3UDHA

Crystal structure of bace with compound 1
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udhA02
3KMYA 2NR6A 1HPVA 1BVGA 1FQXA 2BBBA 1HXBA 2FXEA 4YHQA 2ZJJA 3AUPA 5ENMA 3L38A 4FAEA 2QZWA 2HS1A 4XX3A 2QI3A 4I0FA 3GGXA 3WZ8A 4K4RA 5KQZA 5I3WA 1ZPKA 4K4PA 5P6FA 4RCDA 5P0UA 5IVTA 5P7GA 3K4VC 3UFLA 5P8MA 2J9JB 4KB9A 3VUCA 3UDPA 2P83A 5OZEA 4DJXA 3VF7A 2V13A 4B0QA 2AOJA 5P61A 4QJAA 1TSQA 4FS4A 2OHTA 1B6LA 4GJBA 3HVGA 2CENA 1OD1A 3D1XA 5OZ2A 4RCFA 5OZ0A 5P3VA 1RPIA 4B70A 3BUFA 4H3IA 5P8TA 4FLGA 5KR8A 3UFNA 5P09A 4H3JA 3OAGB 1FMBA 2AOIA 1YTGA 5P8OA 3SACA 4CPUA 5P40A 5P42A 2IDWA 3GI6A 5IVSA 5P22A 3UDYA 2QCIA 2Q5KA 2Q64A 5P8CA 2AZBA 1D4KA 1MRWA 3KFRA 4I0EA 2QMFA 2AZCA 4A6BA 1GVUA 5P48A 3D1YA 1NPAA 5HU0A 3APPA 2AZ9A 4HLAA 3U71A 5DR1A 4ZPEA 5ENKA 5KQYA 5P1DA 4EXHA 3EMYA 5P08A 2NMYA 3SA5A 3URJA 5P5XA 4L1AB 5P7BA 3WB5A 2G1YA 5P8GA 4J1EA 5P57A 1HVJA 1EC2A 4OBZA 4B1DA 5P2CA 3WSJA 3TPJA 1LEEA 2VKMA 4L7JA 5P3EA 3G6ZA 2RENA 7UPJA 4Y3FA 5P4XA 2PSGA 3HBOA 3PM4A 5I3XA 4HDFA 1MRXA 2I4VA 3MSLA 4GJ6A 3TH9A 4YDFA 5P46A 1FMXA 5P0EA 3UQRA 3PSUA 3Q3TA 3DM6A 3UDNA 1K6PA 8HVPA 5OZTA 3O9GA 5SY2A 1PPKE 1UH8A 4PZXA 1QDMA 3R2FA 1XS7D 5P5FA 5P23A 4H1EA 3CKRA 4JECA 1MPPA 5OZHA 1MVPA 3SLZA 5IVQA 1NPVA 3LNKA 3S45A 2WF4A 5HVPA 1W51A 1XDHA 3VFAA 3BVBA 4J55A 3IGBA 5AH7A 4DUSA 2PWRA 3PEPA 3RU1A 5P0KA 2UY0A 2G94A 1HVLA 1Z8CA 2QMDA 4Y54A 5P6LA 5F00A 1LF2A 5P4IA 4TRYA 3O9EA 4YD4A 3JVWA 5P5KA 5P3SA 5P2AA 5P0OA 4Y5BA 3SA7A 4J0YA 1LYWA 4EQJA 5P5EA 2PQZA 3TPLA 2O40A 3UF3A 5P7JA 5P5YA 1IZHA 6UPJA 3N4LA 3S7MA 3UDHA 2WKZA 4BEKA 5P6NA 4X2LA 5P6QA 5OZ3A 1K2CA 2ASIA 3EKWA 4JOOA 4Z22A 2AVVA 5P37A 5DR4A 4DI2A 4Q1NA 4DFGA 1ENTE 2UPJA 4YBFA 2NXLA 5P4BA 4KUPA 3NU9A 1ODWA 3PBDA 5P8DA 5OZ4A 2QU2A 1FF0C 3LHGA 5P45A 5P6SA 5P6XA 4J0ZA 4GJAA 2EWYA 3RSVA 1W6HA 1EC1A 2QD7A 4OC6B 3ST5A 1WKRA 4OBGA 5P0SA 2IGXA 4DQBA 3ZKMA 1B6KA 1T3RA 1Z1HA 5P0PA 5P10A 2BB9A 4CKUA 3PB5A 3ECGA 1GKTA 2XYEA 3OTYA 5P5NA 4FSEA 1HVCA 2QMGA 1IIQA 5P0YA 3PCWA 4CPWA 1UH7A 5P1KA 1TCXA 5OZ8A 1DP5A 3DCKA 4WY1A 4QJ2A 3EM3A 3S8IA 2APRA 3NR6A 4RRNA 4FRIA 4PHVA 2RSPA 3CMSA 5P2FA 3IN3A 1FMUA 5P2BA 5P2KA 4HDPA 4QJ6A 5P4AA 2JXRA 5P6KA 3PSGA 2O4NA 5P3TA 5P4PA 5P5VA 3MSKA 5P2WA 5P38A 3OAGA 4ZLSA 3I7EA 5P3PA 5P8EA 3OQFA 3QRSA 1PSOE 5P2JA 1T7JA 3IVIA 3G70A 3G72A 4KE0A 3NUOA 1HIVA 3KDDA 4S1GA 5P3WA 2FNTA 4GMIA 4DJRA 2HM1A 5P5RA 5SZ9A 3QVCA 4QLHA 2QI7A 1D4SA 4AMTA 1DAZC 1G2KA 1APWE 3NWQA 2OHNA 5DR8A 5P0QA 2I0DA 2ZYEA 2VNNA 4L1AA 1FGCC 1D4LA 3VF3A 4K8SA 2AQUA 5P8AA 5P1CA 1PPLE 1YM2A 5P78A 3OXXA 2PK5A 5P5TA 5P4FA 5P8UA 5P8JA 3UDJA 1UPJA 3PLDA 5P8PA 1D4HA 3Q5HA 1IVPA 3OK9A 5P5SA 4OBFA 5P2MA 5P4JA 1FLHA 3K5GA 4FL8A 2UXZA 1APVE 4QJ9A 5I3YA 2P4JA 4F74A 5P3FA 5JG1A 2HAHA 1YM4A 4J17A 3VV8A 5OZVA 3GGVA 5P5BA 5P2SA 2F3KA 2FMBA 1LYBB 3FV3A 3LZVA 4I1CA 4PYVA 5P0NA 2NPHA 2QNNA 4Q1XA 3ZKGA 5P5MA 2WHHA 4DVFA 3LPJA 2QK5A 1FB7A 3AIDA 2HPFA 4K4QA 5P06A 5P8SA 3S2OA 3S85A 4ACXA 5OZBA 1MT8A 5P3UA 5OZ5A 5P5PA 3TPPA 1HHPA 2O4KA 4NKKA 2FNSA 4RGHA 2OHUA 4LC7A 5P56A 3O9HA 2Q3KA 5I3VA 1XL5A 5P2NA 4KE1A 2HC0A 1BV9A 2P3BB 1MEUA 3LIZA 2F8GA 5P11A 4J5JA 5P4GA 3KA2A 4JPEA 1EEDP 3O9LB 3SFCA 2NMZA 5P03A 2V16C 3TPRA 5P1AA 1RV7A 3TOHA 5P2LA 2CEMA 4DV9A 1D4IA 3ZOVA 2AOGA 5DR3A 3S7LA 5P6OA 3IA9A 3K5CA 2WF2A 6FIVA 4TVHA 3OU3A 4OC6A 5P6WA 1W5YA 1XL2A 2VA7A 3RTHA 4HE9A 5P7OA 4Y4DA 5P44A 5P88A 3S53A 4DPFA 3SA3A 5P7ZA 4I11A 1MERA 2F3EA 2B42A 3UQUA 2VA6A 1PROA 5KR0A 3OXCA 4J0PA 5P6UA 3EKYA 2ZJKA 4EQ0A 5BWYA 5P04A 4ZSPA 4YD7A 2VJ9A 3UDRA 2BPZA 2O4SA 5HDUA 5OZ7A 4B1CA 2Z54A 3HD8A 1FKNA 1BDLA 4DQCA 1IDAA 1QRPE 1G35A 1FQ6A 2QAKA 5APRE 3NXEA 3MWSA 5EZXA 3I6OA 4ZPFA 3NDXA 4Q1WA 1LYWB 3T11A 3TLHA 4IVSA 5P1WA 4I12A 4I0GA 5DQ1A 4FIVA 4DQGA 3KF0A 2ZJMA 3NLSA 1PPME 5ER1E 3T3CA 1SBGA 1WBMA 3VF5A 1BILA 2ER7E 5P7XA 5P2DA 2AVOA 3INFA 1HRNA 2I0AA 9HVPA 2G1OA 1LF4A 4HA5A 5P0FA 3CYXA 4R8YA 4Y3EA 5P5QA 3HW1A 4ZIPA 2R3TA 5OZPA 2WJOA 5P0MA 5P71A 5P5LA 5P3GA 4I0JA 2NNPA 2G27A 1GVTA 4DQFA 1HXWA 4X7IA 5OZYA 4Y4AA 4R91A 4GJ5A 1FQ7A 2P3DA 5P2ZA 3PI5A 2BKSA 5P16A 3VYFA 1W5VA 5P4KA 5P53A 3PCZA 4PEPA 1B6PA 4Y38A 4R5NA 2IENA 2OHKA 1SDVA 3HDKA 2Q11A 4B1EA 1Z1RA 3GGAA 4NPUA 4Y36A 1A8GA 2IEOA 2V00A 2JE4A 2XFIA 5P7FA 5BRYA 1FG6C 4DJWA 4UPJA 3NU5A 2G1NA 3DJKA 5OZXA 1BXOA 4RRSA 2G21A 5HE5A 5P76A 3CIBA 3QBHA 4Y5GA 2PMAA 1AZ5A 3OY4A 1B5FB 5TOLA 3VLAA 2I4WA 4DQEA 3NDTA 3EKQA 2R38A 2SAMA 3IAWA 2NNKA 1NSOA 2G26A 4RROA 5P79A 2FGUA 5HCTA 5P60A 2AOHA 4Q5MA 4HEGA 1HVKA 2QP8A 4I0ZA 1LYBA 2R5QA 1HVSA 2JJIA 4Y4JA 3KFPA 5OZIA 2VIYA 2Z4OA 4YE3A 5P7WA 1VIJA 5P18A 4Y3TA 5P15A 4ZSRA 4Y3AA 3CICA 5P84A 4B77A 4LXMA 5P1HA 3PHVA 3TTPA 1EPRE 4FGXA 5P1SA 5P2RA 5P5HA 5P8KA 2WF3A 4DJUA 5P6VA 3B7VA 4LBTA 3HAUA 3LZUA 1AJVA 3RTNA 3QRVA 1ZBGA 2QI5A 2ER0E 4WTUA 2PH6A 3UPJA 4Y37A 1PSNA 4GZFA 1VIKA 1HIIA 1ZSFA 4D85A 2P3BA 4Y41A 2JYSA 3PSYA 5P54A 2J9KA 4NJUA 3O9DA 3L3AA 1PFZA 3O9LA 3SABA 3L58A 2ZHUA 2FDEA 5COPA 5P4TA 4RVIA 5P0IA 4GJ7A 1GNOA 3PGIA 5KQFA 5OYZA 3ZPTA 1IBQA 4AA9A 3NU6A 2AOCA 4Y3WA 2O4LA 4J0TA 5OZLA 2ZJNA 2ZHVA 3VYDA 4D83A 2NXDA 2WEBA 5P1OA 1M0BA 2JJJA 2IL2A 5DGWA 1GNMA 4ER2E 2H6TA 3S56A 4Z50A 5P7NA 3PMUA 5P6PA 3KDBA 2NTRA 1HSGA 4Y3NA 5KOSA 5P13A 3BXSA 5P8LA 5P1XA 1LF3A 1FQ8A 1XE6A 3DCRA 4YOAA 5P3RA 3PJ6A 3INDA 5AH8A 1K6VA 4HDBA 4B05A 4I8WA 4BELA 3GI4A 3EL1A 4M8XA 1CPIA 5P4NA 5CLMA 2QI1A 5P1GA 3OTSA 2XYFA 1FQ4A 3KDCA 5P3AA 4I0DA 3SKFA 3OUCA 4B00A 4F73A 1HTRB 4MC6A 5JODA 4DPIA 4CPQA 5HDXA 5P14A 4F76A 5P3HA 5SXNA 4OBKA 5P5IA 4EJ8A 2HB3A 1G6LA 3PLLA 5OZDA 3BVAA 1TQFA 3PVKA 3QVIA 2R8NA 5CONA 5P0TA 1BIMA 3INHA 4D89A 3O9BA 4L7HA 4COEA 4Y3JA 4EHCA 5P1NA 2QI4A 4CPXA 1AM5A 4GJ8A 1C6YA 4DJQA 1MTRA 4CPTA 3R1GB 4GJDA 5OYWA 5PEPA 3VFBA 3EL4A 3TKGA 2I4XA 3VCMA 3IXKA 5E5KA 1XE5A 3QBFA 5P5CA 1EBZA 5C9DA 4EJDA 4XKXA 4YCKA 5OZRA 2IQGA 5P1IA 3FNSA 5KQXA 3FKTA 1IVQA 5C9FA 2VJ7A 1KJGA 1SDTA 3EKVA 1RL8A 2O4PA 4Y5PA 5P41A 4Y4BA 5P6YA 4BFDA 5P36A 1GVXA 2R9BA 4Y57A 3ZKXA 1HOSA 3RTMA 1ZAPA 3D1ZA 1HVRA 1AAQA 2QZLA 1LV1A 1B5FA 4JP9A 4Y3GA 2H6SA 2OF0A 1ZSRA 1J71A 4Y5KA 1KJ4A 5P62A 1YTJA 5AH6A 4GJCA 5COOA 4EJLA 2AZ8A 3O9FA 5J25A 1ODXA 2IKOA 4I0IA 2B8LA 5P7PA 4FE6A 5P27A 5P1EA 2OAHA 1T7IA 5HU1A 1DMPA 1T7KA 4LL3A 1M43A 2G22A 3KT2A 3GI0A 3VG1A 1PSAA 3NYGA 3ER5E 4LAPA 2VS2A 3BGCA 5P3CA 2P3AA 3O9CA 3JVYA 4CMSA 2FDDA 1BAIA 1W5XA 5P1UA 3M9FA 5P0HA 2VIJA 1HSIA 2ANLA 5P80A 5P26A 1BBSA 3D3TA 2WEAA 1MSNA 1SIPA 3LIQA 3L5EA 5P7YA 5P4SA 1YTIA 3HAWA 1XN3A 4Y3MA 1APTE 1MSMA 4Y3PA 4APEA 5P6HA 3PMYA 1BXQA 1W6IA 1DW6C 3F9QA 3ZLQA 3NU4A 2AOFA 4Y4UA 1IDBA 1QBTA 3OQDA 4OD9A 4DH6A 2RMPA 5P1TA 2ZJIA 5P3NA 1C6XA 1HBVA 3U7SA 3EKXA 5P01A 4EP2A 5DQCA 1A9MA 1HVIA 4A4QA 1HEGE 2BPVA 4MC2A 2QMPA 3VYEA 5P3IA 5OZAA 5P6JA 3UQWA 4PZWA 4FRSA 4RLDA 4DJOA 5C9BA 1CMSA 4D8CA 3NUJA 5P4MA 5P20A 5P7TA 4Y3QA 3LITA 4ZSMA 1META 2FIVA 3PRSA 1AVFA 1B6MA 4YA8A 4DJPA 5P74A 2B7ZA 4GYEA 1MESA 4Y56A 4YD5A 2Q54A 5DQ5A 5KAOA 5OZOA 3KFNA 1OEXA 5KR2A 5P34A 5P65A 1HTFA 4R92A 4Y3ZA 5P31A 4HZTA 1EPOE 1IZDA 3D20A 3OGQA 2WECA 2RKFA 2OHLA 4HVPA 4Y5NA 5P17A 5OZFA 2QU3A 5ISJA 5JFPA 4YBIA 3Q70A 4J1IA 4NPTA 5P24A 1IZEA 5P5JA 4Y3XA 4H3GA 5P6EA 5P7HA 5OZQA 2PSVA 5P2IA 3L5FA 3LZSA 5P5UA 1YTHA 1AJXA 5OZKA 3VV7A 1XN2A 3OOTA 1E5OE 5P69A 5P7KA 5P1LA 5P8IA 5DGUA 4APRE 5OZWA 5SY3A 5P73A 4ER4E 1FFIC 1GVWA 3HVPA 4Y58A 3BUGA 1KJHA 1ZLFA 2I4DA 5P4LA 3ZPSA 4ZPGA 4B72A 5P2YA 4LXAA 3D91A 1ZPAA 1HIHA 1HPOA 5P89A 4RZ1A 2AIDA 5P1YA 3ZL7A 5OYUA 3NDUA 1AXAA 3OUDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KMY A;  2NR6 A;  1HPV A;  1BVG A;  1FQX A;  2BBB A;  1HXB A;  2FXE A;  4YHQ A;  2ZJJ A;  3AUP A;  5ENM A;  3L38 A;  4FAE A;  2QZW A;  2HS1 A;  4XX3 A;  2QI3 A;  4I0F A;  3GGX A;  3WZ8 A;  4K4R A;  5KQZ A;  5I3W A;  1ZPK A;  4K4P A;  5P6F A;  4RCD A;  5P0U A;  5IVT A;  5P7G A;  3K4V C;  3UFL A;  5P8M A;  2J9J B;  4KB9 A;  3VUC A;  3UDP A;  2P83 A;  5OZE A;  4DJX A;  3VF7 A;  2V13 A;  4B0Q A;  2AOJ A;  5P61 A;  4QJA A;  1TSQ A;  4FS4 A;  2OHT A;  1B6L A;  4GJB A;  3HVG A;  2CEN A;  1OD1 A;  3D1X A;  5OZ2 A;  4RCF A;  5OZ0 A;  5P3V A;  1RPI A;  4B70 A;  3BUF A;  4H3I A;  5P8T A;  4FLG A;  5KR8 A;  3UFN A;  5P09 A;  4H3J A;  3OAG B;  1FMB A;  2AOI A;  1YTG A;  5P8O A;  3SAC A;  4CPU A;  5P40 A;  5P42 A;  2IDW A;  3GI6 A;  5IVS A;  5P22 A;  3UDY A;  2QCI A;  2Q5K A;  2Q64 A;  5P8C A;  2AZB A;  1D4K A;  1MRW A;  3KFR A;  4I0E A;  2QMF A;  2AZC A;  4A6B A;  1GVU A;  5P48 A;  3D1Y A;  1NPA A;  5HU0 A;  3APP A;  2AZ9 A;  4HLA A;  3U71 A;  5DR1 A;  4ZPE A;  5ENK A;  5KQY A;  5P1D A;  4EXH A;  3EMY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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