 1FB7A 5P13A 5P1ZA 3OU1B 5DQ2A 1EC0A 1YTHA 1HVCA 5B18A 2QZLA 1G6LA 3R0YA 1HPXA 2NTRA 5P7JA 5P4IA 5P72A 4RYCA 1K6CA 1MRWA 4Y51A 5IE1A 2VS2A 3VV7A 3SAAA 3GGVA 5BRYA 5P37A 1B5FA 1K6VA 5P34A 3OGQA 3OQFA 4EXHA 4EYRA 5P31A 1IVPA 5P2DA 5SZ9A 5DR4A 3FNSA 2FS4A 1HPSA 5P5VA 4FRKA 4Y5AA 5P8JA 2VJ9A 4Y6MA 1M0BA 3QIHA 1IBQA 1VIJA 3UQRA 4GJBA 4DV9A 5P2UA 3LPIA 2BKSA 2QZWA 5P3HA 2I4WA 2QD8A 5OZKA 4Y4BA 1B6PA 1EEDP 3FNUA 5P4ZA 1FQ5A 3IXOA 4AUCA 5DR1A 3K5GA 1MTRA 1UH9A 4A6CA 4YA8A 2OHPA 5P8AA 4ZPFA 5P48A 5P3LA 5OYRA 2VA7A 3SPKA 4U8WA 1FF0C 5P5CA 5P5JA 5P2RA 2O4LA 3EL4A 1ENTE 4CP7A 1EBZA 3SA4A 3UQPA 5P8DA 5T4SA 3MSKA 4PZWA 2PH6A 2ANLA 3PHVA 3DM6A 4Y3AA 5P3KA 4U7QA 3OK9A 2V11C 5SY3A 1D4JA 4BFBA 4HDPA 1EBWA 2FMBA 3JW2A 2WEDA 2QNQA 2V0ZC 1PSAA 3RU1A 2UPJA 5OZCA 3G6ZA 4I1CA 3HAWA 2HPEA 2NXLA 5P4YA 2QMDA 3HLOA 4QJ9A 3KYRA 1FMXA 5P6UA 5P22A 3LZSA 3PI0A 4DQCA 5OZ0A 5P5GA 4Y4AA 3DV1A 4Y5NA 4Q1WA 2OHTA 3OXXA 3K5DA 1T7KA 1UH7A 3O9AA 1WKRA 1NPVA 4J1KA 5P0VA 1EPME 1B6JA 1JLDA 3D91A 3OOZA 4M8XA 5P7SA 4APRE 1LYBA 2F8GA 3M9FA 5OYQA 3SLZA 2QP8A 4DQGA 2P3BA 4Y4EA 6APRE 5JODA 3EM3A 5P4MA 3S7LA 3UDPA 5P8KA 3I6OA 3GI0A 2ZJIA 5P3OA 1E81E 5P4LA 2QZKA 3I7EA 2RKFA 5P44A 3VYEA 3INHA 5P0GA 5OYSA 2WF0A 5P4PA 1HTGA 5P6SA 5I3XA 5P7KA 5P2CA 3EL0A 2F80A 3IAWA 4XX4A 3RSXA 2WL0A 1C6ZA 4YD6A 3EXOA 3UFNA 1PPLE 1RV7A 2ZHVA 4OD9B 5P57A 2QI1A 4DJWA 2B8VA 2RENA 4Y4ZA 5P23A 4J1CA 3O9CA 2IGYA 4Y4GA 2PQZA 3NXEA 4E43A 3CIBA 1SGZA 4Y43A 3QAAA 4Y56A 5P4CA 5P4FA 3EL9A 5P4WA 5IVSA 3I8WA 4Z50A 5P75A 5P2IA 4FSLA 1XDHA 5AHBA 4DPIA 3DOXA 4DH6A 1SDTA 4NJUA 5P3GA 1GNMA 5P5IA 6FIVA 3D3TA 5P5ZA 5P3VA 5P1CA 5P4OA 3ZOVA 2V00A 4RCFA 1LF2A 4ZSMA 3KT5A 1W5VA 2I4UA 2QD7A 5OZIA 3QRVA 5P4XA 1SH9A 3S45A 5P0UA 1F34A 3PEPA 4HDBA 2HPFA 3PGIA 3VYFA 1QBUA 1XL5A 4LXKA 2AZ9A 5P4GA 4HA5A 3MWSA 4LBTA 1E82E 3L5EA 1MT9A 3OUDA 3R0WA 2AOFA 3LPKA 4ER4E 5P6GA 4MC1A 4Y3EA 3TLHA 1Q9PA 2VA6A 5J25A 2OHSA 1EPOE 2CENA 1ZJ7A 5P1KA 5DGWA 5P41A 3URIA 5P2NA 3VUCA 5HE4A 3PRSA 3S43A 5P3FA 5I3VA 5P7DA 3EKWA 4EWOA 1YX9A 1BAIA 2B7ZA 5P8BA 3BGCA 1FQ6A 5P77A 1AVFA 3OGPA 4PEPA 2G22A 2BPWA 2G1YA 1BV7A 3TH9A 3TPLA 4TVHA 3OQAA 4FM8A 5ISKA 1WBMA 4HDFA 2B7FA 4J54A 1FKNA 4L7HA 3ST5A 1PSOE 1C6YA 3IXJA 5P3RA 4EQJA 5P0BA 2PSVA 5KOSA 5DQ1A 3OU1A 3OQKA 5HU0A 2PWCA 3FV3A 5P68A 1MSNA 2QHZA 1MIQA 3OADB 5P2ZA 3NLSA 5P0DA 5C9BA 5OZBA 5P7GA 1E80E 3TPRA 2G27A 2NR6A 1HHPA 3KFNA 4Q5MA 4FM6A 4ZSRA 5P4BA 5PEPA 3OXCA 4F76A 3NUOA 4Y48A 1YTIA 5P1LA 4CPTA 5P26A 4YBIA 4Y47A 1W6HA 3I25A 4ZPEA 2VIJA 5P3BA 1RQ9A 4GYEA 4DJOA 1AJVA 3QS1A 1APUE 1HXWA 3R2FA 2NMYA 4GJ6A 3L5CA 2V16C 3GGUA 3VSXA 4R8YA 1IIQA 3QVIA 4DI2A 2QNPA 2VIZA 4Q1XA 2VJ6A 3O9HA 5P2KA 1AM5A 2AOHA 4K9HA 4Y3WA 5HCOA 5P8FA 3RTMA 3O99A 4B1CA 1QDMA 3TPJA 2BPXA 1UH8A 4Y58A 5P6ZA 7UPJA 4R5NA 2IDWA 4ER1E 3PVKA 3CYXA 3L5DA 4BFDA 1EPPE 3IA9A 3ZKGA 3NXNA 5IVQA 3O9IA 1KJ7A 1FQXA 5KOQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CEJ A;  1ZTZ A;  2J9J A;  1ODX A;  4R95 A;  4JPC A;  5P1I A;  5P10 A;  3TTP A;  2ZHT A;  5P8P A;  5DQC A;  2V10 C;  4Y3D A;  4ZSQ A;  3D1X A;  3NDW A;  3OY4 A;  2VIY A;  3ZPU A;  1BV9 A;  2P3A A;  2OHQ A;  1LZQ A;  3B7V A;  5P7P A;  3SO9 A;  5P4H A;  4B0Q A;  2IEN A;  4GJ8 A;  4Y41 A;  2BKT A;  3S85 A;  1RL8 A;  2G21 A;  5OZ2 A;  3H5B A;  2Q15 A;  2AZC A;  5HU1 A;  1HEG E;  3FNT A;  3A2O A;  5P78 A;  4OBG A;  1RPI A;  3K5F A;  2WEB A;  5P0H A;  5F01 A;  4IVT A;  1T7J A;  2O4K A;  2I0D A;  2Z54 A;  3T7Q A;  1CPI A;  5P1S A;  3UF3 A;  5P4U A;  3OU3 A;  4WY1 A;  4RLD A;  2HM1 A;  5P12 A;  3TKG A;  1BDL A;  4HE9 A;  5DR7 A;  3L38 A;  5AHC A;  5P8E A;  3ZKI A;  5HDZ A;  4FRJ A;  3K5C A;  1HSH A;  3OU4 B;  5P27 A;  3DUY A;  4HVP A;  5P08 A;  4OC6 B;  2WJO A;  5P2F A;  1IZD A;  2BPZ A;  5OZS A;  5P4S A;  4I12 A;  4R93 A;  5C9D A;  4COE A;  3MSJ A;  5P5B A;  3VF3 A;  4Y3H A;  4JP9 A;  3RTN A;  1A94 A;  4I11 A;  2NPH A;  5P7U A;  2VJ7 A;  5P61 A;  4MC2 A;  5P5K A;  4PPH A;  5P8M A;  1ODW A;  4CPW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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