3U71A

Crystal structure analysis of south african wild type hiv-1 subtype c protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVLEEINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure analysis of South African wild type HIV-1 subtype C apo protease
rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u71A00
2BKSA 3L5EA 4QJ6A 4Y9WA 5P3FA 3CKTA 5P4CA 3LPKA 4Y4EA 4Y3QA 5P6RA 3PCZA 3FNUA 5P50A 1FF0C 2AVQA 4EP2A 1APUE 5I3XA 4ZEAA 1IZEA 4LXAA 4BELA 2B7FA 1G35A 1B6JA 3EM3A 5P18A 5P0DA 4Y3FA 3IN4A 4X7IA 2G1SA 4ZLSA 2VIYA 2ZJHA 5EZZA 3GI4A 1A9MA 1ME6A 2QAKA 3ST5A 4GJ5A 3D1ZA 2AODA 3KT2A 1YM2A 5P44A 5P0VA 2XFJA 4EPJA 3PGIA 4AUCA 5P1OA 4Y5BA 5F01A 4OBZB 3GGAA 4K9HA 1W5YA 4B1CA 5E5JA 5P3HA 5P6GA 3RVIA 1W5VA 1NPAA 4B1EA 5P68A 2VS2A 4DQFA 2G24A 2I4QA 2OHPA 3RU1A 3L5DA 5OZJA 5P1AA 5ER2E 3URLA 5DQ5A 3KM4A 1HPXA 3O9BA 3PBZA 1AVFA 3UDPA 3PLDA 5ENMA 1W6HA 5P1LA 5DR0A 5P20A 5P8DA 4XX4A 2AZ9A 4ACXA 1EC3A 5P71A 4U7VA 4FM6A 3KMYA 2ZJNA 5P06A 9HVPA 3OADB 5OZ8A 5DPZA 4Y3WA 1TSQA 2G26A 2R3TA 2XYFA 3L3AA 5COPA 5P6FA 1TQFA 2ZJJA 1EC0A 5P09A 1TW7A 4DVFA 5P3KA 3PWRA 2QHZA 4DJQA 3KA2A 5P3OA 1MRWA 3SLZA 1EPLE 2OHNA 4GZFA 2QHCA 5P05A 1XDHA 3DK1A 1SDVA 2R38A 2IKOA 4FRSA 5P5BA 4BEKA 2ER6E 4Y3EA 5P2SA 5P0TA 2FDEA 1IZDA 5OYRA 4Y6MA 5P2OA 4D88A 2QP8A 3RSXA 2OHLA 4WY6A 2VNNA 5P12A 1T6EX 1SDTA 3OU1B 3UQUA 5KQXA 1IZHA 3JVYA 5HVPA 2P3BA 2JYSA 5OZWA 4A6CA 4ER4E 2IS0A 5P8MA 2V11C 5P2TA 4K4RA 3ZKXA 5P2BA 1NSOA 4YCYA 2Q54A 5KQYA 4QGIA 4Y50A 3HLOA 1MSNA 4I10A 2G94A 3B80A 3ZKSA 3O9GA 3LIYA 4OBJA 3S54A 2WF0A 3D1XA 3H5BA 5P5VA 5P1KA 3K5GA 1HPVA 2V13A 4JECA 5P6KA 2G1YA 5BWYA 2AZCA 3NWQA 3NU3A 3LZYA 5E5KA 2PSVA 4I0ZA 5OZPA 4M8YA 4EJKA 1TCXA 4YDGA 5P8OA 2H6SA 4RRNA 2QMPA 3CKRA 3ZKNA 2OHSA 5ENKA 1HSGA 1FMUA 1SIVA 4GJ7A 5P8VA 5P2QA 3BUHA 3INDA 4KE1A 4DQCA 2OHTA 4A6BA 6UPJA 5DQCA 5P63A 3LHGA 1RL8A 3OXWA 3NWXA 5P0ZA 3BC4A 5OYTA 4Y4ZA 1E81E 1G0VA 2VJ7A 4B77A 5P8JA 2B8VA 4FAFA 3BGCA 1KJGA 1AZ5A 1PPKE 5P2IA 1E80E 5P1WA 4Y37A 5P2HA 3SA9A 2VA6A 5P3UA 4Y5GA 5P6PA 2A1EA 1ZPAA 3OU4A 4ZPEA 5P47A 2WF1A 2R8NA 5AH9A 3FKTA 3CYXA 3KT5A 3PJ6A 4GJCA 5P32A 5P45A 5P6VA 5P3JA 1EPNE 4B05A 1BV7A 1ZJ7A 4NJTA 5P75A 3OXCA 1QRPE 5AHCA 1ZTZA 2JJJA 1APVE 5COOA 4D85A 1T6GA 4J1EA 5P1FA 5P66A 4DJXA 4H3IA 5P8GA 3NDWA 2ZGAA 2WEAA 4GJ9A 1T7JA 3I2LA 5P7BA 2QMGA 3LZSA 3KYRA 5P16A 3SA8A 1FQ7A 2F3EA 5OZNA 3HAWA 4H1EA 4LBTA 3IVIA 1PSAA 2JXRA 2A4FA 4R8YA 2ZHSA 4DI2A 5IVTA 1YTHA 4Y3SA 4HE9A 1RQ9A 3KDBA 3TPLA 5KOQA 4MC9A 5P04A 1HVIA 4Y45A 3SM2A 5P0SA 3DV1A 5P4QA 3EL9A 4R95A 1IBQA 3S8IA 1C70A 1W6IA 3R2FA 2WHHA 5P3XA 3I7EA 4MC1A 5P5XA 2BPWA 3QP0A 5P5AA 1C6ZA 1NPVA 4XKXA 5P74A 4B70A 4Y54A 4HDBA 3DM6A 2O4KA 2F8GA 4Y3HA 2PYNA 2PSUA 5P6NA 1MT8A 4CP7A 4FRIA 4Y3ZA 3M9FA 5P58A 5P1CA 4GJ8A 5P3GA 5P1SA 5I3YA 3HBOA 5DQ4A 4GYEA 4AA9A 3SACA 3TLHA 1AJVA 2I0DA 3DCRA 2QZXA 2CEMA 4EYRA 5OZBA 2ZJLA 2AZBA 4OBFA 5P41A 5P89A 1BDRA 4Y3NA 1HXWA 5P6XA 1HVHA 3NXEA 1W5WA 5P40A 4L7JA 5P01A 5DGUA 4R92A 3QRMA 4FCOA 1D4JA 3VV8A 3FNTA 4E43A 5P14A 1EAGA 3JW2A 1FQ8A 5P4BA 4J0ZA 4X2LA 3QS1A 2IQGA 4ER1E 5IVSA 3NU5A 5P77A 3RTNA 1FLHA 5P5NA 5P8IA 1DP5A 4DFGA 3NUOA 3URIA 3D3TA 5P2ZA 1SDUA 5P3CA 2I4XA 2BPYA 5JFUA 1IDAA 1LF4A 3TPPA 3OU4B 2PWCA 4QJ9A 3OHFA 1YM4A 5P6CA 5P1HA 4HA5A 3VYFA 2HPEA 4GJ6A 3C9XA 3HD8A 5PEPA 3SA6A 5P70A 4DJRA 1IIQA 5P8EA 7UPJA 5P2EA 4Y39A 5P5OA 4F76A 1RNEA 3QRVA 4GJBA 1HIIA 2WF2A 5AHBA 4HEGA 4ZSMA 5P1PA 5P2FA 4U8WA 5P0KA 4CMSA 5P57A 3NR6A 2FGUA 4ZSQA 3EKVA 3HVGA 5OZ7A 1SH9A 5DQ2A 5P3MA 4QJAA 4ZPFA 4M8XA 1EPPE 3S56A 3QIHA 5P69A 3ECGA 3UPJA 3EKYA 3Q5HA 4CPWA 2NNKA 4MC2A 2P3DA 3KF0A 5P3EA 2QD8A 3EKWA 3RSVA 5OZVA 4I11A 3INEA 5P5GA 4LAPA 5P7MA 2QMDA 5DQ1A 1K6VA 2HB3A 4FE6A 2IRZA 2IENA 3QRSA 2OHUA 1N49A 5P83A 3ZKQA 3UDJA 3SABA 1XN2A 4DQHA 4YDFA 2R9BA 4DJYA 5OZ4A 5P4HA 1OEXA 3UDMA 3ZPTA 3S43A 5KOSA 3OOZA 4EHCA 3VSWA 3PSUA 5P7VA 4H3JA 1QBUA 3APRE 4EXGA 3NU9A 1D4IA 5P5PA 3VEUA 5P8UA 1B6PA 4FLGA 1K1TA 5P3TA 5AHAA 3EKXA 1HVKA 2ER9E 2O4NA 4H3FA 3EL0A 3OUDB 5P7TA 5J25A 5OZ6A 1BBSA 3PSYA 3KDCA 3UQWA 5P62A 3MWSA 3BVBA 2UXZA 1XN3A 5P0YA 1SMRA 1UPJA 2AIDA 4K4PA 4J0TA 4RRSA 2BKTA 5P7LA 2IDWA 5DR7A 2PC0A 5OZ1A 5SXNA 3BGBA 5P0QA 4Z22A 3HVPA 3DJKA 4S1GA 4CPRA 2B42A 3NDTA 3EXOA 3S7MA 3GGVA 3NU4A 2F81A 4Y4UA 3SQFA 1IZIA 5P7UA 2VIJA 1FB7A 1BV9A 1MSMA 1YG9A 3AUPA 5AH7A 4EP3A 3Q4BA 1K2BA 3PM4A 2H6TA 1META 1FFFC 2P3CA 5P4YA 5P3IA 1A30A 5P81A 5P0AA 3G70A 5OZAA 5ISJA 2FDPA 1MT7A 5OZGA 5P4KA 1M4HA 4Y56A 3PMYA 2ZHUA 5TOLA 4L1AA 5P49A 2CENA 5P03A 5F00A 2G21A 4I0EA 5P0WA 2QZWA 3LZUA 5P6MA 1HVRA 2BPVA 3G72A 4YD5A 2AOCA 5CONA 3FV3A 3R4BA 2FGVA 5P25A 5P5HA 3K4VC 3VFAA 2O40A 5CLMA 3ZKIA 2ER7E 1DPJA 3DCKA 4RLDA 5P3RA 5P1IA 3VYDA 3T7QA 3MSJA 5P4FA 4NJVA 5P3WA 3K5DA 4WY1A 1HTFA 3VF5A 3INFA 2G1NA 4I12A 5IE1A 4ZPGA 4Y47A 4TRZA 4FM7A 4PYVA 2QZLA 5P4IA 5P5WA 2OHQA 4OBGA 5HD0A 4PEPA 3D1YA 7HVPA 3TKWA 1MERA 3ZPUA 4Y4BA 5P8FA 5P39A 2P8HA 5HDUA 4D8CA 5P22A 4Y51A 3OAGB 1BVEA 5P6BA 5DR3A 2VIEA 2MIPA 3KDDA 4J55A 2B7ZA 4UPJA 5I3WA 1Z1RA 2ZDZA 2OHMA 4L7GA 3T7XA 5P6EA 5P7PA 3S43B 1HVSA 1B11A 1LF3A 5P2NA 3DUYA 4HDFA 5P6YA 4EXHA 5P1TA 5OZOA 1ZPKA 1SGUA 4Y3AA 4Y5CA 1LS5A 3MXEA 3RTMA 4JP9A 5P2CA 4EJDA 5P3NA 3OHHA 4Y5PA 3UDKA 3UTLA 2QZKA 4YA8A 4YD7A 5P8PA 3OTSA 5P86A 1SMEA 4HZTA 4RCFA 5P4WA 6FIVA 3K1WA 1Z1HA 1BILA 5P30A 5P1VA 1FG6C 1B6KA 2ZJMA 4Y4XA 4DQBA 4Y5MA 1TCWA 1AM5A 1DMPA 2V00A 3MSLA 4XXSA 3VV7A 5KR1A 4R5NA 1B6MA 3QROA 2G22A 3OUAA 1WBMA 5KAOA 4OC6B 4B78A 1LZQA 3UDQA 5P35A 5P7HA 5P1ZA 2BBBA 5P2RA 3WSJA 1KZKA 3LIVA 3SA4A 5P0CA 4U7QA 1DIFA 1GVVA 1TZSA 5P4GA 3BVAA 5UPJA 4PPHA 2NR6A 5P5QA 2QK5A 5JFPA 4Z2ZA 3VYEA 1HPSA 1FQ4A 4L1AB 4ER2E 3VV6A 2Z54A 5P5DA 2PH6A 4Y3XA 5P4EA 2Q11A 1M0BA 2HAHA 3TKGA 3U71A 3NXNA 2VJ6A 4RVIA 4Q1NA 1RPIA 1HEGE 5HDXA 5P37A 3WZ7A 3KFRA 2RENA 1AJXA 1UH9A 5P0XA 3PLLA 1PPLE 1XE5A 4L7HA 2QI7A 2IGYA 3NUJA 3VLAA 1JLDA 3OK9A 3GW5A 4PHVA 1G2KA 2WEBA 2PQZA 3K4VA 4OD9A 3S85A 4CPTA 3EL4A 3QN8A 5P0RA 1GVTA 2EWYA 3FNSA 1LYBA 5C9DA 5P3BA 5P5KA 3INHA 4J5JA 8HVPA 4Y38A 4I0HA 3OQKA 4IVSA 4YD4A 5P8HA 1LYWA 5P4LA 1CMSA 1TSUA 2V12C 5P8RA 5P6ZA 1HPOA 5P52A 3VCMA 5P0GA 3KMXA 4FL8A 1C6XA 3BXRA 2UPJA 1KJHA 4BFDA 4ACUA 3NLSA 4Y35A 5P7ZA 1GKTA 3NU6A 1BAIA 5OZ9A 5P7EA 1IVQA 4GB2A 5P1RA 3O9EA 2FMBA 1UH7A 2PWRA 4FRJA 5OZ5A 1CPIA 4YOBA 1FFIC 1G6LA 3OWNA 4Y36A 3O99A 2G27A 2VNMA 5OYWA 3LIXA 4HDPA 5P88A 1HHPA 3U7SA 4LXKA 5P64A 1FMXA 1YTJA 1E82E 5P7AA 5P82A 5P8AA 4DJPA 5P5FA 3IXKA 2QNNA 5SY2A 3PB5A 5OZLA 2RKFA 5P7FA 3CIBA 3OQDA 4H3GA 4EJ8A 1HVLA 3L5BA 3B7VA 4YCKA 3OXXA 2Q64A 2V10C 1U8GA 2OHRA 1Q9PA 5P56A 3S53A 5P8QA 5P0PA 2G20A 2AOEA 4YCTA 2P3BB 5P51A 1M43A 3K5FA 5P48A 5P4UA 5P7DA 3IXJA 3IGBA 3UQXA 4RROA 4TVGA 2QI0A 5P7RA 4DUSA 1AIDA 5P55A 3R1GB 5P4PA 3VF3A 4J1HA 5BRYA 2OF0A 3OGQA 4B00A 1EC1A 2BPZA 2WL0A 3T11A 4MC6A 3NYGA 1MRXA 4EQ0A 5P46A 5P4ZA 5P87A 4GMIA 2QCIA 5P67A 5P15A 3WZ8A 2QI6A 3PSGA 2VA7A 3PWWA 4RYCA 2Q63A 3T3CA 1HIHA 5P7YA 3LZVA 4Y4WA 4TRWA 1GNMA 4Z4XA 5OZXA 5OZIA 3UFLA 2VIZA 3OUBA 3G6ZA 2QD6A 5B18A 4J1FA 3O9AA 2HC0A 5C9FA 6APRE 1HSHA 3LIZA 5P7OA 3JVWA 3OY4A 5P1EA 3EKTA 5P6UA 1WBKA 4OD9B 5IS4A 5P5YA 3TL9A 2ANLA 2IGXA 2AOJA 5P8TA 4EWOA 1LYBB 4QJ8A 2RKGA 5P7GA 1FIVA 2BB9A 5HU1A 4Q1YA 1LYWB 3EM6A 2QI3A 5P26A 5P5SA 4B72A 1HBVA 5AH6A 5OZHA 2G1RA 3SM1A 1CZIE 1ODWA 5P7IA 2AOHA 1BVGA 4A4QA 1OHRA 1AAQA 1BDQA 3GI5A 2AVMA 5OZTA 3SA5A 2XFIA 2PK5A 4PZXA 2G1OA 2PSGA 5APRE 2I4WA 2FNTA 2QHYA 5P1XA 1YTIA 3ZKGA 2O4LA 5P65A 2FXDA 3EM4A 2ZJIA 5P6QA 3EKQA 4Y3LA 3HZCA 5P4DA 1BIMA 2F3KA 5P28A 3VSXA 3PRSA 2J9JA 5DR1A 4F75A 3TTPA 4KB9A 5P3SA 5P7NA 1C6YA 5P13A 1K1UA 4OBDA 4Y48A 4CPQA 5P0HA 1T7IA 1QDMA 4OBZA 1F34A 1KJFA 2HB4A 1SP5A 5IVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BKS A;  3L5E A;  4QJ6 A;  4Y9W A;  5P3F A;  3CKT A;  5P4C A;  3LPK A;  4Y4E A;  4Y3Q A;  5P6R A;  3PCZ A;  3FNU A;  5P50 A;  1FF0 C;  2AVQ A;  4EP2 A;  1APU E;  5I3X A;  4ZEA A;  1IZE A;  4LXA A;  4BEL A;  2B7F A;  1G35 A;  1B6J A;  3EM3 A;  5P18 A;  5P0D A;  4Y3F A;  3IN4 A;  4X7I A;  2G1S A;  4ZLS A;  2VIY A;  2ZJH A;  5EZZ A;  3GI4 A;  1A9M A;  1ME6 A;  2QAK A;  3ST5 A;  4GJ5 A;  3D1Z A;  2AOD A;  3KT2 A;  1YM2 A;  5P44 A;  5P0V A;  2XFJ A;  4EPJ A;  3PGI A;  4AUC A;  5P1O A;  4Y5B A;  5F01 A;  4OBZ B;  3GGA A;  4K9H A;  1W5Y A;  4B1C A;  5E5J A;  5P3H A;  5P6G A;  3RVI A;  1W5V A;  1NPA A;  4B1E A;  5P68 A;  2VS2 A;  4DQF A;  2G24 A;  2I4Q A;  2OHP A;  3RU1 A;  3L5D A;  5OZJ A;  5P1A A;  5ER2 E;  3URL A;  5DQ5 A;  3KM4 A;  1HPX A;  3O9B A;  3PBZ A;  1AVF A;  3UDP A;  3PLD A;  5ENM A;  1W6H A;  5P1L A;  5DR0 A;  5P20 A;  5P8D A;  4XX4 A;  2AZ9 A;  4ACX A;  1EC3 A;  5P71 A;  4U7V A;  4FM6 A;  3KMY A;  2ZJN A;  5P06 A;  9HVP A;  3OAD B;  5OZ8 A;  5DPZ A;  4Y3W A;  1TSQ A;  2G26 A;  2R3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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