3U71A

Crystal structure analysis of south african wild type hiv-1 subtype c protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVLEEINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure analysis of South African wild type HIV-1 subtype C apo protease
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u71A00
5COOA 2OF0A 2OHTA 2UXZA 4H3FA 2P4JA 4GJCA 3S45A 3VF3A 1GVXA 5IVTA 5P85A 2PWRA 5TOLA 4HDPA 4DJOA 5P8PA 3CYWA 1W50A 1HXWA 5OZ7A 5AH9A 5P1KA 5IS4A 5P3ZA 1PSAA 5P7MA 5KAOA 2V12C 5P5YA 5P0PA 2F3FA 2ER6E 5OYUA 3K5CA 2JJIA 5P54A 5P66A 5P3PA 4L6BA 5SZ9A 4GYEA 2AOJA 5P6VA 4L1AA 4Y36A 2WL0A 3DCKA 3C9XA 1MEUA 2VS2A 5P70A 3I8WA 2BJUA 4ZE6A 5P4UA 2IRZA 4LAPA 4LP9A 4Y5AA 4Y3AA 1AVFA 2Q5KA 3SA4A 5DPZA 3NU5A 1EBZA 3NDXA 3UQPA 4FAFA 2J9KA 2QHZA 3PBDA 3KT2A 3O9LA 4LHHA 4RROA 4RCDA 2Q11A 1EC2A 4J0TA 5P1TA 4ZSRA 5P46A 3OAGB 2WF3A 3IN4A 4Y3XA 5P6SA 3PHVA 2UY0A 1EPQE 5OZRA 5P25A 5ISKA 2QK5A 1HSGA 4GJ5A 1CZIE 1GVUA 3DCRA 3QBFA 5P7TA 1BDQA 4Y4XA 2V0ZC 4Y38A 4A4QA 4Y41A 5P7NA 5EZZA 1SDVA 1ZPKA 1JLDA 2NXDA 4J0PA 5P43A 2G20A 4RCEA 3EL1A 1SIPA 3EL4A 3GGVA 5C9FA 3QRSA 2Z54A 3BRAA 3TOHA 5P7ZA 1PPKE 5P0UA 5KOSA 2NPHA 1XDHA 4PZWA 5OZ0A 2G26A 3S8IA 5J25A 3HAUA 1BVEA 5P35A 4I0GA 3D1XA 5P1AA 3RTMA 5P2FA 5P62A 5P12A 5OZ1A 3OOTA 2QZWA 2ASIA 2R3WA 2PK6A 4Y3ZA 4BFDA 5P1IA 3L5EA 3GI0A 5P5WA 4TRZA 3UFLA 2VNNA 3PCWA 4YHQA 4Y3JA 4Y39A 1LS5A 3SQFA 4PPHA 5P3GA 4R93A 5P31A 1T7IA 1EC0A 4FLGA 5P8AA 3LHGA 2WF1A 5P16A 4L1AB 3NU6A 5P6LA 1G0VA 4PEPA 2Q54A 3VF7A 2IKOA 4MC6A 2VA7A 3VF5A 2WEBA 5AHAA 3KFSA 5P6MA 3OU3A 1LEEA 4FSEA 3ECGA 3ZKMA 4K4RA 5P7VA 5OYWA 4FRSA 4QJAA 2QI3A 3O9LB 4APRE 5P6BA 5P5LA 4Z4XA 5P07A 3NXNA 2G1YA 3CIBA 3VLAA 5P1ZA 4U8WA 2BBBA 2RMPA 1YTGA 3QROA 1K1TA 2QZKA 2AZBA 2FDPA 4OBJA 5OZMA 4ZEAA 2IEOA 1KJGA 3PSUA 4I0EA 3NU3A 1LZQA 5OZ8A 3BGCA 4YD5A 4ZPEA 3NDWA 1CPIA 5P68A 5P8TA 5P4VA 3CKRA 3T11A 4B70A 1HSIA 2AVMA 5P6IA 5E5JA 4PYVA 5P2BA 5P17A 5P4MA 1TCWA 5P57A 1XN2A 5P5EA 5P1OA 5P0NA 1VIKA 3UPJA 4J1KA 4CPQA 5P1PA 4XKXA 3VYFA 2ANLA 3TKWA 5UPJA 1DMPA 4TRYA 1W5WA 1D4SA 2B8VA 3LIVA 1HSHA 1T6EX 2PWCA 4BFBA 1YM4A 3EMYA 2G1NA 5P8NA 4LXKA 3PRSA 2R8NA 2AOHA 3OXWA 3GGXA 3MSJA 4I0ZA 2P8HA 3WZ7A 6FIVA 5HTZA 4CP7A 3B80A 5OYYA 1MT7A 3APPA 1HTRB 1D4IA 2VIJA 4X7IA 5P6AA 5OZIA 2VIYA 5DR7A 2H6TA 5P8EA 3ZOVA 2ZHTA 5FIVA 4DJRA 5P83A 3QBHA 1ZSFA 2G69A 2AQUA 5P2HA 1HIIA 3L3AA 4GJAA 3OQFA 3OU4A 5P6RA 3D1ZA 1A9MA 3ER3E 4Y48A 5P5CA 3BUGA 5P89A 1WKRA 2Q15A 5OZQA 2BPWA 5P3KA 4Y4EA 5P8FA 4DJVA 4Q1YA 1FEJC 3IVIA 3OXXA 3EKPA 4Q1NA 4FRIA 1APWE 2HB2A 2JYSA 1BILA 3VG1A 1XL2A 5P10A 2O4PA 3OUDA 4B77A 1LF3A 5P4RA 2VIEA 1GVVA 1ZJ7A 5AH7A 3PSGA 2QMPA 5P5PA 3IAWA 2V16C 3LZUA 5PEPA 3FX5A 5P1JA 4ER1E 3RVIA 3VYDA 3KN0A 5DR0A 3VV6A 4OBDA 5P00A 5P8KA 4Y4BA 1HVJA 4YDGA 5P5MA 5OZOA 4YDFA 5P19A 5P7PA 1FKNA 3S7LA 2OHPA 5P5VA 3UFNA 5HVPA 2PYMA 3ST5A 1XN3A 5P7AA 5P76A 3OUBA 5HE5A 2XFJA 5P4BA 2V11C 4Y5PA 5P04A 5P2KA 4Y4GA 3LIQA 3LZVA 2PYNA 1EPNE 3QRVA 1HVHA 3MSKA 3L58A 3SA6A 5P0CA 3KDDA 1ZP8A 1A8KA 3PCZA 5P74A 5P1SA 3UDMA 4I8ZA 4RRNA 1HEGE 5OZ3A 2CEJA 4DVFA 4F75A 5KR1A 1ZAPA 1IBQA 3SM1A 4LBTA 4H3JA 5P45A 1HVSA 5P7RA 2G21A 3OU4B 1ZPAA 2FLEA 3UTLA 2AVOA 2G24A 1YT9A 5P4YA 5P4QA 3R0YA 3UF3A 5P5ZA 5P4LA 3TKGA 4Y50A 3QS1A 3S53A 2R5QA 4Y5EA 3FNUA 1IDAA 5P22A 2IL2A 5P5GA 4COEA 3OUCA 5OZ6A 3FNSA 1OD1A 3SA5A 4ZIPA 2VNMA 4J0ZA 2ZJMA 2AOFA 3EL0A 5P01A 5B18A 1AJVA 3OOZA 4RZ1A 5P2DA 3SA3A 3D20A 1UH9A 4OBZA 1RNEA 2F81A 1HVRA 3EM3A 3HVGA 4DQCA 2VJ6A 4B78A 1AJXA 1B5FA 3O9AA 3GI5A 1FQ5A 3OQDA 1BXQA 2FXEA 2MIPA 2ZE1A 5P56A 2QI7A 4YBIA 3OY4A 2PH6A 4Q1XA 2R9BA 3S85A 4I10A 3UQRA 5P7CA 3CKPA 4AA9A 5P55A 1N49A 1AAQA 5P40A 3SFCA 5P3TA 3HLOA 2Z4OA 1D4JA 1GVTA 5P2LA 5P82A 5OZHA 3IA9A 4AA8A 5OZXA 4YBFA 1FMBA 5P5UA 5P44A 4ER4E 5P39A 4UPJA 2Q63A 3UDHA 2RSPA 3O9GA 3TPLA 2IQGA 4Y5BA 4DJUA 3BVBA 1SP5A 4I8WA 2ZJHA 1EBWA 1LYAA 1DAZC 4Y6MA 3LIXA 5P2VA 2HAHA 3LPKA 3VSXA 5P48A 4FRKA 1SDTA 3O9DA 4I0JA 4QJ8A 4B05A 3DUYA 2I4UA 4D89A 3MXEA 5P64A 2AVVA 1NPAA 3KMXA 3LINA 3VEUA 5P0JA 3LITA 3MXDA 5P0LA 4RYCA 1W5YA 2O4SA 5P6YA 3WB5A 4DJYA 3OQ7A 1EEDP 4AUCA 2O4LA 1TW7A 2V00A 4Q1WA 3DOXA 4YD3A 4APEA 1HIHA 2NTRA 3UCBA 4NPTA 2OHLA 3A2OA 1KJ4A 4EHCA 2WKZA 4OBZB 4N00A 3NDUA 3OWNA 3Q70A 2VJ7A 1NPVA 1B5FB 2NMZA 3PEPA 5P8GA 5P5OA 1A8GA 1OHRA 4L7HA 5KOQA 2ZHSA 2G22A 1K6PA 5P8SA 1MIQA 4GIDA 5OZDA 3I2LA 2WF2A 1QRPE 3FSMA 1FQ7A 4J1IA 4DV9A 3URLA 1T3RA 3QVIA 3IXOA 2PMAA 3SA9A 5P0GA 3F9QA 3GI4A 2OAHA 5DR8A 3PVKA 2P3AA 5OZUA 2UPJA 5F01A 1AM5A 4Y5GA 2QD7A 2NNKA 3NXEA 2BB9A 5P8DA 3TOGA 4FL8A 4ZSQA 3OTSA 4DH6A 3CKTA 4EP3A 1ME6A 5JG1A 5BWYA 4JPEA 4Y51A 1ODYA 3BUFA 1LYAB 3PMUA 6APRE 5P8IA 2SAMA 1A30A 4I0FA 9HVPA 4Y3DA 3SLZA 5P75A 5P87A 3ZKGA 1DP5A 3EL9A 2VA6A 2RKFA 2I4XA 3JW2A 5P6XA 1FFFC 4YCYA 2Q3KA 3DV5A 1APUE 5I70A 5SY2A 4CKUA 4Y3EA 5P13A 4Y56A 5P1YA 3CIDA 1SMRA 4K4QA 2I4QA 1B6LA 1M43A 5DQCA 5P41A 2HPEA 3D3TA 5P77A 5P06A 1UH8A 5P0ZA 1T7KA 3UDPA 2I4DA 3INDA 5P78A 5OZCA 5OYQA 4Z2ZA 4OBFA 4J0YA 3JVWA 3R4BA 3Q6YA 5P73A 4BELA 3UDRA 3LPJA 4DQBA 1A94A 5P2AA 3RU1A 4YD6A 3H0BA 1HVCA 4RLDA 4YD7A 5SY3A 2OHUA 3URJA 5P2QA 5P8OA 1C6YA 4Q5MA 5P8QA 2QMFA 4TRWA 3D91A 2QI1A 5IVQA 1FQ4A 4TVGA 3BHEA 5COKA 4Y35A 1HVIA 4B72A 4DI2A 4ZLSA 2AOIA 4JOOA 3SA8A 4U7VA 4NJTA 2PSGA 3L59A 5P3WA 5P5KA 4EQ0A 5P4XA 5IVSA 2FS4A 3IGBA 5OZYA 1RPIA 5P0AA 5P3BA 5P6EA 1BXOA 2XFIA 3DJKA 5HU0A 3K5DA 1E5OE 4K8SA 3GI6A 1M4HA 3ER5E 4OBGA 5P1XA 5P67A 4I0HA 1YTHA 1HVKA 4F73A 4ZPFA 5KR2A 4EQJA 3R2FA 1HXBA 1MRWA 5P28A 5ISJA 3VFBA 4NJUA 2QD6A 5JFUA 1E80E 1META 5P1DA 4DPFA 3BUHA 3SKGA 1MSNA 5P8HA 3KM4A 3TOFA 3L38A 1OEXA 4EWOA 5P4CA 5P8LA 4KE0A 4A6CA 2AOGA 4YOBA 5OZ2A 5P0XA 2AZCA 5P05A 5P2NA 5P4FA 3SAAA 3I25A 4J1CA 1M0BA 5P26A 1BDRA 4RVJA 5P3SA 4Y54A 4I1CA 5ER2E 4MC1A 4H3IA 5P32A 2ZJIA 1FB7A 5P4ZA 1FMXA 1TZSA 3NU4A 5P8UA 3RTNA 5P2TA 4D83A 2CEMA 4KE1A 2ZHRA 5HCTA 5P38A 1MT9A 5P6PA 1QBUA 3TL9A 2HIZA 5I3WA 3VUCA 3ZKSA 3LZYA 1HWRA 1FIVA 5P7SA 1C70A 1QBRA 3OGQA 3LZSA 3WB4A 4Y58A 3K4VA 4EXHA 3VYEA 3UQWA 3QP0A 1SBGA 2B7FA 2VA5A 3IN3A 2R43A 3M9FA 2QI4A 1SMEA 1HPXA 5P2WA 5P7DA 1Z1HA 4Y3YA 4I12A 2ZHVA 1IZIA 2HM1A 1MESA 2IGXA 5P3NA 5P3IA 5P3CA 3KF0A 1GNOA 4QJ6A 5ENKA 4DJQA 1HTFA 4YCKA 3HBOA 4Y9WA 5OZJA 5P5DA 3T7PA 1QBSA 3OUAA 4GJ8A 3O9CA 4HZTA 4RCFA 2ZJLA 5P3XA 4Y4TA 2WF0A 1E81E 5P6FA 4Y4JA 4ACUA 1Z8CA 4DFGA 2IKUA 3SKFA 4Y44A 2QNPA 2NR6A 3NDTA 3L5DA 4RVXA 5P6KA 2HB3A 2V10C 5P7QA 3CYXA 5P1GA 1MVPA 4RGHA 4IVTA 5P2IA 1FMUA 3NUJA 3OU1A 5P61A 3IXKA 1PPLE 1PSNA 4Y3RA 4Y3HA 1AIDA 5P5IA 5P58A 4EJ8A 2QHYA 5P4DA 1SDUA 2A4FA 1Q9PA 2AVQA 2ER9E 4LXMA 3U7SA 5DGWA 1AZ5A 1FLHA 1QS8A 3Q4BA 5ER1E 4FM6A 2AOEA 3TNEA 2F3KA 1KZKA 3EXOA 2FDEA 3OQKA 5P0TA 5F00A 4RVIA 3ZL7A 4Y4AA 5P08A 1IVQA 2I1AA 4Y5KA 4CPWA 5DQ4A 2ZJJA 5AH8A 4CPXA 4DQEA 3UDJA 5P0WA 5P11A 3RSXA 3PLLA 1APTE 1FQ6A 4L7JA 3KT5A 1LYWA 1EPLE 4B0QA 3TPPA 4Y3NA 2AZ9A 3S2OA 2B42A 2ZYEA 4CPRA 3OQAA 4RRSA 2OHMA 5APRE 4J1HA 1E82E 2QI6A 1K2CA 4LC7A 2OHSA 2WECA 5JODA 1MERA 4ACXA 4EXGA 4J5JA 2QI5A 3K4VC 1TQFA 1D4KA 4QLHA 3PM4A 3DV1A 1HOSA 2VJ9A 2RKGA 4FIVA 3UQXA 5P0DA 4Y53A 1FQ8A 4YOAA 3N4LA 5P6DA 3O9IA 3T6IA 2F80A 5P6QA 5P53A 2QU3A 3NWXA 3OXCA 2ZJKA 4DQFA 1GVWA 1YTIA 1VIJA 1UPJA 4DUSA 3SABA 5P5QA 2FIVA 5P23A 3ZKIA 5P3OA 2ZGAA 4Y5MA 3OU1B 3OUDB 5HDXA 4R91A 4NPUA 5P6HA 1K6CA 2QMGA 1EBKC 5P30A 5P7JA 3UDKA 3ZPTA 1XE5A 4R95A 2R5PA 2G94A 5DR4A 5P4JA 2B8LA 2VIZA 2FGVA 5P3LA 5P0MA 3HVPA 4GJDA 5P3QA 2PSVA 4DQHA 5P4PA 4AMTA 4HLAA 1K1UA 3CICA 1IVPA 3OHHA 3QRMA 3Q5HA 5OZVA 5P7UA 3PWRA 4F76A 1KJHA 3I6OA 4FCOA 4CPUA 5P72A 1HTGA 5P50A 2QZLA 1FG6C 1LYWB 5P6OA 3G6ZA 5P1HA 4RYGA 4FSLA 5P0FA 3KFNA 5P4TA 2NNPA 5P5HA 1TSQA 3MWSA 5P6TA 3EM4A 5P8BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5COO A;  2OF0 A;  2OHT A;  2UXZ A;  4H3F A;  2P4J A;  4GJC A;  3S45 A;  3VF3 A;  1GVX A;  5IVT A;  5P85 A;  2PWR A;  5TOL A;  4HDP A;  4DJO A;  5P8P A;  3CYW A;  1W50 A;  1HXW A;  5OZ7 A;  5AH9 A;  5P1K A;  5IS4 A;  5P3Z A;  1PSA A;  5P7M A;  5KAO A;  2V12 C;  5P5Y A;  5P0P A;  2F3F A;  2ER6 E;  5OYU A;  3K5C A;  2JJI A;  5P54 A;  5P66 A;  5P3P A;  4L6B A;  5SZ9 A;  4GYE A;  2AOJ A;  5P6V A;  4L1A A;  4Y36 A;  2WL0 A;  3DCK A;  3C9X A;  1MEU A;  2VS2 A;  5P70 A;  3I8W A;  2BJU A;  4ZE6 A;  5P4U A;  2IRZ A;  4LAP A;  4LP9 A;  4Y5A A;  4Y3A A;  1AVF A;  2Q5K A;  3SA4 A;  5DPZ A;  3NU5 A;  1EBZ A;  3NDX A;  3UQP A;  4FAF A;  2J9K A;  2QHZ A;  3PBD A;  3KT2 A;  3O9L A;  4LHH A;  4RRO A;  4RCD A;  2Q11 A;  1EC2 A;  4J0T A;  5P1T A;  4ZSR A;  5P46 A;  3OAG B;  2WF3 A;  3IN4 A;  4Y3X A;  5P6S A;  3PHV A;  2UY0 A;  1EPQ E;  5OZR A;  5P25 A;  5ISK A;  2QK5 A;  1HSG A;  4GJ5 A;  1CZI E;  1GVU A;  3DCR A;  3QBF A;  5P7T A;  1BDQ A;  4Y4X A;  2V0Z C;  4Y38 A;  4A4Q A;  4Y41 A;  5P7N A;  5EZZ A;  1SDV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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