3TTPA

Structure of multiresistant hiv-1 protease in complex with darunavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTVKIGGQLREALLDTGADDTIFEDINLPGKWTPKMVGGIGGFMKVRQYDQVVIEICGHKVTSPVLVGPTPLNIIGRNVLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural analysis of HIV protease resistance to darunavir - analysis of heavily mutated patient-derived HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ttpA00
5OYUA 5P7WA 5P69A 5P11A 5P57A 3BGCA 2QI4A 2I4VA 2QD7A 1K1UA 3EKYA 1HIHA 4YD5A 4J1FA 5P03A 5P55A 5P0GA 4H3FA 5P65A 5JODA 5P7XA 4ZLSA 5P4OA 2VNMA 3FIVA 5OZ4A 5OYWA 3ZMGA 3O9FA 5P7DA 4Y44A 3FKTA 2ZJLA 3EMYA 3G6ZA 4FL8A 1GNMA 3FV3A 4QJAA 5P1DA 3ZPTA 3S7LA 4Z4XA 5P2CA 4RZ1A 5OZZA 1XDHA 3OU1A 4EP2A 2O4NA 2HIZA 4J5JA 3INHA 5P3QA 4CPQA 1VIJA 3L58A 3TPLA 4LP9A 3B80A 4JP9A 5AH7A 4APRE 3OWNA 5SZ9A 5P40A 5COKA 3ZPSA 3N4LA 5P4CA 1NSOA 4YDFA 4DJXA 2VJ6A 2Q11A 5P3GA 1WKRA 3KA2A 1YM2A 4ZPEA 3NXEA 2QI6A 5P3SA 3LPJA 3GGXA 5OZMA 2APRA 2NNKA 2FGVA 4FM8A 5P75A 1RPIA 4LXKA 1APUE 1META 1LYAB 3KFNA 5P5OA 2HPEA 1E5OE 3UDKA 5P09A 5C9DA 4DJVA 3OXXA 5P7HA 1YG9A 5P83A 3VLBA 5P6RA 2R5PA 5OYTA 1SGUA 1FF0C 1LF3A 5P12A 4TVHA 3BUGA 4L7JA 3DCRA 5P0WA 1IZDA 1EPNE 5DQ2A 3MSJA 4XXSA 1HSIA 3SAAA 4MC9A 1HXWA 5OZUA 3OUCA 4L1AB 2ER6E 4XX3A 3OAGA 4R5NA 5ISKA 3OUDA 5P07A 2F80A 5P5JA 4EP3A 1NPVA 5OZDA 5P8AA 5P33A 4EPJA 4Y4ZA 2I4QA 1EBWA 2OHNA 2WF1A 1CZIE 5P3MA 4FRKA 5P0XA 3D3TA 4HLAA 5AGZA 1E81E 1MRXA 5P0JA 5I3XA 5P4NA 3PEPA 5P61A 5P0HA 1HVSA 5OZWA 5P54A 4R93A 3OQFA 4D88A 4IVTA 4BFDA 4ZPFA 4RCDA 3DUYA 5P32A 1ZPAA 3ZKNA 4E43A 1BAIA 3IXKA 2AOIA 3VV6A 4U8WA 3OU3A 2QMDA 1GVWA 1K2CA 4WY6A 2PH8A 4J1EA 5P1LA 2HPFA 5P5HA 1C6YA 5OZEA 4DVFA 5DR1A 5HD0A 2ZJJA 1GKTA 3QRSA 2ZGAA 5P42A 2PMAA 2QHZA 3KMXA 3QPJA 4R8YA 3EKXA 3RVIA 3VF5A 1IZHA 3IVIA 4Y53A 4YOAA 2H6SA 2I4WA 2NPHA 5OZVA 4Y3TA 5P0RA 4Y5BA 1KJ7A 2MIPA 2QI0A 4Y5MA 1F34A 3QRMA 4OBKA 3OHFA 4Y41A 5E5JA 5P5AA 5DQ4A 4PHVA 5P29A 3R1GB 5P8LA 1WBKA 3DM6A 4OBJA 1B6MA 5P4TA 3IAWA 5P2AA 3OU4A 5P5FA 5P4LA 2R3TA 4TRWA 5P5UA 2IENA 1SH9A 3I2LA 3LZYA 2QI7A 2F3KA 2G20A 1ZP8A 4Y4DA 3IXJA 4CPXA 3EL4A 3MXDA 4JPEA 1K6VA 5EZXA 5P5PA 3OUBA 1GVVA 2CEMA 3O9LA 1LYBB 1C6ZA 3RTNA 5P3PA 3IA9A 3OY4A 4B77A 1B5FA 2QZWA 4Y4EA 1KJGA 1ODWA 2R43A 3IGBA 3O9HA 5P2TA 5P2ZA 2RSPA 4J1KA 4I12A 3PLLA 2BPWA 5SXNA 4Y3ZA 2OHQA 5P0PA 2IQGA 2NMYA 2WKZA 5P0OA 1GVTA 1XL5A 1Q9PA 3RSXA 3R2FA 4Y4TA 2PK6A 1SDVA 4JPCA 4B05A 2WECA 4JOOA 3LNKA 1APWE 2G94A 4J0VA 5P5BA 4J17A 1ZJ7A 3O9GA 3VUCA 4YD3A 5P2MA 1FFIC 4Y56A 2FDDA 5HDZA 5P2BA 3NDWA 5OYSA 2IGYA 4GZFA 5P30A 5E5KA 3ER5E 5P68A 1DW6C 5P1MA 2AZCA 2ANLA 4FLGA 3O9BA 1AXAA 4I0FA 4Y35A 5OZ6A 5DR4A 4A6BA 2Z4OA 5P3YA 3PCWA 5HE5A 1B6LA 4Y50A 2P3BA 1FQ7A 5P19A 1ZLFA 5P5NA 5P6JA 5EZZA 5P8EA 5P7FA 4ZPGA 1YTGA 5P3VA 5HE7A 5P6UA 3MSLA 5P23A 1QBRA 2WF2A 2CEJA 5P5EA 4Y5LA 3PVKA 5P8RA 2AZ8A 3BXSA 5P7QA 1HVKA 5HCOA 4YCYA 5P4FA 3HZCA 3LZSA 1T7KA 4Y5NA 1Z1RA 4Y36A 2F3FA 1IVPA 2G69A 2VJ9A 1RV7A 5OZBA 1PPLE 3M9FA 5P28A 2G26A 4H3JA 4EWOA 1MRWA 3VFAA 3TL9A 4YBFA 2AOJA 3GI6A 5HVPA 5TOLA 1FQ4A 3FSMA 5P6GA 3ST5A 3TKWA 4PPHA 2B8LA 4Q1WA 3CKRA 5HDVA 3UFNA 1FMUA 1WBMA 1HVJA 5BS4A 1TW7A 5P6VA 3UHLA 2FNTA 5P1HA 2QMGA 5P6NA 2RENA 5SY3A 5OYRA 1MPPA 5HU1A 3OK9A 3R0YA 2QD6A 4AUCA 2ZJNA 4GJAA 1U8GA 3CIBA 5P39A 2NR6A 2AOHA 2UXZA 3K4VC 4I0GA 5P7KA 1FKNA 4DQHA 2Q15A 2V11C 4KE1A 3SA5A 2OHMA 5P5SA 2QAKA 1DMPA 2FIVA 3AIDA 3RTHA 3HAUA 5P6MA 1W5XA 2Q3KA 2XYEA 5P36A 1LYWB 2J9JB 2VJ7A 3AUPA 5P51A 5P31A 1LYAA 5P1GA 5P2NA 5OZ5A 5HDXA 2B8VA 2P8HA 5P1FA 7HVPA 5P2WA 1KJHA 5P3UA 2VA7A 4EHCA 1K6TA 4Y4GA 3GI0A 3UFLA 5P5QA 5P7AA 4Z2ZA 5P1KA 3L3AA 1XN2A 4DUSA 2B7ZA 3ZKXA 3F9QA 3KDBA 4ZE6A 1EPRE 5P8KA 3OUAA 2Z54A 3EL0A 4TVGA 4L1AA 1ER8E 3UQUA 3JVWA 5FIVA 1QBUA 2FS4A 5F01A 3VF7A 5DGUA 4HZTA 3HDKA 3ZLQA 5OZPA 5AHCA 3HW1A 1GNOA 1G0VA 4GJ8A 3QP0A 2AVVA 4Y39A 3PCZA 4RYCA 5OZLA 5P7BA 1FGCC 1FLHA 3LHGA 2G27A 5P0QA 4Y3PA 5P7OA 2H6TA 3UDJA 2QNQA 5KR0A 2XYFA 4GJDA 5P5XA 1FQXA 3CICA 4GB2A 3KFSA 3D20A 5P6IA 2ZYEA 4Q1XA 2VIYA 5P4AA 5P8HA 3VLAA 2ZDZA 3D91A 4I0EA 5B18A 2P3CA 4QGIA 1IVQA 5P4SA 4RCEA 3UQWA 4EXGA 3VG1A 4GJ9A 3UTLA 3WZ8A 2WEZA 3S45A 3OOTA 1KJFA 2P3AA 5P24A 1T7JA 1MT7A 1T6EX 5P5DA 1FB7A 5P20A 4B1CA 2AVMA 4XKXA 4BEKA 1BV7A 5BRYA 3OTYA 4Y5PA 5OZYA 5P8TA 1MEUA 5P5ZA 3MWSA 3KT5A 3PBZA 2XFKA 1BDLA 4FRIA 5OZNA 2V16C 4FAEA 2I1AA 5DR3A 5P47A 1BWAA 3KDDA 4LC7A 4GJ5A 4Y3RA 3QI1A 1D4SA 1A94A 7UPJA 2R3WA 2JXRA 2JJIA 4KUPA 2AQUA 4H1EA 2VNNA 5COOA 5P3BA 4HE9A 3Q4BA 5J25A 2I4XA 4K8SA 4Y45A 1HBVA 5IE1A 5P4IA 3SQFA 4BFBA 3K5DA 5OYQA 5P7MA 5OZ8A 5P8OA 2OHRA 2BPXA 3ER3E 5P1JA 3TOGA 3GW5A 5P6FA 3KFRA 5P1ZA 2UY0A 2QI3A 5HTZA 1HXBA 3FNUA 5P2QA 5P3RA 3PWWA 1XE6A 3PBDA 1IZIA 1BBSA 5P4GA 2HAHA 5P0MA 5P0YA 3R4BA 2PSUA 5P6CA 1EPME 2QI5A 5AHAA 1ENTE 1Z8CA 3NSHA 4FRSA 5P7LA 4RYGA 5P88A 5P82A 2Q54A 3OXWA 5P1UA 5P5CA 2NTRA 5C9BA 3TH9A 5P0UA 1LYBA 2RMPA 5OZ7A 5P84A 3S8IA 4I1CA 4QJ7A 4YHQA 5P37A 5DR7A 5F00A 3PSGA 5P5MA 2VA5A 4B70A 3LZVA 3U6AA 3OADB 4FIVA 3SA6A 4Y3HA 3C9XA 5OZ9A 4CPSA 3BUFA 4Y4AA 4J0ZA 3K1WA 1JLDA 5P7RA 5P6AA 1HVHA 3NDXA 4GJ7A 5P1RA 5P1YA 4Y58A 3WB4A 4AA8A 4ZEAA 2O4SA 3CYWA 5P6HA 2V0ZC 5T4SA 5C9FA 5P1OA 3Q6YA 1B6JA 4NJSA 3L5EA 4FE6A 2P4JA 3JVYA 1YT9A 2R8NA 1DIFA 4FSLA 5P7CA 3SA8A 5DQ5A 5P1AA 5P3TA 1FQ6A 4YD6A 1D4LA 3GGAA 1G2KA 3OQDA 2QZLA 2WEDA 2ZJMA 1CPIA 4Y5EA 5P52A 5P38A 1SIVA 2XFJA 4B78A 1T3RA 2Q63A 1APVE 4EYRA 2F8GA 2NXMA 6FIVA 2FGUA 1D4IA 4ZIPA 2WF4A 1BVGA 5OZ2A 4ACXA 4Y3MA 1KZKA 2HB2A 3L59A 3H5BA 4H3GA 3GI4A 4L7GA 1HEFE 1HHPA 1YX9A 5P7EA 3EM6A 5P0SA 1W6IA 2R9BA 3LIXA 5P8VA 4J0TA 4CMSA 2QMFA 1HVRA 5P5VA 5P6EA 4FRJA 4CPRA 4EXHA 3L38A 4J1HA 4OBDA 1HVIA 5P2HA 4DJWA 3IVHA 3EKQA 2FNSA 1DAZC 1PSNA 1W5YA 3KDCA 4RGHA 5P77A 2ER9E 5HU0A 5DPZA 1G35A 3INEA 4CPWA 1ODXA 5HDUA 4FCOA 4DPIA 3T6IA 5AH8A 4EQJA 5P1TA 3CYXA 3UQPA 5DR8A 4AA9A 1HIVA 3TPRA 1HSGA 2NXDA 4RVIA 3URIA 4UPJA 5P8GA 3PLDA 5P4HA 1RL8A 2OHLA 3BVBA 5P46A 3DCKA 3WB5A 1AIDA 2QZXA 3DJKA 4XX4A 3CIDA 5P2RA 2BB9A 3QBHA 1A8KA 4PYVA 5P02A 5P1VA 2NMZA 1RNEA 5IS4A 3EKPA 3VSWA 1LS5A 5P7JA 3I7EA 3L5FA 5AH9A 1QBSA 3OQAA 1IBQA 5P0VA 1D4JA 5P0DA 4LBTA 4NJVA 3PI0A 4X7IA 4OC6B 2BKTA 4RVJA 3D1YA 5P3DA 5P6ZA 2HC0A 3O99A 4Y3YA 3NLSA 5IVRA 2AVQA 5CLMA 1LYWA 4HDPA 1K6CA 2J9JA 3URJA 3ZL7A 5ENKA 4DQGA 3INDA 1LF2A 1NPWA 3LPKA 3T11A 4DJYA 1GVUA 5P41A 2FXEA 5OZTA 4Q5MA 2FLEA 2BQVA 5P7PA 1SBGA 5P3OA 4K4QA 2BPVA 1BILA 1ODYA 4J54A 2QK5A 1HTFA 1RQ9A 2RKGA 2UPJA 3S43B 1OEXA 5OZ3A 5P4UA 2ZHUA 4DH6A 5P7IA 5P1EA 2I4UA 2HB3A 3FNSA 4HDFA 2I0AA 4M8YA 4GYEA 5P8BA 5P4JA 5P6LA 4Y47A 4Y3LA 3GGVA 3KMYA 4Y3GA 3EBZA 5P50A 2A4FA 3ECGA 4PZWA 4AMTA 5KQZA 1FG8C 2QI1A 5P2LA 4J0PA 4J1IA 2B7FA 4WY1A 5P1NA 5P0KA 5P8DA 1Z1HA 1PFZA 2BPYA 3CKPA 3B7VA 4ZSPA 4IVSA 1IIQA 5P7GA 3QIHA 3QRVA 4NPUA 3LINA 3RU1A 2O4LA 2IRZA 3QBFA 4F73A 3EL5A 5P4PA 4DQFA 1TCXA 3GGUA 2CENA 5P0TA 5P22A 4Y5KA 5P17A 4YCTA 3OXVA 3NU4A 1M43A 2WHHA 1D4HA 4Y5CA 4TRZA 3NYGA 2ZHSA 1KJ4A 1PPKE 1BV9A 2IS0A 2V12C 2ZHRA 3S7MA 5P6XA 4KB9A 1BDRA 4LXAA 4I0HA 2QD8A 4DJQA 4YOBA 5P0FA 4Z50A 3EL9A 1EC1A 3BGBA 5P1SA 3ZKMA 3NUJA 4F74A 1IZEA 5UPJA 3T7QA 3VFBA 1FEJC 3CMSA 5P5YA 4CP7A 5P5TA 1TCWA 2HS1A 1NPAA 5OZIA 5P8SA 1B11A 5P2JA 5OYVA 3OQKA 2F3EA 4MC6A 5P0LA 5P58A 3VF3A 5P34A 4HVPA 5P8QA 3KM4A 3WZ6A 3PWRA 5P5IA 5P16A 3UDPA 5P3AA 2WF0A 1E80E 3EC0A 3ZOVA 4Y4JA 2V13A 2JE4A 4ZSMA 4QJ9A 5OZAA 4QLHA 3NU5A 5OZ0A 1FG6C 5P5RA 5P6SA 5P2IA 3LITA 4GMIA 5P2UA 4U7QA 3UDQA 3HVPA 5P4QA 3PJ6A 4I0ZA 4OBFA 4B0QA 2ASIA 2R5QA 3CKTA 3T7XA 3HVGA 1UPJA 4D83A 3PSYA 1ZSFA 2IL2A 4DJOA 3OADA 2R38A 1EC0A 2SAMA 5P6BA 3SPKA 3KYRA 1MTRA 3RTMA 2PQZA 4GJCA 5P4DA 5P0BA 5P81A 5P78A 4COEA 1FIVA 3EKWA 4ZSRA 4Y43A 4QJ8A 5P6TA 4Y51A 5OZRA 3OHHA 3PM4A 4OD9B 2HM1A 4EJ8A 2B60A 4FSEA 4R95A 4K9HA 5DGWA 1BXOA 5P6KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OYU A;  5P7W A;  5P69 A;  5P11 A;  5P57 A;  3BGC A;  2QI4 A;  2I4V A;  2QD7 A;  1K1U A;  3EKY A;  1HIH A;  4YD5 A;  4J1F A;  5P03 A;  5P55 A;  5P0G A;  4H3F A;  5P65 A;  5JOD A;  5P7X A;  4ZLS A;  5P4O A;  2VNM A;  3FIV A;  5OZ4 A;  5OYW A;  3ZMG A;  3O9F A;  5P7D A;  4Y44 A;  3FKT A;  2ZJL A;  3EMY A;  3G6Z A;  4FL8 A;  1GNM A;  3FV3 A;  4QJA A;  5P1D A;  3ZPT A;  3S7L A;  4Z4X A;  5P2C A;  4RZ1 A;  5OZZ A;  1XDH A;  3OU1 A;  4EP2 A;  2O4N A;  2HIZ A;  4J5J A;  3INH A;  5P3Q A;  4CPQ A;  1VIJ A;  3L58 A;  3TPL A;  4LP9 A;  3B80 A;  4JP9 A;  5AH7 A;  4APR E;  3OWN A;  5SZ9 A;  5P40 A;  5COK A;  3ZPS A;  3N4L A;  5P4C A;  1NSO A;  4YDF A;  4DJX A;  2VJ6 A;  2Q11 A;  5P3G A;  1WKR A;  3KA2 A;  1YM2 A;  4ZPE A;  3NXE A;  2QI6 A;  5P3S A;  3LPJ A;  3GGX A;  5OZM A;  2APR A;  2NNK A;  2FGV A;  4FM8 A;  5P75 A;  1RPI A;  4LXK A;  1APU E;  1MET A;  1LYA B;  3KFN A;  5P5O A;  2HPE A;  1E5O E;  3UDK A;  5P09 A;  5C9D A;  4DJV A;  3OXX A;  5P7H A;  1YG9 A;  5P83 A;  3VLB A;  5P6R A;  2R5P A;  5OYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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