3U6AA

Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta secretase (bace) inhibitors
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rational design and synthesis of aminopiperazinones as beta-secretase (BACE) inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 374
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u6aA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u6aA02
2HS2A 4YE3A 2G94A 1VIJA 3UPJA 4XX3A 5OZZA 5P8AA 3Q4BA 3CIBA 1EBYA 1EC3A 5HU0A 5P56A 5P8EA 1HVKA 3VYEA 2V10C 4IVSA 5HDZA 4TRZA 7UPJA 5P1UA 2BBBA 4J0TA 1CMSA 1FQ4A 1C6XA 5SY3A 8HVPA 2G1RA 3EM4A 5OYVA 1BWAA 3UDPA 3RTNA 4Y53A 5OZVA 3ER3E 5ISJA 5P85A 5P10A 2P4JA 1F7AA 3GGVA 4EXGA 4LHHA 5P7TA 4Y3YA 1F34A 5P5UA 9HVPA 4ZLSA 2QI7A 5P7RA 3FSMA 2B8VA 4H3GA 3KN0A 1MIQA 2I4UA 5AHBA 3B7VA 5P0PA 5SZ9A 2AVOA 1W5VA 3NXEA 1DW6C 3KFNA 3DM6A 4OD9A 4R93A 3EKYA 3PWMA 1AIDA 5P4YA 5P30A 4CPTA 3QRMA 4DJPA 5P4DA 4Y48A 5OZWA 3D1XA 1YX9A 1LYWB 1YTJA 1KJGA 1D4YA 1T3RA 3SA3A 2VJ7A 3VLBA 2AZ8A 5P4MA 3KT5A 4J17A 5P6RA 1PSOE 3PSYA 5P6HA 4DH6A 4U8WA 4EJDA 1KJFA 1GNNA 3PCWA 3LIQA 4Y56A 5P4VA 2G1OA 1PPME 4A6CA 1GNMA 3G6ZA 3ZPTA 5P51A 5P82A 2I1AA 5P3JA 1XL2A 5P4HA 3VF3A 5IVRA 3CYXA 4Y3MA 3PBDA 2AVSA 4DUSA 3VUCA 5OZ7A 5KQZA 4Y3JA 4H3IA 1G35A 2ZYEA 2VNNA 3OQAA 4KE0A 2ZHTA 5P70A 2ZE1A 5P7IA 5P7SA 2G20A 4AUCA 5P69A 3EBZA 3INDA 4COEA 3UDYA 1APTE 5P50A 4FAEA 3EKVA 5P04A 4DJVA 3O9CA 5P8VA 5CONA 1HBVA 3GI6A 4GJ7A 3UF3A 5P7KA 5P1OA 2QNPA 4Q1WA 4L7GA 2BJUA 2EWYA 1FQ8A 4QJ7A 4WTUA 5P1QA 5P7JA 1E82E 3L5DA 5P0AA 1AXAA 4RVXA 5P4ZA 5P11A 3NLSA 4PZWA 4J0PA 1UH7A 3IAWA 2UPJA 1OEXA 2NMYA 2Q64A 1PPKE 5OZNA 3OUDB 4MC2A 3OU4A 3SM1A 1D4JA 4Y37A 3OUAA 5I3XA 4GMIA 5OYXA 1HIIA 3DJKA 2IEOA 3S53A 2G24A 3ZKGA 5P6JA 2HB3A 4Y4JA 4KB9A 5P1VA 5P6PA 3QRVA 3LIYA 5P41A 2UY0A 4RYGA 3L38A 3VV7A 3UQXA 2QI5A 1SGZA 4DJOA 2FDDA 5ENKA 5P3XA 3ECGA 2B7ZA 4D8CA 5P07A 3QI1A 2IKUA 1YG9A 3QRSA 1LYBB 5P27A 4Y5CA 3LPJA 3R0WA 1YTHA 5ER2E 4FS4A 2OHSA 3HAUA 2R3WA 5P3SA 5OYWA 3SM2A 5P1CA 1NPWA 4QJ2A 1MRXA 2AZBA 5P1GA 2JXRA 5P8CA 3IN4A 2I0DA 6FIVA 1GVXA 2NPHA 5P5SA 1FIVA 2HAHA 5P1KA 4YCTA 4K9HA 5P3QA 5C9FA 3UDQA 1EPPE 3RU1A 4D88A 2IDWA 4FRSA 3FV3A 3IXKA 1LS5A 5P2UA 5OZUA 3TOFA 1ZPAA 1HTFA 3OHFA 1YTIA 3RVIA 5P2GA 4U7QA 5P0VA 1T7IA 3BVAA 3OU3A 4YBFA 1SGUA 5P3YA 2AODA 5ISKA 1FQ6A 5P7UA 1ME6A 5HE7A 5P5QA 3L5EA 5I3WA 2ZJKA 3SA4A 5DPZA 4B1DA 4ZEAA 5AH9A 5P0OA 4EQ0A 2VNMA 2O4SA 3S8IA 4FSEA 4DJWA 4J1FA 2Q55A 3FNTA 2F80A 5P7CA 5P62A 2P8HA 5KQYA 1TQFA 5P5LA 1HVSA 4ZE6A 1KJ7A 5P36A 2WEBA 1FKNA 3KF0A 3KFSA 5P15A 5P34A 4LP9A 3ZL7A 4LXAA 5DR1A 1HXWA 5P3UA 1LF4A 2APRA 4PYVA 3OADB 5PEPA 2HIZA 5P06A 5P55A 4Y41A 4AMTA 2QU3A 2AOGA 1B6KA 5P81A 3WSJA 5P5YA 3H0BA 5P8HA 1HXBA 4EHCA 1HRNA 4DJUA 5P7AA 4PEPA 3S54A 4B1CA 1HVJA 5P71A 3EKPA 4ZIPA 1AVFA 5AH7A 5P53A 4Y50A 4PHVA 4Y5BA 3VEUA 4M8YA 5P4PA 1K1TA 2OHQA 4B70A 1WBMA 3VV8A 1SIPA 4AA8A 4CP7A 2IQGA 5OZMA 1BAIA 4Z50A 3SA5A 5P05A 2JJIA 5P7YA 2R5PA 1LYWA 5P3IA 1MEUA 5OZ4A 3SAAA 2B60A 4J1IA 5DQ2A 5P3GA 5P6QA 5P3WA 5P2FA 3UQWA 3EM6A 5P6BA 3OTYA 4LBTA 4X7IA 3O9FA 2Z4OA 5AH8A 1K6TA 1HSHA 5P1RA 4U7VA 5P4GA 5P7PA 1XN3A 4EXHA 4Y4DA 2PC0A 5P48A 3UTLA 3NU9A 2FGVA 1FMBA 4BFBA 3PMYA 1RL8A 4NJTA 4GJBA 2OHNA 2BKSA 1MTBA 4GZFA 2R38A 3L5CA 1YM2A 5P2TA 1QBTA 1EBWA 3UQRA 3L58A 5P4XA 1APUE 4EP3A 3O9GA 1HVIA 2PQZA 5COKA 1SBGA 3LIVA 4CMSA 2QHZA 4FGXA 5P80A 1FF0C 3R1GB 3GGAA 2OHLA 5P1TA 1FGCC 5P2HA 3LZUA 5P33A 4DQCA 3HLOA 2JE4A 3UCBA 3TKGA 1HVCA 2WEZA 3K5DA 1GNOA 4DJXA 4CPSA 5P3AA 1LF3A 3O9EA 1BXQA 1ZBGA 5P4NA 2PK5A 4FM6A 5OZXA 4RRSA 2WEDA 3NSHA 3NDXA 5OZIA 2R9BA 5COPA 5P23A 3GGXA 3KYRA 1GVWA 3HD8A 4FRIA 4D83A 4YHQA 5DR0A 4NJSA 3OUDA 3OWNA 3NWQA 3PM4A 3BC4A 4J1EA 1MRWA 5P73A 1XN2A 1G6LA 2Q54A 4Q1YA 1QS8A 5OZYA 5P4LA 3EXOA 5JFUA 2IS0A 3SABA 1BDLA 2HB4A 4GJDA 2P3CA 1HEGE 2HPFA 5P0UA 1MT9A 4EQJA 2QI1A 3EL5A 3TKWA 1FEJC 1MESA 3K5FA 5P40A 5P68A 3DCRA 1IBQA 3G72A 2VS2A 5P5OA 5OZSA 1IVQA 1IZIA 5KR2A 5OYYA 5P77A 4Y4AA 2QZXA 4I0JA 2R3TA 4Y58A 2V00A 3UDJA 4K4RA 3S45A 2QZWA 3OQDA 5B18A 1EPRE 2UXZA 5P45A 4HEGA 5P87A 1VIKA 4K8SA 4GJ9A 5P3CA 2O4PA 3EKTA 5P5DA 5P7HA 5P8PA 3AIDA 5COOA 1M0BA 5P2JA 5P7VA 3WB5A 3KFPA 2OHKA 2WHHA 5P7OA 4F74A 2RENA 2QHYA 2OHMA 1GVUA 1LEEA 2SAMA 4YA8A 1SMRA 5F01A 3PRSA 2I4QA 3OGQA 3FKTA 5OZTA 4Y5KA 1XS7D 2I4VA 2PWCA 4RYCA 3S7MA 2AOFA 4H1EA 2V13A 1K1UA 1ODXA 4Y4XA 2QAKA 3SA8A 2PH6A 3SQFA 5P4WA 2O4KA 5P6XA 5P3FA 3KA2A 5IVQA 2FIVA 3QP0A 4CPUA 1OHRA 2NXDA 3NDWA 3IGBA 3T3CA 4XX4A 2ZJJA 5P1PA 5P8OA 5P5GA 3KDDA 5AHCA 4CPWA 4H3JA 4RLDA 3I2LA 1G0VA 5I70A 1BDQA 4CPRA 4Y36A 3PBZA 5P3HA 4RVIA 3NWXA 5P20A 3O9HA 5P2RA 3N3IA 2PSUA 2QU2A 5OZPA 4B00A 2IL2A 3QBHA 5P3LA 3PEPA 2WJOA 1YTGA 5P5MA 3BGBA 5P4CA 1OD1A 3JVWA 2HPEA 3OADA 4J0YA 2ZJHA 5P2AA 2OF0A 4FRJA 2ZHUA 3K1WA 2BPVA 2Q5KA 1BXOA 1K2BA 2WF2A 5P2QA 1QRPE 5P3EA 1EC0A 3KFRA 3OGPA 2AIDA 5TOLA 1IVPA 5P5KA 3PVKA 4FAFA 1FMXA 3C9XA 4HVPA 3BXRA 4Y3XA 5P1YA 5P0LA 4LL3A 5P4KA 5KAOA 4QJ8A 5DR4A 2FNTA 2ER9E 3F9QA 2QMPA 4OBKA 2G69A 3PJ6A 1J71A 5P1FA 4QJ9A 3BGCA 4B0QA 4B05A 5P6GA 4EWOA 3I25A 3WZ7A 4N00A 1GVVA 4KE1A 3OK9A 4F76A 5P44A 4DFGA 2Q15A 4NPTA 4K4QA 5P6DA 4Y5EA 2P83A 5P0JA 2ZGAA 4FRKA 5P0YA 5KR8A 3S43B 3MWSA 4Y4WA 1A94A 3LZYA 1HTGA 2PYMA 5P5HA 1K6PA 5OZ9A 2NNKA 1NSOA 3PLLA 5P39A 2WF1A 4ZPEA 3BVBA 2XYFA 2Z54A 5P2EA 1ZP8A 2VA5A 1NPVA 2F8GA 4Y6MA 1K6CA 5OZRA 3Q3TA 4Y3RA 3BRAA 1META 3OUBA 1RPIA 5SXNA 5P0XA 5P4JA 4DVFA 1TCWA 2RSPA 5P8KA 3OQFA 2ZJIA 5P38A 5P3RA 4Q1NA 3TPPA 5JFPA 5OZ0A 2NNPA 2QNNA 3IN3A 2XYEA 5P7NA 4Y3LA 5P0DA 4Y4UA 3OTSA 3K5CA 4I0ZA 3L59A 4LXKA 5HD0A 3SO9A 5DR3A 5IVTA 5OYRA 4Y51A 3UDRA 1BVEA 2P3BA 4J5JA 4A6BA 5P4TA 3QIHA 5P7LA 2A1EA 3K4VC 4Y47A 5P5JA 2CEJA 1QDMA 5HDVA 5I3VA 4DQFA 1CPIA 2ZJMA 3IXOA 2BQVA 3QVIA 5P0BA 3UDHA 3DV1A 4R91A 2ZHRA 3CICA 2J9KA 5P19A 2QMGA 2QI0A 2F3FA 1C70A 5E5JA 1FB7A 2PK6A 5P4EA 1T6EX 2ANLA 5P1XA 4HE9A 1A30A 4Y45A 1SP5A 4OBHA 4Y3NA 2Q63A 1AJVA 3CIDA 4Y3FA 5P0FA 5P2LA 3BUHA 4Y38A 4J0VA 4MC9A 4WY1A 1B6MA 4EPJA 3DUYA 2VIZA 1ZJ7A 2V0ZC 3I8WA 5OZ8A 3GI5A 1ZSRA 5P84A 4Y4GA 4FSLA 4YOBA 5DGUA 5BWYA 4LXMA 2WEAA 5P42A 5P58A 5P5EA 5KR0A 1PSNA 1LF2A 5P67A 1EPOE 5P1EA 5P26A 5P8IA 1RQ9A 5P2ZA 1MUIA 1HOSA 4Y3HA 2G26A 4ZSPA 1B6PA 3KDBA 4I10A 4YD3A 1QBRA 3FIVA 7HVPA 1XL5A 3U71A 3NXNA 3INHA 1PSAA 4DI2A 1SDUA 3EL9A 5P2IA 5DQ5A 3ZPSA 1EPLE 3VFBA 4APEA 3UQPA 2NMZA 3EL1A 2QP8A 4MC1A 5P4SA 5P3VA 3VSXA 3ZKXA 5KQXA 5P0RA 4JOOA 3NU6A 5P4OA 3R0YA 4XXSA 2Q3KA 3PSUA 3ZPUA 1MSNA 5I3YA 5OZOA 5P0HA 5FIVA 5P1SA 1D4KA 5P24A 1WKRA 5P3MA 2AOCA 5OYSA 3HZCA 5IVSA 5P31A 3NU4A 5P88A 4I1CA 1Z8CA 4KUPA 2NXLA 4UPJA 3UHLA 1KJHA 3L5FA 5T4SA 1AJXA 1MPPA 3D1YA 4F73A 2NTRA 4Y5PA 5P72A 1HPSA 4R92A 4ER1E 3QROA 1APVE 3GI4A 4EJ8A 5P4IA 2NR6A 1ZAPA 5P5CA 1NPAA 1ODWA 2WECA 5P5VA 5DR7A 4DJYA 4Y5GA 5P6VA 1SDTA 2R43A 1LYAB 5P0WA 3O9LB 2QCIA 5P0IA 5P2SA 5P7ZA 1BIMA 4APRE 4GJ5A 3OOZA 1E81E 5P8UA 3EMYA 2AQUA 2ZHSA 2OAHA 5P3NA 5P22A 4DPIA 5IE1A 5P43A 3PCZA 2FMBA 2QZLA 5HVPA 2QD6A 1PROA 3QBFA 3OXXA 1XE5A 3T11A 5P8MA 1B6JA 5P83A 1FFFC 2ASIA 5P5XA 1XE6A 2FXEA 4J55A 4WY6A 5OZKA 1G2KA 3APPA 4Y5AA 1ER8E 3VYDA 5P8GA 3S43A 2XFJA 4RZ1A 1E80E 1D4SA 4CPXA 1HEFE 1NH0A 3UFNA 5HU1A 3DK1A 5P0QA 5P63A 5P3KA 3PMUA 3LNKA 5P0ZA 4L6BA 3FNSA 5P7QA 5P17A 4B78A 4GJ6A 4Y3DA 2P3BB 3FNUA 2PSVA 1EBKC 3IXJA 1C6ZA 2VIJA 3QS1A 5P16A 2IKOA 4DQHA 3UDMA 3SA7A 3OQ7A 2AVMA 5P8BA 2IGXA 3LHGA 4ZPFA 3JW2A 3VYFA 1PPLE 4I12A 1B6LA 2P3DA 4ER4E 1D4IA 3WB4A 3U6AA 5F00A 3VG1A 3LZVA 5SY2A 1QBUA 2OHUA 4I0DA 3L5BA 3ZKQA 3WZ8A 2VIEA 2VA7A 4FM7A 1JLDA 3SFCA 4XKXA 1DAZC 3LZSA 3OXVA 2VA6A 3B80A 5EZZA 2AOIA 2G21A 2G22A 4DJQA 5OZGA 2O4LA 6APRE 1IZHA 1W6IA 1QBSA 1HSIA 2B8LA 5P6AA 1EPNE 2MIPA 4I0EA 4NKKA 5P8DA 5HCTA 5P1MA 5OZ2A 5HTZA 4YCYA 5E5KA 3ST5A 5P8RA 5DQCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HS2 A;  4YE3 A;  2G94 A;  1VIJ A;  3UPJ A;  4XX3 A;  5OZZ A;  5P8A A;  3Q4B A;  3CIB A;  1EBY A;  1EC3 A;  5HU0 A;  5P56 A;  5P8E A;  1HVK A;  3VYE A;  2V10 C;  4IVS A;  5HDZ A;  4TRZ A;  7UPJ A;  5P1U A;  2BBB A;  4J0T A;  1CMS A;  1FQ4 A;  1C6X A;  5SY3 A;  8HVP A;  2G1R A;  3EM4 A;  5OYV A;  1BWA A;  3UDP A;  3RTN A;  4Y53 A;  5OZV A;  3ER3 E;  5ISJ A;  5P85 A;  5P10 A;  2P4J A;  1F7A A;  3GGV A;  4EXG A;  4LHH A;  5P7T A;  4Y3Y A;  1F34 A;  5P5U A;  9HVP A;  4ZLS A;  2QI7 A;  5P7R A;  3FSM A;  2B8V A;  4H3G A;  3KN0 A;  1MIQ A;  2I4U A;  5AHB A;  3B7V A;  5P0P A;  5SZ9 A;  2AVO A;  1W5V A;  3NXE A;  1DW6 C;  3KFN A;  3DM6 A;  4OD9 A;  4R93 A;  3EKY A;  3PWM A;  1AID A;  5P4Y A;  5P30 A;  4CPT A;  3QRM A;  4DJP A;  5P4D A;  4Y48 A;  5OZW A;  3D1X A;  1YX9 A;  1LYW B;  1YTJ A;  1KJG A;  1D4Y A;  1T3R A;  3SA3 A;  2VJ7 A;  3VLB A;  2AZ8 A;  5P4M A;  3KT5 A;  4J17 A;  5P6R A;  1PSO E;  3PSY A;  5P6H A;  4DH6 A;  4U8W A;  4EJD A;  1KJF A;  1GNN A;  3PCW A;  3LIQ A;  4Y56 A;  5P4V A;  2G1O A;  1PPM E;  4A6C A;  1GNM A;  3G6Z A;  3ZPT A;  5P51 A;  5P82 A;  2I1A A;  5P3J A;  1XL2 A;  5P4H A;  3VF3 A;  5IVR A;  3CYX A;  4Y3M A;  3PBD A;  2AVS A;  4DUS A;  3VUC A;  5OZ7 A;  5KQZ A;  4Y3J A;  4H3I A;  1G35 A;  2ZYE A;  2VNN A;  3OQA A;  4KE0 A;  2ZHT A;  5P70 A;  2ZE1 A;  5P7I A;  5P7S A;  2G20 A;  4AUC A;  5P69 A;  3EBZ A;  3IND A;  4COE A;  3UDY A;  1APT E;  5P50 A;  4FAE A;  3EKV A;  5P04 A;  4DJV A;  3O9C A;  5P8V A;  5CON A;  1HBV A;  3GI6 A;  4GJ7 A;  3UF3 A;  5P7K A;  5P1O A;  2QNP A;  4Q1W A;  4L7G A;  2BJU A;  2EWY A;  1FQ8 A;  4QJ7 A;  4WTU A;  5P1Q A;  5P7J A;  1E82 E;  3L5D A;  5P0A A;  1AXA A;  4RVX A;  5P4Z A;  5P11 A;  3NLS A;  4PZW A;  4J0P A;  1UH7 A;  3IAW A;  2UPJ A;  1OEX A;  2NMY A;  2Q64 A;  1PPK E;  5OZN A;  3OUD B;  4MC2 A;  3OU4 A;  3SM1 A;  1D4J A;  4Y37 A;  3OUA A;  5I3X A;  4GMI A;  5OYX A;  1HII A;  3DJK A;  2IEO A;  3S53 A;  2G24 A;  3ZKG A;  5P6J A;  2HB3 A;  4Y4J A;  4KB9 A;  5P1V A;  5P6P A;  3QRV A;  3LIY A;  5P41 A;  2UY0 A;  4RYG A;  3L38 A;  3VV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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