3UCBA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 in complex with darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ucbA00
4LBTA 5P6VA 3GW5A 3QI1A 5P15A 5P61A 3R2FA 3CKPA 5P5KA 5P36A 5I70A 4Y50A 4ZSQA 5P46A 3OUDA 2O4LA 2FMBA 5P59A 3OHFA 3LZYA 2QD6A 3BUHA 5DQ2A 4FAEA 3HD8A 5P11A 2HS2A 1GVTA 2RKGA 2PQZA 1B11A 3OUBA 4K8SA 1E80E 2ER7E 1GVWA 3RTNA 2I1AA 4Q1YA 1D4YA 5P8VA 5DGWA 5P3UA 5P73A 1CPIA 3G6ZA 1B6LA 5I3WA 5P05A 3WZ7A 3OGPA 5P01A 4QJ8A 3B7VA 4RRNA 4Y3GA 4Y4UA 3HLOA 1TQFA 3HAWA 5SXNA 5P5OA 4Y3AA 5P60A 3TLHA 3SA8A 4BELA 3ZKXA 1KJHA 4KE1A 1G35A 1SDUA 4Y45A 2QCIA 2QZWA 5OZNA 1ZJ7A 4S1GA 2QD7A 4L7JA 2G21A 2ANLA 5ER2E 4QJ6A 2PH8A 4GIDA 5P3DA 3ST5A 4CPQA 3I7EA 1HSGA 5DR3A 4EYRA 3INFA 2IENA 5P2BA 3GI5A 3EKWA 2IRZA 3R0WA 4YD4A 1CMSA 1HEGE 1WBKA 3ZL7A 4Y35A 3URLA 5P7CA 3WSJA 4GMIA 2B60A 1GVXA 2J9JA 5P4PA 4K9HA 1YX9A 5P0MA 5P8NA 1E5OE 4J0PA 2Q54A 2VNMA 3NYGA 4RVIA 1W6IA 1Z8CA 4I1CA 3KT2A 5P2NA 3OQ7A 4RGHA 2AZ8A 2ZYEA 3D3TA 2ZHSA 4OD9A 1G2KA 2QNNA 4YBFA 3EL1A 1EPRE 4JPCA 1HVCA 4EPJA 3OQDA 3U7SA 2OHKA 5EZXA 5ISJA 4Y3QA 1BWAA 5P1OA 1PROA 3IXOA 5P1JA 3QPJA 3VFBA 4F76A 5P3OA 2AOHA 1FQ4A 5P4LA 5HDXA 2QMDA 5P6TA 4TRWA 5P5LA 4NKKA 5P2GA 3EKTA 2QMFA 3TNEA 5HE5A 2CEMA 1EC2A 1FIVA 2F8GA 5P0XA 5P10A 3ZPUA 4YD3A 3MXDA 3BGCA 3LITA 3GGXA 2AZCA 4IVTA 1QS8A 3IVHA 4YD5A 3NDXA 5P0JA 1MVPA 3H0BA 1OEXA 4ZSRA 3HDKA 3S56A 3PJ6A 3NUOA 3VSWA 1K2BA 3L5CA 5P6DA 1ZSRA 4R92A 4CPTA 5P69A 1META 4I8ZA 1A8KA 5OZ0A 3VG1A 4FIVA 3EKVA 4R8YA 5P7WA 3L5DA 3ZKGA 1A94A 2HS1A 4OBGA 5P4XA 1NSOA 5P0GA 4YD6A 3VUCA 4FRKA 3CYWA 3UF3A 2SAMA 5ENKA 3O9HA 5P3KA 3I6OA 5AH9A 5JFPA 5P3IA 5P82A 5P40A 1Z1RA 3QN8A 3N4LA 2OHTA 3PWWA 4Y3HA 1EEDP 4QJ9A 5OZHA 4YOBA 1YG9A 5P3GA 1HPOA 2QHCA 4QLHA 3KN0A 2G1RA 4Y37A 1FG8C 1OEWA 4Y47A 3HBOA 4HDPA 5P4JA 2O40A 5P3CA 5OZ8A 5P6OA 3B80A 4BFBA 1MSNA 4DH6A 3RTMA 1IBQA 5P78A 3NSHA 5P1HA 4J0YA 1BDLA 2AOCA 1BBSA 4Y57A 3BRAA 3Q5HA 3T7XA 1HWRA 2R3TA 2WF1A 5P0SA 3PHVA 1FGCC 5OYWA 3OOZA 3S8IA 5P08A 4ZEAA 3UDYA 5OZ4A 2ZJNA 5P8JA 3SPKA 2WF4A 1FF0C 5P2KA 3O9EA 2BPVA 3LNKA 4Y5BA 3BXRA 2ZDZA 5P1KA 2A4FA 3L5FA 5OZVA 2FGVA 3PRSA 5P13A 1ZTZA 3EXOA 1LS5A 5P5GA 2ZHTA 5P7JA 5OZ1A 4EJDA 3DOXA 1W6HA 3INHA 1BV7A 2B8VA 3KMXA 3CMSA 1LF2A 2G1YA 3OQFA 3KFNA 3OUCA 3ECGA 3HZCA 5P37A 5P4OA 3C9XA 3S2OA 4K4PA 1MT9A 4Y4AA 5P5PA 3BUGA 3U6AA 5P5JA 4MC6A 5P5FA 3EKPA 5P7YA 2ZJLA 5COKA 2BPZA 3NWQA 3QRMA 5P2XA 3APPA 2HC0A 2CENA 1HPSA 4Y4JA 4Y3TA 5BRYA 5P8EA 5HU0A 5P8AA 5P3TA 2FLEA 1ZPKA 4L7HA 4DUSA 2JXRA 5P54A 1HVKA 2AVMA 4PHVA 2FNTA 2Q64A 3CIDA 3ZOVA 4EHCA 2ZJMA 1LV1A 4WY1A 3F9QA 5OZWA 3EKYA 5P5QA 3OY4A 4RZ1A 1FQXA 3WZ8A 2BPYA 1A30A 1BVGA 3LINA 5OYUA 2MIPA 5OYXA 4RCEA 3GGAA 1RQ9A 2WEDA 3UFLA 1YM2A 4I0HA 4Y3ZA 4QJAA 5COOA 1HIVA 4Y5GA 1DW6C 4F74A 4J0ZA 4GJ8A 5P2DA 1B6PA 1UPJA 2ZHRA 3U71A 5HDUA 3K5CA 3O9FA 2VNNA 3ER5E 5P7IA 3SM1A 3TL9A 4YDFA 3G70A 5P1UA 2F80A 5HE4A 2VIYA 3CICA 4D85A 5P4FA 5P02A 2PMAA 4I0JA 5P81A 5P2TA 3KFPA 1EBWA 1QDMA 1FQ5A 3R4BA 5P6FA 2RMPA 2P3CA 4TRYA 3IN4A 5P3WA 5P6BA 2OHMA 3NR6A 3NUJA 1GKTA 5P8OA 5P4HA 4EJKA 3I25A 4JECA 4RYCA 3DV5A 5P4CA 1EPME 4Q1XA 3K5GA 3CKRA 5P07A 1MT8A 4GYEA 3SA7A 3FX5A 4U7QA 1HPXA 4HVPA 3MXEA 3UQRA 4B05A 5AGZA 1T6GA 1EBKC 3VF3A 3NXEA 3ZPSA 5OZEA 1ZBGA 4Z4XA 4N00A 4APEA 2G24A 1C6ZA 3PBZA 3ER3E 5P4KA 1FQ8A 3PSYA 4CPRA 1K2CA 9HVPA 3K5DA 5P0DA 4OBHA 5OZ9A 5P0RA 4J0VA 4FE6A 2WEZA 1FMBA 4U7VA 4Z50A 4ER4E 1FMXA 1EC1A 4I0IA 4LL3A 3ZMGA 5TOLA 5P2SA 5P72A 5P89A 3MSLA 5P0VA 3LPIA 1HVJA 1D4KA 4CP7A 5P4AA 5P26A 1VIJA 5P1TA 1JLDA 1IDAA 3URIA 4H3JA 1APVE 3CIBA 5P4GA 2B8LA 5OZFA 3KFSA 3NU3A 3QROA 2ZGAA 5P66A 3QVIA 1ENTE 3VCMA 4GZFA 4Y5AA 5DR8A 3KT5A 4LXAA 3VLAA 5ISKA 4A6CA 1B6MA 2R38A 5P3YA 2V0ZC 3BUFA 3BGBA 3HAUA 1ODWA 2P3AA 5AH6A 5P4EA 1IIQA 1W5WA 1QBTA 3FNSA 3M9FA 1TSQA 2AIDA 5P8DA 4BFDA 2AVVA 2BPXA 4KB9A 3KFRA 3NU6A 3L5BA 4PEPA 1D4IA 2OHUA 2V11C 2IKOA 1HXBA 5P1YA 2NXMA 4IVSA 3DK1A 3VYEA 5P2RA 5P6YA 3UDJA 5P3JA 5HVPA 3BHEA 5DQCA 3OAGA 1YTJA 2FIVA 5P5CA 4L1AB 1SDTA 4RCFA 3SA9A 2B7ZA 2J9KA 3PVKA 4Y43A 2HPEA 3VFAA 1CZIE 2PH6A 4DJOA 3O9IA 5OZYA 3PCZA 5P5ZA 4CPSA 3PCWA 5P2IA 5P1BA 4GJ9A 2PK6A 1AXAA 1MIQA 4AA9A 5P4TA 1XL2A 2V10C 4GJ6A 5P03A 3FSMA 5P1DA 2G94A 5P28A 3BVAA 5OZZA 3IXJA 5P7OA 1TSUA 3GI6A 1D4SA 4DFGA 2VA5A 3PSGA 4PZWA 5DR1A 4GJ5A 2HB3A 2IGYA 3IVIA 3GGUA 1B6JA 3QAAA 1XN2A 2R5QA 4R95A 3TOFA 5HTZA 2AOEA 4X7IA 1SMEA 5P30A 2AOFA 1KJGA 1MT7A 3NDWA 1VIKA 5P0IA 4APRE 5OZ3A 3TPJA 4YCYA 3D1YA 3NDTA 2BKTA 5P0HA 4FM8A 3EKQA 1HVLA 4YBIA 5P1AA 1HOSA 2I4WA 4Y5NA 4Y56A 5P2MA 2P3BB 2QI0A 2F3KA 5COPA 5P63A 1XDHA 4DQCA 3HVPA 5P2WA 5P7QA 5IS4A 2AOGA 3K1WA 5OZCA 5P3RA 2Q55A 3JVWA 3UFNA 3LPJA 5APRE 3DCKA 5OZBA 1ODYA 4J55A 4YOAA 5P76A 4DQEA 3DCRA 5B18A 4NJSA 3VLBA 5P2JA 3KDBA 4YA8A 5KOSA 1C6XA 1HIHA 2HB4A 3TPPA 4Y6MA 5P0CA 2R5PA 3DJKA 2WKZA 1FQ7A 5KQZA 5P32A 3PMYA 2V13A 3T7PA 4Q5MA 1IZDA 1QBSA 4HDBA 5P2ZA 3WB4A 4JP9A 5HE7A 5OZAA 3OU4A 3K4VC 4CPUA 3MWSA 2QZXA 3RVIA 5P2HA 5P6PA 1Z1HA 3SLZA 1EPQE 5P5HA 5OZGA 3UDRA 2B7FA 1SDVA 5P57A 1RNEA 5P04A 1BDRA 1LYAA 4Q1NA 2F81A 4MC9A 3IXKA 5DR4A 1SGZA 1HXWA 1YTIA 4Y3LA 1W5XA 4FSLA 3TOGA 5P7SA 2VIEA 2XFJA 4EXGA 4Y5LA 3PI0A 4Y9WA 5P1VA 4ZPGA 5P7LA 5P6SA 2I0AA 5ENMA 3SA5A 5P3PA 1PFZA 2I4UA 3L59A 3ZKQA 2ZHUA 5P0AA 3EL5A 3EC0A 4ZPEA 1ER8E 5P0WA 5P3QA 1AIDA 5P67A 5P2EA 5OYZA 2G26A 5DPZA 2QU3A 3L5EA 4FL8A 1APTE 4CKUA 5SY2A 2V00A 2HIZA 4XX3A 3KF0A 5P0UA 2G27A 5P5MA 4R91A 1ZLFA 5OZTA 3EM4A 5P49A 6UPJA 5P1ZA 1AAQA 1NPAA 3QBFA 4I12A 3K4VA 3O9CA 5P25A 2FDPA 5P14A 5C9BA 3OXXA 2HB2A 4WTUA 3UDNA 3JW2A 5OZIA 1TCXA 5P2VA 1SH9A 5P0FA 4XKXA 5P22A 1HRNA 5OYQA 4LAPA 4CMSA 1GNMA 1YTHA 5P7NA 2PYNA 5P7ZA 5P27A 1XE6A 3PMUA 5P5BA 4M8XA 3GGVA 4ZSMA 5P3ZA 1B5FB 4L1AA 4Y5MA 1B6KA 4RLDA 1FFFC 1EC3A 1AM5A 1RPIA 3OU3A 3HW1A 4Y4TA 2IEOA 1HEFE 3EM6A 2ZJHA 4ZPFA 5P1CA 1XS7D 2XFIA 3NWXA 5P1NA 3UQXA 3T11A 4MC2A 2QU2A 3NU4A 4TVHA 3Q4BA 3OQKA 5P5AA 5P8BA 1F7AA 5C9FA 3OXWA 4GJ7A 3OAGB 4XXSA 3IA9A 2QI7A 5P8TA 3O99A 1TZSA 4AUCA 1E81E 3PBDA 5OZOA 5OZ6A 2WHHA 5KQFA 5OZJA 4D88A 3OOTA 4Y3WA 3QBHA 3BVBA 2OHRA 5P47A 5P5EA 2PC0A 2OHNA 5P0BA 4ACUA 2OHQA 2VIZA 5P2OA 1FG6C 3UTLA 3RU1A 2AODA 4YCKA 4Y4ZA 2JJJA 1ZSFA 3D1XA 5P8PA 1M4HA 4Y3SA 1KJ4A 3QVCA 3NU9A 1KJFA 5P4IA 5P34A 4HEGA 4DVFA 1K6VA 2P83A 2R3WA 1BV9A 5P18A 3FNTA 2I4DA 5KQXA 5HCOA 3S7MA 1LYWA 4I0FA 5KR8A 4DI2A 3PM4A 4OC6B 5P3HA 3VF5A 4ER2E 2AZBA 3I2LA 1WBMA 5P7TA 3H5BA 4E43A 2P3BA 5IVRA 5CLMA 1C6YA 3NDUA 2AZ9A 1UH7A 2BPWA 5P5IA 5P4YA 5P1LA 2VJ6A 1T7IA 3OK9A 5KR1A 2BQVA 5P7FA 1PSNA 2AVQA 1HTFA 4DQFA 4NPTA 1G6LA 4R93A 5OZ5A 4AA8A 1BXOA 4Y53A 2R43A 4LXKA 2ZJJA 3R1GB 3D1ZA 5OYSA 4DQGA 2FDEA 3OXVA 5P6JA 3DM6A 3S85A 1AVFA 1FFIC 2I4VA 3FIVA 4EQJA 1BDQA 4EJLA 4FM6A 1K1TA 3FV3A 1K6CA 3INEA 5OZUA 5P1RA 3PWRA 2AOIA 4I0DA 3OADB 5P79A 1QBRA 5I3VA 5P8GA 1K6TA 2ZJKA 3OWNA 4LP9A 5P6WA 6FIVA 4Y4WA 2ASIA 1GVVA 1T3RA 5P20A 2AVOA 5P62A 3OGQA 4DQHA 3ZKIA 5P77A 2VJ9A 2AOJA 4K4RA 5P4MA 5OZQA 5DQ5A 4I10A 3KYRA 4OBJA 5DR0A 4FM7A 4J17A 5P1MA 3IGBA 4WY6A 1ODXA 5P6ZA 2ER9E 1PSOE 4J1IA 3OU4B 5P56A 1MESA 5KAOA 2PYMA 1EPOE 5JODA 5P2YA 4Y36A 5P1FA 3DUYA 4KUPA 2RENA 3QP0A 3QRVA 1PPKE 5P5YA 5P6GA 2H6SA 5IE1A 2V16C 2O4SA 1KJ7A 4YCTA 5P7BA 4PZXA 1LYAB 5KR0A 1N49A 2PSUA 5KR2A 5PEPA 3UCBA 4YE3A 4J1HA 5P85A 4EJ8A 5P0TA 5P3SA 4H3FA 5P75A 4Y4XA 3UQPA 5P6XA 3OHHA 4Y3YA 4BEKA 1ZPAA 5P3NA 2WF0A 3VV6A 1TCWA 4CPWA 2IDWA 3UQWA 5AHAA 5P55A 5P5NA 3APRE 5P6RA 5P12A 5P50A 5ER1E 2PWRA 1A9MA 3S54A 5P2CA 1B5FA 1MPPA 4D89A 5P1GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LBT A;  5P6V A;  3GW5 A;  3QI1 A;  5P15 A;  5P61 A;  3R2F A;  3CKP A;  5P5K A;  5P36 A;  5I70 A;  4Y50 A;  4ZSQ A;  5P46 A;  3OUD A;  2O4L A;  2FMB A;  5P59 A;  3OHF A;  3LZY A;  2QD6 A;  3BUH A;  5DQ2 A;  4FAE A;  3HD8 A;  5P11 A;  2HS2 A;  1GVT A;  2RKG A;  2PQZ A;  1B11 A;  3OUB A;  4K8S A;  1E80 E;  2ER7 E;  1GVW A;  3RTN A;  2I1A A;  4Q1Y A;  1D4Y A;  5P8V A;  5DGW A;  5P3U A;  5P73 A;  1CPI A;  3G6Z A;  1B6L A;  5I3W A;  5P05 A;  3WZ7 A;  3OGP A;  5P01 A;  4QJ8 A;  3B7V A;  4RRN A;  4Y3G A;  4Y4U A;  3HLO A;  1TQF A;  3HAW A;  5SXN A;  5P5O A;  4Y3A A;  5P60 A;  3TLH A;  3SA8 A;  4BEL A;  3ZKX A;  1KJH A;  4KE1 A;  1G35 A;  1SDU A;  4Y45 A;  2QCI A;  2QZW A;  5OZN A;  1ZJ7 A;  4S1G A;  2QD7 A;  4L7J A;  2G21 A;  2ANL A;  5ER2 E;  4QJ6 A;  2PH8 A;  4GID A;  5P3D A;  3ST5 A;  4CPQ A;  3I7E A;  1HSG A;  5DR3 A;  4EYR A;  3INF A;  2IEN A;  5P2B A;  3GI5 A;  3EKW A;  2IRZ A;  3R0W A;  4YD4 A;  1CMS A;  1HEG E;  1WBK A;  3ZL7 A;  4Y35 A;  3URL A;  5P7C A;  3WSJ A;  4GMI A;  2B60 A;  1GVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PSU A;  5KR2 A;  5PEP A;  3UCB A;  4YE3 A;  4J1H A;  5P85 A;  4EJ8 A;  5P0T A;  5P3S A;  4H3F A;  5P75 A;  4Y4X A;  3UQP A;  5P6X A;  3OHH A;  4Y3Y A;  4BEK A;  1ZPA A;  5P3N A;  2WF0 A;  3VV6 A;  1TCW A;  4CPW A;  2IDW A;  3UQW A;  5AHA A;  5P55 A;  5P5N A;  3APR E;  5P6R A;  5P12 A;  5P50 A;  5ER1 E;  2PWR A;  1A9M A;  3S54 A;  5P2C A;  1B5F A;  1MPP A;  4D89 A;  5P1G A;  5CON A;  2PWC A;  2QZL A;  5OZL A;  4GJC A;  2OHS A;  4Y3R A;  5OZP A;  2FXE A;  1HVS A;  5P09 A;  3IND A;  5HDV A;  4I0Z A;  3OTS A;  2UY0 A;  4JPE A;  3D91 A;  2O4K A;  4FCO A;  2OHP A;  4DJR A;  1Q9P A;  1LEE A;  4EP2 A;  3UDM A;  4OBZ B;  3ZKN A;  3T6I A;  1FMU A;  4HDF A;  1XN3 A;  1MRW A;  2OAH A;  4NJV A;  3UQU A;  2PK5 A;  4J0T A;  5OZ7 A;  5HU1 A;  5P1Q A;  1D4H A;  4L7G A;  3LIZ A;  1T7J A;  3PLD A;  4J1E A;  1IDB A;  2HM1 A;  5P87 A;  4B1E A;  4QJ2 A;  2WEA A;  1DPJ A;  4D83 A;  2QI5 A;  1QBU A;  4TRZ A;  2R9B A;  5P6L A;  5P7G A;  4EP3 A;  1HVI A;  1XE5 A;  3PLL A;  2QNP A;  1SP5 A;  4FLG A;  4DV9 A;  4FSE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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