3TPJA

Apo structure of bace1
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
391
structure length
377
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVETSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Flexibility of the flap in the active site of BACE1 as revealed by crystal structures and molecular dynamics simulations
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 377
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tpjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tpjA02
3BXSA 3NDWA 5P6DA 2V16C 3LZUA 1K2BA 1FQ4A 1SMRA 2ZJLA 5P6OA 2AOGA 5DQCA 1ZBGA 4ZSMA 5P4SA 4YD3A 4JPCA 1FEJC 1K6VA 5HDVA 3KN0A 5P63A 1BV7A 3EKYA 3PSYA 3VFBA 5OZNA 3K5DA 1RPIA 5P7IA 1AXAA 1FG6C 2P3DA 4MC1A 1NPAA 1B6PA 1HIIA 1W5VA 4KE1A 5P2WA 3HAWA 5OZCA 3NUJA 3LZVA 4R92A 4LHHA 2ZHRA 5P8JA 4GIDA 4ZSRA 5EZZA 2BQVA 4Y4TA 2P3BA 3LPJA 3ZKGA 1K1UA 1AZ5A 2IKUA 2IQGA 5P6PA 4ER4E 1HRNA 4DFGA 4BELA 4FCOA 5P5OA 5P0JA 5AH8A 3NDXA 5OZ3A 1MT9A 4YBIA 1BWAA 3UFLA 5P5LA 1QDMA 1GVTA 1J71A 4L7JA 4Y3FA 5P4KA 2F3KA 3FNSA 5HE4A 5P8GA 3NUOA 3KFPA 2WECA 4QJAA 5P3BA 5P6RA 5P8EA 5P5KA 3ZKQA 2FGVA 3SACA 2QI3A 5BWYA 1C6XA 3FSMA 5OYXA 3UDPA 3SA4A 4PHVA 1GKTA 5FIVA 1VIKA 2R38A 1ZPAA 4J0PA 4QJ9A 4Y48A 5P7NA 3SA6A 5P4EA 2QD7A 2I4XA 3TOHA 4L1AB 4R5NA 3T6IA 5CONA 2A1EA 2Q54A 4TRZA 5E5JA 2HS2A 3CICA 1C6YA 4PYVA 4NPUA 5P3RA 5OZUA 1WKRA 4I8WA 3EKTA 5P5FA 5I3XA 4Y3PA 3ZL7A 4Y4ZA 2FIVA 2CEMA 3PMYA 5P1KA 1K6PA 1RQ9A 3ZKNA 5P2FA 5COPA 2ASIA 1B6KA 5P58A 4ZLSA 3K4VC 4B00A 1AJVA 3TPLA 4I10A 4DQEA 5OZTA 2AZ9A 3PWRA 5HCOA 1MRWA 2QD8A 4Z22A 5P15A 2MIPA 2QAKA 2VKMA 5P64A 5P8OA 3BXRA 1G2KA 4JECA 2PWCA 2OHNA 4LP9A 5P85A 3PVKA 3C9XA 3VEUA 3UDKA 3I6OA 2B7ZA 2V13A 1FLHA 4DQHA 4OD9A 3VCMA 3PSGA 5P7DA 4LL3A 3NU4A 3GGAA 5P2YA 1FQ6A 4QJ8A 1ME6A 5P0YA 4Y5CA 3VYFA 5OZ2A 4BFDA 4CKUA 4M8XA 5P8DA 2I0DA 4FRSA 2WF1A 5P2IA 3O9AA 2AZBA 4Y4WA 3RTNA 3OY4A 2RENA 5F01A 5P1BA 2F8GA 5P4GA 5HU0A 4EP2A 2VJ7A 3U6AA 3KT5A 5P29A 1RV7A 5P5DA 5P1MA 1APWE 1PPLE 5JODA 1DAZC 3N3IA 5OZOA 7UPJA 4Y3MA 1TZSA 3DCRA 4TRYA 5P0TA 3KMYA 1OEXA 3INHA 2IGXA 3APPA 3NYGA 1IDAA 4COEA 5P06A 5ISKA 4DV9A 3NWXA 1SGUA 5P2HA 1MSMA 4YCKA 5P5IA 4DQBA 1HEFE 3PJ6A 4S1GA 2I1AA 4GJAA 2ANLA 2XYFA 4N00A 1OD1A 5P7VA 5OYTA 3OXCA 3UDQA 5P72A 5P4BA 5P0CA 5P82A 3AIDA 4BFBA 2NMYA 2R5PA 4Y5AA 2UY0A 5P1QA 5DPZA 2QCIA 3Q4BA 4Z50A 4Y38A 2IS0A 5P49A 4FSEA 5P02A 2ZJNA 5IVRA 2HB2A 5P1PA 4OBJA 3DK1A 3ZKXA 2P4JA 2RSPA 5HE7A 3IGBA 3L5FA 2I0AA 3CKTA 3WSJA 1MTRA 4YD4A 3CMSA 4MC9A 3OAGA 5P5EA 1W5YA 3HD8A 4XX3A 2V11C 2XFJA 2PWRA 2P3BB 2WEBA 1D4LA 1HPVA 2CEJA 5P6HA 1BBSA 5P3HA 5P19A 4Y5LA 3LHGA 5B18A 4DQFA 4AMTA 5KQFA 3PSUA 5HU1A 3PGIA 1MPPA 2Z54A 5P2AA 1E5OE 5P3MA 2JJJA 4WY1A 1LYWA 3CIBA 5KR0A 1GVXA 2G20A 5P8HA 2VA6A 4K4QA 1FQ8A 4RYCA 3HAUA 1DPJA 5P5AA 1HVJA 4Y3SA 5P2QA 3IXJA 4TVGA 5P43A 1CMSA 5P2MA 2P3CA 2ER6E 3RVIA 5HDUA 2NNPA 4EHCA 5P6WA 1YX9A 5P0GA 3ZKIA 5P3VA 1EPRE 2AOIA 5P39A 3HBOA 2PH8A 5P7SA 5P16A 5OYRA 5IVSA 3OUAA 4J0VA 5KOSA 3D1ZA 2OHPA 5ENMA 5T4SA 3OTYA 1UPJA 2G24A 5OZPA 4B72A 5P3OA 2CENA 5P12A 1MT7A 4KE0A 4Y3DA 1OHRA 4Y39A 3L5CA 1ZP8A 5P25A 4Y4EA 3O9BA 1KJFA 5P54A 1FG8C 5P22A 4A6CA 4DJUA 2FDEA 3HW1A 5AHAA 3QS1A 2WEZA 1D4YA 2VIYA 5P0ZA 5P31A 3EL5A 2BJUA 5P77A 2JYSA 1C70A 3ZOVA 1KJGA 2Q55A 2WF0A 3A2OA 2AVOA 4APRE 4OD9B 3OQKA 4Q1WA 1YTJA 5P26A 5P45A 1ODXA 3UDYA 3F9QA 5P8MA 4F73A 4Y5MA 1EC2A 1T7JA 1XL2A 4BEKA 2ZHSA 1MIQA 3IA9A 2FLEA 3INEA 3QI1A 1GVUA 1IVPA 4Y58A 2O4KA 4OC6B 5OZDA 5P2BA 3UDJA 2BPZA 2BBBA 2R3TA 4J54A 1PROA 1W5XA 1XE6A 1BVGA 1AJXA 3NDTA 3SA7A 2QNQA 2EWYA 5KQYA 2BB9A 2VA5A 3OUDB 3PCWA 4GJ5A 3O9IA 1N49A 5OZ5A 1APVE 1LS5A 5P13A 5P3QA 3NU5A 5P76A 3UQRA 1ZTZA 3S7MA 4CMSA 3TPPA 1HWRA 3SKFA 1FF0C 5DR0A 5IVTA 3FIVA 1T6GA 4RROA 1SH9A 3ZLQA 4Y3GA 4GMIA 5P5JA 3UTLA 1PSNA 4PZWA 5AH7A 1SIPA 1AM5A 4CP7A 3JVYA 2PK5A 2QU3A 3T3CA 4Y45A 1UH9A 5P5MA 2F80A 5P6SA 5P3AA 4EXHA 5P0OA 5P84A 5OZAA 2BPVA 5P5TA 1TQFA 4RCDA 4Y3RA 3VF3A 2BPWA 3QROA 4FE6A 5P3JA 3S43A 2AQUA 2JJIA 2PSUA 1EBKC 3OGQA 3R2FA 3FV3A 2G27A 4HDPA 3NU9A 2HC0A 1YM2A 3KA2A 4Y3NA 1E82E 2APRA 2B60A 3NU6A 3QVCA 1M4HA 1PSOE 1FQXA 5P1SA 3OQAA 6FIVA 2V10C 4I0DA 5P1IA 5P56A 2IL2A 4AUCA 1FFFC 2Q63A 3ZPSA 2QMPA 4Y5EA 3O9FA 4Y3TA 3OOTA 1IZIA 5P4OA 4Y3XA 5P5SA 2Q15A 3TOFA 4CPTA 4PPHA 3NXEA 5P00A 5P0EA 1T7KA 4K4PA 5P0MA 1MT8A 2FMBA 2VS2A 2G1SA 5P7LA 5P4IA 3OAGB 5P4AA 3OUBA 5P5UA 2G1YA 4I8ZA 4B78A 4I0EA 5P3UA 5P6VA 3G6ZA 2NXLA 5P34A 1T7IA 5P7XA 2RMPA 2HB3A 5P3PA 4APEA 1LZQA 3BHEA 4HZTA 2FNSA 5P53A 3Q5HA 4YD6A 3T11A 3MWSA 3URIA 2PC0A 4J0TA 1BDLA 1LYWB 3D3TA 1EPLE 4RZ1A 3SO9A 4ACXA 1JLDA 3MXDA 2NNKA 3BVAA 3QP0A 3D20A 1UH7A 1EPQE 3IXKA 5P6YA 1K6CA 1HOSA 4CPWA 2QU2A 4JOOA 1ZSFA 3T7QA 2B8LA 3DOXA 1HXWA 3FNUA 5P5ZA 5ENKA 3MXEA 1AVFA 4TRWA 4Y4DA 5P7FA 4D85A 4ZIPA 5P57A 4FS4A 4B1CA 4XXSA 3EKPA 4HDFA 2OHMA 1D4IA 3OWNA 3UHLA 2I4VA 4NJTA 2I4DA 5P11A 1HSHA 1NSOA 3RU1A 5P3XA 3RSXA 3O9GA 2IDWA 2ZHUA 5OZFA 5OZ8A 5P27A 5P6FA 4Y3EA 5OYVA 2P3AA 4RYGA 4ZEAA 5P4RA 4I0JA 1SDUA 1FMXA 4NJUA 3SM2A 4PEPA 5HTZA 3BUFA 5P0AA 4D88A 1HVCA 2QZWA 3R0YA 2Q5KA 5P61A 2H6SA 4HEGA 5P2VA 1HSIA 2HPFA 3OXVA 4FM7A 5P6EA 3UF3A 5OZLA 5P80A 5P2KA 3TPRA 4DH6A 2Q11A 9HVPA 2QZKA 4FRKA 1G35A 5P8FA 4Y57A 5P2DA 4EQJA 5HVPA 3KDCA 2FXEA 5OZRA 3WZ7A 1IZHA 2VIEA 4ER1E 2AVSA 3UFNA 5P3LA 3EXOA 3SA5A 5P71A 4J5JA 3CIDA 5P88A 4Y36A 5P7OA 1BDRA 2OHKA 5HCTA 3TNEA 2QNPA 3PEPA 2QHCA 5P6QA 2ZGAA 2G22A 2B8VA 2O40A 5ER2E 3WZ8A 4FL8A 4NPTA 4H3GA 4Y35A 5P1AA 2G69A 3I8WA 1BV9A 1HTFA 2QD6A 1HBVA 5P0FA 3JW2A 5P3DA 5P6KA 5OZWA 4RLDA 5P2UA 3CKRA 3SA8A 3EL1A 3KT2A 5I3WA 1HXBA 4OC6A 5OZIA 4AZYA 3EC0A 1HTEA 2NXMA 1T3RA 5DGUA 4ZSQA 2R43A 1EPNE 4RRNA 3S43B 3OUDA 1E80E 4GJBA 5P7GA 1PFZA 5P38A 3OU4B 2QHZA 5HDZA 1SGZA 5P5BA 3ZPTA 5P5HA 5P4DA 3OXWA 4J17A 1HVRA 1FQ5A 3OOZA 3ST5A 2ZJMA 3NXNA 5SY3A 4U8WA 4Y44A 5P3WA 5P69A 3KDDA 4DJQA 1KJHA 2QZLA 4JP9A 5COOA 3VV8A 2WEDA 4RVIA 4YA8A 5DR4A 1XDHA 2BKSA 5F00A 3SABA 5P2GA 4U7VA 2B7FA 5P0RA 5P66A 5P7ZA 1DMPA 1BILA 1D4SA 3PCZA 2UXZA 5P3NA 5P47A 5P0DA 4R91A 3QRSA 4FM6A 5OZZA 2JXRA 2ZJJA 5P2ZA 4EWOA 3TKWA 5P86A 3PRSA 5OZ9A 1PPME 3DUYA 3S2OA 3QN8A 5P40A 3IAWA 4QJ6A 5P0HA 5P7HA 5P46A 3NDUA 1IVQA 4DPFA 5P62A 1LYAA 4ZPGA 4J0YA 5P74A 3EL9A 5P4MA 4WTUA 4Q1YA 4PZXA 5P4VA 4KB9A 3T7XA 2O4LA 2NTRA 2ZJIA 2WF3A 3BGCA 2IGYA 1MSNA 4Y3ZA 3CYWA 2R8NA 2FDPA 3KFRA 3HVPA 1XN3A 5DQ5A 3PHVA 2PYNA 5OZBA 3ZMGA 3UPJA 2HAHA 2B42A 3BGBA 5OZ7A 3L38A 3LZYA 3LNKA 3PLLA 1EBWA 4B1DA 1BAIA 3UQPA 3FX5A 4A6BA 5P3YA 4AA8A 1T6EX 5P6MA 4YD7A 5P5XA 1A94A 1CPIA 1ODWA 5EZXA 4DJXA 1K1TA 2IRZA 5P4YA 5OYWA 5DQ1A 5P8AA 5P5PA 1W5WA 3R4BA 1ZSRA 3CKPA 4YD5A 4GJ7A 4H3IA 5P60A 1CZIE 1ENTE 5DGWA 5P4QA 3OHFA 3TKGA 5P52A 3IVHA 3SM1A 3KYRA 3GGVA 2BPYA 5OZYA 3APRE 5CLMA 3DM6A 3S53A 2F3EA 4X2LA 4Y4UA 1MESA 3O9EA 1F34A 4Y41A 4K4RA 3G70A 3R1GB 5HDXA 5KR1A 1EBYA 5OZVA 1C6ZA 4DI2A 3UDRA 1HTRB 1B6LA 2OHSA 4A4QA 1IZDA 2QI4A 4LXAA 5P75A 1HPSA 5P0LA 5P1VA 2BPXA 4U7QA 2OHTA 5P2NA 4AA9A 3EM3A 4I0IA 3L3AA 3PLDA 1XL5A 5OZEA 5P81A 2HIZA 4J1HA 5P6AA 1GNMA 2A4FA 4DJOA 3VYDA 3PMUA 4Y43A 5P1GA 3ER5E 1M43A 1GNOA 5P7BA 2WF2A 5OYUA 1A30A 2G1RA 3SA9A 5SZ9A 5I3YA 1B6MA 4B05A 2QMDA 5P3GA 1YG9A 4H1EA 2R9BA 1M0BA 5P07A 2ZJKA 2NPHA 3KDBA 3U7SA 5AHBA 5JG1A 1MTBA 5P1FA 5KAOA 5P20A 2AZ8A 1LYBA 1BXQA 3Q6YA 3BVBA 3QRVA 4Z4XA 3NU3A 2RKFA 4Y6MA 1YTHA 3I25A 3Q3TA 4IVSA 2G21A 3VUCA 5P3TA 5P0KA 5P8TA 1SBGA 5DQ4A 2P8HA 5ISJA 5P1YA 1QBTA 4J1IA 2FS4A 3R0WA 3OU1B 3TL9A 2RKGA 3VF5A 4RVJA 1TCWA 5P7YA 5P1WA 4GJ6A 3O9LB 2G26A 5P8PA 4I0GA 4IVTA 3LIVA 4DJWA 4Y54A 1MERA 4OBGA 1LF2A 1YTGA 4OBDA 3NR6A 4TVHA 1G6LA 5P2XA 3PI5A 4R8YA 5P23A 3KFNA 3GW5A 3O9DA 4DUSA 3VF7A 3QVIA 3VV6A 4Y5NA 2VIJA 3BUGA 1QS8A 3IN3A 5P01A 5P2LA 3PWMA 2J9JA 1BIMA 4CPSA 2ZE1A 4FIVA 2OHUA 5P7UA 3OU4A 1K6TA 4KUPA 5P6CA 4I0ZA 2FGUA 3GGUA 3QPJA 4Z2ZA 2R3WA 5P8RA 1APUE 1BXOA 2AOFA 1IIQA 2PH6A 4YHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXS A;  3NDW A;  5P6D A;  2V16 C;  3LZU A;  1K2B A;  1FQ4 A;  1SMR A;  2ZJL A;  5P6O A;  2AOG A;  5DQC A;  1ZBG A;  4ZSM A;  5P4S A;  4YD3 A;  4JPC A;  1FEJ C;  1K6V A;  5HDV A;  3KN0 A;  5P63 A;  1BV7 A;  3EKY A;  3PSY A;  3VFB A;  5OZN A;  3K5D A;  1RPI A;  5P7I A;  1AXA A;  1FG6 C;  2P3D A;  4MC1 A;  1NPA A;  1B6P A;  1HII A;  1W5V A;  4KE1 A;  5P2W A;  3HAW A;  5OZC A;  3NUJ A;  3LZV A;  4R92 A;  4LHH A;  2ZHR A;  5P8J A;  4GID A;  4ZSR A;  5EZZ A;  2BQV A;  4Y4T A;  2P3B A;  3LPJ A;  3ZKG A;  1K1U A;  1AZ5 A;  2IKU A;  2IQG A;  5P6P A;  4ER4 E;  1HRN A;  4DFG A;  4BEL A;  4FCO A;  5P5O A;  5P0J A;  5AH8 A;  3NDX A;  5OZ3 A;  1MT9 A;  4YBI A;  1BWA A;  3UFL A;  5P5L A;  1QDM A;  1GVT A;  1J71 A;  4L7J A;  4Y3F A;  5P4K A;  2F3K A;  3FNS A;  5HE4 A;  5P8G A;  3NUO A;  3KFP A;  2WEC A;  4QJA A;  5P3B A;  5P6R A;  5P8E A;  5P5K A;  3ZKQ A;  2FGV A;  3SAC A;  2QI3 A;  5BWY A;  1C6X A;  3FSM A;  5OYX A;  3UDP A;  3SA4 A;  4PHV A;  1GKT A;  5FIV A;  1VIK A;  2R38 A;  1ZPA A;  4J0P A;  4QJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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