3TPJ | Genus

Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	391
structure length	377
Chain Sequence	RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7936189556987565__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7936189556987565__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3tpj/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7936189556987565__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7936189556987565","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3tpj/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7936189556987565__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d031b8484bab75045d22ec2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d031b8484bab75045d22ec2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d031b8484bab75045d22ec2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d031b8484bab75045d22ec2/pdb.gz): 737 ms

reading 377 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

377 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:376});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Flexibility of the flap in the active site of BACE1 as revealed by crystal structures and molecular dynamics simulations pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	96
structure length	377
sequence length	391
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2011-09-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3tpjA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	3tpjA02

5JODA 5P4LA 5P79A 1SP5A 1K1UA 4Y35A 3EM3A 5COOA 4XXSA 3OOTA 4I0HA 2P3AA 4I12A 2I0AA 5BS4A 5P89A 5P68A 5P1UA 5DQ2A 3ZKIA 3BC4A 2QU3A 5HDUA 4I1CA 1BAIA 5IVQA 1QBSA 4Q1WA 5OZTA 3EMYA 2I0DA 2ZHRA 2WJOA 3LZUA 5P5PA 2NNPA 1IZHA 2O4LA 2ASIA 5P8DA 3PLLA 3U6AA 4Q1NA 5SY3A 3IGBA 4EQ0A 5OYRA 1HVIA 2G69A 5P2RA 1Z1RA 3S43A 3OQKA 4E43A 3K1WA 4J1EA 4AZYA 3APRE 4H3FA 4Y3TA 3DCRA 2QZXA 5P8TA 1OHRA 5P4WA 4B77A 4J1CA 3O9GA 1T6GA 5P0VA 1W5XA 4Y54A 5P7EA 2ANLA 3T7QA 1HVJA 1YTJA 2EWYA 5P01A 3Q5HA 3R0YA 5P1JA 1T7IA 3FKTA 3PB5A 2O4KA 4PZXA 5C9FA 4Y4ZA 5OZHA 3LPJA 5OZ1A 4HVPA 3SA5A 1XDHA 3KFRA 5P07A 5P49A 3F9QA 5P70A 4Y5PA 4HDBA 2AOHA 5P86A 3NUJA 2HB2A 2SAMA 3D3TA 1OEWA 3RU1A 2XFJA 4RROA 4ZLSA 2G24A 4Y6MA 1FMXA 5JG1A 5P3XA 1A8GA 3ZKNA 5I3XA 2MIPA 3DV5A 1EC2A 4B72A 3ZMGA 2B7FA 3NXEA 2OHMA 3SAAA 2Q55A 3ST5A 2QHCA 1XL5A 1LS5A 3HAWA 5P8JA 1QBRA 3LINA 5P1OA 3NU6A 4Y51A 2HAHA 4YD3A 1SIPA 3D1YA 5P0FA 2IGYA 4KUPA 5P12A 1MIQA 3SKFA 2Q15A 5DQCA 5P3KA 1ME6A 4RCFA 2B42A 2NXDA 4Y43A 5P8UA 5P4SA 4XKXA 5KQZA 2QCIA 3LPKA 1HPVA 4LXAA 2IKOA 2ZHUA 2NPHA 3WZ7A 2Q3KA 5OZJA 4I0EA 3S56A 3HDKA 5KR1A 5P7OA 4Y39A 5HD0A 2R5QA 2JXRA 5P7WA 5ER1E 3RTHA 2OHPA 4RRNA 4YD5A 5P8IA 5P58A 4EHCA 2ZYEA 5P2JA 1G6LA 3ZKMA 2WEZA 3IXJA 4DPIA 4J54A 2QHYA 2Q5KA 4QJ8A 4CMSA 1FLHA 5P4BA 2QMDA 3LZVA 5P1AA 4BELA 4R95A 2RSPA 3KFNA 1MPPA 1HEGE 4EJDA 1DW6C 3EKTA 2HIZA 4APRE 4DJUA 4DQBA 3TPLA 3PMYA 4HE9A 5P19A 4BFBA 1E80E 1CMSA 3ECGA 3EXOA 5OZQA 5HCTA 2HB3A 5HDXA 5P4AA 3GGVA 4D89A 3HBOA 5P2YA 3ZKXA 3O9AA 4PZWA 5AHCA 1BWBA 5P67A 1ENTE 4Y3LA 5AH8A 5P82A 5P8NA 4K4RA 5ER2E 4YBIA 4R5NA 5BWYA 3OU1B 5P88A 2WF4A 3VCMA 2ZJHA 5I3WA 3WSJA 2Q64A 1YTIA 5P4JA 5P7XA 5IVTA 2AZCA 1FFFC 1KJHA 3JVYA 5P18A 5P8FA 2XYEA 1ZTZA 5P8RA 2O4SA 4L6BA 5P7DA 5OZUA 1AJXA 1IZIA 4EPJA 4F75A 3PWRA 3UHLA 2BB9A 3K5GA 4NJUA 4JP9A 5OYXA 4Y3NA 5P2EA 5P50A 2P8HA 1ODYA 2QZLA 1GVWA 3I7EA 9HVPA 1B11A 5P36A 1QBTA 4FM8A 4K8SA 3OU1A 3WZ8A 2QD8A 2UY0A 1EPOE 5C9DA 3TNEA 1NPAA 3FV3A 5P6NA 1D4SA 2AVQA 1T3RA 4PYVA 3UDJA 4FE6A 1SBGA 3UDQA 5DGWA 3DV1A 5OZGA 4LAPA 2VIEA 3AIDA 4XX4A 1W5WA 1EEDP 2J9JB 3QP0A 4ZSRA 5P5LA 3UQXA 2HC0A 2OHKA 2AIDA 2OHQA 2QI7A 3L5BA 1EC1A 5P2NA 5P4XA 3VV8A 3PI0A 5P35A 5P77A 5P0BA 5P6KA 4Y5CA 4D8CA 1HTRB 3UDNA 1CPIA 2HPEA 5IS4A 5OYYA 5P2TA 5P2ZA 2RKGA 3PVKA 2HM1A 2QNPA 2A1EA 4ZSMA 3EKVA 2RENA 3QROA 2AZBA 1WBKA 5P0ZA 3FNSA 3UF3A 5P0SA 3UQRA 1E5OE 2OHLA 1MT9A 3K5FA 1G2KA 4YBFA 5P7GA 5P30A 1DP5A 2R9BA 4WY6A 2QNQA 3VLAA 4YCKA 3CMSA 4FRSA 4OBHA 5KQFA 1MVPA 2OHNA 5P3HA 4A6CA 1MRXA 5P1MA 4RGHA 5P3OA 5P4UA 5DR0A 5SY2A 3O9LB 3OUAA 5P1RA 4B05A 4YD7A 3KYRA 2QD6A 5P7UA 4RVIA 1HTEA 5P7RA 1K6CA 1AM5A 5P5HA 2QK5A 3IN4A 3ER3E 2ZJLA 3Q3TA 1MERA 4DQFA 4QJ9A 5P7PA 3EL4A 2IQGA 4DJOA 3EL1A 5P6UA 2FNSA 2OHTA 5OZAA 4ACXA 4WTUA 1BV9A 2WKZA 1LYWB 4NJTA 5P6HA 3ZOVA 5P46A 5ISJA 4DUSA 1D4JA 3VF5A 5UPJA 3UCBA 4IVTA 5SZ9A 3EL0A 5P8MA 4OBZB 1C6ZA 4L7JA 4ZSPA 5OZXA 3LIZA 1K6PA 3O9LA 4L1AA 5OZVA 5P0YA 5P32A 2G1OA 3L38A 3MWSA 1TCWA 5P4VA 5P2OA 1HIVA 3DJKA 1JLDA 3UFLA 5KR8A 2ER9E 3DUYA 1ZSFA 4QJ2A 3OXWA 4LHHA 4Y3EA 1BWAA 3OAGB 6FIVA 5P2KA 4Y5MA 5P1VA 2HS2A 1HXWA 5DQ1A 1LYWA 1HSGA 5P1BA 3TH9A 5OZFA 1HEFE 5P22A 4GJ6A 5C9BA 2VIZA 1RQ9A 4JPEA 3VV7A 2VKMA 4OBZA 5P6LA 2AVOA 5P1ZA 2HPFA 1FB7A 5OZMA 5P8VA 1EPPE 4GMIA 3S53A 3R0WA 4ER1E 4RRSA 5P1QA 3KF0A 5P45A 3SA7A 4FRJA 4CKUA 5P6TA 2I4QA 1T7JA 4HZTA 5P3MA 5P63A 3QS1A 3OAGA 4ZE6A 2BPVA 5P8LA 4Y5EA 4YOBA 2PQZA 3DCKA 3GI5A 1AXAA 1HVLA 5P4ZA 5KR0A 5P87A 5P0DA 5P2BA 3FSMA 1BV7A 1BDQA 5P6DA 5P59A 4Y3FA 3HZCA 4GZFA 3UPJA 2QZKA 3ZPTA 4J0YA 3RSVA 1HIHA 1C6YA 2G22A 5P39A 4FSLA 3LPIA 5HU0A 4HA5A 5OZ9A 5P54A 2WL0A 1EPNE 4AA8A 4DI2A 3BXSA 5P3AA 5P75A 2NR6A 2QMGA 3OQFA 3RSXA 3OGPA 5OZSA 5P0KA 3KT2A 3OHHA 5P61A 1IVQA 3PJ6A 5P06A 1HOSA 5OZ2A 1PROA 2G1SA 5OZYA 5P76A 5P3TA 3CIBA 5P3UA 4GYEA 4R92A 2B8VA 3VF7A 1HVSA 1GKTA 5P1YA 5HCOA 2QMFA 2F3FA 3NYGA 5P6PA 1HTFA 4Y5GA 4Y48A 4OBFA 5P1NA 2ZJNA 5P09A 4ZSQA 5P5CA 2P83A 5P8AA 3D1XA 3O9DA 3GGUA 5P10A 2R3WA 4TRZA 5OZKA 5P2DA 4HDFA 5P1GA 5P2XA 1ODXA 2V00A 2V16C 4DVFA 1SMEA 5P6ZA 5P2VA 4B78A 1T7KA 2AOJA 3OUCA 4YD6A 1HHPA 3VLBA 5P7NA 5HTZA 1B6PA 1YTHA 3PEPA 3G6ZA 2BKSA 4TRWA 5P0WA 3VV6A 2P3BB 1AAQA 2ZE1A 1LYBB 2I4XA 2PWRA 2RMPA 3BHEA 5OYUA 1W6HA 3PSUA 5P5VA 3CYXA 1GNNA 2AODA 4J1IA 4Y4EA 5OZLA 4ER2E 2QI3A 2AVVA 1TQFA 3O9BA 4GJ5A 1A30A 2G20A 5P3RA 5P78A 3SFCA 3SLZA 3L58A 4GJCA 3ZLQA 4GJBA 4FAEA 5OYZA 4Y4XA 5IVRA 1LEEA 1ZLFA 3PI5A 4J0PA 4NPTA 1MTBA 3EM4A 3GGAA 5P04A 5P11A 3UDKA 1K2BA 1HIIA 3WB4A 5P13A 3K4VA 4Y5KA 5P4KA 1FQ6A 5P1TA 3URLA 3MXEA 1AVFA 5P02A 2WEBA 4EJLA 5OZ0A 3INFA 1BXQA 2QD7A 1A9MA 2P3BA 3KMXA 1APUE 1LYBA 4YDGA 4I0ZA 5P42A 3EL9A 4D83A 4DJXA 3OXCA 2FNTA 5KR2A 1SMRA 1KJ4A 4RYCA 5P1KA 5OZEA 7HVPA 2B7ZA 3D91A 3EKWA 5OZOA 1GNOA 5P1EA 5P40A 2QI1A 5P1DA 3H0BA 4MC2A 5P7QA 4CPUA 4X2LA 1FIVA 3O9IA 1FMUA 3PWWA 2J9KA 2V11C 2G26A 5P4DA 3ER5E 3IXKA 5P4RA 5P85A 5OZ5A 3OTYA 2OAHA 5P3VA 4X7IA 5CLMA 4Y5AA 2ER0E 2VJ7A 4Z50A 4I11A 5HE7A 2JYSA 4LXMA 2ZHTA 3NWQA 3PSGA 2WHHA 4M8XA 4Y3AA 3PRSA 5P0MA 3QRMA 1HSHA 2FXDA 5BRYA 2ZGAA 4RCDA 4OBGA 2NNKA 5P1LA 1FGCC 1K6VA 5P8QA 1U8GA 3TPRA 3BVBA 5P2WA 5P0NA 5DR7A 5P6IA 1NPWA 4R93A 5P6BA 2I1AA 1ZPAA 1UH7A 4Y5BA 2VIYA 1T6EX 2IL2A 5ENKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P84 A;  4EXH A;  3OQA A;  4YA8 A;  5DGU A;  4EYR A;  5FIV A;  5P7S A;  5HDV A;  3UQP A;  5AH6 A;  1SH9 A;  2WF1 A;  5P23 A;  4UPJ A;  4RCE A;  2BJU A;  3S45 A;  1TZS A;  4Y3Q A;  3KN0 A;  1QDM A;  3TKG A;  2FGV A;  1APW E;  2P3D A;  4ZPE A;  4OC6 A;  2F3E A;  1TSU A;  3LIQ A;  5P4M A;  5HVP A;  4LXK A;  1MT8 A;  2CEN A;  1FQ5 A;  5P2Q A;  1BXO A;  3D20 A;  1TSQ A;  5EZZ A;  4Y3R A;  5P5R A;  2R3T A;  5P17 A;  3IAW A;  5P3Z A;  3FNU A;  3MSJ A;  5P4Q A;  5P71 A;  1W5Y A;  4Y3P A;  2BKT A;  4Y4J A;  5P8E A;  3D1Z A;  2BBB A;  2BPY A;  5F00 A;  5CON A;  3ZKG A;  4MC6 A;  1VIK A;  3S85 A;  2PH8 A;  3QRV A;  5P0E A;  1OD1 A;  3NUO A;  1HSI A;  4I8W A;  4RYG A;  3LIX A;  5P83 A;  4AA9 A;  4APE A;  5P41 A;  3DK1 A;  1OEX A;  4HDP A;  1CZI E;  3ZPU A;  2PH6 A;  1BDR A;  3OOZ A;  3VUC A;  5P7F A;  4Y3W A;  5OZB A;  2BQV A;  2Q11 A;  2ZJM A;  4IVS A;  1FF0 C;  3OAD B;  5P3I A;  5P7I A;  5P5F A;  5KOS A;  4Y44 A;  3QIH A;  1HPS A;  3NWX A;  1EC0 A;  1ZP8 A;  3K5D A;  3VFB A;  5OZ6 A;  7UPJ A;  4EP2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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