3UDHA

Crystal structure of bace with compound 1
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery and optimization of a novel spiropyrrolidine inhibitor of {beta}-secretase (BACE1) through fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3udhA02
1F7AA 3G72A 3UDHA 4L1AA 3KN0A 5P1XA 1E81E 1IVPA 2IL2A 5P1BA 3URJA 5P1SA 1KJ7A 4OBFA 5P2QA 5P66A 2QZKA 5IS4A 5P4HA 1BVGA 2ASIA 3AUPA 1LYWA 5OZVA 5P57A 2B8VA 4S1GA 1YX9A 2JJJA 3SA5A 5DQCA 1T7KA 3DM6A 4HA5A 5HCTA 1D4JA 1LS5A 2HM1A 2WF0A 5P4LA 5P55A 8HVPA 1HRNA 3TLHA 3KDCA 4Y3PA 1GVTA 3PWMA 3R1GB 3T7XA 5C9BA 3EKQA 5P5GA 2FMBA 3G70A 5OZMA 5P5VA 3GI4A 4H3FA 1KJFA 4LHHA 2HAHA 3TPRA 1EC3A 5P8OA 2AVSA 3OQKA 5DQ2A 1GVWA 1B6MA 5P36A 1BILA 4FL8A 3WZ8A 4NPUA 1HEGE 5P1CA 4Q1WA 1FFIC 2PH6A 1D4IA 4BEKA 2WJOA 4Y4EA 3I7EA 2G22A 3L5CA 3OOTA 3O9LB 5P6CA 3PJ6A 3O9CA 4Y4WA 3DCKA 4Y38A 2PK5A 4DJYA 3TPJA 2V16C 4Y3ZA 5P2GA 3HAUA 5P6TA 1APVE 1SP5A 5P89A 5P8JA 5P1EA 3ZKNA 1Z1RA 5P1RA 3ER5E 3BUHA 5P49A 3UF3A 4A6CA 3EKTA 1PPKE 5P6MA 1BXQA 2A1EA 2FXEA 4J55A 1XDHA 5P2TA 3INDA 4Y39A 5P0ZA 3LPJA 2XFJA 3PCWA 3VF3A 5P0OA 2Q64A 4Y3QA 1CZIE 3IGBA 5P3GA 1WKRA 1A30A 5OZ1A 5OZ4A 1FMUA 3FV3A 1ME6A 5HD0A 5P4BA 4ZEAA 3VG1A 2AVVA 3S45A 5P1PA 3DV5A 3D20A 4ZIPA 5BWYA 5P56A 1DMPA 3TNEA 1K2BA 2G27A 1TQFA 5OZYA 3S43A 2Q54A 5HE7A 2ZHTA 5P8SA 5P1ZA 1NSOA 1APUE 4EJLA 4DJXA 5P17A 4H3JA 5AHAA 1ZJ7A 1EPOE 5P1NA 5P0CA 1HVHA 5P1YA 5P6OA 2IRZA 4U8WA 5P28A 6APRE 5DPZA 3R0WA 5P27A 5COKA 1BDRA 1B5FA 4RRNA 3OADB 3KM4A 1HXBA 5P1VA 2ZJHA 4Y5LA 4PYVA 5OZZA 3VLBA 3NU4A 1AXAA 1EC0A 4YD5A 4FGXA 3DOXA 3D1XA 1TW7A 3BVBA 5P5CA 3OU3A 4Y3FA 5P1WA 5P7AA 3KMXA 4CPWA 5P13A 3MSKA 1TSUA 1PFZA 2WECA 1QDMA 2F81A 2B60A 2QMDA 4F76A 3NXNA 1W6HA 5P7KA 5JODA 4YD6A 5P6GA 5P8TA 2QMFA 4XXSA 5CONA 2G24A 5P3XA 1XN3A 2FNTA 2QI5A 4QJAA 2VJ9A 4Y56A 4FRIA 5CLMA 5OZDA 3MWSA 5P01A 2QD6A 2ANLA 3UQRA 5P0QA 2R43A 5P3VA 4DJRA 3ST5A 3PBZA 3EBZA 5HCOA 1C6YA 3UPJA 5OZIA 4ZPGA 3NDTA 3URLA 2PH8A 4JP9A 2XFIA 3L38A 4JECA 3GGVA 5KQFA 5AH9A 1A8GA 3OU1A 1MTBA 4Q5MA 3QAAA 5P72A 5AH7A 3SKFA 5OYTA 3OWNA 2G94A 3L3AA 2G1YA 1C6ZA 1Q9PA 5C9DA 4Y3DA 2OHSA 3OQ7A 3SA8A 2QI4A 4HZTA 4PZXA 5I3YA 4J0PA 3SA4A 4Y51A 3T7PA 1IZDA 4J1KA 4A4QA 5P3DA 4R93A 3OTSA 4DH6A 3Q70A 4GJCA 5KQZA 2VA5A 4R92A 3T11A 5ER1E 1A94A 4CP7A 5P4JA 4Y54A 2IS0A 4LXKA 3K1WA 4LBTA 5P1QA 2IEOA 5P8CA 3TTPA 4Y57A 1ZTZA 5P7PA 2QZWA 3NYGA 3D1ZA 5P5MA 4OD9B 5AH8A 2QP8A 1A9MA 1AVFA 5P2LA 2QMGA 5JG1A 2V13A 5P12A 5P7XA 2I4DA 2Z4OA 5P6WA 5P5PA 2NPHA 3OGPA 3QS1A 4B05A 5E5KA 2OF0A 1BWAA 1XL2A 3QN8A 4GIDA 1RNEA 5P3BA 5P7QA 1PPLE 4RVXA 5P48A 2IKOA 4ZSQA 3BHEA 5KAOA 1ODXA 1B6PA 3PCZA 1IZEA 3I25A 5EZXA 1LV1A 4N00A 1PSOE 4I8WA 4X7IA 3ZLQA 3ECGA 4J0TA 5OZUA 1G6LA 4ZSRA 3VSWA 1XL5A 3KT2A 5P88A 5OZNA 2R3WA 4K8SA 4Y5EA 5P6NA 4EJDA 2QI7A 2BPVA 5P2JA 4FS4A 3UQWA 2WKZA 2O4KA 4LAPA 4FM6A 4YD3A 5IVSA 4DQCA 4NJVA 4KE1A 5HE5A 5P2RA 3R2FA 1CPIA 2O4LA 5OZAA 1HBVA 5P4IA 4APRE 4Y3XA 5P85A 3NUOA 2AOGA 3ZPUA 2XFKA 3APPA 5I3VA 1FB7A 2P3AA 1YG9A 5DQ5A 3LHGA 3PBDA 3RTHA 3VFBA 2I0DA 2AODA 4J54A 2NMZA 6UPJA 2VA7A 1SDVA 1XS7D 1HPVA 5P5RA 5KR0A 3KFNA 4ER1E 3SABA 1MSNA 5P7VA 4DQGA 4Y3TA 5P7ZA 1EPQE 3URIA 3EKWA 2PYNA 4LXMA 1SGUA 4Y4UA 2WHHA 4J1FA 3U7SA 2OHPA 4Y53A 4CMSA 3SAAA 2O4PA 3R4BA 5P5TA 1K2CA 2WEAA 3O9IA 4K4RA 5P18A 5BRYA 3OXWA 1MESA 2BPZA 3S7MA 4ZPEA 3EM4A 2AOFA 1BV7A 4YCYA 5P3CA 5T4SA 5P3EA 1IBQA 5P0AA 1HOSA 5P6QA 4NJUA 1W50A 2QZLA 1MIQA 3PRSA 5P0BA 2P3CA 4TVHA 9HVPA 3EL4A 3FKTA 5P59A 2CENA 2CEJA 3HBOA 5P77A 4Y48A 4GJBA 5P45A 5OZ7A 5KOQA 5P5BA 2AOIA 5COOA 1SBGA 4RYGA 3VV8A 2FDPA 1RPIA 3DJKA 7UPJA 4B70A 2RKGA 5HTZA 3MXEA 3N4LA 4IVTA 1EBKC 4HEGA 3CKTA 5P5XA 3TOGA 2VNMA 5OZLA 5P3JA 2G1SA 5P60A 4D89A 5P2ZA 2QCIA 2OHNA 3GW5A 4Y5BA 2VIYA 2WF1A 4OBZA 3PSGA 4MC1A 1SIPA 1HSGA 5P32A 3VYEA 2Q63A 5P80A 1BDQA 1FG6C 5P1JA 2G69A 5P0VA 4JPCA 4I0EA 2XYFA 3WZ7A 4Y5NA 3H5BA 1FMXA 3OOZA 5IVTA 5P2FA 1W51A 4MC9A 1ODWA 4GYEA 4ER2E 1W5XA 2I4UA 4EHCA 5OZXA 3F9QA 5P8KA 5P7TA 2ER0E 2VIEA 5P5SA 3KF0A 1TCXA 1HPXA 2QNNA 5P4VA 3ZKXA 5HDXA 4CPUA 1K6VA 5UPJA 2WF2A 4OBGA 1GNOA 3UDYA 3L5DA 5P23A 4L7HA 3OAGA 1EBYA 1APTE 2BPWA 4DQEA 1AZ5A 1SMRA 4J0ZA 2J9JB 4QJ8A 2H6SA 5P71A 4CPRA 5APRE 2RMPA 2JJIA 3LPIA 5P0JA 2AOEA 1LYBA 3O9FA 2R9BA 4L1AB 2O4SA 4J5JA 3S54A 5P6HA 2VKMA 3BGCA 5P7EA 1EC1A 1G2KA 1B6LA 1HPOA 5P7OA 5P4CA 1FF0C 4ZPFA 3ZPTA 1LYWB 3KDDA 5P3IA 4CPXA 5P8EA 5P7JA 3BVAA 4DQBA 1ZBGA 2JYSA 1EPPE 4BFBA 5OZQA 3WZ6A 3T7QA 3BRAA 5P4AA 3UDKA 4OC6A 2PSGA 1AJXA 3O9LA 1GVVA 1MT7A 3PEPA 4R8YA 4NJSA 5P2UA 2ZE1A 1KZKA 1HHPA 3L5BA 5TOLA 2AOJA 3CMSA 3ZKQA 5HDUA 1GVUA 3K5CA 3SA3A 5OYQA 4I0GA 3QI1A 2G1RA 5P83A 3NWXA 4Y58A 1FQ6A 3NR6A 3LZUA 5P8VA 5P52A 5OZWA 5P2WA 5ISJA 4AA9A 2OHMA 1UH7A 1MSMA 5F00A 3PSUA 3RVIA 2O4NA 4APEA 1GKTA 5P8FA 1Z1HA 3PGIA 4Q1YA 5P5UA 5P1IA 2R8NA 5P3OA 3SQFA 4RZ1A 5OZSA 3KMYA 4DJUA 3FNSA 3L5FA 5P3FA 1YM4A 5AH6A 1ER8E 5ENKA 4PPHA 4GJ5A 2IDWA 2P83A 3SFCA 2PC0A 3FNTA 4Y3NA 3PI5A 3KT5A 4JPEA 5HVPA 5OYSA 1BWBA 4GZFA 5DR7A 2ZHSA 4L7GA 3VYFA 4B1DA 4Y9WA 4I12A 4DPFA 5P0EA 1IDBA 1LYAA 4DQFA 1ZSRA 5P2MA 5KR8A 5IE1A 4Y5AA 1M43A 3IVIA 1MT8A 2BKSA 2AOCA 5OZFA 4A6BA 5P3RA 4ZLSA 3S43B 4OBKA 5P8RA 5P87A 3O99A 4J0YA 5P7BA 3S56A 2OHUA 5OZRA 4DJPA 5P7CA 1EBWA 2NNPA 3PSYA 4Y41A 4GJ8A 3UQPA 4I0DA 5P6EA 5P8GA 5P2OA 5P8AA 5ISKA 2ER7E 5P16A 1J71A 2PSUA 5P09A 2NXMA 2PYMA 4NJTA 1B5FB 3VCMA 5P7MA 4Y44A 1TSQA 5P4PA 1MPPA 3EL0A 4I0FA 5P2AA 1NH0A 4Y45A 3S2OA 3GGUA 3K5FA 5P43A 3LZSA 2VA6A 1K6TA 4Y3EA 5OZBA 4J17A 2ZDZA 3UDNA 1FGCC 1HVKA 3GI6A 2Q3KA 2FS4A 3RTNA 2HB2A 5P76A 5P2DA 2R5PA 3OXCA 5P6LA 1ODYA 5HU0A 1MT9A 5P44A 5P6XA 5SY3A 2QNPA 1HEFE 3DUYA 5P0NA 4HDFA 3FIVA 5OZKA 4GB2A 3FX5A 5P1UA 5P25A 6FIVA 4RYCA 2IKUA 3SPKA 4TVGA 2FGVA 2AZ9A 2ZHRA 4OBDA 3IVHA 5P6SA 5OYYA 5P2HA 3QIHA 5OZCA 1GNNA 5P7HA 5P7UA 3INEA 3Q3TA 2AQUA 2G1OA 2QI3A 5P8BA 1E82E 4DJWA 2QMPA 4DJOA 3UDPA 1ZAPA 2ZJKA 4F75A 3D3TA 3OU1B 3HLOA 4U7VA 2V10C 7HVPA 1LF3A 3U6AA 2QI6A 1HIHA 4FE6A 3GGXA 4Y3LA 1MTRA 1D4HA 3QBHA 3UDJA 5P0RA 2BPXA 2VIJA 5P7SA 5P73A 4Y4AA 5P5NA 1FEJC 5OZ8A 4FRSA 5P3ZA 4RVIA 3WB4A 3MSJA 3S8IA 2FDEA 3MXDA 2WF4A 2HC0A 1D4LA 5P7DA 3IXKA 1G0VA 5P0FA 2R3TA 2VNNA 3UFNA 3GI5A 4Y3JA 4Z2ZA 1EPNE 1IVQA 2V00A 4Y3HA 4B77A 3EXOA 4DI2A 1IZHA 4OBJA 4HLAA 4MC6A 1QS8A 3IXOA 3OQFA 4GJ6A 3SA9A 4E43A 3EKVA 5P5AA 4Y35A 2WEBA 4YOAA 3PHVA 3EMYA 4ER4E 2NR6A 3U71A 5AHCA 5P20A 4GJDA 2ER6E 4CPTA 4K4QA 2WEDA 5P47A 5P7NA 1BV9A 1HVSA 5P6YA 2HPEA 4IVSA 2UXZA 3BXRA 3S85A 2AVMA 1YM2A 5P6KA 3ZKGA 5P35A 3OUAA 2PQZA 3OU4A 1T6EX 5P74A 5OZJA 1HVRA 4XX4A 1B6JA 4J0VA 5P46A 2ZYEA 3ZL7A 3GGAA 4R5NA 3Q5HA 1OHRA 2FNSA 4L6BA 3UDMA 3FNUA 2AZCA 5P1TA 3O9DA 1T3RA 4HE9A 1MUIA 4Y3GA 5DR4A 1BAIA 3O9GA 1FFFC 4AUCA 3VF7A 2AOHA 1IZIA 5P5DA 4GJ9A 3IN3A 4Y3YA 5BS4A 1FQ7A 3C9XA 4F74A 3QRSA 4F73A 3PMUA 3BGBA 3ZKMA 5SZ9A 5JFUA 1M0BA 2VJ6A 3WB5A 5P34A 3PM4A 2NXDA 3LIZA 3PB5A 5I70A 3TKWA 2BKTA 5P6UA 5P0PA 5SXNA 5FIVA 1EAGA 2PK6A 3PMYA 5DQ1A 3OUCA 4FSEA 4FAEA 3NDXA 4Y5CA 5P8IA 3L59A 5OZ6A 4Y3AA 4PEPA 5DQ4A 4ACXA 2HPFA 3NWQA 3EM6A 2I4VA 5OZPA 5OZGA 1GVXA 3WSJA 2R38A 3I2LA 4B78A 3OUDA 5P02A 5OZTA 5ENMA 3CIBA 3TOHA 1HXWA 2HS1A 1AM5A 5SY2A 1N49A 2H6TA 5P1GA 3EM3A 1RV7A 5P4DA 5P6AA 2P3BA 1BVEA 4I0IA 1HSIA 3OTYA 5EZZA 3PVKA 4YBIA 3H0BA 2UY0A 3HAWA 2ZGAA 3IAWA 2I4XA 3VLAA 2QI0A 3PWRA 2OHTA 1LF4A 3BXSA 1QBRA 3TKGA 3NU9A 3OK9A 3PLDA 2RENA 2XYEA 2QU2A 3HD8A 5P33A 4TRYA 4FM8A 4I11A 1HVLA 3VFAA 1TCWA 4EP3A 5P07A 1XE5A 4PZWA 1NPAA 2VIZA 3SACA 1EC2A 5P54A 3UTLA 4QJ9A 1K1UA 1FG8C 3UQXA 2F3EA 3FSMA 3A2OA 5P3TA 2BPYA 5P3SA 4RVJA 4Y5GA 3CKPA 5OZ2A 3INHA 4B00A 4M8XA 2I4WA 5P30A 4CPSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F7A A;  3G72 A;  3UDH A;  4L1A A;  3KN0 A;  5P1X A;  1E81 E;  1IVP A;  2IL2 A;  5P1B A;  3URJ A;  5P1S A;  1KJ7 A;  4OBF A;  5P2Q A;  5P66 A;  2QZK A;  5IS4 A;  5P4H A;  1BVG A;  2ASI A;  3AUP A;  1LYW A;  5OZV A;  5P57 A;  2B8V A;  4S1G A;  1YX9 A;  2JJJ A;  3SA5 A;  5DQC A;  1T7K A;  3DM6 A;  4HA5 A;  5HCT A;  1D4J A;  1LS5 A;  2HM1 A;  2WF0 A;  5P4L A;  5P55 A;  8HVP A;  1HRN A;  3TLH A;  3KDC A;  4Y3P A;  1GVT A;  3PWM A;  3R1G B;  3T7X A;  5C9B A;  3EKQ A;  5P5G A;  2FMB A;  3G70 A;  5OZM A;  5P5V A;  3GI4 A;  4H3F A;  1KJF A;  4LHH A;  2HAH A;  3TPR A;  1EC3 A;  5P8O A;  2AVS A;  3OQK A;  5DQ2 A;  1GVW A;  1B6M A;  5P36 A;  1BIL A;  4FL8 A;  3WZ8 A;  4NPU A;  1HEG E;  5P1C A;  4Q1W A;  1FFI C;  2PH6 A;  1D4I A;  4BEK A;  2WJO A;  4Y4E A;  3I7E A;  2G22 A;  3L5C A;  3OOT A;  3O9L B;  5P6C A;  3PJ6 A;  3O9C A;  4Y4W A;  3DCK A;  4Y38 A;  2PK5 A;  4DJY A;  3TPJ A;  2V16 C;  4Y3Z A;  5P2G A;  3HAU A;  5P6T A;  1APV E;  1SP5 A;  5P89 A;  5P8J A;  5P1E A;  3ZKN A;  1Z1R A;  5P1R A;  3ER5 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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