3TOGA

Hiv-1 protease - epoxydic inhibitor complex (ph 9 - monoclinic crystal form p21)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3togA00
2WF1A 2ZHVA 1ZSRA 5P30A 4ZLSA 5AH8A 2NXLA 5P0KA 4AA8A 3VUCA 3R2FA 1D4LA 3D20A 5P42A 2OHNA 5P39A 1LF3A 3UDJA 5ENKA 1BXQA 4OBDA 3BGCA 5P2UA 4J54A 6APRE 5P2HA 1BV9A 3PM4A 1RV7A 5P60A 4I0JA 2APRA 5OZPA 5P7LA 1MT7A 3EL0A 5P6YA 4L7GA 2IDWA 5P4YA 5P6HA 1EEDP 2QNQA 5OZ2A 4Y37A 4Q1XA 5P7YA 4Y4JA 2AVMA 2EWYA 3T7XA 2QMFA 3DM6A 3QS1A 2F3FA 4RVXA 2CEJA 5OZBA 3F9QA 3HVGA 3TL9A 1TSQA 2HS2A 4U7QA 5P0NA 3S53A 4J0PA 4CPTA 1NPAA 1IVQA 2HM1A 5P7JA 1G35A 1SH9A 4LL3A 2R9BA 3S54A 5P1SA 1ZSFA 1OD1A 1EPNE 2IRZA 1HWRA 5DGWA 2PYMA 3OOTA 1MVPA 4Y4GA 4Y43A 1B6PA 4FAEA 1HXWA 1DP5A 1HBVA 2ASIA 1TZSA 3ZKSA 1FQ4A 5OZNA 3VYEA 2PWRA 3CIDA 1HVKA 3A2OA 5DQ5A 1HPOA 5KQFA 3NR6A 4CPXA 2Q11A 2IS0A 8HVPA 4OC6A 2FIVA 3PHVA 5P0DA 4QJ2A 5OZKA 1WBKA 5P8RA 2ER7E 5P2DA 3UDNA 4AZYA 4YD4A 4KE1A 4F75A 3UDKA 3TKGA 2V11C 3EL5A 1IZHA 2H6TA 4LAPA 4ZEAA 4Y3GA 5P8OA 5P0OA 1EPLE 1WKRA 5P5PA 3OOZA 3ZKIA 5P7MA 4PYVA 3QBFA 5P5YA 2O4LA 5P26A 4TRYA 5OYYA 3FV3A 3BVAA 4NJTA 1MT8A 5P5EA 5P3BA 3MSKA 5P35A 2QAKA 5JG1A 4QJ7A 4Y3RA 1SIPA 3GI4A 3EL4A 3L59A 5HD0A 1U8GA 1B5FA 1UH8A 1RPIA 3QVIA 4Y36A 3K1WA 2VIZA 4Y5LA 3QBHA 5P7CA 2CENA 3N3IA 2ER6E 4RCFA 2OF0A 5P5DA 5P6UA 1EC0A 1M0BA 5P06A 3S43A 1SDTA 5P2YA 5P0FA 3O9CA 1LYBA 1GVTA 2F80A 3OAGA 4H3GA 4Q1WA 2WJOA 2WHHA 1AAQA 4FRKA 3TKWA 2RKGA 4DVFA 1KJ7A 4LP9A 4JECA 5P1UA 3O9LB 3S7LA 3ZKMA 1BWBA 3GGXA 1C70A 3UDYA 2ZHUA 5P12A 3L5BA 3CYXA 5P8IA 9HVPA 5P4HA 5OZSA 2F3KA 5I70A 5P4PA 1K2BA 5P1QA 4EJ8A 1AM5A 1FQ5A 4AUCA 5P5TA 5P40A 2IENA 5P09A 5P5RA 5IVQA 5P1NA 2QMDA 3VSWA 5BS4A 3SAAA 3NU9A 2NXMA 1RNEA 3FX5A 4EQJA 3TLHA 2NMZA 2OHUA 3TTPA 4HDFA 5P2MA 4Y3DA 5TOLA 5P1PA 3WSJA 2ZYEA 2I4VA 4D89A 1DIFA 5P79A 1JLDA 5OZJA 3WB4A 3SKGA 4Y5AA 1BDLA 3FIVA 5OZIA 1BWAA 3BXSA 5P0ZA 1ZPKA 5P3TA 1BDQA 5OZRA 5P5BA 3WZ7A 3VYFA 1NPWA 3SABA 5E5KA 2QI5A 5HE4A 4PEPA 3HDKA 5P01A 3ER3E 2OHTA 3VV7A 2PYNA 4Y53A 5ER2E 4DPIA 4QLHA 1MPPA 1W5YA 5P5WA 2XYEA 3OUAA 2OHRA 2QU3A 3L5DA 5AH9A 3BGBA 4YCYA 2FDPA 2B7ZA 5P5MA 1ME6A 4YE3A 2V16C 4GJ5A 1EBKC 5P68A 3VSXA 3VFAA 5P7GA 1F7AA 4B78A 1UH7A 5P5XA 3HLOA 3PWWA 6FIVA 5P4TA 2PSGA 4NJSA 3SA5A 5OYWA 3EL9A 2I0DA 5KOSA 3QRMA 1WBMA 3CKPA 5P2EA 5KAOA 5P0YA 5P6QA 1FMXA 5FIVA 4Y3FA 2VA5A 2AVQA 4LXAA 1XDHA 1AVFA 1IZEA 5OZUA 3BHEA 4FE6A 5P1CA 3FNUA 2PSVA 1LV1A 5IVTA 1SMEA 3KT2A 1C6XA 4PHVA 5P16A 2F81A 5P17A 5P7AA 4I10A 1FQ8A 3SQFA 5P8CA 4XX4A 5OZFA 2ZJLA 5KR8A 5P4QA 4YDFA 5P25A 5P3SA 1IDAA 5P1YA 1ZBGA 5OZXA 3LPKA 4J1HA 1PSNA 1ZPAA 1FEJC 3SLZA 2V0ZC 5OYVA 5P45A 4I0DA 5P7UA 3QP0A 3HAUA 3KF0A 5P87A 3PBDA 3OXCA 3ZPSA 1E80E 2AIDA 5P3PA 3RTHA 3TNEA 5P0HA 1OEXA 3EKPA 5P28A 1BIMA 1UH9A 3OU1A 2QI1A 4HA5A 1FLHA 5P2JA 2P8HA 5P62A 4B77A 3PSUA 3URLA 4Y3PA 5HDVA 1B6JA 3BC4A 2R8NA 5OZDA 1YM4A 3I6OA 2QCIA 2P83A 5P4ZA 5DR3A 3MXDA 5OZ7A 2WF3A 2HAHA 3DV1A 5P2QA 1XN3A 5P8GA 3O9BA 5P2SA 4CPWA 3OXWA 5P85A 2I4DA 4APRE 1W5VA 2HPEA 2QZKA 2IEOA 3PCZA 5CLMA 4Y47A 5OZWA 5P5SA 4EYRA 4ER1E 4K4PA 5P6ZA 5P49A 4DUSA 3O9GA 3EKTA 3O9IA 5P82A 2QU2A 5P3AA 2AOIA 3VF5A 3UQRA 5OZGA 2V00A 3ZOVA 1AIDA 5P08A 4EHCA 3TPRA 2QD6A 4CPQA 5P32A 2ZHSA 5P1AA 4YOBA 2PH8A 4RVIA 1G2KA 3UTLA 2HPFA 5DR8A 3PGIA 5OZ6A 2VJ9A 4Y5CA 1OEWA 3H0BA 4Z22A 2P3AA 1KJ4A 4EJKA 1GVUA 4OD9A 2AOEA 5P3CA 3WZ6A 3ZKGA 3EKVA 5P4LA 7HVPA 5DPZA 4YBIA 4Y3YA 5P19A 5P0XA 5OYXA 1FFIC 2JE4A 1W5XA 2AZCA 4CP7A 1BDRA 3S85A 4J5JA 1DAZC 3ZPUA 3EBZA 3LZSA 5P73A 5P3UA 1ZTZA 3IGBA 2AOFA 3R4BA 3D1XA 5P04A 1IVPA 1PPLE 1XL5A 3KDDA 5P03A 4GB2A 3SA6A 4LBTA 5P7TA 3VLBA 5OZTA 4EJDA 1M43A 2HC0A 5P8LA 1IIQA 3EKYA 4L6BA 2MIPA 4XXSA 2HIZA 5P07A 1ZP8A 4B1DA 5P2AA 4I0ZA 4DH6A 4XKXA 5P5IA 4Y5MA 3Q4BA 4U7VA 3O9EA 4Z2ZA 2IGXA 1E82E 1W51A 4RGHA 4HZTA 2G1OA 3NWQA 1T6EX 5P8JA 3OQ7A 3LPIA 3VEUA 5ENMA 5P6NA 5P2BA 5I3YA 2VKMA 1A94A 3NDUA 5P22A 5P36A 1Z1RA 1W6HA 1E5OE 5P5VA 4D85A 5HU1A 2R3WA 5P61A 3NXNA 4D83A 3R0WA 5P69A 1D4YA 5P7WA 1EC2A 4DJXA 3QIHA 2VIYA 2ZJHA 5P44A 2OHMA 4OC6B 3TOGA 4FRJA 3U7SA 1FFFC 4TRWA 3T3CA 4DPFA 1EBWA 2P3BA 5P64A 2VS2A 1MRWA 2FS4A 2F3EA 1LYAA 3QN8A 1QBSA 5DR1A 2QZXA 4D88A 5OZLA 1ZJ7A 5P1WA 3NUOA 5OZ1A 3NDXA 4JP9A 1SMRA 3NWXA 4Y5KA 4GJAA 2UXZA 4CKUA 4Y35A 4ER4E 2QHCA 3GGVA 1SGUA 3L5CA 4MC1A 4Y41A 5P3OA 4Y5EA 1G6LA 3O99A 4LC7A 5P8UA 3I8WA 3O9DA 1B5FB 5P5CA 4YCKA 4ACXA 5P80A 1A8KA 2AOHA 5P8SA 4QJAA 1HVRA 4R92A 4JPEA 3VF7A 1VIKA 3HD8A 3QRSA 3CMSA 5T4SA 2BPWA 5P3JA 1HRNA 3GI6A 5IE1A 2IQGA 4Y56A 5P5NA 1CMSA 2PH6A 4APEA 5P3IA 2Z54A 1GNNA 3S43B 1XN2A 1FG8C 1ZLFA 5P7OA 1LYBB 5HTZA 3OAGB 5P3DA 4KB9A 3INHA 4Y4XA 4F74A 2G26A 3INFA 5P1VA 5IS4A 3NU4A 5EZXA 3NU5A 4Y5GA 3NYGA 2G1NA 1HVJA 5P47A 4NJVA 3D91A 2Q5KA 1MUIA 4Q1NA 2O4NA 4UPJA 4DQHA 2QD8A 1MEUA 2OHLA 4J1KA 5P0VA 1HIVA 5P0TA 1GVVA 1K1UA 1BVEA 2Q55A 1EC3A 5P3LA 2IKUA 5P8NA 1A30A 3M9FA 3UDMA 1EPQE 5P3WA 1HPVA 2ZE1A 4NJUA 3KMXA 3OADA 2WL0A 4GJCA 5P6TA 2ZJKA 3EC0A 4Q5MA 4HE9A 3VV8A 4Y3WA 4Y57A 5P3ZA 5P3HA 4FM6A 3ZPTA 1MERA 5P2GA 5P6DA 5P6AA 2P4JA 1YTJA 4ZSRA 2G27A 4Y58A 2ZJIA 3OQKA 3CIBA 2RSPA 4R93A 4L1AA 4ZPEA 3JW2A 1YTHA 3RTMA 2HB4A 5COKA 4YHQA 3T11A 1K6CA 3IA9A 1D4KA 4H3IA 1D4SA 1IBQA 1T6GA 3PSYA 2BKTA 2G1SA 2F8GA 2QI6A 2IL2A 5P50A 2NNPA 3LITA 3SO9A 1BAIA 1EPOE 1QBTA 2AVVA 2VNNA 3DK1A 4OBKA 3L3AA 5P6KA 1BILA 4NPTA 5P4XA 3K5FA 4J1FA 3HVPA 5P1FA 4I12A 2QP8A 4GJ9A 3T6IA 4YD6A 5BRYA 4Y3TA 3WZ8A 3TPPA 2VJ6A 3HBOA 2PQZA 5P1GA 2Q64A 2QI4A 1HHPA 5P4IA 5P20A 2QI7A 3VV6A 3UQWA 3QI1A 4PZWA 5OZAA 2PC0A 5P4WA 2ZGAA 3O9HA 5P02A 5P78A 1ODXA 4YDGA 3ZLQA 4J0TA 4QGIA 4Y3JA 1HVHA 1D4JA 2AOCA 2FGVA 1PPME 4FLGA 5P31A 2I4WA 2FDDA 3O9FA 5P55A 1A8GA 5P1DA 1K2CA 4K8SA 5P2KA 2BB9A 5OZHA 3KFPA 3OK9A 4A6CA 1T7IA 5OZ3A 2NMYA 4CPRA 5E5JA 2A4FA 5OZ8A 5P0RA 3LZYA 5P3RA 2BPZA 3L5FA 3PVKA 5KR2A 3UDPA 5DR7A 1DW6C 4GJ7A 3K5DA 4K4QA 3QRVA 1YX9A 4MC6A 2J9JA 1HTRB 3PI5A 5OZOA 4RROA 1SIVA 3OY4A 5EZZA 3KM4A 4RVJA 2ER9E 3URJA 1EPME 3GI5A 4J1CA 3GI0A 3I7EA 2IGYA 1BBSA 2O4PA 2HB3A 3I2LA 5P2VA 1HVSA 1E81E 1K6TA 1ODYA 5ER1E 1RQ9A 3ECGA 2NPHA 3Q3TA 7UPJA 3EKWA 3OU1B 1APWE 1LF2A 5OZEA 4A4QA 4OBZA 5AH7A 5DR0A 1QBUA 3S56A 4X7IA 5P6GA 3OXXA 5P81A 4LHHA 4Y3LA 5P7DA 5P7RA 2QHZA 2H6SA 1BVGA 3RSXA 5P1RA 5AHCA 1SDVA 1QDMA 3KFSA 3OU4A 5P2XA 3ZKNA 3FNTA 4ZSMA 1MIQA 2WECA 1AXAA 1ER8E 3R0YA 4MC2A 3O9AA 4ER2E 3IVHA 3SFCA 2RKFA 3NXEA 4R95A 4Y48A 3TOHA 5P0EA 3RU1A 5OYUA 5P4RA 3MSJA 5P8BA 5C9DA 3SA3A 3QVCA 5P53A 3D1YA 3BUFA 2V12C 4Q1YA 2BPXA 5P7NA 4JPCA 3KA2A 1YM2A 1YT9A 3SM1A 5KOQA 2VJ7A 3LPJA 4AMTA 3ZL7A 5KR0A 4OBGA 1PSOE 1XE5A 5P6RA 4EP2A 1KJFA 2HS1A 4R5NA 3S2OA 5P1OA 1FF0C 3EMYA 4GJDA 4RRNA 5HVPA 1QS8A 5OYZA 4OD9B 5DQCA 2BBBA 3L38A 5IVRA 3OHFA 3K4VC 3K5CA 2QNNA 5P37A 5P4JA 3LHGA 4R8YA 5P0IA 5P1EA 1RL8A 4R91A 5P2CA 3NSHA 2I4UA 4KE0A 1PSAA 3UPJA 3B80A 2AZBA 4B0QA 2V13A 5P7BA 4KUPA 4L7JA 4J1EA 3OUBA 4Y3AA 1HVIA 1EBYA 5P8QA 5P4VA 1ZAPA 3QAAA 3UQXA 5OYTA 5P7VA 5P51A 1LYWA 4ZPFA 1Z8CA 5P0QA 4RCEA 1MTRA 3CYWA 4Y39A 3FKTA 3APRE 5P8AA 3OTYA 3UQUA 3SA8A 3Q70A 1A9MA 3EL1A 4ZIPA 4EXHA 1B6MA 5P05A 1HEFE 3S45A 3T7QA 5I3XA 3H5BA 2QMGA 1F34A 3ZMGA 2ZDZA 4DV9A 3G70A 2J9KA 5APRE 2PWCA 5DQ1A 3K4VA 2FNTA 5P5FA 2ZJNA 1N49A 3QPJA 2Q54A 2QNPA 2XFIA 4DQEA 3DCRA 2NTRA 5P6MA 4PPHA 3AUPA 5AHBA 2B7FA 3LIQA 1TCXA 5C9BA 4BFDA 5OZYA 3OGPA 3OQDA 5CONA 5P7SA 1T3RA 2Q15A 1IZIA 2O4KA 3PLLA 4PZXA 1K1TA 3Q5HA 5F01A 4B72A 1AJVA 2G21A 1NH0A 3DUYA 5P7QA 4GJ8A 4ACUA 4Y5PA 2PK5A 3NDTA 4I0FA 5P89A 1EBZA 3LIXA 2B42A 1HXBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF1 A;  2ZHV A;  1ZSR A;  5P30 A;  4ZLS A;  5AH8 A;  2NXL A;  5P0K A;  4AA8 A;  3VUC A;  3R2F A;  1D4L A;  3D20 A;  5P42 A;  2OHN A;  5P39 A;  1LF3 A;  3UDJ A;  5ENK A;  1BXQ A;  4OBD A;  3BGC A;  5P2U A;  4J54 A;  6APR E;  5P2H A;  1BV9 A;  3PM4 A;  1RV7 A;  5P60 A;  4I0J A;  2APR A;  5OZP A;  5P7L A;  1MT7 A;  3EL0 A;  5P6Y A;  4L7G A;  2IDW A;  5P4Y A;  5P6H A;  1EED P;  2QNQ A;  5OZ2 A;  4Y37 A;  4Q1X A;  5P7Y A;  4Y4J A;  2AVM A;  2EWY A;  3T7X A;  2QMF A;  3DM6 A;  3QS1 A;  2F3F A;  4RVX A;  2CEJ A;  5OZB A;  3F9Q A;  3HVG A;  3TL9 A;  1TSQ A;  2HS2 A;  4U7Q A;  5P0N A;  3S53 A;  4J0P A;  4CPT A;  1NPA A;  1IVQ A;  2HM1 A;  5P7J A;  1G35 A;  1SH9 A;  4LL3 A;  2R9B A;  3S54 A;  5P1S A;  1ZSF A;  1OD1 A;  1EPN E;  2IRZ A;  1HWR A;  5DGW A;  2PYM A;  3OOT A;  1MVP A;  4Y4G A;  4Y43 A;  1B6P A;  4FAE A;  1HXW A;  1DP5 A;  1HBV A;  2ASI A;  1TZS A;  3ZKS A;  1FQ4 A;  5OZN A;  3VYE A;  2PWR A;  3CID A;  1HVK A;  3A2O A;  5DQ5 A;  1HPO A;  5KQF A;  3NR6 A;  4CPX A;  2Q11 A;  2IS0 A;  8HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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