3UCBA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ucbA00
5P3UA 1B6MA 1META 1QS8A 2QMDA 3GI0A 4OC6A 1B6JA 4OC6B 5EZZA 5P5ZA 5P24A 1B6PA 3BVAA 4YHQA 1FQ8A 3RU1A 3VF7A 3VFBA 5P0GA 5OZ5A 1GVVA 4TRYA 5P28A 3JW2A 4Y38A 1BXOA 5P5QA 3JVYA 5P2FA 2NTRA 2QP8A 4Y3PA 3UDRA 1ER8E 1MT8A 3EKQA 5P8JA 4FM7A 3ZOVA 3H5BA 4Y3RA 2QMPA 5ISJA 5P08A 1APTE 1IVQA 1Z1HA 3NXNA 4RVJA 4D83A 5P5TA 1LZQA 3O9EA 1YTJA 4QJ8A 1AJXA 1UH9A 2G21A 2HS2A 5F00A 5P6UA 5P63A 5P8DA 1BAIA 1DW6C 1YX9A 5E5KA 4HZTA 2G1YA 3OTSA 2ZDZA 3D1XA 2IKOA 5P5DA 3LHGA 5P4CA 5P6XA 1APVE 4D88A 5P66A 1UPJA 1EPPE 1HVRA 1FMBA 1HRNA 4YD3A 1KJHA 4B78A 5P37A 4YD4A 2NR6A 1M4HA 1QBUA 5P1JA 2J9KA 1EC3A 2ZJLA 1ZP8A 4TVHA 4Y5LA 3OGPA 3SLZA 4B05A 3ZLQA 4Y5NA 3QIHA 3RTNA 4J5JA 1HIHA 1T7JA 5SZ9A 4OBZA 4RCDA 1HXBA 3OQKA 4OBZB 1KJGA 5P0PA 2OAHA 3PJ6A 4XX3A 2AVSA 4WY6A 5P5IA 4B0QA 5P58A 3CIDA 5P7GA 5P7QA 3K5DA 1G2KA 2Z54A 3N4LA 4J55A 5P2OA 4J0TA 5OZYA 1MPPA 4XXSA 4BELA 2APRA 5HVPA 5P6ZA 1AXAA 2XFIA 2RKFA 5P38A 1TZSA 4JOOA 2G94A 2FNTA 2SAMA 3NU6A 1OHRA 5P6WA 5C9FA 3PHVA 3D1YA 4ER1E 3MSJA 3FNSA 5OZ6A 3WZ6A 3LZUA 5P3NA 3Q6YA 5P0BA 2WF1A 5P7ZA 4NJTA 3EM4A 2VNNA 4PPHA 2WF4A 1ZTZA 4Y4ZA 5KR1A 4B00A 3VLAA 5P4DA 1MERA 4Y3JA 2I0DA 1FF0C 2R8NA 5OYSA 3DOXA 5P0TA 4L1AA 4LXKA 4L1AB 1BXQA 3BUHA 5ISKA 3LPKA 1MRXA 4BFDA 2VJ7A 5OYYA 1WBMA 1D4LA 5P4SA 5P46A 2RKGA 3OY4A 5P6TA 5KQXA 3URLA 4Q1NA 1LYAA 5P32A 1LYAB 4DQEA 2PK5A 2HIZA 4B70A 3OUDA 3SA7A 1LF3A 3OUDB 1UH7A 1HVHA 5P6BA 5CLMA 4I11A 2R9BA 5KQFA 3PBZA 3ER5E 1K6PA 5P7HA 1ZAPA 4M8YA 4PZWA 4QJ2A 4B72A 3LPIA 3WSJA 4MC2A 3PWRA 3UFNA 3OTYA 4R8YA 1C6XA 1BDRA 5OZPA 5I3XA 5OZXA 2WF2A 3EKYA 4Y3ZA 5P3QA 1BWAA 4PHVA 4Y44A 2AOJA 2QNPA 1MT9A 3SA9A 5AHBA 3KFNA 5HE5A 5ENMA 4CPXA 4DJYA 2AZBA 2G20A 1K2BA 1D4HA 3INFA 5P0DA 5AGZA 3UFLA 5P41A 1PSNA 4CPRA 5B18A 3D1ZA 2WF0A 5P8FA 2B8VA 2NNPA 1HTRB 2ZHTA 1FIVA 4ER2E 4GJ9A 5P4EA 3VG1A 2PH6A 2OHLA 3LIYA 4DQHA 5P75A 9HVPA 5P2LA 5OZDA 1BILA 1DP5A 4ZEAA 2QMFA 2Q11A 2VJ6A 5P8KA 4DJQA 1FQ7A 4NKKA 5P33A 1HVKA 1HSHA 2OHTA 1ZJ7A 3HAWA 1HPSA 5OZ0A 3DCKA 2ANLA 4OBHA 3ZPUA 3SM1A 1B11A 3ER3E 4DJOA 5P67A 7HVPA 2ZJJA 3EMYA 3LIVA 5IS4A 5P7IA 3UDHA 1EPOE 2BPZA 4LHHA 3SA5A 4AUCA 1SDTA 5P39A 2P3BA 3URIA 3SM2A 2P3BB 3L5EA 4CKUA 2V13A 1IDBA 2XYEA 1LF2A 5P34A 3L38A 4DPFA 2FS4A 3INDA 4GYEA 1TSQA 2I4DA 3DCRA 4L7HA 2FGUA 1GNOA 4QGIA 1HSGA 5P0HA 4OBKA 1GVTA 5P71A 5OZOA 2F8GA 5P1QA 5P2UA 2B7FA 3LIXA 1G6LA 5P78A 1FB7A 3OQFA 3NYGA 3BXRA 3KYRA 2AVVA 1XN3A 2QZWA 5P86A 2F3FA 2A4FA 2H6SA 3EBZA 3K1WA 5P2KA 2AOFA 1YM2A 3APRE 4Q1WA 5P1EA 1GNNA 1HTEA 2QI6A 3LZSA 2QD7A 3HAUA 1SBGA 5C9DA 3PCZA 3WB5A 2V10C 2FIVA 1E80E 2B8LA 1FGCC 1YTIA 4OBDA 3PB5A 5P1KA 4Y5BA 5P30A 1RL8A 3T3CA 2IENA 5OZJA 1AIDA 1YG9A 3QRSA 5P8QA 8HVPA 2VIYA 3SQFA 1MTBA 2O4KA 4XX4A 5P5VA 5P0UA 1FEJC 1HBVA 3OGQA 4DJRA 3LIZA 2G22A 5P6AA 5ENKA 2AZCA 2ZE1A 4K4RA 2VIZA 3URJA 5P3WA 3Q4BA 5P5OA 3BC4A 4Y50A 2V00A 3IVIA 1ODWA 1TW7A 1XDHA 3OXCA 5P1WA 3QROA 4MC9A 2G24A 1YTGA 2BKTA 1W5WA 3IGBA 3CYWA 5P4IA 5P6KA 2QZKA 4CMSA 5P12A 1GVXA 4Y3LA 4ZIPA 2QI0A 4F75A 3I7EA 5P7KA 2CENA 3GI4A 4EQJA 4Y48A 1T7IA 2PSGA 1PSOE 4CPTA 2WEAA 4LL3A 4COEA 2Q15A 4Y9WA 4I8WA 3UQPA 5P5HA 1LEEA 3D3TA 3CIBA 1SMEA 3FSMA 2UY0A 5AH6A 3NLSA 3PLLA 5AH7A 3VYEA 4DH6A 5P22A 4YOAA 5P5XA 5P09A 5OZRA 5P5MA 4J17A 3MSLA 5KOQA 2R38A 3INHA 5P4FA 4YD7A 3MXDA 5P2TA 3K4VA 5P47A 3HLOA 4DPIA 5DGUA 4Z2ZA 5P70A 5AHAA 3T6IA 3NWXA 5P3XA 3QBHA 4HVPA 3O9IA 4GZFA 1HEFE 3SO9A 4D85A 3NR6A 1MT7A 3UDPA 3GGAA 2HB2A 2WHHA 2QNNA 1N49A 2RSPA 2HM1A 2EWYA 3NU4A 2QI3A 3BGCA 5P4HA 2V11C 4GJAA 2ZJMA 1W6IA 5IVQA 5JFUA 5P5RA 2I0AA 3KDBA 3AIDA 3M9FA 2BQVA 2QI5A 5P1OA 3Q3TA 4FSLA 5P4NA 4EQ0A 4Y3SA 5P87A 4EP2A 2OHMA 4YCYA 3KT2A 2R5QA 5P3YA 1F7AA 5P1MA 3O99A 5P5FA 4CP7A 3KF0A 5P0LA 5OZAA 2QD8A 2IDWA 2WJOA 4FRIA 1HHPA 1HTGA 5DR4A 5P17A 3HW1A 1K6TA 5P1FA 3FNTA 5P1SA 5P64A 2V0ZC 3VUCA 2JYSA 3R0WA 3OK9A 5P1BA 1YT9A 2HC0A 5P4OA 5P8NA 1EPRE 5P61A 4GJDA 3BXSA 3TOGA 3TPPA 4JP9A 1EPNE 3ZKSA 2WEZA 2WL0A 1LYBA 4A6CA 4LC7A 4B1CA 1LYBB 2PSVA 5OYTA 4FSEA 4D89A 1E81E 3O9CA 2HB3A 2I4WA 4GMIA 2BPYA 5P3TA 1PSAA 5P0IA 1DMPA 2FXDA 5DQCA 2BPWA 2G1OA 4A4QA 5P0WA 3SKFA 1RPIA 5P50A 5JODA 3VV7A 5JFPA 2ER7E 5OZ3A 2J9JA 5P3KA 1MTRA 2R5PA 4HLAA 3ZPTA 2J9JB 5OZFA 5P23A 1AJVA 5P16A 5BWYA 1FQ4A 5P74A 5P77A 5P02A 3UDQA 3CKRA 4Y5CA 3EKXA 3O9BA 3TH9A 2VKMA 2QI4A 5DQ2A 4Y39A 5P4ZA 5PEPA 5OZHA 5I3VA 2UXZA 5P5JA 1A94A 5P88A 5P5YA 3S54A 1DAZC 5P10A 1EEDP 1LS5A 1NSOA 4EJDA 2B60A 5P8OA 5P3GA 2QZXA 1T6GA 5DR1A 4ZSRA 2AOHA 3PSGA 4I0HA 5P5GA 5OZ2A 4DQGA 1IIQA 4I0FA 3S7LA 3U7SA 5HCTA 4MC1A 5P7XA 3BRAA 3I25A 5OZ7A 4RVIA 1Q9PA 2QI1A 3FKTA 3Q5HA 4X7IA 1SIPA 4Y56A 1XE5A 3PWWA 1ZBGA 5P6CA 4ZPEA 2B42A 4LXAA 3WZ8A 3UTLA 1QBRA 3ZKIA 4ZLSA 2AVMA 3PCWA 2XYFA 5SY2A 5P6HA 1ZSFA 1YM4A 3O9DA 2IKUA 4HA5A 5P4KA 5P53A 1BDQA 1T7KA 1MRWA 5P7UA 5P2JA 3R0YA 3IXOA 1BIMA 3TKGA 3IA9A 5P2SA 3OU3A 1BV9A 3DV5A 5OZSA 5P7RA 3NU5A 4Y3WA 4LBTA 2P3AA 2IQGA 1FMXA 4BFBA 4Y53A 3VSWA 4Y57A 5P2DA 3HZCA 4FGXA 4I0JA 4Y4DA 3OU4A 4NPUA 2G26A 3OU4B 5P3EA 2FMBA 3FNUA 5P6JA 2NMYA 5P49A 3AUPA 4EXGA 5P0SA 5P2EA 3SABA 1U8GA 1PROA 1IZDA 4H3IA 4Y3MA 5OYQA 3VF5A 4Y3TA 5P1PA 5OYWA 5P3MA 4Y51A 4AA8A 3T11A 2H6TA 2O4SA 3K5CA 3CYXA 3EKTA 4L6BA 5OZ9A 1FLHA 5KQYA 5DQ5A 2ER0E 3UHLA 3VYDA 2Q55A 3QN8A 4RRSA 5APRE 1W6HA 4EYRA 4FRKA 5P3AA 5P81A 2RENA 1W5XA 2AOCA 2OHUA 5P8SA 5P8VA 3EM3A 3TNEA 4YOBA 3PWMA 3VLBA 2ZHRA 4APEA 3HVGA 5P4MA 1SP5A 5P0MA 2VJ9A 2VA5A 3OHHA 5P2GA 5P29A 5COOA 2ZGAA 3EL1A 2G69A 5P6FA 5P3DA 3TPRA 3WZ7A 4F76A 5P3SA 5P3LA 5P5CA 1OEWA 1HVIA 1RQ9A 5P1AA 4J54A 5P4TA 2QU2A 4Y5MA 5P79A 4YD5A 4I0IA 5P4JA 5OZVA 4R5NA 2HPEA 1W50A 1ZLFA 5IVSA 5P7SA 5FIVA 4RYGA 3OWNA 1K2CA 2JE4A 5P7YA 3PMUA 1VIKA 1K6CA 4I0ZA 3PM4A 5P2AA 4FAEA 2R3TA 5P5NA 4ZE6A 1EAGA 2JJJA 5P3RA 4HE9A 2VA7A 4R95A 2AQUA 3BUGA 4U7VA 2A1EA 5P1NA 5P57A 2PH8A 4Y5KA 5P8AA 4OBFA 3KDCA 5P3FA 5P2VA 5P13A 5P5SA 1MIQA 2OF0A 3RTHA 5HDXA 4Y3NA 5P5LA 2AIDA 1PPME 2G1SA 5P4WA 5P06A 5P80A 5SY3A 5P0RA 5P6LA 4Y3FA 5P1XA 5SXNA 3CMSA 4FIVA 1KZKA 2OHSA 3OQAA 2IS0A 2QI7A 5P7CA 3HBOA 2PYMA 2FDEA 3OXXA 5P8HA 4RROA 3UQWA 1HSIA 3PGIA 4FE6A 2ZJKA 1IBQA 3NUJA 3OUBA 3OOZA 4B77A 3S45A 2P3CA 3NSHA 2P3DA 4H3JA 1GKTA 5P26A 4NJVA 1LF4A 5P6QA 3TL9A 3UF3A 2VIEA 3GGXA 5P7PA 2PWCA 3UPJA 4A6BA 5P73A 5P7JA 2PMAA 3H0BA 5P0ZA 4FAFA 4Y37A 5P1GA 3NDWA 4GB2A 2BBBA 3OADA 1BWBA 2Q64A 5P18A 3OADB 2I4QA 3KFPA 5P0XA 3NU9A 5DR8A 3CKTA 3KDDA 4Y36A 3UQRA 3QS1A 3R4BA 3PVKA 5HU0A 4RGHA 4K4QA 3D91A 4K8SA 5P7AA 1EC2A 4BEKA 2NXLA 1K1TA 4J0VA 4EJKA 5JG1A 3ZKNA 3SPKA 5P27A 4DJWA 2O4LA 3O9HA 5P1YA 4Y58A 3VV8A 4Y4TA 2HS1A 4J1CA 4CPQA 5P4UA 4AA9A 5P3HA 3U6AA 2VA6A 1AM5A 5P2ZA 4Y4JA 2UPJA 3SA8A 2G1RA 3QRVA 5P1CA 4CPWA 1EC1A 3WB4A 4Y4GA 4Y5AA 5P8IA 4QJ9A 1M0BA 5OZNA 2QHZA 4ACUA 5DQ1A 3L58A 1QBTA 5P0OA 4J0ZA 3ZMGA 4S1GA 5P48A 1KJ7A 5DR0A 5C9BA 5P72A 4KB9A 1AZ5A 5P25A 5KAOA 4EP3A 5P1TA 5EZXA 5P8UA 3TPJA 4CPSA 4UPJA 5P04A 4GJ6A 3L3AA 5P8GA 4L7JA 3KN0A 5P7WA 1GVUA 4ZPFA 1APWE 1ODXA 3VF3A 4ER4E 4NPTA 2MIPA 3C9XA 5P8TA 5HDUA 1GVWA 1SGZA 5E5JA 5P7DA 5P6GA 3KMXA 3IN4A 1EPLE 2PQZA 1PFZA 5P5AA 5P2CA 5OZWA 5P0YA 2AOIA 3PSYA 3PLDA 5P15A 5P69A 3G70A 4J1EA 5P60A 5TOLA 3HDKA 2I4XA 5P6NA 1ODYA 3VV6A 4DI2A 4YBIA 5P55A 3LNKA 4YD6A 5P4VA 1K1UA 4Y5PA 1CPIA 3K5FA 3TTPA 3NDTA 4JPCA 1A8KA 1QDMA 2JJIA 3BUFA 4LP9A 4L7GA 5OYXA 5P2NA 3UDJA 1HVCA 1HOSA 3SA4A 3O9FA 4RRNA 4B1DA 4FM8A 1GNMA 2ZHVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3U A;  1B6M A;  1MET A;  1QS8 A;  2QMD A;  3GI0 A;  4OC6 A;  1B6J A;  4OC6 B;  5EZZ A;  5P5Z A;  5P24 A;  1B6P A;  3BVA A;  4YHQ A;  1FQ8 A;  3RU1 A;  3VF7 A;  3VFB A;  5P0G A;  5OZ5 A;  1GVV A;  4TRY A;  5P28 A;  3JW2 A;  4Y38 A;  1BXO A;  5P5Q A;  3JVY A;  5P2F A;  2NTR A;  2QP8 A;  4Y3P A;  3UDR A;  1ER8 E;  1MT8 A;  3EKQ A;  5P8J A;  4FM7 A;  3ZOV A;  3H5B A;  4Y3R A;  2QMP A;  5ISJ A;  5P08 A;  1APT E;  1IVQ A;  1Z1H A;  3NXN A;  4RVJ A;  4D83 A;  5P5T A;  1LZQ A;  3O9E A;  1YTJ A;  4QJ8 A;  1AJX A;  1UH9 A;  2G21 A;  2HS2 A;  5F00 A;  5P6U A;  5P63 A;  5P8D A;  1BAI A;  1DW6 C;  1YX9 A;  5E5K A;  4HZT A;  2G1Y A;  3OTS A;  2ZDZ A;  3D1X A;  2IKO A;  5P5D A;  3LHG A;  5P4C A;  5P6X A;  1APV E;  4D88 A;  5P66 A;  1UPJ A;  1EPP E;  1HVR A;  1FMB A;  1HRN A;  4YD3 A;  1KJH A;  4B78 A;  5P37 A;  4YD4 A;  2NR6 A;  1M4H A;  1QBU A;  5P1J A;  2J9K A;  1EC3 A;  2ZJL A;  1ZP8 A;  4TVH A;  4Y5L A;  3OGP A;  3SLZ A;  4B05 A;  3ZLQ A;  4Y5N A;  3QIH A;  3RTN A;  4J5J A;  1HIH A;  1T7J A;  5SZ9 A;  4OBZ A;  4RCD A;  1HXB A;  3OQK A;  4OBZ B;  1KJG A;  5P0P A;  2OAH A;  3PJ6 A;  4XX3 A;  2AVS A;  4WY6 A;  5P5I A;  4B0Q A;  5P58 A;  3CID A;  5P7G A;  5P7Q A;  3K5D A;  1G2K A;  2Z54 A;  3N4L A;  4J55 A;  5P2O A;  4J0T A;  5OZY A;  1MPP A;  4XXS A;  4BEL A;  2APR A;  5HVP A;  5P6Z A;  1AXA A;  2XFI A;  2RKF A;  5P38 A;  1TZS A;  4JOO A;  2G94 A;  2FNT A;  2SAM A;  3NU6 A;  1OHR A;  5P6W A;  5C9F A;  3PHV A;  3D1Y A;  4ER1 E;  3MSJ A;  3FNS A;  5OZ6 A;  3WZ6 A;  3LZU A;  5P3N A;  3Q6Y A;  5P0B A;  2WF1 A;  5P7Z A;  4NJT A;  3EM4 A;  2VNN A;  4PPH A;  2WF4 A;  1ZTZ A;  4Y4Z A;  5KR1 A;  4B00 A;  3VLA A;  5P4D A;  1MER A;  4Y3J A;  2I0D A;  1FF0 C;  2R8N A;  5OYS A;  3DOX A;  5P0T A;  4L1A A;  4LXK A;  4L1A B;  1BXQ A;  3BUH A;  5ISK A;  3LPK A;  1MRX A;  4BFD A;  2VJ7 A;  5OYY A;  1WBM A;  1D4L A;  5P4S A;  5P46 A;  2RKG A;  3OY4 A;  5P6T A;  5KQX A;  3URL A;  4Q1N A;  1LYA A;  5P32 A;  1LYA B;  4DQE A;  2PK5 A;  2HIZ A;  4B70 A;  3OUD A;  3SA7 A;  1LF3 A;  3OUD B;  1UH7 A;  1HVH A;  5P6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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