3TOHA

Hiv-1 protease - epoxydic inhibitor complex (ph 9 - orthorombic crystal form p212121)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Developing HIV-1 Protease Inhibitors through Stereospecific Reactions in Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tohA00
3I8WA 5DR3A 3BUHA 5JG1A 1ME6A 3INDA 3H0BA 5P6NA 4Y53A 3KA2A 2RSPA 5KR8A 1A9MA 3DV1A 2AOFA 2BPYA 4OBZB 5P5CA 2WEZA 4PPHA 3QRMA 5P2NA 3DJKA 5OZ8A 1HTFA 2G1YA 2B7FA 3I25A 1HEGE 5KQZA 1LYBB 5ER1E 2AOCA 1YTIA 4F73A 1EBWA 5P8NA 5PEPA 3O99A 5HE4A 3MXEA 3O9HA 3VG1A 3R4BA 3IAWA 3NU5A 1K6CA 3OHHA 2FGVA 2HPEA 5P6UA 5P1RA 3HVPA 5OZ6A 2QI3A 3FSMA 4BELA 1F34A 5P6SA 4Q1XA 5P7LA 5SZ9A 3PCWA 4EXHA 3QI1A 4Y3PA 1ZSRA 2P3DA 5P4IA 2OF0A 2QMGA 3TTPA 5P1ZA 4CPSA 4RYGA 3RTNA 1SGZA 2O4NA 1DPJA 2WF4A 5P1PA 3S2OA 5P5BA 6UPJA 4I0GA 4B05A 3NUOA 4J5JA 2ZJHA 5P4BA 5P8IA 2OHQA 5P52A 4ER4E 4DPIA 5OYQA 3RTMA 5I3WA 3CIBA 1W51A 5P34A 3R0WA 5P3EA 3LZSA 4DJOA 1TCWA 4GJ5A 5P5AA 2I0AA 3OUBA 5P6OA 1ZTZA 4Y35A 5P6WA 4Y3DA 4I0JA 5DPZA 3A2OA 4Z22A 1AAQA 5AHAA 5P82A 3N3IA 4Y5MA 1QBRA 1AJXA 2P3AA 3HD8A 4YD5A 1A8GA 1XS7D 3KDCA 4ZIPA 1IBQA 5P7QA 4Z2ZA 3NR6A 1HSGA 4JP9A 1LF3A 1QBSA 4Y4GA 3EBZA 4Y3YA 2ZJLA 1DMPA 3NWQA 3D3TA 3U71A 2F80A 5P32A 3ZLQA 5I70A 4H3GA 4DQGA 1BDLA 2QMDA 3O9EA 4Y3GA 3VFAA 2BJUA 5IVSA 4DFGA 2QK5A 2IQGA 5C9BA 5P7RA 3MXDA 2AZ8A 2RENA 1ODWA 5P5WA 3K4VA 2ZJMA 3TLHA 2Q15A 5P08A 3SA9A 3LINA 2PH8A 2IL2A 1YG9A 5P1IA 3TPRA 5P04A 4FM7A 2WEBA 3ZKNA 2CEJA 3L5FA 4DJYA 1YTJA 4HEGA 3MSLA 2FDDA 2NNKA 4GJCA 1K6TA 4ZSRA 5IE1A 3PJ6A 4OBFA 5BWYA 2J9JB 4TRZA 4I0HA 5P15A 4HDBA 1ZAPA 3HAWA 3SLZA 1YM2A 5P05A 5P7PA 1FMXA 5P3OA 3RU1A 5P3JA 5P5JA 1META 1TCXA 4J1KA 5HU1A 3TOGA 5HDUA 4J1IA 4RVXA 3LIZA 1HBVA 4Y38A 5P4DA 4Y5LA 1KJ7A 5OZNA 4Y4BA 1TW7A 2RKGA 4RRNA 5P6JA 1PSOE 3U7SA 5P8DA 2FNTA 3H5BA 4RRSA 3BGCA 2AZ9A 4BFDA 4K9HA 3U6AA 2QI6A 1W5VA 5P53A 2ZGAA 5P0SA 3O9IA 5P2EA 1BV7A 3TNEA 1NPVA 4YD3A 2AODA 3BC4A 4NJUA 4K4RA 4QJ9A 1HTRB 3K5DA 5OYXA 3CKRA 3UCBA 5P1SA 3EM3A 4LL3A 4Y57A 5P1AA 1QBTA 2WEDA 2NR6A 4RYCA 3RTHA 4EPJA 1LYWB 5P1QA 2Q11A 4Y43A 2OAHA 3SA8A 1XN3A 2IKOA 4Y3MA 2Q63A 2PSVA 5P0FA 3NSHA 5P4AA 1MUIA 4ZSMA 4Y4WA 5P0OA 3PGIA 4FRJA 5I3XA 5OZTA 5HDXA 1LYAA 4DUSA 1HPSA 4Y45A 4ACXA 2WF3A 1Q9PA 2QU2A 1QBUA 5OZ5A 5KQYA 3APRE 3NYGA 2B8VA 4I8WA 5P6BA 2QAKA 5P8AA 4XKXA 1MSMA 3VSXA 4LXMA 2BB9A 5P7NA 3S45A 3Q3TA 2G20A 1RV7A 5P67A 4Y50A 4HA5A 5P5DA 5P45A 4QJ8A 5P0JA 3LPKA 1D4YA 1ZP8A 1APWE 5P3VA 3Q6YA 2AVVA 4RZ1A 3UDKA 1FLHA 1AM5A 2PWRA 4Y41A 4OBZA 2ANLA 1BAIA 2B7ZA 5P7ZA 2JYSA 5JFUA 4B72A 1AZ5A 3UQXA 2I4QA 4FL8A 4D89A 3PBDA 3UDMA 3OOZA 2HM1A 2UY0A 5P0DA 1LF2A 5P1FA 4J54A 4Q1WA 1C6ZA 4QJ7A 4E43A 1HEFE 1E82E 1JLDA 4QJAA 3PLDA 4EJDA 5P0LA 4B70A 5OZLA 4X7IA 1B6LA 2JJJA 3CKTA 3EKVA 3O9BA 5C9DA 1GNNA 3JVWA 4BEKA 1G6LA 5P4TA 3OXWA 5P5QA 3DM6A 3OXXA 4RVIA 1GVVA 5P03A 3LIQA 1YX9A 5UPJA 4D88A 4DJXA 5P2YA 1EAGA 2OHKA 1B6MA 1DP5A 4MC6A 1M4HA 2P3BB 4GJ9A 5P4NA 3CMSA 3VYEA 4FRIA 5OZPA 2F3FA 5P0WA 2QZXA 5P50A 1FF0C 3R0YA 1XE5A 1SDUA 5P0QA 5ENMA 4I0DA 2ZDZA 4UPJA 5EZXA 5P5OA 4U7QA 5P79A 4Z4XA 3UDRA 3NXEA 5P8EA 4Y3XA 3IXOA 4GJBA 3NDXA 4AZYA 5P3AA 4D85A 4Y5KA 2BQVA 4PEPA 5OYRA 1APTE 1BVGA 4HVPA 3PLLA 4LXAA 4GJ6A 3BGBA 2H6TA 2F3EA 1FIVA 5P4JA 2FDPA 2R38A 1LF4A 4A6BA 4PZXA 2HC0A 5P3QA 2NTRA 3OAGB 2G22A 4IVTA 3S56A 3QBFA 4DJQA 3PMUA 2G1SA 5KR1A 4CP7A 8HVPA 3PB5A 4ZPFA 4I0FA 2XFKA 5P5EA 4RROA 3D1XA 2IKUA 5P5YA 4XX4A 3QRVA 4L7JA 1B11A 1K1UA 5ISJA 5P1VA 5DQ1A 2Q64A 5P63A 2CEMA 3CIDA 2FMBA 2ZHTA 3BXRA 4K8SA 1RL8A 1W5XA 5P3DA 5OZGA 3NLSA 4EP2A 4J55A 5P77A 1HIHA 2PH6A 3FNUA 3BRAA 2FS4A 1U8GA 5P74A 2G24A 2UPJA 4DQEA 2VA7A 5J25A 4GB2A 5P1DA 2NNPA 5OZBA 2J9JA 3OGQA 4L1AB 3OUDB 4TVGA 3FX5A 5P65A 2VKMA 4QLHA 5KOSA 4Y36A 5P40A 3PI0A 3VUCA 1D4LA 5P60A 3ZKQA 3MSKA 5P1OA 2WF0A 5HVPA 2I4UA 2HS2A 3CYXA 5OZJA 4Y4JA 1MEUA 5P8FA 4B0QA 5OZ3A 5P7SA 2XFJA 5P3CA 1EC1A 5EZZA 4YCYA 3MWSA 5P2LA 2ZYEA 5P3NA 2F81A 3T11A 4APRE 5HE7A 3UHLA 4Y48A 3IXKA 3PI5A 4H1EA 1XL2A 5P7OA 4Y3FA 5P10A 2Z54A 1HSHA 5P1GA 2RKFA 3BVAA 4ZPEA 1NPAA 3TOHA 1LZQA 4DJRA 2VJ6A 1NPWA 1LEEA 1FG8C 2O4PA 3GGVA 1FQ8A 4J0YA 3VFBA 3O9CA 3L58A 4DPFA 1HOSA 3UDQA 2QZKA 7HVPA 1HVHA 5P06A 2WKZA 1G35A 2R43A 5P0KA 3IVIA 5OZ9A 4YA8A 4FCOA 5P5XA 1A30A 1BDRA 3S43B 2FGUA 3BHEA 3PWWA 1HWRA 4H3JA 3NU9A 4Y4DA 1PFZA 1EC3A 3OQFA 5P8OA 4PYVA 5P1JA 2NMZA 4B1CA 2G27A 4DJWA 3HAUA 1RNEA 3WZ8A 5P6EA 1PROA 5F01A 6APRE 1SDTA 2IGXA 4GYEA 5P7DA 1VIKA 3QS1A 4ZLSA 5P0TA 2AOIA 2V0ZC 4XXSA 5P7HA 5OZ0A 5P2XA 3PVKA 3NXNA 5P2HA 1ER8E 4NPUA 5P4FA 5P8VA 1SIPA 5OZ7A 5OZHA 3VV6A 5P80A 3CYWA 2XYFA 5P7MA 3URLA 2IGYA 4RGHA 1EPQE 5P5SA 4Q5MA 2AVOA 2BBBA 2OHUA 4Q1NA 4FSLA 3D91A 4EQJA 4Y3EA 5OZMA 1ZJ7A 2FLEA 2R8NA 4ZE6A 3URIA 3QVIA 1FKNA 5P0RA 5P1TA 4B1EA 4N00A 5DR1A 1FQ7A 3SABA 5IVTA 5AHBA 5P2IA 4FSEA 3KT5A 3T7QA 2NPHA 4Y3NA 5P47A 5OZ1A 5P14A 2VS2A 5P26A 3UFLA 4R93A 1XL5A 2OHTA 2QHYA 1QS8A 5P3LA 5P6AA 1D4IA 5P70A 3UTLA 3ZL7A 3S85A 5P00A 5P2VA 5P5GA 1TQFA 5OZXA 5P2QA 3SM2A 5P57A 1MT9A 3O9LA 3OQ7A 4RCDA 2I4WA 5P36A 3EC0A 4Y5AA 3O9DA 2Q54A 5SY2A 2I4DA 3VF3A 3L5DA 1GKTA 1D4SA 4Z50A 2B60A 3K1WA 4KE1A 2VJ9A 4I12A 3QBHA 4HE9A 3ZMGA 1EC0A 5OZWA 2JJIA 2BPZA 5P2BA 5SXNA 4U8WA 4QJ6A 4R95A 4Y4TA 2FDEA 4HLAA 3B7VA 4B00A 1XE6A 4Y3WA 2R5PA 4R8YA 3NWXA 3PWRA 1IVPA 1BXOA 3NUJA 1HTEA 5P51A 5P4GA 5P59A 5P6FA 3EKWA 5I3YA 2OHNA 3QAAA 5OYWA 3URJA 3O9GA 1HVIA 5P61A 1E5OE 5P4HA 3EL0A 4OC6A 5OZIA 5P7GA 4EQ0A 4I10A 4IVSA 1BXQA 3HVGA 4JPCA 2QHCA 3VV7A 4GJAA 2R3WA 5P6MA 4APEA 5P3PA 2P8HA 1T6EX 3EM4A 5OZKA 1B5FA 4TRWA 3DUYA 2VIJA 1EEDP 1FMUA 1KJ4A 5P58A 4HDFA 3I2LA 4H3IA 5P3XA 5P71A 1IDAA 1EBZA 4Y5PA 1EC2A 3M9FA 2QI7A 5OZZA 5P41A 3CICA 1QRPE 4OBDA 2JXRA 5DQ2A 4MC9A 4KE0A 1M43A 2I4VA 5P19A 1J71A 2V16C 3KT2A 4I0IA 3UQUA 2FXDA 4J1CA 5COPA 3VF5A 1XDHA 5P3ZA 4FAFA 2O4LA 5ENKA 5P2AA 3UDPA 1HPXA 2QD7A 4L1AA 1BILA 5P4KA 1AVFA 4FM6A 5P2DA 4ER1E 3KYRA 4EJLA 5P27A 5JODA 4LAPA 2A4FA 2QCIA 5P5RA 1HHPA 3OQDA 2HS1A 1T7JA 3OU1A 3EM6A 3WB4A 4A4QA 3GGAA 5P7AA 5BRYA 4WY6A 3RVIA 3OU4B 5ER2E 4ZSQA 3KDDA 1UPJA 1K6PA 5P6KA 1APUE 4TRYA 5P7UA 5T4SA 3ST5A 1HIVA 3ZPTA 1IZHA 1IZEA 4M8XA 5P4YA 3OTSA 3QN8A 5P0YA 5DGUA 3TH9A 1SMEA 2R3TA 5P31A 5P7IA 4GIDA 1FQXA 2P4JA 5HU0A 5P6DA 1T3RA 5FIVA 3SA6A 3TOFA 1RPIA 1LS5A 5P75A 5OZVA 1B6JA 1FEJC 5P09A 3JW2A 5P17A 5P1NA 2QI4A 4CPWA 5HD0A 4ZSPA 5P44A 5P4PA 2ZHRA 1T7IA 2BPVA 5P85A 5P8JA 2G1RA 3OHFA 1HVCA 1SH9A 3DOXA 3GI0A 3K5FA 3UF3A 4FLGA 5DR8A 1WKRA 1QDMA 3UFNA 4FGXA 2ER7E 1LYBA 5OZQA 2UXZA 2AOGA 5P0CA 4EJ8A 4PHVA 2ZJIA 4I8ZA 4DQFA 2FIVA 5P1WA 4D83A 4FRKA 5P5TA 2HB4A 2WJOA 3OTYA 3QIHA 2PQZA 2BKSA 2QMPA 3VLAA 5DR0A 3ER3E 3NU4A 4MC1A 4YOBA 4CMSA 5P5MA 1EPME 1N49A 5P55A 3OQAA 5P1HA 3PMYA 1Z1HA 1DAZC 1SBGA 7UPJA 2PSUA 2V11C 5P39A 3SA4A 3HLOA 3PSYA 2ER9E 4AA9A 4Y5BA 4Y4AA 5P6YA 2PYNA 5OYSA 1HPOA 1HVRA 5P6IA 2QI5A 4M8YA 4FS4A 4JECA 4YD4A 5AHCA 1BWAA 2NMYA 1NSOA 3L5CA 5P8KA 3ZOVA 5TOLA 2IEOA 5P8TA 5P18A 1HPVA 4Y54A 5P7EA 2I1AA 4KUPA 5P6GA 3LIVA 5P3FA 4Y3LA 5P11A 2QD6A 4CKUA 1MTRA 2AZCA 3T7PA 4CPUA 1K6VA 5P8SA 5B18A 3I7EA 1K2BA 3VF7A 4R5NA 3WB5A 2APRA 2AVSA 5P16A 1FFFC 3FV3A 1PPME 4Y3ZA 5P8MA 2O4SA 3KMYA 3SAAA 1K2CA 4GJ8A 6FIVA 3MSJA 4QGIA 4EP3A 5P8LA 5OZ4A 4DI2A 1M0BA 2SAMA 1UH9A 3TPLA 4CPRA 3SQFA 4Y9WA 3ZKIA 3SFCA 2AOJA 1APVE 3G70A 4YBFA 3L59A 1C6XA 1GNOA 1FB7A 3R2FA 3K5CA 4EJKA 1D4HA 4Y3HA 1T7KA 1AXAA 3QP0A 1IVQA 1E81E 1E80E 2PK6A 1A8KA 3PSUA 4YD7A 3GI4A 3PHVA 5P3HA 3D1YA 5KOQA 4Q1YA 1ENTE 5P56A 5P3TA 1HIIA 5P42A 5AH6A 2CENA 5CLMA 2IENA 5P2WA 2BPXA 4PZWA 1CZIE 1OHRA 5P86A 1T6GA 1PSNA 4COEA 3KFRA 2G94A 1XN2A 3QVCA 5P6QA 3TKGA 4OBKA 1BBSA 3IVHA 5P24A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I8W A;  5DR3 A;  3BUH A;  5JG1 A;  1ME6 A;  3IND A;  3H0B A;  5P6N A;  4Y53 A;  3KA2 A;  2RSP A;  5KR8 A;  1A9M A;  3DV1 A;  2AOF A;  2BPY A;  4OBZ B;  5P5C A;  2WEZ A;  4PPH A;  3QRM A;  5P2N A;  3DJK A;  5OZ8 A;  1HTF A;  2G1Y A;  2B7F A;  3I25 A;  1HEG E;  5KQZ A;  1LYB B;  5ER1 E;  2AOC A;  1YTI A;  4F73 A;  1EBW A;  5P8N A;  5PEP A;  3O99 A;  5HE4 A;  3MXE A;  3O9H A;  3VG1 A;  3R4B A;  3IAW A;  3NU5 A;  1K6C A;  3OHH A;  2FGV A;  2HPE A;  5P6U A;  5P1R A;  3HVP A;  5OZ6 A;  2QI3 A;  3FSM A;  4BEL A;  1F34 A;  5P6S A;  4Q1X A;  5P7L A;  5SZ9 A;  3PCW A;  4EXH A;  3QI1 A;  4Y3P A;  1ZSR A;  2P3D A;  5P4I A;  2OF0 A;  2QMG A;  3TTP A;  5P1Z A;  4CPS A;  4RYG A;  3RTN A;  1SGZ A;  2O4N A;  1DPJ A;  2WF4 A;  5P1P A;  3S2O A;  5P5B A;  6UPJ A;  4I0G A;  4B05 A;  3NUO A;  4J5J A;  2ZJH A;  5P4B A;  5P8I A;  2OHQ A;  5P52 A;  4ER4 E;  4DPI A;  5OYQ A;  3RTM A;  5I3W A;  3CIB A;  1W51 A;  5P34 A;  3R0W A;  5P3E A;  3LZS A;  4DJO A;  1TCW A;  4GJ5 A;  5P5A A;  2I0A A;  3OUB A;  5P6O A;  1ZTZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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