3TPLA

Apo structure of bace1
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
392
structure length
371
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Flexibility of the flap in the active site of BACE1 as revealed by crystal structures and molecular dynamics simulations
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 89
structure length 371
sequence length 392
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tplA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3tplA02
4LHHA 3NU3A 2AZCA 5OZ1A 1FMUA 4X2LA 5P53A 4RVIA 1CPIA 2WL0A 5P8CA 1K2BA 1EBYA 1K2CA 4FLGA 2BKSA 4TRZA 5P31A 4Q1WA 5P3WA 3RTMA 5P6IA 3NWXA 2XFJA 1ODWA 5F01A 3VFBA 4EP2A 5OYRA 2JJJA 1HVHA 1RPIA 1Q9PA 4Z2ZA 5P02A 2V00A 1MIQA 4Y3NA 5P7DA 2J9KA 5P19A 2PH8A 2ZJNA 1QDMA 5KQYA 5OZMA 5P5OA 3NDTA 3O9GA 2ZJIA 4M8YA 4HVPA 1KZKA 4OBKA 5P6SA 1NH0A 5P2WA 3LPJA 5P2NA 1ZPKA 3INEA 5P15A 2F3FA 4YD3A 2NNPA 5OYXA 2J9JA 5P8QA 2PSVA 4ZSRA 5P1HA 4DFGA 5IVQA 2AVVA 4Y3ZA 1B11A 2QI6A 3LIYA 2ZHRA 5P2XA 3OADB 5DPZA 3LIQA 5I3WA 3LZYA 4RVXA 3TPRA 1TCWA 3TPLA 4CPQA 5P1GA 5P54A 4EJLA 3PCWA 5P1CA 5P5IA 2Q63A 3L5FA 2WF4A 4H3JA 1E81E 3RU1A 2ER9E 2AOJA 1ZJ7A 5P14A 2NTRA 5E5KA 2O40A 2I0DA 5P3MA 5P76A 5P4AA 5JFUA 5P2BA 2QMFA 3NDUA 1BWAA 3RVIA 4YDGA 2VNMA 5P74A 2AOHA 5P23A 3SO9A 1MVPA 1Z1RA 3PI5A 3UDRA 1UH7A 2FIVA 3OUCA 4K4RA 5FIVA 2UXZA 4Y3HA 5P40A 2PK5A 2ZE1A 5P0QA 1GKTA 3OGPA 2VA7A 1SGZA 5P42A 1EBWA 3KM4A 1DAZC 2EWYA 5P8SA 2F3EA 5P1YA 1APVE 2VIJA 2HS2A 2XYFA 5APRE 5KAOA 1MSMA 3URLA 5SXNA 4CPRA 2WF0A 4I0HA 5P0YA 2VIYA 3T7XA 5P3DA 3D1XA 3QIHA 2OHPA 3NLSA 2PWCA 1FF0C 2QI1A 3T7QA 4B1EA 5P8HA 4FRKA 4Y36A 5P03A 4FL8A 5OZLA 2ZJLA 4YD5A 5P6RA 5P8OA 4Y39A 3S53A 5P1NA 2B8LA 4Y5PA 5P84A 4ER1E 2AIDA 3DM6A 5P5PA 1EPOE 1FB7A 1QBUA 2QD7A 2QZXA 5P8EA 1FEJC 1PPKE 2F3KA 4Y45A 1T3RA 4Y4AA 3SA5A 3BC4A 5KR8A 3O9EA 1DIFA 3PI0A 1T6GA 4DJXA 3RSXA 1SP5A 5P2DA 3UQUA 3UQXA 3S8IA 1WBMA 5OZNA 1BV7A 2PC0A 5P3YA 4WY6A 4DJVA 4FRSA 5P6DA 3OAGA 2WEBA 5P1JA 4H3GA 3KN0A 2AVSA 2HC0A 5SY2A 3QRVA 2OHUA 2AOCA 3O9HA 4EPJA 5P80A 1ZP8A 2IKOA 5C9DA 3CICA 1MRXA 5P6NA 3CKTA 2VIZA 5P5HA 4GMIA 1FG6C 3Q6YA 5P2RA 5P5SA 5P37A 1E80E 4PEPA 5P07A 4F73A 3PBDA 5P3UA 3QROA 1ER8E 4Y5MA 3WZ8A 3PSUA 5ER2E 5JODA 1MT8A 1AXAA 3BXRA 4HE9A 3L59A 5P4JA 3UQPA 3BRAA 2I4XA 3HAUA 3CKRA 1MUIA 5AGZA 5OZVA 4L1AB 5OZ0A 4I1CA 2I1AA 4R5NA 3KFNA 5P1BA 2ER7E 4EP3A 2VJ6A 3OU1A 1GNMA 3VYDA 3WZ6A 3FNUA 1IDBA 5P8MA 4DQFA 3KF0A 5P7HA 1D4YA 1SDUA 5P56A 3EM3A 5KR1A 3ZLQA 1AAQA 2BPXA 3UDQA 3OQ7A 3NYGA 1IDAA 3U7SA 4DQHA 2V12C 4A6CA 5COPA 2QNPA 5P4FA 4OC6B 1D4IA 1HHPA 2WEAA 2IKUA 4YCKA 3EL1A 1BAIA 1LYAA 4N00A 5P69A 1QRPE 1U8GA 3SFCA 3UDKA 5P3CA 3MSLA 4QJ6A 2Q64A 4UPJA 1UH8A 4NJVA 5P3TA 3S54A 1KJ7A 4Y4XA 3U6AA 1FGCC 3UDYA 3PCZA 3EKPA 3QAAA 1B6KA 2BB9A 2ZHSA 3ZOVA 5P89A 5P4DA 1WKRA 2VNNA 5P0CA 1XE5A 3APPA 5OYZA 5P5YA 4I0IA 1TCXA 3PLDA 5P2LA 1YTIA 5HCTA 3PVKA 2VS2A 2ZJKA 4YCYA 5DR1A 5P5XA 5P77A 3UQWA 1EEDP 4RVJA 4DI2A 1NPWA 5P52A 5P32A 3VYFA 4LXKA 4YBFA 3SM2A 3SA3A 3INFA 2CEMA 3O9LA 4EXHA 3ZKIA 4GJBA 3MWSA 4AUCA 3UQRA 3IVIA 5P4IA 2JYSA 1VIKA 5OZ6A 5P5BA 5P7RA 2QAKA 1GNNA 5OZ8A 5P5WA 3JW2A 5P8NA 5P1TA 5OYTA 4BFDA 2WKZA 1AJVA 5P2JA 2P3CA 4CPWA 1N49A 3IXJA 3TLHA 4EQ0A 4B1DA 3OQKA 1W50A 1B5FA 5P5AA 3PBZA 2QMPA 4GZFA 2PQZA 2WF3A 3MSKA 3QBFA 5P8IA 5OZCA 2V16C 1APWE 4ZSMA 1CMSA 1FKNA 1EAGA 2RKFA 2P3BA 3I8WA 5P3RA 3INHA 3EXOA 4B78A 3OTSA 2FMBA 5P5JA 5P6KA 3FKTA 5OYVA 3NUOA 2PYNA 5P08A 2I4VA 5DGWA 1K1TA 3O9AA 4Y5BA 3S43A 1QBTA 3K4VA 7HVPA 5AH9A 5OZ9A 5P6CA 2V11C 3ZKSA 5P50A 3EL0A 2OHKA 3O9DA 4DH6A 3KDBA 5T4SA 5KQXA 4YA8A 3VG1A 4Y3RA 3UFLA 3QS1A 5BS4A 5OZTA 5OZUA 5P1DA 3GI5A 5P4TA 3NSHA 3S45A 4GJAA 1W51A 5P06A 4GB2A 5P7SA 2QHZA 5P8PA 4QJ7A 1NSOA 4J54A 4QJ8A 3OUDA 1MSNA 3KT5A 5P0XA 5P7IA 1YM2A 4DJQA 3GGVA 1EPLE 2QD8A 1RL8A 2O4PA 4ZSPA 4J1EA 3ZL7A 5P0EA 1SDVA 5P1RA 3N4LA 1IZEA 1W5VA 3URIA 4QJAA 3NR6A 5P8KA 3T11A 3HVGA 3KYRA 5P33A 5P4UA 5AHAA 4I8ZA 5F00A 5P28A 3VLAA 1MTRA 5P0AA 2G1SA 1W6HA 5P7YA 4L7GA 2BKTA 3HAWA 4R95A 3LPIA 5P64A 3R0YA 3I7EA 2I0AA 2IL2A 3DK1A 5OZ7A 1G6LA 4U7VA 3IA9A 5P6WA 1FQ4A 1HEGE 3IXOA 4Y4BA 1TSQA 4RYCA 3UFNA 4OBHA 1HVKA 1FMBA 3O9CA 1LYWA 3NU6A 4F75A 5C9FA 2AZ9A 4FIVA 2BJUA 3UDHA 3QRMA 5OZEA 1SBGA 3L38A 1A8GA 1C6XA 5I3YA 3UPJA 5HU0A 3VYEA 1FFIC 4DVFA 4CKUA 1FQ7A 3CMSA 4ZSQA 1ZTZA 3FSMA 3TKWA 5P7MA 4Y3EA 4J55A 4Y3FA 2G27A 5P6GA 3S7LA 5P10A 4HEGA 1HWRA 3DCKA 3H0BA 5P0JA 4Y35A 4WY1A 3EKQA 4J1IA 5P6XA 3PHVA 3B80A 3TPPA 5P87A 2NPHA 2PMAA 3KFRA 5P3EA 3UDJA 3UTLA 1EPME 2FLEA 1AIDA 4Y5GA 3TKGA 5P49A 4Y5EA 1XL5A 5P7OA 4YOBA 3IVHA 2H6SA 2QU2A 3OXCA 1HIIA 4FRIA 2RENA 3APRE 3ZKMA 1D4SA 3T7PA 4MC1A 5P00A 3MSJA 1XDHA 2HPEA 1META 4Y3AA 3IN3A 2IS0A 5P82A 5ENMA 3BHEA 2I4DA 5P6VA 5P7XA 5OYYA 3CYXA 2ER0E 5P3FA 3UDMA 3SM1A 5OZJA 4GJ8A 3NXNA 5E5JA 3PJ6A 3CIBA 5P2MA 3HW1A 5BRYA 4Y3DA 1Z1HA 6UPJA 2OHTA 4KB9A 5OZRA 1RV7A 2A4FA 5OZOA 2AZ8A 5P72A 5P1OA 4LP9A 4BFBA 4D8CA 4Y58A 1ME6A 4HA5A 4TRYA 2IENA 2WF2A 5AH7A 2R43A 1EPQE 1EBZA 2XFIA 3OU3A 3GGUA 2P4JA 1IZHA 2JJIA 5P01A 2Q5KA 4J0TA 4Y3SA 5P6AA 3DUYA 3ZMGA 2I4QA 3IN4A 4ZEAA 5P1WA 3D3TA 5P1UA 4GJ7A 4GIDA 5I3VA 4CPXA 5P1FA 5OZSA 2HPFA 5P1MA 4ZPFA 1HIVA 1W5WA 2OHRA 4DPFA 1HXWA 4FM6A 3OHFA 5P83A 2HIZA 5OZPA 4Y50A 1AM5A 5I70A 1D4KA 4FM8A 1MT9A 3AIDA 1BBSA 2IEOA 4PHVA 1OD1A 2BPWA 5P58A 4H3FA 4K9HA 5P36A 5P5LA 5P46A 3LIZA 3GGAA 1OEXA 5P0FA 1W5XA 4D88A 4GJCA 3S7MA 1SIPA 2WEDA 2PWRA 3OHHA 5P11A 2B7ZA 3Q4BA 5AHBA 4KE0A 5P38A 5P4YA 5OYSA 3L5EA 4Y5AA 5P0SA 5P6UA 5IVTA 5DQ1A 2NMYA 3KMYA 1DP5A 4Y44A 3MXDA 2O4LA 3SACA 4ZLSA 4I12A 4I0FA 3LITA 5P4LA 1EPRE 5P7GA 5P35A 3FNSA 5P3QA 4FE6A 4GJDA 4FCOA 3G6ZA 3GGXA 2G1OA 1PFZA 5P2QA 1T7KA 3SAAA 4KUPA 3OOTA 5P5CA 3N3IA 3NU9A 4S1GA 1MEUA 5P7VA 3ST5A 3CYWA 1UPJA 4Y4JA 4J1KA 1EC3A 1QBSA 5P5KA 4EXGA 3G70A 2NNKA 3M9FA 5P48A 3LZUA 4B05A 1BV9A 5KQZA 2WJOA 4NKKA 5P39A 3URJA 1BDRA 1LZQA 4FS4A 2FNSA 2QZLA 1ENTE 4RYGA 1J71A 3UCBA 2QMGA 4RGHA 2IDWA 2ZJHA 1XN2A 3INDA 2IQGA 1AZ5A 1YG9A 4OBDA 1MPPA 5P5UA 3NUJA 1D4JA 5P3BA 3KMXA 2PSUA 4H3IA 3CKPA 5P5GA 5OZFA 4J1CA 3Q3TA 3PLLA 3K1WA 5P5VA 5P13A 4QLHA 2QD6A 3Q5HA 2AOFA 4Y41A 4A4QA 4F74A 4JPCA 4GJ9A 5JG1A 3CIDA 4L7JA 5P6PA 5KR0A 1FQ5A 4DQCA 4I0GA 2FNTA 5P2AA 5P1PA 3L5DA 5KOQA 3EKTA 1T7IA 5IVSA 2B7FA 3TOHA 1F34A 3GW5A 4APEA 2AVQA 5P0TA 3NU4A 1YT9A 5OZDA 5OZQA 4Y5LA 3O9IA 3UDNA 1ODYA 3U71A 5HU1A 3PRSA 2G1YA 9HVPA 4FSLA 4JECA 1LS5A 2G22A 4I8WA 4QJ9A 4ZPGA 4AZYA 4L1AA 1HIHA 1M43A 1UH9A 2NXDA 4COEA 5P8UA 3LPKA 5P05A 2G69A 5SY3A 2VA5A 6APRE 5P4SA 4I0EA 3BUFA 5P3KA 5P3LA 5P4RA 1BDQA 4HLAA 3QVIA 3BUHA 4OD9A 1BVGA 5P6BA 3SABA 2G20A 4B1CA 5P47A 2OHQA 2ZJMA 4JOOA 4Y4GA 5P30A 5P7JA 2RKGA 4QGIA 1K6VA 5P34A 5ISJA 2ZJJA 3O9LB 3BUGA 4LXAA 2Q55A 3R4BA 1RNEA 4Y3GA 4K8SA 4Y3PA 4OBZA 4RCFA 3EBZA 4OC6A 3OU4B 5HDXA 4HZTA 5P18A 5P4GA 2VJ7A 5P24A 4U7QA 3DJKA 3K5CA 4GJ5A 3D1ZA 4X7IA 5P4ZA 5HE5A 1HRNA 5P7EA 2I4UA 3VSWA 5P8TA 3SLZA 5ISKA 1LYBB 1DW6C 1B5FB 3VEUA 5P3SA 5P4NA 5P0LA 3HZCA 5OZ4A 1PSNA 4L7HA 2NXLA 1M0BA 5P7FA 4Y57A 1APTE 5P3NA 4FRJA 5P0IA 1HPVA 1EPNE 4RCEA 5P4HA 1LV1A 4RZ1A 4XX4A 4IVTA 5OZ3A 5P66A 4ZIPA 2P3BB 4I10A 2OHSA 1FFFC 2FGUA 1GNOA 5UPJA 4HDBA 5P79A 5P20A 4FSEA 2VA6A 4D85A 1AVFA 5P6OA 1HTRB 3SA7A 2QNQA 5P6QA 2P83A 5TOLA 5P16A 3SKGA 4B77A 3EM6A 1B6MA 3TH9A 2IGYA 3IXKA 1D4HA 3FNTA 1CZIE 4J1HA 3T6IA 2G1RA 5P5MA 5P4MA 3ZKGA 6FIVA 2Z4OA 4E43A 2HAHA 1T7JA 5P1LA 2AVOA 1HPOA 1D4LA 3IAWA 4R8YA 2CEJA 3I6OA 1TQFA 5OZHA 4J17A 2FXEA 1LF4A 5P86A 5P45A 4LBTA 4Y6MA 1KJFA 5OZ5A 5P0MA 3PGIA 2UY0A 4YD4A 8HVPA 3K4VC 2QMDA 5P7QA 4R91A 2ZDZA 3TOFA 3HD8A 3ZPTA 4NPUA 2Z54A 5P26A 4NJTA 3BVAA 5P4OA 5P4CA 4TVHA 5KQFA 5P2OA 1IZIA 1YX9A 4GJ6A 1HVLA 2QZWA 5P78A 3ECGA 5P5RA 5P6JA 4DJWA 1IVPA 3NXEA 1GVUA 1GVTA 5P6TA 5BWYA 5DQ5A 2ANLA 1HSHA 4PPHA 5OZKA 3QPJA 4YD7A 4I0JA 5P0GA 1FIVA 1MT7A 4Y4ZA 3ER5E 5PEPA 3K5GA 5P73A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LHH A;  3NU3 A;  2AZC A;  5OZ1 A;  1FMU A;  4X2L A;  5P53 A;  4RVI A;  1CPI A;  2WL0 A;  5P8C A;  1K2B A;  1EBY A;  1K2C A;  4FLG A;  2BKS A;  4TRZ A;  5P31 A;  4Q1W A;  5P3W A;  3RTM A;  5P6I A;  3NWX A;  2XFJ A;  1ODW A;  5F01 A;  3VFB A;  4EP2 A;  5OYR A;  2JJJ A;  1HVH A;  1RPI A;  1Q9P A;  4Z2Z A;  5P02 A;  2V00 A;  1MIQ A;  4Y3N A;  5P7D A;  2J9K A;  5P19 A;  2PH8 A;  2ZJN A;  1QDM A;  5KQY A;  5OZM A;  5P5O A;  3NDT A;  3O9G A;  2ZJI A;  4M8Y A;  4HVP A;  1KZK A;  4OBK A;  5P6S A;  1NH0 A;  5P2W A;  3LPJ A;  5P2N A;  1ZPK A;  3INE A;  5P15 A;  2F3F A;  4YD3 A;  2NNP A;  5OYX A;  2J9J A;  5P8Q A;  2PSV A;  4ZSR A;  5P1H A;  4DFG A;  5IVQ A;  2AVV A;  4Y3Z A;  1B11 A;  2QI6 A;  3LIY A;  2ZHR A;  5P2X A;  3OAD B;  5DPZ A;  3LIQ A;  5I3W A;  3LZY A;  4RVX A;  3TPR A;  1TCW A;  3TPL A;  4CPQ A;  5P1G A;  5P54 A;  4EJL A;  3PCW A;  5P1C A;  5P5I A;  2Q63 A;  3L5F A;  2WF4 A;  4H3J A;  1E81 E;  3RU1 A;  2ER9 E;  2AOJ A;  1ZJ7 A;  5P14 A;  2NTR A;  5E5K A;  2O40 A;  2I0D A;  5P3M A;  5P76 A; 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 1CMS A;  1FKN A;  1EAG A;  2RKF A;  2P3B A;  3I8W A;  5P3R A;  3INH A;  3EXO A;  4B78 A;  3OTS A;  2FMB A;  5P5J A;  5P6K A;  3FKT A;  5OYV A;  3NUO A;  2PYN A;  5P08 A;  2I4V A;  5DGW A;  1K1T A;  3O9A A;  4Y5B A;  3S43 A;  1QBT A;  3K4V A;  7HVP A;  5AH9 A;  5OZ9 A;  5P6C A;  2V11 C;  3ZKS A;  5P50 A;  3EL0 A;  2OHK A;  3O9D A;  4DH6 A;  3KDB A;  5T4S A;  5KQX A;  4YA8 A;  3VG1 A;  4Y3R A;  3UFL A;  3QS1 A;  5BS4 A;  5OZT A;  5OZU A;  5P1D A;  3GI5 A;  5P4T A;  3NSH A;  3S45 A;  4GJA A;  1W51 A;  5P06 A;  4GB2 A;  5P7S A;  2QHZ A;  5P8P A;  4QJ7 A;  1NSO A;  4J54 A;  4QJ8 A;  3OUD A;  1MSN A;  3KT5 A;  5P0X A;  5P7I A;  1YM2 A;  4DJQ A;  3GGV A;  1EPL E;  2QD8 A;  1RL8 A;  2O4P A;  4ZSP A;  4J1E A;  3ZL7 A;  5P0E A;  1SDV A;  5P1R A;  3N4L A;  1IZE A;  1W5V A;  3URI A;  4QJA A;  3NR6 A;  5P8K A;  3T11 A;  3HVG A;  3KYR A;  5P33 A;  5P4U A;  5AHA A;  4I8Z A;  5F00 A;  5P28 A;  3VLA A;  1MTR A;  5P0A A;  2G1S A;  1W6H A;  5P7Y A;  4L7G A;  2BKT A;  3HAW A;  4R95 A;  3LPI A;  5P64 A;  3R0Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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