3TOGA

Hiv-1 protease - epoxydic inhibitor complex (ph 9 - monoclinic crystal form p21)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3togA00
5F00A 1BBSA 3TKWA 4DJUA 3KT2A 4Y4BA 1EC2A 5IVQA 4Z2ZA 3FX5A 5P87A 2FNTA 1WBKA 3O9AA 1YT9A 3VF3A 3PBZA 1GVXA 4N00A 5P6RA 1C6ZA 2OF0A 4CPRA 4MC6A 3IN4A 5P25A 5AH6A 5AHAA 2QI3A 5P8KA 5P3NA 3TPPA 3TH9A 5P4GA 5I70A 5P1MA 5P7VA 3KDBA 3L3AA 2PK5A 4DQHA 3HZCA 3OTSA 2JJIA 2ZHRA 1NSOA 1ZPAA 3UDPA 2QD6A 4LXKA 3OU4A 3Q3TA 1FQ8A 5P7FA 5P6DA 1QRPE 4B00A 2MIPA 3CICA 3VF7A 2AZ9A 5ER2E 5P64A 5P7RA 3O9EA 1B6MA 3OOTA 1M4HA 1T7JA 1FB7A 1BDLA 3I8WA 1AVFA 1GVTA 3SKGA 5JODA 5P2NA 1AZ5A 4RYGA 1W6IA 2I4UA 5P1QA 3OUBA 4DJRA 3ZPTA 2F3KA 2G22A 1NPAA 1HEGE 1HVRA 4PZWA 5P7TA 3OHHA 5JFUA 3PSGA 5OZVA 4I12A 4AMTA 4LAPA 3DCRA 4KE0A 4I1CA 3TOGA 3BGBA 3PGIA 5SY2A 1HIIA 3VSWA 4K8SA 3T7XA 1T6EX 2ZGAA 2QMFA 3LZUA 5P3ZA 1HSIA 5AHBA 5HU1A 5DPZA 1AIDA 4YD6A 4CPUA 3KN0A 4B77A 3FNSA 3LPJA 3LPIA 3N4LA 5P7JA 5ER1E 2IRZA 1FQ6A 3KFSA 5UPJA 5P5HA 5OZPA 3EKXA 5OYSA 4FIVA 2RMPA 5DGUA 5I3WA 1FG8C 5P7HA 1OHRA 2P3DA 5P3UA 5P4VA 5P5WA 1BWAA 3KDDA 1EC3A 2UY0A 5P7OA 2IENA 2QHYA 5P8SA 4WY6A 1LF2A 5T4SA 3UQRA 5P4CA 4B70A 2VKMA 5P4FA 1YM2A 1RQ9A 4YHQA 5P0YA 2QI0A 1IZIA 1F34A 2QI7A 3MWSA 5AH9A 5DGWA 2BPWA 5P7MA 1BV9A 3MSLA 4QJ2A 4Y3GA 1BILA 4NPUA 1HSGA 3BC4A 1RNEA 2AOJA 3ECGA 5P4MA 3PCWA 5P80A 5OZJA 5P40A 1D4KA 5P2JA 3I6OA 5CLMA 5P0DA 5P5BA 5P4PA 3QVIA 5P23A 4DQFA 3L58A 4ER2E 2PWCA 2XYFA 5DR7A 3CKPA 3BUFA 3HDKA 4PPHA 4WY1A 4Y3XA 3IXOA 2B7ZA 2H6TA 3UQWA 4QJ8A 3S85A 2QAKA 1J71A 1EPME 1IVQA 2Q15A 3LIYA 4CKUA 1PROA 5P1RA 3NXEA 4J1IA 5P5PA 4EJLA 4I0EA 3EL5A 3IXKA 5P6YA 3T7QA 5P5LA 4I0JA 5P36A 3KA2A 4LHHA 2CENA 4RZ1A 3M9FA 1D4IA 2IQGA 4UPJA 2R3TA 1EBWA 1DP5A 5P3CA 5KR0A 4HVPA 4APEA 1IBQA 3IGBA 3EMYA 4K4RA 5P0GA 4Y5LA 1UH8A 4FL8A 4H3FA 2HAHA 3NU4A 2Q3KA 3INDA 1W51A 5P59A 5P5UA 3D20A 2ZJJA 3IA9A 5P5GA 2PWRA 5P3SA 3OK9A 5P5EA 4Y45A 2R3WA 3PCZA 1SDUA 3EBZA 5IVRA 5P3TA 4GJ9A 2AOFA 5P7LA 5OYUA 5P35A 1OEXA 5SXNA 4A6BA 2BPVA 3RVIA 5P1VA 2VJ6A 4Y4DA 5P24A 4EHCA 1ZJ7A 4AUCA 4FLGA 5P2DA 3NLSA 5P11A 4B72A 4MC2A 3B80A 2I1AA 5P3PA 3SA9A 2R5QA 3UDNA 2R9BA 3OQAA 5P6PA 7HVPA 1EPOE 3BHEA 2WEDA 5P5JA 5KOQA 2QD8A 2B42A 2B60A 2NTRA 3OXXA 3PVKA 2WKZA 1TSUA 5P0BA 5OZGA 5P3IA 5P0XA 5P2KA 5P6ZA 1IZHA 1LYBA 5P4BA 3UFLA 1G35A 3KM4A 4MC9A 4Y4ZA 2OHKA 1HIHA 4ZSQA 1HEFE 3OQFA 4D88A 2P3AA 3BUGA 5P4YA 2QI1A 5P55A 3SO9A 3RSVA 4RVIA 2QI5A 5P2WA 1A30A 1IZDA 2RSPA 3GI4A 2BJUA 3OAGA 4EP2A 4Y4XA 5P3GA 1CMSA 5HE5A 3PBDA 5P06A 4GJDA 2WF4A 5DR0A 1FGCC 5FIVA 4OBKA 4HLAA 5P1EA 5OZEA 3URJA 5P3OA 2OHQA 5P0HA 5P5OA 1YTGA 3OXCA 1SBGA 2VA6A 5I3YA 4QJ7A 4J0TA 5P1YA 3RTMA 2IS0A 5P7SA 3NXNA 4GJ5A 5P1KA 3UDMA 5P4IA 2EWYA 3HW1A 4RGHA 2AOCA 3VV8A 3SKFA 3ZL7A 3SA7A 5EZZA 5P12A 1GVVA 1GKTA 3G70A 5P8OA 3OUDA 4Y58A 3S45A 5P5VA 3BGCA 5P47A 6FIVA 4L6BA 5P1DA 4A6CA 2VIEA 1DMPA 3H0BA 3VUCA 4B1EA 4F75A 4HDPA 5P69A 3SA8A 4LXMA 5AH7A 3ZPUA 5P2YA 5P6UA 1SIVA 2A4FA 2FLEA 4ZEAA 5P7CA 5P26A 1PPKE 4BEKA 5P48A 5P88A 3INHA 5P3VA 5OZ7A 2AOGA 1UH9A 5P16A 4NJVA 1MTRA 2BPZA 1SGZA 5P84A 2J9JA 3CKRA 5P1UA 1A8KA 1UH7A 1DPJA 4YD7A 5P7XA 1WKRA 5P5NA 3SLZA 5P8EA 1PPLE 2VA5A 4ZIPA 3PJ6A 3OU1A 1MSNA 4HZTA 5P2IA 5P5SA 5P6HA 4Y3DA 1EBKC 3NSHA 5DQ5A 1M43A 4Y51A 4YDFA 5JG1A 5OZNA 4LP9A 1A8GA 3TL9A 2P3CA 2G26A 3LITA 2OHMA 1ODWA 2AVSA 2PK6A 1HTRB 1OD1A 5ENMA 1E80E 3RSXA 1DW6C 3INFA 1F7AA 5P00A 1LS5A 5P1ZA 4BELA 4K9HA 2QNPA 4Z22A 5P8VA 3EKYA 3KFRA 4YA8A 5P17A 5P1AA 5P49A 5P83A 4YBIA 4Y3WA 1HVLA 5OZZA 5P29A 4EWOA 4XX4A 2G94A 1ZTZA 2G20A 1QS8A 5C9FA 4M8YA 5DR3A 2PMAA 4Y48A 2IKOA 1HWRA 5P2SA 2AZ8A 4Y4GA 3T6IA 1HOSA 4B1CA 4FRSA 4MC1A 3TPLA 4YE3A 4YBFA 4OBFA 3O9LA 1B11A 4JP9A 4J0ZA 4RVXA 4TRZA 1DAZC 3AIDA 4H3JA 3SA6A 5P89A 5P02A 3U6AA 3O9HA 5OZOA 2F80A 1BVGA 4M8XA 5P0VA 5P8TA 4ZPFA 2OHRA 4LL3A 3NYGA 3DM6A 1HRNA 3NU6A 3CKTA 5COOA 5P50A 1DIFA 2ZHSA 3ZKQA 4DJXA 5HU0A 4RROA 1Z1RA 5P2HA 5P4ZA 2I4QA 5P3XA 2WF0A 5P7PA 4XKXA 5P0SA 3PLLA 5P4TA 3LZVA 3WZ8A 3O9FA 3SA5A 1HTGA 3MSJA 3R4BA 5P2LA 2OAHA 4GJ7A 5OZXA 3ZKMA 5P1TA 5P4UA 4Q1XA 5CONA 3UDHA 2ANLA 3ZMGA 5P1PA 5P7BA 4U7QA 3QROA 1B5FB 2G1NA 2ER7E 1HTEA 1APWE 5P63A 5P3FA 3QI1A 5OZHA 5P0ZA 2Z54A 1HPSA 3URLA 3KFPA 5P7DA 1W5YA 4Z4XA 3BXRA 1META 1CZIE 2AODA 5ISJA 4Y5NA 4YCYA 5I3XA 4Y5EA 1HSHA 3I7EA 4EYRA 5P32A 1BXQA 1EEDP 1TQFA 1C6XA 3IAWA 1YX9A 3PI0A 4OD9B 4X7IA 4DH6A 1FLHA 3K5FA 1TW7A 1EPLE 2AZCA 5OYRA 5P8MA 3NWXA 4LXAA 3SABA 5OZCA 3GGAA 5OZ3A 2FXDA 4Y3NA 5P19A 2R8NA 2AVMA 1W50A 2J9KA 5P86A 1K6VA 3L5FA 5P6LA 2Q5KA 3OUAA 2WJOA 4E43A 5P3MA 3GW5A 3L5BA 5P28A 4QJAA 1K6PA 4GMIA 2IDWA 3D1ZA 2UPJA 5P7EA 1LYAB 4RRSA 4YD3A 5P8UA 1D4SA 3DOXA 4NJSA 4GJAA 5P0WA 4JECA 2WF2A 5HTZA 4Q1YA 4A4QA 4NKKA 3CIDA 3NDXA 4I0GA 1IVPA 5P1OA 3KT5A 4OBHA 5OYYA 1W5WA 4Y47A 4FGXA 5APRE 3DK1A 3R0YA 2F3EA 4Y4AA 2ZJMA 4OC6B 1AJXA 5BS4A 2NXMA 1HVJA 2FDDA 4YDGA 4HDBA 2G1SA 3WZ7A 5SZ9A 4EJKA 4H1EA 3VYFA 5DQ2A 2G21A 1KJFA 5P5ZA 5P15A 2A1EA 4NJTA 4FRIA 2AQUA 2ZJKA 1VIJA 4YD5A 5HDUA 1EPNE 5P58A 1FQXA 2QI4A 5P6JA 3S54A 4PHVA 3LZYA 2XYEA 2O4PA 3GI5A 5OZTA 1KJHA 4EJ8A 4R8YA 4YD4A 2OHSA 5IS4A 1ODYA 5JFPA 5P5QA 3PI5A 5P4QA 1ZSFA 1GVUA 3LIQA 5OYTA 2QHZA 4D83A 3PM4A 5P8AA 1HVCA 2OHTA 4DQBA 3Q4BA 4Y37A 5OZDA 3APPA 3PRSA 4RCDA 5P4SA 4OBJA 2AOIA 4NPTA 2WL0A 3NDTA 3LIZA 2ZHTA 1M0BA 3OU4B 3OXWA 1SIPA 3FIVA 5P3BA 5P4JA 4F74A 4TRWA 5P71A 4Y3JA 3EL9A 3SPKA 3HAUA 3CYXA 5P42A 5KR8A 5P79A 2R38A 5P5CA 3R0WA 3K5GA 4F73A 4Y4WA 4Y4TA 3UQPA 5HE7A 1K2BA 4ZSRA 2NMZA 5P6EA 3PHVA 2F8GA 1FQ4A 3O9DA 4Y41A 5P6NA 1B6KA 5P1FA 4Y3YA 4Y38A 5P14A 3OHFA 4ER4E 5P6GA 1ZP8A 2NXDA 5P2RA 3QRSA 5P0OA 3UDJA 2PC0A 2WECA 3UDKA 2B8LA 1T7IA 2Q63A 4RVJA 3UCBA 4QGIA 2HPFA 3TOFA 3VEUA 3TOHA 2QNQA 4COEA 1ZSRA 1ME6A 4Y4JA 5P3YA 3I25A 5P8LA 3FSMA 2FS4A 4FM7A 4JPEA 5OZ2A 4J1HA 2QHCA 3O99A 4FRJA 3O9CA 1LF4A 5P38A 3OXVA 3G6ZA 1TZSA 1SMEA 4I0FA 3URIA 3SAAA 3KDCA 3D1YA 3EKPA 3FKTA 3ER5E 3PLDA 3R1GB 3RTHA 2QMPA 5AHCA 3UPJA 4Y3LA 5HE4A 4YCTA 1BDRA 1NPWA 5TOLA 4Y36A 4DVFA 3LZSA 5P34A 4J5JA 2HS2A 1SGUA 5P3QA 5P4DA 4WTUA 3FNTA 3ST5A 1QBRA 4J17A 3K4VC 5OZ6A 5C9DA 5P6OA 3SA4A 1SP5A 5P3JA 1IZEA 5P2BA 3EL0A 3KF0A 5OZ1A 5ISKA 1XN2A 1A94A 3KMYA 3QAAA 3WB4A 4IVTA 1XDHA 3T7PA 3L5CA 2WEAA 2RKGA 4GYEA 3HBOA 4R93A 2G1OA 4CMSA 1NH0A 2APRA 3TPRA 4L7JA 2BKSA 3IN3A 3HD8A 5P5KA 2NNPA 4B05A 4K4QA 1HTFA 5P65A 5P6CA 5P67A 3F9QA 1UPJA 3UQXA 2HB3A 1GNOA 3HLOA 2WHHA 4Y3FA 4K4PA 5P66A 2ZYEA 5DQ1A 1EBZA 5KQZA 4RRNA 5P4KA 2V0ZC 3CYWA 1YTJA 3QP0A 3IVIA 1HVSA 2HM1A 1LV1A 1XE6A 3LIXA 2ZJHA 2P83A 3S56A 3LINA 5P6AA 3K1WA 4RCEA 5DQCA 5P2VA 5P4HA 2VJ9A 4D8CA 3QRVA 4J0YA 5OYVA 4PEPA 3K5CA 3AUPA 5P68A 5IVTA 5OZ4A 2FNSA 5AGZA 5E5JA 2QMDA 2ASIA 2BBBA 3UQUA 5P10A 3Q70A 1D4YA 1PSAA 4X2LA 2QZLA 2I0AA 2FIVA 4RCFA 2F3FA 4DV9A 5P8FA 2B7FA 4Y57A 4J1KA 4DJPA 5P7KA 5P2AA 5P74A 5P8NA 2OHLA 5J25A 3PB5A 4DJWA 3G72A 5OZYA 2Z4OA 1G6LA 1FIVA 3EC0A 2OHUA 2QU3A 3EM4A 1ODXA 1K1TA 1FKNA 1N49A 1YTIA 3R2FA 4Y5CA 1HPVA 4Y3TA 2IKUA 1ENTE 1QDMA 3KMXA 4RYCA 5HVPA 1ZAPA 5OZRA 5P70A 4DJOA 2VS2A 1PFZA 2P3BB 3D1XA 5OYWA 2VIZA 5BWYA 1LYBB 4F76A 4RLDA 5P6BA 2FGVA 4HEGA 3VV7A 1Z1HA 3FV3A 4EP3A 3S2OA 5P0AA 3S43B 5OZLA 1VIKA 5P43A 3EL4A 5P8HA 3ZKIA 3S53A 1SDTA 4Y39A 3OAGB 4ZPGA 5P4LA 5P2TA 5P8DA 2IGXA 4D85A 4QLHA 3LIVA 5P27A 4Y3RA 8HVPA 2RKFA 2ZJIA 2B8VA 1HPXA 5P1LA 2AVQA 3EKQA 2I4WA 1XS7D 2HC0A 5P0QA 5P2FA 4BFBA 4Y5BA 4HDFA 5P4OA 5P6SA 4DFGA 3LHGA 5P3WA 1LF3A 1B6JA 2Q64A 4CPWA 2V13A 5P7GA 3VYEA 1HIVA 4FCOA 3I2LA 5P8IA 2WEBA 3VFAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F00 A;  1BBS A;  3TKW A;  4DJU A;  3KT2 A;  4Y4B A;  1EC2 A;  5IVQ A;  4Z2Z A;  3FX5 A;  5P87 A;  2FNT A;  1WBK A;  3O9A A;  1YT9 A;  3VF3 A;  3PBZ A;  1GVX A;  4N00 A;  5P6R A;  1C6Z A;  2OF0 A;  4CPR A;  4MC6 A;  3IN4 A;  5P25 A;  5AH6 A;  5AHA A;  2QI3 A;  5P8K A;  5P3N A;  3TPP A;  3TH9 A;  5P4G A;  5I70 A;  5P1M A;  5P7V A;  3KDB A;  3L3A A;  2PK5 A;  4DQH A;  3HZC A;  3OTS A;  2JJI A;  2ZHR A;  1NSO A;  1ZPA A;  3UDP A;  2QD6 A;  4LXK A;  3OU4 A;  3Q3T A;  1FQ8 A;  5P7F A;  5P6D A;  1QRP E;  4B00 A;  2MIP A;  3CIC A;  3VF7 A;  2AZ9 A;  5ER2 E;  5P64 A;  5P7R A;  3O9E A;  1B6M A;  3OOT A;  1M4H A;  1T7J A;  1FB7 A;  1BDL A;  3I8W A;  1AVF A;  1GVT A;  3SKG A;  5JOD A;  5P2N A;  1AZ5 A;  4RYG A;  1W6I A;  2I4U A;  5P1Q A;  3OUB A;  4DJR A;  3ZPT A;  2F3K A;  2G22 A;  1NPA A;  1HEG E;  1HVR A;  4PZW A;  5P7T A;  3OHH A;  5JFU A;  3PSG A;  5OZV A;  4I12 A;  4AMT A;  4LAP A;  3DCR A;  4KE0 A;  4I1C A;  3TOG A;  3BGB A;  3PGI A;  5SY2 A;  1HII A;  3VSW A;  4K8S A;  3T7X A;  1T6E X;  2ZGA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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