3U7SA

Hiv pr drug resistant patient's variant in complex with darunavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVVVKVGGQLMEALLDTGADDTIFEEMNLPGRWTPKMIGGIGGFLNVRQYDQVPIEICGHKVVSTVLIGPTPLNVIGRNVMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular characterization of clinical isolates of human immunodeficiency virus resistant to the protease inhibitor darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3u7sA00
5P10A 1XN2A 3KT2A 5P8RA 5P3NA 5P3QA 5P32A 3U6AA 5P6UA 3SA8A 4YBIA 4Y5CA 3Q70A 4DV9A 5P2VA 2IKOA 5OZGA 3TPLA 1PPKE 1D4JA 5P0IA 3UDQA 5HDZA 4EWOA 4EXGA 3EM6A 5P89A 3OAGA 1W6HA 4Y3PA 5P3YA 1LZQA 5P4UA 5P16A 2HPEA 3G72A 4Y5BA 4Y3ZA 5P0WA 4EYRA 5P4VA 5P4WA 4J1FA 1VIKA 5P1XA 4RYGA 5P87A 1XS7D 5P8UA 5P6SA 4Q1YA 5AHAA 5APRE 5E5JA 1EBYA 5IVQA 3O9AA 5C9BA 1W5YA 5P7CA 3EMYA 3ZKNA 3EL4A 2ZJLA 1IZEA 5OZBA 4I0IA 1BIMA 1RPIA 3BC4A 5P61A 5P86A 3QRMA 2VIYA 3OXWA 1T7IA 4GJBA 5P7ZA 5KAOA 5P55A 5P8KA 4Z22A 3VFBA 4J1HA 4X2LA 4RLDA 5OZZA 3S54A 4L1AB 3NWQA 5P83A 5P2ZA 1HTRB 5P73A 1F7AA 1HVJA 4RRNA 1HWRA 4OBFA 5COPA 3UTLA 4Y43A 3M9FA 3IXJA 3K5GA 5P65A 3AUPA 5P0NA 1E81E 3HAWA 4HA5A 4AA8A 5P02A 5P2XA 1B6MA 5P0SA 3UDNA 1BBSA 4FS4A 3ECGA 3OXVA 2PSVA 4ER1E 5P04A 4N00A 3S56A 1D4HA 1FQ8A 5OZ6A 3UCBA 2VJ7A 4NJUA 4Y3QA 2FXEA 3OXCA 1XL2A 3BVBA 1YM2A 4XKXA 2BQVA 4YDGA 1MUIA 4LHHA 4OBZA 3LPKA 5P6ZA 5P2TA 4APRE 4EP3A 3I6OA 3D3TA 3OQFA 5DR7A 1ODXA 3BXRA 5P00A 1HBVA 4GJ7A 4HZTA 2WEBA 3PCZA 4Y3AA 5P7VA 5AHCA 4Y4BA 2WJOA 4DJXA 4H3IA 4Y54A 5OZ4A 5P4EA 4L7GA 1HXBA 5P7OA 1M0BA 4YCTA 3NUOA 1QRPE 5P1MA 5P1PA 1KJGA 3GGUA 5P8TA 3R0YA 5P09A 3TPPA 4Y57A 3INHA 3OQ7A 5P4LA 3K1WA 3K4VC 5IS4A 4B1CA 5CONA 4D85A 5P2CA 1AJXA 2BB9A 5P2HA 3K5DA 3MSKA 5P72A 4DJQA 2CEJA 5P25A 5P84A 5P3GA 4D83A 4TRYA 2XFIA 2V00A 2G1NA 3I25A 2ZJHA 1BDLA 4LXMA 3ZMGA 5P2YA 5P2FA 2QNNA 2WHHA 1AZ5A 5ER2E 3U71A 3G70A 4Y47A 5KR0A 5P5ZA 3NDTA 3TOGA 5P4XA 3RTNA 1HVLA 5P56A 2SAMA 2P3CA 3PI0A 5HDVA 3L5DA 2VJ9A 5I3XA 4WY1A 2HB3A 4TRWA 4ZPFA 1K6VA 3EL9A 3EM4A 3D1XA 3R0WA 4I0GA 5P0KA 5P07A 4H3FA 5P63A 2XFJA 3KDCA 1G2KA 3QROA 5P0PA 5P29A 5P1TA 4CPWA 1BDRA 2OHLA 1DMPA 4OBDA 5OZRA 1HEGE 4FLGA 1D4IA 5P24A 5P68A 3QI1A 5JFUA 2FNTA 3PI5A 4DFGA 5AH6A 1XE5A 2CENA 3CKRA 2PYNA 1SIPA 1IZHA 3CIBA 5F00A 3O9CA 5P2KA 2NXDA 1MSMA 2I0DA 3O9IA 2QZKA 1SGUA 5OYUA 2G20A 5P1YA 3K4VA 4Y4AA 5P2GA 2VA5A 1GNNA 5P5MA 5I70A 2R3TA 2QI6A 4RVIA 2F3KA 1FKNA 5P5VA 3RU1A 4Y4ZA 1ER8E 2B8VA 1EPQE 1AJVA 5UPJA 4GJ6A 5C9DA 4QGIA 4Y3SA 5P7BA 4OBKA 4Y3XA 4AZYA 3Q4BA 2PWRA 5P7NA 5P6AA 4I0HA 1E80E 5JG1A 5P1DA 2XYFA 4I0JA 4U7QA 5P3BA 4BFBA 3IN4A 2IEOA 1KJHA 5KQYA 5P6NA 2OHUA 1WBKA 5OZYA 5IVRA 3QBHA 4AA9A 5DR0A 5P81A 3NR6A 3HAUA 1RL8A 5KQXA 3NU9A 2ZHTA 4FRSA 5HDXA 3SFCA 1LYAB 4EPJA 5KR8A 2O4PA 3PHVA 5TOLA 5P1FA 4TVHA 2ZHSA 5P1SA 4J17A 4U8WA 5P3SA 5P2JA 2P3DA 2I0AA 4R95A 1PSNA 1EPNE 2G1SA 5P6FA 5DGWA 3L5CA 1IDBA 3QN8A 3SA4A 1ME6A 5P0DA 2AOCA 5P2AA 2I4XA 3LZVA 4CPUA 5P8OA 5P2EA 1YG9A 5P1BA 4YD3A 2G94A 4B72A 2PSGA 1LYAA 2AVQA 3KMXA 2PH6A 5DR3A 3SA3A 5P1OA 4EQ0A 5P7KA 1MT7A 4Y48A 1KZKA 4I10A 5P6LA 2HB4A 2O4KA 3Q5HA 3G6ZA 3PM4A 1W51A 3D91A 4ZEAA 1KJFA 4HDPA 5P1EA 5P80A 1E82E 2ZGAA 3KFSA 3VV6A 1SIVA 1BDQA 5OZIA 5P7PA 4YOAA 2F80A 3NYGA 3PWWA 5OZ9A 3KDDA 3VLAA 5I3YA 4PHVA 3ZPUA 4RRSA 4JP9A 2APRA 5P2OA 2NXMA 4HVPA 4Y4TA 4ACXA 1HEFE 3IGBA 5P8DA 4Y9WA 1W5VA 2WF1A 1NSOA 3O9DA 5P08A 5P8EA 1APUE 5P5LA 3UDRA 5P8PA 2OHSA 4OBGA 2UPJA 5OZ8A 1D4KA 1EAGA 2CEMA 4ZSQA 5P69A 5P3PA 1MT8A 5P30A 2IKUA 4DJRA 3QBFA 2AVMA 5P7HA 4PPHA 4Y5MA 4J0VA 1IVQA 1ZSFA 4YOBA 3DV1A 4GJ5A 3GI4A 2ZE1A 5P2IA 3OU1B 2BPWA 2VNNA 3OXXA 1EPME 3APRE 5P5GA 4J1EA 3UDYA 2ZHVA 3OWNA 2OF0A 2BKSA 3LIZA 5P1WA 3D20A 5P28A 3BHEA 5P74A 4K4RA 4S1GA 5P48A 4Y39A 5OZ3A 5OZPA 3ZOVA 2ZJKA 5P4JA 3TH9A 3TPRA 2QHZA 3RSXA 1IDAA 1HOSA 4CPTA 4FM6A 4M8XA 1OEXA 4QJ2A 1T7JA 3BVAA 1GVVA 3OU1A 1HTEA 3NDXA 1EC0A 7HVPA 1UH9A 4R93A 4DPFA 4Y3LA 2R8NA 3KA2A 3IVIA 5P6QA 2Q3KA 5P7QA 3QPJA 4YA8A 2IGYA 5P82A 3DM6A 4I0EA 6FIVA 3TPJA 5SY3A 3UDKA 4DUSA 5AH7A 1DAZC 1TCXA 6UPJA 2IDWA 2VIJA 3LITA 2AOHA 5P7SA 5P5EA 1AIDA 3INEA 5HU0A 5P13A 2QI0A 1XN3A 5COKA 2MIPA 1HPSA 5P7UA 2AVOA 1BILA 3JVYA 2WF4A 2NR6A 3VEUA 5P3ZA 5P1ZA 2ZJJA 1MSNA 3DK1A 3TNEA 4F73A 4Y41A 3S43B 2AVVA 4DQEA 4MC9A 3EKQA 1EBZA 5OZ7A 5P2QA 4DQBA 5OZUA 2G1RA 4LXAA 2WL0A 1FFIC 3PWRA 4IVTA 4LBTA 4R5NA 4B78A 5P4IA 4D89A 4B70A 5P0ZA 5P37A 4CMSA 5AH8A 1CMSA 5P7MA 1M43A 5P5OA 5P8CA 4CKUA 2OHQA 2QZXA 5P8JA 1CZIE 4YD4A 3S43A 4EJDA 1IVPA 3HVGA 5HCOA 4YD6A 3KYRA 4NJVA 1UH8A 5P3CA 3FNSA 5HU1A 1SMEA 5P6XA 5P6TA 5ISKA 5P19A 1EC3A 2QU3A 3IXKA 5P77A 3T7XA 5P4CA 5P1QA 4KE1A 3RTHA 1U8GA 2QHCA 1PPME 3NU6A 5T4SA 3NLSA 3T6IA 4FM8A 2OHRA 5OYYA 3UPJA 5HE5A 2PQZA 2JJIA 2OHKA 2QI1A 3UQWA 1ZJ7A 5OZVA 1FLHA 1HPOA 5P1AA 3OADB 5P5IA 5P67A 4EJ8A 2QHYA 4LXKA 5P88A 3FV3A 4GYEA 1SH9A 1LS5A 2F8GA 3BGBA 1ZSRA 3OOTA 2VJ6A 2BPVA 3WZ7A 4DQHA 1AAQA 2Q63A 5OZHA 1BAIA 4Q1NA 4GJ9A 4B05A 3VF3A 4YBFA 2BPZA 4DI2A 3CKTA 2AOIA 5P18A 3TL9A 3OADA 3HVPA 5P3XA 1LYWB 5AGZA 5KQFA 1ODWA 3EKWA 3JW2A 3S2OA 5P4KA 3LZYA 3OTYA 1YTJA 4L6BA 1HSGA 3I2LA 2P83A 1C6ZA 2I4QA 2H6SA 3LNKA 3VCMA 4I8ZA 3QRSA 1M4HA 5P60A 4L1AA 3T7PA 2QI4A 1A9MA 3HZCA 3OU4B 5DR4A 2QI7A 4KUPA 3UQPA 1LYWA 5P75A 5OZOA 3SA9A 4FSLA 2ZJNA 1DW6C 5OZSA 4RVXA 4Y3FA 3UQRA 1GVWA 4Y4WA 1W50A 1Z8CA 2IQGA 5P66A 1HVIA 3SKGA 5P71A 4Z2ZA 3GI0A 5JFPA 2ZYEA 3PCWA 3T11A 3OHHA 3LIVA 4R91A 1BVGA 3L5FA 5P59A 3OU4A 4Y38A 3WB5A 5P5FA 3SQFA 5P7AA 3TLHA 5OZQA 1AM5A 4Y45A 4EQJA 3QVIA 5P76A 4OD9B 3TTPA 1KJ7A 4A6CA 1FFFC 3VV7A 4M8YA 4Y3MA 2AOFA 4J1IA 4GJ8A 4FE6A 5P6MA 1BV7A 5C9FA 4EXHA 4Y6MA 5I3WA 5OZJA 4Q1WA 3LIXA 5IE1A 4Y3TA 1ODYA 5P0JA 5OZDA 5P5TA 5P1IA 3H0BA 4OD9A 2ANLA 5P5DA 4TVGA 3ZKQA 5P54A 5P5CA 1OEWA 1QBRA 3LIYA 5P6DA 4FL8A 3SO9A 3VYEA 1WBMA 1QDMA 1HIVA 5P8NA 2R5QA 2ZHRA 2QI5A 3Q6YA 4FRIA 3C9XA 3LINA 4DJOA 1EPPE 4B00A 3EKVA 5P0VA 3PLDA 3TKGA 2HC0A 3QVCA 3LHGA 5OZ2A 2HM1A 1GKTA 2OHMA 5P43A 5P05A 4H1EA 3ZL7A 4FRKA 3NSHA 2R3WA 5HDUA 4JPCA 3A2OA 4Q1XA 4YDFA 2V16C 1BVEA 4ZLSA 5P31A 1GVUA 1F34A 5P5WA 3S53A 5P7EA 3TOFA 2Z4OA 4TRZA 1HHPA 3QAAA 4RCDA 1BV9A 4FM7A 4PZWA 5P2DA 5BRYA 5P3VA 2B7FA 3SM1A 4BFDA 3ZKXA 1HTFA 2NMYA 4JOOA 4DPIA 3T7QA 2G22A 3WZ6A 2A1EA 2FS4A 4WY6A 1T6EX 3L38A 2F3EA 4B1DA 4MC2A 2QMFA 1EBWA 5DPZA 4FAFA 3OY4A 5P2WA 3ZKMA 5P0TA 2FDDA 2HPFA 5DQ5A 1SGZA 5OZWA 5P62A 4FRJA 5P5HA 1W5XA 2ZDZA 5P5JA 4Y35A 3OGQA 2UY0A 5PEPA 3BUHA 5P4HA 2BBBA 2H6TA 5P4MA 1EPRE 1MERA 2B42A 1CPIA 4B0QA 5P4QA 3BUFA 3UQXA 1MRWA 3EM3A 4YD5A 5P53A 5P6KA 4ZPEA 3SAAA 5P7YA 1FG6C 2IL2A 4Y5PA 5I3VA 1YTGA 3MXEA 4RROA 3HLOA 5P2BA 5P49A 2P3BB 1EPLE 3O9FA 5OZNA 4NJTA 4NPTA 2WF2A 5P6OA 4J1KA 5P5YA 1W5WA 3NDUA 5P39A 5P34A 2QZWA 5P5UA 2WF3A 2G21A 2FMBA 2Q11A 3DJKA 4GMIA 4H3GA 1K2CA 2VIZA 5P7FA 5HE7A 4NKKA 5P0MA 2F3FA 1J71A 3S85A 2FDEA 3DUYA 3GI5A 1HVCA 5P01A 5DR1A 3B80A 3IAWA 1APTE 2P3BA 1HSIA 1PSAA 3ER5E 4BEKA 2V11C 4XX3A 5P36A 3S7LA 4A4QA 5P1RA 3DCKA 5P4OA 5P06A 4J0ZA 5DR8A 5P8QA 5P1KA 2QNQA 5P0EA 3OHFA 4Z4XA 5P3TA 1MTRA 2Q15A 9HVPA 5P20A 4FIVA 5P1JA 3NXEA 2V0ZC 2ZJIA 5P8HA 3D1ZA 3QRVA 3OQDA 4WTUA 5P6VA 2BKTA 4LP9A 1FB7A 2Q5KA 3JVWA 3DOXA 5DQ2A 3KDBA 3IA9A 5P6JA 1NH0A 2IS0A 4Y58A 1FQ4A 3ZPTA 3R2FA 2BJUA 1FF0C 3NWXA 4QJ8A 4DH6A 3FKTA 3RVIA 2HS2A 5HE4A 4LAPA 4Y3HA 3NUJA 5P2LA 3O9GA 4ER4E 1TZSA 3UDHA 5IVSA 5OZCA 1MTBA 5OZ1A 1C70A 5P3AA 5P22A 1FEJC 1LF2A 5P5XA 3OU3A 4Y4GA 3SKFA 1AVFA 5ER1E 5P6HA 2G69A 3S8IA 1GNOA 1YTHA 4Y51A 3ZPSA 5P58A 5JODA 5P7XA 1FQ5A 2G27A 2P4JA 5OYXA 4F75A 2AOJA 1FQ7A 3Q3TA 3LIQA 5P5KA 5P6CA 5P3KA 2FDPA 4KB9A 2PK6A 5HVPA 2AIDA 4Y53A 5P0GA 4Y56A 4Y5KA 5P26A 1YTIA 1OHRA 1QBSA 2OAHA 5DQ1A 5P3LA 5P1CA 5DQCA 2OHTA 2V12C 1D4SA 1PROA 3HD8A 3LPIA 1Z1RA 4J0TA 1YM4A 3N3IA 5P0UA 1K1UA 1WKRA 5P5NA 1FMUA 3PRSA 5P4AA 1HVRA 5OYVA 3SACA 5P38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P10 A;  1XN2 A;  3KT2 A;  5P8R A;  5P3N A;  5P3Q A;  5P32 A;  3U6A A;  5P6U A;  3SA8 A;  4YBI A;  4Y5C A;  3Q70 A;  4DV9 A;  5P2V A;  2IKO A;  5OZG A;  3TPL A;  1PPK E;  1D4J A;  5P0I A;  3UDQ A;  5HDZ A;  4EWO A;  4EXG A;  3EM6 A;  5P89 A;  3OAG A;  1W6H A;  4Y3P A;  5P3Y A;  1LZQ A;  5P4U A;  5P16 A;  2HPE A;  3G72 A;  4Y5B A;  4Y3Z A;  5P0W A;  4EYR A;  5P4V A;  5P4W A;  4J1F A;  1VIK A;  5P1X A;  4RYG A;  5P87 A;  1XS7 D;  5P8U A;  5P6S A;  4Q1Y A;  5AHA A;  5APR E;  5E5J A;  1EBY A;  5IVQ A;  3O9A A;  5C9B A;  1W5Y A;  5P7C A;  3EMY A;  3ZKN A;  3EL4 A;  2ZJL A;  1IZE A;  5OZB A;  4I0I A;  1BIM A;  1RPI A;  3BC4 A;  5P61 A;  5P86 A;  3QRM A;  2VIY A;  3OXW A;  1T7I A;  4GJB A;  5P7Z A;  5KAO A;  5P55 A;  5P8K A;  4Z22 A;  3VFB A;  4J1H A;  4X2L A;  4RLD A;  5OZZ A;  3S54 A;  4L1A B;  3NWQ A;  5P83 A;  5P2Z A;  1HTR B;  5P73 A;  1F7A A;  1HVJ A;  4RRN A;  1HWR A;  4OBF A;  5COP A;  3UTL A;  4Y43 A;  3M9F A;  3IXJ A;  3K5G A;  5P65 A;  3AUP A;  5P0N A;  1E81 E;  3HAW A;  4HA5 A;  4AA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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